BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G18370.1
Length=3118
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472057 jgi|Araly1|472057|fgenesh2_kg.1__2011__AT1G18370.1 4854 0.0
> Ahg472057 jgi|Araly1|472057|fgenesh2_kg.1__2011__AT1G18370.1
Length=2955
Score = 4854 bits (2628), Expect = 0.0
Identities = 2850/2959 (96%), Gaps = 7/2959 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 ATGACTATAAAAACACCGGGAACTCCGGTTTCGAAGATGGACAGAACACCAGCTGTAACA 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACTATAAAAACACCGGGAACTCCGGTTTCGAAGATGGACAGAACACCAGCTGTAACA 60
Query 172 CCAGGTGGAAGCTCAAGATCCAGGGAAGAGAAGATTGTTGTTACTGTAAGGTTAAGGCCA 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 61 CCAGGTGGAAGCTCAAGATCCAGGGAAGAGAAGATTGTTGTCACTGTAAGGTTAAGACCA 120
Query 232 ATGAATAAGAGAGAACTGTTAGCTAAAGACCAAGTTGCTTGGGAATGTGTAAATGACCAC 291
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 121 TTGAACAAGAAAGAACTGTTAGCTAAAGACCAAGTTGCTTGGGAATGTGTAGATGACCAC 180
Query 292 ACCATTGTGTCTAAACCACAAGTTCAAGAACGTTTGCATCATCAGTCCTCATTTACATTT 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACCATTGTGTCTAAACCACAAGTTCAAGAACGTTTGCATCATCAGTCCTCATTTACATTT 240
Query 352 GATAAAGTTTTTGGACCAGAGAGTTTAACAGAGAATGTGTATGAAGATGGTGTTAAGAAT 411
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GATAAAGTTTTTGGACCAGAGAGTTTAACTGAGAATGTGTATGAAGATGGTGTTAAGAAT 300
Query 412 GTTGCATTGTCTGCTTTGATGGGCATAAATGCAACAATATTTGCATATGGACAAACAAGC 471
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 GTTGCATTGTCTGCTTTGATGGGCATCAATGCAACAATTTTTGCATATGGACAAACGAGC 360
Query 472 AGTGGAAAGACATATACCATGAGAGGAGTAACGGAGAAAGCTGTCAATGATATTTACAAT 531
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGTGGTAAGACATATACCATGAGAGGAGTAACAGAGAAAGCTGTCAATGATATTTACAAT 420
Query 532 CACATAATTAAGACCCCTGAAAGAGATTTTACTATCAAGATTTCTGGTCTGGAAATATAT 591
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CACATTATTAAGACCCCTGAAAGAGATTTTACTATCAAGATTTCTGGTCTGGAAATATAT 480
Query 592 AATGAAAATGTCAGAGATCTGCTCAATTCAGATTCGGGACGTGCCCTTAAACTCCTTGAT 651
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AATGAAAATGTCAGAGATCTGCTGAATTCAGATTCCGGACGTGCCCTTAAACTCCTTGAT 540
Query 652 GATCCAGAGAAAGGTACTGTGGTTGAAAAACTGGTTGAAGAAACAGCTAATAACGAT-AA 710
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 541 GATCCAGAGAAAGGTACCGTGGTTGAAAAACTGGTTGAAGAAACAGCTAATAACGATCAA 600
Query 711 CCATTTGCGGCATCTGATTAGCATTTGTGAAGCTCAAAGACAAGTTGGAGAAACTGCTTT 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 601 -CATTTGCGGCATCTGATTAGCATTTGTGAAGCTCAAAGACAAGTTGGGGAAACTGCTTT 659
Query 771 GAATGATACTAGCTCGCGGTCACACCAAATAATCAGACTGACAATACAAAGTACTCACCG 830
