BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G18370.1 Length=3118 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg472057 jgi|Araly1|472057|fgenesh2_kg.1__2011__AT1G18370.1 4854 0.0 > Ahg472057 jgi|Araly1|472057|fgenesh2_kg.1__2011__AT1G18370.1 Length=2955 Score = 4854 bits (2628), Expect = 0.0 Identities = 2850/2959 (96%), Gaps = 7/2959 (0%) Strand=Plus/Plus Query 112 ATGACTATAAAAACACCGGGAACTCCGGTTTCGAAGATGGACAGAACACCAGCTGTAACA 171 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGACTATAAAAACACCGGGAACTCCGGTTTCGAAGATGGACAGAACACCAGCTGTAACA 60 Query 172 CCAGGTGGAAGCTCAAGATCCAGGGAAGAGAAGATTGTTGTTACTGTAAGGTTAAGGCCA 231 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 61 CCAGGTGGAAGCTCAAGATCCAGGGAAGAGAAGATTGTTGTCACTGTAAGGTTAAGACCA 120 Query 232 ATGAATAAGAGAGAACTGTTAGCTAAAGACCAAGTTGCTTGGGAATGTGTAAATGACCAC 291 |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 121 TTGAACAAGAAAGAACTGTTAGCTAAAGACCAAGTTGCTTGGGAATGTGTAGATGACCAC 180 Query 292 ACCATTGTGTCTAAACCACAAGTTCAAGAACGTTTGCATCATCAGTCCTCATTTACATTT 351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 ACCATTGTGTCTAAACCACAAGTTCAAGAACGTTTGCATCATCAGTCCTCATTTACATTT 240 Query 352 GATAAAGTTTTTGGACCAGAGAGTTTAACAGAGAATGTGTATGAAGATGGTGTTAAGAAT 411 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GATAAAGTTTTTGGACCAGAGAGTTTAACTGAGAATGTGTATGAAGATGGTGTTAAGAAT 300 Query 412 GTTGCATTGTCTGCTTTGATGGGCATAAATGCAACAATATTTGCATATGGACAAACAAGC 471 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 301 GTTGCATTGTCTGCTTTGATGGGCATCAATGCAACAATTTTTGCATATGGACAAACGAGC 360 Query 472 AGTGGAAAGACATATACCATGAGAGGAGTAACGGAGAAAGCTGTCAATGATATTTACAAT 531 ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 AGTGGTAAGACATATACCATGAGAGGAGTAACAGAGAAAGCTGTCAATGATATTTACAAT 420 Query 532 CACATAATTAAGACCCCTGAAAGAGATTTTACTATCAAGATTTCTGGTCTGGAAATATAT 591 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 CACATTATTAAGACCCCTGAAAGAGATTTTACTATCAAGATTTCTGGTCTGGAAATATAT 480 Query 592 AATGAAAATGTCAGAGATCTGCTCAATTCAGATTCGGGACGTGCCCTTAAACTCCTTGAT 651 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 AATGAAAATGTCAGAGATCTGCTGAATTCAGATTCCGGACGTGCCCTTAAACTCCTTGAT 540 Query 652 GATCCAGAGAAAGGTACTGTGGTTGAAAAACTGGTTGAAGAAACAGCTAATAACGAT-AA 710 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 541 GATCCAGAGAAAGGTACCGTGGTTGAAAAACTGGTTGAAGAAACAGCTAATAACGATCAA 600 Query 711 CCATTTGCGGCATCTGATTAGCATTTGTGAAGCTCAAAGACAAGTTGGAGAAACTGCTTT 770 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 601 -CATTTGCGGCATCTGATTAGCATTTGTGAAGCTCAAAGACAAGTTGGGGAAACTGCTTT 659 Query 771 GAATGATACTAGCTCGCGGTCACACCAAATAATCAGACTGACAATACAAAGTACTCACCG 