BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G16800.1
Length=6384
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg312653 jgi|Araly1|312653|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001433 6835 0.0
> Ahg312653 jgi|Araly1|312653|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001433
Length=6390
Score = 6835 bits (3701), Expect = 0.0
Identities = 4005/4155 (96%), Gaps = 8/4155 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2111 TTTGCCAGATGACATGTGTACGTTTGCTTGAGATTCTTCCTGTCGTTCTGGGAAAACTTA 2170
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 TTTGCC-TATGACATGTGTACGTTTGCTTGAGATTCTTCCTGTCGTTCTGGGAAAACTTA 1888
Query 2171 GAGTAAGCCGTGAAGAGTCCTGTGATACTAGAGGAACTTTGAAAGATGCGTCTGATCTTA 2230
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1889 GAGTAAGCCGTGAAGAGTCCTTTGATACTAGAGGAACTTTGAAAGATGTGTCTGGTCTTA 1948
Query 2231 AATGGCTTCCTGATCTCATTGATTGGGGAAGGTCACAACTTAAGGTTGTTGTTGCGTATT 2290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949 AATGGCTTCCTGATCTCATTGATTGGGGAAGGTCACAACTTAAGGTTGTTGTTGCGTATT 2008
Query 2291 GGAAACGAGCATTAGTGGCTTTGCTAGACATCTTACAAGGATCAAACAGTGACGCTTGTT 2350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 GGAAACGAGCATTAGTGGCTTTGCTAGACATCTTACAAGGATCAAACAGTGACGCTTGTT 2068
Query 2351 CTTCGGCAGTCCAAGCTATCAGACATGTTCTATCCTCTGGTGATACAATTGACAATGCTC 2410
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||
Sbjct 2069 CTTCGGCAGTCCAAGCTATCAGACATGTTCTAGCCTCTGGTGATACAAGTCATAATGCTC 2128
Query 2411 TGACTCTTCTTAATTCAGATGATGTTGACATCGAGCAATTAGCAGAACAAATCTCACGCC 2470
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2129 TGACTCTTCTTAATTCAGATGATGTTGACATCGAGCAATTAGTAGAACAAATCTCACGCC 2188
Query 2471 TTGTTCCCAAGGCAAATGAGTACCAGATTCTCAAACCTGTTGATGTTGTTGGCAAATTAC 2530
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2189 TTGTTCCCAAGGCAAATGAGTACCAGATTCTCAAACCTGTTGATGTTGTTGGCAAAGTAC 2248
Query 2531 AAGATAATATGATGGATCTAACAGTGGATGAGACAGAAAAGGAATCGTTGAAAAATTTAC 2590
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2249 AAGATAATATGATGGATCTAACAGTGGATGAGACAGAAAAGGAATCATTGAAGAATTTAC 2308
Query 2591 CTAGTCTGCATAAGTCTCATCAACCTGACATCAATAAAACTCTTCTACCTATCAAAAACA 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||
Sbjct 2309 CTAGTCTGCATAAGTCTCATCAACCTGACATCAATAAAACTCTTCCACCTATCACAAGCA 2368
Query 2651 TCTCCCAGATCTCCTCTCTGAAGAAGAGTACTTCTAGTATTGATGCTTCAAAGCTTTCAG 2710
|||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2369 TCTCACAGGTCTCTTCTCTGAAGAAGAGTACTTCTAGTATTGATGCTTCAAAGCTTTTAG 2428
Query 2711 CGTTAGTTCTTTCAGAGAGAGATGTTACAGTTAGCTCCAGC-AATATTGTTAGGGATCTT 2769
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 2429 CGCCAGTTCTCTCAGAGAGAGATGTTACAGTTAGCTCCA-CGAATATTGTTAGGGATCTT 2487
Query 2770 CCCACAACAAACGCTGAACCAAGCAAGGCTGCTGGTATGAGTAGGGAAGCGGAAAAAAGA 2829
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2488 CCCACGACAAACGCTGAACCAAGCAAGGCTGCTGGTATGAGTAGGGAAGCGGAAAAAAGA 2547
