BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17230.1
Length=3577
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920634 jgi|Araly1|920634|scaffold_101915.1 5517 0.0
> Ahg920634 jgi|Araly1|920634|scaffold_101915.1
Length=3365
Score = 5517 bits (2987), Expect = 0.0
Identities = 3242/3368 (96%), Gaps = 5/3368 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 ACCAAAGCTAACTTGTAAAAATGAGAGGGAGGATATGTTTCTTGGCAATAGTGATTCTCT 91
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1 ACCAAAGCTAACTTGTAAAAATGAGAGGGAGGATATGTTTCTTGGCAATAGTAATTCTCT 60
Query 92 GTTCTTTCTCCTTCATCTTAGTAAGATCCTTAAACGAAGAAGGGCGTGTTCTTCTGGAGT 151
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 GTTCTTTCTCCTTCATCTTAGTAAGATCCTTAAACAAAGAAGGGCGAGTTCTTCTGGAGT 120
Query 152 TTAAAGCTTTCCTTAATGACTCCAATGGCTATCTCGCAAGCTGGAATCAGTTGGATTCAA 211
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 TTAAAGCTTTCCTTAATGACTCGAATGGTTATCTCGCAAGCTGGAACCAGTTGGATTCAA 180
Query 212 ATCCCTGCAACTGGACCGGAATCGCGTGTACCCATC-TCAGAACTGTAACTTCTGTTGAT 270
|||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 ATCCCTGCAACTGGACCGGAATCGAGTGTACCC-GCATCAGAACGGTAACTTCTGTTGAT 239
Query 271 CTAAATGGGATGAATCTATCAGGTACACTATCTCCTCTCATATGCAAGCTTCATGGTTTA 330
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTAAATGGAATGAATCTATCAGGTACACTATCTCCTCTCATATGCAAGCTTCATGGTTTA 299
Query 331 AGGAAATTGAATGTCTCCACCAACTTCATCTCTGGTCCAATCCCTCAAGATTTATCTCTC 390
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 300 AGGAAATTGAATGTCTCCACCAACTTCATCTCTGGTCCAATCCCTCGAGATTTATCTCTC 359
Query 391 TGTCGAAGTCTAGAGGTTCTTGATCTCTGCACAAATAGGTTCCATGGAGTGATACCAATT 450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGTCGAAGTCTAGAGGTTCTTGATCTCTGCACAAATAGGTTCCATGGAGTGATACCAATT 419
Query 451 CAGCTAACCATGATCATCACTCTTAAGAAGCTGTATCTATGCGAGAATTATCTTTTCGGT 510
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CAGCTAACTATGATCATCACTCTTAAGAAGCTGTATCTATGCGAGAATTATCTTTTCGGT 479
Query 511 TCTATCCCTAGACAAATCGGTAATTTGAGTTCACTCCAAGAGCTTGTGATCTACAGCAAT 570
| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACAATCCCTAGACAAATAGGTAGTTTGAGTTCGCTCCAAGAGCTTGTGATCTACAGCAAC 539
Query 571 AATCTCACCGGTGTAATCCCTCCTTCCATGGCGAAATTGAGACAGCTCCGGATCATTAGG 630
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 540 AATCTCACCGGTGTAATCCCTCCTTCCACGGGGAAATTGAGACTGCTCCGGATCATTAGG 599
Query 631 GCAGGACGGAATGGATTCTCGGGTGTGATTCCGTCTGAAATCAGCGGATGCGAGAGCCTA 690
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 600 GCAGGACGGAATGCATTCTCGGGTGTGATTCCATCTGAAATCAGCGGATGTGAGAGCCTG 659
Query 691 AAGGTACTTGGATTAGCAGAGAATCTTCTTGAGGGTTCTCTTCCTAAGCAGCTCGAGAAG 750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 660 AAGGTACTTGGATTAGCAGAGAATCTTCTTGAGGGTTCTCTTCCTATGCAGCTCGAGAAG 719
Query 751 CTTCAAAATCTTACTGATTTGATACTCTGGCAAAACCGTCTATCTGGTGAGATACCTCCT 810
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 720 CTTCAAAATCTTACTGATCTGATACTCTGGCAAAACCGTCTATCCGGTGAGATACCTCCT 779