||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 660 GAACGATACCAGCTCCCGGTCACACCAAATAATTAGACTAACGATACAAAGTACTCACCG 719
Query 831 CGAAAATTCAGATTGTGTGAGGTCATATATGGCTAGTCTGAACTTTGTGGACTTAGCAGG 890
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CGAAAATTCAGATTGTGTGAGGTCATACATGGCTAGTCTGAACTTTGTGGACTTAGCAGG 779
Query 891 AAGCGAAAGAGCATCACAATCGCAGGCAGATGGAACGAGACTCAGGGAAGGTTGTCATAT 950
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 780 AAGCGAAAGAGCATCACAATCGCAGGCAGATGGAACGAGACTCAGGGAAGGTTGCCATAT 839
Query 951 CAATCTAAGTCTAATGACACTTACAACTGTCATAAGGAAATTAAGTGTGGGGAAAAGAAG 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CAATCTAAGTCTAATGACACTTACAACTGTCATAAGGAAGTTAAGTGTGGGGAAAAGAAG 899
Query 1011 CGGCCATATACCTTACAGAGACTCCAAGCTTACTAGGATTTTACAGCATTCACTAGGTGG 1070
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CGGCCATGTACCTTACAGAGACTCCAAGCTTACTCGGATTTTACAGCATTCACTAGGTGG 959
Query 1071 GAATGCTCGAACAGCCATTATATGTACATTGAGTCCAGCTTTGGCTCATGTTGAACAATC 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAATGCTCGAACAGCCATTATATGTACATTGAGTCCAGCTTTGGCTCATGTTGAACAATC 1019
Query 1131 AAGAAATACTCTATACTTCGCCAACCGAGCCAAGGAAGTTACAAACAATGCCCACGTGAA 1190
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AAGAAATACTCTATACTTTGCCAACCGAGCCAAGGAAGTTACAAACAATGCCCACGTGAA 1079
Query 1191 CATGGTTGTCTCTGATAAGCAACTAGTGAAACATCTTCAGAAAGAAGTGGCTAGATTGGA 1250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1080 CATGGTTGTCTCTGATAAGCAACTAGTGAAACATCTTCAGAAAGAATTGGCTAGATTGGA 1139
Query 1251 GGCCGAGCGTCGCACCCCTGGTCCATCGACAGAAAAGGATTTCAAGATCCAGCAGATGGA 1310
|||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GGCCGAGCGTCGAACCCCTAATCCATCAAGTGAAAAGGATTTCAAGATCCAGCAGATGGA 1199
Query 1311 AATGGAAATCGGAGAGCTTAGAAGACAAAGAGATGATGCACAAATTCAACTTGAGGAGTT 1370
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AATGGAAATCGAAGAGCTTAGGAGACAAAGAGATGATGCACAAATTCAACTTGAGGAGTT 1259
Query 1371 ACGCCAAAAGCTTCAAGGGGATCAGCAACAAAATAAGGGCTTAAATCCTTTTGAATCTCC 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GCGCCAAAAGCTTCAAGGGGATCAGCAACAAAATAAGGGCCTAAATCCTTTTGAATCTCC 1319
Query 1431 AGACCCACCGGTCAGAAAATGTCTTTCCTATTCTGTTGCCGTAACGCCTAGCTCGGAGAA 1490
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||
Sbjct 1320 AGACCCACCGGTCAGAAAATGTCTTTCCTATTCTGTTGCCGTGACACCTAGCACGGAGAA 1379
Query 1491 CAAAACGCTAAACCGGAATGAGAGAGCAAGAAAGACTACGATGCGCCAATCTATGATACG 1550
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1380 CAAAACGCTAAACCGGAATGAGAGAACAAGAAAGACCACGATACGCCAATCTATGATACG 1439
Query 1551 GCAATCATCAACTGCTCCATTTACATTGATGCATGAAATCCGCAAACTCGAACACCTTCA 1610
