BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G16480.1
Length=2814
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920552 jgi|Araly1|920552|scaffold_101833.1 4649 0.0
> Ahg920552 jgi|Araly1|920552|scaffold_101833.1
Length=3158
Score = 4649 bits (2517), Expect = 0.0
Identities = 2717/2816 (96%), Gaps = 4/2816 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTACACCAAGTTTGGCCGAGTCAAACCTGCGCGCCACCTGTTCGATATAATGCCTGTG 60
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 325 ATGTACACCAAGTTTGGTCGAGTCAAACCTGCACGCTACCTGTTCGATAAAATGCCTGTG 384
Query 61 AGAAACGAAGTCTCTTGGAATACCATGATGTCGGGGATAGTCCGTGTTGGATTGTATTTG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 385 AGAAACGAAGTCTCTTGGAATACCATGATGTCGGGGATAGTCCGTGTTGGATTGTATCTG 444
Query 121 GAAGGAATGGAATTTTTTCGGAAGATGTGTGATCTTGGTATTAAGCCAAGTAGCTTTGTG 180
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GAAGGAATGGAATTTTTCCGGATGATGTGTGATCTTGGTATTAAGCCAAGTAGCTTTGTG 504
Query 181 ATTGCTAGTTTAGTAACAGCTTGTGGTCGGTCTGGTTCTATGTTCAGAGAAGGGGTTCAA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 505 ATTGCTAGTTTAGTAACAGCTTGTGGTCGGTCTGGTTCTATGTTCAGAGAAGGGGTTCAA 564
Query 241 GTTCACGGCTTTGTGGCTAAGTCTGGTTTGTTGTCTGATGTTTACGTTAGTACTGCTATC 300
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 565 GTTCACGGCTTTGTGGCTAAGTCTGGTTTGCTGTCTGATGTTTACGTCAGTACTGCTATT 624
Query 301 TTGCATCTCTATGGGGTTTATGGATTGGTTTCGTGTTCAAGGAAGGTTTTTGAGGAGATG 360
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 TTGCATTTTTATGGGGTTTATGGATTGGTTTCGTGTTCAAGGAAGGTTTTTGAGGAGATG 684
Query 361 CCTGACCGAAACGTGGTGTCTTGGACTTCACTGATGGTTGGTTACTCGGATAAGGGTGAG 420
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 CCTGACCGAAACGTGGTGTCTTGGACTTCATTGATGGTTGGTTACTCGGATAAGGGTGAG 744
Query 421 CCAGAGGAAGTAATTGATATCTATAAAGGTATGAGAGGAGAAGGAGTTGGGTGTAACGAA 480
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 745 CCAGAGGAAGTAATTGATATCTATAAAAGTATGAGAGGAGAAGGAGTTGAGTGTAATGAA 804
Query 481 AATTCCATGTCTTTGGTAATCAGTTCCTGCGGATTGCTTAAAGATGAATCTTTGGGTCGT 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 805 AATTCCATGTCTTTGGTAATCAGTTCCTGCGGATTGCTTAAAGATGAATCATTGGGTCGT 864
Query 541 CAAATTATCGGACAGGTTGTCAAATCGGGACTGGAGAGTAAGCTGGCAGTGGAGAATTCG 600
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 865 CAAATTATCGGACAGGTTATCAAATCGGGGCTGGAGAGTAAGCTAGCAGTGGAGAATTCG 924
Query 601 CTCATATCCATGTTAGGTAGTATGGGAAATGTAGACTATGCAAATTATATTTTTGATCAA 660
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 925 CTCATATCCATGTTTGGTAATATGGGAAATGTAGACTATGCAAATTACATTTTTGATCAA 984
Query 661 ATGTCTGAACGTGACACAATTTCATGGAATTCGATTGCTGCGGCATATGCACAAAATGGT 720
||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 985 ATGTCCGAACGGGACACAATTTCATGGAACTCGATTGTTGCGGCATATGCACAGAATGGT 1044
Query 721 CATATCGAGGAATCATTTAGGATTTTCAGTTTGATGCGTCGTTTTCATGATGAAGTGAAC 780
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 CATATCGAGGAATCATTTAGGATTTTCAATTTGATGCATCGTTTTCATGATGAAGTGAAC 1104
Query 781 TCCACCACTGTGTCTACTCTGTTATCAGTTTTGGGTCATGTAGATCACCAAAAATGGGGT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 TCCACCACTGTGTCTACTCTGTTATCAGTTTTGGGTCATGTAGATCACCAAAAATGGGGT 1164
Query 841 AGAGGAATTCATGGTTTAGTGGTTAAAATGGGGTTTGATTCGGTTGTTTGTGTGTGCAAT 900
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 AGAGGAATTCATGGTTTGGTGGTTAAAATGGGGTTTGATTCGGTTGTTTGTGTGTGCAAT 1224