Query 811 TCCGTAGGAAACATCAGCAGACTGGAGGTGCTTGCGCTGCATGAAAACTACTTCACGGGA 870
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCGGTAGGAAACATCACCAGACTGGAGGTGCTTGCGCTGCACGAAAACTACTTCACGGGA 839
Query 871 TCAATTCCAAGAGAGATTGGGAAGCTCACAAAGATGAAAAGGCTGTACCTTTACACAAAC 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TCAATTCCAAGAGAGATTGGGAAGCTCACAAAGATGAAAAGGCTGTACCTTTACACAAAC 899
Query 931 CAGTTAACCGGAGAGATACCTCGCGAAATAGGCAACTTGATAGATGCAGCTGAGATAGAT 990
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 900 CAGTTAACCGGAGAGATACCTCATGAAATAGGCAACTTGACAGATGCAGCTGAGATAGAT 959
Query 991 TTTTCGGAGAATCAGTTAACAGGTTTCATACCAAAAGAGTTTGGTCATATCCTGAATCTC 1050
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 960 TTTTCGGAGAATCAGTTAACAGGTTTCATCCCAATAGAGTTTGGTCAGATCCTGAATCTA 1019
Query 1051 AAATTACTTCATCTTTTTGAGAACATTCTTCTAGGTCCAATTCCTAGGGAGCTTGGGGAA 1110
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AAACTACTTCATCTTTTTGAGAACATTCTTCTAGGTCCAATTCCTAGGGAGCTTGGGGAA 1079
Query 1111 TTGACACTGTTGGAGAAGCTAGACTTGTCTATCAATAGACTAAACGGTACTATCCCGCAA 1170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1080 TTGACACTGTTGGAGAAGCTAGACTTGTCTATCAATAAACTAAATGGTACTATCCCGCGA 1139
Query 1171 GAGCTTCAGTTCCTACCTTACCTTGTAGATTTGCAGCTTTTTGACAACCAGCTTGAAGGG 1230
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GAGCTTCAGTTCCTACCTTACCTTGTCGATTTGCAGCTTTTTGACAACCAGCTTGAAGGG 1199
Query 1231 AAGATACCTCCTTTAATCGGTTTCTATAGCAATTTTTCTGTTCTTGACATGTCTGCCAAT 1290
| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ACGATACCTCCTCTAATCGGTTTCTATAGCAGTTTTTCTGTTCTTGACATGTCTGCCAAT 1259
Query 1291 TCTCTGTCTGGTCCAATTCCTGCCCACTTCTGCAGATTTCAGACGCTAATACTTCTGAGT 1350
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCTCTGTCTGGTCCAATTCCAGCCCATTTCTGCAGATTTCAGACGCTAATACTTCTGAGT 1319
Query 1351 CTTGGTTCAAACAAGTTATCAGGAAACATCCCTCGTGATCTGAAAACCTGCAAGTCACTG 1410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTTGGTTCAAACAAGTTATCAGGAAACATCCCTCGTGATCTGAAAACCTGCAAGTCACTG 1379
Query 1411 ACAAAGCTAATGCTAGGCGATAACCAGCTAACAGGAAGCCTTCCCATTGAATTATTTAAT 1470
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1380 ACAAAGCTAATGCTAGGCGATAACTGGCTAACAGGAAGCCTTCCCGCTGAATTATTTAAT 1439
Query 1471 CTTCAGAACCTTACTGCATTAGAGCTTCACCAAAACTGGTTATCAGGGAATATATCTGCA 1530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CTTCAGAACCTTACTGCATTAGAGCTTCACCAAAACTGGTTATCAGGGAATATATCTGCA 1499
Query 1531 GACCTGGGAAAGCTGAAGAATTTGGAAAGACTGCGTCTAGCTAACAACAATTTTACTGGT 1590
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 GACCTGGGGAAGCTGAAGAATTTAGAAAGACTGCGTCTAGCTAACAACAATTTTACTGGT 1559
Query 1591 GAAATTCCTCCTGAGATTGGGAATCTCACAAAGATTGTTGGCTTTAACATCTCCTCCAAT 1650
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1560 GAAATTCCTCCTGAGATTGGGAATCTCACAAAGATTGTTGGCTTAAACATCTCCTCCAAT 1619
Query 1651 CAGCTCACTGGTCACATCCCTAAAGAGTTGGGAAGTTGTGTCACTATCCAGAGGCTTGAC 1710
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1620 CAGCTCACTGGTCACATCCCTAAAGAATTGGGGAGTTGTGTCACTATCCAGAGACTTGAC 1679
