BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G17760.1 Length=2652 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471988 jgi|Araly1|471988|fgenesh2_kg.1__1942__AT1G17760.1 4023 0.0 > Ahg471988 jgi|Araly1|471988|fgenesh2_kg.1__1942__AT1G17760.1 Length=2486 Score = 4023 bits (2178), Expect = 0.0 Identities = 2306/2369 (97%), Gaps = 3/2369 (0%) Strand=Plus/Plus Query 269 TTGAATCTCAGATTAGGGTCTACTTATATTACCATTGAGTGGAATATTTGAAAGACTGTT 328 ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 120 TTGAATCTCAGATTAGGGTCTACGTATATCACCATTGCGTGGAATATTTGAAAGACTGTT 179 Query 329 CTTCCGAAGGTGAAATTCATGGCTGATAAGTACATCGTCGAGGAAGCAGAGGCTTTGGCC 388 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 CTTCCGAAGGTGAAATTCATGGCTGATAAGTACAACGTCGAGGAAGCAGAGGCTTTGGCC 239 Query 389 AAGAGAGCTTTGCATTC-ACCAATTGCACAGGCGACGCCGATCTACGAGCAGCTTTTGTC 447 |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 240 AAGAGAGCTTTGCA-TCTACCAATTGCACAGGCGACGCCCATCTACGAGCAGCTTTTGTC 298 Query 448 ACTTTATCCCACTTCTGCGAGATTTTGGAAGCAATATGTGGAGGCACAGATGGCTGTAAA 507 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 299 ACTTTATCCCACTTCTGCGAGATATTGGAAGCAATATGTGGAGGCACACATGGCTGTAAA 358 Query 508 CAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCC 567 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 CAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCC 418 Query 568 TCTTTGGCAATGTTACATTCGGTTCATCAGAAAGGTCTACGACAAGAAGGGAGCAGAGGG 627 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 TCTTTGGCAATGTTACATTCGGTTCATCAGAAAGGTCTACGACAAGAAGGGAGCAGAGGG 478 Query 628 TCAAGAGGAGACCACAAAGGCTTTTGAGTTTATGCTTAACTATATTGGGACAGACATCGC 687 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 479 TCAAGAGGAGACCACAAAGGCTTTTGAGTTTATGCTTAACTATATCGGGACAGACATAGC 538 Query 688 ATCAGGGCCTATATGGACTGAGTACATTGCCTTTCTAAAATCTCTTCCGGCTCTTAACCT 747 ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 ATCTGGGCCTATATGGACCGAGTACATTACCTTTCTAAAATCTCTTCCGGCTCTTAACCT 598 Query 748 CAACGAAGATTTGCATCGGAAGACTGCTCTTCGAAAAGTGTATCATAGAGCTATATTAAC 807 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 AAACGAAGATTTGCATCGGAAGACTGCTCTCCGAAAAGTGTATCATAGAGCTATATTAAC 658 Query 808 TCCGACCCACCACGTTGAACAACTTTGGAAAGATTATGAAAACTTCGAAAATACTGTTAA 867 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| Sbjct 659 TCCGACCCACCACGTTGAACAACTTTGGAAAGATTATGAGAACTTCGAAAATTCTGTTAA 718 Query 868 CCGTCAATTGGCAAAAGGACTTGTAAATGAGTATCAACCAAAATTTAACAGTGCCAGGGC 927 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 719 TCGTCAATTGGCAAAAGGACTTGTAAATGAGTATCAACCAAAATTTAACAGCGCCAGGGC 778 Query 928 TGTATATAGGGAGCGCAAGAAGTACATTGAAGAAATTGATTGGAACATGCTTGCTGTCCC 987 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 779 TGTATATAGGGAACGCAAGAAGTATATTGAAGAAATTGATTGGAACATGCTTGCTGTCCC 838 Query 988 ACCAACAGGAACTTCCAAGGAAGAAACCCAGTGGGTGGCCTGGAAAAAGTTCTTGTCCTT 1047 