BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G18485.1
Length=3064
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472068 jgi|Araly1|472068|fgenesh2_kg.1__2022__AT1G18485.1 3179 0.0
Ahg944101 jgi|Araly1|944101|scaffold_700330.1 63.9 7e-09
> Ahg472068 jgi|Araly1|472068|fgenesh2_kg.1__2022__AT1G18485.1
Length=2862
Score = 3179 bits (1721), Expect = 0.0
Identities = 1952/2065 (95%), Gaps = 9/2065 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 852 TGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACACTTGTTACTGTGTTGCCGGTTTGTGCAAG 911
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 804 TGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACAGTTGTTACTGTGTTGCCAGTTTGTGCAAG 863
Query 912 AGAAAGAGAAATAGGGTTGGGAAAAGGTGTTCATGGGTGGGCGGTGAAATTGAGGTTGGA 971
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 864 AGAAAGAGAAATAGGGGTGGGAAAAGGTGTTCATGGGTGGGCGGTGAAACTGAGTTTGGA 923
Query 972 CAAGGAACTAGTCCTTAACAATGCCTTAATGGACATGTACTCCAAATGCGGTTGCATTAC 1031
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 924 CAAGGAACTAGTCGTTAACAATGCCTTAATGGACATGTACTCTAAATGCGGTTGCATAAC 983
Query 1032 TAATGCACAAATGATCTTTAAGATGAACAATAACAAGAATGTGGTTTCTTGGAACACAAT 1091
| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 984 TGATGCACAAATGATCTTTAAGTTGAACAGTAACAAGAATGTGGTTTCTTGGAATACAAT 1043
Query 1092 GGTAGGAGGTTTTTCAGCAGAGGGTGATACACATGGGACGTTTGATGTTCTGAGACAGAT 1151
|||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1044 GGTAGGAGGTTTTTCAGCAGAGGGGGATATAAATGGGACGTTTGATCTTCTGAGACAGAT 1103
Query 1152 GCTGGCAGGAGGCGAAGATGTCAAAGCGGACGAGGTAACCATTCTAAATGCAGTGCCTGT 1211
|||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1104 GCTGGCAGAAAGTGAAGACGTCAAAGCGGACGAGGTAACCATTCTCAATGCAGTGCCAGT 1163
Query 1212 TTGTTTCCATGAATCATTCTTACCGAGTTTAAAGGAACTTCATTGTTACTCCTTAAAACA 1271
|||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 TTGTTTTGATGAATCAGTCTTACCGAGCTTGAAGGAACTTCATTGTTACTCCTTAAAACA 1223
Query 1272 AGAGTTTGTATACAATGAGTTAGTAGCCAATGCCTTTGTGGCTTCTTATGCAAAGTGTGG 1331
||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 AGAATTTGTATACGATGAGTTATTAGCCAATGCCTTTGTTGCTTCTTATGCAAAGTGTGG 1283
Query 1332 CTCACTGAGTTATGCCCAGCGTGTGTTTCATGGTATAAGGAGTAAAACAGTGAACTCTTG 1391
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 CTCACTGAGTTATGCCCAGCGTGTTTTTCATGGAATAAGGAGTAAAACAGTGAACTCTTG 1343
Query 1392 GAATGCTTTGATTGGCGGCCATGCTCAGAGCAATGATCCGAGATTGTCCTTGGATGCTCA 1451
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1344 GAATGCTTTGATTGGCGGCTATGCTCAGAGCAGTGATCCGAGATTGTCCTTGGATGCCCA 1403
Query 1452 TTTGCAGATGAAAATTTCTGGATTGCTACCTGATAGTTTTACTGTCTGTAGTCTTCTTTC 1511
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1404 TTTGCAGATGAAAAATTCTGGATTGCTACCTGATAATTTTACTGTCTGCAGTCTTCTCTC 1463
