BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G15740.1
Length=2295
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471769 jgi|Araly1|471769|fgenesh2_kg.1__1723__AT1G15740.1 3306 0.0
> Ahg471769 jgi|Araly1|471769|fgenesh2_kg.1__1723__AT1G15740.1
Length=2260
Score = 3306 bits (1790), Expect = 0.0
Identities = 1985/2077 (96%), Gaps = 21/2077 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCTCACCTTCCTTGTTCAATCACCGTCTCCTCAAAATCACAACACCAACAAAACaaaaaa 60
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||| ||| |||||
Sbjct 1 CCTCACCTTCCTTGTTCAATCACCGTTTCGTCAAAAT-----CA-CAAC--AAC-AAAAA 51
Query 61 aaGGTTTTGATCAAAGAGATCACTGTTAAACC-CTCACAAAATTTCCTCAGGACTAATAA 119
||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||
Sbjct 52 AAGGTTTCGATCAAAGAGATCACTGTTAAACCACT-ATAAAATTTCCTCAGGACTAGTAA 110
Query 120 TCTGCGATCGATCGTCGTTATGATAAGTCTCTAAAGAAGATTGATGATTCTGGATTACAT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 111 TCTGCGATCGATCGTCGTTATGATAAGTCTCTAAAGAAGATTGATGATTCTGGATTACAT 170
Query 180 TATCATGGGAGGAGCTTGTTCAAGGAAGAGAGATCAACAAGTTGAGGATATTTTAAACAG 239
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 171 CATCATGGGAGGAGCTTGCTCAAGGAAGAGAGATCAACAAGTTGAAGATATTTTAAGCAG 230
Query 240 AGGTGTCTCTGGAAAATATAGCAAGAGTTCAAGTTCGAAATGGTTAGCTACTTCGCTCTC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 AGGTGTCTCTGGAAAATATAGCAAGAGTTCAAGTTCGAAATGGTTAGCTACTTCGCTCTC 290
Query 300 TAGGTCTGGCTCCGATGTTAAACGGAAGAATGGAGAATGCCCGTCGCTTATGGAGCTCTG 359
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 TAGGTCTGGCTCGGATGTTAAACGGAAAAATGGAGAATGCCCGTCGCTTATGGAGCTCTG 350
Query 360 TGTCCGCAAGATACAGGAGGACATTGATAGATATACCAAGTTCTCTGACCTACCTAGAGA 419
| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 351 TATCCTCAAGATACAGGAGGACGTAGATAGATATACCAAGTTCTCTGATCTACCTAGAGA 410
Query 420 TATCAGTCAGCAGATTTTTGATGAATTGGTTTATTCCCAGAGGTTAACTTTAAAGTCTCT 479
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 411 TATCAGTCAGCAGATTTTTGATGAATTGGTGTATTCCCAGCGGTTAACTTTAAAGTCTCT 470
Query 480 TGAGGCATTTCGGGACTGTGCAATCCAGGATCTTTACTTGGGGGAATACCCTGGAGTTAA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 TGAGGCATTTCGGGACTGTGCAATCCAGGATCTTTGCTTGGGGGAATACCCTGGAGTTAA 530
Query 540 TGATGACTGGATGGATGTCATCTCCTCGCAAAGTACATCGTTGCTTTCTGTTGATTTTTC 599
|||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 531 TGATGACTGGATAGATGTTATCTCTTCGCAAAGTACATCGTTACTTTCTGTTGATTTTTC 590
Query 600 GGGGTCTGATATCACAGACTCTGGACTGGTTTCTTTAAAAGGTTGCACAAACCTGGAATC 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 GGGGTCTGATATCACAGACTCTGGACTGGTTTCTCTAAAAGGTTGCACAAACCTGGAATC 650
Query 660 TTTAAACTTTAATTTCTGTGACCAGATATCCAACCGTGGGCTTGTGCATCTCAGCGGCCT 719
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 651 CTTAAACTTTAATTTCTGTGATCAGATATCCAACCGTGGGCTCGAGCATCTCAGCGGCCT 710
Query 720 CTCAAATTTGACGAGCCTGAGCTTTAGAAGGAATGCTGCAATCACTGCACAAGGCATGCG 779
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 CTCAAATTTGACAAGCCTGAGCTTCAGAAGGAATGCTGCAATCACTGCACAAGGCATGCG 770
Query 780 TGCATTATCCAACTTGGTTAACTTGAAGAAGCTAGATCTTGAGAAGTGTCCTGGGATTGA 839
||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 771 TGCGTTATCCAACTTGGTTAACATGAAGAAACTAGATCTTGAGAAGTGTCCTGGGATTCA 830
Query 840 CGGTGGGCTTGTTCACCTGCGAG-CTTTAACCAAGCTAGAGTCCTTGAACATAAAGTGGT 898
||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 CGGTGGGCTTGTTCACCTGCGAGAC-TTAACCAAACTAGAGTCCTTGAACATAAAGTGGT 889
Query 899 GTAACTGCATAACTGATGCAGACATGGAGCCTCTTTCAGTACTTACAAATCTGAGGAGCT 958
||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 890 GTAACTGCATAACGGATGCAGATATGGAGCCCCTCTCAGAACTTACAAATCTGCGGAGCT 949
Query 959 TACAGATTTGCTGCAGTAAGATTACCGATATCGGTATTAGCTACCTTAAAGGGCTAAACA 1018
|||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 TACAAATTTGCTGCAGTAGGATTACCGATATTGGTATTAGCTACCTTAAAGGGCTAAACA 1009
