BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17070.1
Length=2743
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471905 jgi|Araly1|471905|fgenesh2_kg.1__1859__AT1G17070.1 4305 0.0
> Ahg471905 jgi|Araly1|471905|fgenesh2_kg.1__1859__AT1G17070.1
Length=2721
Score = 4305 bits (2331), Expect = 0.0
Identities = 2598/2728 (95%), Gaps = 14/2728 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 CTCCGATAGTTTGGAAAATTCGCA-GAGTTTCAGATCTAGTTTCTTCGCCATGGATGAGT 73
||| |||| |||||||| || | | ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1 CTCTGATATTTTGGAAACTTTG-AGGAGTTTCGGATCTAGTTTCGTCGCCATGGACGAGT 59
Query 74 ATCAAGATATGGAGAGATTCAGTATGGATAATGACTACGAAGGAGGTCGATGGGAAGGTG 133
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 ATCAAGAGATGGAGAGATTTAGTATGGATAATGACTACGAAGGAGGTCGATGGGAAGGTG 119
Query 134 ACGAGTTCGTATACCAGAAGAGGAAGGAGAAACGGAAACAAACCAAAAACGACGCTACTT 193
|||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 ACGAGTTCGTATACGAAAAGAGGAAGGAGAAGCGGAAGCAAACCAAAAACGACGCTACTT 179
Query 194 ATGGAATCTTCGCTGAGAGCGATTCGGATTCCGATGATTCTGGCGGCGGCGGCAGTCGTA 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 ATGGAATCTTCGCTGAGAGCGATTCGGATTCCGATGATTCTGGCGGCGGCGGCAGTCGTA 239
Query 254 GGAAGAGGCGTAAGGATCGTGATTCGGGAAGGAAAGCAGACTTAACCAAGCCTGTCAATT 313
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GGAAGAGGCGTAAGGATCGTGATTCGGGAAGGAATGCCGACTTAACCAAGCCTGTCAATT 299
Query 314 TTGTATCTACAGGTACGGTTATGCCGAATCAAGAGATTGATAAGGATTCTAGAGAACATA 373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TTGTATCTACAGGTACGGTTATGCCGAATCAAGAGATTGATAAGGATTCTAGAGAACATA 359
Query 374 ATGATGAGAAAGATAGGGATAAAATCGAAGATAATGATATGATTGATGAGGATGTTGAAG 433
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 360 ATGATGAGAAAGATAGGGATAGAATCGAAGATAGTGATATGATTGATGACGATGTTGAAG 419
Query 434 TTAGAGGTGGATTGGGTATTGGTAGCTCAGGTTTAGGGTTAGGGTTTAATGCGAATGGTT 493
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTAGAGGTGGATTGGGTATGGGAAGCTCAGGTTTAGGGTTAGGGTTTAATGCGAATGGTT 479
Query 494 TTGATGATGAGGACAATCTTTTACCGGGTGCATTGGGGAAGAAGATAGCTGATCGGGCAA 553
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 480 TTGATGATGAGGACAATCTCTTACCGGGTGCATTGGGGAAGAAGATAGCTGATGGGGCAA 539
Query 554 AGATGAGAGGGAAGG-CAAAGGTGGAGAAGAGAGGTCAAGAGGGTGGTGGTGCAAAGGGA 612
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AGATGAGAGGGAAGGCCAAA-ATGGAGAAGAGAGGTCAAGAGGGTGGTGGTGCAAAGGGA 598
Query 613 GGAAAGAAGAATACTTTAGGCA-GTGATATAGGTCAGTTTGAGAAGTCTACTAAAGGAAT 671
|||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 599 GGAAAGAAGAATACCTTAGG-AGGTGATATAGGTAAGTTTGAGAAATCTACTAAAGGAAT 657
Query 672 TGGTATGAAGCTGCTTGAAAAGATGGGGTACAAGGGAGGTGGGCTTGGGAAGAACCAGCA 731
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 658 AGGTATGAAGCTGCTTGAAAAGATGGGGTATAAGGGAGGTGGGCTTGGGAAGAATCAGCA 717
Query 732 AGGTATTGTAGCTCCTATTGAAGCGCAGTTGAGGCCGAAGAATATGGGTATGGGGTATAA 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AGGTATTGTAGCTCCTATTGAAGCGCAGTTGAGGCCGAAGAATATGGGTATGGGGTATAA 777
Query 792 TGATTTCAAGGAGGCAAAGTTACCCGATTTAAAGAAGGTTGAAGAGAAGAAGATTATTGG 851
|||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 778 TGATTTCAAGGAAGCAAAGTTGCCTGATTTAAACAAGGTTGAGGAGAAGAAGATTGTTGG 837
Query 852 AGTCAGTGTCAGTGAGAATGAACAGAGCCATGGTGATAGAGGAGGGAAAAATCTTTGGAA 911
