BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G18485.1 Length=3064 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg472068 jgi|Araly1|472068|fgenesh2_kg.1__2022__AT1G18485.1 3179 0.0 Ahg944101 jgi|Araly1|944101|scaffold_700330.1 63.9 7e-09 > Ahg472068 jgi|Araly1|472068|fgenesh2_kg.1__2022__AT1G18485.1 Length=2862 Score = 3179 bits (1721), Expect = 0.0 Identities = 1952/2065 (95%), Gaps = 9/2065 (0%) Strand=Plus/Plus Query 852 TGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACACTTGTTACTGTGTTGCCGGTTTGTGCAAG 911 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 804 TGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACAGTTGTTACTGTGTTGCCAGTTTGTGCAAG 863 Query 912 AGAAAGAGAAATAGGGTTGGGAAAAGGTGTTCATGGGTGGGCGGTGAAATTGAGGTTGGA 971 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 864 AGAAAGAGAAATAGGGGTGGGAAAAGGTGTTCATGGGTGGGCGGTGAAACTGAGTTTGGA 923 Query 972 CAAGGAACTAGTCCTTAACAATGCCTTAATGGACATGTACTCCAAATGCGGTTGCATTAC 1031 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 924 CAAGGAACTAGTCGTTAACAATGCCTTAATGGACATGTACTCTAAATGCGGTTGCATAAC 983 Query 1032 TAATGCACAAATGATCTTTAAGATGAACAATAACAAGAATGTGGTTTCTTGGAACACAAT 1091 | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 984 TGATGCACAAATGATCTTTAAGTTGAACAGTAACAAGAATGTGGTTTCTTGGAATACAAT 1043 Query 1092 GGTAGGAGGTTTTTCAGCAGAGGGTGATACACATGGGACGTTTGATGTTCTGAGACAGAT 1151 |||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1044 GGTAGGAGGTTTTTCAGCAGAGGGGGATATAAATGGGACGTTTGATCTTCTGAGACAGAT 1103 Query 1152 GCTGGCAGGAGGCGAAGATGTCAAAGCGGACGAGGTAACCATTCTAAATGCAGTGCCTGT 1211 |||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1104 GCTGGCAGAAAGTGAAGACGTCAAAGCGGACGAGGTAACCATTCTCAATGCAGTGCCAGT 1163 Query 1212 TTGTTTCCATGAATCATTCTTACCGAGTTTAAAGGAACTTCATTGTTACTCCTTAAAACA 1271 |||||| |||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1164 TTGTTTTGATGAATCAGTCTTACCGAGCTTGAAGGAACTTCATTGTTACTCCTTAAAACA 1223 Query 1272 AGAGTTTGTATACAATGAGTTAGTAGCCAATGCCTTTGTGGCTTCTTATGCAAAGTGTGG 1331 ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1224 AGAATTTGTATACGATGAGTTATTAGCCAATGCCTTTGTTGCTTCTTATGCAAAGTGTGG 1283 Query 1332 CTCACTGAGTTATGCCCAGCGTGTGTTTCATGGTATAAGGAGTAAAACAGTGAACTCTTG 1391 |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1284 CTCACTGAGTTATGCCCAGCGTGTTTTTCATGGAATAAGGAGTAAAACAGTGAACTCTTG 1343 Query 1392 GAATGCTTTGATTGGCGGCCATGCTCAGAGCAATGATCCGAGATTGTCCTTGGATGCTCA 1451 ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1344 GAATGCTTTGATTGGCGGCTATGCTCAGAGCAGTGATCCGAGATTGTCCTTGGATGCCCA 1403 Query 1452 TTTGCAGATGAAAATTTCTGGATTGCTACCTGATAGTTTTACTGTCTGTAGTCTTCTTTC 1511 |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || Sbjct 1404 TTTGCAGATGAAAAATTCTGGATTGCTACCTGATAATTTTACTGTCTGCAGTCTTCTCTC 