BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17680.1
Length=3176
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471977 jgi|Araly1|471977|fgenesh2_kg.1__1931__AT1G17680.1 4394 0.0
> Ahg471977 jgi|Araly1|471977|fgenesh2_kg.1__1931__AT1G17680.1
Length=2863
Score = 4394 bits (2379), Expect = 0.0
Identities = 2728/2890 (94%), Gaps = 50/2890 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 270 AAAGAGAGTTTTTGATTTGTGTATTCTTCTC-T-TT-----TTGAAAAGATGGAAGATAA 322
|||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||||| ||||||||||||
Sbjct 1 AAAGAGAGTTTTTGATTTGTTTATTCTTCTCTTGTTGAAACTTGAAAGGATGGAAGATAA 60
Query 323 GGGAAAGGGTGTGGTGGAAGGAGATGAGGGGAACTTGATTTCTGAGTTAGAAGAAGGTCC 382
||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||
Sbjct 61 GGGAAAGGGTGTGGTGGAAGGAGATGA-GGGAA----A---C----TTAGAAGAAGGTCC 108
Query 383 AAGCAATATGGAATGTGACAAGCAAGTACTTGGTGGTGAT-ACTAATTATGA-TGATAAA 440
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| | | |||| ||
Sbjct 109 AAGCAACATGGAATGTGACAAGGAAGTACTTGGTGGTGATGA-TAAAGA-CAGTGATGAA 166
Query 441 GACTTAAACAGTGAT-GAAGAAGGTCTGGTAgatgatgatgatgatgatagtgatgatga 499
| || || | | || | | || | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 167 G-----AA-GGT-CTGGTAG-ATG-ATGAT-GATGATGATGATGATGATAGTGATGATGA 216
Query 500 tgatgagggagatgagtc---agaagaagaagatgaCTTTGAAGCTGGAAGTG---TCCC 553
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 217 TGATGAGGGAGATGAGTCAGAAGAAGAAGAAGATGACTTTGAAGCTGGAAGTGAAATTCC 276
Query 554 AAACACGTTTGAACGACCTGAGTATGAAGCTCTGGCTGAGAGGAAACGCAAAGCACTTGC 613
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 277 AAACACGTTTGAACCACTTGAGTATGAAGCTCTGGCTGAGAGGAAACGCAAAGCACTGGC 336
Query 614 TGATTCTCAACGTAATCCTAGTAACATCTCGAATAGCACCTCGGGCGTGGAGGGATTCAT 673
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 337 TGATTCTCAACGTAATGCTATTAACATCTCGAATAGCACCTCAGGCGTGGAGGGATTCAT 396
Query 674 GGAATTTATGTCTTCTGGTCGCCGACGGAAATCCAGGAAGTATAAGAAAAAGGGTAGAAG 733
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 397 GGAATTTTTGTCTTCTGGTCGCCGACGGAAATCCAGGAAGTATAAAAAAAAGGGTAGAAG 456
Query 734 ACCTGGGTCAAAGAAAGAAGTTGCACCTGACATTCTAAAGAGGTTTAGGGAGGCTCTTTT 793
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 ACTTGGGTCAAAGAAAGAAGTTGCACCTGACATTCTAAAGAGGTTTAGGGAGGCTCTTTT 516
Query 794 TCTTCATGCACATGGCCGTGACATTGAGGCTTTACCTATTTTAGTAGAAGTTATTAAGCA 853
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 517 TCTTCATGCACACGGCCGTGATATTGAGGCTTTACCTATTTTAGTAGAAGTTATTAAGCA 576
Query 854 AGCACCAGCTTTCGATATAGCATACTATTACCTTTCACGTGTTTCTGAGCAACTTGGTAA 913
