BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17060.1
Length=1817
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494050 jgi|Araly1|494050|fgenesh2_kg.7__3483__AT1G17060.1 2852 0.0
Ahg471904 jgi|Araly1|471904|fgenesh2_kg.1__1858__AT1G17060.1 2704 0.0
> Ahg494050 jgi|Araly1|494050|fgenesh2_kg.7__3483__AT1G17060.1
Length=1791
Score = 2852 bits (1544), Expect = 0.0
Identities = 1717/1799 (95%), Gaps = 18/1799 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 TTTTATCACATTTCTTTTCTACAGTA---------TTTTCTCTATTCACGCATATATATA 69
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTATCACATTTCTTTTCTACAGTATTTTTTTTTTTTTTTCTATTCACGCATATATATA 60
Query 70 GATATCCAGCTGCCTCCAACATATATAGTCAACTGATGAAATTATAAGCATCATCATTAT 129
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATATACAGCTGCCTCCAACATATATAGTCAACTGATGAAATTATAAGCATCATCATTAT 120
Query 130 AGTTTTGTCTCctttttttcttcttcttttctttttctttctagctactctcttcttcAT 189
|||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 121 AGTTTTGTCTCCTTTTTTTCTT-TTC----C-TTTACTTTCTAGCTCCTCCCTTCTTCAT 174
Query 190 AGCTAGATCAAGATGTTAGAGATCATTACGGTAAGAAAAGTGTTCTTGATCGGATTCTTG 249
|| |||||||||||| | ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 AGATAGATCAAGATGATGGAGATTAATATAGTAAGAAAAGTGTTCTTGATCGGATTCTTG 234
Query 250 ATCTTGATACTGAATTGGGTATGGAGAGCTGTGAATTGGGTTTGGTTAAGGCCAAAGAGA 309
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 ATCTTGATTCTGAATTGGGTATGGAGAGCTGTGAATTGGGTTTGGTTAAGGCCAAAGAGA 294
Query 310 CTGGAGAAATATCTGAAGAAACAAGGATTCTCTGGGAATTCTTATAGAATTTTAATGGGA 369
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 295 CTAGAGAAATATCTGAAGAAACAAGGATTTTCTGGGAATTCTTATAGGATTTTGATGGGA 354
Query 370 GATATGAGAGAGAGTAATCAGATGGATCAAGTTGCTCACTCTCTTCCTCTTCCTCTCGAC 429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GATATGAGAGAGAGTAATCAGATGGATCAAGTTGCTCACTCTCTTCCTCTTCCTCTCGAC 414
Query 430 GCCGATTTTCTCCCTCGCATGATGCCTTTTCTCCACCACACTGTTCTAAAACATGGGAAG 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GCCGATTTTCTCCCTCGCATGATGCCTTTTCTCCACCACACTGTTCTAAAACATGGGAAG 474
Query 490 AAGTGTTTCACATGGTACGGACCGTACCCGAACGTGATAGTAATGGATCCAGAGACACTC 549
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AAGTGTTTCACATGGTACGGACCGTACCCGAACGTGATAGTAATGGATCCAGAGACACTA 534
Query 550 CGAGAGATTATGTCAAAACACGAACTCTTTCCAAAACCAAAGATCGGGTCACATAATCAT 609
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 535 CGAGAGATTATGTCAAAACACGAACTCTTTCCGAAACCAAAGATTGGGTCACATAATCAT 594
Query 610 GTTTTCCTAAGTGGTCTTCTCAATCACGAAGGTCCTAAATGGTCCAAGCATCGAAGCATT 669
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GTTTTTCTCAGTGGTCTTCTCAATCACGAAGGTCCTAAATGGTCCAAGCATCGAAGCATT 654
Query 670 CTTAATCCTGCTTTTCGTATTGATAATTTGAAGAGCATACTACCAGCATTTAACTCGAGT 729
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 655 CTTAATCCTGCTTTTCGTATCGATAATTTGAAGAGCATACTACCAGCATTCAACTCGAGT 714
Query 730 TGCAAAGAAATGTTAGAAGAATGGGAGAGATTAGCCTCAGCAAAAGGAACAATGGAACTT 789
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 715 TGCAAAGAGATGTTAGAAGAATGGGAGAAATTAGCTTCAGCAAAAGGAACAGTGGAACTT 774
Query 790 GATTCATGGACTCACTGTCATGACTTAACCAGAAACATGCTTGCTCGTGCTTCTTTTGGT 849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GATTCATGGACTCACTGTCATGACTTAACCAGAAACATGCTTGCTCGTGCTTCTTTTGGT 834
