BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G15520.1
Length=4558
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471753 jgi|Araly1|471753|fgenesh2_kg.1__1707__AT1G15520.1 7204 0.0
> Ahg471753 jgi|Araly1|471753|fgenesh2_kg.1__1707__AT1G15520.1
Length=4408
Score = 7204 bits (3901), Expect = 0.0
Identities = 4261/4434 (96%), Gaps = 28/4434 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 118 aaaaagaagaagaCTTTGATTTCTTGGATACAAAATGGAGGGAACTAGTTTTCACCAAGC 177
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 AAAAAGAAGAAGGCTTTGATTTCTTGGATACAAAATGGAGGGAACTAGTTTTCAGAAAGC 60
Query 178 GAGTAATAGTATGAGAAGAAACTCATCGGTGTGGAAGAAAGATTCAGGAAGGGAGATTTT 237
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 GAGTAATAGTTTGAGAAGAAACTCATCGGTGTGGAGGAAAGATTCAGGAATGGAGATTTT 120
Query 238 CTCGAGGTCATCTAGAGAAGAAGACGATGAAGAAGCTTTGAGATGGGCTGCTCTTGAGAA 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 CTCGAGGTCATCTAGAGAAGAAGACGATGAAGAAGCTCTGAGATGGGCTGCTCTAGAGAA 180
Query 298 GCTTCCCACTTTTGATCGTCTCAGGAAAGGAATCCTAACTGCCTCACATGCCGGAGGACC 357
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 181 GCTTCCCACTTTTGATCGTCTCAGGAAAGGAATTCTCACTGCCTCACATGCCGGTGGAGC 240
Query 358 CATCAACGAGATCGATATTCAGAAGCTTGGGTTTCAAGATACTAAGAAACTGCTAGAGAG 417
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 241 TATCAACGAGATCGATATTCAAAAGCTTGGGTTTCAAGATACGAAGAAACTGCTAGAGAG 300
Query 418 GCTCATCAAAGTCGGTGACGATGAGCATGAGAAACTCCTCTGGAAACTCAAGAAACGTAT 477
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCTCATCAAAGTCGGTGACGATGAGCACGAGAAACTCCTCTGGAAACTCAAGAAACGTAT 360
Query 478 CGATAGAGTTGGAATCGATCTTCCGACAATAGAAGTTCGGTTTGATCATCTAAAAGTTGA 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGATAGAGTTGGAATCGATCTTCCGACAATAGAAGTTCGGTTTGATCATCTAAAAGTTGA 420
Query 538 AGCAGAGGTTCATGTTGGAGGCAGAGCTTTACCTACGTTCGTCAATTTCATCTCCAATTT 597
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 421 AGCAGAGGTTCATGTTGGAGGCAGGGCTTTGCCTACGTTCGTTAATTTCATCTCCAATTT 480
Query 598 TGCTGATAAGTTCCTGAATACTCTGCATCTTGTTCCGAACCGAAAGAAGAAGTTCACTAT 657
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGTGATAAGTTCCTGAATACTCTGCATCTTGTTCCGAACCGGAAGAAGAAGTTCACTAT 540
Query 658 ACTCAACGACGTCAGCGGAATCGTCAAGCCTGGCAGGATGGCTCTGCTTTTGGGTCCTCC 717
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCTCAACGACGTCAGCGGAATCGTCAAGCCTGGCAGGATGGCTCTGCTTTTGGGTCCTCC 600
Query 718 AAGTTCTGGGAAAACGACCCTCTTGCTTGCCTTGGCGGGAAAGCTTGATCAAGAACTAAA 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 601 AAGTTCTGGGAAAACGACCCTCTTGCTTGCCTTGGCGGGAAAGCTTGATCTTGAACTAAA 660
Query 778 GCAAACTGGAAGAGTGACATACAATGGTCATGGAATGAACGAGTTTGTGCCACAAAGAAC 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GCAAACTGGAAGAGTGACATACAATGGTCATGGAATGAACGAGTTTGTGCCACAAAGAAC 720
Query 838 AGCTGCATATATCGGCCAAAACGATGTTCATATCGGTGAGATGACTGTTCGTGAGACTTT 897
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 721 AGCTGCGTATATCGGCCAAAACGATGTTCATATCGGTGAAATGACCGTTCGAGAGACTTT 780
Query 898 TGCTTACGCAGCTCGCTTCCAAGGTGTTGGTTCGCGTTATGACATGTTGACAGAGTTGGC 957