830 ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 660 GAACGATACCAGCTCCCGGTCACACCAAATAATTAGACTAACGATACAAAGTACTCACCG 719 Query 831 CGAAAATTCAGATTGTGTGAGGTCATATATGGCTAGTCTGAACTTTGTGGACTTAGCAGG 890 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 CGAAAATTCAGATTGTGTGAGGTCATACATGGCTAGTCTGAACTTTGTGGACTTAGCAGG 779 Query 891 AAGCGAAAGAGCATCACAATCGCAGGCAGATGGAACGAGACTCAGGGAAGGTTGTCATAT 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 780 AAGCGAAAGAGCATCACAATCGCAGGCAGATGGAACGAGACTCAGGGAAGGTTGCCATAT 839 Query 951 CAATCTAAGTCTAATGACACTTACAACTGTCATAAGGAAATTAAGTGTGGGGAAAAGAAG 1010 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 840 CAATCTAAGTCTAATGACACTTACAACTGTCATAAGGAAGTTAAGTGTGGGGAAAAGAAG 899 Query 1011 CGGCCATATACCTTACAGAGACTCCAAGCTTACTAGGATTTTACAGCATTCACTAGGTGG 1070 ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 CGGCCATGTACCTTACAGAGACTCCAAGCTTACTCGGATTTTACAGCATTCACTAGGTGG 959 Query 1071 GAATGCTCGAACAGCCATTATATGTACATTGAGTCCAGCTTTGGCTCATGTTGAACAATC 1130 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GAATGCTCGAACAGCCATTATATGTACATTGAGTCCAGCTTTGGCTCATGTTGAACAATC 1019 Query 1131 AAGAAATACTCTATACTTCGCCAACCGAGCCAAGGAAGTTACAAACAATGCCCACGTGAA 1190 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 AAGAAATACTCTATACTTTGCCAACCGAGCCAAGGAAGTTACAAACAATGCCCACGTGAA 1079 Query 1191 CATGGTTGTCTCTGATAAGCAACTAGTGAAACATCTTCAGAAAGAAGTGGCTAGATTGGA 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1080 CATGGTTGTCTCTGATAAGCAACTAGTGAAACATCTTCAGAAAGAATTGGCTAGATTGGA 1139 Query 1251 GGCCGAGCGTCGCACCCCTGGTCCATCGACAGAAAAGGATTTCAAGATCCAGCAGATGGA 1310 |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 GGCCGAGCGTCGAACCCCTAATCCATCAAGTGAAAAGGATTTCAAGATCCAGCAGATGGA 1199 Query 1311 AATGGAAATCGGAGAGCTTAGAAGACAAAGAGATGATGCACAAATTCAACTTGAGGAGTT 1370 ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 AATGGAAATCGAAGAGCTTAGGAGACAAAGAGATGATGCACAAATTCAACTTGAGGAGTT 1259 Query 1371 ACGCCAAAAGCTTCAAGGGGATCAGCAACAAAATAAGGGCTTAAATCCTTTTGAATCTCC 1430 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1260 GCGCCAAAAGCTTCAAGGGGATCAGCAACAAAATAAGGGCCTAAATCCTTTTGAATCTCC 1319 Query 1431 AGACCCACCGGTCAGAAAATGTCTTTCCTATTCTGTTGCCGTAACGCCTAGCTCGGAGAA 1490 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| Sbjct 1320 AGACCCACCGGTCAGAAAATGTCTTTCCTATTCTGTTGCCGTGACACCTAGCACGGAGAA 1379 Query 1491 CAAAACGCTAAACCGGAATGAGAGAGCAAGAAAGACTACGATGCGCCAATCTATGATACG 1550 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1380 CAAAACGCTAAACCGGAATGAGAGAACAAGAAAGACCACGATACGCCAATCTATGATACG 1439 Query 1551 GCAATCATCAACTGCTCCATTTACATTGATGCATGAAATCCGCAAACTCGAACACCTTCA 1610 