BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G18900.3
Length=3156
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920834 jgi|Araly1|920834|scaffold_102115.1 4169 0.0
Ahg476612 jgi|Araly1|476612|fgenesh2_kg.2__1742__AT1G74750.1 1738 0.0
> Ahg920834 jgi|Araly1|920834|scaffold_102115.1
Length=2625
Score = 4169 bits (2257), Expect = 0.0
Identities = 2460/2561 (96%), Gaps = 2/2561 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 422 AATGATACGCGCTAAGCATATTAGTAACCTTTCAAGTACAGCAAGATCCTTTTTTCTGAA 481
|||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 AATGATACGCCCAAAGCATATTAGTAACCTCTCAAGTACAGCAAGATCCTTTTTTCTGAA 80
Query 482 TGGATCGAGAACAAGTGTAACTGATGGGAATTCTTGTGTGTACTCGGATGATGAAAATTG 541
||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||| |||| ||||||| |||
Sbjct 81 TGGATCGAGAACAAGTGTAGCTGACGGGAATTCGTGTGCGTACACGGACGATGAAACTTG 140
Query 542 TGTCTCGAAACGTCAGCAACTTAGGAAGGAAGCTGGACAGACTGAAAAACGACCATCCAG 601
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 TGTCTCGAGACGTCAGCAACTTAGGAAGGAAGCTGCACAGACTGAAAAACGACCATCCAG 200
Query 602 TATCCTCCCAAAGCCTTCAGTTGTGGGATGTATATTACCAGGAGAGGTAACAAAACCAGT 661
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 201 TATTCTCCCAAAGCCTTCAGTTGTGGGATGTATATTACCAGGAGAGGTAACTAAACCAGT 260
Query 662 GGTTCCAAAGAAGGTTGATGATTTTGGTCGGCCATCTCTATTGCCACAGCATGTTTCTTC 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 GGTTCCAAAGAAGGTTGATGATTTTGGTCGGCCATCTCTATTGCCACAGCATGTTTCTTC 320
Query 722 TTCCCCTGCCTTGCCGCTTAAATCACATTCCGTTAACTATGCATCAACCGTCGTTAGAGA 781
||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| || |||||||
Sbjct 321 TTCCCCTGCTTTGCCGCTTAAATCAAATTCGGTTAATTATGCATCAACCATCATTAGAGA 380
Query 782 GGAGGTGGAAGGTAAAGCTTCTTCAGAACCTATTGGGGATCAGATTTTCAAGGCTGGTAT 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 381 GGAGGTGGAAGGTAAAGCTTCTTCAGAACCTATTGGGGATCAGATTTTTAAGGCCGGTAT 440
Query 842 TGTTGCAGTAAATTTTCTGTCAGATTTATCGAATTGTAAGATTCCTTCATATGATGGAGG 901
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 441 TGTAGCAGTAAATTTTCTGTCAGATTTAGCGAATTGTAAGATTCCTTCGTATGATGGAGG 500
Query 902 AAGCGATGCATTTGGATTACCGAAAAGCTGTATGGTTGATCCAACACGGCCTATTTCAAG 961
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 AAGTGAGGCATTTGGATTACCGAAAAGCTGTATGGTTGATCCAACACGGCCTATTTCAAG 560
Query 962 TGTCAAGTCGTCGAATGTGAAAGCTATAAGAAGAGAGCACTTTGCCAAAATTTACCCTAG 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 561 TGTCAAGTCGTCGAATGTGAAAGCTATAAGAAGAGAGCACTTTTCCAAAGTTTACCCTAG 620
Query 1022 ATCAGCTGCAAAAGAGTCGTCAGTTGGTACAACTAGAAATCCCAGTAGCAATTTTCGAGG 1081
|||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 621 ATCAGCTGCAAAAGAGTCGTCAATCGGTAAAACTAGAAATCCCAGTAGCAATTTCCGAGG 680
