BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17470.1
Length=1573
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471954 jgi|Araly1|471954|fgenesh2_kg.1__1908__AT1G17470.1 2302 0.0
Ahg476401 jgi|Araly1|476401|fgenesh2_kg.2__1531__AT1G72660.1 1661 0.0
> Ahg471954 jgi|Araly1|471954|fgenesh2_kg.1__1908__AT1G17470.1
Length=1335
Score = 2302 bits (1246), Expect = 0.0
Identities = 1306/1335 (98%), Gaps = 4/1335 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 98 ATAGTAGCAAAAACAAGTGAAGCACAATGGGGATCATCGAAAGGATTAAAGAAATCGAGG 157
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 ATAGTAGCAAGAACAAGTGAAGCACAATGGGGATCATCGAAAGGATTAAGGAAATCGAGG 60
Query 158 CCGAGATGGCTCGGACTCAGAAGAATAAAGCTACAGAGTATCATCTTGGTCAGCTCAAGG 217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCGAGATGGCTCGGACTCAGAAGAATAAAGCTACAGAGTATCATCTTGGTCAGCTCAAGG 120
Query 218 CAAAGATTGCAAAACTCAGGACACAACTGTTGGAGCCTCCAAAAGGTGCTAGTGGAGGCG 277
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CAAAGATTGCAAAGCTCAGGACACAACTGTTGGAGCCTCCAAAAGGTGCTAGTGGAGGCG 180
Query 278 GGGAAGGTTTTGAAGTTACCAAGTATGGTCATGGACGTGTTGCACTTATAGGATTTCCTA 337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 GGGAAGGTTTTGAAGTTACCAAGTATGGTCATGGACGTGTTGCACTTATAGGATTTCCAA 240
Query 338 GTGTCGGAAAGTCCACGCTTTTGACTATGTTAACTGGAACACATTCTGAAGCAGCCTCAT 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTGTCGGAAAGTCCACGCTTTTGACTATGTTAACTGGAACACATTCTGAAGCAGCCTCAT 300
Query 398 ATGAATTTACAACACTTACATGCATCCCTGGTGTAATTCACTACAACGACACAAAGATTC 457
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 ATGAATTTACAACACTTACATGCATCCCTGGCGTAATTCACTACAATGACACAAAGATTC 360
Query 458 AGCTTCTCGATCTTCCTGGGATTATTGAAGGTGCTTCGGAAGGAAAGGGGCGAGGAAGGC 517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGCTTCTCGATCTTCCTGGGATTATTGAAGGTGCTTCGGAAGGAAAGGGGCGAGGAAGGC 420
Query 518 AGGTTATTGCTGTTGCAAAGTCTTCCGACCTTGTATTGATGGTTCTTGATGCCTCAAAA- 576
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGGTTATTGCTGTTGCAAAATCTTCCGACCTTGTATTGATGGTTCTTGATGCCTCAAAAG 480
Query 577 --AGCGAAGGCCACAGGCAAATATTGACTAAGGAACTTGAGGCAGTGGGCTTGCGACTAA 634
|| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 481 TGAGTGAAGGCCACAGACAAATACTGACTAAGGAACTTGAGGCAGTGGGCTTGCGGCTAA 540
Query 635 ACAAAACTCCTCCGCAGATATACTTTAAAAAGAAAAAGACTGGTGGAATCTCTTTCAACA 694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACAAAACTCCTCCGCAGATATACTTTAAAAAGAAAAAGACTGGTGGAATCTCTTTCAACA 600
Query 695 CTACAGCACCCTTGACTCACATTGATGAGAAGCTCTGTTATCAAATCCTGCATGAATACA 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTACAGCACCCTTGACTCACATTGATGAGAAGCTCTGTTATCAAATCCTGCATGAATACA 660
Query 755 AGATTCACAATGCTGAGGTGCTATTTCGTGAGAATGCCACAGTGGATGACTTTATTGATG 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AGATTCACAATGCTGAGGTGCTATTTCGTGAGAATGCCACAGTGGATGACTTTATTGATG 720
Query 815 TCATTGAAGGCAACCGCAAGTATATTAAGTGTGTTTATGTCTACAACAAAATAGATGTTG 874
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCATTGAAGGCAACCGAAAATATATTAAGTGTGTATATGTCTACAACAAAATAGATGTTG 780
Query 875 TTGGAATTGATGATGTGGATAGACTATCCCGGCAGCCAAATTCCATTGTTATTAGCTGCA 934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTGGAATTGATGATGTGGATAGACTATCCCGGCAGCCAAATTCCATTGTTATTAGCTGCA 840
