BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17210.1
Length=3348
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471924 jgi|Araly1|471924|fgenesh2_kg.1__1878__AT1G17210.1 5317 0.0
> Ahg471924 jgi|Araly1|471924|fgenesh2_kg.1__1878__AT1G17210.1
Length=3233
Score = 5317 bits (2879), Expect = 0.0
Identities = 3103/3210 (97%), Gaps = 20/3210 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 77 GTGTGTGTCGTTGACGAAGGAGGATGAAGGAAGAGGATGTGAGCTCGCAGAACGTAAACC 136
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTGTGTGTCGTTGACGAAGGAGGATGAAGGAAGAAGATGTGAGCTCGCAGAACGTAAACC 60
Query 137 CTAGAAGTAATCGGAACAGTGTAGCCTCAGCTTCTGCTTCCGCCTCTGCTACTCCCGTTG 196
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTAGAAGTAATCGGAACAGTGTAGCTTCAGCTTCTGCTTCCGCCTCTGCTACTCCCGTTG 120
Query 197 ATAGGTTCCGACGACGTGCTAGATCGCCTTCTCCTCCTCAAACTGCTGCTGCTAGCTCTG 256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATAGGTTCCGACGACGTGCTAGATCGCCTTCTCCTCCTCAAACTGCTGCTGCTAGCTCTG 180
Query 257 CAGGGGCATCATCTCCAGCTGTTCTGGTAAACGCTGGCAGTGTTGACTGGACAGGTCATG 316
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 181 CAGGGGCATCATCTCCTGCTGTTCTGGTAAACGCTGGCAGTGTGGACTGGTCAGGTCATG 240
Query 317 GACTGGCATTATCAGTGCGTTCGTGTAGAACATGGGATAGAGGAGATTTACTTCGACGTC 376
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 241 GGCTGGCATTATCAGTGCGTTCGTGTAGAACTTGGGATAGAGGAGATTTGCTTAGACGTC 300
Query 377 TTGCCACTTTCAAGCCTTCAAATTGGCTTGGGAAGCCCAAAACAGCTAGTTCTTTGGCTT 436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 TTGCCACTTTCAAGCCTTCAAATTGGCTTGGGAAGCCTAAAACAGCTAGCTCTTTGGCTT 360
Query 437 GTGCTCAGAAAGGCTGGGTTAGTGTTGATCTGGACAAACTTCAATGTGAATACTGTGGGT 496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 361 GTGCTCAGAAAGGCTGGGTTAGTGTTGATCTGGACAAACTTCAATGCGAATACTGTGGGT 420
Query 497 CCATTCTACAATACTCCCCTCCACAAGATTCGTTGAATCCTCCCGAAGCTGATACCACCG 556
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 421 CCATTCTACATTACTCTCCTCCACAAGATTCGTTGAATCATCCCGAAGCTGATACTACCC 480
Query 557 GAGAAAAATTCTCTAAGCAGCTTGATGATGCACATGAGAGCTCTTGTCCTTGGGTAGGAA 616
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAGAAGAATTCTCTAAACAGCTTGATGATGCACATGAGAGCTCTTGTCCTTGGGTAGGAA 540
Query 617 AAAGTTGTTCAGAAAGCTTAGTTCAGTTTCCTCCAACTCCTCCATCAGCCTTGATTGGAG 676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AAAGTTGTTCAGAAAGCTTAGTTCAGTTTCCTCCAACTCCTCCATCAGCCTTGATTGGAG 600
Query 677 GTTACAAGGATCGTTGTGATGGGCTCCTACAATTCTATTCTCTACCAATTGTTTCGCCAT 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GTTACAAGGATCGTTGTGATGGGCTCCTACAATTCTATTCTCTACCAATTGTTTCGCCAT 660
Query 737 CTGCAATTGACCAGATGCGTGCTTCAAGACGACCACAAATTGACCGCCTTTTGGCACATG 796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTGCAATTGACCAGATGCGTGCTTCAAGACGACCACAAATTGACCGCCTTTTGGCACATG 720
Query 797 CCAATGATGATCTCAGTTTCAGAATGGACAATATATCAGCTGCAGAAACGTACAAAGAAG 856
