BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G18270.3
Length=4501
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472044 jgi|Araly1|472044|fgenesh2_kg.1__1998__AT1G18270.2 4294 0.0
> Ahg472044 jgi|Araly1|472044|fgenesh2_kg.1__1998__AT1G18270.2
Length=4305
Score = 4294 bits (2325), Expect = 0.0
Identities = 2500/2585 (97%), Gaps = 9/2585 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 75 CGGAGAATTGTAGTGATCGGAGAAAATGAGTGGCGTGGTTGGGTTTGTTGGTCTTGATTC 134
|||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGGAGAATCGTAGTGATCGGAGAAGATGGGAGGCGTCGTTGGGTTTGTTGGTCTTGATTC 60
Query 135 TTTCAGCTTCGAATTAGCTTCTTCGCTTCTTCGTTCTGGGTTTAAGGTTCAAGCATTCGA 194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTCAGCTTCGAATTAGCTTCTTCGCTTCTTCGTTCTGGGTTTAAGGTTCAAGCATTCGA 120
Query 195 GATAAGTACAGAATTAGTGGAGAAGTTCATTGAATTGGGAGGACACAAATGTGACAGCCC 254
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GATAAGTACAGAATTAGTGGAGAAGTTCACTGAATTGGGAGGACACAAATGTGACAGCCC 180
Query 255 TGCAGATGTTGGGAAAGCTGCAGCAGCCGTTGTGGTTGTACTATCCCACCCTGACCAAAT 314
||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGCTGATGTTGGGAAAGGTGCAGCAGCCGTGGTGGTTTTACTATCCCACCCTGACCAAAT 240
Query 315 TCAAGATGTCATTTTTGGTGATGAGGGTGTTATGAAAGGTCTACAGAAGGACGCTGTATT 374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 241 TCAAGATGTCATTTTTGGTGATGAGGGTGTTATGAAAGGCCTACAGAAGGACACTGTATT 300
Query 375 GCTTTTGTCTTCGACAATATCGACTTTGCAACTCCAGAAACTAGAGAAACAACTTACAGA 434
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCTTTTGTCTTCGACAATTTCGACTTTGCAACTCCAGAAGCTAGAGAAACAACTTACAGA 360
Query 435 GAAAAGAGAGCAGATTTTTGTAGTTGATGCCTATGTTTTAAAAGGGATGTCTGAGCTTCT 494
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAACAGAGAGCAGATTTTTGTAGTTGATGCCTATGTTTTAAAAGGGATGTCTGAGCTTCT 420
Query 495 TGATGGAAAACTAATGATAATAGCATCTGGAAGGTCAGATTCGATCACAAGAGCACAACC 554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGATGGAAAACTAATGATAATAGCATCTGGAAGGTCAGATTCGATCACAAGAGCACAACC 480
Query 555 CTATCTTACTGCAATGTGTCAAAATCTGTACACCTTTGAGGGAGAAATTGGTGCTGGAAG 614
|| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTTTCTTACTGCAATGTGTCAGAAGCTGTACACTTTTGATGGAGAAATTGGTGCTGGAAG 540
Query 615 TAAAGTTAAAATGGTGAATGAGTTGCTTGAGGGCATACATCTTGTTGCTGCTGTGGAGGC 674
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TAAAGTTAAAATGGTGAATGAGCTGCTTGAGGGCATTCATCTTGTTGCTGCTGTGGAGGC 600
Query 675 TATATCTTTAGGTTCTCAGGCGGGTGTGCATCCATGGATACTTTATGACATAATTTCCAA 734
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 601 TATATCTTTAGGTTCTCAGGCGGGTGTGCATCCGTGGATACTGTATGACATCATTTCCAA 660
Query 735 TGCTGCTGGAAATTCATGGATTTACAAGAATCATATTCCGTTGTTGCTAAAAGATGACAT 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 661 TGCTGCTGGAAATTCATGGATTTACAAGAATCATATTCCGTTGTTGCTAAAAGATGATAT 720
Query 795 AGAGGGTCGCTTCCTCGATGTTCTCTCTCAGAATCTGGCCATTGTTGAAGATAAAGCCAA 854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGAGGGTCGCTTCCTCGATGTTCTCTCTCAGAATCTGGGCATTGTTGAAGATAAAGCCAA 780
