BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G15510.1 Length=2601 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471752 jgi|Araly1|471752|fgenesh2_kg.1__1706__AT1G15510.1 4349 0.0 > Ahg471752 jgi|Araly1|471752|fgenesh2_kg.1__1706__AT1G15510.1 Length=2601 Score = 4349 bits (2355), Expect = 0.0 Identities = 2520/2602 (97%), Gaps = 2/2602 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGTCTTCTGCTCAAAGTCCTCATTTTTATCTCAATCCAGGCAAGTCCAACTCTTTT 60 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGCGTCTTCTGCTCAAAGTCCTCACTTTTATCTCAATCCAGGCAAGTCCAACTCTTTC 60 Query 61 CAGAGCAAAGCTTATAAACAGAGAAACGTTAATTTCTATTGGAATTTTGGAATTCGGAGA 120 |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | Sbjct 61 CAGAGCAAAGCTCATAAACACAGAAACGTTAATTTCTATTGGAATTTTGGATTTCGGAAA 120 Query 121 CTTTTCTTGAGAAAATCTCAAGGACTATCTGTTCTTAGCTCGAGTTCGAGTAGTACCCAC 180 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 121 CTTTTCTTGAGAAAATCTCGAGGACTATCTGTTCTTAGCTCGAGTTCTAGTAGTACCCAC 180 Query 181 TTTTCGAATTCTCAGTTACATGGACTCTGCGCGAATGGGAAGCTGGAGGAAGCTATGAAG 240 |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTTTCGAATTCTCAATTACATGGGCTTTGCGCGAATGGGAAGCTGGAGGAAGCTATGAAG 240 Query 241 CTTCTCAATTCTATGCAGGAGTTGCGGGTTGCGGTAGACGAAGATGTGTTTGTGGCTTTG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CTTCTCAATTCTATGCAGGAGTTGCGGGTTGCGGTAGACGAAGATGTGTTTGTGGCTTTG 300 Query 301 GTTAGGCTGTGCGAGTGGAAGAGAGCACAGGAGGAAGGTTCTAAGGTTTATTCTATTGCT 360 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GTTAGGCTGTGCGAGTGGAAGAGAGCACATGAGGAAGGTTCTAAGGTTTATTCTATTGCT 360 Query 361 CTCAGTTCCATGAGCAGTCTTGGTGTTGAACTCGGTAACGCGTTTCTCGCTATGTTTGTG 420 |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CTCAGTTCTATGAGCAGTCTGGGTGTTGAACTCGGTAACGCGTTTCTCGCTATGTTTGTG 420 Query 421 AGGTTTGGTAATTTGGTTGATGCCTGGTATGTTTTTGGTAAAATGTCTGAGAGAAACTTG 480 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 421 AGGTTTGGTAATTTGGTTGATGCCTGGTATGTTTTCGGTAAAATGTCTGAGAGGAACTTG 480 Query 481 TTTTCTTGGAATGTGTTGGTTGGTGGCTATGCAAAGCAAGGCTATTTCGATGAGGCTATG 540 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 481 TTTTCTTGGAATGTGTTGGTTGGTGGCTACGCAAAGCAAGGCTATTTCGACGAGGCGATG 540 Query 541 TGTTTGTATCATAGAATGTTGTGGGTTGGTGGTGTGAAGCCTGATGTCTATACGTTCCCC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TGTTTGTATCATAGAATGTTGTGGGTTGGTGGTGTGAAGCCTGATGTCTATACGTTCCCC 600 Query 601 TGTGTGTTGAGAACCTGTGGAGGTATACCTGATCTAGCTCGAGGAAAAGAGGTTCATGTT 660 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 601 TGTGTATTGAGAACCTGTGGAGGTATACCTGATCTAGCTCGAGGAAGAGAGGTTCATGTT 660 Query 661 CATGTGGTTCGATACGGATATGAATTGGATATTGATGTGGTTAACGCTTTGATTACTATG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 661 CATGTGGTTCGATACGGATATGAATTGGATATTGATGTTGTAAACGCTTTGATTACTATG 720 Query 721 TATGTGAAGTGTGGTGATGTGAAGAGCGCGAGGTTGCTTTTTGATAGAATGCCTAGGAGA 780 ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 721 TATGTGAAGTGTGGTAATGTCAAGAGCGCAAGGTTGCTTTTTGATAGAATGCCCAGGAGA 780 Query 781 GATATAATCTCATGGAACGCAATGATCTCAGGGTATTTTGAGAATGGGATGTGTCATGAA 840 ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 