BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17110.2
Length=3392
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920619 jgi|Araly1|920619|scaffold_101900.1 4368 0.0
> Ahg920619 jgi|Araly1|920619|scaffold_101900.1
Length=2821
Score = 4368 bits (2365), Expect = 0.0
Identities = 2699/2852 (95%), Gaps = 56/2852 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 430 ATGAATGCGTGTCTGAGGACATGCTTGAACCAAGGGGAGCGGACATACCAATATTGTTCC 489
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAATGCGTGTCTGGGGACATGCTCGAACCAAGGGGAGCGGACATACCAATATTGTTCC 60
Query 490 TGGTTTTGGTTGTACTTCCTGTGGTAGCTTACATTTTATTAGGAAAATGGAGTAACATTT 549
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 TGGTTTTGGTTGTACTTCCTGTGGTAGCTTACATATTATTAGGAAAATGGAGTGACATTT 120
Query 550 CTGAAAAAAGAGTAAGGGCTAACTTGCTGGCTCAGATGGCAGCTGAAGAAGCTTTAAGAG 609
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTGAAAAAAGAGGAAGGGCTAACTTGCTGGCTCAGATGGCAGCTGAAGAAGCTTTAAGAG 180
Query 610 CTGAGACCGTGGTTAATGCGGATAGAGG-TGTAAGATTTGAGAGTGTGGCTACTGAGAAT 668
|||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTGAGACCCTGGTTAATGCGAATAG-GGATGTAAGATTTGAGAGTGTGGCTACTGAGAAT 239
Query 669 AGGGCTCAAAGAACCAGGACCAAGACTGTTTCTGCTGGTG-GTGGTGCTGTAAGAGCAGA 727
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 240 AGGGCTCAAAGAACCAAGACCAAGACTGTTTCTGCT-GTGAGTGCTGCTGTAAGAGCAGA 298
Query 728 GTTTGACGCTGGTGCGAGAGAAACTGTAGCCGAGCAGAGATCTGATTCCGTGACTGCTAC 787
|||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GTTTGACGCTGGTGTGAGTGAGACTGTAGCCGAGCAGAGATCTGATTCCGTGACTGCTAC 358
Query 788 ATGTGGGGTTACAGTTGTGGCTCCTGTCAATAATAATGAGTTACATGTATGTGCAAGGTG 847
||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATGCGGGGTCCCAGTTGTGGCCCCTGTCAATAATAATGAGTTACATGTATGTGCAAGGTG 418
Query 848 TTTTGGTCCTGCTAAGACACGTTGCTCGAGATGTAAATCTGTTAGATACTGCTCCGGGAA 907
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 419 TTTTGGTCCTGCTAAGACACGTTGCTCGAGATGCAAATCTGTTAGATACTGCTCTGGGAA 478
Query 908 GTGTCAAATAATTCACTGGAGGGTAGCTCACAAAGATGAATGTGTCCCAGTGGAGTCTTG 967
||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 479 GTGCCAAATAATTCACTGGAGGATAGCTCATAAAGATGAATGTGTCCCACTGGAGACTTG 538
Query 968 CTCTTCGTCATCTGAGAGGGTTTCCTTCGAGAAAGATTCTGTTTTGTATGACCATGGCAT 1027
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 539 CTCTTCGTCATCTGAGAGGGTTTCCTTTGAGAAAGATTCTGTGTTGTATGACCATGGCAT 598
Query 1028 GGATTCTACAATGTATAGTAACAATACTACGCAGGCAGCAAAGGGAAAGACTTCAAAAAG 1087
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 599 GGATTCTACAATGTATAGTAACAATACTACACAGGCAGCAAAGGGAAAGACTTCAATTAG 658
Query 1088 CTCTGTGGATTTTGCTAGCTTGGGTATCTCTCAGAATGATATTACGCCACAAATCAACAC 1147
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 CTCTGTTGATTTTGCAAGCTTGGGTATCTCTCAGATTGATATTACGCCACAAATCAACAC 718
Query 1148 GCAAGGGAGGAAAAGCGTAGGAAAACAACATTCTTCCAAGGCCAACCGAGAATCATGTAG 1207
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 719 GCAAGGGAGGAAAAGCGTAGGAAAACAAAATTCTTCCAAGTCCAACCGAGAATCATCTAG 778
Query 1208 AAGAGACAGTGC--T-ACTG--TGTT-T---G-A--TTCTTC-TGATGAAGCTGCTTCTG 1254
|||||||||||| | || |||| | | | ||| || || ||||||||||| ||
Sbjct 779 AAGAGACAGTGCTGTGTTTGATTGTTCTGAAGAAGTTTC-TCGTGGTGAAGCTGCTTGTG 837
Query 1255 CTGGTGGCGATAACAAGACGAGTCACA-TAAAACATAAGTCGAGAGGCAACAGTTATGCT 1313
|||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 838 CTGGTGGCGATAACAAGAAGGGTCACACT-AAACATAAGTCGAGAAGCAACAGTTATGCT 896