Query 855 ATCGCTCCCATTTCCTGTCCCACTTTTGGCAGTTGCACGCCAACAACTAATCTCTGGAAT 914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 781 ATCGCTCCCATTTCCTGTCCCACTTTTGGCAGTTGCACGCCAACAACTAATCTCCGGAAT 840
Query 915 ATCACAGATGCAGGGAGATGATACAGCTACTTCATTGGCTAAGATCTCGGAAAAAGTACT 974
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 ATCACAGATGCAGGGAGATGATACAGCTACTTCATTAGCTAAGATCTGGGAAAAAGTACT 900
Query 975 TGGTGTTGGCATATTAGAAGCAGCCAATAGAGAACTTTATAAGCCAGAGGATTTGGCCAA 1034
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TGGTGTTGGCATATTGGAAGCAGCCAATAGAGAACTTTATAAGCCAGAGGATTTGGCCAA 960
Query 1035 AGAAATTACTACTCAAGCAAAGCCTGTGAATAGAATTGGTTTTATTGGTCTTGGAGCAAT 1094
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AGAAATTACTACTCAAGCAAAGCCTGTTAATAGAGTTGGTTTTATTGGTCTTGGAGCAAT 1020
Query 1095 GGGTTTTGGCATGGCAGCACACCTGTTGAAATCAAATTTTTCTGTCTGTGGTTATGACGT 1154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1021 GGGTTTTGGCATGGCAGCACACCTGTTGAAATCAAACTTTTCTGTCCGTGGTTATGACGT 1080
Query 1155 ATACAAGCCAACACTTGTCAGATTTGAGAATGCCGGGGGATTGGCGGCAAATTCTCCAGC 1214
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATACAAGCCAACACTTGTCAGATTTGAGAATGTCGGGGGATTGGCGGCAAATTCTCCAGC 1140
Query 1215 TGAAGTGACGAAAGATGTAGATGTTCTTGTAATTATGGTAACAAACGAGGTTCAGGCTGA 1274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TGAAGTGACGAAAGATGTAGATGTTCTTGTAATTATGGTAACAAACGAGGTTCAGGCTGA 1200
Query 1275 GGATGTCTTGTATGGACATCTTGGAGCGGTTGAAGCTATACCATCTGGAGCAACTGTTGT 1334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGATGTCTTGTATGGACATCTTGGAGCGGTTGAAGCTATTCCATCTGGAGCAACTGTTGT 1260
Query 1335 ACTTGCGTCAACAGTATCTCCCGCGTTTGTTAGCCAACTTGAAAGGCGTCTAGAAAATGA 1394
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ACTTGCGTCAACAGTCTCTCCCGCGTTTGTTAGCCAACTTGAAAGGCGTCTAGAAAATGA 1320
Query 1395 GGGAAAAGACCTAAAGCTAGTTGATGCTCCTGTGTCTGGTGGTGTCAAGAGGGCTGCCAT 1454
|||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGGAAAGGACCTAAAGCTGGTGGATGCTCCTGTTTCTGGTGGTGTCAAGAGGGCTGCCAT 1380
Query 1455 GGGGGAGCTTACGATAATGGCTTCAGGTACCGATGAAGCACTTAAGTCTGCGGGACTTGT 1514
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GGGGGAACTTACGATAATGGCTTCAGGTACCGATGAAGCACTTAAGTCTGCGGGACTTGT 1440
Query 1515 GTTATCAGCATTAAGTGAGAAGCTCTACGTGATTAAAGGAGGTTGTGGGGCAGGAAGTGG 1574
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GTTATCAGCATTAAGTGAGAAGCTCTACGTGATTCAAGGAGGTTGTGGGGCAGGAAGTGG 1500
Query 1575 TGTAAAAATGGTCAATCAATTGCTTGCGGGAGTTCATATCGCATCAGCTGCCGAGGCAAT 1634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TGTAAAAATGGTCAATCAATTGCTTGCGGGAGTTCATATCGGATCAGCTGCCGAGGCAAT 1560
Query 1635 GGCATTTGGAGCTCGGTTAGGTCTGAATACTCGAAAGCTATTCAATGTTATTTCCAACAG 1694
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1561 GGCATTCGGAGCTCGGTTAGGTCTGAATACTCGAAAGCTATTCAATGTGATTTCCAACAT 1620
Query 1695 CGGTGGAACATCTTGGATGTTTGAAAATCGTGTTCCGCACATGCTGGATAATGATTACAC 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1621 CGGTGGAACATCTTGGATGTTTGAAAATCGTGTTCCGCACATGCTCGATAATGATTATAC 1680
Query 1755 ACCATACTCTGCTCTTGATATTTTTGTCAAGGATTTGGGAATTGTTACCCGAGAAGGTTC 1814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1681 ACCATACTCTGCTCTTGATATTTTTGTCAAGGATTTGGGAATTGTTACTCGAGAAGGTTC 1740