Query 2830 CAGAATGTGGAAGATCCTGTTTCATCTGGAATCAGACCCAACTTAAAGAAGGCTACTGAT 2889
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2548 CAGAATGTGGAAGATCCTGTTTCATCTGGAAACAGACCCAACTT--A-AAGGCTACTGAT 2604
Query 2890 GAACTCGGCCCTCGTGGTACTTCAAAAGAGGCTCAGAAATCTGCGATTTCCAACGCCAAA 2949
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||
Sbjct 2605 GAACTCGGCCCTCGTGGAACTTCAAAAGAGGCTCAGAAATCTGCGATTTGCAACACAAAA 2664
Query 2950 GGCATGGATTTGAGAAAGGTGGTAAATGAGACGGAGGTTGATCCACTTGACTTGGCTCTT 3009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||
Sbjct 2665 GGCATGGATTTGAGAAAGGTGGTAAATGAGACGGAGGCTGATCCACTGGACATGGCCCTT 2724
Query 3010 AAATCTCTGAAACGGCAGTCATTACCCCTGGCAAAATCAGGGCCCATTGTTCCCAAAAGA 3069
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2725 AAATCTCTGAAACCGCAGTCATTACCCCTGGCAAAACCAGGGCCCATTGTTCCCAAAAGA 2784
Query 3070 CAAGTCATTCAACTTTGTGCACCTGTCAACAAGAAATCCGATCGTTGGCAGAGACAAGAA 3129
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2785 CAAGTCATTCAACTTTGTGCACCTGTCAATAAGAAATCCGATCGTTGGCAGAGGCAAGAA 2844
Query 3130 GCTGGATTCAAAAGATTCAGACCACCAAAGCTTGAAGATTGGTTTAGAAAGATTTTGCAA 3189
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2845 GCCGGATTTAAAAGATTCAGACCACCAAAGCTTGAAGATTGGTTTAGAAAGATTTTGCAA 2904
Query 3190 ATGGACTACTATGCGATAGTGGGATTGGCATCAACAAAGAAAGATGAGAGTCAGAATGTT 3249
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||
Sbjct 2905 ATGGACTACTATGCGATAGTGGGATTGGCGTCAACAAATAAAGATGAAAATCAGAATGTT 2964
Query 3250 GGAAAATTTAGGGAAGTTCCTGTGCGCTTTGGTTCACCTGAGCAATATATTCAGATTTTT 3309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2965 GGAAAATTTAGGGAAGTTCCTGTGCGCTTTGGTTCACCTGAGCAATATATTCAGATTTTT 3024
Query 3310 CAGCCCTTGGTTTTGGAGGAGTTTAAAGCACAGCTGCAAAGTTCCTTCCAGGAGATATCA 3369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3025 CAGCCCTTGGTTTTGGAGGAGTTTAAAGCACAGCTGCAAAGTTCCTTCCAGGAGATATCA 3084
Query 3370 TCACTGGAGGAGATATATTATGGTGTTATTTCAGTGTTATCGATTGAAAGGGTTGACGAT 3429
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3085 TCACTGGAGGAGATATATTATGGTGTTCTTTCAGTGTTATCGATTGAAAGGGTTGACGAT 3144
Query 3430 TTTCATTTTGTTCGTTTTATGCAAGACGAAAATGATGGGTCCAACTCGAAAAGTTTCTCT 3489
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3145 TTTCATTTTGTTCGTTTTATGCAAGACGAAAATGATGGATCCAACTCGAAAAGTTTCTCT 3204
Query 3490 GAGAATGACTTGGTTTTGTTCACGAAAGAGCATCCAGAAAACAGCAATGTCGGTGTAAAT 3549
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3205 GAGAATGACTTGGTTTTGTTCACGAAAGAGCATCCAGAAAACAGCAATGTCGGTGTTAAT 3264
Query 3550 ATGATGGGAAAGGTAGAAGGACGGGAATGGGATGACAAAAAACGGACCAGCATTTTGAAT 3609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3265 ATGATGGGAAAGGTAGAAGGACGGGAATGGGATGACAAAAAACGGTCCAGCATTTTGAAT 3324
Query 3610 GTACGGTTGTATCTTCAGAATGCATCTTCACGGCTGAATCAAGCTAGAAGGAATCTCTTG 3669
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3325 GTACGGTTGTATCTTCAGAATGCATCTTCACGTCTGAATCAAGCTAGAAGAAATCTCTTG 3384