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 577 AGCACCAGCTTTCGATATAGCATACTATTATCTTTCACGTGTTTCTGAGCAACTTGGTAG 636
Query 914 GACCGAATCATCCTCTACGGAAGCATTAAAGATTGCTGCAAATATCAAAGGTTCAAAATC 973
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 GGCCGAATCATCTTCTACGGAAGCATTAAAGATTGCTGCAAATATCAAAGGTTCAAAATC 696
Query 974 ACCTTTTTGGAAGTTGCTTTATGAGAGGTTCAAGGAACAAGAGAACATTTCGGTAGCAAG 1033
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 697 ACCTTTTTGGAAATTGCTTTATGAGAGGTTCAAGGAACAAGAGGACATGGCGGTAGCAAG 756
Query 1034 GAGTTATGCGTCGAAAGCAATTCAAGCTGATCCAGATGATATCCCTTTGAAATATGAATA 1093
||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 GAGTTATGCTTCCAAAGCAATACAAGCTGATCCAGATGATATCCCTTTGAAATATGAATA 816
Query 1094 TGCAGACATCTGCCTAAATACTGGAAAATATAGAGAAGCTGCTGAAACCTTTGAGCAAAT 1153
||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 817 TGCTGACCTCTGCCTAAATGCTGGAAAATATAGAGAAGCTGCTGAAACCTATGAGCAAAT 876
Query 1154 ATTTCGTCGGTGTCCTGAGAGAATTGAAGCACTCAAGTGGGGGGTACAGTATTTCCTTAA 1213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 877 ATTTCGTCGGTGTCCTGAGAGAATTGAAGCACTCAAGTGGGGGATAGAGTATTTCCTTAA 936
Query 1214 ATCCGGTGAGGGTGAACGAGCAGCGAGCATCTTAGAGGATCATATCAAATCCCATTCATC 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 937 ATCCGGTGAGGGTGAACGAGCAGCGAGCATCTTAGAGGATCATATTAAATCCCATTCATC 996
Query 1274 TGAAGTGGGGCACGATGTCTTGGATTTACTGGCTTCTGTTTTCATGAAAATTAATGCGCA 1333
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 997 TGAAGTGGGGCACGATATCTTGGATTTACTGGCTTCAGTTTTCATGCAAATTAATGTGCA 1056
Query 1334 TGATAGAGCTCTTAAGTATATTCACGATGTGCGCCAGATTTACAATGTTGGAAAAGAATT 1393
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1057 TGATAGAGCTCTTAAGTATATTCATGATGTGCGCCAGATTTACAATGTTGGAAAAGAACT 1116
Query 1394 GTCTTCCAGCTTGAAAATCAGACAAGCCATCTGTCATGTTCACCTTGAAGAAATGGAGCA 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 GTCTTCCAGCTTGAAAATCAGACAAGCCATCTGTCATGTTCACCTTGAAGAAATGGAGCA 1176
Query 1454 GGCAGAGAGCGTGTTAAGCATTCTACCACAGGAGGCTGTATCTGAACATCCAGAGCTCAT 1513
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 GGCAGAGAGTGTGTTAAGTATTCTACCACAGGAGGCTGTATCTGAACATCCAGAGCTCAT 1236
Query 1514 CACCAATTTGGCTGATGAGCTAACAAACATTGGGAATTTCCACTCTGCTCTCAAATACTA 1573
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 TACCAATTTGGCTGATGAGCTAACAAACATTGGGAATTTCCACTCTGCTCTCAAATACTA 1296
Query 1574 TATAGAAGCAATCAGTGAACCTGTG---AATGGCAATTTGTTTGTAAAAATTGCTCGCTG 1630
| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1297 TTTAGAAGCAATCAGTGAACCTGTGAATAATGGCTATTTGTTTGTGAAAATTGCTCGCTG 1356
Query 1631 TTATATGTCATTGGAAGAAAGAAAACAGGCCATTGTTTTCTATTATAAAGCTCTGAATGA 1690
