BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17580.1
Length=4960
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920678 jgi|Araly1|920678|scaffold_101959.1 7749 0.0
Ahg910579 jgi|Araly1|910579|Al_scaffold_0001_833 593 3e-168
> Ahg920678 jgi|Araly1|920678|scaffold_101959.1
Length=4603
Score = 7749 bits (4196), Expect = 0.0
Identities = 4453/4580 (97%), Gaps = 6/4580 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 140 TTGCTATTCAAATGGCTGCTCCAGTCATAATTGTGGGTTCACATGTGTGGGTTGAAGATC 199
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 10 TTGCTTTTCAAATGGCTGCTCCAGTCATAATTGTGGGTTCACATGTGTGGGTTGAAGATC 69
Query 200 CACATTTGGCATGGATAGATGGAGAAGTTACTCGAATAGATGGT-ATAAACGTTCATGTC 258
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||| |||
Sbjct 70 CTCATTTGGCATGGATAGATGGAGAAGTTACTCGAATCGATGGTGA-AAACATTCACGTC 128
Query 259 AAAACCAAGAAGGGGAAAACCGTTGTGACAAACGTATATTTTCCCAAGGATACTGAAGCT 318
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 129 AAAACTAAGAAGGGGAAAACCGTTGTGACAAACGTATATTTTCCCAAGGATACTGAAGCT 188
Query 319 CCATCTGGAGGTGTAGATGACATGACAAAACTTTCATACTTGCATGAGCCTGGAGTCTTA 378
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 189 CCATCTGGAGGTGTAGATGACATGACAAAGCTTTCATACTTGCATGAGCCTGGAGTCTTA 248
Query 379 CGAAACCTTGAGACAAGATATGAACTTAATGAAATATACACATATACAGGGAATATCCTA 438
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 249 CGAAACCTTGAGACAAGATACGAACTTAATGAAATATATACATATACGGGGAATATCCTA 308
Query 439 ATTGCAGTTAATCCATTCCAAAGGCTGCCTCATATTTATGAAACTGATATGATGGAACAA 498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 309 ATTGCAGTTAATCCATTCCAAAGGCTGCCTCATATTTATGAAACTGATATGATGGAACAA 368
Query 499 TATAAGGGAATTGCACTTGGAGAACTAAGTCCTCATGTTTTTGCAATTGGGGATGCTGCA 558
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 TATAAGGGAGCTGCACTTGGAGAACTAAGTCCTCATGTTTTTGCAATTGGGGATGCTGCA 428
Query 559 TACAGGGCAATGATTAATGAAGGGAAAAACAATTCGATTTTGGTAAGTGGAGAAAGTGGT 618
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 TACAGGGCAATGATTAATGAAGGAAAAAACAATTCGATTTTGGTAAGTGGAGAAAGTGGT 488
Query 619 GCTGGTAAAACCGAGACGACAAAGATGCTCATGAGGTACCTTGCCTTTTTGGGAGGGAGG 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 GCTGGTAAAACCGAGACGACAAAGATGCTCATGAGGTACCTTGCCTTTTTGGGAGGGAGG 548
Query 679 TCTGGTGTAGAAGGAAGGACAGTTGAACAGCAAGTCTTAGAGTCTAATCCAGTTCTCGAA 738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 TCTGGTGTAGAAGGAAGGACAGTTGAACAGCAAGTCTTAGAGTCTAATCCAGTTCTCGAA 608
Query 739 GCATTTGGCAATGCAAAAACTTTACGGAACAACAATTCAAGTCGTTTTGGTAAATTTGTT 798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 GCATTTGGCAATGCAAAAACTTTACGGAACAACAATTCAAGTCGTTTTGGTAAATTTGTT 668