Query 1711 CTTAGTGGCAACAAGTTTTCCGGATACATAGCACAAGAGCTTGGTCAGTTGGT-ATATTT 1769
|||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||
Sbjct 1680 CTTAGTGGAAACAGGTTTTCCGGGTACATACCACAAGATCTTGGTCAGTTGGTGA-ATTT 1738
Query 1770 GGAGATTTTGAGATTGTCTGATAATAGATTGACCGGAGAAATTCCTCATAGCTTTGGAGA 1829
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GGAGATTTTGAGATTGTCTGATAATAGATTGACAGGAGAAATTCCTCATAGCTTTGGAGA 1798
Query 1830 TCTTACTCGGCTCATGGAGTTACAACTAGGAGGCAATCTCTTGTCTGAAAACATCCCAGT 1889
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1799 TCTAACTCGGCTCATGGAGTTACAACTAGGAGGCAATCTCTTGTCTGAAAGCATCCCAGT 1858
Query 1890 GGAGCTCGGGAAGTTAACCTCTCTGCAAATCTCCCTCAACATTAGTCACAATAATCTCTC 1949
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GGAGCTCGGAAAGTTAACCTCTCTGCAAATCTCCCTCAACATTAGTCACAATAATCTCTC 1918
Query 1950 AGGTACTATTCCAGACAGTTTAGGAAATCTACAGATGTTGGAGATACTTTACCTCAACGA 2009
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AGGTACGATTCCAGACAGTTTAGGAAATCTACAAATGTTGGAGATACTTTACCTCAACGA 1978
Query 2010 CAACAAGCTTTCAGGTGAGATCCCTGCATCAATTGGGAATCTCATGAGCCTCCTCATCTG 2069
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CAACAAGCTATCAGGTGAGATCCCTGCATCAATTGGGAATCTCATGAGCCTCCTCATCTG 2038
Query 2070 CAATATCTCAAACAATAACTTGGTCGGAACAGTACCAGACACAGCCGTGTTCCAGCGGAT 2129
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CAATGTCTCAAACAATAACTTGGTCGGAACAGTACCAGACACAGCCGTGTTCCAGCGGAT 2098
Query 2130 GGATTCATCGAACTTTGCTGGAAACCATGGTTTGTGTAACTCTCAGAGAAGCCATTGTCA 2189
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 2099 GGATTCATCAAACTTTGCTGGAAACCACGGTTTGTGTAACTCTCAGAGCAGCCACTGCCA 2158
Query 2190 ACCACTTGTCCCACATTCTGATTCAAAGCTAAATTGGTTAATCAACGGTTCGCAAAGGCA 2249
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||
Sbjct 2159 ACCACTTGTCCCACATTCTGATTCAAAGCTAAGTTGGTTAGTCAATGGTTCGCAGAGGCA 2218
Query 2250 AAAGATCTTGACAATCACTTGTATTGTAATCGGGTCGGTTTTTCTTATCACTTTTCTTGG 2309
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AAAGATCTTGACAATCACTTGTATGGTAATCGGCTCGGTTTTTCTTATCACTTTTCTTGC 2278
Query 2310 TCTCTGTTGGACAATAAAGCGGCGGGAACCAGCGTTTGTTGCACTTGAGGATCAAACAAA 2369
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TATCTGTTGGGCAATAAAGCGGCGGGAACCAGCGTTTGTTGCACTTGAGGATCAAACAAA 2338
Query 2370 ACCAGATGTCATGGACAGCTACTATTTCCCTAAAAAAGGTTTCACATATCAAGGCCTCGT 2429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2339 ACCAGATGTCATGGACAGCTACTATTTCCCTAAAAAAGGTTTCACATATCAAGGCCTTGT 2398
Query 2430 GGATGCAACCAGAAACTTTTCCGAAGACGTGGTTTTAGGGAGAGGAGCGTGTGGAACAGT 2489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2399 GGATGCAACCAGAAACTTTTCCGAAGACGTGGTTTTAGGGAGAGGAGCGTGTGGAACTGT 2458
Query 2490 CTACAAAGCTGAAATGTCAGGTGGCGAGGTGATAGCTGTAAAGAAGCTGAATTCTCGCGG 2549
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2459 CTACAAAGCTGAAATGTCAGATGGCGAGATGATAGCTGTAAAGAAGCTAAATTCTCGCGG 2518
Query 2550 TGAAGGAGCTAGTTCTGATAATAGTTTCAGAGCTGAGATATCAACTCTTGGAAAGATAAG 2609