Query 1314 GCAGAAACAAATCCTAGAAGGCATTCTGTTGACAGCTC-TGCTGTGCAAATGAATGGACA 1372
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 897 GCGGAAACAAATCCTAGAAGGCATTCTGTTGACAGCTCTTG-TGTGCAAATGAATGGACA 955
Query 1373 ATCTTTTGTAAGTGGTATGCAGGAAAGTCACAAACACGAAAACAATTTGGGAGTCAGAAG 1432
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 956 ACCTCTTGTAAGTGGTATGCAGGAAAGTCACAAACACGAAAACAATTTGGGAGTAAGAAG 1015
Query 1433 CTCTTTTGGTTGTCCAAACACACAATATCCTTCAAACGGGACCAGAACTGCAACACTGCC 1492
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1016 CTCTTTTGGTTGTCCAAACACACAATTTCCTGCAAATGGGACCAGAACTGCTACACTGCC 1075
Query 1493 CAGAACAGGTATTAACAAATCTGGAGAACAGTCATGCACAGAGACAAGTAAGAAGGGGCA 1552
|| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 CAAAACAGGTGTTAACAAATCTGGCGAACAGTCATGCACAGAGACAAGTAAGAAGGGGCA 1135
Query 1553 AGTCGCTGCAGTATCAAAGACTGTTCGGTCTAAGGATACTGGCATCAG-TGAAGAAAGCA 1611
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1136 AGTCGCTGCAGTATCAAAGACTGTTAGGTCTAAGGATACTGGCATC-GCTGAAGAAAGCA 1194
Query 1612 ATGGCATCTCCTCAACGATGGGAATAATGAAGATGATGGGTTTAAGAAATTCTACAAAGC 1671
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ATGGCATCTCCTCGACGATGGGAATAATGAAGATGATGGGTTTAAGAAATTCTACAAAGC 1254
Query 1672 ATGATGATCGATATAAGAACCTGAAAGTTAGTTCCCTGATGCTTTTTCCATACGAGGAAT 1731
||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 ATGATGATCGACATAAGAACCTG-AA---A--------ATGCTTTTTCCATACGAGGAAT 1302
Query 1732 TTCTTAAATTCTTTCAGTGTGAAGTGTTTGATTTATCACCTAGGGGGCTTGTAAATTGTG 1791
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1303 TTCTTAAATTCTTTCAGTGTGAAGTGTTTGACTTATCACCTAGGGGCCTTGTAAATTGTG 1362
Query 1792 GAAACAGTTGCTATGCGAACGCTGTTTTGCAATCCTTAACATGTACAAAACCACTCGTTG 1851
|||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1363 GAAACAGTTGCTATGCAAACGCTGTCTTGCAGTCCTTAACATGTACAAAACCACTTGTTG 1422
Query 1852 CTTATTTGCTTCGACGATCACATTCAAGATCATGTTCTGGGAAAGATTGGTGCCTTATGT 1911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 CTTATTTGCTTCGACGATCACATTCAAGATCATGTTCTGGGAAAGATTGGTGCCTTATGT 1482
Query 1912 GTGAACTTGAGCAACATGTAATGATGCTAAGAGAATCCGGAGGTCCACTTTCTGCTAGCA 1971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 GTGAACTTGAGCAACATGTAATGATGCTAAGAGAATCCGGAGGTCCACTTTCTGCTAGCA 1542
Query 1972 GAATTCTCTCACACATGCGAAGTATAAATTGTCAGATTGGTGATGGGAGTCAGGAAGATG 2031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1543 GAATTCTCTCACACATGCGAAGTATAAATTGTCAGATTGGTGATGGGAGTCAAGAAGATG 1602
Query 2032 CTCATGAGTTCTTAAGGCTTTTGGTTGCCTCTATGCAATCCATATGTTTGGAGAGACTTG 2091
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 CTCATGAGTTCTTAAGGCTTTTAGTTGCCTCTATGCAATCCATATGTTTGGAGAGACTTG 1662
Query 2092 GAGGTGAGACTAAAGTGGATCCGAGACTGCAAGAAACAACCTTAGTTCAACATATGTTTG 2151
|||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 GAGGTGAGACTAAAGTGGATCCAAGGCTGCAAGAGACAACCTTAGTTCAACATATGTTTG 1722
Query 2152 GTGGACGTCTCCGCTCAAAGGTTAAATGCCTGAGGTGTGATCATGAATCAGAAAGATACG 2211
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 GTGGACGTCTCCGCTCAAAGGTTAAATGCTTGAGGTGTGATCATGAATCAGAAAGATACG 1782
Query 2212 AGAATATAATGGATCTCACATTAGAGATATACGGTTGGGTAGAATCTCTTCAAGATGCCT 2271
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783 AGAATATAATGGATCTTACATTAGAGATATACGGTTGGGTAGAATCTCTTCAAGATGCCT 1842
Query 2272 TGACTCAGTTTACTAGACCGGAAGATCTCGACGGAGAAAACATGTATAGATGCAGCAGGT 2331
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 1843 TGACTCAGTTTACGAGACCGGAAGATCTCGACGGAGAAAACATGTATCGATGTAGCAGGT 1902