Query 799 GAAATCCAATTTGACAAGAATGGAAGGATATCTGGGGCAGCTATTAGGACTTATCTGCTG 858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 GAAATCCAATTTGACAAGAATGGAAGGATATCTGGGGCAGCTATTAGGACTTATCTGCTG 728
Query 859 GAGAGGTCCCGTGTTTGCCAAATCTCAGATCCCGAAAGGAATTACCATTGCTTTTATCTT 918
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 GAGAGGTCCCGTGTTTGCCAAATCTCAGATCCTGAAAGGAATTACCATTGCTTTTATCTT 788
Query 919 CTTTGTGCTGCTCCGCCGGAGGATATAAAGAAGTACAAGCTGGAAAACCCACATAAATTT 978
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 CTTTGTGCTGCTCCGCCAGAGGATATAAAGAAGTACAAGCTGGAAAACCCACATAAATTC 848
Query 979 CATTATCTAAATCAGTCAAGTTGCTATAAGTTGGATGGTGTTGATGATGCTAGTGAATAC 1038
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 849 CATTATCTAAATCAGTCAAGTTGTTATAAATTGGATGGTGTTGATGATGCTAAAGAATAC 908
Query 1039 CTTGAAACCAGACGAGCTATGGATGTAGTTGGAATCAGTAACGAAGAACAGGAGGCAATC 1098
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 CTTGAAACCAGAAGAGCCATGGATGTAGTTGGAATCAGTAACGAAGAACAGGAGGCAATC 968
Query 1099 TTCAGGGTGGTTGCTGCAATTCTTCATCTTGGTAACATTGATTTTGGAAAGGGGGAAGAG 1158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 969 TTCAGGGTGGTTGCTGCAATTCTTCATCTTGGTAACATTGACTTTGGAAAGGGGGAAGAG 1028
Query 1159 ATAGATTCATCTGTCATCAAGGATAAAGATTCCCGAAGTCATCTTAATATGGCGGCAGAG 1218
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1029 ATAGATTCTTCGGTCATCAAGGATAAAGATTCCCGAAGTCATCTTAATATGGCGGCAAAG 1088
Query 1219 TTACTTATGTGTAACGCCCAGAGCCTAGAAGATGCTCTTATTAGGCGTGTGATGGTTACA 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1089 CTACTTATGTGTAACGCCCAGAGCCTAGAAGATGCTCTTATTAGGCGTGTAATGGTTACA 1148
Query 1279 CCTGAAGAGATTATCACGAGAACTCTTGATCCCGATAATGCAATTGCGAGTAGGGATACC 1338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 CCTGAAGAGATTATCACGAGAACTCTTGATCCCGATAATGCAATTGCGAGTAGGGATACC 1208
Query 1339 CTGGCCAAGACAATATACTCTCACTTGTTTGACTGGATTGTGAACAAAATTAATACCTCC 1398
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1209 CTGGCCAAGACAATATATTCTCACTTGTTTGACTGGATTGTGAACAAAATTAATACTTCC 1268
Query 1399 ATCGGGCAGGACCCACGGTCAAAGTCGATTATTGGAGTTCTGGATATCTATGGGTTTGAA 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 ATCGGGCAGGACCCACGGTCAAAGTCGATTATTGGAGTTCTGGATATCTATGGGTTTGAA 1328
Query 1459 AGTTTCAAATGCAATAGTTTTGAGCAATTCTGCATCAATTTCACGAATGAAAAACTGCAA 1518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 AGTTTCAAATGCAATAGTTTTGAGCAATTCTGCATCAATTTCACGAATGAAAAACTGCAA 1388
Query 1519 CAGCATTTTAATCAGCATGTCTTCAAAATGGAGCAGGAAGAGTACACCAAAGAAGAGATT 1578
