BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17440.1
Length=2497
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471949 jgi|Araly1|471949|fgenesh2_kg.1__1903__AT1G17440.1 3031 0.0
> Ahg471949 jgi|Araly1|471949|fgenesh2_kg.1__1903__AT1G17440.1
Length=2369
Score = 3031 bits (1641), Expect = 0.0
Identities = 1908/2030 (94%), Gaps = 46/2030 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 494 CAACAACAGATTATGCAGCAAATCTCTTCATCTCCGATTCCACAATTATCGCCGCAACAG 553
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 359 CAACAACAGATTATGCACCAAATGTCTTCATCTCCGATTCCGCAATTATCGCAGCAACAG 418
Query 554 CAACAGATTC-T--G------CAGCAACAACACATGACTTCACAGCAAATCCCAATGTCG 604
|||||||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CAACAGATTCTTCAGCAACAACAACAACAACACATGACTTCACAGCAAATCCCAATGTCC 478
Query 605 AGTTACCAAATTGCTCAATCTCTTCAGCGATCCCCTTCTCTTTCTCGCCTGAGCCAAATT 664
| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 479 AATTACCAAATAGCTCAATCTCTTCAGCGATCTCCTTCTATCTCTCGCCTGAGCCAAATT 538
Query 665 CAG------CAACAACAGCAGCAGCAGCATCAAGGTCAATACGGCAACGTGTTGAGACAG 718
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 539 CAGCAACAACAACAACAGCAGCAGCAACATCAAGGTCAATACGGCAACGTTTTGAGGCAG 598
Query 719 CAAGCTGGTTTGTACGGAACCATGAACTTTGGTGGCTCAGGTTCAGTTCAACAGAGCCAG 778
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CAAGCTGGATTGTACGGGACCATGAACTTTGGTGGCTCAGGTTCAGTTCAACAGAGCCAG 658
Query 779 CAGAATCAGCAGATGGTTAACCCTAATATGTCCAGAGCAGGTTTAGTTGGCCAAAGCGGT 838
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 659 CAGAATCAGCAGATGGTTAACCCTAATATGTCCAGAGCAGCTTTAGTTGGCCAAAGCGGT 718
Query 839 CACTTGCCTATGCTTAACGGTGCTGCTGGAGCTGCTCAGATGAATATTCAACCCCAATTA 898
|||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 719 CACTTGCCAATGCTTAACGGCGCAGCTGGATCAGCTCAGATGAATATTCAGCCCCAATTA 778
Query 899 TTGGCTGCTTCGCCGAGGCAGAAATCTGGCATGGTTCAAGGTTCGCAGTTTCATCCGGGA 958
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TTGGCAGCTTCGCCGAGGCAGAAATCTGGCCTGGTTCAAGGTTCGCAGTTTCATCCGGGA 838
Query 959 AGTTCTGGACAACAGTTACAAGGGATGCAAGCTATGGGAATGATGGGATCACTGAATTTG 1018
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 839 AGTTCTGGACAACAGTTACAAGGGATGCAAGCAATGGGAATGATGGGATCACTCAATTTG 898
Query 1019 ACCTCGCAAATGAGAGGTAACCCTGCTCTCTATGCGCAGCAGAGAATCAACCCGGGGCAG 1078
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||
Sbjct 899 ACCTCGCAGATGAGAGGCAACCCTGCTCTCTATGCGCAGCAGCGAATCAGCCCGGGCCAG 958
Query 1079 ATGAGACAGCAATTGTCACAGCAAAACGCTCTTACTTCACCTCAGGTCCAGAACCTCCAG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATGAGACAGCAATTGTCACAGCAAAACGCTCTTACTTCACCTCAGGTCCAGAACCTCCAG 1018
Query 1139 AGAACATCTTCTCTCGCATTTATGAATCCTCAGCTATCGGGTTTGGCCCAGAATGGACAA 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGAACATCTTCTCTCGCATTTATGAATCCTCAGCTATCGGGTTTGGCCCAGAATGGACAA 1078
Query 1199 GCTGGCATGATGCAAAACTCTTTGTCACAGCAGCAATGGCTGAAGCAAATGTCGGGAATA 1258