Query 1019 AGCTTAATTTATTGAACTTGGAGGGGTGCCGTCATGTTACTGCTGCATGCTTGGACACAC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 AGCTTAATTTATTGAACTTGGAGGGGTGCCGTCATGTTACTGCTGCATGCTTGGACACAC 1069
Query 1079 TCACAGCTCTTGCAGGGTTGATGTATTTGAACCTCAATAGATGTAATTTTTCAGACAGCG 1138
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 TCACAGCTCTTACAGGGTTGATGTTTTTGAACCTCAATAGATGTAATTTTTCAGACAGCG 1129
Query 1139 GGTGTGAAAAGTTTTCTGATTTAATTAATTTGAAGATACTAAACTTGGGCATGAACAACA 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1130 GGTGTGAAAAGTTTTCTGATTTAATTAATTTGAAGATATTAAACTTGGGCATGAACAGCA 1189
Query 1199 TTACAAATTCATGCTTGGTCCACCTGAA-AGGTTTGACAAAGTTGGAAAGCTTGAATTTG 1257
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1190 TTACAAATTCATGCTTGGTCCACCT-AAGAGGTTTGACAAAGTTGGAGAGCTTGAATTTG 1248
Query 1258 GATTCTTGTAGAATTGGTGACGAAGGACTGGTACATTTATCAGGTATGCTTGAGTTGAAA 1317
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 GATTCTTGTAGAATTGGTGATGAAGGACTGGTACATTTATCAGGTATGCTTGAGTTGAAA 1308
Query 1318 TCTCTGGAGTTGTCTGATACCGAAGTAGGAAGCAATGGTCTTCGCCATCTCTCTGGCCTG 1377
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 TCTCTGGAGTTGTCCGATACCGAAGTAGGAAGCAATGGTCTTCGCCATCTCTCTGGCCTG 1368
Query 1378 TCAAACCTAGAGAGCATAAACTTGTCATTTACTGTTGTGACCGATAGCGGTTTAAGAAAA 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1369 TCAAACCTAGAGAGCATAAACTTGTCATTTACTGTTGTGACCGATAGCGGTTTAAGGAAA 1428
Query 1438 TTATCTGGTTTGACATCTCTTCGAACATTGAATCTGGATGCTCGTCATGTTACTGATGCT 1497
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 TTATCTGGTTTGACATCTCTTCGAACACTGAATCTGGATGCTCGTCATGTTACTGATGCT 1488
Query 1498 GGTCTTTCCGCGCTCACAAGTTTGACAGGGTTGACGCACCTTGATCTCTTCGGTGCTCGT 1557
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1489 GGTCTTTCCGCGCTTACAAGTTTGACAGGGTTGACTCACCTCGATCTCTTCGGTGCTCGT 1548
Query 1558 ATCACAGATTCTGGAACAAATCACCTACGAAACCTGAAGAAACTGCAGTCACTTGAAATA 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 ATCACAGATTCTGGAACAAATCACCTACGAAACCTGAAGAAACTGCAGTCACTTGAAATA 1608
Query 1618 TGTGGTGGTGGATTAACCGATACTGGTGTCAAGAACATAAAAGATCTTTCATCCCTCACT 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 TGTGGTGGTGGATTAACCGATACTGGTGTCAAGAACATAAAAGATCTTTCATCCCTCACT 1668
Query 1678 CTCCTCAATCTATCACAAAACTCCAATCTCACAGACAAAACACTGGAGTTGATTTCTGGA 1737
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1669 CTCCTCAATCTATCACAAAACTCCAATCTCACAGACAAAACACTGGAGTTGATTTCCGGA 1728
Query 1738 TTGACCGGATTGGTCTCTCTGAACGTCTCAAACTCTCGAGTATCAAGCTCAGGACTACGT 1797
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1729 TTGACGGGATTGGTCTCTCTAAACGTCTCAAACTCTCGAGTATCGAGCTCAGGACTACGT 1788
Query 1798 CACCTGAAGCCATTGAAGAACTTGAGATCTCTGACCTTGGAGTCCTGCAAGCTCTCTGCT 1857
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 CACCTGAAGCCATTGAAGAACCTGAGATCTCTGACCTTGGAGTCCTGCAAGCTCTCTGCT 1848
Query 1858 AATGACATCAGGAAGCTTCAGGCGACTGATCTGCCAAACTTGGTCAACTTCCGTCCTGAA 1917
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1849 AACGACATCAGGAAGCTTCAGGCGACTGATCTGCCAAACTTAGTCAACTTCCGTCCTGAA 1908
Query 1918 TAAAATAATATGTTC-AAA-GGCAAATTCACGAACTCTGTAAATAGATCGATCTCCTCTG 1975
|||||| ||||| | ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1909 TAAAATTCTATGT-CGAAAAGGTAA-TTCACGAACTCTGTAAATAGATCGATCTCTTCTG 1966
Query 1976 GTCTCAGACTAAGACACTGCTCTTAGATATAT--CGTCAAAAGCTATGCTCTTCTTCGGA 2033
||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 GTCTCAGACAAAGCCACTGCTCTTATATATATATCGTCAAAAGCTATGCTCTTCTTCGGA 2026
Query 2034 TTATTTGCTGAAGAAACTGTAAATAAAGCTTCTTTCA 2070
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2027 TTATTTGCTGAAGAAACTGTAAATAAAGCTTCATTCA 2063
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86426765905
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5