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 839 ACCAACAGGATCTTCCAAGGAAGAAACCCAGTGGGTGGCTTGGAAAAAGTTTTTGTCCTT 898 Query 1048 TGAAAAAGGAAACCCTCAAAGGATTGACACGGCCTCGTCAACTAAGCGGATTATATATGC 1107 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| Sbjct 899 TGAAAAAGGAAACCCTCAAAGGATTGACACGGCCTCTTCAACTCAGCGGATTATATATGC 958 Query 1108 CTATGAACAGTGTCTGATGTGTTTATATCACTATCCCGATGTATGGTATGACTATGCTGA 1167 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 CTATGAACAGTGTCTGATGTGTTTATATCACTATCCCGATGTATGGTATGACTATGCTGA 1018 Query 1168 GTGGCACGTAAAATCTGGTTCCACGGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGCGAGCTCTTAA 1227 |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 GTGGCATGTAAAATCTGGTACCACGGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGCGAGCTCTTAA 1078 Query 1228 AGCCATTCCTGATTCAGAGATGTTGAAATATGCTTTTGCTGAGATGGAGGAATCTCGTGG 1287 |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 GGCCATTCCTGATTCGGAAATGTTGAAATATGCTTATGCTGAGATGGAGGAATCTCGTGG 1138 Query 1288 AGCAATTCAGTCAGCGAAGAAATTATATGAAAACATTTTGGGGGCTAGCACAAACTCTTT 1347 ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1139 AGCAATTCAGTCAGCAAAGAAATTATATGAAAGCATTTTGGGGGTTAGCACAAACTCTTT 1198 Query 1348 GGCACATATACAATACCTTCGTTTTCTCCGGAGGGCTGAGGGTGTTGAAGCTGCTCGCAA 1407 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 GGCACATATACAATTCCTTCGTTTTCTCCGGAGGGCTGAGGGTGTTGAAGCTGCTCGCAA 1258 Query 1408 GTACTTTTTAGATGCTAGAAAATCTCCTAGCTGCACATATCATGTGTATATTGCTTTTGC 1467 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 GTACTTTTTAGATGCTAGAAAATCTCCTAGCTGCACATATCATGTGTATATTGCTTTTGC 1318 Query 1468 TACCATGGCCTTTTGTATTGACAAGGAACCAAAGGTTGCACATAATATCTTTGAAGAGGG 1527 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1319 TACCATGGCCTTTTGTATTGACAAGGAACCAAAGGTTGCACATAATATATTTGAGGAGGG 1378 Query 1528 GTTGAAACTCTATATGAGTGAACCTGTTTACATCCTTAAGTATGCAGATTTCTTGACTAG 1587 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 GTTGAAACTCTATATGAGTGAACCTGTTTACATCCTTGAGTATGCAGATTTCTTGACTAG 1438 Query 1588 ATTGAATGATGATAGAAATATCAGAGCTCTATTTGAGCGGGCATTAAGCACGTTACCAGT 1647 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1439 ATTGAATGATGATAGAAATATCAGAGCTCTATTTGAGCGGGCATTAAGCACATTACCAGC 1498 Query 1648 TGAAGACTCTGCTGAGGTCTGGAAAAGATTCATTCAGTTTGAGCAAACATATGGAGATCT 1707 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 TGAAGACTCTGCTGAGGTCTGGAAAAGATTCATTCAGTTTGAGCAAACATATGGAGATCT 1558 Query 1708 TGCTAGTATTCTAAAGGTTGAGCAGAGAATGAAAGAAGCACTTTCTGGAAAAGGGGAAGA 1767 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1559 TGCTAGTATTCTAAAGGTTGAGCAGAGAATGAAAGAAGCACTTTCTGGAAAAGGGGAAGA 1618 Query 1768 GGGGTCTTCTCCTCCAGAGAGTTCACTTCAAGATGTTGTTTCTCGGTACAGTTACATGGA 1827 ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 GGGATCTTCTCCTCTAGAGAGTTCACTTCAAGATGTTGTTTCTCGGTACAGTTACATGGA 1678 Query 1828 TCTTTGGCCATGCACTTCTAACGACCTTGATCATTTAGCCAGACAAGAGTTGCTTGTGAA 