Query 1815 ATCCCGTAAAGTTCCACTCCATATATCAACAGTGGCACACCAGCTATTCTTAGCCGGCTC 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATCCCGTAAAGTTCCACTCCATATATCAACAGTGGCACACCAGCTATTCTTAGCCGGCTC 1800
Query 1875 TGCTGCGGGCTGGGGACGGATAGATGATGCTGGAGTGGTGAAGGTTTATGAAACCCTTGC 1934
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1801 TGCAGCGGGCTGGGGACGGATTGATGATGCTGGAGTGGTGAAGGTATATGAAACCCTTAC 1860
Query 1935 TGGAATTAAAGTCGAAGGGAGACTTCCTGTTCTGAAGAAACAAGACCTACTGAAATCTCT 1994
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1861 TGGGATTAAAGTCGAAGGGAGACTTCCTGTTCTGAAGAAACAAGACCTACTGAATTCTCT 1920
Query 1995 TCCAGCTGAATGGCCTTCAGACCCTACAACTGACATACATAGACTAAATATGGGAAACTC 2054
|||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TCCATCTGAATGGCCTTTAGACCCTACAGCTGACATACATAGACTAAATATGGGAAACTC 1980
Query 2055 GAAGACATTGGTTGTTCTTGATGATGATCCAACTGGCACACAAACTGTTCATGACGTAGA 2114
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GAAGACATTGGTTGTTCTTGATGATGATCCAACCGGGACACAAACTGTTCATGACGTAGA 2040
Query 2115 GGTTTTAACTGAATGGAGTGTTGAATCTATTTCTGAGCAGTTTAGAAAAAAGCCTGCATG 2174
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2041 GGTTTTAACTGAATGGAGTGTTGAATCTATTTCTGAGCAGTTCAGAAAAAAGCCTGCATG 2100
Query 2175 CTTCTTCATTTTGACAAATTCAAGGTCCCTGAGCCCTGAGAAGGCTAGTGAATTGATCAA 2234
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2101 CTTCTTCATTTTGACAAATTCAAGGTCATTGAGCCCTGAGAAGGCTAGTGCGTTGATCAA 2160
Query 2235 AGACATCTGTTCCAACCTATGTGCTGCATCAAAAGAAGTTGGCAATGCTGACTACACGAT 2294
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 2161 AGACATCTGTTCCAACCTATGTGCTGCATCAAAAGAAGTTGGGAACGCTGACTACACTAT 2220
Query 2295 TGTTCTGAGGGGTGATTCAACATTACGTGGTCATTTTCCTCAGG-AAG--------CAGA 2345
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2221 TGTTCTGAGGGGTGATTCAACATTACGTGGTCATTTTCCTCAGGCAAGTTTGGAAGCAGA 2280
Query 2346 TGCTGCTGTCTCAATACTTGGGGAAATGGATGCATGGATTATTTGCCCCTTCTTCCTTCA 2405
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 TGCTGCTGTCTCAATACTTGGGGAAATGGATGCGTGGATTATTTGCCCCTTCTTCCTTCA 2340
Query 2406 AGGGGGACGTTATACTATTGATGATGTGCATTATGTTGCGGATTCTGATAGGCTCGTTCC 2465
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 AGGTGGACGTTATACTATTGATGATGTGCATTATGTTGCAGATTCTGATAGGCTCGTTCC 2400
Query 2466 TGCAGGAGAGACAGAGTTTGCCAAAGATGCATCCTTTGGATATAAATCCTCAAATCTCCG 2525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 TGCAGGAGAGACAGAGTTTGCCAAAGATGCATCCTTTGGATATAAATCCTCAAATCTCCG 2460
Query 2526 TGAGTGGGTTGAGGAGAAAACAGCTGGCGTCATTCCGGCTAACAGCGTTCAGTCGATCTC 2585
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2461 TGAGTGGGTTGAGGAGAAAACAGCTGGCATCATTCCGGCTAACAGCGTTCAGTCGATCCC 2520
Query 2586 AATTCAGCTTTTAAGAAAAGGTGGCCCTGATGCAGTGTGTGAGTTTCTGTGCAGTTTAAA 2645
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2521 AATTCAGCTTTTAAGAAAAGGTGGCCCTGATGCAGTGTGTGAGTTTCTATGCAGTTTAAA 2580
Query 2646 GAAGG 2650
|||||
Sbjct 2581 GAAGG 2585
Score = 2728 bits (1477), Expect = 0.0