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1440 GCAATCATCAACTGCTCCTTTTACATTGATGCATGAAATCCGCAAACTTGAACACCTTCA 1499
Query 1611 AGAACAGTTAGGGGAGGAAGCAACGAAAGCCCTTGAAGTGTTACAAAAGGAAGTAGCTTG 1670
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1500 AGAACAGTTAGGGGAGGAAGCAACGAAAGCTCTTGAAGTGTTACAGAAGGAAGTAGCCTG 1559
Query 1671 CCATAGACTAGGGAATCAAGATGCAGCTCAGACGATAGCTAAGCTTCAAGCAGAGATAAG 1730
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CCATAGACTAGGGAATCAAGATGCAGCTCAAACAATAGCTAAGCTTCAAGCAGAGATAAG 1619
Query 1731 GGAAATGCGTACTGTTAAACCATCTGCAATGCTTAAAGAGGTTGGAGATGTCATAGCTCC 1790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GGAAATGCGTACTGTTAAACCATCTGCAATGCTTAAAGAGGTTGGAGATGTCATAGCTCC 1679
Query 1791 TAACAAGAGCGTAAGTGCCAATCTCAAGGAAGAGATAACAAGGCTCCATTCACAAGGAAG 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TAACAAGAGCGTAAGTGCCAATCTCAAGGAAGAGATAACAAGGCTCCATTCACAAGGAAG 1739
Query 1851 CACCATTGCGAATCTAGAGGAGCAACTTGAGAGCGTTCAGAAGTCAATAGATAAGTTGGT 1910
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CACCATTGCAAATCTAGAGGAGCAACTTGAGAGCGTTCAGAAGTCAATAGATAAGTTGGT 1799
Query 1911 GATGTCTCTTCCGAGCAATATCAGTGCTGGAGATGAGACTCCAAAGACAAAGAATCATCA 1970
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1800 GATGTCTCTTCCAAGCAATATCAATGCTGGAGATGAGACCCCAAGGACAAAGAATCATCA 1859
Query 1971 TCATCAATCAAAGAAGAAGAAGCTTCTTCCTCTGACACCAAGCAGCGCATCCAACCGCCA 2030
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1860 TCATCAATCAAAGAAGAAGAAACTTCTTCCTCTGACACCAAGCAGCGTTTCCAACCGCCA 1919
Query 2031 GAACTTCTTGAAATCTCCATGCTCTCCGCTTTCAGCTTCTAGGCAAGTCTTGGATTGTGA 2090
||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GAATTTCTTGAAATCTCCATGCTCTCCTCTTTCCGCTTCTAGGCAAGTCTTGGATTGTGA 1979
Query 2091 TGCTGAGAACAAAGCTCCTCAAGAAAACAACAGT-TCTGCAGCTAGAGGGGCGACGACAC 2149
||| |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1980 TGCGGAGAACAAAGCTCCTCAAGAGAACAACA-TCTCTGCAACTAGAGGGGCAACGACAC 2038
Query 2150 CACAGGGGTCTGAGAAAGAGACTCCACAGAAAGGAGAAGAAAGCGGAGATGTCTCGTCAA 2209
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CACAAGGGTCTGAGAAAGAGACTCCACAGAAAGGAGAAGAAAGCGGAGATGTCTCGTCAA 2098
Query 2210 GAGAAGGTACTCCAGGCTACAGAAGATCAAGCTCAGTGAACATGAAGAAAATGCAGCAAA 2269
||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 GAGAAAGCACACCAGGCTACAGGAGATCAAGCTCAGTGAACATGAAGAAAATGCAGCAAA 2158
Query 2270 TGTTTCAAAACGCAGCAGAGGAGAATGTAAGAAGCATAAGAGCATACGTAACCGAACTCA 2329
|||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2159 TGTTCCAAAATGCAGCAGAGGAGAACGTGAGAAGCATAAGAGCATACGTAACTGAACTCA 2218
Query 2330 AAGAACGAGTAGCTAAACTACAGTACCAGAAACAACTTCTCGTTTGTCAGGTGCTTGAGT 2389