Query 2332 GCGCTGGATATGTTAGAGCGAGGAAAGAATTGAGCATTCATGAAGCACCAAACATTCTCA 2391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 GCGCTGGATATGTTAGAGCGAGGAAAGAATTGAGCATTCATGAAGCACCAAACATTCTCA 1962
Query 2392 CAATTGTTCTTAAGCGATTCCAGGAAGGAAGATACGGGAAAATAAACAAATGTATAAGTT 2451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 CAATTGTTCTTAAGCGATTCCAGGAAGGAAGATACGGAAAAATAAACAAATGTATAAGTT 2022
Query 2452 TTCCTGAAATGCTAGACATGATTCCTTTCATGACAAGAACCGGAGACGTTCCTCCGCTTT 2511
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 TTCCTGAAATGCTGGACATGATTCCTTTCATGACAAGAACCGGAGACGTTCCTCCGCTTT 2082
Query 2512 ATATGCTTTACGCCGTCATAGTTCACTTGGATACTCTCAACGCATCTTTCTCGGGTCACT 2571
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2083 ATATGCTTTACGCCGTCATAGTTCACTTGGATACTCTCAACGCATCTTTCTCGGGTCATT 2142
Query 2572 ACATTTCGTATGTCAAAGATTTGAGAGGGAATTGGTACAGAATCGATGATTCAGAGATTC 2631
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2143 ACATTTCCTATGTCAAAGATTTGAGAGGGAATTGGTACAGAATCGATGATTCCGAGATTC 2202
Query 2632 ATCCAGTGCCAATGACTCAAGTTATGTCAGAAGGAGCTTACATGTTGTTCTACATGAGAT 2691
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2203 ATCGAGTACCAATGACTCAAGTTATGTCAGAAGGAGCTTATATGTTGTTCTACATGAGAT 2262
Query 2692 CGTATCCACGTCCTCAAAGAGGAGAGCACAATGGAAAAGCTCCGGTTCACCATTCGCAAC 2751
||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2263 CGTATCCGCGTCCTCAAAGAGGAGAACACAACGGAAAAGCTCCGGTTCATCATTCACAAC 2322
Query 2752 CAAGAAACGAGATGAAGGAACAGAGGAAACCTGTTAACCGCTTCAAACCGAGAGCGGATC 2811
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2323 CAAGAAACGAGATGAAGGAACAGAGGAAACCAGTTAACCGCTTCAAACCGAGAGCAGAAC 2382
Query 2812 ACAAGAACACAGAGTCATCATCAAGCGAATGGTCTCTCTTCACAAGCTCAGACGAGGCTT 2871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2383 ACAAGAACACAGAGTCATCATCAAGCGAATGGTCTCTCTTCACAAGCTCAGACGAAGCTT 2442
Query 2872 CTTTCACCACAGAATCAACCAGAGACTCTTTCAGCACCATAGACTACACAGATGTTTGCC 2931
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CTTTCACCACAGAATCAACCAGAGACTCTTTCAGCACCATTGACTACACAGATGTTTGCC 2502
Query 2932 ACGTCGTAGACTCTTCTTCTCCTTTCGCCATCTTCAACAACGTATACCACAACGTAGAGC 2991
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || | || |
Sbjct 2503 ACGTCGTAGACTCTTCTTCTCCTTTTGCCATCTTCAACAAC-T-TA-------G-AG--C 2550
Query 2992 CATCGCCACACAACACTGTCGCTTGCAGAATGTTCTCAGGTACCAAACCCGAAACCCGGT 3051
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2551 CATCGCCACATAACACCGTCGCTTGCAGAATGTTCTCAGGTACCAAACCCGAAACCCGGT 2610
Query 3052 ATTTCGTGGAGCAAGAAACAAATCACAACAACACGGTCGTGCTGGACGCAAC-ACCATCA 3110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || ||||
Sbjct 2611 ATTTCGTGGAGCAAGAAACAAATCACAACAACACGGTCGTGCTGGACTCATCGAC-ATCA 2669
Query 3111 CTATATCCTA-T---TC--CAGCACCGTATCCGCCCCATGATTATTACGATCAGAGTATG 3164
| |||||| | | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2670 CCATATCCAAGTCCATCAACAGCACCGTATCCGTCCCATGATTATTACGATCAGAGTATG 2729
Query 3165 TATGTAAATTACGAGACTAACCCAGAATTTAACAATGGTCAGGATCAGGATAGAACTTAC 3224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2730 TATGTAAATTACGAGACTAACCCAGAATTTAACAATGGTCAGGATCAGGATAGAACTTAC 2789
Query 3225 AGTTACTGGTAGTAAGTAGAAGAGACTAGAGA 3256
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2790 AGTTACTGGTAGTAAGTAGAAGAGACTAGAGA 2821
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128063733145
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5