Identities = 1652/1735 (95%), Gaps = 18/1735 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2709 GGGGTCTACATGTATTGTCAACGCCGCTAGTGAAAGAGACATGGCTGTATTTGCAGCCGG 2768
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2584 GGGGTCTGCATGTATTGTCAACGCCGCTAGTGAAAGAGACATGGCTGTATTTGCAGCGGG 2643
Query 2769 GATGATCCAGGCAGAACTGAAAGGGAGATCCTTTTTATGCCGCACTGCTGCTAGCTTTGT 2828
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644 GATGATCCAGGCAGAACTGAAAGGAAGATCCTTTTTATGCCGCACTGCTGCTAGCTTTGT 2703
Query 2829 GTCTGCTCTAATAGGGATTATTCCAAAAGATCCTGTGTTGCCAAAAGATTTCGAATCTAA 2888
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2704 GTCTGCTCTAATAGGGATTATTCCAAAAGATCCAGTGTTGCCGAAAGATTTCGCATCTAA 2763
Query 2889 CAAAGAAAGCAGTGGTGCACTAATAGTTGTAGGCTCATATGTCCCGAAAACAACAAAGCA 2948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2764 CAAAGAAAGCAGTGGTGCACTAATAGTTGTAGGCTCATATGTCCCGAAAACAACAAAGCA 2823
Query 2949 GGTTGAAGAACTTCAATCACAACATAACCAGAATTTAAGGAGCATCGAGATCTCTGTAGA 3008
||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2824 GGTTGAAGAACTTCAATTACAACATAAGCAGAAGTTAAGGAGCATCGAGATCTCTGTAGA 2883
Query 3009 AAAAGTTGCTCTCAAGTCATCTGAAGTGAGAGATGAAGAAATCAGAAGAGCAGTTGAGAT 3068
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884 AAAAGTTGCTCTCAAGTCATCCGAAGTGAGAGAGGAAGAAATCAGAAGAGCAGTTGAGAT 2943
Query 3069 GGCCGATGCTTTCCTTCGGGCTGGCAGGGAGACTCTAATTATGAGCAGTCGTGAACTCAT 3128
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2944 GGCTGATGCTTTCCTTCGGGCTGGCAGGGAGACTCTGATTATGAGCAGTCGTGAACTCAT 3003
Query 3129 CAC-GGGAAAAACATCTTCGGAAAGTCTTGATATTAACAGCAAAGTGAGCTCCGCTCTGG 3187
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3004 CACAGGG-AAAACATCTTCGGAAAGTCTTGATATTAACAGCAAAGTGAGCTCCGCTCTGG 3062
Query 3188 TTGAAGTAGTGAGCCAGATATCGACCAGACCTCGTTATATTCTTGCTAAGGGTGGAATTA 3247
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 TTGAAGTAGTGAGCCAGATATCTACCAGACCTCGTTATATTCTTGCTAAGGGTGGAATTA 3122
Query 3248 CGTCATCAGACACAGCAACGAAAGCCCTGAAAGCACGACGTGCACTTGTGATTGGTCAAG 3307
||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3123 CGTCATCAGACACAGCAACAAAAGCACTTAAAGCAAGACGTGCACTTGTGATTGGTCAAG 3182
Query 3308 CCCTTGCTGGTGTTCCAGTATGGAAGTTAGGTCCAGAAAGTAGACATCCAGGGGTCCCCT 3367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 3183 CCCTTGCTGGTGTTCCAGTATGGAAGTTAGGTCCAGAAAGTAGACATCCCGGAGTCCCCT 3242
Query 3368 ACATTGTTTTCCCTGGTAATGTTGGTAACAGCACAGCGCTTGCAGAAGTTGTGAAGTCTT 3427
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 ACATTGTTTTCCCAGGTAATGTTGGTAACAGCACAGCTCTTGCAGAAGTTGTGAAGTCTT 3302
Query 3428 GGTCAGTGGTAGCAGGACGGTCGACAAAAGAGCTGCTTCTGAATGCAGAAAAAGGTGGAT 3487
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3303 GGTCAGTTGTAGCAAGACGGTCGACAAAAGAGCTGCTTCTTAATGCAGAAAAAGGTGGAT 3362
Query 3488 ATGCAGTTGGAGCATTTAACGTGTATAACCTGGAAGGAATAGAAGCTGTTGTAGCGGCCG 3547
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |
Sbjct 3363 ATGCAGTTGGAGCATTTAACGTGTATAACCTGGAAGGAGTAGAAGCTGTTGTAGCAGCTG 3422
Query 3548 CAGAGGAAGAAAATAGTCCTGCTATATTGCAGGTCCATCCAGGTGCCTTTAAACAAGGAG 3607
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 3423 CAGAGGAAGAAAACAGTCCTGCCATATTGCAGGTCCATCCAGGTGCCTTCAAGCAAGGAG 3482