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AAGAACGTGTAGCTAAACTACAGTATCAGAAACAACTTCTCGTTTGTCAGGTGCTTGAGT 2278
Query 2390 TGGAAGCAAATGATGGAGCTGGATATAGTGTAGAGAACGAGGAGAACACGATAATGGAAG 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2279 TGGAAGCAAATGATGGAGCTGGATATAGTGTAGAGAACGAGGAGAACACGATAATAGAAG 2338
Query 2450 ATGAAGAGCAGAATCAAGTGGCGTGGCATATAACTTTCATAGAGGAAAGACAACAGATCA 2509
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 ATGAAGAGCAGAGTCAAGTTGCGTGGCATATAACTTTCATAGAGGAAAGACAACAGATCA 2398
Query 2510 TAGAGCTGTGGCATGTCTGCCATGTCTCCATAATCCACAGGACACAATTCTACCTACTGT 2569
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2399 TAGAGCTGTGGCATGTTTGCCATGTCTCCATAATCCACAGGACACAATTCTATCTACTGT 2458
Query 2570 TCAAAGGTGACCAAGCCGATCAAATCTACATGGAAGTCGAGCTAAGACGGTTAACTTGGT 2629
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TCAAAGGTGATCAAGCCGATCAAATCTACATGGAAGTCGAGCTAAGACGGTTAACTTGGT 2518
Query 2630 TAGAACAACATCTAGCAGAAGTAGGAAACGCAACTCCAGCTCGAAACTGCGATGAATCTG 2689
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2519 TAGAACAACATCTAGCAGAAGTAGGTAATGCAACTCCAGCTCGAAACTGCGACGAATCCG 2578
Query 2690 TGGTTTCTCTATCATCAAGTATAAAAGCATTGAGAAGAGAGCGAGAGTTTTTGGCGAAAA 2749
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TAGTTTCTCTATCATCAAGTATAAAAGCATTGAGAAGAGAGCGAGAGTTTTTGGCGAAAA 2638
Query 2750 GGGTTAACTCGAGATTGACGCCTGAGGAGAGAGAGGAGCTGTATATGAAATGGGATGTGC 2809
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GGGTTAACTCAAGATTGACGCCTGAGGAGAGAGAGGAGCTGTATATGAAATGGGATGTGC 2698
Query 2810 CATTGGAAGGGAAACAGAGGAAACTTCAGTTCGTGAACAAGCTATGGACTGATCCTTATG 2869
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2699 CATTGGAAGGGAAACAGAGGAAACTCCAGTTCGTGAACAAGCTATGGACTGATCCTTACG 2758
Query 2870 ATTCAAGGCACGTGCAAGAGAGTGCAGAGATAGTTGCGAAGCTAGTTGGATTCTGTGAAA 2929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 ATTCAAGGCACGTGCAAGAGAGTGCAGAGATAGTTGCGAAGCTAGTTGGATTCTGTGAAA 2818
Query 2930 GTGGCAACATCTCTAAAGAGATGTTTGAGCTCAATTTCGCAGTGCCTTCAGATAAAAGAC 2989
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |
Sbjct 2819 GTGGTAACATCTCTAAAGAGATGTTCGAGCTCAATTTCGCTGTGCCTTCAGATAGAAGGC 2878
Query 2990 AGTGGAACATTGGTTGGGACAACATCTCTAATCTTCTTCACCTATGAAGAC-TTATTGTG 3048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||
Sbjct 2879 AGTGGAACATTGGTTGGGACAACATCTCTAATCTTCTTCACCTGTGAAGAAATTTTTGTG 2938
Query 3049 TGTTTATGATTTGTAAAAG 3067
| ||| |||||||||||||
Sbjct 2939 T-TTT-TGATTTGTAAAAG 2955
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117775037540
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5