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 CAGCATTTTAATCAGCATGTCTTTAAGATGGAGCAGGAAGAGTACACCAAAGAAGAGATT 1448
Query 1579 GCTTGGAGTTACATAGAGTTTATTGATAACCAAGATGTTCTTGAGTTAATTGaaaaaaaa 1638
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1449 GATTGGAGTTACATAGAGTTTATTGATAACCAAGATGTTCTTGATTTAATTGAAAAAAAA 1508
Query 1639 CCAGGAGG-GATTATTTCACTTCTAGATGAAGCCTGTATGTTTCCCAAGTCTACACATGA 1697
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 CCAGGAGGAG-TTATTTCACTTCTAGATGAAGCCTGCATGTTTCCCAAGTCTACACATGA 1567
Query 1698 AACCTTCTCCCAAAAGTTGTTCCAGACGTTTAAAGAA-CACGAGAGATTTGCCAAACCGA 1756
||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1568 AACCTTCTCTCAAAAGCTGTTCCAGACGTTTAAA-AATCACAAGAGATTTGCCAAACCGA 1626
Query 1757 AGCTCTCGCGCACTGATTTTACCATATCGCATTATGCAGGAGAGGTTACTTATCAATCAA 1816
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 AGCTCTCTCGCACTGATTTTACCATATCACATTATGCAGGAGAGGTTACTTATCAATCAA 1686
Query 1817 ACCATTTCATCGACAAGAACAAAGATTATATAGTTGCTGAACATCAAGCACTATTTACTG 1876
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 ACCATTTCATCGATAAGAACAAAGATTATATAGTTGCTGAACATCAAGCACTATTTACTG 1746
Query 1877 CATCTAATTGCAAGTTTGTGGCGGGTTTGTTCCATGCGCTTCATGAAGACTCATCCAGGT 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 CATCTAATTGCAAGTTTGTGGCGGGTTTGTTCCATGCGCTTCATGAAGACTCATCCAGGT 1806
Query 1937 CATCAAAATTTTCTTCCATTGGGTCACGGTTCAAGCAACAACTTCACTCGCTGATGGAAT 1996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 CATCAAAATTTTCTTCCATTGGGTCACGGTTCAAGCAACAACTTCACTCGCTGATGGAAT 1866
Query 1997 CACTGAATGGTACAGAACCTCATTACATCAGATGTATAAAGCCGAACAATGTTCTTAAAC 2056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 CACTGAATGGTACAGAACCTCATTACATCAGATGTATAAAGCCGAACAATGTTCTTAAAC 1926
Query 2057 CTGGTATCTTTGAGAATTTCAACGTCATTCATCAATTACGTTGTGGGGGTGTTCTTGAGG 2116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927 CTGGTATCTTTGAGAATTTCAACGTCATTCATCAATTACGTTGTGGGGGTGTTCTTGAGG 1986
Query 2117 CCATTCGGATCAGTTGCGCTGGCTATCCTACCAGGCTTGCCTTCTATGACTTTCTCGATC 2176
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1987 CCATTAGGATCAGTTGCGCTGGCTATCCTACCAGGCTTGCCTTCTATGACTTTCTCGACC 2046
Query 2177 GTTTTGGTCTCCTTGCTCCAGAAGTTTTGGAAGGAAATTATGATGATAAAGTAGCTTGCC 2236
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2047 GTTTTGGTCTCCTCGCTCCAGAAGTTTTGGAAGGAAATTATGATGATAAAGTAGCTTGCC 2106
Query 2237 AAATGATTCTTGATAAGAAAAGTCTGACGGACTACCAGATAGGAAAGACAAAGATTTTCC 2296
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2107 AAATGATTCTTGATAAGAAAGGTCTGAGGGACTACCAGGTAGGAAAGACAAAGATTTTCC 2166
