BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G17760.1
Length=2652
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471988 jgi|Araly1|471988|fgenesh2_kg.1__1942__AT1G17760.1 4023 0.0
> Ahg471988 jgi|Araly1|471988|fgenesh2_kg.1__1942__AT1G17760.1
Length=2486
Score = 4023 bits (2178), Expect = 0.0
Identities = 2306/2369 (97%), Gaps = 3/2369 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 269 TTGAATCTCAGATTAGGGTCTACTTATATTACCATTGAGTGGAATATTTGAAAGACTGTT 328
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTGAATCTCAGATTAGGGTCTACGTATATCACCATTGCGTGGAATATTTGAAAGACTGTT 179
Query 329 CTTCCGAAGGTGAAATTCATGGCTGATAAGTACATCGTCGAGGAAGCAGAGGCTTTGGCC 388
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CTTCCGAAGGTGAAATTCATGGCTGATAAGTACAACGTCGAGGAAGCAGAGGCTTTGGCC 239
Query 389 AAGAGAGCTTTGCATTC-ACCAATTGCACAGGCGACGCCGATCTACGAGCAGCTTTTGTC 447
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AAGAGAGCTTTGCA-TCTACCAATTGCACAGGCGACGCCCATCTACGAGCAGCTTTTGTC 298
Query 448 ACTTTATCCCACTTCTGCGAGATTTTGGAAGCAATATGTGGAGGCACAGATGGCTGTAAA 507
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 299 ACTTTATCCCACTTCTGCGAGATATTGGAAGCAATATGTGGAGGCACACATGGCTGTAAA 358
Query 508 CAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCC 567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CAATGATGATGCTACCAAACAGATATTTAGTCGTTGTTTGTTGACCTGCCTTCAAGTTCC 418
Query 568 TCTTTGGCAATGTTACATTCGGTTCATCAGAAAGGTCTACGACAAGAAGGGAGCAGAGGG 627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TCTTTGGCAATGTTACATTCGGTTCATCAGAAAGGTCTACGACAAGAAGGGAGCAGAGGG 478
Query 628 TCAAGAGGAGACCACAAAGGCTTTTGAGTTTATGCTTAACTATATTGGGACAGACATCGC 687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 479 TCAAGAGGAGACCACAAAGGCTTTTGAGTTTATGCTTAACTATATCGGGACAGACATAGC 538
Query 688 ATCAGGGCCTATATGGACTGAGTACATTGCCTTTCTAAAATCTCTTCCGGCTCTTAACCT 747
||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ATCTGGGCCTATATGGACCGAGTACATTACCTTTCTAAAATCTCTTCCGGCTCTTAACCT 598
Query 748 CAACGAAGATTTGCATCGGAAGACTGCTCTTCGAAAAGTGTATCATAGAGCTATATTAAC 807
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AAACGAAGATTTGCATCGGAAGACTGCTCTCCGAAAAGTGTATCATAGAGCTATATTAAC 658
Query 808 TCCGACCCACCACGTTGAACAACTTTGGAAAGATTATGAAAACTTCGAAAATACTGTTAA 867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 659 TCCGACCCACCACGTTGAACAACTTTGGAAAGATTATGAGAACTTCGAAAATTCTGTTAA 718
Query 868 CCGTCAATTGGCAAAAGGACTTGTAAATGAGTATCAACCAAAATTTAACAGTGCCAGGGC 927
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 719 TCGTCAATTGGCAAAAGGACTTGTAAATGAGTATCAACCAAAATTTAACAGCGCCAGGGC 778
Query 928 TGTATATAGGGAGCGCAAGAAGTACATTGAAGAAATTGATTGGAACATGCTTGCTGTCCC 987
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGTATATAGGGAACGCAAGAAGTATATTGAAGAAATTGATTGGAACATGCTTGCTGTCCC 838
Query 988 ACCAACAGGAACTTCCAAGGAAGAAACCCAGTGGGTGGCCTGGAAAAAGTTCTTGTCCTT 1047