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GGTCAGTGTCAGTGAGAATGAACAGAGTCATGGTGATAGAGGAGGGAAAAATCTTTGGAA 897
Query 912 AAAGAAGAAGGTGAGGAAGGCAGTTTATGTCACTGCAGAGGAGTTGTTGGAAAAGAAGCA 971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 898 GAAGAAGAAGGTGAGGAAGGCAGTTTATGTCACTGCAGAGGAGTTGTTGGAGAAGAAGCA 957
Query 972 GGAAGC-GGGGTTTGGTGGTGGGCAGACCATTATTGATATGCGAGGACCACAAGTTCGGG 1030
|||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GGAA-CAGGGCTTTGGTGGTGGGCAGACCATTATTGATATGCGAGGACCACAAGTTCGGG 1016
Query 1031 TTGTGACAAATTTGGAAAATTTAGATGCAGAGGAGAAAGCAAAAGAAGCAGATGTTCCAA 1090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TTGTGACAAATTTGGAAAATTTAGATGCAGAGGAGAAAGCAAAAGAAGCAGATGTTCCAA 1076
Query 1091 TGCCGGAGTTGCAACACAACTTGCGCTTGATTGTTGATCTAGTTGAGCATGAAATTCAAA 1150
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1077 TGCCGGAGTTACAACACAACTTACGCTTGATTGTTGATCTAGTTGAGCATGAAATTCAGA 1136
Query 1151 AGATTGATAGGGACTTGAGGAACGAGAGAGAATCAGCCTTGA-GCTTACAGCAGGAGAAG 1209
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1137 AGATTGATAGGGACTTGAGGAATGAGAGAGAATCAGCCTT-ATGCTTACAGCAGGAGAAG 1195
Query 1210 GAGATGCTTATAAATGAGGAAGAGAAACAAAAAAGACACTTGGAAAACATGGAATATATC 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1196 GAGATGCTTATAAATGAGGAAGAGAAACAAAAAAGACACTTAGACAACATGGAATATATC 1255
Query 1270 GCAGATGAAATAAGTCGAATCGAGCTTGAGAATACATCTGGGAATTTGACGCTGGACTCA 1329
||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1256 GCAGATGAAATTAGTCGAATTGAGCTGGAAAATACGGCTGGGAATTTGACACTGGACTCA 1315
Query 1330 CTTGCTATTCGTTTCGAGGACCTGCAAACAAGCTATCCTGATGATTATAAGCTTTGTAGC 1389
||||| | |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1316 CTTGCGAATCGTTTTGAGGACCTTCAAACATGCTATCCTGATGATTATAAGCTTTGTAAC 1375
Query 1390 TTGTCCACCATTGCTTGCTCACTGGCCTTGCCTCTCTTTATCAGAATGTTTCAGGGTTGG 1449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1376 TTGTCCACCATTGCTTGCTCACTGGCCTTGCCTCTCTTTATTAGGATGTTTCAGGGTTGG 1435
Query 1450 GACCCTCTTAGTGATGCAGTGCATGGTCTCAAGGCTATATCTTCTTGGAGAAAGCTTTTG 1509
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 GACCCTCTTAGGGATCCAGTGCATGGTCTCAAGGCTATATCTTCTTGGAGAAAGCTTTTG 1495
Query 1510 GAAGTCGAGGAAGATCATAATATCTGGGTAGTCTCAACGCCTTATAGCCAACTAGTCTCG 1569
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GAAGTCGAGGAAGATCAAAATATCTGGGTAGTTTCAACGCCTTATAGCCAACTAGTCTCG 1555
Query 1570 GAGGTAGTGTTACCTGCTGTTCGAATAGCAGGCATTAATACCTGGGAACCCAGAGACCCT 1629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1556 GAGGTAGTGTTACCTGCTGTTCGAATAGCAGGCATTAATACCTGGGAACCTAGAGACCCT 1615
Query 1630 GAGCCGATGCTTAGATTTTTAGAGACATGGGAAACTTTGCTGCCTTCATCTGTATTGCAA 1689
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1616 GAGCCGATGCTTAGATTTTTAGAGACATGGGAAAATTTGCTGCCTTCATCTGTCTTGCAT 1675
Query 1690 ACGATTTTGGACACAGTAGTGCTACCAAAGTTGTCAACTGCTGTTGAATATTGGGATCCA 1749
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 ACGATTTTGGACACAGTAGTGCTGCCAAAATTGTCAACTGCTGTTGAATATTGGGATCCA 1735
Query 1750 CGAAGGGAACTTGTTGCCATCCATGTTTGGGTGCATCCTTGGTTGCCTATACTTGGTCAG 1809
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1736 CGAAGGGAACTTGTTGCCATCCATGTTTGGGTTCATCCTTGGTTGCCAATACTTGGTGAG 1795