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GCTGGCATGATGCAAAACTCCTTGTCACAGCAGCAATGGCTGAAGCAAATGTCGGGAATA 1138
Query 1259 ACGAGCCCCAATTCATTCCGACTCCAACCGAGTCAAAGACAGGCTCTTCTCTTAcagcag 1318
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1139 ACGAGCCCCAATTCATTTCGCCTCCAACCGAGTCAAAGGCAGGCTCTACTCTTACAGCAG 1198
Query 1319 cagcagcagcaACAACAACAACTGTCCTCTCCTCAGTTACATCAATCTTCTATGTCCTTG 1378
|||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 CAGCAGCA--A-CAACAAC---TGCCCTCTCCTCAGTTACATCAATCTTCTATGTCCTTG 1252
Query 1379 AATCAGCAGCAGATATCACAGATAATACAACAGCAGCAGCAACAATCACAATTAGGCCAG 1438
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 AATCAGCAGCAGTTATCACAGATAATACAACAACAGCAGCAACAATCACAATTAGGCCAG 1312
Query 1439 TCGCAGATGAACCAATCCCATTCCcaacaacaactacaacagatgcagcagcaactacag 1498
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1313 TCGCAGATGAACCATTCCCATTCCCAACAACAACTACAACAGATGCAGCAACAAATACAG 1372
Query 1499 cagcaaccacaacagcagatgcagcagcagcagcaacaacaacagcaaatgcagattaat 1558
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1373 CAGCAACCACAACAGCAGATGCAGCAGCA--A-CAACAACA---GCAAATGCAGATTAAT 1426
Query 1559 caacaacagcCATCTCCAAGGATGTTGAGTCATGCAGGACAAAAATCTGTCAGTTTAACG 1618
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 CAACAACAGCCATCTCCAAGGATGTCGAGTCATGCAGGACAAAAATCTGTCAGTTTAACG 1486
Query 1619 GGTTCACAACCAGAGGCTACACAATCGGGTACAACAACACCAGGTGGTAGCTCAAGCCAG 1678
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 GGTTTACAACCAGATGCTACACAATCGGGTACAACAACACCAGGTGGTAGCTCAAGCCAA 1546
Query 1679 GGAACAGAAGCAACAAACCAACTCCTTGGTAAAAGGAAGATACAGGATCTGGTTTCGCAG 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 GGAACAGAAGCAACAAACCAACTCCTTGGTAAAAGGAAGATACAGGATCTGGTTTCGCAG 1606
Query 1739 GTGGATGTACATGCGAAACTGGATCCTGATGTTGAAGACCTCCTTTTGGAGGTGGCAGAT 1798
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 GTGGATGTACATGCTAAATTGGATCCTGATGTTGAAGACCTCCTTTTGGAGGTGGCAGAT 1666
Query 1799 GACTTCATTGATTCGGTCACATCTTTTGCATGTAGCTTGGCTAAGCATCGTAAATCATCT 1858
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 GACTTCATTGATTCGGTGACATCTTTTGCATGTAGCTTGGCTAAGCATCGTAAATCATCC 1726
Query 1859 GTATTGGAGCCCAAGGATATATTACTCCACCTAGAGAAAAACTTGCACTTGACAATTCCT 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 GTATTGGAGCCCAAGGATATATTACTCCACCTAGAGAAAAACTTGCACTTGACAATTCCT 1786
Query 1919 GGATTCTCAAGTGAGGATAAACGTCAAACAAAAACTGTACCAACTGATCTCCACAAGAAG 1978
||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 GGATTCTCAAGCGACAATAAACGCCAAACAAAAACTGTACCAACTGATCTCCACAAGAAG 1846
Query 1979 CGACTTGCAATGGTGCGTGCATTACTAGAATCCTCAAAACCAGAGACGAATGCAAGCAAT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 CGACTTGCAATGGTGCGTGCATTACTAGAATCCTCAAAACCAGAGACGAATGCAAGCAAT 1906
Query 2039 TCCAAGGAAACTATGAGACAAGCGATGGTGAACCCAAATGGTCCGAATCATCTCTTAAGA 2098
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1907 TCCAAGGAAAGTATGAGACAAGTGATGGTGAACCCAAATGGTCCAAATCATCTCTTAAGA 1966