Query 2297 TTCGAGCTGGTCAGATGGCTGAACTAGATGCGAGGAGAGCAGAGGTGCTTGGGAATGCTG 2356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2167 TTCGAGCTGGTCAGATGGCTGAACTAGATGCGAGGAGAGCAGAGGTGCTTGGGAATGCTG 2226
Query 2357 CCAGAGTCATTCAGAGGCAATTCCGCACATGTATGGCTAGAAAGAATTACCGTTCTATTC 2416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 2227 CCAGAGTCATTCAGAGGCAATTCCGCACATGTATGGCCAGAAAGAATTACCGTTCTCTTC 2286
Query 2417 GCAATGCTGCAATTGTTTTGCAATCCTTCCTACGAGGCGAAATTGCCCGGGCAGTGCACA 2476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||
Sbjct 2287 GCAATGCTGCAATTGTTTTGCAATCCTTCCTACGAGGCGAAATTGCCCGGACGGTACACA 2346
Query 2477 AGAAACTGAGAATAGAAGCTGCAGCTCTAAGAGTCCAGAAGAATTTCCGCCGGTACGTTG 2536
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2347 AAAAACTGAGAATAGAAGCTGCAGCTCTAAGATTCCAGAAGAATTTCCGCCGGTACGTCG 2406
Query 2537 ACAGGAAATCTTTTGTCACCACAAGATCATCTACAATCGTGTTGCAGACTGGCTTAAGGG 2596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2407 ACAGGAAATCTTTTGTCACCACAAGATCATCTACAATCGTGTTGCAGGCTGGCTTAAGGG 2466
Query 2597 CCATGATTGCACGTAGTGAATTCAGGCTAAGAAGGCAAAGAAAAGCCGCCATTGTACTTC 2656
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||| ||||
Sbjct 2467 CCATGATTGCACGTAGTGAATTCAGACTAAAAAGGCAAACAAAAGCTGCCATTGTGCTTC 2526
Query 2657 AGGCTCATTGGCGTGGTCGCCAAGCATTCTCATATTACACAAGACTTCAGAAGGCGGCAA 2716
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2527 AGGCTCATTGGCGTGGTCGCCAAGCATACTCGTATTACACAAGACTTCAGAAGACGGCAA 2586
Query 2717 TAGTCACACAATGTGCCTGGAGATGCAGACTTGCTAGAAGAGAGCTTAGAATGCTGAAAA 2776
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2587 TAGTCACACAATGTGCCTGGAGATGCAGAGTTGCTAGAAGAGAGCTTAGAATGCTGAAAA 2646
Query 2777 TGGCTGCAAGAGACACCGGTGCTCTTAAAGATGCTAAGAATAAATTGGAGCAGCGGGTAG 2836
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2647 TGGCTGCAAGAGAAACCGGTGCTCTTACAGATGCTAAGAATAAATTGGAGAAGCGGGTAG 2706
Query 2837 AAGAGCTTTCCTTGCGTTTGCATTTGGAGAAGCGGTTAAGGACTGATCTTGAGGAGGCAA 2896
|||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2707 AAGAGCTTACCTGGCGTTTGCAATTGGAGAAGCGGTTAAGGACTGATCTTGAGGAGGCAA 2766
Query 2897 AGGTGCAAGAAGTTGCAAAGCTGCAAGAGGCATTGCATACCATGCGGTTACAATTGAAAG 2956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2767 AGGTGCAAGAAGTTGCAAAGCTGCAAGAGGCATTGCATACCATGCGGTTACAATTGAAAG 2826
Query 2957 AAACTACTGCAATGGTCGTAAAGGAACAGGAGGCGGCTCGAGTAGCAATTGAAGAAGCAA 3016
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2827 AGACTACTGCAATGGTCGTAAAGGAACAGGAGGCGGCTCGAGTAGCAATTGAAGATGCAT 2886
Query 3017 GTTCAGTTAATAAGGAACCTGTTGTTGTTGAAGATACAGAGAAGATCGATTCTTTGAGCA 3076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 GTTCAGTTAATAAGGAACCTGTTGTTGTTGAAGATACAGAGAAGATCGATTCTTTGAGCA 2946