Query 1082 GGCCAAGGAAGCTGAAAGAACTGGGTTTGTTAAAGGATTCAGACAAGTTTCAAATTCTGT 1141
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 681 GGCCAAGGAAGCTGAAAGAACTGGATTTGTTAAAGGATTCAGACAAGTTTCTAATTCTGT 740
Query 1142 GGTAGGAAAGTCATTACCCACAACAAATAACACATATGGCAAGAGGACAAGCGTGTTGCA 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 741 GGTAGGAAAGTCATTACCCACAACAAATAACACATATGGCAAGAGGACAAGTGTGTTGCA 800
Query 1202 GAGACCCCATATTGATTCGAACAGGTTTGTGCCAAGCGGTTTCAGTAATTCTTCAGTGGA 1261
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 801 AAGACCCCATATTGATTCGAACAGGTTTGTGCCAAGCGGTTTCAGTAATTCTTCAATGGA 860
Query 1262 AATGATGAAAGGACCTTCAGGGACTGCTCTGACATCAAGACAGTATTGTAATTCCGGACA 1321
|||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |
Sbjct 861 AATGGTGAAAGGGCCTCCAGGGACTGCTCTGACATCAAGGCAGTATTGCAATTCCGGATA 920
Query 1322 CATTGTGGAAAATGTTTCCAGCGTTTTACGAAGATTCAGGTGGGGGCCTGCTGCTGAAGA 1381
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 921 CATAGTGGAAAATGTTTCCAGCGTTTTGCGAAGATTCAGATGGGGCCCTGCTGCCGAAGA 980
Query 1382 GGCCCTTCAAAATCTAGGTTTGAGGATAGACGCATACCAAGCAAACCAAGTTCTTAAGCA 1441
||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 981 GGCCCTTCAAAATCTCGGTTTGAGGATCGATGCATACCAAGCAAACCAAGTTCTTAAACA 1040
Query 1442 GATGAATGACTATGGAAATGCTCTTGGTTTCTTCTACTGGTTAAAAAGGCAACCTGGGTT 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 GATGAATGACTATGGAAATGCTCTTGGTTTCTTCTACTGGTTAAAAAGGCAACCTGGGTT 1100
Query 1502 TAAGCATGATGGGCATACTTATACCACTATGGTTGGTAATCTCGGTCGTGCTAAGCAATT 1561
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 TAAGCATGATGGGCATACTTATACCACTATGGTGGGTAATCTCGGTCGTGCTAAGCAATT 1160
Query 1562 TGGTGCAATAAACAAGCTCCTCGATGAGATGGTTAGAGATGGATGTCAGCCAAACACAGT 1621
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1161 TGGTGCAATAAACAAGCTCCTCGATGAGATGGTCAGAGACGGATGTCAGCCAAACACAGT 1220
Query 1622 TACATATAACCGACTTATCCACAGCTATGGCCGTGCCAATTACCTGAACGAAGCTATGAA 1681
||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 TACATATAATCGACTTATCCATAGCTATGGCCGCGCCAATTACCTGAACGAAGCTATGAA 1280
Query 1682 TGTGTTCAATCAAATGCAAGAGGCTGGATGCAAACCTGACCGTGTAACTTACTGTACCCT 1741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 CGTGTTCAATCAAATGCAAGAGGCTGGATGCAAACCTGACCGTGTAACTTACTGTACCCT 1340
Query 1742 TATAGACATTCATGCTAAAGCTGGATTTCTTGACATTGCCATGGATATGTACCAGAGAAT 1801
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 TATAGACATTCATGCTAAAGCTGGATTTCTAGATATTGCCATGGATATGTACCAGAGAAT 1400
Query 1802 GCAGGCAGGAGGTCTTTCTCCGGATACTTTCACTTACAGTGTCATAATAAACTGTCTTGG 1861
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 GCAAGCAGGAGGTCTTTCTCCGGATACTTTCACTTACAGTGTCATAATAAACTGTCTTGG 1460
