BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G15290.1
Length=5145
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg312521 jgi|Araly1|312521|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001301 5463 0.0
> Ahg312521 jgi|Araly1|312521|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001301
Length=4869
Score = 5463 bits (2958), Expect = 0.0
Identities = 3353/3545 (95%), Gaps = 21/3545 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1330 TGTTCATGATACTCCGGCTTTAGGCAAAGTTATTGTAAGACAGTGTGGATATACTGCGGT 1389
||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1332 TGTCCAGGATACTCCGGCTTTAGGCACAGTTATCGTAAGACACTGTGGATATACTGCGGT 1391
Query 1390 GGTAAATGTCAAGGGTCAAACTCAGAAGGCAATGTCTGATTTCCGTGATATTTTAATCGA 1449
|||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1392 GGTAAATGTCAAGGGTAAAACTCAGAAGGCAATATCTGATTTCCGTGATATTTTGATCGA 1451
Query 1450 TGACCTGCCGGATGGAGGAGCTAATGCTCTTAACCTTAACAGCTTACGGGTAGAGTTTCA 1509
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||
Sbjct 1452 TGACCTGCCGGATGGAGGAGCTAATGCTCTTAACCTTAACAGCTTAAGGGTTCAGCTTCG 1511
Query 1510 CAGGCCCCATAGTGTTGGAACATCTGTAGAGAACCAGCCCACACAGCTTGATTGGGATGA 1569
|||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1512 CAGGTCCCATAGTGTTAGAATATCTGGAGAGAACCAGCCCACACTGCTTGATTCGGATGA 1571
Query 1570 TTTAGAATCTTATAGATGTATTATACAGGAGTTAGTAAAAATTAACTTAACAAAGTTAGA 1629
|||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1572 TTTAGAGTCTTATAGATGTATTGTACAGGATTTAGTAAAAGTTAACTTAACAAAGTTAGA 1631
Query 1630 AGAAACAAGGGTATCTTCTGTAAGACCCATCAGATGGGAACTCGGTTCTACCTGGGTTCA 1689
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1632 AGAAAAAAGGGTATCTTCTGTAAGACCCATCAGATGGGAGCTCGGTTCTTGCTGGGTTCA 1691
Query 1690 GCATCTACAGAAGAAAGAAACAGACGTCTGTGGAAAGCCTGCAACTAATGATGAAACTGA 1749
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1692 GCATCTACAAAAGAAAGAAACAGACGTCTGTGGAAAGCCTGCAACTAATGATGAGACTGA 1751
Query 1750 ACTTTCAGTTAAAGGCTTGGGAAAACAATTTAAAGATCTAAAGAGCAAAAGTAAGAAATC 1809
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 ACTTTCAATTAAAGGCTTGGGAAAACAATTTAAAGTTCTAAAGAGCAAAAGTAAGAAATC 1811
Query 1810 AGAAAATATAAGTGCCGT----G--AATGAAAAAGATACCAGACTGCACGAGTTAAATGA 1863
|||| ||||||| |||| | || |||||||||| |||||| | |||||||||||
Sbjct 1812 AGAATCTATAAGTACCGTGAAGGAAAAGGAAAAAGATATCAGACTACGCGAGTTAAATGG 1871
Query 1864 GGAGGATGATCTAGGGCAGAAAAGCATTGATGGACTCTTTACTGAACTGAAGGAACTGCT 1923
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1872 GGAGGCTGATCTAGGGCAGAAAAGCATTGATGGACACTTTACTGAACTGAAGGAGCTGCT 1931
Query 1924 TTCTGAAGAAGCTTTCTCTCGCCTAAAAGAAACTGGAACTGGTCTCCATTTAAAGTCAAA 1983
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 TTCTGAAGAAGCTTTCTCTCGTCTACAAGAAACTGGAACTGGTCTCCATTTAAAGTCAAA 1991
Query 1984 AGAAGAGCTTACCAATATGGCATATGGTTACTATGATGAAATTGCTTTGCCAAGGCTGGT 2043
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 AGAAGAGCTTACCAAGATGGCATATGGTTACTATGATGAAATTGCTTTGCCAAGGCTGGT 2051