1463 Query 1512 AGCTTGTTCTAAACTAAAATCCCTGCGGTTGGGAAAGGAAGTGCATGGGTTTATAATCCG 1571 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1464 AGCTTGTTCTAAACTAAAATCCCTGCGGTTGGGAAAGGAAGTGCATGGGTTTATAATCCG 1523 Query 1572 AAATTGGTTAGAAAGAGATTTGTTTGTTTATTTATCAGTACTCTCATTATACATTCATTG 1631 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1524 AAATTGGTTAGAAAGAGATTTGTTTGTTTATTTATCAGTACTCTCATTATACATTCATTG 1583 Query 1632 TGGGGAGCTATGCACTGTACAAGCATTATTTGATGCAATGGAAGATAAAAGCTTAGTATC 1691 ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1584 TGGGGAGCTATGCACTGTACAGGTATTATTTGATGCAATGGAAGATAAAAGCTTAGTATC 1643 Query 1692 TTGGAATACTGTAATCACCGGTTACCTTCAGAATGGATTTCCTGATAGAGCTTTGGGCGT 1751 |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 1644 TTGGAATACTGTAATCACTGGACACCTTCAGAATGGATTTCCTGAGAGAGCTTTGGGTTT 1703 Query 1752 CTTTAGACAAATGGTTTTGTATGGAATCCAGCTTTGTGGGATTTCTATGATGCCTGTGTT 1811 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1704 GTTTAGACAAATGGTTTTGTATGGAATCCAGCCTTGTGGGATTTCTATGATGACTGTGTT 1763 Query 1812 TGGTGCGTGTTCGCTGCTACCTTCTCTTCGACTGGGGAGAGAAGCGCATGCTTATGCTTT 1871 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1764 CGGTGCGTGTTCGCTGCTACCTTCTCTTCGACTGGGGAGAGAAGCGCATGCTTACGCTTT 1823 Query 1872 GAAGCACCTCCTGGAGGACGATGCGTTTATTGCATGTTCTTTAATTGATATGTATGCCAA 1931 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1824 GAAGCACCTCCTGGAGGACAATGCGTTTATTGCATGTTCTATAATTGATATGTATGCCAA 1883 Query 1932 GAATGGTTCTATAACACAATCATCTAAGGTTTTCAATGGCTTGAAGGAGAAAAGCACGGC 1991 ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | || Sbjct 1884 GAATGGTGCTATAACGCAATCATCTAAGGTTTTTAACGGCTTGAAGGAGAAAAGTGCAGC 1943 Query 1992 ATCTTGGAATGCCATGATAATGGGATATGGAATACATGGCCTAGCAAAAGAGGCTATAAA 2051 || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| || Sbjct 1944 GTCATGGAATGCCATGATAATGGGATATGGAATGCATGGGCGAGCAAAAGAGGCTATCAA 2003 Query 2052 ACTCTTTGAAGAGATGCAAAGAACAGGTCATAACCCTGATGACCTAACTTTCTTAGGTGT 2111 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2004 ACTCTTTGAAGAGATGCAAAGAACAGGTCGTAACCCTGATGACTTAACTTTCTTAGGTGT 2063 Query 2112 TCTAACGGCTTGCAACCATAGTGGTCTGATCCATGAAGGGCTGAGATATCTGGATCAAAT 2171 |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2064 TCTAACGGCTTGCAACCACAGTGGTCTGCTCCATGAAGGGCTGAGATATCTGGATCAGAT 2123 Query 2172 GAAGTCTTCTTTTGGGCTAAAGCCAAATTTAAAGCATTATGCTTGTGTCATTGACATGTT 2231 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | Sbjct 2124 GAAGTCTTCCTTTGGGCTAAAGCCAAATTTAAAGCATTACGCTTGTGTCATTGACATGCT 2183 Query 2232 AGGCCGAGCTGGGCAACTAGACAAGGCTCTAAGGGTTGTTGCAGAAGAGATGTCTGAGGA 2291 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||||| Sbjct 2184 AGGCCGAGCTGGGCAACTAGACAATGCTCTAAGGGTTGCTGCAGA-GA--TGTCTGAGGA 2240 Query 2292 