|||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 781 TGCTTATGCCGCTCGCTTCCAAGGTGTCGGTTCGCGTTATGACATGTTGACTGAATTGGC 840
Query 958 AAGAAGAGAGAAAGAAGCAAACATCAAACCTGACCCTGATATTGATATATTCATGAAGGC 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 841 AAGAAGAGAGAAAGAAGCAAACATCAAACCTGACGCTGATGTTGATGTATTCATGAAGGC 900
Query 1018 GATGTCAACAGCAGGTGAAAAAACAAATGTGATGACAGATTATATCCTCAAGATCTTAGG 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AATGTCAACAGCAGGTGAAAAAACAAATGTGATGACAGATTATATCCTCAAGATCTTAGG 960
Query 1078 ACTTGAGGTCTGTGCAGACACTATGGTCGGCGATGATATGTTGAGAGGCATCTCCGGAGG 1137
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 961 ACTTGAGGTCTGCGCAGACACTATGGTCGGCGATGATATGTTGAGAGGCATTTCTGGAGG 1020
Query 1138 ACAAAAGAAGCGTGTCACTACTGGTGAAATGCTGGTTGGACCGTCTAGGGCTCTGTTCAT 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACAAAAGAAGCGTGTCACTACTGGTGAAATGCTGGTTGGACCGTCTAGGGCTCTGTTCAT 1080
Query 1198 GGATGAGATATCGACTGGTTTAGATAGTTCAACGACTTACCAGATAGTGAACTCCCTCAG 1257
||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGACGAGATATCAACTGGTTTAGATAGCTCAACGACATACCAGATAGTGAACTCCCTCAG 1140
Query 1258 AAACTATGTTCATATCTTCAATGGGACAGCTCTGATCTCTCTCCTTCAGCCTGCGCCAGA 1317
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAACTATGTTCATATCTTCAATGGAACAGCTCTGATCTCTCTCCTTCAGCCTGCGCCAGA 1200
Query 1318 GACATTCAATCTCTTCGATGATATCATTCTCATTGCAGAAGGCGAGATCATCTACGAGGG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GACATTCAATCTCTTCGATGATATCATTCTCATTGCAGAAGGCGAGATCATCTACGAGGG 1260
Query 1378 CCCTCGTGATCACGTTGTGGAGTTCTTTGAGACCATGGGATTCAAATGTCCTCCAAGAAA 1437
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CCCTCGTGATTACGTCGTGGAGTTCTTTGAGACCATGGGATTCAAATGTCCTCCAAGAAA 1320
Query 1438 AGGCGTTGCTGATTTCCTTCAAGAAGTGACATCAAAGAAAGACCAAATGCAGTACTGGGC 1497
||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGGGGTCGCTGATTTCCTCCAAGAAGTGACATCAAAGAAAGACCAAATGCAGTACTGGGC 1380
Query 1498 ACGACGTGATGAGCCTTACAGGTTCATTAGAGTGAGAGAGTTTGCAGAGGCGTTTCAATC 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACGACGTGATGAGCCTTACAGGTTCATTAGAGTGAGGGAGTTTGCAGAGGCGTTTCAATC 1440
Query 1558 ATTCCACGTTGGCCGGAGAATCGGAGATGAGCTTGCTTTGCCCTTTGACAAGACAAAGAG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ATTCCACGTTGGCCGGAGAATCGGAGATGAGCTTGCTTTGCCCTTTGACAAGACAAAGAG 1500
Query 1618 CCATCCGGCTGCTCTAACCACCAAGAAATACGGAGTTGGGATTAAAGAACTTGTCAAGAC 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CCATCCGGCTGCTCTAACCACCAAGAAATACGGAGTTGGGATTAAAGAACTTGTCAAGAC 1560
Query 1678 CAGCTTCTCAAGAGAATACTTACTCATGAAAAGAAACTCCTTTGTTTACTACTTCAAGTT 1737
||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CAGCTTCGCCAGAGAATACCTACTCATGAAAAGAAACTCCTTTGTTTACTACTTCAAGTT 1620
Query 1738 TGGACAACTGCTGGTAATGGCATTTTTGACAATGACGTTGTTCTTTCGGACGGAGATGCA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1621 TGGACAACTGCTGGTAATGGCATTTTTGACAATGACGTTGTTCTTTCGGACAGAGATGCA 1680
Query 1798 AAAGAAGACTGAGGTTGATGGGAGTCTCTACACTGGAGCCTTGTTCTTCATCCTTATGAT 1857
|||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1681 AAAGAAAACTGTGGTGGATGGGAGTCTCTACACTGGAGCCTTGTTCTTCCTCCTAATGAT 1740