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1440 GCAATCATCAACTGCTCCTTTTACATTGATGCATGAAATCCGCAAACTTGAACACCTTCA 1499 Query 1611 AGAACAGTTAGGGGAGGAAGCAACGAAAGCCCTTGAAGTGTTACAAAAGGAAGTAGCTTG 1670 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1500 AGAACAGTTAGGGGAGGAAGCAACGAAAGCTCTTGAAGTGTTACAGAAGGAAGTAGCCTG 1559 Query 1671 CCATAGACTAGGGAATCAAGATGCAGCTCAGACGATAGCTAAGCTTCAAGCAGAGATAAG 1730 |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 CCATAGACTAGGGAATCAAGATGCAGCTCAAACAATAGCTAAGCTTCAAGCAGAGATAAG 1619 Query 1731 GGAAATGCGTACTGTTAAACCATCTGCAATGCTTAAAGAGGTTGGAGATGTCATAGCTCC 1790 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1620 GGAAATGCGTACTGTTAAACCATCTGCAATGCTTAAAGAGGTTGGAGATGTCATAGCTCC 1679 Query 1791 TAACAAGAGCGTAAGTGCCAATCTCAAGGAAGAGATAACAAGGCTCCATTCACAAGGAAG 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1680 TAACAAGAGCGTAAGTGCCAATCTCAAGGAAGAGATAACAAGGCTCCATTCACAAGGAAG 1739 Query 1851 CACCATTGCGAATCTAGAGGAGCAACTTGAGAGCGTTCAGAAGTCAATAGATAAGTTGGT 1910 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 CACCATTGCAAATCTAGAGGAGCAACTTGAGAGCGTTCAGAAGTCAATAGATAAGTTGGT 1799 Query 1911 GATGTCTCTTCCGAGCAATATCAGTGCTGGAGATGAGACTCCAAAGACAAAGAATCATCA 1970 |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| Sbjct 1800 GATGTCTCTTCCAAGCAATATCAATGCTGGAGATGAGACCCCAAGGACAAAGAATCATCA 1859 Query 1971 TCATCAATCAAAGAAGAAGAAGCTTCTTCCTCTGACACCAAGCAGCGCATCCAACCGCCA 2030 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1860 TCATCAATCAAAGAAGAAGAAACTTCTTCCTCTGACACCAAGCAGCGTTTCCAACCGCCA 1919 Query 2031 GAACTTCTTGAAATCTCCATGCTCTCCGCTTTCAGCTTCTAGGCAAGTCTTGGATTGTGA 2090 ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 GAATTTCTTGAAATCTCCATGCTCTCCTCTTTCCGCTTCTAGGCAAGTCTTGGATTGTGA 1979 Query 2091 TGCTGAGAACAAAGCTCCTCAAGAAAACAACAGT-TCTGCAGCTAGAGGGGCGACGACAC 2149 ||| |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| ||||||| Sbjct 1980 TGCGGAGAACAAAGCTCCTCAAGAGAACAACA-TCTCTGCAACTAGAGGGGCAACGACAC 2038 Query 2150 CACAGGGGTCTGAGAAAGAGACTCCACAGAAAGGAGAAGAAAGCGGAGATGTCTCGTCAA 2209 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 CACAAGGGTCTGAGAAAGAGACTCCACAGAAAGGAGAAGAAAGCGGAGATGTCTCGTCAA 2098 Query 2210 GAGAAGGTACTCCAGGCTACAGAAGATCAAGCTCAGTGAACATGAAGAAAATGCAGCAAA 2269 ||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 GAGAAAGCACACCAGGCTACAGGAGATCAAGCTCAGTGAACATGAAGAAAATGCAGCAAA 2158 Query 2270 TGTTTCAAAACGCAGCAGAGGAGAATGTAAGAAGCATAAGAGCATACGTAACCGAACTCA 2329 |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2159 TGTTCCAAAATGCAGCAGAGGAGAACGTGAGAAGCATAAGAGCATACGTAACTGAACTCA 2218 Query 2330 AAGAACGAGTAGCTAAACTACAGTACCAGAAACAACTTCTCGTTTGTCAGGTGCTTGAGT 