BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G15690.1
Length=2772
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920472 jgi|Araly1|920472|scaffold_101753.1 3873 0.0
> Ahg920472 jgi|Araly1|920472|scaffold_101753.1
Length=2353
Score = 3873 bits (2097), Expect = 0.0
Identities = 2273/2359 (96%), Gaps = 8/2359 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 102 tttCTCTTATACGGAGGAGAGAAGATGGTGGCGCCTGCTTTGTTACCGGAGCTCTGGACG 161
|||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTCTCTTAT-CGGA-G-GAG-AGATGGTGGCGCCTGCTTTATTACCGGAGCTCTGGACG 56
Query 162 GAGATCCTTGTACCGATTTGTGCGGTGATTGGTATCGCCTTTTCGCTTTTCCAATGGTAC 221
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 57 GAGATCCTTGTACCGATTTGTGCGGTGATTGGTATCGCGTTTTCGCTTTTCCAATGGTAC 116
Query 222 GTTGTATCTCGCGTGAAACTCACCTCTGACCTCGGCGCATCGTCTTCCGGTGGAGCTAAC 281
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 117 GTTGTATCTCGCGTGAAACTCACCACTGACCTCGGCGCATCGTCTTCTGGTGGAGCTAAC 176
Query 282 AATGGGAAGAATGGATACGGTGATTATCTAATCGAGGAAGAGGAAGGTGTTAATGACCAG 341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 AATGGGAAGAATGGATACGGTGATTATCTAATCGAGGAAGAGGAAGGTGTTAATGACCAG 236
Query 342 AGTGTTGTCGCTAAGTGCGCTGAGATTCAGACTGCTATTTCCGAAGGTGCAACTTCATTC 401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 237 AGTGTTGTCGCTAAGTGCGCTGAGATTCAGACTGCTATATCTGAAGGTGCAACTTCATTC 296
Query 402 CTATTCACGGAGTACAAATATGTTGGTGTCTTCATGATTTTCTTTGCTGCTGTTATCTTT 461
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CTGTTCACGGAGTACAAATATGTTGGTGTCTTCATGATTTTCTTTGCTGCTGTTATCTTT 356
Query 462 GTTTTCCTCGGCTCTGTTGAGGGATTCAGCACTGATAACAAGCCTTGTACTTACGACACC 521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 GTTTTCCTCGGCTCTGTTGAGGGATTCAGCACTGATAACAAGCCTTGTACTTACGACACC 416
Query 522 ACCAGAACCTGCAAGCCTGCATTGGCTACTGCAGCTTTCAGTACCATTGCTTTCGTGCTT 581
|||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 ACCAGAACTTGCAAGCCTGCATTGGCTACTGCTGGTTTCAGTACCATTGCTTTCGTGCTT 476
Query 582 GGTGCTGTTACCTCTGTTCTATCTGGTTTCCTTGGGATGAAGATTGCTACATACGCTAAT 641
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GGTGCTGTTACCTCTGTTCTCTCTGGTTTCCTTGGGATGAAGATTGCTACATACGCTAAT 536
Query 642 GCTAGGACCACTTTGGAGGCGAGGAAAGGTGTTGGAAAGGCGTTCATTGTTGCATTCAGG 701
||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GCTAGAACCACCTTGGAAGCGAGGAAAGGTGTTGGAAAGGCGTTCATTGTTGCATTCAGG 596
Query 702 TCTGGTGCTGTGATGGGTTTCCTTCTTGCAGCGAGTGGTCTATTGGTGCTTTACATTACT 761
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 597 TCTGGTGCTGTGATGGGATTCCTGCTTGCAGCGAGTGGTTTGTTGGTGCTTTACATTACT 656
Query 762 ATCAATGTGTTCAAGATCTATTACGGAGATGACTGGGAAGGTCTTTTTGAGGCTATTACT 821
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 657 ATCAATGTGTTCAAGATCTATTATGGAGATGACTGGGAAGGTCTGTTTGAGGCTATTACT 716
Query 822 GGTTATGGTCTTGGTGGGTCTTCCATGGCTCTCTTTGGCCGTGTTGGTGGTGGGATCTAC 881