Query 1862 AAAAGCTGGACATTTACCCGCTGCACACAAGCTCTTTTGTGAGATGGTTGATCAAGGTTG 1921
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1461 AAAAGCTGGACATTTACCCGCTGCACACAAGCTCTTTTGTGAGATGGTTGATCAGGGTTG 1520
Query 1922 TACCCCTAACTTGGTCACATACAACATCATGATGGACTTGCATGCCAAAGCGAGAAACTA 1981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 TACCCCTAACTTGGTCACATACAACATCATGATGGACTTGCATGCCAAAGCGAGAAACTA 1580
Query 1982 TCAGAATGCGTTGAAGCTTTACCGTGACATGCAAAACGCTGGGTTTGAGCCTGACAAAGT 2041
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 TCAGAGTGCGTTGAAGCTTTACCGTGACATGCAAAATGCTGGGTTTGAGCCTGACAAAGT 1640
Query 2042 GACATACAGCATTGTGATGGAGGTGCTTGGACACTGTGGATATCTCGAGGAAGCAGAGGC 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 GACATACAGCATTGTGATGGAGGTGCTTGGACACTGTGGATATCTCGAGGAAGCAGAGGC 1700
Query 2102 TGTTTTCACCGAGATGCAACAGAAAAATTGGATTCCTGATGAGCCAGTTTATGGTCTTTT 2161
|||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 TGTTTTCACCGAGATGCAGCAGAAGAACTGGATTCCTGATGAGCCAGTTTATGGTCTTTT 1760
Query 2162 GGTGGATTTGTGGGGAAAAGCAGGTAATGTGGAAAAGGCGTGGCAATGGTATCAAGCAAT 2221
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1761 GGTGGATTTGTGGGGAAAAGCAGGTAATGTGGAAAAGGCGTGGCAATGGTATCAGGCAAT 1820
Query 2222 GCTTCATGCTGGTCTGCGACCTAATGTTCCTACATGCAACTCCCTTCTTAGTACCTTCCT 2281
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1821 GCTTCATGCTGGTCTGCTACCTAATGTTCCTACATGCAATTCCCTCCTTAGTACCTTCCT 1880
Query 2282 TAGGGTTAACAAGATAGCTGAAGCTTATGAGTTATTACAAAACATGCTGGCGCTTGGTCT 2341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1881 TAGGGTTAACAAGATAGCTGAAGCTTATGAGTTATTACAAAACATGCTGGCACTTGGTCT 1940
Query 2342 ACGCCCCTCTTTGCAGACATACACGTTACTCTTGAGCTGTTGCACGGATGGTCGGTCAAA 2401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1941 ACGCCCCTCTTTGCAGACATACACGTTACTCTTGAGCTGTTGCACAGATGGTCGATCAAA 2000
Query 2402 ACTTGATATGGGTTTCTGTGGCCAGTTGATGGCAAGCACAGGTCATCCAGCACATATGTT 2461
|||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2001 ACTTGACATGGGTTTTTGTGGCCAGCTGATGGCAAGCACAGGTCATCCAGCACACATGTT 2060
Query 2462 TCTCCTCAAGATGCCAGCTGCGGGTCCGGATGGCGAAAACGTGCGCAACCATGCGAACAA 2521
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061 TCTCCTCAAGATGCCAGCAGCGGGTCCAAATGGCGAAAACGTGCGCAACCATGCGAACAA 2120
Query 2522 TTTCCTGGATCTTATGCATAGCGAGGACAGGGAGAGCAAGCGAGGACTCGTGGATGCGGT 2581
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121 CTTCCTGGATCTTATGCACAGCGAGGACAGGGAGAGCAAGCGAGGACTCGTGGATGCGGT 2180
Query 2582 GGTTGACTTTCTACATAAGTCCGGGCAAAAAGAAGAGGCCGGATCTGTCTGGGAAGTTGC 2641
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2181 GGTTGACTTTCTACACAAGTCCGGGCAAAAAGAAGAGGCGGGATCTGTTTGGGAAGTTGC 2240