2389 ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2219 AAGAACGTGTAGCTAAACTACAGTATCAGAAACAACTTCTCGTTTGTCAGGTGCTTGAGT 2278 Query 2390 TGGAAGCAAATGATGGAGCTGGATATAGTGTAGAGAACGAGGAGAACACGATAATGGAAG 2449 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2279 TGGAAGCAAATGATGGAGCTGGATATAGTGTAGAGAACGAGGAGAACACGATAATAGAAG 2338 Query 2450 ATGAAGAGCAGAATCAAGTGGCGTGGCATATAACTTTCATAGAGGAAAGACAACAGATCA 2509 |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2339 ATGAAGAGCAGAGTCAAGTTGCGTGGCATATAACTTTCATAGAGGAAAGACAACAGATCA 2398 Query 2510 TAGAGCTGTGGCATGTCTGCCATGTCTCCATAATCCACAGGACACAATTCTACCTACTGT 2569 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2399 TAGAGCTGTGGCATGTTTGCCATGTCTCCATAATCCACAGGACACAATTCTATCTACTGT 2458 Query 2570 TCAAAGGTGACCAAGCCGATCAAATCTACATGGAAGTCGAGCTAAGACGGTTAACTTGGT 2629 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2459 TCAAAGGTGATCAAGCCGATCAAATCTACATGGAAGTCGAGCTAAGACGGTTAACTTGGT 2518 Query 2630 TAGAACAACATCTAGCAGAAGTAGGAAACGCAACTCCAGCTCGAAACTGCGATGAATCTG 2689 ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 2519 TAGAACAACATCTAGCAGAAGTAGGTAATGCAACTCCAGCTCGAAACTGCGACGAATCCG 2578 Query 2690 TGGTTTCTCTATCATCAAGTATAAAAGCATTGAGAAGAGAGCGAGAGTTTTTGGCGAAAA 2749 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2579 TAGTTTCTCTATCATCAAGTATAAAAGCATTGAGAAGAGAGCGAGAGTTTTTGGCGAAAA 2638 Query 2750 GGGTTAACTCGAGATTGACGCCTGAGGAGAGAGAGGAGCTGTATATGAAATGGGATGTGC 2809 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2639 GGGTTAACTCAAGATTGACGCCTGAGGAGAGAGAGGAGCTGTATATGAAATGGGATGTGC 2698 Query 2810 CATTGGAAGGGAAACAGAGGAAACTTCAGTTCGTGAACAAGCTATGGACTGATCCTTATG 2869 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2699 CATTGGAAGGGAAACAGAGGAAACTCCAGTTCGTGAACAAGCTATGGACTGATCCTTACG 2758 Query 2870 ATTCAAGGCACGTGCAAGAGAGTGCAGAGATAGTTGCGAAGCTAGTTGGATTCTGTGAAA 2929 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2759 ATTCAAGGCACGTGCAAGAGAGTGCAGAGATAGTTGCGAAGCTAGTTGGATTCTGTGAAA 2818 Query 2930 GTGGCAACATCTCTAAAGAGATGTTTGAGCTCAATTTCGCAGTGCCTTCAGATAAAAGAC 2989 |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| | Sbjct 2819 GTGGTAACATCTCTAAAGAGATGTTCGAGCTCAATTTCGCTGTGCCTTCAGATAGAAGGC 2878 Query 2990 AGTGGAACATTGGTTGGGACAACATCTCTAATCTTCTTCACCTATGAAGAC-TTATTGTG 3048 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| Sbjct 2879 AGTGGAACATTGGTTGGGACAACATCTCTAATCTTCTTCACCTGTGAAGAAATTTTTGTG 2938 Query 3049 TGTTTATGATTTGTAAAAG 3067 | ||| ||||||||||||| Sbjct 2939 T-TTT-TGATTTGTAAAAG 2955 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 117775037540 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5