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GGTTACGGGCTTGGTGGGTCTTCCATGGCTCTCTTTGGCCGTGTTGGTGGTGGGATCTAC 776
Query 882 ACTAAGGCTGCTGATGTCGGCGCTGACCTTGTCGGTAAAATTGAGAGGAATATTCCAGAG 941
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 777 ACTAAGGCAGCTGATGTTGGCGCTGACCTTGTCGGTAAAATTGAGAGGAATATTCCTGAG 836
Query 942 GATGATCCAAGAAACCCAGCTGTCATTGCTGATAATGTCGGTGACAATGTTGGTGACATT 1001
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GATGATCCAAGAAACCCTGCTGTCATTGCTGATAATGTCGGTGACAATGTTGGTGACATT 896
Query 1002 GCTGGTATGGGATCTGATCTCTTTGGATCATATGCTGAAGCATCATGCGCTGCTCTTGTT 1061
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 897 GCTGGTATGGGATCTGATCTCTTTGGGTCATATGCTGAAGCATCATGTGCTGCTCTTGTT 956
Query 1062 GTTGCCTCGATCTCATC-TTTCGGAATCAACCACGACTTCACTGCCATGTGCTACCCATT 1120
||||| || ||||| || ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GTTGCTTCCATCTCTTCGTTT-GGAATCAACCACGATTTCACTGCCATGTGCTACCCATT 1015
Query 1121 GCTCATCAGTTCAATGGGAATCTTGGTTTGTTTGATCACAACTCTCTTTGCCACTGACTT 1180
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 1016 GCTCATCAGTTCAATGGGGATCTTGGTTTGTTTGATCACAACTCTCTTCGCCACCGATTT 1075
Query 1181 CTTTGAGATTAAGCTTGTCAAGGAGATTGAACCAGCATTGAAGAACCAGCTCATTATCTC 1240
||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1076 CTTTGAGATCAAGGTTGTTAAGGAGATTGAACCGGCATTGAAGAATCAGCTCATCATCTC 1135
Query 1241 AACTGTTATTATGACTGTTGGTATTGCTATTGTGTCATGGGTTGGCTTACCGACCTCCTT 1300
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1136 AACTGTTATTATGACTGTTGGAATTGCTATTGTGTCATGGGTTGGCTTGCCGACCTCCTT 1195
Query 1301 TACCATCTTCAACTTTGGAACACAAAAAGTTGTCAAGAACTGGCAGCTATTCCTTTGTGT 1360
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1196 CACCATTTTCAACTTTGGAACACAAAAAGTTGTCAAGAACTGGCAGCTATTCCTGTGTGT 1255
Query 1361 TTGTGTTGGTCTTTGGGCTGGACTCATTATTGGTTTCGTCACTGAGTACTACACTAGTAA 1420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 1256 TTGTGTTGGTCTTTGGGCTGGACTCATTATTGGTTTCGTCACCGAATACTACACTAGCAA 1315
Query 1421 CGCCTACAGCCCTGTGCAAGATGTTGCAGATTCATGCAGAACTGGTGCAGCTACCAATGT 1480
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CGCATACAGCCCCGTGCAAGATGTTGCAGATTCATGCAGAACTGGTGCAGCTACCAATGT 1375
Query 1481 TATCTTCGGCCTTGCTCTTGGTTACAAATCCGTCATTATTCCAATCTTTGCTATTGCTAT 1540
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1376 TATATTCGGACTTGCTCTTGGTTACAAATCCGTCATTATTCCAATCTTTGCAATTGCTAT 1435
Query 1541 CAGTATATTCGTTAGCTTCAGCTTTGCTGCTATGTATGGTGTTGCTGTTGCTGCTCTTGG 1600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CAGTATATTCGTTAGCTTCAGCTTTGCTGCTATGTATGGTGTTGCTGTTGCTGCTCTTGG 1495
Query 1601 TATGCTCAGTACCATTGCCACTGGTTTGGCAATTGATGCTTATGGTCCCATCAGTGACAA 1660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1496 CATGCTCAGTACCATTGCCACTGGTTTGGCAATTGATGCTTACGGTCCCATCAGTGACAA 1555