Query 850 GATTCCTACAAAGATGGTATCAAGATCTTCGAAATCCAACAAGAACAGATTGATCTTGGT 909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 835 GATTCCTACAAAGATGGTATCAAGATCTTCGAAATCCAACAAGAGCAGATCGATCTTGGT 894
Query 910 CTCCTTGCTATTCGAGCCGTCTACATTCCTGGCTCAAAGTTTTTGCCAACAAAGTTCAAC 969
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CTCCTTGCTATTCGAGCCGTCTACATTCCTGGATCAAAATTTTTGCCAACAAAGTTCAAC 954
Query 970 AGGAGGTTGAGAGAAACCGAAAGGGACATGAGGGCTATGTTTAAAGCGATGATTGAGACA 1029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 955 AGGAGGTTGAGAGAAACCGAAAGGGACATGAGGGCTATGTTTAAAGCTATGATTGAGACT 1014
Query 1030 AAAGAGGAGGAGATAAAAAGAGGAAGAGCTGGTCAAAATGTGACTTCTTCATTGTTTGTT 1089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1015 AAAGAGGAGGAGATAAAAAGAGGAAGAGCTGGTCAAAATGTCACTTCTTCATTGTTTGTT 1074
Query 1090 TGGACACTTGTTGCTCTAAGCCAACATCAAGATTGGCAAAACAAAGCAAGAGACGAGATT 1149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1075 TGGACACTTGTTGCTCTAAGCCAACATCAAGATTGGCAAAACAAAGCAAGAGACGAGGTT 1134
Query 1150 TCTCAGGCCTTCGGTAACAACGAACCCGATTTCGAAGGGCTAAGCCACCTGAAAGTCGTA 1209
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1135 TCTCAGGCCTTCGGTAACAACGAGCCAGATTTCGAAGGGTTAAGCCACCTGAAAGTTGTA 1194
Query 1210 ACAATGATCCTCCATGAAGTTCTACGACTCTATTCACCAGCTTACTTCACATGTCGGATA 1269
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ACAATGATCCTCCATGAAGTTCTAAGGCTCTATTCACCAGCTTACTTCACATGTCGGATA 1254
Query 1270 ACTAAACAAGAAGTGAAGCTAGAGAGATTCTCTTTACCTGAAGGAGTTGTAGTAACAATA 1329
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1255 ACTAAACAAGAAGTGAAGTTAGAGAGATTCTCTTTACCCGAAGGAGTTGTGGTCACAATA 1314
Query 1330 CCAATGCTCTTGGTGCACCATGATTCTGATCTTTGGGGAGACGATGTGAAAGAGTTTAAG 1389
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1315 CCAATGCTCTTGGTGCACCATGATCCTGACCTTTGGGGAGACGATGTGAAACAGTTTAAG 1374
Query 1390 CCCGAGAGATTCGCCAATGGCGTGGCGGGTGCAACCAAAGGAAGACTCTCCTTCTTGCCA 1449
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 CCCGAGAGATTCGTTAATGGCGTGGCGGGTGCAACCAAAGGAAGACTCTCCTTCTTGCCA 1434
Query 1450 TTTAGCTCGGGCCCTCGGACTTGTATCGGTCAGAACTTTTCGATGTTGCAAGCTAAACTC 1509
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TTTAGCTCGGGCCCTCGGACTTGTATCGGTCAAAACTTTTCCATGTTGCAAGCTAAACTC 1494
Query 1510 TTCTTGGCAATGGTACTTCAAAGGTTCAGTGTTGAACTCTCTCCATCGTATACTCATGCT 1569
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 TTCTTGGCAATGGTACTTCAAAGGTTCAGTGTAGAGCTCTCTCCATCGTATACTCATGCT 1554
Query 1570 CCTTTCCCAGCTGCAACTACATTTCCACAACATGGAGCTCATTTGATCATCCGAAAACTG 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1555 CCTTTCCCAGCTGCAACTACATTTCCACAACATGGAGCTCATTTGATCATCCGAAAAGTT 1614
Query 1630 TAGGAGGTAGAAGAATGAGGaaaaaaaTGTAAAGGTGCTTCCttt-ttttttGTTCATCA 1688
||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1615 TAGGAGGTAGAAGAA-GAAGAAAAAA-TGTAAAGGTGCTTCCTTTCTTTTTTGTTCATCA 1672
Query 1689 ACAAAACAGAACCTTGAAGGTGTGTAGTGGTAAATGCAGTTTGAATCCGGTCAAGAAATC 1748
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1673 ACAAAACAGAACCTTGAAGGTGTCTAGTGGTAAATGCAGTTTGAATCCTGTCAAGAAATC 1732
Query 1749 TTATTTGGGTGTTTTTGTATATATGAAACAAATTAAAATCTAGAAATTTCATAAGAttt 1807
||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1733 TTATTTGGGTGTTTTTGTATATAAGAAACAGATTCAAATCTATAAATTTCATAAGATTT 1791