Query 3077 ACGAAATTGACAGGCTAAAGGGACTGTTGTCATCAGAAACACATAAGGCAGATGAAGCAC 3136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2947 ACGAAATTGACAGGCTAAAGGGACTGTTGTCATCAGAAACACATAAGGCAGATGAAGCAA 3006
Query 3137 AGCATGCTTATCAGAGTGCCTTGGTCCAAAATGAGGAATTATGTAAGAAACTTGAAGAAG 3196
| || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3007 AACAGGCTTATCTTAGTGCCTTGGTCCAAAATGATGAATTAAGTAAGAAACTTGAAGAAG 3066
Query 3197 CTGGAAGAAAAATAGATCAGCTCCAAGATTCTGTTCAGAGATTCCAAGAAAAAGTCTTTA 3256
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3067 CTGGAAGAAAAATAGATCAGCTTCAAGATTCTGTTCAGAGATTCCAAGAAAAGGTCTTTA 3126
Query 3257 GCTTGGAGTCAGAGAATAAAGTACTCCGGCAACAAACTCTTACCATCTCACCGACTACTA 3316
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3127 ACTTGGAGTCGGAGAATAAAGTACTCCGGCAACAAACTCTTACCATCTCACCGACTACTA 3186
Query 3317 GAGCTTTGGCCCTAAGACCAAAAACTACCATAATCCAGAGAACTCCGGAGAAGGATACTT 3376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3187 GAGCTTTGGCCCTAAGACCAAAAACTACCATAATCCAGAGAACTCCCGAGAAGGATACTT 3246
Query 3377 TCTCCAATGGAGAAACAACACAACTTCAGGAACCTGAAACTGAGGATAGGCCCCAGAAAT 3436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3247 TCTCCAATGGAGAAACAACACAACTTCAGGAACCTGAAACTGAGGATAGGCCCCAAAAAT 3306
Query 3437 CGCTTAATCAGAAACAGCAGGAAAATCAAGAGCTGTTACTAAAATCTATTTCGGAAGATA 3496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3307 CGCTTAATCAGAAACAGCAGGAAAATCAAGAGCTGTTACTAAAGTCTATTTCGGAAGATA 3366
Query 3497 TAGGATTTTCTGAAGGCAAGCCTGTTGCTGCCTGTCTGATATACAAGTGTCTGATACACT 3556
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3367 TAGGATTTTCTGATGGCAAGCCTGTTGCCGCCTGTCTGATATACAAGTGTCTGATACATT 3426
Query 3557 GGAGATCTTTTGAAGTAGAAAGAACCAGTATATTTAATCGTATAATCGAGACAATAGCAT 3616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3427 GGAGATCTTTTGAAGTAGAAAGAACCAGTATATTTAATCGTATAATCGAGACAATAGCAT 3486
Query 3617 CTGCCATTGAGATGCAGGAAAACAGCGATGTACTATGCTATTGGTTATCCAATTCCGCCA 3676
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3487 CTGCCATCGAGATGCAGGAAAACAGCGATGTACTATGCTATTGGTTATCCAATTCCGCCA 3546
Query 3677 CATTATTAATGTTTCTTCAACGCACTCTGAAAGCCGGTGCTACAGGAAGCATAACTACTC 3736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3547 CATTATTAATGTTTCTTCAACGCACTCTGAAAGCCGGTGCTACAGGAAGCATAACTACTC 3606
Query 3737 CCAGACGTCGGGGAATGCCTTCATCTTTGTTTGGACGGGTATCTCAGAGTTTCCGAGGTT 3796
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3607 CCAGACGTCGGGGAATGCCTACATCTTTGTTTGGACGGGTATCTCAGAGTTTCCGAGGTT 3666
Query 3797 CTCCACAAAGTGCTGGATTCCCATTTATGACTGGAAGGGCAATTGGCGGTGGGCTAGACG 3856