1887 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 TCTTTGGCCATGCACTTCTAACGACCTTGATCATTTAGCCAGACAAGAGTTGCTTGTGAA 1738 Query 1888 GAATCTGAATAAGAAAGCAGGGAAAACAAATCTACCTCATGTTCCTGCGGCTATAGGTAG 1947 ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1739 GAATCTGAATAAGAAAGTAGGGAAGACAAATCTACCTCATGGTCCTGCGGCTATAGGTAG 1798 Query 1948 TGTAGCTTCTTCGTCAAAAGTTGTTTATCCAGATACATCTCAGATGGTTGTTCAAGACCC 2007 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1799 TGTAGCTTCTTCGTCAAAAGTTGTTTATCCAGATACATCGCAGATGGTTGTTCAAGACCC 1858 Query 2008 GACAAAGAAATCAGAGTTTGCTAGTTCTGCAAACCCAGTGGCAGCTTCTGCTTCGAACAC 2067 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 GACAAAGAAATCAGAGTTTGCTAGTTCTACAAACCCAGTGGCAGCTTCTGCTTCGAACAC 1918 Query 2068 CTTCCCAAGTACTGTGACTGCAACTGCAACTCATGGATCAGCCAGCACATTTGACGAAAT 2127 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | Sbjct 1919 CTTCCCAAGTATTGTGACTGCAACTGCAACTCATGGATCAGCCAGCACGTTTGACGAATT 1978 Query 2128 ACCAAAGACTACTCCACCTGCATTGGTAGCATTTTTAGCTAACTTGCCTATTGTGGACGG 2187 ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 1979 ACCAAAGACTACTCCACCTGCATTGTTAGCGTTTTTAGCTAACTTACCTATTGTTGACGG 2038 Query 2188 TCCAACACCCAATGTGGATGTTGTTCTGTCGATATGTTTGCAGAGCGACTTTCCAACAGG 2247 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2039 TCCAACACCCAATGTGGATGTTGTTCTGTCGATATGTTTGCAGAGTGACTTTCCAACAGG 2098 Query 2248 TCAAACTGTAAAGCAGAGTTTTGCTGCTAAAGGCAATCCTCCAAGTCAAAACGATCCCTC 2307 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 TCAAATTGTAAAGCAGAGTTTTGCTGCTAAAGGCAATCCTCCAAGTCAAAACGATCCCTC 2158 Query 2308 GGGTCCAACCCGCGGTGTGTCTcaaagattaccaagagacagaagagctacaaagagaaa 2367 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2159 GGGTCCAACCCGCGGTGTGTCTCAAAGATTACCAAGAGACAGAAGAGCTACAAAGAGAAA 2218 Query 2368 agattcagacaggcaagaagaagaTGATACAGCAACTGTACAAAGCCAGCCTTTGCCCAC 2427 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2219 AGATTCAGACAGGCAAGAAGAAGATGATACAGCAACTGTACAAAGCCAGCCTTTGCCCAC 2278 Query 2428 AGATGTTTTCAGACTAAGGCAGATGCGGAAAGCTCGAGGGATCGCAACATCATCACAGAC 2487 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2279 AGATGTTTTCAGACTAAGGCAGATGCGAAAAGCTCGAGGGATCGCAACATCATCACAGAC 2338 Query 2488 ACCAACCGGTTCCACATCGTATGGTAGTGCCTTCTCTGGCGAGCTTTCTGGTAGCACTGG 2547 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2339 ACCAACCGGTTCCACATCGTATGGTAGTGCCTTCTCAGGCGAGCTTTCTGGTAGCACTGG 2398 Query 2548 CTAAAATATACTGAGATTGGCAAATTTGTGAAGCCTCTCTTAATACTTGTAATTTATTTC 2607 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 2399 CTAAAATATACTGAGATTGGCAAATTTGTGAAGCCTCTCTTATT-CTTGTAATTTATTTC 2457 Query 2608 CCCCAACAATTCCAACTTATGCAATAAAA 2636 |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2458 CCCCAACAATTCTAACTTATGCAATAAAA 2486 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 100024983370 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5