Query 1512 AGCTTGTTCTAAACTAAAATCCCTGCGGTTGGGAAAGGAAGTGCATGGGTTTATAATCCG 1571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 AGCTTGTTCTAAACTAAAATCCCTGCGGTTGGGAAAGGAAGTGCATGGGTTTATAATCCG 1523
Query 1572 AAATTGGTTAGAAAGAGATTTGTTTGTTTATTTATCAGTACTCTCATTATACATTCATTG 1631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 AAATTGGTTAGAAAGAGATTTGTTTGTTTATTTATCAGTACTCTCATTATACATTCATTG 1583
Query 1632 TGGGGAGCTATGCACTGTACAAGCATTATTTGATGCAATGGAAGATAAAAGCTTAGTATC 1691
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 TGGGGAGCTATGCACTGTACAGGTATTATTTGATGCAATGGAAGATAAAAGCTTAGTATC 1643
Query 1692 TTGGAATACTGTAATCACCGGTTACCTTCAGAATGGATTTCCTGATAGAGCTTTGGGCGT 1751
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1644 TTGGAATACTGTAATCACTGGACACCTTCAGAATGGATTTCCTGAGAGAGCTTTGGGTTT 1703
Query 1752 CTTTAGACAAATGGTTTTGTATGGAATCCAGCTTTGTGGGATTTCTATGATGCCTGTGTT 1811
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1704 GTTTAGACAAATGGTTTTGTATGGAATCCAGCCTTGTGGGATTTCTATGATGACTGTGTT 1763
Query 1812 TGGTGCGTGTTCGCTGCTACCTTCTCTTCGACTGGGGAGAGAAGCGCATGCTTATGCTTT 1871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1764 CGGTGCGTGTTCGCTGCTACCTTCTCTTCGACTGGGGAGAGAAGCGCATGCTTACGCTTT 1823
Query 1872 GAAGCACCTCCTGGAGGACGATGCGTTTATTGCATGTTCTTTAATTGATATGTATGCCAA 1931
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1824 GAAGCACCTCCTGGAGGACAATGCGTTTATTGCATGTTCTATAATTGATATGTATGCCAA 1883
Query 1932 GAATGGTTCTATAACACAATCATCTAAGGTTTTCAATGGCTTGAAGGAGAAAAGCACGGC 1991
||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1884 GAATGGTGCTATAACGCAATCATCTAAGGTTTTTAACGGCTTGAAGGAGAAAAGTGCAGC 1943
Query 1992 ATCTTGGAATGCCATGATAATGGGATATGGAATACATGGCCTAGCAAAAGAGGCTATAAA 2051
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 1944 GTCATGGAATGCCATGATAATGGGATATGGAATGCATGGGCGAGCAAAAGAGGCTATCAA 2003
Query 2052 ACTCTTTGAAGAGATGCAAAGAACAGGTCATAACCCTGATGACCTAACTTTCTTAGGTGT 2111
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2004 ACTCTTTGAAGAGATGCAAAGAACAGGTCGTAACCCTGATGACTTAACTTTCTTAGGTGT 2063
Query 2112 TCTAACGGCTTGCAACCATAGTGGTCTGATCCATGAAGGGCTGAGATATCTGGATCAAAT 2171
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2064 TCTAACGGCTTGCAACCACAGTGGTCTGCTCCATGAAGGGCTGAGATATCTGGATCAGAT 2123
Query 2172 GAAGTCTTCTTTTGGGCTAAAGCCAAATTTAAAGCATTATGCTTGTGTCATTGACATGTT 2231
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 2124 GAAGTCTTCCTTTGGGCTAAAGCCAAATTTAAAGCATTACGCTTGTGTCATTGACATGCT 2183
Query 2232 AGGCCGAGCTGGGCAACTAGACAAGGCTCTAAGGGTTGTTGCAGAAGAGATGTCTGAGGA 2291
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||
Sbjct 2184 AGGCCGAGCTGGGCAACTAGACAATGCTCTAAGGGTTGCTGCAGA-GA--TGTCTGAGGA 2240
