BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G18700.4
Length=2387
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472093 jgi|Araly1|472093|fgenesh2_kg.1__2047__AT1G18700.1 3275 0.0
> Ahg472093 jgi|Araly1|472093|fgenesh2_kg.1__2047__AT1G18700.1
Length=2297
Score = 3275 bits (1773), Expect = 0.0
Identities = 1934/2012 (96%), Gaps = 9/2012 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 298 GTTTTGGGTGTAAAGATGTACAGCTCAGTGGATGACGTGAAAGATGCGTATC-AGACTGT 356
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 184 GTTTTGGGTGTGAAGATGTACAGTTCAGTGGATGACGTGAAAGATGCGTA-CGAGACTAT 242
Query 357 TGCTTCTAAGTGGGATTCGGGTTCAGGAGTTTCTCTTCCAGCTGATTTTGTTAAGATACA 416
|||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 243 TGCTTCTAAGTGGGATTCAGATTCAGGAGATTCTCTTCCAGCTGATTTTATTAAGATACA 302
Query 417 ATACGCCTATGAGCTGTTAACAAATCTAGTATGGAAAAGGGACTATGACTTATACGCCAT 476
|||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 303 ATACGCATATGAGCTGTTGACAAATATAGTATGGAAAAGGGACTATGACCTATACGGCAT 362
Query 477 TGATGAATCAGTACATATTATAGAGGAACTTGAAAAACAATATGCTGTGGAAGATTTTGC 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 TGATGAATCAGTACATATTATAGAGGAACTTGAAAAACAATATGCTGTGGAAGATTTTGC 422
Query 537 AAAAATAAAACTTCCCCTACTGGAAGTTGTTTCTTATGAGCCTGAACGTGAAGGTTTTAT 596
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 GAAAATAAAACTTCCCCTGCTGGAAGTTGTTTCTTATGAGCCTGAACGTGAAGGTTTTAT 482
Query 597 GTCAATAACATCTCAAGACTTTGCGTCCAAGTTCCAAGATTCTAAGCCATGGCTCATTCA 656
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 GTCAATTACGTCTCAAGACTTTGCGTCCAAGTTCCAAGATTCTAAGCCATGGCTCATTCA 542
Query 657 GGTGTATTCTTCTGGTAGCAACAGCTCTGCCCAGTTCGCTACGGTTTGGAGAAGGATT-- 714
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 543 GGTGTATTCTTCTGGTAGCAAAAGCTCTGCCCATTTCACTACGGCTTGGAGAAGGATTGC 602
Query 715 -GTTGCTTTGTTGGATGGGGTTGCTAACCATGCGATGTTAGAGCTTGGCGATGTTCAACT 773
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 AGTTGCTTTGTTGGATGGGGTTGCTAACCATGCGATGTTAGAGCTTGGCGATGTTCAACT 662
Query 774 TGTGACCTACCTTGCTGAGAAAAAACCAACAGGACAAGTATTTTTCAGAAAAGGCCTTCC 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 663 TGTGACCTACCTTGCTGAGAAAAAACCAACAGGACAAGTATTTTTTAGAAAAGGCCTTCC 722
Query 834 TTCAATCTTCTCTTTCCCCCCAAATTGTAAAACCGCAGACTGCCTCATCAGGTTTGAAGG 893
||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 TTCAATCCTCTCTTTCCCCCCGAATTGCAAAACCGCAGACTGCCTCATCAGGTTTGAAGG 782
Query 894 AGAGCTGTCAGCAGATGCAATTACCGATTGGTTCGCGACCACTGTACTGGGTTTACCTAG 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 AGAGCTGTCAGCAGATGCAATTACCGATTGGTTCGCGACCACTGTACTGGGTTTACCTAG 842
Query 954 AGTATTCTATCACACAAAAGAAACACTGGTATCTAAGTTCCTCTCCAAAGTTCCACCTAA 1013
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 843 AGTATTCTATCACACAAAAGAAACACTGGTACCCAAGTTCCTCTCCAAAGTACCACCTAA 902
Query 1014 TAAGGTGAAAGTCATTTTATTCTCACAAACAGGAGAGCGAGCTACTCCTATTGTTCGCCA 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 TAAGGTGAAAGTCATTTTATTCTCACAAACAGGAGAGCGAGCTACTCCTATTGTTCGCCA 962
Query 1074 GGCTGCCAAAGATTATTGGAATTTTGCCTCTCTATCTCACGTGCTTTGGAGAGAAGAGGA 1133
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 AGCTGCAAAAGATTATTGGAATTTTGCTTCTCTATCTCACGTGCTTTGGAGAGAAGAGGA 1022
Query 1134 TGCATCTTTCTGGTGGAATGCGTTGGAGGTAGAATCTGCACCTGCCATTGTGATTATGAA 1193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TGCATCTTTCTGGTGGAATGCGTTGGAGGTAGAATCTGCACCTGCCATTGTGATTATGAA 1082
Query 1194 GGATCCTGGTTCAAAACCTGTTGTTTATCATGGATCTGGCAACCGTACATGGTTCCTGGA 1253
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 GGATCCGGGTTCAAAACCTGTTGTTTATCATGGATCTGGCAACCGTACATGGTTCCTGGA 1142
Query 1254 CATTTTGGAGCAGAACAAGCAATTACTGCTTCCTCAACTAAGAAGCACAACATCAATGGA 1313
