BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G17680.1 Length=3176 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471977 jgi|Araly1|471977|fgenesh2_kg.1__1931__AT1G17680.1 4394 0.0 > Ahg471977 jgi|Araly1|471977|fgenesh2_kg.1__1931__AT1G17680.1 Length=2863 Score = 4394 bits (2379), Expect = 0.0 Identities = 2728/2890 (94%), Gaps = 50/2890 (2%) Strand=Plus/Plus Query 270 AAAGAGAGTTTTTGATTTGTGTATTCTTCTC-T-TT-----TTGAAAAGATGGAAGATAA 322 |||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||||| |||||||||||| Sbjct 1 AAAGAGAGTTTTTGATTTGTTTATTCTTCTCTTGTTGAAACTTGAAAGGATGGAAGATAA 60 Query 323 GGGAAAGGGTGTGGTGGAAGGAGATGAGGGGAACTTGATTTCTGAGTTAGAAGAAGGTCC 382 ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||| Sbjct 61 GGGAAAGGGTGTGGTGGAAGGAGATGA-GGGAA----A---C----TTAGAAGAAGGTCC 108 Query 383 AAGCAATATGGAATGTGACAAGCAAGTACTTGGTGGTGAT-ACTAATTATGA-TGATAAA 440 |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| | | |||| || Sbjct 109 AAGCAACATGGAATGTGACAAGGAAGTACTTGGTGGTGATGA-TAAAGA-CAGTGATGAA 166 Query 441 GACTTAAACAGTGAT-GAAGAAGGTCTGGTAgatgatgatgatgatgatagtgatgatga 499 | || || | | || | | || | ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 167 G-----AA-GGT-CTGGTAG-ATG-ATGAT-GATGATGATGATGATGATAGTGATGATGA 216 Query 500 tgatgagggagatgagtc---agaagaagaagatgaCTTTGAAGCTGGAAGTG---TCCC 553 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || Sbjct 217 TGATGAGGGAGATGAGTCAGAAGAAGAAGAAGATGACTTTGAAGCTGGAAGTGAAATTCC 276 Query 554 AAACACGTTTGAACGACCTGAGTATGAAGCTCTGGCTGAGAGGAAACGCAAAGCACTTGC 613 |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 277 AAACACGTTTGAACCACTTGAGTATGAAGCTCTGGCTGAGAGGAAACGCAAAGCACTGGC 336 Query 614 TGATTCTCAACGTAATCCTAGTAACATCTCGAATAGCACCTCGGGCGTGGAGGGATTCAT 673 |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 337 TGATTCTCAACGTAATGCTATTAACATCTCGAATAGCACCTCAGGCGTGGAGGGATTCAT 396 Query 674 GGAATTTATGTCTTCTGGTCGCCGACGGAAATCCAGGAAGTATAAGAAAAAGGGTAGAAG 733 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 397 GGAATTTTTGTCTTCTGGTCGCCGACGGAAATCCAGGAAGTATAAAAAAAAGGGTAGAAG 456 Query 734 ACCTGGGTCAAAGAAAGAAGTTGCACCTGACATTCTAAAGAGGTTTAGGGAGGCTCTTTT 793 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 457 ACTTGGGTCAAAGAAAGAAGTTGCACCTGACATTCTAAAGAGGTTTAGGGAGGCTCTTTT 516 Query 794 TCTTCATGCACATGGCCGTGACATTGAGGCTTTACCTATTTTAGTAGAAGTTATTAAGCA 853 |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 517 TCTTCATGCACACGGCCGTGATATTGAGGCTTTACCTATTTTAGTAGAAGTTATTAAGCA 576 Query 854 AGCACCAGCTTTCGATATAGCATACTATTACCTTTCACGTGTTTCTGAGCAACTTGGTAA 913 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 577 