Query 3670 GAACGTAGCCAGTGGCATGCAAGTCGCATTCTCAACATTACATCCCAAATTCGCGAGTTT 3729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3385 GAACGTAGCCAGTGGCATGCAAGTCGCATTCTCAACATTACATCCCAAATTCGCGAGTTT 3444
Query 3730 CAAGCTTTGTCGTGCATAAAGGATATTCCCGTACTTCCTCTGATCTTAAGTCCTATGAAT 3789
|||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || |
Sbjct 3445 CAAGCTCTGTCGTCCATAAAGGATATTCCTATACTACCTCTGATCTTAAGTCCTAAGAGT 3504
Query 3790 GATTCTAATTATGATTCCGAAGTTAAAAGATCAGATCTGCGTTCACTACCACATTCTCTA 3849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3505 GATTCTAATTATGATTCCGAAGTTAAAAGATCAGATCTGCGTTCACTACCACATTCTCTA 3564
Query 3850 CAGCAAATACTTAAATCATCTTTCAATGAGAGTCAACTTCAGGCTATTAGTGTTGCTATT 3909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3565 CAGCAAATACTTAAATCATCTTTCAATGAGAGTCAACTTCAGGCTATTAGTGTTGCTATT 3624
Query 3910 GGCTCATCCAATTTGATGAAAGCTTTTGACATTTCACTTATCCAGGGTCCTCCAGGGACT 3969
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3625 GGCTCATCCAATTTGATGAAAGCTTTTGACATTTCACTTATCCAGGGTCCACCAGGGACT 3684
Query 3970 GGCAAGACGCGCACTATTGTTGCCATTATTAGTGGCTTGCTTGCATCCGCCTCACATAAA 4029
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||
Sbjct 3685 GGCAAGACGCGCACTATTGTTGCCATTATTAGTGGCTTTCTTGCATCCGCTTTACATAAA 3744
Query 4030 ACTAGTGACAGGGGAAATTCTGAACCAGGTCATAGTTCTTCAACCTCTAGGCAGGGAATG 4089
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3745 GCAAGTGACAGGGGAAATTCTGAACCAGATCATAGTTCTTCAACCTCTAGGCAGAGAATG 3804
Query 4090 AATCCGAGTGTCGCTGTTGCAAGGGCATGGCAAGATGCAGCTCTGGCTAAACAGCTAAAT 4149
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3805 AATCCGAGTGTCGCTATTGCAAGGGCATGGCAAGATGCAGCTCTGGCTAAACAGCTAAAT 3864
Query 4150 GATAAC-AGCGAAACGAATAGAAAGATAGCAGAAAAGAATGGTAGAGGAAGGGTTCTGAT 4208
||| || || ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 3865 GATGACGAG-GAAACAAATAAAAAGATAGCAGAAAAGAATGTTAGAGGAAGGGTGCTGAT 3923
Query 4209 CTGTGCTCAATCAAATGCTGCAGTTGATGAATTAGTTTCAAGAATATCCAGTTTAGGTAT 4268
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3924 CTGTGCTCAGTCAAATGCTGCAGTTGATGAATTAGTTTCAAGAATATCCAGTTTAGGCAT 3983
Query 4269 ATATGGCAGGGATGGGAAGATGTTCAAACCTTATCTTGTGAGGGTTGGAAATGCAAAAAC 4328
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3984 ATATGGCAGGGATGGGAAGATGTTCAAACCTTATCTTGTGAGAGTTGGAAATGCAAAAAC 4043
Query 4329 TGTTCATTCAAATTCAATGCCCTTCTTTCTTGATACCCTTGTTGATCAGCGGTTGGCAGA 4388
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4044 TGTTCATCCAAATTCAATGCCCTTCTTTCTTGATACCCTTGTTGATCAGCGTTTGGCAGA 4103
Query 4389 GGAGAGAATGCGGATAAACGAATCTAAGAGTAATAAGGGTGCAGATTCTTCTGCATTACT 4448
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 4104 GGAGAGAATGAGGATAAACGAATCTAAGAGTAATAAAGGTGCAGATTCCTCTGGATTACT 4163
Query 4449 GCGCTCTAATCTAGAAAAAGTCGTTGATCAGATCACGCACTTTGAAGCTAAGCGTGCAAA 4508
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4164 GCGCTCTAATCTAGAAAAAATAGTTGATCAGATCACGCATTTTGAAGCTAAGCGTGCAAA 4223
Query 4509 CATAAACCAGGAAAGTTTAGACGCCAAAGATAAGCCGGAGAATGAACACCACAACAAAGA 4568
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4224 CATAAATCAGGAAAGTTTAGACGCCAAAGATAAGCCGGAGAATGAACACCACAATAAAGA 4283