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 721 CCAATGATGACCTCAGTTTCAGAATGGATAATATCTCAGCTGCAGAAACGTCCAAAGAAG 780
Query 857 AGGCTTTCAGTAATTACTCTCGCGCTCAAAAGCTGATAAGCCTATGTGGATGGGAGCCTA 916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGGCTTTCAGTAATTACTCTCGCGCTCAAAAGCTGATAAGCCTATGTGGATGGGAGCCTA 840
Query 917 GATGGCTTCCAAATATCCAAGATTGTGAAGAACATTCTGCCCAATCAGCTAGAAATGGGT 976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 841 GATGGCTTCCAAATATCCAAGATTGTGAAGAACATTCTGCCCAGTCAGCTAGAAATGGGT 900
Query 977 GCCCTTCTGGACCGGCTAGAAATCAAAGTCGTCTGCAAGATCCTGGTCCAAGCAGGAAAC 1036
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GCCCTTCTGGACCGGCTAGAAATCAAAGTCGTCTACAAGATCCTGGTCCAAGCAGGAAAC 960
Query 1037 AATTCTCGGCTTCATCCCGAAAAGCCTCTGGAAATTATGAAGTTTTGGGTCCAGAATATA 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AATTCTCGGCTTCATCCCGAAAAGCCTCTGGAAATTATGAAGTTTTGGGTCCAGAATATA 1020
Query 1097 AGTCAGAATCCAGATTACCTTTACTGGATTGTAGTTTATGTGGTGTAACCGTCAGAATTT 1156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGTCAGAATCCAGATTACCTTTACTGGATTGTAGTTTATGTGGTGTAACCGTCAGAATTT 1080
Query 1157 GTGATTTCATGACCACTTCTCGGCCGGTTCCGTTTGCTGCTATAAATGCCAATCTTCCTG 1216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTGATTTCATGACCACTTCTCGGCCGGTTCCGTTTGCTGCTATAAATGCCAATCTTCCTG 1140
Query 1217 AAACGAGTAAGAAAATGGGAGTGACACGTGGCACTAGCGCAACAAGTGGAATCAATGGAT 1276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAACGAGTAAGAAAATGGGAGTGACACGTGGCACTAGCGCAACAAGTGGAATCAATGGAT 1200
Query 1277 GGTTTGCTAATGAAGGCATGGGACAGCAGCAAAATGAAGATGTTGACGAGGCTGAAACTT 1336
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGTTTGCTAATGAAGGCATGGAACAGCAGCAAAATGAAGATGTTGACGAGGCTGAAACTT 1260
Query 1337 CAGTTAAGAGAAGATTAGTATCAAATGTAGGTCTAAGCTTTTATCAAAATGCAGCTGGTG 1396
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1261 CAGTTAAGAGAAGATTAGTATCAAATGTAGGCCTAAGCTTTTATCAAACTGCAGCTGGTG 1320
Query 1397 CATCATCCTCTGCGCAGCTGAACATGTCTGTGACCCGTGATAATTACCAATTTAGTGATA 1456
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1321 CATCATCCTCTGCGCAGCTGAACATGTCTGTGACGCGTGATAATTACCAGTTTAGTGATA 1380
Query 1457 GAGGAAAGGAAGTGTTGTGGAGGCAGCCTTCAGGAAGTGAGGTTGGTGATCGTGCTGCTT 1516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GAGGAAAGGAAGTGTTGTGGAGGCAGCCTTCAGGAAGTGAGGTTGGTGATCGTGCTGCTT 1440
Query 1517 CATATGAATCACGAGGGCCTAGTACTCGTAAACGGAGCCTGGATGATGGTGGAAGCACTG 1576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CATATGAATCACGAGGGCCTAGTACTCGTAAACGGAGCCTGGATGATGGTGGAAGCACTG 1500
Query 1577 TTGATAGGCCTTATCTACGAATACAACGTGCAGATAGTGTTGAAGGCACTGTTGTCGACC 1636
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1501 TTGATAGGCCTTATCTACGAATACAAAATGCAGATAGTGTTGAAGGGACTGTTGTTGACC 1560
Query 1637 GTGACGGTGACGAGGTTAATGATGATTCAGCAGGGCCTTCAAAGCGTACCCGAGGTTCTG 1696