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 3667 CTCCACAAAGTGCTGGATTCCCATTTATGAGTGGAAGGGCGATTGGTGGTGGGCTAGACG 3726
Query 3857 AACTACGTCAAGTTGAAGCTAAATATCCTGCTTTGCTTTTTAAGCAGCAACTCACAGCTT 3916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 3727 AACTACGTCAAGTTGAAGCTAAATATCCTGCTTTGCTTTTCAAACAGCAACTCACAGCTT 3786
Query 3917 TCCTAGAAAAGATATATGGAATGATCCGTGACAAGATGAAGAAAGAGATTTCCCCTCTGC 3976
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3787 TCCTAGAAAAGATATATGGAATGATCCGAGACAAGATGAAGAAAGAGATTTCCCCTCTGC 3846
Query 3977 TTGCTTCTTGCATTCAGGTTCCAAGGACACCGCGGTCTGGTTTAGTAAAAGGACGTTCAC 4036
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 3847 TTGCTTCTTGCATTCAGGTTCCAAGGACACCACGGTCTGGTTTAGTAAAGGGACGTTCTC 3906
Query 4037 AAAATACACAAAATAATGTTGTTGCTCCAAAACCGATGATTGCTCATTGGCAAAACATTG 4096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3907 AAAATACACAAAATAATGTTGTTGCTCCAAAACCGATAATTGCTCATTGGCAAAATATTG 3966
Query 4097 TTACTTGTCTAAACGGCCACTTGAGGACTATGAGGGCCAATTATGTGCCTTCCTTGCTAA 4156
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3967 TTACTTGTCTAAACGGCCACTTGAAGACCATGAGGGCCAATTATGTGCCTTCGTTGCTAA 4026
Query 4157 TTTCTAAAGTGTTCGGGCAGATATTTTCATTTATCAATGTTCAGCTGTTTAACAGCCTTC 4216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4027 TTTCTAAAGTGTTCGGGCAGATATTTTCATTTATCAATGTTCAGCTGTTTAACAGCCTTC 4086
Query 4217 TTTTAAGACGTGAATGCTGCTCGTTTAGCAATGGAGAGTATGTAAAAACAGGGCTTGCTG 4276
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4087 TTTTAAGACGTGAATGCTGCTCATTTAGCAATGGAGAGTATGTAAAAACAGGGCTTGCTG 4146
Query 4277 AGCTGGAAAAGTGGTGCCATGATGCAACGGAGGAGTTTGTTGGTTCGGCTTGGGATGAAC 4336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4147 AGCTGGAAAAGTGGTGCCATGATGCAACGGAGGAGTTTGTTGGTTCGGCTTGGGATGAAC 4206
Query 4337 TAAAGCACATTAGACAAGCTGTTGGCTTCTTGGTTATACATCAGAAGCCTAAGAAGAGCT 4396
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4207 TAAAGCACATCAGACAAGCTGTTGGTTTCTTGGTTATACATCAGAAACCTAAGAAGAGCT 4266
Query 4397 TAAAAGAGATAACTACTGAACTTTGTCCGGTGCTTAGCATTCAGCAACTGTATAGGATCA 4456
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4267 TGAAAGAGATAACTACCGAACTTTGTCCGGTGCTTAGCATTCAGCAACTGTACAGGATCA 4326
Query 4457 GTACAATGTATTGGGACGACAAATACGGTACACATAGCGTATCTACAGAGGTGATAGCAA 4516
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 4327 GTACAATGTATTGGGACGACAAATACGGTACACATAGCGTATCTTCACAGGTGATAGCAA 4386
Query 4517 CCATGCGGGCAGAGGTGTCAGATGTATCAAAGAGCGCGATCAGCAATTCATTTTTACTAG 4576
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4387 CCATGCGGGCCGAGGTGTCAGATGTATCAAATAGCGCGATCAGCAATTCATTTTTACTAG 4446