Query 4569 TGATGATGGCAAGCTAATGTCCGATGCGGAGCTAGGAATAAGATTGCGAAGGTTATATGA 4628
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4284 TGATGATGGCAAGCCAATGTCCGACGCGGAGCTAGGAATAAGATTGCGAAGGTTATATGA 4343
Query 4629 GCAAAAGAGAAAAATTTACAAAGATCTTAGTGCTGTTCAGGCTCAAGAGAGAAAAGCGAA 4688
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4344 GCAGAAGAGAAAAATTTACAAAGATCTTAGTGCTGTTCAGGCTCAAGAGAGAAAAGCTAA 4403
Query 4689 CTATGAAATGAGAACATTGAAACAAAAGTTGCGGAAGTCCATTCTTAAAGAAGCTCAAAT 4748
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4404 CTATGAAATGAGAGCATTGAAACATAAGTTGCGGAAGTCCATTCTTAAAGAAGCTCAAAT 4463
Query 4749 AGTTGTTACAACTTTAAGTGGTTGTGGAGGAGACCTGTACAGTGTGTGTGCTGAATCTTT 4808
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4464 AGTCGTTACAACTTTAAGTGGTTGTGGAGGAGACCTGTACAGTGTGTGTGCTGAATCTTT 4523
Query 4809 AGCAGCACATAAATTTGGTAGTCCATCTGAAGATAATTTATTTGATGCGGTGGTGATTGA 4868
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4524 ATCAGCCCATAAATTTGGTAGTCCATCTGAAGATAATTTATTTGATGCGGTAGTGATTGA 4583
Query 4869 CGAAGCAGCTCAGGCCCTGGAGCCTGCTACGTTGATTCCTCTACAACTGTTAAAGTCAAG 4928
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4584 TGAAGCAGCTCAGGCCCTGGAGCCTGCTACGTTGATTCCTCTACAACTGTTAAAGTCAAG 4643
Query 4929 AGGAACAAAATGTATAATGGTTGGAGACCCAAAGCAGCTTCCAGCAACTGTGCTCTCTAA 4988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4644 AGGAACAAAATGTATAATGGTTGGAGACCCAAAGCAGCTTCCAGCAACTGTGCTCTCTAA 4703
Query 4989 CGTTGCAAGTAAATTTTTGTACGAATGTAGCATGTTTGAACGTCTGCAAAGGGCTGGGTA 5048
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4704 CGTTGCAAGTAAATTTTTGTATGAATGCAGCATGTTTGAACGTCTGCAAAGGGCTGGGTA 4763
Query 5049 CCCTATCCTTATGCTTACCCAGCAGTATAGGATGCATCCAGAAATTTGTCGATTCCCGTC 5108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4764 CCCTATCCTTATGCTTACCCAGCAGTATAGGATGCATCCAGAAATTTGTCGATTCCCGTC 4823
Query 5109 TATGCATTTCTACGACAATAAGTTACTAAATGGTGTTGACATGTCAAGTAAATCAGCACC 5168
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4824 TATGCATTTCTACGACTATAAGTTACTAAATGGTGTTGACATGTCAAGTAAATCAGCACC 4883
Query 5169 ATTCCACGAGAACCATCATCTTGGACCATATGTTTTCTATGATATTGTTGATGGCCAAGA 5228
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4884 GTTTCACGAGAGCCATCATCTTGGACCATATGTTTTGTATGATATTGTTGATGGCCAAGA 4943
Query 5229 GCATCGAAGTGGCGATTCTAGCTCCGTATGCAATGAACAAGAAGCTGAAGCTGCTGTTCA 5288
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4944 GCATCGAAGTGGCGATTCTAGTTCTGTATGCAATGAACAAGAAGCTGAAGCTGCTGTTCA 5003
Query 5289 ACTGCTTAGATTTTTCAAGAAGAGGTACCCCTCAGAATTTGTTGCTGGAAGGATTGGCAT 5348
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5004 ACTGCTTAGATTTTTCAAGAAGAGGTACCCCTCCGAATTTGTTGCTGGAAGAATTGGCAT 5063
Query 5349 TATAACCCCTTACAAGCGTCAGCTTGCCGTTTTGCGTTCGCGTTTCACTGGTGCATTTGG 5408
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 5064 TATAACCCCTTATAAACGTCAGCTTGCCGTTTTGCGTTCACGTTTCACTGGTGCATTTGG 5123
