BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G19220.1
Length=3896
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg335174 jgi|Araly1|335174|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001739 4200 0.0
> Ahg335174 jgi|Araly1|335174|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001739
Length=3291
Score = 4200 bits (2274), Expect = 0.0
Identities = 2516/2632 (96%), Gaps = 19/2632 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 941 GTTTGTAAGAGATGAGAAATCACAGCTGATGTTGGGTATAAGACGTGCAAATAGACAAAC 1000
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 GTTTG-CAGAGATGAGAAATCACAGCTGATGTTGGGTATAAGACGTGCAAATAGACAAAC 734
Query 1001 TCCGACTCTTTCCTCATCGGTCATATCCAGCGACAGTATGCACATTGGGATACTTGCAGC 1060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 735 TCCGACTCTTTCCTCATCGGTCATATCCAGCGACAGTATGCACATTGGGATTCTTGCAGC 794
Query 1061 TGCAGCTCATGCTAATGCCAATAGTAGCCCTTTTACCATCTTCTTCAATCCAAGGGCAAG 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 TGCAGCTCATGCTAATGCCAATAGTAGCCCTTTTACCATCTTCTTCAATCCAAGGGCAAG 854
Query 1121 TCCTTCAGAGTTTGTAGTTCCTTTAGCCAAATACAACAAAGCCTTATACGCTCAAGTATC 1180
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 855 TCCTTCAGAGTTTATTGTTCCTTTAGCCAAATACAACAAAGCCTTGTACGCTCAAGTATC 914
Query 1181 TCTAGGAATGAGATTCCGGATGATGTTTGAGACTGAGGATTGTGGGGTTCGTAGATATAT 1240
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 915 TCTAGGAATGAGATTCCGGATGATGTTTGAGACCGAGGATTGTGGGGTTCGCAGATATAT 974
Query 1241 GGGTACAGTCACAGGTATTAGTGATCTTGACCCTGTAAGATGGAAAGGCTCACAATGGCG 1300
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 GGGTACAGTCACTGGTATTAGTGATCTGGACCCTGTAAGATGGAAAGGCTCACAATGGCG 1034
Query 1301 TAATCTTCAGGTAGGATGGGATGAATCAACAGCTGGAGATAGGCCAAGCCGAGTATCCAT 1360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1035 TAATCTTCAGGTAGGATGGGATGAATCAACAGCTGGAGATAGGCCAAGCCGAGTATCTAT 1094
Query 1361 ATGGGAAATCGAACCCGTCATAACTCCTTTTTACATATGTCCTCCTCCATTTTTCAGACC 1420
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 ATGGGAAATCGAACCCGTCATAACTCCTTTTTATATATGTCCTCCTCCATTTTTCAGACC 1154
Query 1421 TAAGTACCCGAGGCAACCCGGGATGCCAGATGATGAGTTAGACATGGAAAATGCTTTCAA 1480
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 TAAGTACCCGAGGCAACCGGGGATGCCAGATGATGAGTTGGACATGGAAAATGCTTTCAA 1214
Query 1481 AAGAGCAATGCCTTGGATGGGAGAAGACTTTGGGATGAAGGACGCACAGAGTTCGATGTT 1540
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1215 AAGAGCAATGCCTTGGATGGGAGATGATTTTGGGATGAAGGACGCGCAGAGTTCGATGTT 1274
Query 1541 CCCTGGTTTAAGTCTAGTTCAATGGATGAGTATGCAGCAAAACAATCCATTGTCAGGTTC 1600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 CCCTGGTTTAAGTCTAGTTCAATGGATGAGTATGCAGCAAAACAATCCATTGTCAGGTTC 1334
Query 1601 TGCTACTCCTCAGCTCCCGTCCGCGCTCTCATCTTTTAACCTACCAAACAATTTTGCTTC 1660
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 TGCTACTCCTCAGCTCCCGTCTGCGCTCTCATCTTATAACCTACCAAACAATTTTGCTTC 1394
Query 1661 CAACGACCCTTCCAAGCTGTTGAACTTCCAATCCCCAAACCTCTCTTCCGCAAATTCCCA 1720