Query 1810 AAGTTGGAGTTTCTTTATCAGATCATTCAGATGAAATTGAGTAATGTTCTTGATGCTTGG 1869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 AAGTTGGAGTTTCTTTATCAGATCATTCAGATGAAATTGAGTAATGTTCTTGATGCTTGG 1855
Query 1870 CATCCCAGTGATTCATCTGCCTACACTATTCTTTCACCATGGAAGACCGTTTTTGATACT 1929
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CATCCCAGTGATTCATCTGCGTACACTATTCTTTCCCCATGGAAGACCGTTTTTGATACT 1915
Query 1930 ACAAGCTGGGAACAGCTTATGCGACGTTACATAGTTCCGAAACTTCAGCTGGCTTTGCAA 1989
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TCAAGCTGGGAACAGCTTATGCGCCGTTACATAGTTCCCAAACTTCAGCTGGCTTTGCAA 1975
Query 1990 GAGTTTCAGGTAAACCCGGCAAACCAGAATTTAGAACGGTTTGATTGGGTTATGAAGTGG 2049
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1976 GAGTTTCAGATAAACCCGGCAAACCAGAATTTAGAACGGTTCCATTGGGTTATGAAGTGG 2035
Query 2050 GCATCTGCAGTACCCATACATCTAATGGCTGATATGATGGAGAGGTTCTTCTTCCCCAAA 2109
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GCATCTGCAGTACCCATACATATAATGGCTGATTTGATGGGGAGGTTCTTCTTCCCCAAA 2095
Query 2110 TGGCTGGATGTGTTGTACCATTGGTTGCGTGCTAAACCAAGGTTCGAAGAGATCCAGGGA 2169
||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||
Sbjct 2096 TGGCTGGATGTGTTGTACCTTTGGTTGCGTTCTAATCCGGGGTTCGAAGAGATCCACGGA 2155
Query 2170 TGGTATT-ATGGTTGGAAAGAGTTATTCCCGCAAGAGCTTACAGCAAATGAGAGGATCCG 2228
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TGGTATTTA-GGTTGGAAAGAGTTATTCCCGCAAGAGCTTTCAGCAAATGAGAGGATCCG 2214
Query 2229 AATTCAGTTAAAGCGTGGTTTAGATATGTTGATGGAAGCTGTTGAAGGAGTTGAAGTGTC 2288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 AATTCAGTTAAAGCGTGGTTTAGATATGTTGATGGAAGCTGTTGAAGGAGTTGAAGTGTC 2274
Query 2289 TCAGCCAAGAGCAAAGGCAAATGAGCGTACACAGTCCGTGCCGGCTCAGGCTCAAGCTCA 2348
||||||| | |||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 TCAGCCACGGGCAAGGGCAAATGAGCATACACAGTTCGAGCCGGCTCAGGCTCAAGCTCA 2334
Query 2349 GGCCAAGGCTCAGATGGATAGCACTGAAGTGTTGAGTTTGAAAGAAGTCTTGGAAGTATT 2408
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2335 GGCCAAGGCTCAGATGGATAGCACTGAGGTGCTGAGTTTGAAAGAAGTGTTGGAAGTATT 2394
Query 2409 TGCGCAAGAGCAGGAGTTGCTGTTCAAACCTAAACCGAATAGAATGCACAATGGTCTTCA 2468
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 TGCGCAAGAGAAGGAGTTGCTGTTCAAACCTAAACCGAATAGAATGCACAATGGTCTTCA 2454
Query 2469 GATATATGGGTTTGGGAATGTGAGTGTCATTATAGACTCAGTGAACCAGAAGCTGTTGGC 2528
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 GATATATGGGTTTGGGAATGTGAGTGTTATTATAGACTCAGTGAACCAGAAGCTGTTGGC 2514
Query 2529 TCAGAAAGATGGCGGTTGGTTTCTTGTAACCCCTGATGACTTATTGAGGATGCACAACAA 2588
|||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2515 TCAGAAAGATGGAGATTGGTATCTTGTAACTCCTGATGACTTATTAAGGATGCACAACAA 2574
Query 2589 TACAACTGTTTCTGCAAAAAGATAG-TTTCATTTCATTTTGTAAGTTTCCTGATGTAAAA 2647
|||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||| ||
Sbjct 2575 TACAACTGTTTCTGGAAAAAGATAGATTTCGTTTCATTTTGTATGTTTTCTGATGTATAA 2634
Query 2648 ACCATCTTCAATCTCATCACATTTTGTCTCTCTGTCTTAAATTTCATATCTTTGACTTCT 2707
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2635 ACCATCTTCAATCTCATCACATTTTGTCTCTCTATCT-AAATTTCATATCTTTGACTACT 2693
Query 2708 TCTTATTTAGATAACAAAACTCAAATAA 2735
|||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 TCTTATATAGATAACAAAACTCAAATAA 2721
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103491195665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5