Query 1858 GCTCATGTTCAATGGAATGTCTGAACTTTCAATGACCATAGCAAAACTTCCTGTGTTTTA 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GCTCATGTTCAATGGAATGTCTGAACTTTCAATGACCATTGCAAAACTTCCTGTGTTTTA 1800
Query 1918 CAAACAAAGAGATCTCCTCTTCTACCCTGCATGGGTGTACTCTCTGCCTCCTTGGCTCCT 1977
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CAAACAACGAGATCTCCTCTTCTACCCTGCATGGGTGTACTCTCTGCCTCCTTGGCTCCT 1860
Query 1978 CAAGATACCTATAAGCTTCATGGAAGCCGCTCTCACAACATTCATCACTTACTATGTCAT 2037
|||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1861 CAAGATCCCTATAAGCTTCATTGAAGCTGCTCTGACAACATTCATCACTTACTACGTTAT 1920
Query 2038 CGGCTTTGATCCCAACGTTGGAAGGCTGTTTAAGCAGTATATTCTCCTCGTGCTCATGAA 2097
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1921 CGGTTTTGATCCCAACGTTGGAAGGCTGTTTAAGCAGTATATTCTGCTCGTGCTCATGAA 1980
Query 2098 CCAAATGGCTTCAGCATTGTTTAAGATGGTGGCAGCATTGGGAAGAAACATGATCGTTGC 2157
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 CCAGATGGCTTCAGCATTGTTTAAGATGGTGGCAGCATTGGGAAGAAACATGATCGTTGC 2040
Query 2158 AAATACATTTGGTGCATTTGCGATGCTCGTCTTCTTTGCCTTGGGTGGTGTGGTACTTTC 2217
||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AAACACATTTGGCGCATTTGCGATGCTTGTCTTCTTTGCCTTGGGTGGTGTGGTACTTTC 2100
Query 2218 ACGAGACGACATTAAGAAGTGGTGGATATGGGGTTACTGGATCTCCCCAATAATGTATGG 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 ACGAGACGACATTAAGAAGTGGTGGATATGGGGCTACTGGATCTCCCCAATAATGTATGG 2160
Query 2278 ACAGAACGCGATCCTAGCCAATGAGTTCTTTGGACACAGCTGGAGTCGAGCTGTCGAAAA 2337
||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2161 ACAGAACGCGATCTTGGCCAACGAGTTCTTCGGACACAGCTGGAGTCGAGCTGTCCCAAT 2220
Query 2338 CTCGAGCGAAACACTTGGAGTTACTTTCCTTAAGTCTCGTGGGTTCTTACCCCATGCATA 2397
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2221 CTCGAGTGAAACACTTGGAGTTACTTTCCTTAAGTCTCGTGGGTTCTTACCACATGCATA 2280
Query 2398 CTGGTACTGGATTGGAACTGGAGCCTTACTTGGGTTCGTCGTGTTATTCAATTTTGGTTT 2457
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2281 CTGGTATTGGATTGGAACTGGAGCCTTACTTGGGTTCGTCGTGTTGTTCAATTTTGGTTT 2340
Query 2458 CACGCTGGCTCTGACGTTTCTGAACTCCTTGGGAAAGCCTCAAGCTGTTATTGCAGAAGA 2517
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 CACGCTGGCTCTGACGTTTCTAAACTCCTTGGGAAAGCCTCAAGCTGTTATTGCAGAAGA 2400
Query 2518 GCCTGCGAGTGATGAGACAGAACTTCAGTCTGCTAGGTCAGAAGGTGTAGTTGAAGCTGG 2577
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 GCCTGCGAGTGATGAGACAGAACTTCAGTCGGCTCGGACAGAAGGTGTAGTTGAAGCTGG 2460
Query 2578 TGCCAATAAGAAAAGAGGGATGGTGCTTCCATTTGAGCCACATTCAATTACCTTCGACAA 2637
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 TGCCAATAAGAAAAGAGGAATGGTGCTTCCATTTGAGCCACATTCAATTACCTTCGACAA 2520
Query 2638 TGTTGTATACTCAGTTGACATGCCCCAGGAAATGATAGAGCAAGGCACACAAGAAGACAG 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 TGTTGTATACTCAGTTGACATGCCCCAGGAAATGATAGAGCAAGGCACACAAGAAGACAG 2580
Query 2698 ACTTGTCCTGTTGAAAGGTGTGAATGGTGCATTCAGGCCAGGCGTGCTCACGGCTCTCAT 2757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2581 ACTTGTCCTGTTGAAAGGTGTGAATGGTGCATTCAGGCCAGGCGTGCTTACGGCTCTCAT 2640