|||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 TTATATGTCATTGGCAGAACGAGAACAGGCCATTGTTTTCTATTATAAAGCTCTGAATGA 1416
Query 1691 ACTCAGTGATACGGTTGATGTTCGCATAACTCTGGCTTCACTCCTCCTGGAAGATGGCAA 1750
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1417 ACTCAGTGATACGGTTGATATTCGCATAACTCTGGCTTCACTCCTCCTTGAAGATGGCAA 1476
Query 1751 ACGAGATGAAGCTGTATTAGTGCTTTCTCCTCCGGAAAATCCAGATCCTGATACGGCTAA 1810
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1477 ACGAGATGAAGCTGTATTAGTGCTTTCTCCTCCGGAAAATCCAGATCCTGATACTGCTAA 1536
Query 1811 ACTGAAGGCATGGTGGAAAAACAGAAAGATCAGGATGAATCTTTGTCAGATCTATCATTC 1870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537 ACTGAAGGCATGGTGGAAAAACAGAAAGATCAGGATGAATCTTTGTCAGATCTATCATTC 1596
Query 1871 AGAGGGAATGCTGGAGGACTTCGCCAATACAGCACTGCAGTTGGTACTTAAGTGGGTTTG 1930
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1597 AGAGGGAATGCTTGAGGACTTCGCCAATACAGCACTGCAGTTGGTACTTAAGTGGGTTTG 1656
Query 1931 GCGGCGGACGGTCAAGGGGAAAAGAAAACGACTGGTTCTTTCAGAGCATCAAAGAAACAA 1990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 GCGGCGGACGGTCAAGGGGAAAAGAAAACGACTGGTTCTTTCAGAGCATCAAAGAAACAA 1716
Query 1991 AAAACGCCGACGTCCTAGAGATGCTCAAGCTTCCCAGTTGAGAGGGGGACCAAAAAAGTG 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1717 AAAACGCCGACGTCCTAGAGATGCTCAAGCTTCCCAGTTGAGAGGCGGACCAAAAAAGTG 1776
Query 2051 GCGCAAAATCAGGGCAACGTTAAATGAAACAAGAAGAATTAGAGAACGAGCTGCTATTAA 2110
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1777 GCGCAAAATCAGGGCAACATTAAATGAAACAAGAAGAATTAGAGAACGAGCTGCTATCAA 1836
Query 2111 AGCTCATAACGAAGATGTCTGCAGTGAATCTGAGGAAGAAGTTATCAAGGATGAAGAGTA 2170
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1837 AGCTCATAACGAAGATATCTGCAGTGAATCTGAGGAAGAAGTTATCAAGGATGAAGAGTA 1896
Query 2171 TCACCGTCTCTTTGTGGATTTGTGCAAGGCATTGGCATCCCTACAGAGATATTGGGAAGC 2230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1897 TCACCGTCTCTTTGTGGATTTGTGCAAGGCATTGGCATCCCTGCAGAGATATTGGGAAGC 1956
Query 2231 TCTGGAGATAGTTAATTTGGCTCGGAGATTGGATGCTAAAATGCTGCCTGTTGAGACAAA 2290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957 TCTGGAGATAGTTAATTTGGCTCGGAGATTGGATGCTAAAATGCTGCCTGTTGAGACAAA 2016
Query 2291 AAAGGAGCTTCAGTCACTTGGAGCTAAAATATCTTGCGATACTATGGATCCAAAGCAGTG 2350
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2017 AAAGGAGCTTCAGTCACTTGGAGCTAAAATATCGTGCGATACTATGGATCCAAAGCAGTG 2076
Query 2351 GTTTGACTGTGTAAGATCTGTCATTCAGCAACATCCATATCGTTTGAATGCCTGGAACTG 2410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077 GTTTGACTGTGTAAGATCTGTCATTCAGCAACATCCATATCGTTTGAATGCCTGGAACTG 2136
Query 2411 CTATTACAGTGTCATTTCGAGACTAGGGAAAAGAGCATCGACTGAAGCTAAGTTCATGCA 2470