||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 CAATGACCCTTCGAAGCTGTTGAACTTCCAGTCCCCAAACCTCTCTTCCGCAAATTCCCA 1454
Query 1721 ATTCAACAAACCGAACACGGTTAACCATATCAGCCAACAGATGCAAGCACAACCAGCCAT 1780
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 ATTCAACAAATCAAACACGGTTAACCATATCAGCCAACAGATGCAAGCACAACCAGCCAT 1514
Query 1781 GGTGAAATCTcaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaccaacaccaacaacaaca 1840
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | | | | | || | |||||
Sbjct 1515 GGTGAAATCT---CTACAACAACAACAACAACAACAAC-A-A-C-A-A-CAGCTGCAACA 1565
Query 1841 actgcaacaacaacaacaactacagatgtcacagcaacaggtgcagcaacaaGGGATTTA 1900
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 1566 A---CAACAACAACAACAACTACAGATGTCACACCAACAGCTGCAGCAACAAGGGAATTA 1622
Query 1901 TAACAATGGTACGATTGCTGTTGCTAACCAAGTCTCTTGTCAAAGTCCAAACCAACCTAC 1960
|| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1623 TAGCAATGGTGCGAGTGCTGTTGCTAACCAAGTCTCTTGTCAAAATCCAAACCAACCTAC 1682
Query 1961 TGGATTCTCTCAGTCTCAGCTTCAGCAGCAGTCAATGCTCCCTACTGGTGCTAAAATGAC 2020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1683 TGGATTCTCTCAGTCTCAGCTTCAGCAGCAGTCAATGCTCCCTAGTGGTGCTAAAATGAT 1742
Query 2021 ACACCAGAACATAAATTCTA-TGGGGAATAAAGGCTTGTCTCAAATGACATCGTTTGCGC 2079
|||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 ACACCAGAACATAAATTC-AGTGGGGAATAAAGTCTCGTCTCAAATGACATCGTTTGCGC 1801
Query 2080 AAGAAATGCAGTTTCAGCAGCAACTGGAAATGCATAACAGTAGCCAGTTATTAAGAAACC 2139
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1802 AAGAAATGCAGTTTCAGCAGCAACTGGAATTGCATAACAGTAGCCAGTTACTAAGAAACC 1861
Query 2140 AGCAAGAACAGTCCTCTCTCCATTCATTACAACAAAATCTGTCCCAAAATCCTCAGCAAC 2199
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 AGCAAGAACAGTCCTCTCTGCATTCATTAGAACAAAATCTGTCCCAAAATCCTCAGCAAC 1921
Query 2200 TCCAAATGCAACAACAATCATCAAAACCAAGTCCTTCACAAcagcttcagttgcagctac 2259
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 TCCAAATGCAACAACAATCATCAAAACCAAGTCCGTCACAACAGCTTCAGTTGCAGCTAC 1981
Query 2260 tgcagaagctacagcagcagcaacagcagcagTCGATTCCTCCAGTAAGCTCATCCTTAC 2319
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 TGCAGAAGCTACAGCAGCAGCAACAGCAGCAGTCGGTTCCTCCAGTAAGCTCATCCTTAC 2041
Query 2320 AGCCACAATTATCAGCGTTGCAGCAGACACAAAGCCATCAATTGCAACAACTTCTGTCGT 2379
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2042 AGCCACAATTATCCGTGTTGCAGCAGACACAAAGCCATCAATTGCAACAACTTCTGTCAT 2101
Query 2380 CTCAAAATCAACAGCCCTTGGCACATGGTAATAACAGCTTCCCAGCTTCAACTTTCATGC 2439
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2102 CGCAGAATCAACAGCCCTTGGCACATGGTAATAACAGCTTCTCAGCTTCAACTTTCATGC 2161
Query 2440 AGCCTCCACAGATTCAGGTGAGTCCTCAGCAGCAAGGACAGATGAGTAACAAAAATCTTG 2499
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2162 AGCCTCCACAGTTTCAGGTGAGTCATCAGCAGCAAGAACAGATGAACAACAAAAATCTAG 2221
Query 2500 TAGCCGCTGGA-AGATCACATTCTGGCCACACAGATGGAGAAGCTCCTTCTTGTTCAACC 2558