Query 901 ACTCTTTTGAGAATGTATGCAGGCGCTGGAAGATCAGTAGAGGCAAATTTAGTGTTCAAA 960
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1225 ACTCTTTTGAGAATGTATGCAGGCGCGGGAAGATCAGAAGAGGCAGATTTGGTGTTCAAA 1284
Query 961 CAAATGCCCACTAAAGATTTGATCTCATGGAACTCCTTGATGGCTTCTTTTGTCAACGAT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1285 CAAATGCCCACTAAAGATTTGATCTCATGGAACTCTTTGATGGCTTCTTTTGCCAACGAT 1344
Query 1021 GGGAGGAGCTTAGATGCGTTAGGACTTCTTTGTTCAATGATAAGTTCCGGAAAATCAGTG 1080
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1345 GGGAGGAGCTTAGATGCTTTAGGACTTCTTTCTTCAATGATAAGGACTGGAAAATCAGTG 1404
Query 1081 AACTATGTGACTTTTACAAGCGCATTGGCTGCCTGCTTTACTCCTGAtttttttGAGAAG 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||
Sbjct 1405 AACTATGTGACTTTTACAAGCGCATTGGCTGCTTGCTTTAGTCCTGAATTTTTTGATAAG 1464
Query 1141 GGTAGGATCCTTCATGGACTTGTAGTGGTCAGCGGTTTATTTTACAATCAGATTATTGGT 1200
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1465 GGCAGGATCCTTCATGGACTTGTAGTGGTCAGCGGTTTATTTGACAATCAGATTATTGGT 1524
Query 1201 AATGCATTGGTTTCCATGTACGGAAAGATAGGTGAGATGAGCGA-ATCGAGACGGGTACT 1259
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 1525 AATGCATTGGTTTCTATGTACGGAAAGATAGGTGGGATGAGC-ACATCCAGACGGGTACT 1583
Query 1260 ATTACAGATGCCTAGACGAGATGTAGTAGCTTGGAATGCTCTTATTGGTGGCTATGCTGA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 ATTACAGATGCCTAGACGAGATGTAGTAGCTTGGAATGCTCTTATTGGTGGCTATGCTGA 1643
Query 1320 GGACGAAGATCCCGACAAGGCCCTGGCGGCTTTTCAAACTATGCGAGTGGAAGGTGTTTC 1379
| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1644 GAATGAGGATCCCGACAAGGCACTGGCGGCTTTTCAAACTCTGCGAGTGGAAGGTGTTTC 1703
Query 1380 TTCAAATTATATCACAGTGGTAAGTGTTCTTAGTGCTTGCTTATTGCCGGGTGATTTACT 1439
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||
Sbjct 1704 TGCAAATTATATCACAGTGGTAAGTGTTCTTAGTGCTTGCTTAGTGCCCGGTGATTTGCT 1763
Query 1440 TGAACGGGGGAAACCATTACACGCCTATATAGTTTCTGCTGGGTTTGAATCAGATGAACA 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1764 TGAACGGGGGAAACCATTACACGCCTATATAGTTTCTGCTGGATTTGAATCGGATGAACA 1823
Query 1500 CGTGAAAAATTCGCTTATCACTATGTACGCCAAATGTGGTGATTTAAGCTCGAGTCAGGA 1559
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1824 CGTGAAAAACTCGCTTATCACTATGTACGCAAAATGTGGTGATCTAAGCTCGAGTCAGGA 1883
Query 1560 CCTATTTAACGGATTAGATAATAGGAATATCATCACGTGGAATGCTATGCTTGCGGCAAA 1619
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 CCTATTTAACGGATTAGATAATAGGAGTATCATCACGTGGAATGCTATGCTTGCGGCAAA 1943
Query 1620 TGCTCACCACGGTCATGGAGAAGAGGTGCTAAAACTTGTATCAAAGATGAGAAGCTTTGG 1679
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944 TGCTCATCACGGTCATGGAGAAGAGGTGCTAAAACTTGTATCAAAGATGAGAAGCTTTGG 2003
Query 1680 GGTGAGTCTAGACCAGTTTAGTTTCTCTGAGGGACTTTCTGCCGCTGCGAAGCTAGCCGT 1739
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2004 GTTGAGTCTAGACCAGTTTAGTTTCTCTGAGGGGCTTTCTGCCGCTGCGAAGCTAGCGGT 2063
Query 1740 CCTAGAGGAAGGCCAACAACTTCATGGCTTAGCTGTAAAACTCGGGTTTGAACATGATTC 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2064 CCTAGAGGAAGGCCAACAACTTCATGGCTTAGCTGTAAAACTCGGGTTTGAACTTGATTG 2123
Query 1800 TTTTATCTTTAACGCTGCTGCAGACATGTATAGCAAATGCGGGGAAATAGGTGAAGTGGT 1859
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2124 TTTCATCTTTAACGCTGCTGCAGACATGTATAGCAAATGCGGGGAAATAGGCGAAGTGGT 2183