GATATAATCTCGTGGAACGCAATGATCTCGGGGTATTTTGAGAATGGGATGTGTCATGAA 840 Query 841 GGATTGGAGTTATTCTTTGCAATGCGTGGGCTTTCCGTTGATCCTGATTTGATGACCTTG 900 |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 GGATTGAAGTTATTCTTTGCAATGCGTGGGCTTTCTGTTGATCCTGATTTGATGACCTTG 900 Query 901 ACTAGTGTTATCTCTGCCTGTGAGCTTCTTGGAGATAGAAGGTTAGGAAGGGATATTCAT 960 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 ACAAGTGTTATCTCTGCCTGTGAGCTTCTTGGAGATAGAAGGTTAGGAAGGGATATTCAT 960 Query 961 GCGTATGTGATAACCACGGGTTTCGCTGTTGACATATCTGTCTGCAACTCTTTAACGCAG 1020 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 961 GCTTATGTGATAACCACGGGTTTTGCTGTTGACATATCTGTCTGCAATTCGTTAACGCAG 1020 Query 1021 ATGTACTTAAATGCTGGGTCATGGCGTGAAGCTGAAAAACTGTTCAGCAGAATGGAGCGC 1080 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1021 ATGTACTTATATGCTGGGTCATGGCGTGAAGCTGAAAAACTGTTCAGCAGAATGGATTGC 1080 Query 1081 AAAGACATTGTGTCATGGACCACTATGATTTCAGGCTATGAATATAATTTTCTGCCCGAT 1140 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1081 AAAGACATTGTGTCATGGACCACTATGATTTCAGGCTATGAGTATAATTTTCTGCCCGAG 1140 Query 1141 AAGGCCATAGACACTTACAGAATGATGGATCAAGATTCTGTGAAGCCAGACGAGATAACA 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 AAGGCCATAGACACTTACAGAATGATGGATCAAGATTCTGTGAAGCCAGACGAGATAACA 1200 Query 1201 GTAGCTGCTGTTCTATCTGCTTGTGCTACTCTAGGTGATCTTGACACTGGTGTTGAGCTC 1260 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1201 GTAGCTGCTGTTCTATCTGCTTGTGCTACTCTAGGTGATCTTGACACAGGTGTTGAGCTC 1260 Query 1261 CATAAGCTTGCGATTAAGGCAAGGCTCATATCCTATGTGATTGTCGCAAACAATCTCATT 1320 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1261 CATAAGCTTGCGATTAAGGCAAGGCTCATATCCTATGTGATTGTTGCAAACAATCTCATT 1320 Query 1321 AATATGTACTCAAAGTGCAAATGCATTGATAAGGCCTTGGATATCTTCCATAACATCCCC 1380 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1321 AATATGTACTCAAAGTGCAAATGCATTGATAAGGCCTTGGACATCTTCCATAACATCCCC 1380 Query 1381 CGCAAGAATGTAATATCTTGGACATCGATTATTGCAGGGCTTCGACTCAACAACCGGTGT 1440 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 CGCAAGAATGTAATATCTTGGACATCGATTATTGCAGGGCTTCGACTCAACAACCGGTGT 1440 Query 1441 TTTGAGGCCTTGATATTCCTCCGGCAAATGAAAATGACGTTGCAGCCAAATGCAATAACC 1500 |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 TTTGAGGCCTTGATATTCTTCCGGCAGATGAAAATGACGTTGCAGCCAAATGCAATAACC 1500 Query 1501 TTAACAGCTGCATTAGCAGCTTGTGCTAGAATCGGGGCTCTGATGTGTGGGAAAGAGATT 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 TTAACAGCTGCATTAGCAGCTTGTGCTAGAATCGGGGCTCTGATGTGTGGGAAAGAGATT 1560 Query 1561 CATGCCCATGTACTGAGAACAGGAGTGGGGCTTGATGATTTTCTTCCAAATGCACTCTTA 1620 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 CATGCCCATGTACTGAGAACAGGAGTGGGACTTGATGATTTTCTTCCAAATGCACTCTTA 1620 Query 1621 GACATGTATGTACGGTGCGGGAGAATGAACACTGCTTGGAGTCAGTTCAACTCACAGAAA 1680 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1621 GACATGTATGTACGGTGCGGGAGAATGAACATTGCATGGAATCAGTTCAACTCACAGAAA 1680 Query 1681 AAAGATGTCACATCATGGAACATTCTTCTTACTGGATATTCAGAGCGGGGTCAAGGGTCG 1740 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 AAAGATGTCTCATCATGGAACATTCTTCTTACTGGATATTCAGAGCGGGGTCAAGGGTCG 1740 Query 