Query 5409 GGCTCAAGTAACAGCAGATATGGAAATGAATACTGTGGATGGCTTTCAAGGCAAAGAAGT 5468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5124 GGCTCAAGTAACAGCAGATATGGAAATGAATACTGTGGATGGCTTTCAAGGCAGAGAAGT 5183
Query 5469 TGACATATTAGTATTATCCACTGTAAGAGCTACACATTCGGCTCCTGATGGGGTCAATCA 5528
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 5184 GGACATATTAGTGTTATCCACTGTAAGAGCTACACATTCTGATCCTGATGGGGTCAATCA 5243
Query 5529 AAGTCGGATTGGTTTTGTTGCAGATGTTAGACGCATGAATGTTGCTCTCACTAGAGCCAA 5588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5244 AAGTCGGATTGGTTTTGTTGCAGATGTTAGACGCATGAATGTTGCTCTCACTAGAGCCAA 5303
Query 5589 ACTCTCCCTTTGGGTTTTGGGTAACACACGAACCTTGCAAAGAGACCATAACTGGGGTGC 5648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5304 ACTCTCCCTTTGGGTTTTGGGTAACACACGAACCTTGCAAAGAGACCATAACTGGGGTGC 5363
Query 5649 TCTTGTGAAAGATGCAAAAGAAAGAGAAGTCATCATACCAGTTAAGCGACCGTACAACTA 5708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 5364 TCTTGTGAAAGATGCAAAAGAAAGAGAAGTCATCATACCAGTTAAGCGACCATACAACAA 5423
Query 5709 CATGTTTGGTGAGAATGTGATGGAACAAAACCATTCTGAGAATCTTCCAAAGAATTTTCC 5768
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5424 CATGTTTGGTGAAAATGTGATGGAACAAAACCATTCTGAGAATCTTCCAAAGAATTTTCC 5483
Query 5769 TAAGCCTGATAAACAGCATTCACGCCGCAAAGAACAGAGAGCAGAGACATCTTCTGATAG 5828
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5484 TAAGCCTGAGAAACAGCATTCACGCCGCAAAGAACAGAGAGCAGAGACATCTTCTGATAG 5543
Query 5829 AAAACTGAGGAAAACTGATGGAGATGTTGTGCCTATCTCATCAAAAGGATCAGAGAGTAA 5888
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5544 AAAAATGAGGAAATCTGATGGAGATGTTGTGCCTATCTCATCAAAAGGATCAGAGAGAAA 5603
Query 5889 GCACACCAGACGAAATGCGAAAGAAGAAGCTTCATCTCAAAGGGAAAAACTAGTTGCAAG 5948
||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5604 GCACAGCAGACGAAACGCCAAAGAAGAAGCTTCTTCTCAAAGGGAAAAACTTGTTGCAAG 5663
Query 5949 CTGTGAGAAAGTAACATCCGAAGAGACTCTGAGACGGAGCCATgaaaagaaagaaaaaat 6008
||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 5664 CTGTGAGAAGGTAGCATCCAAAGAGACTCTGAAACGGAGCTATGAAAAGAAAGAGAAAAT 5723
Query 6009 gaaaggcagagagaaaagCAGTAATCCAGAGATTACAGATGCAAATAGTTCGAAGAACGA 6068
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 5724 GAAAGGCAGAGAGAAAAGCAGTAATCCAGAGAATACAGATACAAATAGTTCAAAGAACGA 5783
Query 6069 AAATTCAAATGAATGGAAGAAATCTAAGAAGGCTTCATCAAAGCTTGACAGTAGCAAGAG 6128
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5784 AAATTCTAATGAGTGGAAGAAATCTAAGAAGGCTTCATCAAAGGTTGACAGTAGCAAGAG 5843
Query 6129 GGCAAATCCCACAGATAAAATTGGACAGCAAGATAGGCAAATAAACAAGGGCAATGCTTC 6188
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5844 GGCAAATCCCACAGATGAAATTGGACAGAAAGATAGACAAATAAACAAAGGCAATGCTTC 5903
Query 6189 TAATCAAGGAGGTGTTGAAGATATGATATCCAAACGAAAGCAGCAGCGTGAAGCTGTTGC 6248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5904 TAATCAAGGAGGTGTTGAAGATATGATATCCAAACGAAAGCAACAGCGTGAAGCTGTTGC 5963
Query 6249 TGCCATTCTCAATTC 6263
|||||||||||||||
Sbjct 5964 TGCCATTCTCAATTC 5978
Score = 1038 bits (562), Expect = 0.0
