BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G18450.1
Length=1627
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472063 jgi|Araly1|472063|fgenesh2_kg.1__2017__AT1G18450.1 2416 0.0
> Ahg472063 jgi|Araly1|472063|fgenesh2_kg.1__2017__AT1G18450.1
Length=1469
Score = 2416 bits (1308), Expect = 0.0
Identities = 1385/1423 (97%), Gaps = 1/1423 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCGAGATTACAGAGAACCCCGTCCCGTGTTTAAACCCTCCGGCGACAAAGCTCAGATAGA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1 CCGAGATTACAGAGAACCCCGTCCCGTGTTTAAACCCTCCGACGAC-AAGCTCAGATAGA 59
Query 61 GAACCGCTCCACCCTTGTCGTTCGCTGCAGCCATGTACGGCGGAGATGAAGTGTCAGCTA 120
||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GAACCTCTCCACGCTTTTCGTTCGCTGCAGCCATGTACGGCGGAGATGAAGTGTCAGCTA 119
Query 121 TTGTGGTTGACTTGGGTTCGCACACTTGCAAGGCTGGTTACGCCGGTGAAGATGCTCCCA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 120 TTGTGGTTGACTTGGGTTCGCACACTTGCAAGGCTGGTTACGCCGGAGAAGATGCTCCCA 179
Query 181 AGGCCGTTTTCCCTTCCGTTATTGGGGCAGTAGATGGTGTAGAGGCAATGGATGTGGATG 240
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AGGCCGTTTTCCCTTCCGTTGTTGGGGCAGTAGATGGTATAGAGGCAATGGATGTGGATG 239
Query 241 TTGATTCTACAAAGACTAATTCGAACTCTGAGGATTCGAAGACCGAGTCTGAAAAGGAAA 300
|| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 240 CTGTTTCTACAAAGACTAATTCGAATTCTGAGGATTCGAAGACTGAGTCTGAAAAAGAAA 299
Query 301 AGAGCAAACGCAAGCTCTATGTAGGATCTCAAGCCATGAGCTACCGCAGAGATCATATGG 360
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 300 AGGGCAAACGCAAGCTCTATGTAGGATCTCAAGCCATGAGTTACCGCCGAGATCATATGG 359
Query 361 AGGTTTTGTCACCTATAAAAGATGGCATCGTTTCTGACTGGGATTTGGTGGACAATATAT 420
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AGGTTTTGTCACCTATAAAAGACGGCATAGTTTCTGACTGGGATTTGGTGGACAATATAT 419
Query 421 GGGAACATGCTTTCAAGAGTTGTCTGATGATTGATCCTACGGAGCATCCAATGCTGCTAG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGGAACATGCTTTCAAGAGTTGTCTGATGATTGATCCTACGGAGCATCCAATGCTGCTAG 479
Query 481 CTGAGCCTCCTTTAAACACTCAACAGCAGAGAGAGAAGGCGGCAGAGCTAATGTTTGAAA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CTGAGCCTCCTTTAAACACTCAACAGCAGAGAGAGAAGGCGGCAGAGCTAATGTTTGAAA 539
Query 541 AGTACAAAGTTCCGGCACTGTTTATGGCTAAGAACCCTGTTCTCACGTCTTTTGCTACTG 600
| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AATACAAAGTTCCTGCATTGTTTATGGCTAAGAATCCTGTTCTCACGTCTTTTGCTACTG 599
Query 601 GGCGTGCTACTTCTTTGGTTGTTGACTGCGGTGGAGGATCCACAACCATTTCACCGGTGC 660
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 600 GGCGCGCTACTTCTTTGGTTGTTGACTGCGGTGGAGGATCCACAACTATTTCACCTGTGC 659
Query 661 ATGATGGTTATGTTCTTCAGAAGGCTGTTGTATCGTCTCCACTTGGAGGGGAATTTCTCA 720
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATGATGGTTATGTTCTTCAAAAGGCTGTTGTATCATCTCCACTTGGAGGGGAATTTCTCA 719
Query 721 CTGACTGCCTACTGAAAAGCTTGGAGAGTAAAGGAATTAAAATAAGACCTAGATACTCTT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CTGACTGCCTACTGAAAAGCTTGGAGAGTAAAGGAATTAAAATAAGACCTAGATACTCTT 779
Query 781 TCAAGAGGAAGGAAGTACGAGCAGGGGAATTCCAGGTTGAAGATGTGGATATTCCTGACA 840
||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 780 TCAAGAGAAAGGAAATACGAGCAGGGGAATTCCAGGTTGAAGATGTGGATATTCCGGACA 839
Query 841 CCACGGAAAGCTACAAACTCTTCTGCCAGAGGATGATAGTGGGTGATATCAAGGATTCCA 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 840 CCACGGAAAGCTACAAACTCTTCTGCCAGAGGATGATAGTGGGTGATATCAAGGATTCTA 899
Query 901 TTTGTCGAGTTCCTGATACTCCCTATGACGATAAATCATATTCAAACATCCCTACTACGT 960
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 900 TTTGTCGAGTTCCTGATACTCCCTATGATGATAAATCATATTCAAACATCCCAACTACGT 959
Query 961 CGTACGAGCTTCCTGATGGCCAGACGCTCGAGATTGGTGCTGATAGGTTCAAAGTTCCTG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CGTACGAGCTTCCTGATGGCCAGACGCTCGAGATTGGTGCTGATAGGTTCAAAGTTCCTG 1019
Query 1021 ATGTGATGTTCAACCCGTCCATAGTCCAGACGATTCCTGGAATGGAGAAGTATGCTGAGA 1080
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1020 ATGTGATGTTCAACCCATCCATAGTCCAGACGATTCCTGGAATGGAGAAGTATGCTGATA 1079
Query 1081 TGATTCCTTCCGTTCGTGGGTTACCACACATGGTCATGGAGAGCATCAACAAATGTGATG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGATTCCTTCCGTTCGTGGGTTACCACACATGGTCATGGAGAGCATCAACAAATGTGATG 1139
Query 1141 TAGACATCCGGAGAGAGTTGTATAGTAGCATACTGCTTGCTGGTGGCACATCGTCAATGC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAGACATCCGGAGAGAGTTGTATAGTAGCATACTGCTTGCTGGTGGCACATCGTCAATGC 1199
Query 1201 AACAGCTGAAAGAACGTCTCGAAAAGGACTTGATCGAAGAGTCTCCTCACTCAGCTAGAG 1260
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1200 AACAATTGAAAGAACGTCTCGAAAAGGACTTGATCGAAGAGTCTCCTCACTCGGCTAGAG 1259
Query 1261 TTAAAGTGTTGGCAAGCGGTAACACAACAGAAAGAAGATTCAGTGTATGGATAGGAGGGA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTAAAGTGTTGGCAAGCGGTAACACAACAGAAAGAAGATTCAGTGTATGGATAGGAGGGA 1319
Query 1321 GTATATTGGCATCACTAGGCTCATTTCAACAGATGTGGTTCTCCAAGTCTGAGTATGAGG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTATATTGGCATCACTAGGCTCATTTCAACAGATGTGGTTCTCCAAGTCTGAGTATGAGG 1379
Query 1381 AACATGGAGCTTCCTACATTCAGAGAAAATGCCCTTAAAGCAG 1423
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AACATGGAGCTTCCTACATTCAGAGAAAATGCCCTTAAAGCAG 1422
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60982482245
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5