BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G15440.1
Length=2855
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920450 jgi|Araly1|920450|scaffold_101731.1 4253 0.0
> Ahg920450 jgi|Araly1|920450|scaffold_101731.1
Length=2728
Score = 4253 bits (2303), Expect = 0.0
Identities = 2593/2732 (95%), Gaps = 23/2732 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 50 ACGCCATGGAGTTCCG-TTTCGAGAATCTTCTTGGCGCTCCTTACAGAGGCGGGAACGCA 108
|||| ||| | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 16 ACGCTATGAACTACCGTTTTC-AGAATCTTCTTGGCGCTCCTTACAGAGGCGGGAACGCA 74
Query 109 GTCATCACTAAGAATACTCAGCTAATTTCACCGGTTGGTAATCGTGTCTCCGTCACCGAC 168
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 GTCATCACTCAGAATACTCAGCTAATTTCACCGGTTGGTAATCGTGTCTCCGTCACCGAC 134
Query 169 CT-AAGTAAGAACCATTCGGTCACTCTTCCGCTCGAAACCTCTACCAACATATGTCGCCT 227
|| || |||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 135 CTCAA-TAAGAACCATACGGTTACTCTTTCGCTCGATTCCTCTTCCAACATATGTCGCAT 193
Query 228 CGCTTCCTCACCCGACGGTACTTTCCTACTCGCCGTCGATGAACAAAACCGATGCCTTTT 287
|||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 194 CGCTGCATCACCCGACGGCACTTTCCTTCTCGCCGTCGATGAACAAAACCGAGGCCTTTT 253
Query 288 CATCAACTTGCCTCGGCGGGTAGTTCTTCACAGAATTACCTTCAAGGATAAAGTCGGTGC 347
||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 254 CATCAACTTACCTAGACGGGTAGTTCTTCACAGAATTACCTTCAATGATAACGTCAGTGC 313
Query 348 CTTGAAGTTCAGCCCTAATGGTAAGTTTATCGCTGTTGGAATTGGTAAGTTGGTGGAAAT 407
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||
Sbjct 314 CTTGAAGTTCAGCCCTAATGGTAAGTTTATCGCTGTTGGAGTTGGTAAGTTGGTGCAGAT 373
Query 408 ATGGCGATCACCTGGTTTCAGGCGAGCTGTTTTGCCCTTTGAGCGGGTTAGGACTTTTGC 467
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 374 ATGGCGATCACCTGGTTTCAGGCGAGCTGTTATGCCCTTTGAGCTAGTTAGGACTTTTGC 433
Query 468 TAATTCTGATGATAAAGTTGTCTCCTTGGAGTGGAGCTTGGACTCTGATTATTTGCTTGT 527
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 434 TAATTCTGATGATATAGTTGTCTCCTTGGAGTGGAGCTTGGACTCTGATTATTTGCTCGT 493
Query 528 TGGCTCAAGGGATTTAGCTGCTAGGTTGTTTTGTGTTAGAAAGTTGAAGGGTGTTTTAAA 587
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 TGGCTCAAAGGATTTAGCAGCTAGGTTGTTTTGTGTTAGAAAGTTGAAGGGTGTTTTAAA 553
Query 588 TAAGCCATTTTTGTTTCTGGGTCATAGAGATTCTGTTGTGGGTTGCTTCTTTGGTGTTGA 647
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 TAAGCCCTTTTTGTTTCTGGGTCATAGAGACTCTGTGGTGGGTTGCTTCTTTGGTGTTGA 613
Query 648 TAAAATGACTAACAAGGTCAACAGGGCTTTCACGATTGCAAGGGATGGTTACATTTTTAG 707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 614 TAAAATGACTAACAAGGTCAACAGGGCTTTCACGATTGCACGGGATGGTTACATTTTTAG 673
Query 708 TTGGGGCTATACTGAAAAGGATGTCAAAATGGATGAATCAGAAGATGGCCACTCTGAGCC 767
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 674 TTGGGGATATACTGGAAAGGATGTCAAAATGGATGAATCAGAAGATGGCCACTCTGAGCC 733
Query 768 ACCGTCACCTGTTACTCCAGATAGGGCTGATGAGGTGATGGTGGAAAATGGTGGTGGTGT 827
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 ACCGTCACCTGTTACTCCAGAGAGGGCTGATGAGGTGATGGTGGAAAATGGTGGTGGTGT 793
Query 828 TGGTACTGAGCTTAAGAAACGAAAAGAGTATGACGGTAAAGGTCTTGAATCAGATGAAGA 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 794 TGGTACTGAGCTTAAGAAACGAAAAGAGTATGACGGTAAAGATCTTGAATC--------- 844
Query 888 AGGAGATGATGATGATGAAGAGTATATGCACAGAGGAAAATGGGTTTTGTTGAGGAAGGA 947