Query 4577 ACGACGATTCGAGCATCCCATTCTCGCTTGACGATATCTCCAAATCGATGCAAAACGTAG 4636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 4447 ACGACGATTCGAGCATCCCATTCTCGCTTGACGATATCTCGAAATCGATGCAATACGTAG 4506
Query 4637 AGGTTGCAGAGGTTGATCCTCCTCCGTTGATCCGCCAAAACTCCAACTTCATGTTCTTGT 4696
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4507 AGGTTGCAGAGGTTGATCCTCCTCCGTTGATTCGCCAAAACTCCAACTTCATGTTCTTGT 4566
Query 4697 TGGAAAGGTCAGATTGAAGT 4716
||||||||||||||||||||
Sbjct 4567 TGGAAAGGTCAGATTGAAGT 4586
> Ahg910579 jgi|Araly1|910579|Al_scaffold_0001_833
Length=7728
Score = 593 bits (321), Expect = 3e-168
Identities = 924/1206 (77%), Gaps = 77/1206 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 301 CCC-AAGGATACT-GAAGCTCCAT-CTGGAGGTGTAGATGACATGACAAAACTTTCATAC 357
||| |||||| | |||||||| | |||| ||||| |||||||||||||| || || |||
Sbjct 3180 CCCAAAGGAT-GTGGAAGCTCC-TGCTGGTGGTGTTGATGACATGACAAAGCTCTCTTAC 3237
Query 358 TTGCATGAGCCTGGAG-TCTTACGA-AACCTTG-AGA-CAAGATATGAACTTAATGAAAT 413
|||||||| ||||| | |||| | | || |||| ||| | ||||||||||||||||| ||
Sbjct 3238 TTGCATGAACCTGGTGTTCTT-C-AGAA-CTTGAAGATC-AGATATGAACTTAATGAGAT 3293
Query 414 ATACACATATACAGGGAATATCCTAATTG-CAGTTAATCCATTCCAAAGGCTGCCTCATA 472
|| ||||| ||||| || ||||| |||| || |||| || || ||| | ||||||| |
Sbjct 3294 CTATACATACACAGGAAACATCCTTATTGCCA-TTAACCCGTTTCAACGATTGCCTCACA 3352
Query 473 TTTATGAAACTGATATGATGGAACAATATAAGGGAATTGCACTTGGAGAACTAAGTCCTC 532
| ||||| | |||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3353 TCTATGATGCCCATATGATGCAACAATACAAAGGAGCACCACTTGGAGAACTAAGTCCTC 3412
Query 533 ATGTTTTTGCAATTGGGGATGCTGCATACAGGGCAATGATTAATGAAGGGAAAAA-CAAT 591
|||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3413 ATGTTTTTGCTGTTGCTGATGTTGCATACAGGGCCATGATTAATGA-GGGAAAAAGCAAT 3471
Query 592 TCGATT-TTGGTAAGTGGAGAAAGTGGTGCTGGTAAAACCGAGACGACAAAGATGCTCAT 650
|| ||| ||| || |||| || || || || || ||||| || || || |||||||| ||
Sbjct 3472 TCAATTCTTGTTA-GTGGTGAGAGCGGAGCAGGAAAAACTGAAACCACTAAGATGCTTAT 3530
Query 651 GAGGTACCTTGCCTTTTTGGGAGGGAG-GTCTGGTGTAGAAGGAAGGACAGTTGAACAGC 709
|||||||||||| | ||||| || | | | | | ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3531 GAGGTACCTTGCATACTTGGGTGGTCGTG-CAGTTACAGAAGGAAGGACAGTTGAACAAC 3589
Query 710 AAGT-CTTAGAGTCTAATCCAGTTCTCGAAGCATTTGGCAATGCAAAAACTTT-ACGGAA 767
|||| ||| || || ||||| || || || || ||||| ||||| |||||| | | | ||
Sbjct 3590 AAGTTCTT-GAATCAAATCCTGTCCTTGAGGCCTTTGGTAATGCCAAAACTGTGA-GAAA 3647
Query 768 CAACAATTCAAGTCGTTTTGGTAAATTTGTTGAAATCCAATTTGACAAG-AATGGAAGGA 826
||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |
Sbjct 3648 TAACAACTCAAGTCGCTTCGGTAAATTTGTTGAAATCCAATTTGATAAGCAA-GGAAGAA 3706