Query 2642 TGCACAAAAGAATGTGTTTCCTGATGCATTAAGGGAGAAAAGCTGCAGCTACTGGCTTAT 2701
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2241 TGCACAAAAGAATGTGTTTCCTGATGCGTTAAGGGAGAAAAGCTGCAGCTACTGGCTTAT 2300
Query 2702 CAATCTCCATGTAATGTCAGAGGGAACTGCAGTCACCGCGCTGTCTAGGACGCTTGCTTG 2761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2301 CAATCTCCATGTAATGTCAGAGGGAACTGCAGTCACCGCGCTGTCTAGGACTCTTGCTTG 2360
Query 2762 GTTCCGTAAGCAGATGTTAG-CTTCAGGAACTTGCCCTTCTCGGATTGATATAGTAACTG 2820
|||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2361 GTTCCGTAAGCAGATGTTAGTCT-CAGGAACTTTCCCTTCTCGGATTGATATAGTAACTG 2419
Query 2821 GTTGGGGAAGACGTAGTAGAGTCACCGGTACATCAATGGTGAGACAAGCAGTTGAGGAGC 2880
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2420 GTTGGGGAAGACGTAGTAGAGTCACCGGCACATCAATGGTGAGACAAGCAGTTGAAGAGC 2479
Query 2881 TGCTGAACATCTTTGGTTCACCGTTTTTCACGGAGAGTGGAAACTCAGGTTGTTTCGTTG 2940
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2480 TTCTCAACATCTTTGGTTCACCGTTTTTCACGGAGAGTGGAAACTCGGGTTGTTTCGTTG 2539
Query 2941 GAAGCGGAGAGCCTCTTAACAGATGGTTGCTGCAGTCTCAT 2981
|| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2540 GATGCGGAGAGCCTCTCAACAAATGGTTGCTGCAGTCTCAT 2580
> Ahg476612 jgi|Araly1|476612|fgenesh2_kg.2__1742__AT1G74750.1
Length=2538
Score = 1738 bits (941), Expect = 0.0
Identities = 1486/1750 (85%), Gaps = 34/1750 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1239 GGTTTCAGTAATTCTTC-AGTGGAAATGATGAAAG-GACCTTCAGGGACTGCTCTGACAT 1296
|||||| |||| | || || ||||||||||| || || || |||||||||||| |||
Sbjct 772 GGTTTCGGTAAACCCTCAAG-GGAAATGATGAGAGTGA-CTCCAGGGACTGCTCCAACAC 829
Query 1297 CAAGACAGTATTGTAATTCC-GGACACATTGTGGAAAATGTTTCCAGCGT-T-TTACGAA 1353
| || ||||||||||| || ||| || |||| |||||||||| | | || | || || |
Sbjct 830 CTAGGCAGTATTGTAA-CCCTGGATACGTTGTAGAAAATGTTT-CTG-GTATATTGCGGA 886
Query 1354 GATTCAGGTGGGGGCCTGCTGCTGAAGAGGCCCTTCAAAATCTAGGTTTGAGGATAGACG 1413
|||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| || |
Sbjct 887 GATTCAAATGGGGACATGCTGCTGAAGAGGCCCTTCACAATTTCGGTTTCAGGATGGATG 946
Query 1414 CATACCAAGCAAACCAAGTTCTTAAGCAGATGAATGACTATG-GAAATGCTCTTGGTTTC 1472
|||||||||| || |||||||||||||||||| || | |||| | ||||| |||||||||
Sbjct 947 CATACCAAGCTAATCAAGTTCTTAAGCAGATGGATAATTATGCG-AATGCGCTTGGTTTC 1005
Query 1473 TTCTACTGGTTAAAAAGGCAACCTGGGTTTAAGCATGATGGGCATACTTATACCACTATG 1532
||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TTCTATTGGCTGAAAAGGCAACCTGGGTTTAAGCATGACGGGCATACTTATACCACTATG 1065
Query 1533 GTTGGTAATCTCGGTCGTGCTAAGCAATTTGGTGCAATAAACAAGCTCCTCGATGAGATG 1592
|| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||