Identities = 608/631 (96%), Gaps = 0/631 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGAGTAAAGTCTCCCCAAGTGGAGAGCTCTTGAACCGGTGGAGGAGAATCGAGGAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTGAGTAAAGTCTCCCCAAGTGGAGAGCTCTTGAGCCGGTGGAGGAGAATCGAGGAA 60
Query 61 GACGAAGAGGAGAATGACGATTCTGATCCTTCAGCAGTTCGGCGTCTTAATCAGCGCAAA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GACGAAGAGGAGAATGACGATTCTGATCCTTCCTCAGTTCGGCGTCTTAATCAGCGCAAA 120
Query 121 GAACAATGGTTTACGGATGCATTCACTTTATTGATATCGTTGCCGAAAGATACTCATATT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 121 GAACAATGGTTTACGGATGCATTCACTTTATTGATATCTTTGCCCAAGGATACTCATATA 180
Query 181 TGGTGTGGGCACGGGGATATAATGGGACCTCTTATAGAGACTTTCTACAATTACTTCAAA 240
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGGTGTGGGCATGGGGATGTAATGGGACCTCTTATAGAGACATTCTACAATTACTTCAAA 240
Query 241 GATGATAGAGTTGATTCACCTCTCAAGGTCTTGTGGAAGAGAATCTCTGAAGAGATGCGG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 241 GATGATAGAGTTGATTCACCTCTCAAGGTCTTGTGGAAGAGAATCTCTGAAGAAATGCGG 300
Query 301 CTTTGTGCGCAATGCATTTGTCAGCACCATCAGACTCAAGAGATGTATGAAAAAGAGTAT 360
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTTTGTGCCCAATGCATTTGTCAGCACCATCAGACTCAAGAGATGTATGAAAAAGAGTAT 360
Query 361 GAGTGCTCTTCTGTTGGTCCATTACTTGTTGTGTTGCGGAAACTTGATGAGGAAAGGGTG 420
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGTGCTTTTCTGTTGGTCCATTACTTGATGTGTTGCGGAAACTTGATGAGGAAAGGGTC 420
Query 421 ACGAGGCACTTGCAAGAGATCAATTTGAAAATAGAAAAAGGAACATATGATCCAGATCAT 480
|||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 421 ACGAGGCACTTGCAAGAGATCAATTTCAAAGTTGAAAATGGAACCTATGATCCAGATCAT 480
Query 481 CATCATGCTGAAGTTGTTAGTGTTATGTACGAGGTTTTGATGTTTCCATTCTTCTTTGAT 540
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 CATCATGCGGAAGTTGTTAGTGTTATGTACGAGGTTTTGATGTTTCCGTTCTTCTTTGAT 540
Query 541 GATATGTCCTTATGCACTGAGTTTGAGAAATTTATTGAGTCAATCGACAACATACACGAG 600
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATATGTCCTTATGCGCTGAGTTTGAGAAATTTATTGAGTCAATCGACAACATACACGAG 600
Query 601 CTTGCGTTTGCTGAGAATCAAGAATTTCCGG 631
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTTGCGTTTGCTGAGAATCAAGAATTTCCGG 631
Score = 752 bits (407), Expect = 0.0
Identities = 427/437 (98%), Gaps = 0/437 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1388 TGGAATCTGAAAAGAATGATGAAATGACAGTTGATATAGAAACTTGGCTTTCATCTTCTG 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 TGGAATCTGAAAAGAATGATGAAATGACAGTTGATATAGAAACTTGGCTTTCATCTTCTG 1369
Query 1448 CTGTTGAAATCAAAGGCACGCTTGGATGGAAGGTAGCAACAGGATCTGATGACGGGGGGC 1507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 CTGTTGAAATCAAAGGCACGCTTGGATGGAAGGTAGCAACAGGATCTGATGACGGGGGGC 1429
Query 1508 CAGGAAAGGAGTCTAAAAACTCAGTGACAGTATCAAAGATGTGTCTTACATTGATACGAA 1567
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 CAGGAAAGGAGTCCAAAAACTCAGTGACAGTATCAAAGATGTGTCTTACATTGATACGAA 1489
Query 1568 CATTAAAGAGATTGACCACTTGTTATCTGGTACAAATTGGTGACGAGTGTCGAAAACAGT 1627