||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2222 TAGCCGCCGGACA-ATCACATTCTGGTCACACAGATGGAGAAGCTCCTTCGTGTTCAACC 2280
Query 2559 TCACCTTCCGCCAATAACACGGGACATGATAATGTTTCACCGACAAATTTCCTGAGCAGA 2618
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2281 TCACCTTCCGCCAATAACACCGGACATGATAATGTTTCACCGACGAATTTCCTGAGCAGA 2340
Query 2619 AATCAACAGCAAGGACAAGCTGCATCTGTATCTGCATCTGATTCAGTCTTTGAGCGCGCA 2678
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2341 AATCAACAACAAGGACAAGCTGCATCTGTATCTGCATCTGATTCAGTCTTTGATCGTGCA 2400
Query 2679 AGCAATCCGGTCCAAGAGCTTTATACAAAAACTGAGAGCCGGATCAGTCAAGGCATGATG 2738
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |
Sbjct 2401 AGCAATCCGGTCCAAGAGCATTATACAAAAACCGAGAGCCGGTTCAATCAAGGCATGGTA 2460
Query 2739 AATATGAAGAGTGCTGGTGAACATTTCAGATTTAAAAGCGCGGTAACAGATCAAATCGAT 2798
||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 AATTTGAAGAGTGGTGGTGAACAGTTCAGATTTAAAGGTGCGGTAACAGATCAAATCGAT 2520
Query 2799 GTATCCACAGCGGGAACGACGTACTGTCCTGATGTTGTTGGCCCTGTACAGCAGCAACAA 2858
||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2521 GTATCCACAGCGGGAGCGACGTATTGTCCTGATGTTGTTGGCCCTGCACAGCAGCAACAG 2580
Query 2859 ACTTTCCCACTACCATCATTTGGTTTTGATGGAGACTGCCAATCTCATCATCCAAGAAAC 2918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 ACTTTCCCACTACCATCATTTGGTTTTGATGGAGACTGCCAATCTCATCATCCAAGAAAC 2640
Query 2919 AACTTAGCTTTCCCTGGTAATCTCGAAGCCGTAACTTCTGATC-CACTCTATTCTCAAAA 2977
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||
Sbjct 2641 AACTTAGCTTTCCCTGGTAATCTCGAAGCCGTAACCTCTGA-CGCTCTCTATTCTCAAAA 2699
Query 2978 GGACTTTCAAAACTTGGTTCCCAACTATGGCAACACACCAAGAGACATTGAGACGGAGCT 3037
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 GGACTTTCAAAACTTGGTTCCCAACTATGGCAACGCACCAAGAGACATTGAGACGGAGCT 2759
Query 3038 GTCCAGTGCTGCAATCAGTTCTCAGTCATTTGGTATTCCCAGCATTCCCTTTAAGCCCGG 3097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2760 ATCCAGTGCTGCAATCAGTTCTCAGTCATTTGGTATTCCCAGCATTCCCTTTAAGTCCGG 2819
Query 3098 ATGTTCAAATGAGGTTGGCGGCATCAATGATTCAGGAATCATGAATGGTGGAGGACTGTG 3157
|||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 ATGTTCAAATGAGGTTGGTGGCATCAATGATTCCGGCATCATGAATGGTGGAGGACTGTG 2879
Query 3158 GCCCAATCAGACTCAACGAATGCGAACATATACAAAGGTTCAAAAACGAGGGTCAGTAGG 3217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2880 GCCCAATCAGACTCAACGAATGCGAACATATACAAAGGTTCAAAAACGAGGATCAGTAGG 2939
Query 3218 TAGATCAATAGATGTTACCCGTTATAGCGGCTATGATGAACTTAGGCATGACTTAGCGAG 3277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2940 AAGATCAATAGATGTTACCCGTTATAGCGGCTATGATGAACTTAGGCATGACTTAGCAAG 2999
Query 3278 AATGTTTGGCATCGAAGGACAGCTCGAAGATCCGCTAACCTCTGATTGGAAACTCGTCTA 3337
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 3000 AATGTTTGGCATCGAAGGACAGCTTGAAGATCCGCTAACCTCTGACTGGAAACTCGTATA 3059
Query 3338 CACCGATCACGAAAACGATATTTTACTAGTTGGTGATGATCCTTGGGAAGAGTTTGTGAA 3397
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3060 CACCGATCACGAAAACGATATTTTACTCGTTGGTGATGATCCTTGGGAAGAGTTTGTGAA 3119
