BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G16970.1
Length=2333
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471898 jgi|Araly1|471898|fgenesh2_kg.1__1852__AT1G16970.1 3260 0.0
> Ahg471898 jgi|Araly1|471898|fgenesh2_kg.1__1852__AT1G16970.1
Length=2257
Score = 3260 bits (1765), Expect = 0.0
Identities = 2024/2142 (94%), Gaps = 45/2142 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 62 GTTCTTGTTAGAAGATGGAATTGGACCCAGATGATGTTTTCAGAGATGAAGACGAAGACC 121
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 43 GTTCTTGTCAGGAGATGGAATTGGACCCAGATGATGTTTTCAGAGATGAAGACGAAGACC 102
Query 122 CAGAAAACGATTTCTTTCAGGAAAAAGAGGCTTCCAAAGAATTTGTAGTCTATCTAATTG 181
|||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 103 CAGAAAGCGAATTCTTTCAGGAAAAAGAGCCTTCCAAGGAATTTGTAGTCTATCTAATTG 162
Query 182 ATGCTTCTCCCAAAATGTTCTGCTCTACTTGCCCCTCTGAGGAAGAGGACAAACAAGAAA 241
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 163 ATGCTTCTCCCAAAATGTTCAGCTCTACTTGCCCTTCTGAGGAAGAGGACAAACAAGAAA 222
Query 242 GTCATTTTCACATTGCTGTTAGTTGCATTGCTCAGTCACTCAAGGCTCATATTATCAATC 301
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 223 GTCATTTTCATATTGCTGTTAGTTGCATTGCTCAGTCGCTCAAGTCTCATATTATCAATC 282
Query 302 GGTCAAATGATGAAATAGCTATATGTTTCTTTAACACTCGTGAAAAGAAGAATCTTCAGG 361
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 283 GGTCAAATGATGAAATAGCGATATGCTTCTTTAACACTCGTGAAAAGAAGAATCTTCAGG 342
Query 362 ATCTAAATGGTGTTTATGTCTTTAATGTTCCAGAGAGGGATAGTATTGACCGTCCAACAG 421
|||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||
Sbjct 343 ATCTCAATGGTGTCTATGTCTTTAATGTTCTAGAGAGAGATTGTATTGACCGCCCAACAG 402
Query 422 CGAGGCTGATTAAAGAATTCGATCTCATAGAAGAATCATTTGATAAGGAAATTGGCAGTC 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 403 CGAGGCTGATTAAAGAATTCGATCTCATAGAAGAATCATTTGATAAGGATATTGGCAGTC 462
Query 482 AAACTGGTATTGTCTCAGATTCTCGGGAGAATTCCCTTTATAGTGCTCTCTGGGTTGCAC 541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 AAACTGGTATTGTCTCAGATTCTCGGGAGAATTCCCTTTATAGTGCTCTCTGGGTTGCAC 522
Query 542 AAGCACTACTGCGCAAAGGATCTTTAAAGACAGCAGATAAACGCATGTTTCTATTCACTA 601
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 523 AAGCACTACTGCGCAAAGGATCTTCAAAGACAGCAGATAAGCGCATGTTTCTGTTCACTA 582
Query 602 ATGAAGATGATCCTTTTGGGAGTATGAGGATCTCTGTTAAAGAGGATATGACGAGGACGA 661
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 ATGAAGATGATCCTTTTGGGAATATGAGGATCTCTGTAAAAGAGGATATGACGAGGACGA 642
Query 662 CGTTGCAGAGAGCTAAGGATG---CACAAGACCTTGGCATCTCAATCGAGCTTCTACCAC 718
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| || |
Sbjct 643 CATTGCAGAGAGCTAAGGATGATTTACAAGACCTTGGCATTTCAATTGAGCTTCTTCCCC 702
Query 719 TCAGTCAACCTGATAAGCAATTCAATATAACTCTCTTCTACAAGG---ATCTAATTGGAT 775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 703 TCAGTCAACCTGATAAGCAATTCAATATAACTCTCTTCTACAAGGTTAATTTAATTGGAT 762
Query 776 TAAACAGTGATGAACTTACGGAGTTCATGCCATCAGTTGGACAGAAATTAGAGGACATGA 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 763 TAAACAGTGATGAACTTACGGAGTTCATGCCATCAGTTGCACAGAAATTAGAGGACATGA 822
Query 836 AGGACCAACTGAAGAAGCGTGTACTTGCCAAGAGAATAGCAAAAAGAATTACGTTTGTGA 895
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 AGGACCAGCTGAAGAAGCGTGTACTTGCCAAGAGAATAGCAAAAAGAATTACGTTTGTGA 882
Query 896 TCTGTGATGGCTTGTCTATTGAACTGAATGGTTATGCTTTACTCCGTCCGGCTATTCCTG 955
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 TCTGTGATGGTTTGTCTATTGAACTGAATGGTTATGCGTTACTCCGTCCGGCTATTCCTG 942
Query 956 GCAGCATAACCTGGCTTGACTCTACAACTAATCTTCCTGTGAAGGTGGAAAGATCATATA 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 GCAGCATAACCTGGCTTGACTCTACAACTAATCTTCCTGTGAAGGTGGAAAGATCATATA 1002
Query 1016 TCTGTACGGACACTGGAGCTATAATGCAAGATCCTATACAACGGATTCAGCCTTACAAAA 1075
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 TCTGTACGGACACTGGAGCGATAATGCAAGATCCTATACAACGGATTCAGCCTTACAAAA 1062