Query 827 TATCTGGGGCAGCTATTAGGACTTATCTGCTGGAGAGGTCCCGTGTTTGCCAAATCTCAG 886
||||||| || ||||| || |||||||| | |||||||| ||||| |||||||| || |
Sbjct 3707 TATCTGGAGCTGCTATAAGAACTTATCTATTAGAGAGGTCTCGTGTGTGCCAAATTTCTG 3766
Query 887 ATCCCGAAAGGAATTACCATTGCTTTTATCTTCTTTGTGCTGCTCCGCCGGAGGATATA- 945
|||| || | |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| |||||| ||
Sbjct 3767 ATCCGGAGCGAAATTACCACTGCTTCTATCTTCTTTGTGCCGCACCGCAGGAGGAAATTG 3826
Query 946 AAGAAGTACAAGCT-GGAAAACCCACATAAATTTCATTATCTAAATCAGTC-AAGTTGCT 1003
|| ||||||||||| || | || | | | ||||||||||| || ||||| |||| |||
Sbjct 3827 AA-AAGTACAAGCTCGGTCATCCAA-AGACCTTTCATTATCTGAACCAGTCCAAGT-GCT 3883
Query 1004 ATAAG-TTGGATGGTGTT-GATGATGCT-AGTGAATACCTTGAAACCAG-ACGAGCTATG 1059
| || ||| ||| | | |||||| | ||| || |||| || || | ||||||||
Sbjct 3884 TTGAGCTTGTC-GGTATAAGC-GATGCTCA-TGATTATCTTGCGACAAGGA-GAGCTATG 3939
Query 1060 GATGTAGTTGGAATCAGT-AACGAAG-AACAGGAGGCAATCTTCAGGGTGGTTGCTGCAA 1117
||| | |||||||| || || ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 3940 GATATTGTTGGAATTAGCGAA--AAGGAACAGGAAGCAATTTTCAGAGTGGTTGCTGCAA 3997
Query 1118 TTCTTCATCTTGGTAACATTGATTTTGGAAAGGGGGAAGA-GATAGATTCATCTGT-CAT 1175
|||||||| |||| ||||| || ||| ||||| || || | | |||||||| || |
Sbjct 3998 TTCTTCATATTGGCAACATCGAATTTACTAAGGGAGAGGAAG-TGGATTCATCAGTTCC- 4055
Query 1176 CAAGGAT-A-AAGATTCCCGAAGT--CATCTTAATATGGCGGCAGAG-TTACTTATGTGT 1230
||||||| | ||| | | ||| | |||||||| | || ||||| || |||||||||
Sbjct 4056 CAAGGATGAGAAG-T-C--GAAATTTCATCTTAAAACAGCAGCAGAACTT-CTTATGTGT 4110
Query 1231 AACGCCCAGAGC-CTAGAAGATGCTCTTAT-TAGGCGTGTGATGGTTACACCTGAAGA-G 1287
| || || || |||||||| |||| || ||||| ||| | |||||||| || |
Sbjct 4111 GATTTAAAG-GCACTTGAAGATGCA-TTATGTAAACGTGTTATGATCACACCTGAGGAAG 4168
Query 1288 ATTATCACGAGAACTCTTGATCC-CGATAATGCAATTGCGAGTAGGGATACCCTGGCCAA 1346
|||||| ||||| ||| ||||| | | | ||| | | || ||||| || || ||
Sbjct 4169 -TTATCAAGAGAAGTCTAGATCCAC-AGAGTGCTGTAACCAGCAGGGACGGTCTCGCTAA 4226
Query 1347 GACAATATACTCTC-ACTTGTTTGACTGGATTG-T-GAACAAAATTAATACCTCCATCGG 1403
|||| | || ||| ||| ||| || ||| ||| | || ||| ||||||| || || ||
Sbjct 4227 GACAGTCTATTCTAGACT-GTTCGATTGG-TTGGTAGA-CAAGATTAATAAGTCGATTGG 4283
Query 1404 GCAGGAC-CCACGGTCAA-AGTCGATTATTGGAGTTCTGGATATCTATGGGTTTGAAAGT 1461
|| || ||| || | | || | |||||||||||||| || ||||| ||||| ||
Sbjct 4284 ACAAGATGCCAAT-TCTAGA-TCTCTAATTGGAGTTCTGGACATTTATGGATTTGAGAGC 4341
Query 1462 TTCAAA 1467
||||||
Sbjct 4342 TTCAAA 4347
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 187738007609
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5