Query 2044 AGCAGATTTCGGGTCACTGGAGCTTTCTCCAGTTGATGGTCGCACTTTGACTGATTTCAT 2103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 2052 AGCAGATTTCGGGTCACTGGAGCTTTCTCCAGTTGATGGTCGCACAATGACTGACTTCAT 2111
Query 2104 GCATATAAGAGGACTCCAAATGCGTTCTCTAGGACATGTGGCTAAACTTGCTGAGAAACT 2163
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2112 GCATATAAGAGGACTCCAAATGCGTTCTCTAGGACATGTGGCTAAAATTGCTGAGAAACT 2171
Query 2164 TCCTCATATACAGTCCCTCTGTATTCATGAGATGATTACAAGAGCTTTCAAGCATCTTCT 2223
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2172 TCCTCATATACAGTCCCTCTGTATTCATGAGATGATTACAAGAGCTTTCAAGCATCTTTT 2231
Query 2224 TAGGGCGGTTATTGCATCTGTTAATAATATGGCAGAGCTACCTGTGGCGGTAGCTGCTTC 2283
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 2232 TAGGGCGGTTATTGCATCTGTCAATAATATGGCTGAGATACCTGTGGCAGTAGCTGCTTC 2291
Query 2284 ATTAAATTTTATGCTTGGCCGCCGTGAATTGGAAGGGTGC-GATAGAATCCCCGGTGAAG 2342
||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||
Sbjct 2292 ATTAAATTTCATGTTTGGCCACCGTGAATTGGAAGGGT-CTGATAGGATCCCCAGTGAAG 2350
Query 2343 AGTACTGTCTCAGATTACAGTGGCTACAGAAATTTCTCTCCAGAAAATTTGGTTGGATAC 2402
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 AGTATTGTCTCAGATTACGGTGGCTACAGAAATTTCTCTCCAGAAAATTTGGTTGGATAC 2410
Query 2403 AGAAAGATGAGTTCCATCATTTAAAAAAGTTTTCTATCCTCCGAGGACTCTGCCAGAAGG 2462
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 AGAAAGATGAGTTCAATCATTTGAAAAAGTTTTCTATCCTCCGAGGACTCTGCCAGAAGG 2470
Query 2463 TTGGTTTAGAACTAGTTTCAAGAGATTTTGACTTCGATTCTCCAAATCCTTTCATGAGCT 2522
|||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2471 TTGGGTTAGAACTAGTTGCAAGAGATTATGACTTCGATTCTCCAAATCCCTTCACGAGCT 2530
Query 2523 CTGACATTATTGGATTGGTACCTGTGTGCAAGCATGTGCTGTGTATTTCATCTGACGGAA 2582
|||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2531 CTGACATTTTTGGCTTGGTACCTGTGTGCAAGCATGTGCTGTGTATTTCATCTGACGGAA 2590
Query 2583 GGACACTCTTGGAGTCATCAAAACTTGCTCTTGACAAAGGAAAACTAGATGATGCTGTGA 2642
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2591 GGACACTCTTGGAGTCATCAAAACTTGCCCTTGACAAAGGAAAACTTGATGATGCTGTGA 2650
Query 2643 GCTATGGAACAAAGGCATTAGTCAAGATGATTGCTGTCTGTGGGCCTTATCATAGAAATA 2702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2651 ACTATGGAACAAAGGCATTAGTCAAGATGATTGCTGTCTGTGGGCCTTATCACAGAAATA 2710
Query 2703 CTGCATGTGCGTACAGTCTTCTCGCAGTTGTACTATACCACACTGGCGATTTTAACCAGG 2762
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2711 CTGCTTGTGCGTACAGCCTTCTCGCAGTTGTACTATACCACACTGGCGATTTTAACCAGG 2770
Query 2763 CAACAATATATCAGCAGAAGGCTCTAGATATAAATGAGAGAGAACTTGGTCTCGACCATC 2822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2771 CAACAATATATCAGCAGAAGGCTCTAGATATAAATGAGAGAGAACTTGGTCTCGACCATC 2830
Query 2823 CCGACACTATGAAAAGCTATGGGGATCTTTCTGTATTTTACTATCGTCTTCAACATTTTG 2882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2831 CCGACACTATGAAAAGCTATGGGGATCTTTCTGTATTTTACTATCGTCTTCAACACTTTG 2890