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 CTATTACAGAGTCATTTCAAGACTAGGGAAAAGAGCATCGACTGAAGCTAAGTTCATGCA 2196
Query 2471 TCACTTAAGGAGCAAGTACCGAGATTGCGTACCCCCCATTCTTATTGCTGGTCATCACTT 2530
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2197 TCACTTAAGGAGCAAGTACCGAGATTGCGTACCGCCCATTCTAATTGCTGGTCATCACTT 2256
Query 2531 CACCGTGACAAGCCGACATCAAGATGCTGCAAGAGAATACCTTGAAGCATATAAATTAAT 2590
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2257 TACCGTGACAAGCCGACATCAAGATGCTGCAAGAGAATACCTTGAAGCATATAAATTAAT 2316
Query 2591 GCCTGAGAGTCCTTTAATTAACCTGTGTGTGGGAGCTGCGTTAATCAACTTAGCCCTCGG 2650
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2317 GCCTGATAGTCCTTTAATTAACCTGTGTGTGGGAGCTGCTTTAATCAACTTAGCCCTCGG 2376
Query 2651 TTTTCGACTCAAAAACAGACACGAGTGTCTTGCTCAAGGCTTTGCATTTCTGTACAACAA 2710
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2377 TTTTCGACTCAAAAACCGACATGAGTGTCTTGCTCAAGGCTTTGCATTTCTGTACAACAA 2436
Query 2711 TCTCAGAATTTGCAGTAACAGTCAGGAGGCGTTATACAACGTTGCTCGAGCGTATCAGCA 2770
|||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2437 TCTCAGAATTTGCAGTGACAGTCAGGAGGCGTTGTATAACGTTGCTCGAGCGTATCAGCA 2496
Query 2771 TGTAGGACTAGTGACTCTTGCAGCTTCATACTACGAGAAGGTGTTAGCGATTTACGAGAA 2830
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2497 TGTGGGACTAGTGACTCTTGCAGCTTCATACTACGAGAAGGTTTTAGCGATTTACGAGAA 2556
Query 2831 AGATTACAC-GATGCCGAAACTTCCTAACGAGGATCCGATTGTTGCGGAAGAGCGGAAGC 2889
||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2557 AGAATAC-CTGATGCCGAAACTCCCTAACGAGGATCCGAATGTTGCAGAAGAGCGGAAGC 2615
Query 2890 CTGTGAACTGTGACCTACGCAAAGAAGCTGCACACAATCTGCATTTGATCTATAAGCACA 2949
||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2616 CTGTGAATTGTGATCTCCGCAAAGAAGCTGCACACAATCTGCATTTGATCTATAAGCACA 2675
Query 2950 GTGGAGC-GTTTGATCTCGCGAGGCAAGTATTAAAGGATCACTGCACTTTCTGAGTCTCG 3008
||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2676 GTGGAGCAGTT-GATCTCGCGAGGCAAGTCTTAAAGGATCACTGCAGTTTCTGAGTCTCC 2734
Query 3009 TAATCATTGTCCTTGTTTTTTCAAACGAAGATAAAACACTAGGGAACTGTTCC-AGTTTA 3067
| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||| || | ||||
Sbjct 2735 TTATCATTGTCGTTTTTTTTTTAAACGAAGATAAAACACTAGGAAACCAC-CCTATTTTA 2793
Query 3068 TTTAAAGGGAACAAAGTTTGTTTTTCATGCATT-ACTTAGTTTTCTCACAAATCTTGATC 3126
| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2794 TATGTTCCAAACAAAGTTTGTTTTTCATGCATTTATTTAGTTTTCTCACAAAACTTGATC 2853
Query 3127 TGTATATTGC 3136
|| |||||||
Sbjct 2854 TGGATATTGC 2863
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119984271750
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5