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 845 ------TGATGATGATGAAGAGTATATGCACAGAGGGAAATGGGGTTTGTTGAGGAAGGA 898
Query 948 TGGGTGTAATCAGGCATCAGCAAAGGTGACCGCTTGCGACTATCATCAGGGACTTGACAT 1007
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 899 TGGGTTTAATCAGGCATCAGCAAAGGTGACAGCTTGCGACTATCACCAGGGGCTCGACAT 958
Query 1008 GGTTGTGGTGGGGTTCTCAAATGGTGTTTTTGGGCTTTATCAGATGCCAGATTTCATCTG 1067
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 959 GGTTGTGGTGGGGTTCTCAAATGGTGTTTTCGGGCTTTATCAAATGCCAGATTTCATCTG 1018
Query 1068 TATCCATCTGCTCTCTATTTCTAGGCAGAAGCTAACAACAGCTGTCTTCAATGAGCGTGG 1127
|||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1019 TATCCATCTGCTGTCTATTTCTAGGGAGAAGCTGACAACAGCTGTCTTTAATCAGCGTGG 1078
Query 1128 TAATTGGCTGACCTTTGGTTGCGCGAAACTTGGGCAACTGTTAGTCTGGGATTGGCGAAC 1187
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 1079 TAATTGGCTGACCTTTGGTTGCGCAAAACTTGGGCAACTGTTAGTCTGGGACTGGCGATC 1138
Query 1188 CGAAACCTATATACTGAAGCAACAAGGACACTATTTTGACGTCAACTGTGTCACTTACTC 1247
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGAAAGCTATATACTGAAGCAACAAGGACACTATTTTGATGTCAACTGTGTCACTTACTC 1198
Query 1248 ACCGGATTCGCAGCTCTTGGCAACTGGTGCTGATGATAACAAAGTCAAGGTGTGGAACGT 1307
||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1199 ACCCGATTCACAGTTCCTGGCAACTGGTGCTGATGATAACAAAGTCAAGGTGTGGAGCGT 1258
Query 1308 TATGTCAGGAACATGTTTCATTACATTCACCGAGCATACCAATGCCGTGACTGCTCTTCA 1367
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1259 TATGTCAGGATCATGTTTCATCACATTCACCGAGCATACCAATGCAGTGACTGCTCTCCA 1318
Query 1368 TTTTATGGCTGACAACCACTCCCTCTTAAGTGCATCTCTGGACGGCACTGTTCGTGCTTG 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TTTTATGGCTGACAACCACTCCCTCTTAAGTGCATCTCTGGACGGCACTGTTCGTGCTTG 1378
Query 1428 GGATTTTAAAAGATACAAGAACTATAAGACATACACAACCCCTACACCCCGACAATTTGT 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGATTTTAAAAGATACAAGAACTATAAGACATACACAACCCCTACACCCCGACAATTTGT 1438
Query 1488 TTCCTTAACAGCAGACCCGAGTGGTGACGTCGTCTGTGCTGGGACCCTAGATTCATTCGA 1547
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1439 TTCCTTAACAGCAGACCCGAGTGGTGACGTTGTCTGTGCTGGGACCCTAGATTCATTTGA 1498
Query 1548 GATTTTTGTATGGTCCAAGAAGACTGGGCAAATAAAGGATATTCTGAGTGGGCATGAGGC 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1499 GATTTTTGTATGGTCCAAGAAGACTGGGCAAATAAAGGATATTCTGAGTGGGCATGAAGC 1558
Query 1608 TCCTGTTCATGGGTTGATGTTTTCTCCCTTAACGCAACTTTTAGCTTCATCCTCATGGGA 1667
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TCCCGTTCATGGGTTGATGTTTTCTCCCTTAACGCAAATTTTAGCTTCATCCTCATGGGA 1618
Query 1668 CTA-TACAGTTCGGTTGTGGGATGTGTTTGCTAGCAAAGGCACCGTGGAAACGTTTCGAC 1726
| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1619 C-AGTACGGTTCGGTTGTGGGATGTGTTTGCTAGCAAAGGCACCGTGGAGACGTTTCAAC 1677
Query 1727 ACAACCACGATGTTCTAACAGTTGCTTTCCGTCCTGATGGGAAGCAATTAGCCTCGAGTA 1786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1678 ACAACCACGATGTTCTAACAGTTGCTTTCCGTCCTGATGGGAAGCAGTTAGCCTCGAGTA 1737
Query 1787 CGCTAGATGGGCAGAT-CAATTTCTGGGACACCATTGAAGGTGTGTTAATGTACACCATA 1845
|||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1738 CGCTAGATGGGCAGATTCATTTT-TGGGACACCATTGAAGGTGTGTTGATGTACACCTTA 1796
Query 1846 GAGGGGCGGAGAGATATCGCTGGAGGTCGGGTCATGACTGACCGTCGGTCTGCAGCTAAT 1905