AGCTGACGTTGGAATTTGGAAGTCTCTGCTCAGCTCATGCAGAATCCATCAAAATCTGGA 2351 | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2241 ACCTGACGTTGGAATTTGGAATTCTCTGCTCAGCTGGTGCAGAATCCATCAAAATCTGGA 2300 Query 2352 AATGGGAGAGAAAGTTGCTGCTAAGTTATTCGAATTAGAACCAGAAAAGCCTGAGAATTA 2411 |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2301 AATGGGAGAGAAAGTTGCTGCTAAGTTATTTGTATTAGAACCAGAAAAGCCTGAGAATTA 2360 Query 2412 TGTTCTGCTTTCCAACTTATATGCAGGATTGGGGAAATGGGAAGACGTGAGAAAAGTGAG 2471 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| Sbjct 2361 TGTTCTGCTTTCCAACTTATATGCAGGATTGGGGAAATGGGATGATGTGAGACAAGTGAG 2420 Query 2472 ACAGAGAATGAACGAGATGAGTTTACGAAAGGATGCTGGATGCTCTTGGATCGAACTAAA 2531 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2421 GCAGAGAATGAAGGAGATGAGTTTACGAAAGGATGCTGGATGCTCTTGGATCGAACTAAA 2480 Query 2532 CAGGAA-GGTATTTAGCTTTGTTGTCGGTGAAAGATTCTTAGATGGTTTTGAGGAAATCA 2590 | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2481 C-GGAAAGGTTTTTAGCTTTGTTGTCGGTGAAAGATTCTTAGATGGTTTTGAGGAAATCA 2539 Query 2591 AAAGTCTTTGGAGTATATTGGAGATGAAGATATCGAAGATGGGATACAGACCAGACACAA 2650 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2540 AAAGTCTTTGGAGTATATTGGAGATGAAGATATGGAAGATGGGATACAGACCAGACACAA 2599 Query 2651 TGT-CAGTACAACATGATCTAAGTGAAGAGGAGAAGATTGAACAGTTAAGGGGACACAGC 2709 || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2600 -GTTCAGTACAACATGATCTAAGTGAAGAAGAGAAGGTTGAACAGTTAAGGGGACACAGC 2658 Query 2710 GAGAAGCTTGCCCTTACCTACGGGTTGATTAAAACTTCAGAAGGAACAACTATTAGAGTT 2769 |||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2659 GAGAAGCTTGCCATTACCTATGGATTGATCAAAACTTCAGAAGGAACAACTCTTAGAGTT 2718 Query 2770 TACAAGAACCTAAGGATCTGTGTGGACTGTCACAATGCAGCAAAGTTGATCTCCAAGGTC 2829 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 2719 TACAAGAACTTAAGGATCTGTGTGGACTGTCACAATGCAGCGAAGTTGATCTCCAAAGTC 2778 Query 2830 ATGGAAAGGGAAATAGTTGTGAGGGACAACAAAAGGTTTCATCATTTCAAGAATGGGGTT 2889 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| Sbjct 2779 ATGGAAAGGGAAATAGTTGTGAGAGACAACAAAAGATTTCATCATTTCAATAA-GGGGTT 2837 Query 2890 T-GTTCTTGTGGAGATTACTGGTAA 2913 | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2838 TTGTTCTTGTGGAGATTACTGGTAA 2862 Score = 1197 bits (648), Expect = 0.0 Identities = 752/803 (94%), Gaps = 4/803 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCTTCTGTTTTGCTTCCATTGCCACAAGTATTTGTTTTGTTTGATTATCGCAGGAGC 60 |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1 ATGGCTTCTGTTCTGCTTCCATTGCCACAATTATCCGTTTTGTTTGATTATCGCCGGAGC 60 Query 61 CGTAAAGAGTCAAGCTTTCCCCGCGCCGTCTACAATTCCAATTCCATTTCTTCTAATTCA 120 ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 61 CGTAAAGAGTCGAGCTTTCCTCGCGCCGACTACAATTCCAACGCCATTTCTTCTAATTCG 120 Query 121 ACCAATGCCAATCATTTCCTTCGCCGGATTTCTAACTTCTGTGAAACCGGAGACCTCGAC 