AGCACCAGCTTTCGATATAGCATACTATTATCTTTCACGTGTTTCTGAGCAACTTGGTAG 636 Query 914 GACCGAATCATCCTCTACGGAAGCATTAAAGATTGCTGCAAATATCAAAGGTTCAAAATC 973 | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 637 GGCCGAATCATCTTCTACGGAAGCATTAAAGATTGCTGCAAATATCAAAGGTTCAAAATC 696 Query 974 ACCTTTTTGGAAGTTGCTTTATGAGAGGTTCAAGGAACAAGAGAACATTTCGGTAGCAAG 1033 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| Sbjct 697 ACCTTTTTGGAAATTGCTTTATGAGAGGTTCAAGGAACAAGAGGACATGGCGGTAGCAAG 756 Query 1034 GAGTTATGCGTCGAAAGCAATTCAAGCTGATCCAGATGATATCCCTTTGAAATATGAATA 1093 ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 757 GAGTTATGCTTCCAAAGCAATACAAGCTGATCCAGATGATATCCCTTTGAAATATGAATA 816 Query 1094 TGCAGACATCTGCCTAAATACTGGAAAATATAGAGAAGCTGCTGAAACCTTTGAGCAAAT 1153 ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 817 TGCTGACCTCTGCCTAAATGCTGGAAAATATAGAGAAGCTGCTGAAACCTATGAGCAAAT 876 Query 1154 ATTTCGTCGGTGTCCTGAGAGAATTGAAGCACTCAAGTGGGGGGTACAGTATTTCCTTAA 1213 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 877 ATTTCGTCGGTGTCCTGAGAGAATTGAAGCACTCAAGTGGGGGATAGAGTATTTCCTTAA 936 Query 1214 ATCCGGTGAGGGTGAACGAGCAGCGAGCATCTTAGAGGATCATATCAAATCCCATTCATC 1273 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 937 ATCCGGTGAGGGTGAACGAGCAGCGAGCATCTTAGAGGATCATATTAAATCCCATTCATC 996 Query 1274 TGAAGTGGGGCACGATGTCTTGGATTTACTGGCTTCTGTTTTCATGAAAATTAATGCGCA 1333 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| Sbjct 997 TGAAGTGGGGCACGATATCTTGGATTTACTGGCTTCAGTTTTCATGCAAATTAATGTGCA 1056 Query 1334 TGATAGAGCTCTTAAGTATATTCACGATGTGCGCCAGATTTACAATGTTGGAAAAGAATT 1393 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1057 TGATAGAGCTCTTAAGTATATTCATGATGTGCGCCAGATTTACAATGTTGGAAAAGAACT 1116 Query 1394 GTCTTCCAGCTTGAAAATCAGACAAGCCATCTGTCATGTTCACCTTGAAGAAATGGAGCA 1453 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1117 GTCTTCCAGCTTGAAAATCAGACAAGCCATCTGTCATGTTCACCTTGAAGAAATGGAGCA 1176 Query 1454 GGCAGAGAGCGTGTTAAGCATTCTACCACAGGAGGCTGTATCTGAACATCCAGAGCTCAT 1513 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1177 GGCAGAGAGTGTGTTAAGTATTCTACCACAGGAGGCTGTATCTGAACATCCAGAGCTCAT 1236 Query 1514 CACCAATTTGGCTGATGAGCTAACAAACATTGGGAATTTCCACTCTGCTCTCAAATACTA 1573 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1237 TACCAATTTGGCTGATGAGCTAACAAACATTGGGAATTTCCACTCTGCTCTCAAATACTA 1296 Query 1574 TATAGAAGCAATCAGTGAACCTGTG---AATGGCAATTTGTTTGTAAAAATTGCTCGCTG 1630 | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1297 TTTAGAAGCAATCAGTGAACCTGTGAATAATGGCTATTTGTTTGTGAAAATTGCTCGCTG 1356 Query 1631 TTATATGTCATTGGAAGAAAGAAAACAGGCCATTGTTTTCTATTATAAAGCTCTGAATGA 1690 |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1357 TTATATGTCATTGGCAGAACGAGAACAGGCCATTGTTTTCTATTATAAAGCTCTGAATGA 1416 Query 1691 ACTCAGTGATACGGTTGATGTTCGCATAACTCTGGCTTCACTCCTCCTGGAAGATGGCAA 1750 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1417 ACTCAGTGATACGGTTGATATTCGCATAACTCTGGCTTCACTCCTCCTTGAAGATGGCAA 1476 Query 1751 ACGAGATGAAGCTGTATTAGTGCTTTCTCCTCCGGAAAATCCAGATCCTGATACGGCTAA 1810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1477 ACGAGATGAAGCTGTATTAGTGCTTTCTCCTCCGGAAAATCCAGATCCTGATACTGCTAA 1536 Query 1811 ACTGAAGGCATGGTGGAAAAACAGAAAGATCAGGATGAATCTTTGTCAGATCTATCATTC 1870 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1537 ACTGAAGGCATGGTGGAAAAACAGAAAGATCAGGATGAATCTTTGTCAGATCTATCATTC 1596 Query 1871 AGAGGGAATGCTGGAGGACTTCGCCAATACAGCACTGCAGTTGGTACTTAAGTGGGTTTG 1930 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1597 AGAGGGAATGCTTGAGGACTTCGCCAATACAGCACTGCAGTTGGTACTTAAGTGGGTTTG 1656 Query 1931 GCGGCGGACGGTCAAGGGGAAAAGAAAACGACTGGTTCTTTCAGAGCATCAAAGAAACAA 1990 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1657 GCGGCGGACGGTCAAGGGGAAAAGAAAACGACTGGTTCTTTCAGAGCATCAAAGAAACAA 1716 Query 1991 AAAACGCCGACGTCCTAGAGATGCTCAAGCTTCCCAGTTGAGAGGGGGACCAAAAAAGTG 2050 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1717 AAAACGCCGACGTCCTAGAGATGCTCAAGCTTCCCAGTTGAGAGGCGGACCAAAAAAGTG 1776 Query 2051 GCGCAAAATCAGGGCAACGTTAAATGAAACAAGAAGAATTAGAGAACGAGCTGCTATTAA 2110 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1777 GCGCAAAATCAGGGCAACATTAAATGAAACAAGAAGAATTAGAGAACGAGCTGCTATCAA 1836 Query 2111 AGCTCATAACGAAGATGTCTGCAGTGAATCTGAGGAAGAAGTTATCAAGGATGAAGAGTA 2170 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1837 AGCTCATAACGAAGATATCTGCAGTGAATCTGAGGAAGAAGTTATCAAGGATGAAGAGTA 1896 Query 2171 TCACCGTCTCTTTGTGGATTTGTGCAAGGCATTGGCATCCCTACAGAGATATTGGGAAGC 2230 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1897 TCACCGTCTCTTTGTGGATTTGTGCAAGGCATTGGCATCCCTGCAGAGATATTGGGAAGC 1956 Query 2231 TCTGGAGATAGTTAATTTGGCTCGGAGATTGGATGCTAAAATGCTGCCTGTTGAGACAAA 2290 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1957 TCTGGAGATAGTTAATTTGGCTCGGAGATTGGATGCTAAAATGCTGCCTGTTGAGACAAA 2016 Query 2291 AAAGGAGCTTCAGTCACTTGGAGCTAAAATATCTTGCGATACTATGGATCCAAAGCAGTG 2350 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2017 AAAGGAGCTTCAGTCACTTGGAGCTAAAATATCGTGCGATACTATGGATCCAAAGCAGTG 2076 Query 2351 GTTTGACTGTGTAAGATCTGTCATTCAGCAACATCCATATCGTTTGAATGCCTGGAACTG 2410 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2077 GTTTGACTGTGTAAGATCTGTCATTCAGCAACATCCATATCGTTTGAATGCCTGGAACTG 2136 Query 2411 CTATTACAGTGTCATTTCGAGACTAGGGAAAAGAGCATCGACTGAAGCTAAGTTCATGCA 