BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G18750.1
Length=1582
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472101 jgi|Araly1|472101|fgenesh2_kg.1__2055__AT1G18750.1 1919 0.0
> Ahg472101 jgi|Araly1|472101|fgenesh2_kg.1__2055__AT1G18750.1
Length=1152
Score = 1919 bits (1039), Expect = 0.0
Identities = 1126/1166 (97%), Gaps = 14/1166 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 413 ATGGGAAGGGTTAAGTTGAAGATTAAAAGACTTGAGAGCACAAGCAACAGGCAAGTTACA 472
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTAGGGTTAAGTTGAAGATTAAAAGACTTGAGAGCACAAGCAACAGGCAAGTTACA 60
Query 473 TACACGAAGAGAAAAAATGGGATTTTGAAGAAAGCCAAAGAGTTATCGATTTTGTGTGAT 532
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TACACGAAGAGAAAAAATGGGATATTGAAGAAAGCCAAAGAGTTATCGATTTTGTGTGAT 120
Query 533 ATTGATATTGTCCTTCTTATGTTTTCCCCTACCGGAAGAGCTACTGCTTTCCATGGAGAA 592
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATTGATATTGTCCTTCTTATGTTTTCTCCTACCGGAAGGGCTACTGCTTTCCATGGAGAA 180
Query 593 CACAGTTGCATTGAAGAGGTTATTTCCAAGTTTGCGCAATTAACTCCACAAGAAAGGACA 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CACAGTTGCATTGAAGAGGTTATTTCCAAGTTTGCGCAATTAACTCCACAAGAAAGGACA 240
Query 653 AAAAGGAAACTGGAGAGCCTTGAAGCATTGAAGAAAACTTTTAAGAAACTGGATCATGAT 712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 AAAAGGAAACTGGAGAGCCTTGAAGCATTGAAGAAAACTTTTAAAAAACTGGATCATGAT 300
Query 713 GTAAATATACATGACTTTTTAGGAGCAAGGAATCAAACTATTGAGGGTCTAAGTAACCAA 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTAAATATACATGACTTTTTAGGAGCAAGGAATCAAACTATTGAGGGTCTAAGTAACCAA 360
Query 773 GTAGCCATTTACCAAGCTCAGCTAATGGAGTGTCATAGGAGGTTGAGTTGTTGGACGAAC 832
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTAGCGATTTACCAAGCTCAGCTAATGGAGTGTCATAGGAGGTTGAGTTGTTGGACGAAC 420
Query 833 ATCGATAGAATAGAAAACACTGAGCACCTCGATTTATTGGAAGAATCATTGAGGAAATCC 892
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATCGATAGAATAGAAAACACTGAGCACCTCAATTTATTGGAAGAATCATTGAGGAAATCT 480
Query 893 ATTGAAAGAATCCAGATTCACAAGGAACATTACAGAAAGAACCAACTCTTGCCAATAGAA 952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 ATTGAAAGAATCCAGATTCACAAGGAACATTACAGAAAGAACCAACTTTTGCCAATAGAA 540
Query 953 TGTGCAACAACACAGTTTCACAGCGGGATACAGTTGCCTATGGCGATGGGAGGTAATAGT 1012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGTGCAACAACACAGTTTCACAGCGGGATACAGTTGCCTATGGCGATGGGAGGTAATAGT 600
Query 1013 AGTATGCAAGAAGCTCACTCCATGTCTTGGCTTCCTGATAATGATCACCAGCAAACAATC 1072
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 601 AGTATGCAAGAAGCTCACTCGATGTCCTGGCTTCCTGATAATGATAACCAGCAAACAATT 660
Query 1073 TTACCTGGTGATTCCAGTTTTCTTCCCCATAGAGAGATGGATGGTTCGATTCCCGTTTAC 1132
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 661 TTACCTGGTGATTCCAGTTTTCTTCCTCATAGAGAGATGGATGGTCCGATTCCCGTTTAC 720
Query 1133 TCAAGCTGCTTCTTTGAGTCTACGAAACCAGAAGATCAGATATGCAGCAACCCGGGACAA 1192
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCAAGTTGCTTCTTTGAGTCTACAAAACCAGAAGATCAGATATGCAGCAACCCGGGACAA 780
Query 1193 CAGTTTGAGCAGTTAGAACAACAAGGAAACGGTTGTTTGGGGTTACAACAACTTGGAGAG 1252
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 781 CAGTTTGAGCACTTAGAACAACAAGGAAACGGTTGTTTGGGTTTACAACAGCTTGGAGAG 840
Query 1253 GAATATTCATATCCTACACCGTTTGGTACTACTTTGGGAATGGAAGAAGATCAAGAGAAA 1312
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 GAATATTCATATCCTACACAATTTGGTACTACTTTGGGAATGGAAGACGATCAAGAGAAA 900
Query 1313 AAGATAAAATCTGAAATGGAATTGaacaacttgcaacaacagcaacagcaacaacaacaa 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||||||
Sbjct 901 AAGATAAAATCTGAAATGGAATTGAACAACTTGCAACAACA--A-CA--A-CAACAACAA 954
Query 1373 caacaacaacaaGATCCTTCAATGTATGATCCCATGGCTAATAATAATGGTGGCTGCTTT 1432
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 CAACAA------GATCCTTCAATGTATGATCCCATGGCTAATAATAATGGTGGCTGCTTT 1008
Query 1433 CAGATTCCTCATGATCAGTCCATGTTTGTCAATGatcatcatcatcatcatcaccaccat 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1009 CAGATTCCTCATGATCAGTCCATGTTTGTCAATGATCATCATCATCATCATCATCACCAT 1068
Query 1493 catcaAAATTGGGTTCCAGATTCAATGTTTGGTCAGACTTCTTACAACCAGGTTTGTGTG 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1069 CATCAAAATTGGGTTCCAGATTCAATGTTTGGTCAGACTTCTTACAATCAGGTTTGTGT- 1127
Query 1553 TTCACACCTCCATTGGAACTATCTAG 1578
|| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1128 TT-ACACCTCCATTGGAACTATGTAG 1152
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59268421220
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5