Query 1076 ATCAGAATATCATGTTTACTGTGGAAGAGCTATCCCAAGTAAAAAGAATCTCAACTGGAC 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 ATCAGAATATCATGTTTACTGTGGAAGAGCTATCCCAAGTAAAAAGAATCTCAACTGGAC 1122
Query 1136 ACTTAAGACTGCTGGGGTTCAAGCCACTTAGTTGCCTCAAAGATTATCACAATTTGAAGC 1195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 ACTTAAGACTGCTGGGGTTCAAGCCACTTAGTTGCCTCAAAGATTATCACAATTTGAAGC 1182
Query 1196 CTTCTACATTTCTCTATCCAAGTGATAAGGAAGTTATAGGGAGCACTCGTGCATTCATTG 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 CTTCTACATTTCTCTATCCAAGTGATAAGGAAGTTATAGGGAGCACTCGTGCATTCATTG 1242
Query 1256 CCTTGCATAGATCCATGATACAGCTTGAACGTTTTGCTGTTGCATTTTATGGCGGTACTA 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1243 CCTTGCATAGATCCATGATACAGCTTGAACGTTTTGCTGTTGCATTTTATGGCGGCACTA 1302
Query 1316 CACCTCCGAGATTGGTTGCTCTTGTTGCTCAGGATGAAATCGAGAGTGATGGTGGTCAAG 1375
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 CACCTCCGAGATTGGTTGCACTTGTTGCTCAGGATGAAATCGAGAGTGATGGTGGTCAAG 1362
Query 1376 TGGAGCCACCAGGGATAAACATGATATATCTTCCATATGCTAATGATATTAGAGATATCG 1435
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 TGGAGCCACCAGGGATGAACATGATATATCTTCCATATGCTAATGATATTAGAGATATCG 1422
Query 1436 ACGAGTTGCATTCAAAACCAGGTGTAGCTGCTCCTCGCGCATCAGATGATCAGCTTAAAA 1495
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1423 ACGAGTTGCACTCAAAACCTGGTGTAGCTGCTCCTCGCGCATCAGAGGATCAGCTTAAAA 1482
Query 1496 AAGCATCAGCTCTAATGCGACGTCTAGAGTTAAAAGACTTTTCGGTTTGCCAATTTGCTA 1555
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1483 AAGCATCAGCTCTAATGCGACGTCTGGAGTTAAAAGACTTTTCCGTTTGCCAATTTGCTA 1542
Query 1556 ATCCCGCTTTGCAGAGACACTATGCTATCTTACAAGCCATTGCACTGGATGAAAACGAGC 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1543 ATCCCGCTTTGCAGAGACACTATGCTATCTTACAAGCCATTGCACTCGATGAAAACGAGA 1602
Query 1616 TTCGTGAAACCAGAGATGAAACACTTCCTGACGAAGAAGGAATGAACAGACCTGCAGTTG 1675
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 TTAGTGAAACCAGAGATGAAACGCTTCCTGACGAAGAAGGAATGAACAGACCTGCAGTTG 1662
Query 1676 TAAAAGCAATAGAACAATTT-AAGCAGTCGATTTATGGCGATGACCCTGATGAAGAAAGT 1734
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 TAAAAGCAATAGAA-AATTTTAAGCAGTCGATTTACGGCGATGACCCTGATGAAGAAAGT 1721
Query 1735 GACTCAGGGGCAAAGGAGAAATCAAAAAAGCGAAAAGCCGGTGACGCAGATGATGGAAAA 1794
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | || ||||||||||||
Sbjct 1722 GACTCAGGGGCAAAGGAGAAATCAAGAAAGCGAAAAGCTGGTAATGCGGATGATGGAAAA 1781
Query 1795 TATGACTATATAGAGCTTGCAAAAACCGGAAAGCTGAAGGACTTGACTGTGGTCGAACTG 1854
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 TACGACTATATAGAGCTTGCAAAAACCGGAAAGCTGAAGGACTTGACTGTGGTCGAACTG 1841
Query 1855 AAGACATATCTGACTGCCAACAATCT-CCTCGTCAGCGGGAAGAAAGAAGTTCTGATCAA 1913
|||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1842 AAGACATATCTGACTGCCAACAATCTTCCCC-TCGGCGGGAAGAAAGAAGTTTTGATCAA 1900
Query 1914 TCGGATTCTGACTCACATTGGTAAATAAC-TT-T-AACCGTGAGTTATATAACTCCTGCT 1970
|||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||| ||||| | ||||||||
Sbjct 1901 TCGGATTCTGACTCACGTTGGTAAATAACATTATTAACCGTGACTTATA-A-CTCCTGCT 1958
Query 1971 AGAGAAGCTACGTTTTAGTTT---T-ATTGAAAAGCTTGTCTGTTTTTGATGGGAACTGG 2026
||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1959 AGAGAAGCTACGTTTTAGTTTCCGTTATCGAAAAGCTTGTCGGTTTTTGATGGGAACTGG 2018
Query 2027 ACCCATTTATCTTCCGGGTCATTGTTCATCGTTTTGCCTCAGCTACAAAGGGTTTTAGAT 2086
||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2019 ACCCAGTTATCTTCCGGTTCATTGTTCAACGTTTTGCCTCACCTACAAAGG-T------- 2070
Query 2087 TTAACTGTAATGGTCTCTTTTGGGTAATCACTAATTTGTGATCTTGGCTCTAACTTTATG 2146
|| || ||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||
Sbjct 2071 ----CT--------CT-TTT-GGGTAACCACTAATTTGTTATCTTTGTTCTAACTTTATG 2116
Query 2147 GTGGAGTTTATA-TTTGACGAATTCCATAAG-GTTCTTTATA 2186
|||||||||||| ||| ||||| ||||||| || |||||||
Sbjct 2117 GTGGAGTTTATAGTTT-ACGAAATCCATAACAGT-CTTTATA 2156
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87874195215
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5