Query 2292 AGCTGACGTTGGAATTTGGAAGTCTCTGCTCAGCTCATGCAGAATCCATCAAAATCTGGA 2351
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2241 ACCTGACGTTGGAATTTGGAATTCTCTGCTCAGCTGGTGCAGAATCCATCAAAATCTGGA 2300
Query 2352 AATGGGAGAGAAAGTTGCTGCTAAGTTATTCGAATTAGAACCAGAAAAGCCTGAGAATTA 2411
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2301 AATGGGAGAGAAAGTTGCTGCTAAGTTATTTGTATTAGAACCAGAAAAGCCTGAGAATTA 2360
Query 2412 TGTTCTGCTTTCCAACTTATATGCAGGATTGGGGAAATGGGAAGACGTGAGAAAAGTGAG 2471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||
Sbjct 2361 TGTTCTGCTTTCCAACTTATATGCAGGATTGGGGAAATGGGATGATGTGAGACAAGTGAG 2420
Query 2472 ACAGAGAATGAACGAGATGAGTTTACGAAAGGATGCTGGATGCTCTTGGATCGAACTAAA 2531
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 GCAGAGAATGAAGGAGATGAGTTTACGAAAGGATGCTGGATGCTCTTGGATCGAACTAAA 2480
Query 2532 CAGGAA-GGTATTTAGCTTTGTTGTCGGTGAAAGATTCTTAGATGGTTTTGAGGAAATCA 2590
| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2481 C-GGAAAGGTTTTTAGCTTTGTTGTCGGTGAAAGATTCTTAGATGGTTTTGAGGAAATCA 2539
Query 2591 AAAGTCTTTGGAGTATATTGGAGATGAAGATATCGAAGATGGGATACAGACCAGACACAA 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2540 AAAGTCTTTGGAGTATATTGGAGATGAAGATATGGAAGATGGGATACAGACCAGACACAA 2599
Query 2651 TGT-CAGTACAACATGATCTAAGTGAAGAGGAGAAGATTGAACAGTTAAGGGGACACAGC 2709
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2600 -GTTCAGTACAACATGATCTAAGTGAAGAAGAGAAGGTTGAACAGTTAAGGGGACACAGC 2658
Query 2710 GAGAAGCTTGCCCTTACCTACGGGTTGATTAAAACTTCAGAAGGAACAACTATTAGAGTT 2769
|||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2659 GAGAAGCTTGCCATTACCTATGGATTGATCAAAACTTCAGAAGGAACAACTCTTAGAGTT 2718
Query 2770 TACAAGAACCTAAGGATCTGTGTGGACTGTCACAATGCAGCAAAGTTGATCTCCAAGGTC 2829
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2719 TACAAGAACTTAAGGATCTGTGTGGACTGTCACAATGCAGCGAAGTTGATCTCCAAAGTC 2778
Query 2830 ATGGAAAGGGAAATAGTTGTGAGGGACAACAAAAGGTTTCATCATTTCAAGAATGGGGTT 2889
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2779 ATGGAAAGGGAAATAGTTGTGAGAGACAACAAAAGATTTCATCATTTCAATAA-GGGGTT 2837
Query 2890 T-GTTCTTGTGGAGATTACTGGTAA 2913
| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2838 TTGTTCTTGTGGAGATTACTGGTAA 2862
Score = 1197 bits (648), Expect = 0.0
Identities = 752/803 (94%), Gaps = 4/803 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTCTGTTTTGCTTCCATTGCCACAAGTATTTGTTTTGTTTGATTATCGCAGGAGC 60
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGGCTTCTGTTCTGCTTCCATTGCCACAATTATCCGTTTTGTTTGATTATCGCCGGAGC 60
Query 61 CGTAAAGAGTCAAGCTTTCCCCGCGCCGTCTACAATTCCAATTCCATTTCTTCTAATTCA 120
||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 CGTAAAGAGTCGAGCTTTCCTCGCGCCGACTACAATTCCAACGCCATTTCTTCTAATTCG 120
Query 121 ACCAATGCCAATCATTTCCTTCGCCGGATTTCTAACTTCTGTGAAACCGGAGACCTCGAC 180