Query 935 ATCTTAAGCTTAACTTAGACAGACTACTTGCAAGGATGTGGGACGAAATGGGCCTTGTGA 994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATCTTAAGCTTAACTTAGACAGACTACTTGCAAGGATGTGGGACGAAATGGGCCTTGTGA 900
Query 995 GAGTTTACTCGAAGCCGCAAGGCCAGCAACCAGATTTCGATGAGCCTTTTGTCCTCTCAT 1054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAGTTTACTCGAAGCCGCAAGGCCAGCAACCAGATTTCGATGAGCCTTTTGTCCTCTCAT 960
Query 1055 CTGATCGAGGTGGCTGCACAGTGGAAGACTTCTGTAACCACGTCCACAGGACTCTGGTGA 1114
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CTGATCGAGGTGGCTGTACAGTGGAAGACTTCTGTAACCACGTCCACAGGACTCTGGTGA 1020
Query 1115 AGGATATGAAGTATGCACTCGTTTGGGGCACAAGCACAAGGCACAATCCACAGAATTGTG 1174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1021 AGGATATGAAGTATGCACTCGTTTGGGGCACAAGCACAAGGCACAATCCTCAGAATTGTG 1080
Query 1175 GTCTTTCTCAACATCTTGAAGACGAAGATGTTGTTCAGATCGTCAAGAAAAAGGAGAGAG 1234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTCTTTCTCAACATCTTGAAGACGAAGATGTTGTTCAGATCGTCAAGAAAAAGGAGAGAG 1140
Query 1235 ACGAAGGAGGAAGAGGCCGGTTCAAGTCACACTCAAACGCCCCTGCTAGAATTGCAGACA 1294
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATGAAGGAGGAAGAGGCCGGTTCAAGTCACACTCAAACGCCCCTGCTAGAATTGCAGACC 1200
Query 1295 GAGAGAAAAAAGCTCCTCTTAAGCAATAAGCTTTTAGCTGATAAGTCATCTCCATACATC 1354
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |
Sbjct 1201 GAGAGAAGAAAGCTCCTCTGAAGCAATAAGCTTTTAGCTGATAAGTGATTTCCATACACC 1260
Query 1355 CATCTCCACCATCA-TAGTCGTGGATGGTTTCACCTGAGTAAGATTTACTATGTTGTATC 1413
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CATCTCCACCATCAATAGTCTTGGATGGTTTCACCTGAGTAAGATTTACTATGTTGTATC 1320
Query 1414 TGAATCCGTTTTGTT 1428
||||||| |||||||
Sbjct 1321 TGAATCCTTTTTGTT 1335
> Ahg476401 jgi|Araly1|476401|fgenesh2_kg.2__1531__AT1G72660.1
Length=1422
Score = 1661 bits (899), Expect = 0.0
Identities = 1107/1208 (92%), Gaps = 12/1208 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 123 AATGGGGATCATCGAAAGGATTAAAGAAATCGAGGCCGAGATGGCTCGGACTCAGAAGAA 182
|||||| ||| | |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 163 AATGGGAATCGTGGAAAGGATTAAAGAGATTGAAGCCGAGATGGCTCGGACTCAGAAGAA 222
Query 183 TAAAGCTACAGAGTATCATCTTGGTCAGCTCAAGGCAAAGATTGCAAAACTCAGGACACA 242
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 223 TAAAGCTACAGAGTATCATCTTGGTCAGCTCAAGGCAAAGATTGCAAAGCTCAGGACACA 282
Query 243 ACTGTTGGAGCCTCCAAAAGGTGCTAGTGGAGGCGGGGAAGGTTTTGAAGTTACCAAGTA 302
||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 283 ACTCTTAGAGCCTCCAAAAGGTTCTAGTGGAGGTGGGGATGGTTTTGAAGTTACAAAGTA 342
Query 303 TGGTCATGGACGTGTTGCACTTATAGGATTTCCTAGTGTCGGAAAGTCCACGCTTTTGAC 362
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 343 TGGTCATGGACGTGTTGCACTTATAGGCTTTCCAAGTGTTGGAAAGTCCACGCTTTTGAC 402
Query 363 TATGTTAACTGGAACACATTCTGAAGCAGCCTCATATGAATTTACAACACTTACATGCAT 422
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 403 AATGTTAACCGGCACACATTCTGAAGCAGCCTCATATGAATTTACAACGCTTACATGCAT 462
Query 423 CCCTGGTGTAATTCACTACAACGACAC-AAAGATTCAGCTT-CTCGATCTTCCTGGGATT 480
|||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 463 CCCTGGAGTAATTCACTACAATGACACCAAA-ATTCAG-TTGCTTGATCTTCCTGGGATT 520