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 839 ACCAACAGGATCTTCCAAGGAAGAAACCCAGTGGGTGGCTTGGAAAAAGTTTTTGTCCTT 898
Query 1048 TGAAAAAGGAAACCCTCAAAGGATTGACACGGCCTCGTCAACTAAGCGGATTATATATGC 1107
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 899 TGAAAAAGGAAACCCTCAAAGGATTGACACGGCCTCTTCAACTCAGCGGATTATATATGC 958
Query 1108 CTATGAACAGTGTCTGATGTGTTTATATCACTATCCCGATGTATGGTATGACTATGCTGA 1167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTATGAACAGTGTCTGATGTGTTTATATCACTATCCCGATGTATGGTATGACTATGCTGA 1018
Query 1168 GTGGCACGTAAAATCTGGTTCCACGGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGCGAGCTCTTAA 1227
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GTGGCATGTAAAATCTGGTACCACGGATGCTGCAATCAAAGTATTTCAGCGAGCTCTTAA 1078
Query 1228 AGCCATTCCTGATTCAGAGATGTTGAAATATGCTTTTGCTGAGATGGAGGAATCTCGTGG 1287
|||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GGCCATTCCTGATTCGGAAATGTTGAAATATGCTTATGCTGAGATGGAGGAATCTCGTGG 1138
Query 1288 AGCAATTCAGTCAGCGAAGAAATTATATGAAAACATTTTGGGGGCTAGCACAAACTCTTT 1347
||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1139 AGCAATTCAGTCAGCAAAGAAATTATATGAAAGCATTTTGGGGGTTAGCACAAACTCTTT 1198
Query 1348 GGCACATATACAATACCTTCGTTTTCTCCGGAGGGCTGAGGGTGTTGAAGCTGCTCGCAA 1407
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGCACATATACAATTCCTTCGTTTTCTCCGGAGGGCTGAGGGTGTTGAAGCTGCTCGCAA 1258
Query 1408 GTACTTTTTAGATGCTAGAAAATCTCCTAGCTGCACATATCATGTGTATATTGCTTTTGC 1467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GTACTTTTTAGATGCTAGAAAATCTCCTAGCTGCACATATCATGTGTATATTGCTTTTGC 1318
Query 1468 TACCATGGCCTTTTGTATTGACAAGGAACCAAAGGTTGCACATAATATCTTTGAAGAGGG 1527
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1319 TACCATGGCCTTTTGTATTGACAAGGAACCAAAGGTTGCACATAATATATTTGAGGAGGG 1378
Query 1528 GTTGAAACTCTATATGAGTGAACCTGTTTACATCCTTAAGTATGCAGATTTCTTGACTAG 1587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GTTGAAACTCTATATGAGTGAACCTGTTTACATCCTTGAGTATGCAGATTTCTTGACTAG 1438
Query 1588 ATTGAATGATGATAGAAATATCAGAGCTCTATTTGAGCGGGCATTAAGCACGTTACCAGT 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 ATTGAATGATGATAGAAATATCAGAGCTCTATTTGAGCGGGCATTAAGCACATTACCAGC 1498
Query 1648 TGAAGACTCTGCTGAGGTCTGGAAAAGATTCATTCAGTTTGAGCAAACATATGGAGATCT 1707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TGAAGACTCTGCTGAGGTCTGGAAAAGATTCATTCAGTTTGAGCAAACATATGGAGATCT 1558
Query 1708 TGCTAGTATTCTAAAGGTTGAGCAGAGAATGAAAGAAGCACTTTCTGGAAAAGGGGAAGA 1767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGCTAGTATTCTAAAGGTTGAGCAGAGAATGAAAGAAGCACTTTCTGGAAAAGGGGAAGA 1618
Query 1768 GGGGTCTTCTCCTCCAGAGAGTTCACTTCAAGATGTTGTTTCTCGGTACAGTTACATGGA 1827
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GGGATCTTCTCCTCTAGAGAGTTCACTTCAAGATGTTGTTTCTCGGTACAGTTACATGGA 1678