Query 3398 CTGCGTGCAGAACATAAAGATACTATCATCAGTAGAAGTTCAGCAAATGAGCTTAGACGG 3457
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 CTGCGTGCAGAACATAAAGATACTATCATCAGCAGAAGTCCAGCAAATGAGCTTAGACGG 3179
Query 3458 AGATCTTGCAGCTATCCCAACCACAAACCAAGCCTGCAGCGAAACAGACAGCGGAAATGC 3517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 AGATCTTGCAGCTATCCCAACCACAAACCAAGCCTGCAGCGAAACAGACAGCGGAAATGC 3239
Query 3518 TTGGAAAGTACACTATGAAGACACTTCTGCTGCAGCTTCTTTCAACAGATAG 3569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3240 TTGGAAAGTACACTATGAAGACACTTCTGCTGCAGCTTCATTCAACAGATAG 3291
Score = 1090 bits (590), Expect = 0.0
Identities = 628/646 (97%), Gaps = 3/646 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 309 ATGAAAGCTCCATCAAATGGATTTCTTCCAAGTTCCAACGAAGGAGAGAAGAAGCCAATC 368
||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGAAGGCTCCATCAAATGGGTTTCTTCCCACTTCCAACGAAGGTGAGAAGAAACCAATC 60
Query 369 AATTCTCAACTATGGCACGCTTGTGCAGGGCCTTTAGTTTCATTACCTCCTGTGGGAAGT 428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 AATTCTCAACTATGGCACGCTTGTGCAGGGCCTTTAGTTTCATTGCCTCCTGTGGGAAGT 120
Query 429 CTTGTGGTTTACTTCCCTCAAGGACACAGCGAGCAAGTTGCAGCATCGATGCAGAAGCAA 488
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTTGTGGTTTACTTTCCTCAAGGACATAGCGAGCAAGTTGCAGCATCGATGCAGAAGCAA 180
Query 489 ACAGATTTTATACCAAATTACCCAAATCTTCCTTCTAAGCTGATTTGCTTGCTTCACAGT 548
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTGATTTTATACCAAATTACCCAAATCTTCCTTCTAAGCTGATTTGCTTGCTTCACAGT 240
Query 549 GTTACATTACATGCTGATACCGAAACAGATGAAGTCTATGCACAAATGACTCTTCAACCT 608
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTTACATTACATGCTGATACCGAGACCGATGAAGTCTATGCACAAATGACTCTTCAACCT 300
Query 609 GTGAATAAGTATGATAGAGAAGCATTGCTAGCTTCTGATATGGGCTTGAAGCTAAACAGA 668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 301 GTGAATAAGTATGATAGAGAAGCATTGCTAGCTTCTGATATGGGCCTGAAGCTAAACAGA 360
Query 669 CAACCTACTGAGtttttttGCAAGACTCTTACTGCAAGTGACACAAGCACTCATGGTGGA 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAACCTACTGAGTTTTTTTGCAAGACTCTTACTGCAAGTGACACAAGCACTCATGGTGGA 420
Query 729 TTCTCTGTACCGCGTCGTGCAGCTGAGAAAATATTCCCTCCTCTTGATTTCTCGATGCAA 788
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTCTCTGTACCGCGTCGTGCAGCTGAGAAGATATTCCCTCCTCTTGATTTCTCGATGCAA 480
Query 789 CCGCCTGCGCAAGAGATTGTAGCTAAAGATTTACATGATACTACATGGACTTTCAGACAT 848
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CCACCTGCGCAAGAGATTGTAGCTAAAGATTTACATGATACTACATGGACTTTCAGACAT 540
Query 849 ATCTATCGAGGCCAACCAAAAAGACACTTGCTTACCACAGGTTGGAGCGTTTTTGTTAGC 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATCTATCGAGGCCAACCAAAAAGACACTTGCTTACCACAGGTTGGAGCGTTTTTGTTAGC 600
Query 909 ACAAAGAGACTATTT-GCGGGTGATTCAGTTTTGTTTGTAAGAGAT 953
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 601 ACAAAGAGACT-TTTCGCGGGTGATTCAGTTTTGTTTGTAAG-GAT 644
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147244749937
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5