Query 2883 AATTGGCACTAAAATATGTGAACCGGGCGTTGTTTCTTCTTCACTTCACTTGTGGGCTAT 2942
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2891 AATTGGCACTAAAATATGTGAACCGTGCGTTATTTCTCCTTCACTTCACTTGTGGGCTAT 2950
Query 2943 CTCACCCAAATACTGCTGCCACATATATCAATGTGGCTATGATGGAAAAAGAAGTAGGGA 3002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2951 CTCACCCAAATACTGCTGCCACATATATCAATGTGGCTATGATGGAAAAAGAAGTAGGGA 3010
Query 3003 ATGATCATCTAGCTCTAAGGTACCTGCATGAAGCTCTAAAGAGCAATAAAAGATTGCTAG 3062
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3011 ATGATCATCTAGCTCTAAGATACCTGCATGAAGCGCTAAAGTGCAATAAAAGATTGCTAG 3070
Query 3063 GAGCTGACCATATTCAGACTGCGGCAAGCTATCATGCAATAGCAGTGGCTCTCTCTTTCA 3122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 3071 GAGCTGACCATATTCAGACTGCGGCAAGCTATCATGCAATAGCGGTGGCTCTCTCTTCCA 3130
Query 3123 TGGAAGCACATTCATTGAGTGTGCAACATGAACAAACTACACTTCAGATACTTACTGCAA 3182
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3131 TGGAAGCACATTCATTGAGTGTGCAACACGAACAAACTACACTTCAGATACTTACAGCAA 3190
Query 3183 AACTTGGAGCAGATGACCTTCGTACACAGGATGCTGCTGCATGGCTCGAATATTTTGAAT 3242
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3191 AACTTGGATCAGATGACCTTCGTACACAGGATGCTGCTGCATGGCTCGAATATTTTGAAT 3250
Query 3243 CAAGAGCCATAGAGCAGCAGGAAGCAGGC-CGAAATGGAATCCCAAAGCCTGATGCTTCC 3301
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3251 CAAGAGCCATAGAGCAGCAGGAAGCAG-CACGAAATGGAATCCCAAAGCATGATGCTTCC 3309
Query 3302 ATCGCGAGCAAAGGCCACCTTAGTGTATCAGATCTCCTGGACTATATAAGTTCTGATCCA 3361
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3310 ATCGCAAGCAAAGGCCACCTTAGTGTATCAGATCTCCTGGACTATATAAGTTCTGATCCA 3369
Query 3362 GACACTAAGGGAAATGTTGCTCACAGGAAACATCGGCGTGCCAGGATATTACAGGTCAAT 3421
||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3370 GACACCAAAGGAAGTGTTGCTCACAGGAAACATCGGCGTGCCAGGGCATTACAGGTCAAT 3429
Query 3422 GATAAG-GTTGCATCAGCTGATGATGACGCCCATAGAGTTGCTTCACAGATTGACATTGT 3480
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||
Sbjct 3430 GATA-GTGTTGCATCAGCTGATGATGACGCCCATAGAGTTGATTCTCAGATTGGCATTGT 3488
Query 3481 TACATGGAACAATGTGGCAGAAGCGGATGTCACTAAGAGTAGGAGC-GAAGTAAATGATC 3539
| |||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 3489 TGCATGGAACGACGTGGCAGAAGCGGATGCCATTAAGAGTAGGA-CTGAAGTAAATGATC 3547
Query 3540 CTGATACAGTTGTTGATAAGACCAATATTGAGACAGGTGATATTGTAGTACACAGGCTAA 3599
|| || ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3548 CTAATGCAGTTGTTGATGAGATCAAAATTGAGACAGGTGATATTGTAGTACACAGGCTAA 3607
Query 3600 ATGTAGACAGGCAAACTGTGGAAGAGTCAACTTTAGACGAGGGCTGGCAAGAGGCATACT 3659
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 3608 ATGTAGACAGCCAAACTGTGGAAGAGTCAACTTTAGATGATGGCTGGCAAGAGGCATACT 3667
Query 3660 CAAAGGGGAGATCCGGAAATGGTGCTGGAAGGAAATCCAGACAAAGGCAGCCTGATCTTA 3719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3668 CAAAGGGGAGATCCGGAAATGGTGCTGGAAGGAAATTCAGACAAAGGCAGCCTGATCTTA 3727