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 CATTTTGGAGCAGAACAAGCAATTACAGCTTCCTCAACTAAGAAGCACAACATCAATGGA 1202
Query 1314 ACTTGGTTGTGATGCACGGGGATACTCTCGAGCTGGTTATGATAAAGTGACGTGGTACTG 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1203 ACTTGGTTGTGATGCACGGGGATACTCTCGAGCTGGTTATGATAAAGCGACGTGGTACTG 1262
Query 1374 TGCCATCCTTGTTGGAAGACAAAGCGTTGAACTCAATAAGATGAGGGAAACCATGTGCAG 1433
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 TGCCATCCTTGTTGGAAGACAAAGCGTGGAACTCAATAAGATGAGGGAAACCATGTGCAG 1322
Query 1434 GGTACAAGATGCTTTGTCAAAGTATGACGATTCAGATGACGCTTCCAAGGATCCATCAAT 1493
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1323 GGTACAAGATGCTTTGTCAAAGTATGATGAATCAGATGAGGCTTCCAAGGATCCATTAAT 1382
Query 1494 AACGCCAGCAGCTTCTGCACACAAAAGCAAGCGACTCTCATTTGCGTGGCTCGACGGAGA 1553
||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1383 AACTCCAGCAGCTTCTGCACACAAAACCAAGCGACTATCATTTGCGTGGCTTGACGGAGA 1442
Query 1554 AGCGCAGAATAAATACTGTTTCTTCTATGTTCAATCGGAAACCAGCTATGACACGTGTGG 1613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 AGCGCAGAATAAATACTGTTTCTTCTATGTTCAATCGGAAACCAGCTATGACACGTGTGG 1502
Query 1614 AACTAGGAGGGCACCGATTGATGTCCCTAGGATATTGATCGTTCGGTACCATAGAAATGC 1673
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 AACTAGGAGGGCACCAATTGATGTGCCTAGGATATTGATCGTTCGGTACCATAGAAATGC 1562
Query 1674 TACAGAAACTGCTAATGCAGAGCAAAAATCAAGTAAATGGCCCAAAACTGTATGGCAATC 1733
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 TACAGAAACTGCTAATGTAGAGCAGAAATCAAGTAAATGGCCCAAAACTGTATGGCAATC 1622
Query 1734 TGAAGCTGACGATGTTGATCCTGCTGCACAGCTTGTTGTTAGTTATGACGGAACAGCTGA 1793
||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1623 TGAAGCTGATGATGTTGATCCCGCTGCACAACTTGTTGTTAGTTACGACGGACCAGCTGA 1682
Query 1794 AATTCCCCAGATCATTAAGTGGCTATCGAAAATGGTTGATGATGGTGACAACAGAAACCT 1853
|| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 AACTCCCGAGATCATCAAGTGGCTATCGAAAATGGTTGATGATGGTGACAACAGAAACCT 1742
Query 1854 ACCTTTCTATAGAGCTAAAACTCCAGAACTTGTTCCAGAAAGCGCTGAACCGATGAGATC 1913
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1743 ACCTTTCTATAGAGCTAAAACTCCAGAACTTGTTCCTGAAAGCGCTGAACCAATGAGATC 1802
Query 1914 AGGAGTCCCAAAGACCGTAAAAGCAACTCAGAAATTGTTGAGCTTATGGAACAGAATCAA 1973
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 AGGAGTCCCAAAAAGCGTAAAAGCAACTCAGAAATTGTTGAGCTTATGGAACAGAATCAA 1862
Query 1974 AGACTACCTAGCTGATCCAAGAATGGGGCCTACATTGCTTCTAGGAGCGTTGTTATCTGC 2033
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1863 AGACTACCTAGCTGATCCAAGAATGGGACCTACATTGCTTCTAGGAGCTTTGTTATCTGC 1922
Query 2034 AGGCAATGTTTGGTGGATGAGAAGCCGATCATCAACACAACAACCTGCTCAGACAAATCA 2093
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 AGGCAATGTTTGGTGGATGAGAAGCCGATCATCAACACTACAACCTGCTCAGACAAATCA 1982
Query 2094 GCCATCACCAAATCAACCAGCCGATAACGTggaggagaagaagaagaaagagagaaagag 2153
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 GCCATCACCAAATCAACCAGATGATAACGTGGAGGAGAATAAGAAGAAAGAGAGAAAGAG 2042
Query 2154 agaacaacgaaggaggaatgcaaaggaagaagaggTTCCTGCTTCGATCACTGATAACGA 2213
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2043 AGAACAACGAAGAAGGAATGCAAAGGAAAAAGAGGTTCCTGCTTCAATCACTGATAACGA 2102
Query 2214 ACCTAAAGATGCTGTCCAAATTCTGTCTTCAGGTTCCGATTCTGACTAATAT-ATTAAGC 2272
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2103 ACCTAAAGATGCTGTCCAAATTCTATCTTCAGGTTCCGATTCTGACTAATATTATTAACC 2162
Query 2273 CTTAGGATTCTTCTGAC-tttctt-ttttttt 2302
||||||||||||||||| ||| || |||||||
Sbjct 2163 CTTAGGATTCTTCTGACCTTT-TTGTTTTTTT 2193
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89931068445
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5