Query 1828 TCTTTGGCCATGCACTTCTAACGACCTTGATCATTTAGCCAGACAAGAGTTGCTTGTGAA 1887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TCTTTGGCCATGCACTTCTAACGACCTTGATCATTTAGCCAGACAAGAGTTGCTTGTGAA 1738
Query 1888 GAATCTGAATAAGAAAGCAGGGAAAACAAATCTACCTCATGTTCCTGCGGCTATAGGTAG 1947
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GAATCTGAATAAGAAAGTAGGGAAGACAAATCTACCTCATGGTCCTGCGGCTATAGGTAG 1798
Query 1948 TGTAGCTTCTTCGTCAAAAGTTGTTTATCCAGATACATCTCAGATGGTTGTTCAAGACCC 2007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TGTAGCTTCTTCGTCAAAAGTTGTTTATCCAGATACATCGCAGATGGTTGTTCAAGACCC 1858
Query 2008 GACAAAGAAATCAGAGTTTGCTAGTTCTGCAAACCCAGTGGCAGCTTCTGCTTCGAACAC 2067
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GACAAAGAAATCAGAGTTTGCTAGTTCTACAAACCCAGTGGCAGCTTCTGCTTCGAACAC 1918
Query 2068 CTTCCCAAGTACTGTGACTGCAACTGCAACTCATGGATCAGCCAGCACATTTGACGAAAT 2127
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1919 CTTCCCAAGTATTGTGACTGCAACTGCAACTCATGGATCAGCCAGCACGTTTGACGAATT 1978
Query 2128 ACCAAAGACTACTCCACCTGCATTGGTAGCATTTTTAGCTAACTTGCCTATTGTGGACGG 2187
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1979 ACCAAAGACTACTCCACCTGCATTGTTAGCGTTTTTAGCTAACTTACCTATTGTTGACGG 2038
Query 2188 TCCAACACCCAATGTGGATGTTGTTCTGTCGATATGTTTGCAGAGCGACTTTCCAACAGG 2247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2039 TCCAACACCCAATGTGGATGTTGTTCTGTCGATATGTTTGCAGAGTGACTTTCCAACAGG 2098
Query 2248 TCAAACTGTAAAGCAGAGTTTTGCTGCTAAAGGCAATCCTCCAAGTCAAAACGATCCCTC 2307
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCAAATTGTAAAGCAGAGTTTTGCTGCTAAAGGCAATCCTCCAAGTCAAAACGATCCCTC 2158
Query 2308 GGGTCCAACCCGCGGTGTGTCTcaaagattaccaagagacagaagagctacaaagagaaa 2367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 GGGTCCAACCCGCGGTGTGTCTCAAAGATTACCAAGAGACAGAAGAGCTACAAAGAGAAA 2218
Query 2368 agattcagacaggcaagaagaagaTGATACAGCAACTGTACAAAGCCAGCCTTTGCCCAC 2427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AGATTCAGACAGGCAAGAAGAAGATGATACAGCAACTGTACAAAGCCAGCCTTTGCCCAC 2278
Query 2428 AGATGTTTTCAGACTAAGGCAGATGCGGAAAGCTCGAGGGATCGCAACATCATCACAGAC 2487
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 AGATGTTTTCAGACTAAGGCAGATGCGAAAAGCTCGAGGGATCGCAACATCATCACAGAC 2338
Query 2488 ACCAACCGGTTCCACATCGTATGGTAGTGCCTTCTCTGGCGAGCTTTCTGGTAGCACTGG 2547
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 ACCAACCGGTTCCACATCGTATGGTAGTGCCTTCTCAGGCGAGCTTTCTGGTAGCACTGG 2398
Query 2548 CTAAAATATACTGAGATTGGCAAATTTGTGAAGCCTCTCTTAATACTTGTAATTTATTTC 2607
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2399 CTAAAATATACTGAGATTGGCAAATTTGTGAAGCCTCTCTTATT-CTTGTAATTTATTTC 2457
Query 2608 CCCCAACAATTCCAACTTATGCAATAAAA 2636
|||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2458 CCCCAACAATTCTAACTTATGCAATAAAA 2486
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100024983370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5