Query 2099 CCCTCCCAAAGTTCAGAACAATTGGTTTCGCAGACATCCGGTCCTCACATATTACAACAC 2158
|| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 CCATCCCCAAGTTCAGAACAATTGGTTTCGCAAACATCCGGTCCTCACATATTACAACAT 2026
Query 2159 ATGACACGATACTAAAGGACTTGAATATAGAAGCCTGAGCCAGCTCTCACTGCTATGTTC 2218
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 ATGACACGATACTAAAGGACTTGAATATAAAAGCCTGAGCCAGCTCTCACTGCTATGTTC 2086
Query 2219 ATCTTCTTGGT------TGCAGGAGTTTACACATCTATGGAGAGTTGAAGGCACAAGTAG 2272
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2087 ATCTTCTTGGTAAACACTGCAGGAGTTTACACATCTACGGAGAGT-GAAGGCACAAGGAG 2145
Query 2273 TGAAACTGTATGTATTATATATAAAATTCATGAGTCTTATAGGCAATCAAATAATA---C 2329
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2146 TCAAACTGTATGTATTATATATATAATTCATGAGTCTTATAGGCAATCAAATAATAATAC 2205
Query 2330 AGTTAtttttttcgtagttgtgggactttctaactatttcgtcttcttttttagtgggtt 2389
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2206 AGTTATTTTT--CATAGTTGTGGGACTTTCTAACTATTTCTTCTTCTTT---AGTGGGTT 2260
Query 2390 tttgttttt-tccttttgtaatttt--AGTTGTCCTCTCCATTTTAAGCTTGAAAGTTTT 2446
||||| ||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2261 TTTGTCTTTCTC-TTTTGTAATTTTTTAGTTGTCCACTCCATTTTAAGCTTGAAAGTGTT 2319
Query 2447 AGCTCTTTGATGACTCAGCAGTTGATGATATGTTAAATGATGTCAACTAT 2496
||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2320 AGCCCTTTGATGACTCAGCATTTGATGATGTGTTAAATGATGTAAACTAT 2369
Score = 532 bits (288), Expect = 3e-150
Identities = 343/369 (93%), Gaps = 5/369 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 94 cttcttcttcACAGCTGGGTTTCTTCTAATGGCGGAACCGATTCCCTCATCGTCTCTGTC 153
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 CTTGTTCTTCACACCTGGGTTTCTTCTAATGGCGGAACCAATTCCTTCATCGTCTCTGTC 60
Query 154 ACCGAAATCTCTACAATCTCCTAATCCTATGGAACCTTCTCCTGCATCTTCTACTCCTTT 213
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 ACCGAAATCTCTTCAATCTCCTAATCCCATGGAACCTTCTCCTGCATCTTCTGCTCCTTT 120
Query 214 ACCTTCATCATCATCTCAACAACAACAACTCATGACAGCTCCGATTTCCAATTCTGTTAA 273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCTTCATCATCATCTCAACAACAACAACTCATGACAGCCCCGGTTTCCAATTCTGTTAA 180
Query 274 TTCCGCTGCGTCTCCGGCGATGACTGTAACTACCACCGAAGGTATTGTAATTCAGAACAA 333
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCCGCGGCGTCTCCGGCTATGACTGTAACTACCACCGAAGGTGTTGTAATTCAGAACAA 240
Query 334 TTCGCAACCTAACATCTCCTCTCCCAACCCTACTTCTTCTAACCCA-CCAATCGGAGCTC 392
||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||| |||||| || |||||||||
Sbjct 241 TTCGCAACCTATCATCTCGTCTCCGAACCCTA---CTTCGAACCCAGCC-GTCGGAGCTC 296
Query 393 AGATCCCGTCGCCTTCTCCTCTCTCTCACCCTTCTTCATCTTTAGATCAGCAAACACAGA 452
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 297 AGATCCCGTCGCCTTCTCCTCTCTCTCATCCTTCTTCCTCTCTAGATCAGCAAACACAGA 356
Query 453 CTCAGCAAC 461
|||| ||||
Sbjct 357 CTCAACAAC 365
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94120995395
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5