> Ahg471904 jgi|Araly1|471904|fgenesh2_kg.1__1858__AT1G17060.1
Length=1770
Score = 2704 bits (1464), Expect = 0.0
Identities = 1694/1799 (94%), Gaps = 39/1799 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 TTTTATCACATTTCTTTTCTACAGTA---------TTTTCTCTATTCACGCATATATATA 69
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTATCACATTTCTTTTCTACAGTATTTTTTTTTTTTTTTCTATTCACGCATATATATA 60
Query 70 GATATCCAGCTGCCTCCAACATATATAGTCAACTGATGAAATTATAAGCATCATCATTAT 129
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATATACAGCTGCCTCCAACATATATAGTCAACTGATGAAATTATAAGCATCATCATTAT 120
Query 130 AGTTTTGTCTCctttttttcttcttcttttctttttctttctagctactctcttcttcAT 189
|||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 121 AGTTTTGTCTCCTTTTTTTCTT-TTC----C-TTTACTTTCTAGCTCCTCCCTTCTTCAT 174
Query 190 AGCTAGATCAAGATGTTAGAGATCATTACGGTAAGAAAAGTGTTCTTGATCGGATTCTTG 249
|| |||||||||||| | ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 AGATAGATCAAGATGATGGAGATTAATATAGTAAGAAAAGTGTTCTTGATCGGATTCTTG 234
Query 250 ATCTTGATACTGAATTGGGTATGGAGAGCTGTGAATTGGGTTTGGTTAAGGCCAAAGAGA 309
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 ATCTTGATTCTGAATTGGGTATGGAGAGCTGTGAATTGGGTTTGGTTAAGGCCAAAGAGA 294
Query 310 CTGGAGAAATATCTGAAGAAACAAGGATTCTCTGGGAATTCTTATAGAATTTTAATGGGA 369
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 295 CTAGAGAAATATCTGAAGAAACAAGGATTTTCTGGGAATTCTTATAGGATTTTGATGGGA 354
Query 370 GATATGAGAGAGAGTAATCAGATGGATCAAGTTGCTCACTCTCTTCCTCTTCCTCTCGAC 429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GATATGAGAGAGAGTAATCAGATGGATCAAGTTGCTCACTCTCTTCCTCTTCCTCTCGAC 414
Query 430 GCCGATTTTCTCCCTCGCATGATGCCTTTTCTCCACCACACTGTTCTAAAACATGGGAAG 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GCCGATTTTCTCCCTCGCATGATGCCTTTTCTCCACCACACTGTTCTAAAACATGGGAAG 474
Query 490 AAGTGTTTCACATGGTACGGACCGTACCCGAACGTGATAGTAATGGATCCAGAGACACTC 549
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AAGTGTTTCACATGGTACGGACCGTACCCGAACGTGATAGTAATGGATCCAGAGACACTA 534
Query 550 CGAGAGATTATGTCAAAACACGAACTCTTTCCAAAACCAAAGATCGGGTCACATAATCAT 609
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 535 CGAGAGATTATGTCAAAACACGAACTCTTTCCGAAACCAAAGATTGGGTCACATAATCAT 594
Query 610 GTTTTCCTAAGTGGTCTTCTCAATCACGAAGGTCCTAAATGGTCCAAGCATCGAAGCATT 669
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GTTTTTCTCAGTGGTCTTCTCAATCACGAAGGTCCTAAATGGTCCAAGCATCGAAGCATT 654
Query 670 CTTAATCCTGCTTTTCGTATTGATAATTTGAAGAGCATACTACCAGCATTTAACTCGAGT 729
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 655 CTTAATCCTGCTTTTCGTATCGATAATTTGAAGAGCATACTACCAGCATTCAACTCGAGT 714
Query 730 TGCAAAGAAATGTTAGAAGAATGGGAGAGATTAGCCTCAGCAAAAGGAACAATGGAACTT 789
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 715 TGCAAAGAGATGTTAGAAGAATGGGAGAAATTAGCTTCAGCAAAAGGAACAGTGGAACTT 774
Query 790 GATTCATGGACTCACTGTCATGACTTAACCAGAAACATGCTTGCTCGTGCTTCTTTTGGT 849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GATTCATGGACTCACTGTCATGACTTAACCAGAAACATGCTTGCTCGTGCTTCTTTTGGT 834
Query 850 GATTCCTACAAAGATGGTATCAAGATCTTCGAAATCCAACAAGAACAGATTGATCTTGGT 909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 835 GATTCCTACAAAGATGGTATCAAGATCTTCGAAATCCAACAAGAGCAGATCGATCTTGGT 894