Query 2758 GGGTGTCTCTGGAGCTGGCAAAACCACTCTGATGGATGTTCTTGCCGGAAGGAAAACCGG 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 GGGTGTCTCTGGAGCTGGCAAAACCACTCTGATGGATGTTCTTGCCGGAAGGAAAACCGG 2700
Query 2818 TGGTTATATTGATGGCAACATCACCATTTCCGGTTACCCTAAGAATCAACAAACATTTGC 2877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 TGGTTATATTGATGGCAACATCACCATTTCCGGTTACCCTAAGAATCAACAAACATTTGC 2760
Query 2878 CCGTATCTCAGGATACTGTGAACAAACTGATATCCATTCCCCACATGTCACTGTTTACGA 2937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 CCGTATCTCAGGATACTGTGAACAAACTGATATCCATTCCCCACATGTCACTGTTTACGA 2820
Query 2938 GTCCTTGGTTTACTCAGCCTGGCTCCGATTACCTAAAGAAGTTGATAAAAACAAGAGAAA 2997
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2821 GTCCTTGGTTTACTCAGCCTGGCTCCGATTACCTAAAGAAGTTGATTCAAACAAGAGAAA 2880
Query 2998 GATATTCATAGAGGAAGTGATGGAGCTGGTGGAGTTAACGCCGCTGAGGCAAGCACTGGT 3057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 GATATTCATAGAGGAAGTGATGGAGCTGGTGGAGTTAACGCCGCTGAGGCAAGCACTGGT 2940
Query 3058 TGGACTACCTGGTGAGAGCGGTTTGTCAACAGAGCAAAGAAAGAGACTGACCATTGCGGT 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 TGGACTACCTGGTGAGAGCGGTTTGTCAACAGAGCAAAGAAAGAGACTGACCATTGCGGT 3000
Query 3118 GGAGCTGGTTGCAAATCCTTCCATCATATTCATGGATGAACCTACTTCAGGATTGGATGC 3177
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3001 GGAGCTGGTTGCAAACCCTTCCATCATCTTCATGGATGAACCTACTTCAGGATTGGATGC 3060
Query 3178 ACGAGCTGCTGCCATCGTTATGAGGACTGTAAGGAACACAGTTGACACTGGTAGAACAGT 3237
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3061 ACGAGCTGCTGCCATCGTTATGAGGACTGTGAGGAACACGGTTGACACTGGCAGAACTGT 3120
Query 3238 CGTCTGCACCATTCACCAGCCTAGCATCGACATCTTTGAAGCCTTTGATGAGTTGTTCCT 3297
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 3121 CGTCTGCACCATTCACCAGCCTAGCATCGACATATTTGAAGCCTTCGATGAGTTGTTCTT 3180
Query 3298 ACTTAAGCGTGGAGGTGAGGAGATATACGTTGGACCTCTTGGCCACGAATCAACCCATTT 3357
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3181 ACTTAAGCGTGGAGGTGAGGAGATCTACGTTGGACCTCTTGGCCACGAATCAACCCATTT 3240
Query 3358 GATCAACTATTTTGAGAGTATTCAAGGAATCAACAAGATCACAGAAGGATACAACCCAGC 3417
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3241 GATCAACTATTTTGAGAGTATTCAAGGAATCAGCAAGATCACAGAAGGGTACAACCCAGC 3300
Query 3418 AACCTGGATGCTTGAAGTCTCAACCACATCTCAAGAAGCGGCTTTAGGAGTCGATTTCGC 3477
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3301 AACCTGGATGCTTGAAGTCTCAAACACATCTCAAGAAGCGGCTTTAGGAGTCGATTTCGC 3360
Query 3478 CCAAGTCTACAAAAATTCAGAACTTTACAAGAGAAACAAGGAGCTAATCAAGGAGCTAAG 3537
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3361 CCAACTCTACAAAAATTCAGAACTTTACAAGAGAAACAAGGAGCTTATCAAGGAGCTAAG 3420
Query 3538 CCAGCCAGCTCCAGGATCAAAAGATTTATATTTCCCAACACAATACTCTCAATCGTTCTT 3597
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3421 CCAGCCAGCTCCAGGATCAAAAGATCTGTATTTCCCAACACAATACTCACAATCGTTCTG 3480
Query 3598 GACACAATGTATGGCTTCTCTATGGAAACAACACTGGTCCTACTGGAGAAATCCTCCTTA 3657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 3481 GACACAATGTATGGCTTCTCTATGGAAACAACACTGGTCCTACTGGAGAAACCCGCCTTA 3540
Query 3658 CACAGCCGTGAGATTCCTCTTCACAATCGGCATTGCTCTTATGTTCGGCACAATGTTCTG 3717