Sbjct 1066 GTAGGTAATCTTGGTCGTGCAAAGCAATTCGGTGCGATAAACAGGCTTCTTGATGAGATG 1125
Query 1593 GTTAGAGATGGATGTCAGCCAAACACAGTTACATATAACCGACTTATCCACAGCTATGGC 1652
|||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||
Sbjct 1126 GTTAAAGATGGATGTAAGCCAAATACTGTTACATATAACCGGCTCATCCATAGCTACGGC 1185
Query 1653 CGTGCCAATTACCTGAACGAAGCTATGAATGTGTTCAATCAAATGCAAGAGGCTGGATGC 1712
||||| |||||||| || |||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||
Sbjct 1186 CGTGCAAATTACCTCAATGAAGCTATGAATGTTTTTAAGCAGATGCAAGAGGCTGGTTGT 1245
Query 1713 AAACCTGACCGTGTAACTTACTGTACCCTTATAGACATTCATGCTAAAGCTGGATTTCTT 1772
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 GAGCCTGACCGTGTAACTTACTGTACCCTGATAGACATCCATGCTAAAGCTGGATTTCTG 1305
Query 1773 GACATTGCCATGGATATGTACCAGAGAATGCAGGCAGGAGGTCTTTCTCCGGATACTTTC 1832
||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1306 GACATTGCCTTGGACATGTACCAAAGAATGCAAGCAGCAGGGCTTTCTCCTGATACTTTC 1365
Query 1833 ACTTACAGTGTCATAATAAACTGTCTTGGAAAAGCTGGACATTTACCCGCTGCACACAAG 1892
|| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| || | |
Sbjct 1366 ACCTACAGTGTTATAATAAATTGTCTTGGAAAAGCGGGCCACTTACCTGCTGCCCATAGG 1425
Query 1893 CTCTTTTGTGAGATGGTTGATCAAGGTTGTACCCCTAACTTGGTCACATACAACATCATG 1952
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1426 CTCTTTTGTGAAATGGTTGGTCAAGGTTGTACCCCTAATTTGGTCACATTCAACATCATG 1485
Query 1953 ATGGAC-TTGCATGCCAAAGCGAGAAACTATCAGAATGCGTTGAAGCTTTACCGTGACAT 2011
|| | | ||||||||||| ||| | || ||| ||| |||||||||||| ||| | |||||
Sbjct 1486 ATAG-CTTTGCATGCCAAGGCGCGGAATTATGAGACTGCGTTGAAGCTCTACAGAGACAT 1544
Query 2012 GCAAAACGCTGGGTTTGAGCCTGACAAAGTGACATACAGCATTGTGATGGAGGTGCTTGG 2071
|||||| || |||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 1545 GCAAAATGCCGGGTTTCAACCTGACAAAGTGACATACAGTATTGTTATGGAGGTACTTGG 1604
Query 2072 ACACTGTGGATATCTCGAGGAAGCAGAGGCTGTTTTCACCGAGATGCAACAG-AAAAATT 2130
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| | || || |
Sbjct 1605 ACACTGTGGATTTCTCGAGGAAGCAGAGGGTGTTTTTGCTGAGATGCAA-TGTAAGAACT 1663
Query 2131 GGATTCCTGATGAGCCAGTTTATGGTCTTTTGGTGGATTTGTGGGGAAAAGCAGGTAATG 2190
|| |||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 1664 GGGTTCCTGATGAACCGGTTTACGGTCTTTTGGTGGACTTGTGGGGAAAAGCTGGCAATG 1723
Query 2191 TGGAAAAGGCGTGGCAATGGTATCAAGCAATGCTTCATGCTGGTCTGCGACCTAATGTTC 2250
||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||
Sbjct 1724 TGGAAAAAGCTTGGCAGTGGTATCAAGCAATGCTTCACGCCGGTCTGCAACCTAATGTTC 1783
Query 2251 CTACATGCAACTCCCTTCTTAGTAC-CTTCCTTAGGGTTAACAAGATAG-CTGAAGCTTA 2308
| |||||||| |||||||| || || | ||||||||||| ||| ||| | ||||||| ||