180 ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ACCAACGCCAATCATTTCCTTCGTCGGATTTCTAACTTCTGTGAAACCGGAGACCTCGAC 180 Query 181 AAGTCCTTTCGAACTGTCCAAGAATTCGTTGGCGATGACGAGAGCTCGTCCGATGCGTTT 240 |||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AAGTCCTTTCGAGTTGTCCAGGAATTCGCTGGTGATGACGAGAGCTCGTCCGATGCGTTT 240 Query 241 CTTCTTGTCCGAGAAGCTCTTGGGCTTCTCTTACAAGCTTCTGGGAAGAGAAAAGACATT 300 |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CTTCTTGTCCGAGAAGCTCTCGGGATTCTCTTACAAGCTTCTGGGAAGAGAAAAGACATT 300 Query 301 GAAATGGGAAGAAAGATCCACCAGCTGGTTTCTGGGTCGACCCGGTTAAGGAATGATGAC 360 |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 301 GAAATGGGGAGAAAGATCCACCATTTGGTTTCTGGGTCGACCCGGTTAAGGAATGACGAC 360 Query 361 GTTCTCTGTACTCGTATTATCACCATGTACGCTATGTGTGGCTCTCCTGATGATTCTCGG 420 |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GTTCTCTGCACCCGTATTATCACCATGTACGCTATGTGTGGCTCTCCTGATGATTCTCG- 419 Query 421 TT-TG-TGTTTGATGCCTTGCGGAGTAAGAATCTCTTCCAGTGGAATGCTGTTATCAGCT 478 || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 420 TTCTGCT-TTTGATGCCTTGCGGAGTAAGAATCTCTTCCAGTGGAATGCTGTGATCAGCT 478 Query 479 CTTACTCAAGAAACGAGCTTTACGATGAAGTATTAGAGACGTTTATCGAGATGATCTCAA 538 ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 479 CTTACTCAAGAAACGAGCTTTACCATGAAGTGTTAGAGATGTTTATCAAGATGATCTCAA 538 Query 539 CGACTGATCTTTTACCGGATCATTTCACTTATCCATGTGTGATTAAGGCTTGTGCTGGGA 598 |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 AGACTCATCTTTTACCGGATAATTTCACTTTTCCATGTGTGATTAAGGCTTGTGCTGGGA 598 Query 599 TGTCTGATGTTGGGATCGGGCTTGCGGTTCATGGGTTGGTGGTGAAGACCGGATTGGTGG 658 | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 599 TTTCTGATGTTGGGATTGGGCTTGCGGTTCATGGGTCGGTGGTGAAGACAGGATTGGTGG 658 Query 659 AAGATGTTTTTGTGGGTAATGCATTGGTGTCTTTCTATGGAACTCATGGTTTTGTTACTG 718 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| Sbjct 659 AAGATGTTTTTGTGGGTAACGCATTGGTGTCTTTCTATGGAACACATGGTTTTGTTTCTG 718 Query 719 ATGCCTTGCAACTGTTCGATATAATGCCTGAGAGAAATTTGGTTTCCTGGAACTCCATGA 778 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 719 ATGCCTTGAAACTGTTCGATATAATGCCTGAGAGAAACTTGGTTTCCTGGAACTCAATGA 778 Query 779 TTCGAGTGTTCTCGGATAATGGT 801 |||||||||| || ||||||||| Sbjct 779 TTCGAGTGTTATCTGATAATGGT 801 > Ahg944101 jgi|Araly1|944101|scaffold_700330.1 Length=382 Score = 63.9 bits (34), Expect = 7e-09 Identities = 39/41 (95%), Gaps = 1/41 (2%) Strand=Plus/Plus Query 843 GGA-AAATGGTGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACA 882 ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 307 GGAGAAATGATGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACA 347 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 115718164310 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5