2470 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2137 CTATTACAGAGTCATTTCAAGACTAGGGAAAAGAGCATCGACTGAAGCTAAGTTCATGCA 2196 Query 2471 TCACTTAAGGAGCAAGTACCGAGATTGCGTACCCCCCATTCTTATTGCTGGTCATCACTT 2530 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2197 TCACTTAAGGAGCAAGTACCGAGATTGCGTACCGCCCATTCTAATTGCTGGTCATCACTT 2256 Query 2531 CACCGTGACAAGCCGACATCAAGATGCTGCAAGAGAATACCTTGAAGCATATAAATTAAT 2590 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2257 TACCGTGACAAGCCGACATCAAGATGCTGCAAGAGAATACCTTGAAGCATATAAATTAAT 2316 Query 2591 GCCTGAGAGTCCTTTAATTAACCTGTGTGTGGGAGCTGCGTTAATCAACTTAGCCCTCGG 2650 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2317 GCCTGATAGTCCTTTAATTAACCTGTGTGTGGGAGCTGCTTTAATCAACTTAGCCCTCGG 2376 Query 2651 TTTTCGACTCAAAAACAGACACGAGTGTCTTGCTCAAGGCTTTGCATTTCTGTACAACAA 2710 |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2377 TTTTCGACTCAAAAACCGACATGAGTGTCTTGCTCAAGGCTTTGCATTTCTGTACAACAA 2436 Query 2711 TCTCAGAATTTGCAGTAACAGTCAGGAGGCGTTATACAACGTTGCTCGAGCGTATCAGCA 2770 |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2437 TCTCAGAATTTGCAGTGACAGTCAGGAGGCGTTGTATAACGTTGCTCGAGCGTATCAGCA 2496 Query 2771 TGTAGGACTAGTGACTCTTGCAGCTTCATACTACGAGAAGGTGTTAGCGATTTACGAGAA 2830 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2497 TGTGGGACTAGTGACTCTTGCAGCTTCATACTACGAGAAGGTTTTAGCGATTTACGAGAA 2556 Query 2831 AGATTACAC-GATGCCGAAACTTCCTAACGAGGATCCGATTGTTGCGGAAGAGCGGAAGC 2889 ||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 2557 AGAATAC-CTGATGCCGAAACTCCCTAACGAGGATCCGAATGTTGCAGAAGAGCGGAAGC 2615 Query 2890 CTGTGAACTGTGACCTACGCAAAGAAGCTGCACACAATCTGCATTTGATCTATAAGCACA 2949 ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2616 CTGTGAATTGTGATCTCCGCAAAGAAGCTGCACACAATCTGCATTTGATCTATAAGCACA 2675 Query 2950 GTGGAGC-GTTTGATCTCGCGAGGCAAGTATTAAAGGATCACTGCACTTTCTGAGTCTCG 3008 ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2676 GTGGAGCAGTT-GATCTCGCGAGGCAAGTCTTAAAGGATCACTGCAGTTTCTGAGTCTCC 2734 Query 3009 TAATCATTGTCCTTGTTTTTTCAAACGAAGATAAAACACTAGGGAACTGTTCC-AGTTTA 3067 | ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||| || | |||| Sbjct 2735 TTATCATTGTCGTTTTTTTTTTAAACGAAGATAAAACACTAGGAAACCAC-CCTATTTTA 2793 Query 3068 TTTAAAGGGAACAAAGTTTGTTTTTCATGCATT-ACTTAGTTTTCTCACAAATCTTGATC 3126 | | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2794 TATGTTCCAAACAAAGTTTGTTTTTCATGCATTTATTTAGTTTTCTCACAAAACTTGATC 2853 Query 3127 TGTATATTGC 3136 || ||||||| Sbjct 2854 TGGATATTGC 2863 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 119984271750 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5