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3541 CACCGCCGTGAGATTCCTCTTCACAATCGGCATTGCTCTCATGTTCGGCACAATGTTCTG 3600
Query 3718 GGACCTTGGAGGCAAAACGAAAACGAGACAGGATTTATCGAATGCAATGGGTTCAATGTA 3777
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3601 GGACCTTGGAGGCAAAACGAAAACGACACAGGATTTATCCAATGCAATGGGTTCAATGTA 3660
Query 3778 CACAGCTGTTCTCTTCCTCGGATTACAAAACGCAGCTTCAGTGCAACCAGTCGTCAACGT 3837
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3661 CACAGCTGTTCTCTTCCTCGGATTACAAAACGCCGCTTCAGTGCAACCAGTCGTCAACGT 3720
Query 3838 CGAAAGAACTGTCTTTTACCGAGAACAAGCCGCCGGAATGTACTCCGCCATGCCTTATGC 3897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3721 CGAAAGAACTGTCTTTTACCGAGAACAAGCCGCCGGAATGTACTCCGCCATGCCTTATGC 3780
Query 3898 TTTCGCTCAGGTTTTCATCGAGATCCCATACGTTCTCGTGCAAGCGATAGTGTACGGTCT 3957
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3781 TTTCGCTCAGGTTTTCATCGAGATCCCATACGTTTTCGTGCAAGCGATTGTGTACGGTCT 3840
Query 3958 CATAGTGTACGCTATGATAGGATTCGAGTGGACGGCGGTGAAGTTCTTCTGGTACCTCTT 4017
|||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3841 CATAGTGTACGCAATGATAGGGTTCGAGTGGACAGCGGTGAAGTTCTTCTGGTACCTCTT 3900
Query 4018 CTTTATGTACGGATCATTCTTAACTTTCACCTTCTACGGAATGATGGCTGTAGCTATGAC 4077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 3901 CTTTATGTACGGATCATTCTTAACTTTCACCTTCTACGGCATGATGGCTGTTGCTATGAC 3960
Query 4078 GCCTAACCACCACATCGCCTCCGTCGTCTCCTCCGCTTTCTACGGCATCTGGAATCTCTT 4137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3961 GCCTAACCACCACATCGCCTCCGTCGTCTCCTCCGCTTTCTACGGCATCTGGAATCTCTT 4020
Query 4138 CTCCGGCTTCCTCATCCCTCGTCCCAGTATGCCTGTGTGGTGGGAATGGTACTACTGGCT 4197
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4021 CTCCGGCTTCCTCATCCCTCGTCCCAGTATGCCGGTATGGTGGGAATGGTACTACTGGCT 4080
Query 4198 TTGCCCAGTTGCATGGACATTGTATGGATTAATCGCATCACAGTTCGGTGATATTACAGA 4257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4081 TTGCCCAGTTGCATGGACATTGTATGGATTAATCGCATCACAGTTCGGTGATATTACAGA 4140
Query 4258 ACCTATGGCAGATAGTAATATGAGTGTGAAGCAATTCATTAGAGAATTCTATGGATATAG 4317
||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4141 ACCTATGGCGGATGGTAC---GAGTGTGAAGCAATTCATTAGAGATTTCTATGGATATAG 4197
Query 4318 AGAAGGTTTCTTGGGTGTGGTTGCCGCCATGAACGTCATCTTTCCTTTGCTCTTTGCCGT 4377
||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 4198 AGAAGGTTTCTTGGGAGTTGTCGCCGCCATGAACGTCATCTTCCCATTGCTCTTTGCCGT 4257
Query 4378 TATCTTTGCTATCGGAATCAAGAGTTTCAATTTCCAAAAACGATAGACAGTTTATAGTTT 4437
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4258 TATCTTTGCTGTTGGAATCAAGAGTTTCAATTTCCAAAAACGATAGACAGTTTATT-TTT 4316
Query 4438 TGCA-TTCTATTTCATGTAACACAAATAAAAAGAGACTTTTTGTTTATATGCTATTCTTT 4496
|||| ||||||||| ||||||| | ||| ||||| ||||||||
Sbjct 4317 TGCAATTCTATTTCCTGTAACA----------G----TTT------ATATGTTATTCTTT 4356
Query 4497 CTATTTTT-GTAATGCCGTATTGATATTAATAAAAGGATGATCAACAACACTGG 4549
|| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4357 CTCTTTTTTGTAATGCCATATTGATA--AATAAAAGGATGATCAACAACACTGG 4408
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 172438863263
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5