Query 3720 TGAAAAAGAGAATGTTGCTTAATAAACATCACAACAGGA-ATCAGGATGTTCAGCAACAG 3778
||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 3728 TGAAAAAGAGAATGTCGCTTAATAAACATTTCAACAGGAGA-CAGGATGTTCAGCAACAG 3786
Query 3779 AATATATATTCTCCCTTGCAGAAAACAAGCAAAGGACCCTCCCTCTCTAAGTCATCACCC 3838
||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3787 AATATATCTTC-C--TTGCAGAAAACAAGCAAAAGACCCTCCCTCTCTAAGTCATCATCC 3843
Query 3839 CGTAGGGCTCTAAAGAATGCAGAGATAGATGTCAGTACAAATACAACTAAACCACAGTTA 3898
| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3844 CATAGGGCTATGAAGAATGCAGAGATAGATGTCAGTACAAATACAACTAAACCACAGTTA 3903
Query 3899 AAGGCTTCTGGTGCTGCTGCTGTGACCAGTACTACTTTGGCCTCAAAGTCTCTCTCATAC 3958
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3904 ATGGCTTCTGGTTCTGCTGCTGTGACCAGTACTACTTTGGCTTCAAAGTCTCTCTCATAC 3963
Query 3959 AAAGAGGTTGCTTTGGCACCACCAGGTACAGTTCTGAAGCCAATGTTAGAAAAATTAGAA 4018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3964 AAAGAGGTTGCTTTGGCACCACCAGGTACAGTTCTGAGGCCAATGTTAGAAAAATTAGAA 4023
Query 4019 CTGAATTTGGAGAGAACTGAAACTCAGATATACAGGACTTCAAGTGCGTCATCTGGAGAA 4078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4024 CTGAATTTGGAGAGAACTGAAACTCAGATATACAGGACTTCAAGTGCGTCAACTGGAGAA 4083
Query 4079 GAAAGCAAGTCCGACACTGTAATGTTGGATTTGCCAATCGAAGGCACAGAGCTTCACTGT 4138
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4084 GAAAGCAAGTCTGACACTGTAATGTTGGATTTGCCAATCGAAGGCACAGAGCTTCCCTGT 4143
Query 4139 GAGAAACAAGAATCACAAGAAAGTGCTGAGTCAGTGGAAAACTTAACGTCAGAGTCTGAA 4198
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4144 GAAAAACAAGAATCACAAGAAAGTGCTGAGTCAGTGGAAAATTTAACGTCAGAGTCTGAA 4203
Query 4199 GGGGATCTGGGGTCCTATCGTGGGaaaaaaaCTTCTGATATAAGCCGGACAAAGCTATCA 4258
|||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4204 GGGGATCTGGGGTCCTATTGTGGGCAAAAGGCTTCTGATATAAGCCAGACAAAGCTATCA 4263
Query 4259 GCCTCCGCAGAGCCTTACAACCCTGGAGGTTTCTTGGTTATTGATCTGCAAAGCTCAGCA 4318
||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4264 GCCGCTGCAGAGCCTTACAACCCTGGAGGTTTCTTGTTTATTGATCTGCAAAGCTCAGCA 4323
Query 4319 GCAACAATAGGCAGCTACCCAATTATGGTTGCAGACCCTATTTCCTGGGCTGTAGTTTCA 4378
||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 4324 GCAACAACAGGCAACTACCCGATTATGGTTGCAGACCCTATTTCCTGGGCTGGAGTTCCA 4383
Query 4379 TGTGGGATTCACTCACCACCATATTATAGTGCTATTCACTCAAATGGAGTTGGGACGCCA 4438
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 4384 TGTGGGATTCACTCACCACCATATTATAGTGCTAATCACTCCCATGGAGTTGGGATGCCA 4443
Query 4439 AGAAGCATGAATCCAGATGCACCAGAGTTTGTTCCGA-GAAGATCCTTGCAGAATAGCTC 4497
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||
Sbjct 4444 AGAAGCATGAATCCAGATGCACCAGAGTTTGTTCCAATGA-GATCCGTGCAGAATAGCTC 4502
Query 4498 TCAACATGCAGGTGAAGATGCAAGTGTATCCGTCGACTCCAGCAGTTGCCTAAAGGCTGA 4557
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4503 ACAACATGCAGGTGGAGATGCAAGTGTATCCGTCGACTCCAGCAGTTTCCTAAAGGCTGA 4562