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GAGGGGCGGAGAGATATCGCTGGAGGTCGAGTCATGACTGACCGTCGGTCTGCAGCTAAT 1856
Query 1906 TCAAGTTCTGGAAAGTGTTTTACAACATTGTGCTATTCCGCTGATGGAGGGTATATTCTA 1965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1857 TCAAGTTCTGGAAAGTGTTTTACAACATTGTGCTATTCCGCTGATGGAGGTTATATTCTA 1916
Query 1966 GCCGCAGGAACTAGCAGATATATTTGCATGTATGATATCGCAGATCAGGTTCTTCTGCGC 2025
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GCCGCAGGAACGAGCAGATATATTTGCATGTATGACATTGCAGATCAGGTTCTTCTGCGC 1976
Query 2026 CGGTTTCAGATATCCCATAATCTTTCGTTAGATGGGGTTCTGGACTTCTTGCACTCTAAG 2085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1977 CGGTTTCAGATATCCCATAATCTTTCGTTAGATGGGGTTCTTGACTTCTTGCACTCCAAG 2036
Query 2086 AAGATGACAGAAGCAGGACCAATTGATCTGATCGATGATGACAACAGCGATGAAGAAGGT 2145
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2037 AAGATGACAGAAGCAGGACCAATGGATCTGATCGATGATGACAACAGCGATGAAGAAGCT 2096
Query 2146 GGCATTGATAAACAGTCGAGAGGGAATCTGGGTTACGATCTGCCTGGATCCAGGCCTAAC 2205
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GGTATTGATAAACAGTCTCGAGGGAATCTGGGTTACGATCTGCCTGGATCCAGGCCTAAC 2156
Query 2206 CGTGGCAGGCCCATTATCCGGACAAAAAGCCTCAGCATTGCCCCAACTGGAAGGAGCTTT 2265
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2157 CGTGGCAGGCCCATTATCCGGACAAAAAGCCTCAGCATTGCCCCAACTGGGAGGAGCTTT 2216
Query 2266 GCTGCTGCAACAACAGAAGGAGTCCTCATCTTTTCAATTGACGATACCTTCATCTTTGAT 2325
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 GCTGCTGCAACAACAGAAGGAGTTCTCATCTATTCAATCGACGATACCTTCATCTTTGAT 2276
Query 2326 CCGACCGATCTAGATATAGATGTTACTCCAGAGGCTGTTGAGGCTGCCATAGAAGAGGAT 2385
|| ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2277 CCAACCGAACTTGATATAGACGTCACTCCAGAGGCTGTTGAGGCTGCCATAAAAGAGGCT 2336
Query 2386 GAAGTTAGCAGAGCACTTGCTCTAAGTATGCGTTTGAACGAAGATAGCCTTATCAAAAAA 2445
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2337 GAAGTGAGCAGAGCACTTGCTCTAAGTATGCGTTTGAACGAAGACAGCCTTATCAAAAAA 2396
Query 2446 TGCATCTTCGCTGTAGCCCCTGCAGACATAAAAGCTGTTGCCATCTCTGTCCGCCAGAAA 2505
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2397 TGCATCTTTGCTGTAGCTCCTGCAGACATAAAAGCTGTTGCAATCTCTGTCCGCCAGAAA 2456
Query 2506 TACTTAGAAAGGCTTATGGAAGCTTTGGTGGATCTGCTTGAGAACTGTCCTCATCTGGAG 2565
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TACTTAGAAAGACTTATGGAAGCTTTGGTGGATCTGCTTGAGAACTGTCCTCATCTGGAG 2516
Query 2566 TTCATACTTCACTGGTGTCAGGAAATCTGCAAGGCTCACGGAAGCTCCATTCAGCGGAAC 2625
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2517 TTCATACTTCACTGGTGTCAGGAAATCTGCAAGGCACACGGAAGCTCCATTCAGAGGAAC 2576
Query 2626 TACAGAACTCTATTGCCTGCACTGAGATCGTTGCAGAAGGCGATCACCAGAGCCCATCAG 2685
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2577 TACAGAATTCTATTGCCTGCACTGAGATCGTTGCAGAAGGCAATCACCAGAGCCCACCAG 2636
Query 2686 GATCTGGCAGATATGTGTTCTTCCAATGAGTACACGCTTCGCTACTTGTGTTCTGTTCCA 2745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 GATCTGGCAGATATGTGTTCTTCCAATGAGTACACGCTTCGCTACTTGTGTTCTGTTCCA 2696
Query 2746 AACAATCATTGATTATGTTTTCTGCATTATGT 2777
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 AACAATCATTGATTATGTTTTCTGCATTATGT 2728
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107757303105
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5