Query 1661 TGCTGGTGGTATTGCTGAAATGGCTGGAATGAGCCACCGCATCCGTGAAAGAACTGATGC 1720
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TGCTGGTGGTATTGCTGAAATGGCTGGTATGAGCCACCGCATCCGTGAAAGAACTGATGC 1615
Query 1721 TCTTGATGCCGCTGGAAACACCACTGCTGCTATTGGAAAGGGATTTGCCATTGGCTCTGC 1780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TCTTGATGCCGCTGGAAACACCACTGCTGCTATTGGAAAGGGATTTGCCATTGGCTCTGC 1675
Query 1781 TGCCCTAGTCTCCTTGGCTCTCTTTGGTGCCTTTGTGAGCCGTGCAGGGATCCACACCGT 1840
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TGCCCTAGTCTCCTTGGCTCTGTTTGGTGCCTTTGTGAGCCGTGCAGGGATCCACACCGT 1735
Query 1841 AGATGTTTTGACCCCTAAAGTTATCATTGGGCTCCTTGTTGGTGCCATGCTTCCTTACTG 1900
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GGATGTTTTGACCCCTAAAGTTATCATTGGGCTGCTTGTTGGTGCCATGCTTCCTTACTG 1795
Query 1901 GTTCTCTGCCATGACAATGAAGAGTGTGGGAAGTGCAGCTCTTAAGATGGTTGAAGAAGT 1960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GTTCTCTGCCATGACAATGAAGAGTGTGGGAAGTGCAGCTCTTAAGATGGTTGAAGAAGT 1855
Query 1961 TCGCAGGCAGTTCAACACCATCCCTGGACTTATGGAAGGAACCGCAAAACCAGACTACGC 2020
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1856 TCGCAGGCAGTTCAACACCATCCCTGGACTCATGGAAGGAACCGCAAAACCCGACTACGC 1915
Query 2021 CACATGTGTCAAGATCTCCACCGATGCTTCCATCAAGGAAATGATACCTCCTGGTTGCCT 2080
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1916 CACATGTGTCAAGATCTCCACCGATGCATCCATCAAGGAAATGATTCCTCCTGGTTGCCT 1975
Query 2081 TGTCATGCTCACACCTCTCATTGTTGGTTTCTTCTTTGGAGTTGAGACCCTCTCTGGTGT 2140
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 TGTCATGCTTACACCTCTCATTGTTGGATTCTTCTTTGGGGTTGAGACCCTCTCTGGTGT 2035
Query 2141 CCTCGCCGGATCTCTTGTATCCGGTGTTCAGATCGCCATATCAGCATCTAACACTGGTGG 2200
|||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TCTCGCCGGCTCTCTTGTCTCTGGTGTTCAGATCGCCATATCAGCATCTAACACTGGTGG 2095
Query 2201 TGCCTGGGACAACGCCAAGAAATACATCGAGGCTGGTGTATCAGAGCACGCAAAGAGCCT 2260
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TGCCTGGGACAACGCCAAGAAATACATTGAGGCTGGTGTATCAGAGCACGCAAAGAGCCT 2155
Query 2261 TGGACCAAAGGGTTCAGAGCCACACAAGGCAGCTGTGATTGGAGACACAATTGGAGACCC 2320
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TGGGCCAAAGGGATCAGAGCCACACAAGGCAGCTGTGATTGGAGACACAATTGGAGACCC 2215
Query 2321 ATTGAAGGATACTTCAGGACCTTCATTGAACATCCTCATCAAGCTCATGGCTGTTGAGTC 2380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 ATTGAAGGATACTTCAGGACCTTCATTGAACATCCTCATCAAGCTCATGGCTGTTGAGTC 2275
Query 2381 TCTTGTCTTTGCTCCCTTCTTCGCCACTCACGGTGGTATCCTTTTCAAGTACTTCTAAAC 2440
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2276 TCTCGTCTTTGCTCCCTTCTTTGCCACTCACGGTGGTATCCTTTTCAAGTACCTCTAAAC 2335
Query 2441 TCAATCCGAG-Ggaagaag 2458
|||||||||| ||| ||||
Sbjct 2336 TCAATCCGAGTGGA-GAAG 2353
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104595812770
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5