Query 4558 GAAAGATGCAGTTGATTTGAAGAAGCGAGAGCTTGCCAGCTTCATAGTAAAGTCATCACA 4617
|||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4563 GAAAGAAGCAGTTGCTTTGAAGAAGCGAGAGCTAGCCAGCTTCATAGTAAAGTCATCCCA 4622
Query 4618 GAAAGAGGTTCCGGCTGCTCTTAGCAAAACGAGCCCCGAAGCTGAGTCAGGAGGTACCTC 4677
||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4623 GAAGGAGGTTCCGGCTGCTCTGAGGAAAACGAGCCCAAAAGCTGAGTCAGGAGATACCTC 4682
Query 4678 CGAAAAGGATAGTGCAGTAACCGAGATAGTTTATAGTAGAGAAGAGGAGAATGGAGCGAA 4737
|| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4683 CGCAAAGGATAGTGCATTAACCGAGGTAGTTTATAGTAGAGAAGAGGAGAGTGGAGCGAA 4742
Query 4738 TGCAAATGAGACAAATGGAGGTGAAGGGTTTGTGATTGTGGCAAAGAAAAGGAGAAGGAA 4797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 4743 TGCAAATGAGACAAATGGAGGTGAAGGGTTTGTGATTGTGGCAAAGAAGAGGAGGAGGAA 4802
Query 4798 GAACAAGGTGCGACTTACAAATGTTGCGGCTGGGCTGTACCATCAACCGTCGTCAGTTTG 4857
||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4803 GAACAAGCTGCGGCTTACAAATGTTGGGGCTGGGCTGTACCATCAACCGTCGTCAGTTTG 4862
Query 4858 TGCAT 4862
|||||
Sbjct 4863 TGCAT 4867
Score = 1995 bits (1080), Expect = 0.0
Identities = 1234/1308 (94%), Gaps = 11/1308 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 38 ATGGCACCGAGGTCAAGCAAAGGGAAATCAAACAACAAAGGGAAAGGAGGAGATAAGAAG 97
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCACCGAGGTCAAGCAAAGGGAAATCAAACAACAGAGGGAAAGGAGGAGATAAGAAG 60
Query 98 AAGAGAGACGATAAACTGTTGGCTCCGAGTCTGGTTGAAATCACAGTCACCACTCCGTAC 157
|||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGAGAGAAGACAAACTGTTGGCACCGAGTCTTGTTGAAATCACAGTCACCACTCCGTAC 120
Query 158 GAAACTCAAGTGATACTCAAGGGAGTTTCTACTGACAAAATCATTGACGTGAGAAGGCTT 217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 GAAACTCAAGTGATACTCAAGGGAGTTTCTACTGACAAAATCATTGATGTGAGAAGGCTT 180
Query 218 TTAGCATCTCACGTTGAGACTTGCCATTTCACCAACTATTCTCTCTCCCATAAGGTGAAG 277
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTGGCATCTCACGTTGAGACTTGCCATTTCACCAACTATTCTCTCTCCCATAAGGTGAAA 240
Query 278 GGGCATAAATTGAATGACAACATCCAAGTACTTTCCCTCAAGCCTTGTTTTCTCCGCATG 337
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 GGGCATAAATTGAATGACAACATCCAAGTGCTTTCCCTCAAGCCTTGTTTCCTCCGCATG 300
Query 338 ATTCCAGAGGAGTATCTAGAGGAAAGTCAGGCGTTGACTCAGGTACGGAGAGTCATCGAC 397
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 ATTCCAGAGGAGTATCTAGAGGAAAGCCAGGCGTTGACTCAGGTACGGAGAGTCATAGAC 360
Query 398 ATTGTAGCATGCACCACCAGGTTC-T-T---C-T---CCAAATCTCCCAACAAATCCATC 448
|| ||||||||||||||||||||| | | | | ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 361 ATCGTAGCATGCACCACCAGGTTCTTCTCCGCTTCCCCCAAATCCCCCAACAAATCCATA 420
Query 449 GTTGCCGGCAATGCCAATCCGACACCGGCGCCGGACGGCCTCGACATGGTCGCTATCCAC 508
| ||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 421 GCCGCCGGCAATGCCACTCAGACGCCGGAGCCGGACGGCCTCGACATGGTCGCCATCCAC 480
Query 509 ACCACACCCAAACTTTCTCAGTTCTACGAGTTCTTCTCCATTCAC-CACCTATCTCCTCC 567