Query 3608 GCATTCCTTTGGTTTCATGTTGCATCTCTGCAGCTGAACAAGCCAGGGTTCCAATATCCG 3667
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3483 GCATTCCGTTGGTTTCATGTTGCATCTCTGCAGCTGAACAAGCAAGGGTTCCAATATCCG 3542
Query 3668 TACACTTTGATCATGGAACTACAAAGCATGAGCTATTAGAAGCTCTTGAGCTAGGACTAG 3727
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3543 TACACTTTGACCATGGAACTACAAAGCATGAGCTATTAGAAGCTCTTGAGCTAGGATTAG 3602
Query 3728 ATTCAGTGATGGTAGATGGTTCTCATCTTTCCTTCACAGAAAATTTATCCTACACGAAAT 3787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3603 ATTCAGTGATGGTAGATGGTTCTCATCTTTCCTTCACAGAAAATTTATCCTACACGAAAT 3662
Query 3788 CCATAACAGAGTTGGCCCGTTCCAAAAACATTATGGTGGAAGCTGAACTAGGCCGACTCT 3847
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3663 CCATAACAGAGTTGGCCCGTTCCAAAAACATTATGGTGGAAGCTGAACTAGGACGACTCT 3722
Query 3848 CAGGAACAGAGGATGGCTTGACTGTTGAAGACTATGAAGCAAAGCTCACCAACGTTAACC 3907
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3723 CAGGAACGGAGGATGGCTTGACTGTTGAAGATTATGAAGCAAAGCTCACCAACGTTCACC 3782
Query 3908 AGGCTCAGGAATTTATGGAAACTGGTATAGATGCTTTGGCTGTGTGTATAGGAAATGTCC 3967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3783 AGGCTCAGGAATTTATGGAAACTGGTATAGATGCTTTGGCTGTGTGTATAGGAAATGTCC 3842
Query 3968 ATGGAAAGTACCCCAAGTCCGGTCCAAACCTCAAGCTTGATTTACTTAAGGAACTGCACG 4027
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3843 ATGGAAAATACCCCGAGTCCGGTCCAAACCTCAAGCTTGACTTACTTAAGGAACTGCACA 3902
Query 4028 CCTTAAGCTCGAAGAAAGGCGTTTTTCTTGTTCTTCACGGAGCTTCTGGTTTGTCTGAGA 4087
|||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3903 CCTTAAGCTCAAAGAAAGGCGTCTTTCTCGTTCTTCATGGAGCTTCTGGTTTGTCTGAGA 3962
Query 4088 ACCTTATCAAGGAATGCATTGAGAATGGAGTGAGGAAGTTCAACGTGAACACAGAAGTAA 4147
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3963 AGCTTATCAAGGAATGCATTGAAAATGGAGTGAGGAAGTTCAACGTGAACACAGAAGTAA 4022
Query 4148 GAACGGCTTACATGGAAGCTCTTAGCTCTGGGAAGAAGACCGACATTGTTGATGTCATGT 4207
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4023 GAACGGCTTACATGGAAGCTCTTAGCTCTGGGAAGAAGACCGACCTTGTTGATGTCATGT 4082
Query 4208 CCGCAACAAAAGCAGCCATGAAAGCTGTGATCGCAGATAAGATCCGTCTCTTTGGCTCTG 4267
| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4083 CGGCAACAAAAGCAGCCATGAAAGCTGTGATCACCGATAAGATCCGTCTCTTTGGCTCTG 4142
Query 4268 CCGGAAAAGCTTGAGTT---GTTGATaaaaaaaTGTCCGATCAATTAGTTAAGTACAATT 4324
| ||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||| ||| ||| || ||
Sbjct 4143 CTGGAAAAGCTTGAGTTATTGTTGATGAACAC-TGTCCGATCAATTTGTTTAGTTCAGTT 4201
Query 4325 GTACATCACATCCAAAGAATaaaaaaaCAACA-AATATTACATCACATCCAAAGAAGATG 4383
|||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4202 GTACATCACATCCAAAGAATAAAAAA-CAA-ATAATATTAGATCACATCCAAAGAAGATG 4259
Query 4384 AATGCATTGTATGCAATGCAGATGCAGTGTTGTTGGAAATAAAGAAATCATTTTT 4438
|||||| ||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4260 AATGCA----ATGCA--G-A--TGCACTGTTGTTGGAAATAAAGAAATCAGTTTT 4305
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 170269581602
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5