Query 481 ATTGAAGGTGCTTCGGAAGGAAAGGGGCGAGGAAGGCAGGTTATTGCTGTTGCAAAGTCT 540
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 ATTGAAGGTGCTTCAGAAGGAAAGGGACGAGGGAGGCAGGTTATTGCTGTTGCAAAGTCT 580
Query 541 TCCGACCTTGTATTGATGGTTCTTGATGCCTCAAAAAG-CGAAGGCCACAGGCAAATATT 599
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| |
Sbjct 581 TCAGACCTTGTGTTGATGGTTCTTGATGCCTCAAAAAGTC-AAGGTCACAGGCAAATACT 639
Query 600 GACTAAGGAACTTGAGGCAGTGGG-CTTGCGACTAAACAAAACTCCTCCGCAGATATACT 658
||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 640 GACTAAGGAGCTTGAAGCAGTGGGTCT-GCGTCTAAACAAAAGACCTCCACAGATATACT 698
Query 659 TTAAAAAGAAAAAGACTGGTGGAATCTCTTTCAACACTACAGCACCCTTGACTCACATTG 718
|||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 699 TTAAGAAGAAGAAGACTGGTGGGATTTCTTTCAACACTACAGCACCCTTGACTCGCATTG 758
Query 719 ATGAGAAGCTCTGTTATCAAATCCTGCATGAATACAAGATTCACAATGCTGAGGTGCTAT 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 759 ATGAGAAGCTCTGTTATCAAATCCTGCATGAATACAAGATTCACAATGCTGAGGTTCTAT 818
Query 779 TTCGTGA-GAATGCCACAGTGGATGACTTTATTGATGTCATTGAAGGCAACCGCAAGTAT 837
||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 819 TTCGTGAAGA-TGCTACTGTGGATGACTTTATTGATGTCATTGAAGGCAACCGCAAATAC 877
Query 838 ATTAAGTGTGTTTATGTCTACAACAAAATAGATGTTGTTGGAATTGATGATGTGGATAGA 897
|| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 878 ATCAAATGTGTATATGTCTACAACAAAATAGATGTTGTTGGAATCGATGATGTTGATAGG 937
Query 898 CTATCCCGGCAGCCAAATTCCATTGTTATTAGCTGCAATCTTAAGCTTAACTTAGACAGA 957
||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 938 CTAGCACGGCAGCCAAATTCTATTGTTATTAGCTGCAATCTAAAGCTAAACTTAGACAGA 997
Query 958 CTACTTGCAAGGATGTGGGACGAAATGGGCCTTGTGAGAGTTTACTCGAAGCCGCAAGGC 1017
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||
Sbjct 998 CTACTTGCAAGAATGTGGGACGAAATGGGACTTGTGAGAGTTTACTCAAAGCCTCAAAGC 1057
Query 1018 CAGCAACCAGATTTCGATGAGCCTTTTGTCCTCTCATCTGATCGAGGTGGCTGCACAGTG 1077
|||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1058 CAGCAACCAGATTTCGATGAACCCTTTGTCCTCTCAGCTGATAGAGGTGGCTGCACAGTT 1117
Query 1078 GAAGACTTCTGTAACCACGTCCACAGGACTCTGGTGAAGGATATGAAGTATGCACTCGTT 1137
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1118 GAAGATTTCTGTAACCACGTCCACAGGACTCTGGTGAAGGATATGAAGTATGCACTGGTT 1177
Query 1138 TGGGGCACAAGCACAAGGCACAATCCACAGA-ATTGTGGTCTTTCTCAACATCTTGAAGA 1196
|||||||||||| | |||||| | || || | | |||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1178 TGGGGCACAAGCGCTAGGCACTACCCTCA-ACACTGTGGTCTTTCTCATCATCTTGAGGA 1236
Query 1197 CGAAGATGTTGTTCAGATCGTCAAGAAAAAGGAGAGAGACGAAGGAGGAAGAGGCCGGTT 1256
|||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 1237 TGAAGATGTTGTTCAAATCGTCAAGAAGAAGGTGAGAGAAGAAGGAGGAAGGGGACGGTT 1296
Query 1257 CAAGTCACACTCAAACGCCCCTGCTAGAATTGCAGACAGAGAGAAAAAAGCTCCTCTTAA 1316
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||
Sbjct 1297 CAAGTCACACTCAAACGCGCCTGCTAGAATTGCAGACCGAGAGAAGAAAGCTCCACTAAA 1356
Query 1317 GCAATAAG 1324
||||||||
Sbjct 1357 GCAATAAG 1364
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 58925609015
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5