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1561 GTGACGGTGATGAGGTTAATGATGATTCAGCAGGGCCTTCAAAGCGAACCCGAGGTTCTG 1620
Query 1697 ATGCGCATGAAGCTTATCCTTTCTTGTATGGGCGAGATTTATCAGTAGGGGGGCCAAGTC 1756
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 ATGTGCATGAAGCTTATCCTTTCATGTATGGGCGAGATTTATCAGTAGGGGGGCCAAGTC 1680
Query 1757 ACTCACTGGATGCTGAAAACGAGAGGGAAGTAAATAGAAGTGACCCATTTAGTGAAGGAA 1816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1681 ACTCACTGGATGCTGAAAACGAGAGGGAAGTAAATAGAAGTGACCCATTTAGCGAAGGAA 1740
Query 1817 ATGAACAAGTTATGGCTTTTCCAGGTGCCAGAGACTCCACACGTGCTTCCTCTGTCATTG 1876
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATGAACAAGCTATGGCTTTTCCAGGTGCCAGAGACTCCACACGTGCTTCCTCTGTCATTG 1800
Query 1877 CAATGGATACAATTTGCCACAGTGCCAATGACGATTCTATGGAAAGTGTGGAAAACCATC 1936
| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CGATGGATACAATTTGCCATAGTGCCAATGATGATTCTATGGAAAGTGTGGAAAACCATC 1860
Query 1937 CAGGGGATTTTGATGACATAAATTATCCCTCTGTGGCGACAGCTCAAAGTGCTGACTTCA 1996
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 CAGGGGATTTTGATGACATAAATTACCCCTCTGTGGCGACAGCTCAAAGTGCTGACTTCA 1920
Query 1997 ATGATCCTTCGGAACTGAATTTCAGCAATCAAGCTCAGCAGAGTGCATGCTTCCAACCAG 2056
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 ATGATCCTTCGGAACTGAATTTCAGCAATCACGCTCAGCAGAGTGCATGCTTCCAACCAG 1980
Query 2057 CTCCTGTTCGGTTTAATGCTGAACAAGGCATTAGCAGCATAAATGACGGTGAGGAAGTAC 2116
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 CTCCTGTTCGGTTTAATGCTGAACCAGGCATTAGCAGCATAAATGACGGTGAGGAAGTAC 2040
Query 2117 TCAACACAGAGACTGTCACTGCCCAGGGAAGAGATGGACCAAGTTTAGGTGTCAGTGGGG 2176
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2041 TGAACACAGAGACTGTCACTGCCCAGGGAAGAGATGGACCAAGTGTAGGTGTCAGTGGGG 2100
Query 2177 GTAGTGTCGGAATGGGTGCAAGTCACGAGGCAGAAATACACGGAGCTGACGTTTCAGTCC 2236
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2101 GTAGTGTCGGAATGGGTGCAAGTCATGAGGCAGAAATACACGGAGCTGACGTTTCAGTTC 2160
Query 2237 ATAGGGGAGATAGCGTTGTGGGAGACATGGAACCAGTTGCAGAAGTCATAGAGAATCTAG 2296
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 ATAGAGGAGATAGCGTTGTGGGAGACATGGAGCCAGTTGCAGAAGTCATAGAGAATCTAG 2220
Query 2297 GACAAAGCGGTGAATTCGCACCAGACCAAGGCCTTACTGATGATTTTGTTCCTGCAGAAA 2356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GACAAAGCGGTGAATTCGCACCAGACCAAGGCCTTACTGATGATTTTGTTCCTGCAGAAA 2280
Query 2357 TGGATCGAGAAGGTAGGCTTGGGGATAGTCAAGATAGGGTGTCTCAGTCTGTTGTAAGGG 2416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 TGGATCGAGAAGGTAGGCTTGGGGATAGTCAAGATAGGGTGTCTCAGTCTGTTGTAAGGG 2340
Query 2417 CGGATAGTGGTTCTAAAATAGTTGATTCATTGAAGGCTGAATCTGTTGAAAGTGGTGAAA 2476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2341 CGGATAGTGGTTCTAAAATAGTTGATTCATTGAAGGCTGAATCAGTTGAAAGTGGTGAAA 2400
Query 2477 AGATGAGTAACATAAATGTGTTGATCAACGATGACAGTGTTCATCCATCTTTGTCTTGCA 2536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 AGATGAGTAACATAAATGTGTTGATCAACGATGACAGTGTTCATCCATCTTTGTCTTGCA 2460