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||
Sbjct 481 CCCACTCCCAAACTTTCTCAGTTCTACGAGTTTTTCTCCATTC-CTCACCTCTCTCCTCC 539
Query 568 GATTCTTCATTTGAAGAAAGTTGATGGTGAAGAAGCTGGAGAGAAGCGTGATGGTGACTA 627
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GATTCTTCACTTGAAGAAAGTTGATGGTGAAGACGCTGGAGAGAAGCGTGATGGTGACTA 599
Query 628 TTTTGGACTTAAGGTTAAGATTTGCAATGGCAAGGTTATACATGTGATTGCTTCTGTAAA 687
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 600 TTTTGGACTCAAGGTTAAGATTTGCAATGGGAAGGTTATACATGTGATTGCTTCGGTGAA 659
Query 688 AGGGTTCTTCGCCGTTGGAAAACAGCTCTCACATTGTCATTCCATTGTTGATTTGCTCCA 747
||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 660 AGGGTTCTTCGCCGTTGGAAAGCAGCTCACACATTGCCACTCCATTGTTGATTTGCTTCA 719
Query 748 GAATGTCAGCAATGCTTTTGCCAAGGCATATGAATCTTTAATGAAAGCTTTCACTGATCG 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||
Sbjct 720 GAATGTCAGCAATGCTTTTGCCAAGGCATATGAATCTCTAATGAAAACTTTCACTGACCG 779
Query 808 GAATAAGTTTGGCAACCTCCCGTTTGGATTACGCTCAAACACATGGCTTGTACCTTCTCC 867
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAATAAGTTTGGCAACCTCCCGTGTGGATTACGCTCAAATACATGGCTTGTACCTTCTCC 839
Query 868 TGTTTCTGAGTCTGCTTCTCCTTTACCAACAGAGGATGAACATTGGGGCGGGAATGGTGG 927
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGTTTCTGAGTCTGCTTCTCCTTTACCAGTAGAGGATGAACATTGGGGCGGGAATGGTGG 899
Query 928 AGGTCAGGGGAGAAATGGTGAATATGATCATCGACCTTGGGCGGCTGAGTTTTCTGTATT 987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 900 AGGTCAGGGGAGAAATGGTGAATATGATCATCGACCTTGGGCGGCACAGTTTTCTGTATT 959
Query 988 AGCTACGCTTCCTTGCAAGACTGAGGAGGAGAGAGTTATTCGAGATAAGAAAGCTTTTTT 1047
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGCTACGCTTCCTTGCAAGACGGAGGAGGAGAGAGTTATTCGAGATAAGAAAGCTTTTTT 1019
Query 1048 GCTTCATAGCCAGTTTATTGATACCTCAGTGCAAAGAGCTGTTAGAGCCATTTGCAACGT 1107
|||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1020 GCTTCATAGCCAGTTTATCGACACCTCGGTGCAAAGAGCTGTTAGAGCCATTTGCAATTT 1079
Query 1108 GATGGATACTAATCAACAAACAAGTGGGACTACTGACTTACCTGCTGGCTCGATCCTTCT 1167
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GATGGATACTAATCAACACACAAGTGGGACTACTGACTTACCTGCTGGCTCGATCCTTCT 1139
Query 1168 TGAGGATCATGTTGGAGATTTGTCTATTGTTGTAAAACGTGATATAGCCAGCCTTGACTC 1227
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| |
Sbjct 1140 TGAGGATCATGTTGGGGATTTGTCTATTATTGTAAAACGCGATATAGCCACCCTTGACCC 1199
Query 1228 AAAGCCTGAAGCTACATTTCAAAATGATGCATTTGTTCTATCATCCGAGGAACTTGCTGA 1287
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1200 AAAGCCTGAAGCTACATTTCAAAATGAAGCATTTGTTCTATCATCCCAGGAACTTGCCGA 1259
Query 1288 AAGGAATTTGCTAAAAGGGATTACAGCTGATGAGAGTGTGATTGTTCA 1335
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AAAGAATTTGCTAAAAGGGATAACAGCTGATGAGAGTGTGATTGTTCA 1307
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 194778658614
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5