1741 ATGGTGGTAGAGTTATTTGATAGAATGGTTAAGTCCAGAGTAAGGCCAGATGAGATTACA 1800 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 GTGGTGGTAGAGTTATTTGATAGAATGGTTAAGTCCAGAGTAAGGCCAGATGAGATTACA 1800 Query 1801 TTCATCTCATTGTTATGTGGTTGTAGCAAATCCCAAATGGTGAGACAAGGTTTGATGTAC 1860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1801 TTCATCTCATTGTTATGTGGTTGTAGCAAATCCCAAATGGTGAGACAAGGTTTGATGTAC 1860 Query 1861 TTTAGCAAAATGGAGGATTATGGTGTTACCCCAAACTTGAAGCACTATGCGTGCGTGGTT 1920 || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 TTCAGCAAAATGGAAGAGTATGGTGTTACCCCAAACTTGAAGCACTATGCGTGCGTGGTT 1920 Query 1921 GATTTGCTAGGCCGTGCAGGCGAGTTACAAGAAGCACACAAGTTTATTCAGAAAATGCCA 1980 |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1921 GATTTGCTTGGCCGTGCAGGCGAATTACAAGAAGCACACAATTTTATTCAGAAAATGCCA 1980 Query 1981 GTAACACCAGATCCAGCCGTATGGGGAGCTTTGCTTAATGCATGCAGGATTCACCACAAA 2040 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1981 GTAACACCAGATCCAGCCGTATGGGGAGCTATGCTTAATGCATGCAGGATTCACCACAAC 2040 Query 2041 ATTGATCTTGGTGAGCTATCAGCGCAACATATATTTGAGCTGGACAA-GAAAAGTGTTGG 2099 |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | || ||||||| Sbjct 2041 ATTGATCTTGGTGAGCTATCAGCGCAGCGTATATTTGAGCTGGACAAAGGAA-GTGTTGG 2099 Query 2100 CTATTACATTCTGTTATGTAATCTGTATGCTGATTGTGGAAAATGGAGAGAAGTTGCAAA 2159 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 CTATTACATTCTGTTATGTAATCTGTATGCTGATTGTGGAAAATGGAGAGAAGTTGCAAA 2159 Query 2160 AGTGAGAAGAATGATGAAAGAAAACGGGCTAACAGTTGATGCAGGATGCAGTTGGGTTGA 2219 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 AGTGAGGAGAATGATGAAAGAAAACGGGCTAACAGTTGATGCAGGATGCAGTTGGGTTGA 2219 Query 2220 AGTAAAGGGTAAAGTTCACGCCTTTCTTAGCGATGACAAGTACCATCCTCAAACAAAAGA 2279 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2220 GGTAAAGGGTAAAGTTCATGCCTTTCTTAGCGATGACAAGTACCATCCTCAAACAAAAGA 2279 Query 2280 GATCAACACTGTTTTAGAGGGGTTCTATGAGAAAATGAGTGAAGTTGGGCTTACTAAAAT 2339 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || Sbjct 2280 GATCAACACTGTTTTAGAGGGGTTCTATGAGAAAATGAGTGAAGTTGGGCTAACTACAAG 2339 Query 2340 TTCAGAATCGAGTTCTATGGATGAGACAGAGATTTCGAGAGATGAGATATTCTGTGGACA 2399 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2340 TTCAGAATCAAGTTCTATGGATGAGACAGAGATTTCGAGAGATGAGATATTCTGTGGACA 2399 Query 2400 TAGCGAGAGAAAGGCCATTGCATTTGGTCTGATCAACACGGTCCCAGGAATGCCAATTTG 2459 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2400 TAGCGAGAGAAAGGCCATTGCATTCGGTCTGATCAACACGGTCCCAGGAATGCCTATTTG 2459 Query 2460 GGTAACAAAGAATCTCAGTATGTGTGAAAATTGCCATGATACAGTAAAGTTCATCTCCAA 2519 ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2460 GGTAACAAAGAATCTAAATATGTGTGAAAGTTGCCATGATACAGTAAAGTTCATCTCCAA 2519 Query 2520 AACAGTAAGAAGAGAAATCTCAGTAAGAGATGCTGAGCATTTCCACCACTTTAAAGATGG 2579 ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2520 AACAGTAAGAAGAGAAATCTCGGTTAGAGATTCTGAGCATTTCCACAACTTTAAAGATGG 2579 Query 2580 AGAATGTTCATGTGGAGATTAG 2601 ||||||||||||||||| |||| Sbjct 2580 AGAATGTTCATGTGGAGGTTAG 2601 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 98082380875 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5