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2519 CGAAGGAGCTAGTTCTGATAATAGCTTCAGAGCTGAAATATCAACACTTGGAAAGATAAG 2578
Query 2610 GCACCGGAATATTGTGAAGCTATATGGTTTCTGCTATCACCAGAATTCAAATCTTCTCTT 2669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2579 GCACCGGAATATTGTGAAGCTATATGGTTTCTGCTATCACCAGAACTCAAATCTTCTCTT 2638
Query 2670 GTATGAGTACATGTCAAAAGGAAGCCTCGGCGAACAACTACAGCGAGGTGAGAAAAACTG 2729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GTATGAGTACATGTCAAAAGGAAGCCTCGGCGAACAACTACAGCGAGGTGAGAAAAACTG 2698
Query 2730 TTTGTTGGATTGGAATGCTCGGTATAGAATCGCCCTCGGTGCTGCAGAGGGTTTGTGTTA 2789
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2699 CTTGTTGGATTGGAATGCTCGGTATAAAATCGCCCTCGGTGCTGCAGAGGGTCTGTGTTA 2758
Query 2790 TCTCCATCATGATTGCAGACCTCAAATAGTCCATCGCGACATAAAATCGAACAACATTCT 2849
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TCTCCATCATGATTGCAGACCTCAAATAGTTCATCGCGACATAAAATCGAACAACATTCT 2818
Query 2850 TCTTGATGAACGGTTCCAGGCTCATGTTGGAGATTTTGGCCTGGCTAAGTTGATTGATCT 2909
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 TCTTGATGAACTGTTCCAGGCTCATGTTGGAGATTTTGGCCTGGCTAAGTTGATTGATCT 2878
Query 2910 CTCTTACTCAAAGTCCATGTCAGCTGTTGCTGGGTCTTACGGATACATCGCTCCAGAATA 2969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 CTCTTACTCAAAGTCCATGTCAGCTGTTGCTGGGTCTTACGGATACATCGCTCCAGAATA 2938
Query 2970 TGCTTACACGATGAAGGTGACAGAGAAATGTGATATCTATAGCTTTGGAGTTGTGCTTCT 3029
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 TGCTTACACGATGAAGGTGACAGAGAAATGCGATATCTATAGCTTTGGAGTTGTGCTTCT 2998
Query 3030 GGAGCTAATAACAGGAAAGCCCCCAGTTCAACCGCTGGAGCAAGGAGGGGATCTAGTCAA 3089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 GGAGCTAATAACAGGAAAGCCCCCAGTTCAACCGCTGGAGCAAGGAGGGGATCTAGTCAA 3058
Query 3090 TTGGGTTCGACGATCGATCCGTAACATGATTCCAACCATTGAAATGTTTGATGCGAGGCT 3149
||||||| || |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 TTGGGTTAGAAGATCAATTCGTAACATGGTTCCAACCATTGAAATGTTTGATGCGAGGCT 3118
Query 3150 AGATACAAATGATAAGAGAACAGTTCATGAAATGTCTCTTGTCCTAAAGATTGCACTGTT 3209
|||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 3119 AGATACGAATGATAAGAGAACACTTAATGAGATGTCTCTAGTCCTAAAAATTGCACTGTT 3178
Query 3210 CTGCACCAGCAATTCTCCAGCTAGTAGACCAACTATGAGAGAAGTGGTCGCTATGATTAC 3269
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3179 CTGCACCAGCAACTCTCCAGCTAGTAGACCAACAATGAGAGAAGTTGTCGCTATGATTAC 3238
Query 3270 AGAAGCTCGGGGATCAAGTAGCCTTTCTTCCTCATCCATTACATCAGAAACTCCTCTAGA 3329
|||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 AGAAGCTCGGGGATCAAGCAGCCTCTCTACCTCATCCATTACATCAGAAACTCCTCTAGA 3298
Query 3330 AGAAGCAAACTCCTCCAAAGAAATTTGACTTTGTCGCATCACCTTGAAGTCAGCAAATAA 3389
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3299 AGAAGCAAACTCCTCCAAAGAAATT-GACTTTGTTGCATCACCTTGAAGTCAGCAAATAA 3357
Query 3390 ATCCAGTT 3397
||||||||
Sbjct 3358 ATCCAGTT 3365
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135104384150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5