Sbjct 1784 CCACATGCAATTCCCTTCTCAGCACAC-TCCTTAGGGTTCACAGGAT-GTCTGAAGCCTA 1841
Query 2309 TGAGTTATTACAAAACATGCTGGCGCTTGGTCTACGCCCCTCTTTGCAGACATACACGTT 2368
| | |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1842 TAACTTATTACAAAGCATGCTGGCGCTTGGTCTACATCCTTCTTTGCAGACATACACATT 1901
Query 2369 ACTCTTGAGCTGTTGCACGGATGGTCGGTCAAAAC-TTGATATGGG-TTTCTGTGGCCAG 2426
|| ||||| |||||||| |||| ||| || |||| |||| ||||| ||| |||||||||
Sbjct 1902 GCTATTGAGTTGTTGCACAGATGCTCGTTC-AAACTTTGACATGGGCTTT-TGTGGCCAG 1959
Query 2427 TTGATGGCAAG-CACAGGTCATCCAGCACATATGTTTCTCCTCAAGATGCCAGCTGCGGG 2485
| ||||| || | |||| ||||| || || |||||||||||||| |||||| |||| ||
Sbjct 1960 CTAATGGC-AGTCTCAGGCCATCCGGCTCACATGTTTCTCCTCAAAATGCCACCTGCAGG 2018
Query 2486 TCCGGATGGCGAAAACGTGCGCAACCATG-CGAACAATTTCCTGGATCTTATGCATAGCG 2544
||| |||||| |||| ||||| | |||| | | ||| ||||| ||| ||||||| || |
Sbjct 2019 TCCTGATGGCCAAAAAGTGCGTGATCATGTC-AGCAACTTCCTTGATTTTATGCACAGTG 2077
Query 2545 AGGACAGGGAGAGCAAGCGAGGACTCGTGGATGCGGTGGTTGACTTTCTACATAAGTCCG 2604
|||| || |||||||||||||||||| |||| || || || || ||||| || ||||| |
Sbjct 2078 AGGATAGAGAGAGCAAGCGAGGACTCATGGACGCAGTAGTGGATTTTCTCCACAAGTCAG 2137
Query 2605 GGCAAAAAGAAGAGGCCGGATCTGTCTGGGAAGTTGCTGCACAAAAGAATGTGTTTCCTG 2664
| | |||||||||||| || || || |||||||| |||||| |||||||||| ||| |
Sbjct 2138 GTCTAAAAGAAGAGGCTGGTTCGGTATGGGAAGTGGCTGCAGTTAAGAATGTGTATCCAG 2197
Query 2665 ATGCATTAAGGGAGAAAAGCTGCAGCTACTGGCTTATCAATCTCCATGTAATGTCAGAGG 2724
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |
Sbjct 2198 ATGCATTGAGGGAGAAAAGCTGCAGCTACTGGCTTATAAATCTCCATGTAATGTCGGAAG 2257
Query 2725 GAACTGCAGTCACCGCGCTGTCTAGGACGCTTGCTTGGTTCCGTAAGCAGATGTTAGCTT 2784
|||||||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 2258 GAACTGCAGTCATCGCACTTTCTAGGACACTTGCATGGTTCCGTAAGCAGATGTTGGTTT 2317
Query 2785 CAGGA-ACTTGCCCTTCTCGGATTGATATAGTAACTGGTTGGGGAAGACGTAGTAGAGTC 2843
||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2318 CAGGAGA-ATGTCCTTCACGGATTGATATAGTAACTGGTTGGGGAAGACGAAGTAGAGTC 2376
Query 2844 ACCGGTACATCAATGGTGAGACAAGCAGTTGAGGAGCTGCTGAACATCTTTGG-TTCACC 2902
|| || || || ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| || ||| ||
Sbjct 2377 ACAGGCACGTCGATGGTTAGACAAGCAGTTGAGGAATTGCTCAACATATTCAACTTC-CC 2435
Query 2903 GTTTTTCACGGAGAGTGGAAACTCAGGTTGTTTCGTTGGAAGCGGAGAGCCTCTTAACA- 2961
|||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||| ||||||||||||| || |
Sbjct 2436 GTTTTTCACGGAGAACGGGAACTCGGGCTGTTTTGTAGGATGCGGAGAGCCTCTCAAGAA 2495
Query 2962 GATGGTTGCT 2971
| ||||||||
Sbjct 2496 G-TGGTTGCT 2504
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119222466850
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5