Query 1860 GAAAATGCTTCCTCCATCAGTCAATCGATCACTCCCCTCATGGAACATACTAATATCAGC 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2184 GAAAATGCTTCCTCCATCAGTCAATCGATCACTCCCCTCATGGAACATACTAATATCAGC 2243
Query 1920 TTTGGGAAGACACGGGTATTTCGAGGAAGTTTGTGCGACTTTCCATGAGATGCTTGAAAT 1979
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2244 TTTGGGAAGACACGGGTACTTCGAGGAAGTTTGTGAGACTTTTCATGAGATGCTTGAAAT 2303
Query 1980 GGGAATCAAGCCGGGCCATGTCACATTTGTCTCTCTTCTTACAGCATGCAGCCACGGGGG 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2304 GGGAATCAAGCCGGGCCATGTCACATTTGTCTCTCTTCTTACAGCATGCAGCCACGGGGG 2363
Query 2040 ATTAGTAGACAAAGGCCTTGCGTATTACGACATGATTGCTAGAGATTTTGGATTAGAACC 2099
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2364 ATTAGTAGACCAAGGCCTTGCGTATTACGACATGATTGCTAGAGATTTTGGATTAGAACC 2423
Query 2100 GGCGATTGAACATTGCATCTGTGTAATTGATCTTCTTGGAAGATCAGGGAGGTTAGCTGA 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2424 GGCGATTGAACATTGCATCTGTGTAATTGATCTTCTTGGAAGATCAGGGAGGTTAGCCGA 2483
Query 2160 AGCTGAAACCTTTATATCTAAGATGCCAATGAAACCAAACGACCTCGTGTGGCGTAGTTT 2219
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484 AGCTGAAACCTTTATATCTAAAATGCCAATGAAACCAAACGACCTCGTGTGGCGTAGTTT 2543
Query 2220 GTTAGCTTCCTGCAAAATCCAC-GGGAATTTAGACCGCGGAAGAAAAGCAGCGGAAAATC 2278
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2544 GTTAGCTTCCTGCAAAATCCACAGGG-ATTTAGACCGCGGAAGAAAAGCAGCGGAAAATC 2602
Query 2279 TCTCGAAGCTAGAACCAGAGGATGATTCTGTTTATGTCTTGTCCTCAAATATGTTCGCAA 2338
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2603 TCTCGAAGTTAGAACCAGAGGATGATTCTGTTTTTGTCTTGTCCTCAAATATGTTTGCAA 2662
Query 2339 CTACAGGTAGATGGGAAGATGTAGAGAATGTGAGAAAGCAAATGGGTTTCAAGAACATCA 2398
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 CAACAGGCAGATGGGAAGATGTAGAGAATGTGAGAAAGCAAATGGGTTTCAAGAACATCA 2722
Query 2399 AGAAGAAACAAGCTTGCAGTTGGGTGAAACTAAAAGACAAAGTGAGTTCGTTTGGTATTG 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 AGAAGAAACAAGCTTGCAGTTGGGTGAAACTAAAAGACAAAGTGAGTTCGTTTGGTATTG 2782
Query 2459 GAGACAGAACTCATCCACAAACAATGGAGATATACGCAAAGCTAGAAGACATCAAGAAGC 2518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 GAGACAGAACTCATCCACAAACAATGGAGATATACGCAAAGCTAGAAGACATCAAGAAGT 2842
Query 2519 TGATCAAAGAATCTGGGTATGTCGCAGATACTAGTCAGGCTTTGCAAGACACAGATGAAG 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843 TGATCAAAGAATCTGGGTATGTCGCAGATACTAGTCAGGCTTTGCAAGACACAGATGAAG 2902
Query 2579 AACAAAAAGAGCACAATCTTTGGAACCACAGCGAAAGACTCGCTCTTGCTTATGCACTGA 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2903 AACAAAAAGAGCACAATCTTTGGAACCACAGCGAAAGACTCGCTCTTGCTTATGCGCTGA 2962
Query 2639 TGAGTACTCCTGAAGGTTCTACGGTTAGAATCTTTAAAAACCTTCGCATATGCAGTGATT 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2963 TGAGTACTCCTGAAGGTTCTACGGTTAGAATCTTTAAGAACCTTCGCATATGCAGTGATT 3022
Query 2699 GTCACTCTGTTTATAAGTTTGTTAGTAGAGTCATCGGACGTAGAATCGTGTTGAGAGATC 2758
|||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 3023 GTCACTCTGTGTACAAGTTTGTTAGTAGAGTCATTGGACGTAGAATCGTGCTAAGAGACC 3082
Query 2759 AGTATCGGTTTCACCATTTTGAGAGAGGTTTGTGTTCTTGTAAGGATTACTGGTGA 2814
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3083 AGTATCGGTTTCACCATTTTGAGAGTGGTTTGTGTTCTTGTAAGGATTACTGGTGA 3138
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106195603060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5