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 1490 CATTGAAGAGATTGACCACTTGTTATCTGGTCCAAATGGGTGAAGAATGTCGAAAACAGT 1549
Query 1628 GGACCTGGGTACCAGAGATGGGCGAAACGTTCATCCTTTCTCTTTCAGACCCAGATGACA 1687
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550 GGACCTGGGTACCAGGGATGGGAGAAACGTTCATCCTTTCTCTTTCAGACCCAGATGACA 1609
Query 1688 ATGTAAGGCAGTTTGGAAAGTCTATGCTGGAACACGTTTCAAATACCAGAGGTCTGTCTT 1747
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 ATGTAAGGCAGTTTGGAAAGTCTATGCTGGAACATGTTTCAAATACCAGAGGTCTGTCTT 1669
Query 1748 GTGGGTTGAAGTTTCTCTGCTCTCAAACTTCTCACCTCCTATTTGTTTCTTCCGGAGTTA 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1670 GTGGGTTGAAGTTTCTCTGCTCTCAAACTTCTCACCTCCTATTTGTTTCTTCCGGCGTTA 1729
Query 1808 GACATGTTTTACAGCAG 1824
|||||||||||||||||
Sbjct 1730 GACATGTTTTACAGCAG 1746
Score = 518 bits (280), Expect = 2e-145
Identities = 310/324 (96%), Gaps = 4/324 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 710 GGTCAGCAACCCAGTTAGAGCGCCTCCAGCCATTGCTCAAGAAATTCATTGGAATTCTGG 769
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 GGTCAGCAACCCAGTTAGAGCGCCTCCAACCATTGCTCAAGAAATTCATTGGAATTCTGG 689
Query 770 AGATGGAGGGACTGCCTTCCGCGTCTCAGGAACCGAGACCAAGGATATATCTAGACCGCT 829
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||
Sbjct 690 AGATGGAGGGACTGCCTTCTGCGTCTCAGGAACCGAGGCCGAGGATTTATCTAGACCGCT 749
Query 830 CATCTATATGGCTTGGGATGACATCACTGCTTGAGTTCTTAGAAGGCCCTGCTTTTGAAG 889
|||||||||||||||||||||||||| || | || ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 750 CATCTATATGGCTTGGGATGACATCATTG--TAAG-AGTTA-AAGGCCCTGCTTTTGAAG 805
Query 890 AGGGGATATTAGAGCCTTATCCCATTTTTGTCGATACAGTGTTGAATCACATAAGTGGTG 949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 AGGGGATATTAGAGCCTTATCCCATTTTTGTCGATACAGTGTTGAATCACATAAGTGGTG 865
Query 950 ATTCACCTGAATTTTCGCTGGCTGTTAATTGCCTAAAAGAGCTATTTAAGACACTTGGTA 1009
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 ATTCACCTGAATTTTCGCTGGCTGTTAATTGTCTAAAAGAGCTATTTAAGACACTTGGTA 925
Query 1010 TGTCCCTTGAGGCTTTGCGAGATG 1033
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 TGTCCCTTGAGGCTTTGCGAGATG 949
Score = 237 bits (128), Expect = 8e-61
Identities = 149/159 (94%), Gaps = 1/159 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1237 GATTCTTCACTTCATATTTCATTGCGACAACCTGCCATTGATCTTGTCCAAGCTATCCTG 1296
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 GATTCTTCACTTCATATTTCATTGCGACAACCTGCTATTGATCTTGTCCAAGCTATCCTG 1008
Query 1297 GTATCTGATGCAACAGCCTTACTAGCTTCGTTGCTACGTAATAATACTGGTAAATTTATG 1356
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1009 GTATCTGATGCAACAGCCTTACTAGCTTCGCTGCTACGTAATAAGACTGGTAAATATATG 1068
Query 1357 GGCTATGAGATTCAATATGACGACGATGACATGGAATCT 1395
||| ||||||| |||| |||||| ||||||| | |||||
Sbjct 1069 GGCGATGAGATGCAATCTGACGATGATGACA-GTAATCT 1106
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 241931991561
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5