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCAACGCCAATCATTTCCTTCGTCGGATTTCTAACTTCTGTGAAACCGGAGACCTCGAC 180
Query 181 AAGTCCTTTCGAACTGTCCAAGAATTCGTTGGCGATGACGAGAGCTCGTCCGATGCGTTT 240
|||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAGTCCTTTCGAGTTGTCCAGGAATTCGCTGGTGATGACGAGAGCTCGTCCGATGCGTTT 240
Query 241 CTTCTTGTCCGAGAAGCTCTTGGGCTTCTCTTACAAGCTTCTGGGAAGAGAAAAGACATT 300
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTCTTGTCCGAGAAGCTCTCGGGATTCTCTTACAAGCTTCTGGGAAGAGAAAAGACATT 300
Query 301 GAAATGGGAAGAAAGATCCACCAGCTGGTTTCTGGGTCGACCCGGTTAAGGAATGATGAC 360
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 GAAATGGGGAGAAAGATCCACCATTTGGTTTCTGGGTCGACCCGGTTAAGGAATGACGAC 360
Query 361 GTTCTCTGTACTCGTATTATCACCATGTACGCTATGTGTGGCTCTCCTGATGATTCTCGG 420
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTCTCTGCACCCGTATTATCACCATGTACGCTATGTGTGGCTCTCCTGATGATTCTCG- 419
Query 421 TT-TG-TGTTTGATGCCTTGCGGAGTAAGAATCTCTTCCAGTGGAATGCTGTTATCAGCT 478
|| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 420 TTCTGCT-TTTGATGCCTTGCGGAGTAAGAATCTCTTCCAGTGGAATGCTGTGATCAGCT 478
Query 479 CTTACTCAAGAAACGAGCTTTACGATGAAGTATTAGAGACGTTTATCGAGATGATCTCAA 538
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 479 CTTACTCAAGAAACGAGCTTTACCATGAAGTGTTAGAGATGTTTATCAAGATGATCTCAA 538
Query 539 CGACTGATCTTTTACCGGATCATTTCACTTATCCATGTGTGATTAAGGCTTGTGCTGGGA 598
|||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AGACTCATCTTTTACCGGATAATTTCACTTTTCCATGTGTGATTAAGGCTTGTGCTGGGA 598
Query 599 TGTCTGATGTTGGGATCGGGCTTGCGGTTCATGGGTTGGTGGTGAAGACCGGATTGGTGG 658
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 599 TTTCTGATGTTGGGATTGGGCTTGCGGTTCATGGGTCGGTGGTGAAGACAGGATTGGTGG 658
Query 659 AAGATGTTTTTGTGGGTAATGCATTGGTGTCTTTCTATGGAACTCATGGTTTTGTTACTG 718
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 659 AAGATGTTTTTGTGGGTAACGCATTGGTGTCTTTCTATGGAACACATGGTTTTGTTTCTG 718
Query 719 ATGCCTTGCAACTGTTCGATATAATGCCTGAGAGAAATTTGGTTTCCTGGAACTCCATGA 778
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 719 ATGCCTTGAAACTGTTCGATATAATGCCTGAGAGAAACTTGGTTTCCTGGAACTCAATGA 778
Query 779 TTCGAGTGTTCTCGGATAATGGT 801
|||||||||| || |||||||||
Sbjct 779 TTCGAGTGTTATCTGATAATGGT 801
> Ahg944101 jgi|Araly1|944101|scaffold_700330.1
Length=382
Score = 63.9 bits (34), Expect = 7e-09
Identities = 39/41 (95%), Gaps = 1/41 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 843 GGA-AAATGGTGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACA 882
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 GGAGAAATGATGATGGTGCGTTTATGCCGGATGTTGCTACA 347
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115718164310
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5