Query 2537 ATGCGATAGTGTGTTCTGGTTATGAAGCATCTAAAGAAGAAGTGACCCAGACTTGGGAGT 2596
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 ATGCGATCGTGTGTTCTGGTTATGAAGCATCTAAAGAAGAAGTGACCCAGACTTGGGAGT 2520
Query 2597 CTCCCCTCAACGCTGGCTTTGCACTCCCCGGATCTAGTTACACTGCCAATGATCAAGGGC 2656
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2521 CTCCGCTCAATGCTGGCTTTGCACTCCCCGGATCAAGTTACACTGCCAATGACCAAGGGC 2580
Query 2657 CACAAAACGGAGACAGCAATGATGATATTGTGGAGTTTGATCCAATAAAGTATCATAACT 2716
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 CACCAAACGGAGACAGCAATGATGATATTGTGGAGTTTGATCCAATAAAGTATCATAACT 2640
Query 2717 GTTACTGTCCTTGGGTTAATGAAAATGTGGCTGCTGCTGGATGTAGCAGCAATAGCTCGG 2776
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2641 GTTACTGTCCTTGGGTTAATGAAAATGTGGCTGCTGCTGGATGTAGCAGCAACAGCTCGG 2700
Query 2777 GTTCTTCAGGTTTTGCTGAGGCAGTTTGTGGGTGGCAACTAACTCTTGATGCCCTTGATT 2836
|||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 GTTCTTCAAGTTTCGCTGAGGCAGTGTGTGGGTGGCAACTAACTCTTGATGCCCTTGATT 2760
Query 2837 CGTTCCAGTCGCTTGAAAACCCTCAAAACCAGACAATGGAATCAGAATCAGCTGCATCTC 2896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2761 CGTTCCAGTCGCTTGAAAACCCTCAAAACCAGACAATGGAATCAGAATCCGCTGCATCTC 2820
Query 2897 TGTGCAAGGATGATCACCGAACTCCTTCCCAGAAGCTCTTGAAACGCCACTCTTTTATCA 2956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 TGTGCAAGGATGATCACCGAACTCCTTCCCAGAAGCTCTTGAAACGCCACTCTTTTATCA 2880
Query 2957 GCAGCCATGGGAAAAAGTAAGAATAATTTGCTTGCGAATAAAAACAAAAGGGTACAATTG 3016
|||||||||||||||||||||| ||||| | | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 GCAGCCATGGGAAAAAGTAAGATTAATTAACGTCCAAATAAAAACAAAAGGGTACAATTG 2940
Query 3017 CAGAT------GAA---AT-CA-atatatatatat-T-GGTGTGGTGAAGCATATAAGCT 3063
||||| || || || | || ||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 CAGATTTTCTTGATCTCATACAGAAATCTATATATCTCGGTGTGGTGAAGCATATAAGCT 3000
Query 3064 TGAACAACACTT-GGTTAGGGCTCTTTAGCTTGGGTTTCCtttttttGCAGTACAAATAA 3122
|||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3001 TGAACAACACTTTGGATAGGGCTCTTTAGCTTGG-TTTCCTTCTTTTGCAGTACAAATAA 3059
Query 3123 AGAAGTTACTATAATCTCTCTGATCTATAAACGTTGGGGTTTCTATGAATTTAAAGTAAA 3182
||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||
Sbjct 3060 AGAAGTTTCTTTAATCTCTCTGATCTATAAACTTTCTTGTTTCTTTGAATTTAAAGTAAA 3119
Query 3183 AGTTTGTGTAGTAAGTAAAAGTTAAA-GACTGCCTAAACAAAGGTGATAGTGCTGAATCT 3241
||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3120 AGTCTGTGTAGTAAGTAAA-GTTAAAAGACTGCCTAAACAAAGGTGATAGTATTGAATCT 3178
Query 3242 TGTTATTTAATAATCTTATAGACTCTTGTT 3271
||| | |||||||||||| |||||||||
Sbjct 3179 TGTC-T--AATAATCTTATATACTCTTGTT 3205
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126389199933
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5