Query 910 CTCCTTGCTATTCGAGCCGTCTACATTCCTGGCTCAAAGTTTTTGCCAACAAAGTTCAAC 969
||||| |||||||| | | | || |||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CTCCTCGCTATTCG-----T----------G-C-CA---TTTTTGCCAACAAAGTTCAAC 934
Query 970 AGGAGGTTGAGAGAAACCGAAAGGGACATGAGGGCTATGTTTAAAGCGATGATTGAGACA 1029
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 935 AGGAGGTTGAGAGATTC-GAAAGGGACATGAGGGCTATGTTTAAAGCTATGATTGTGACT 993
Query 1030 AAAGAGGAGGAGATAAAAAGAGGAAGAGCTGGTCAAAATGTGACTTCTTCATTGTTTGTT 1089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 994 AAAGAGGAGGAGATAAAAAGAGGAAGAGCTGGTCAAAATGTCACTTCTTCATTGTTTGTT 1053
Query 1090 TGGACACTTGTTGCTCTAAGCCAACATCAAGATTGGCAAAACAAAGCAAGAGACGAGATT 1149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1054 TGGACACTTGTTGCTCTAAGCCAACATCAAGATTGGCAAAACAAAGCAAGAGACGAGGTT 1113
Query 1150 TCTCAGGCCTTCGGTAACAACGAACCCGATTTCGAAGGGCTAAGCCACCTGAAAGTCGTA 1209
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1114 TCTCAGGCCTTCGGTAACAACGAGCCAGATTTCGAAGGGTTAAGCCACCTGAAAGTTGTA 1173
Query 1210 ACAATGATCCTCCATGAAGTTCTACGACTCTATTCACCAGCTTACTTCACATGTCGGATA 1269
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 ACAATGATCCTCCATGAAGTTCTAAGGCTCTATTCACCAGCTTACTTCACATGTCGGATA 1233
Query 1270 ACTAAACAAGAAGTGAAGCTAGAGAGATTCTCTTTACCTGAAGGAGTTGTAGTAACAATA 1329
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1234 ACTAAACAAGAAGTGAAGTTAGAGAGATTCTCTTTACCCGAAGGAGTTGTGGTCACAATA 1293
Query 1330 CCAATGCTCTTGGTGCACCATGATTCTGATCTTTGGGGAGACGATGTGAAAGAGTTTAAG 1389
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1294 CCAATGCTCTTGGTGCACCATGATCCTGACCTTTGGGGAGACGATGTGAAACAGTTTAAG 1353
Query 1390 CCCGAGAGATTCGCCAATGGCGTGGCGGGTGCAACCAAAGGAAGACTCTCCTTCTTGCCA 1449
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 CCCGAGAGATTCGTTAATGGCGTGGCGGGTGCAACCAAAGGAAGACTCTCCTTCTTGCCA 1413
Query 1450 TTTAGCTCGGGCCCTCGGACTTGTATCGGTCAGAACTTTTCGATGTTGCAAGCTAAACTC 1509
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1414 TTTAGCTCGGGCCCTCGGACTTGTATCGGTCAAAACTTTTCCATGTTGCAAGCTAAACTC 1473
Query 1510 TTCTTGGCAATGGTACTTCAAAGGTTCAGTGTTGAACTCTCTCCATCGTATACTCATGCT 1569
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474 TTCTTGGCAATGGTACTTCAAAGGTTCAGTGTAGAGCTCTCTCCATCGTATACTCATGCT 1533
Query 1570 CCTTTCCCAGCTGCAACTACATTTCCACAACATGGAGCTCATTTGATCATCCGAAAACTG 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1534 CCTTTCCCAGCTGCAACTACATTTCCACAACATGGAGCTCATTTGATCATCCGAAAAGTT 1593
Query 1630 TAGGAGGTAGAAGAATGAGGaaaaaaaTGTAAAGGTGCTTCCttt-ttttttGTTCATCA 1688
||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1594 TAGGAGGTAGAAGAA-GAAGAAAAAA-TGTAAAGGTGCTTCCTTTCTTTTTTGTTCATCA 1651
Query 1689 ACAAAACAGAACCTTGAAGGTGTGTAGTGGTAAATGCAGTTTGAATCCGGTCAAGAAATC 1748
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1652 ACAAAACAGAACCTTGAAGGTGTCTAGTGGTAAATGCAGTTTGAATCCTGTCAAGAAATC 1711
Query 1749 TTATTTGGGTGTTTTTGTATATATGAAACAAATTAAAATCTAGAAATTTCATAAGAttt 1807
||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1712 TTATTTGGGTGTTTTTGTATATAAGAAACAGATTCAAATCTATAAATTTCATAAGATTT 1770
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68219628795
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5