BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G19290.1
Length=2715
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920873 jgi|Araly1|920873|scaffold_102154.1 4235 0.0
> Ahg920873 jgi|Araly1|920873|scaffold_102154.1
Length=2752
Score = 4235 bits (2293), Expect = 0.0
Identities = 2581/2721 (95%), Gaps = 15/2721 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCTCCGACGGTCTCCGGCACGCGTTGTTGCCTATCAGTTGCTTCCGTTTCTCTATACT 60
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 21 ATGCTCCGATGGTCTCCGGCACGCGTTGTTTCCTATCAGTTGCTTCCGCTTCTCTATACT 80
Query 61 CGTAGCTTCTCCGAAGCCTCGAGAACCTTACGCCGCGAGCTTCGAGGAGGAAACGGGCGA 120
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 CGTAGCTTCTCCGAAGCCTCGAGAACCTTGCGCCGCGAGCTTCGAGGAGGAAACGGGCGA 140
Query 121 ATTCGACCCGAATTACTCGAGCGGGTCTCACGTTTGCTCGTACTTGGCAGGTACGAAGCT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 141 ATTCGACCCGAATTACTCGAGCGGGTCTCACGTTTGCTCGTGCTTGGCAGGTACGAAGCA 200
Query 181 TTACATGATCTATCACTCGATTTCTCAGATGAACTTCTCAACTCCATCCTGCGTAGATTG 240
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 201 TTACATGATCTATCTCTCGATTTCTCAGATGAACTTCTCAATTCCATCCTCCGTAGATTG 260
Query 241 AGGCTTAACCCAGAGGCATGTCTGGAGATTTTCAATTTGGCTTCAAAGCAACAAAAGTTC 300
|||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 261 AGGCTTAATCCAGAGGCATGTGTCGAGATTTTTAATTTAGCTTCAAAGCAACAAAAGTTC 320
Query 301 CGGCCTGATTACAAGGCTTACTGTAAAATGGTTCACATCTTGTCCAGGGCTAGAAATTAC 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 321 CGGCCTGATTACAAGGCTTATTGTAAAATGGTTCACATCTTGTCCAGAGCTAGAAATTAC 380
Query 361 CAACAGACAAAATCGTATTTATGTGAACTGGTTGCTCTTAATCACTCGGGCTTCGTTGTC 420
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 GGTCAGACAAAATCGTATCTATGTGAACTGGTTGCTCTTAATCACTCGGGCTTCGTTGTC 440
Query 421 TGGGGAGAGCTCGTTCGGGTTTTCAAGGAATTTTCCTTCTCTCCTACAGTCTTTGACATG 480
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 441 TGGGGGGAGCTTGTTCGGGTTTTCAAGGAATTTTCCTTCTCTCCTACAGTCTTTGACATG 500
Query 481 ATACTGAAAGTTTATGCAGAGAAGGGTTTGGTTAAGAATGCTTTACATGTGTTTGACAAC 540
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 501 ATACTGAAAGTTTATGCAGGGAAGGGTATGGTTAAGAACGCTTTACATGTGTTTGACAAC 560
Query 541 ATGGGAAACTATGGAAGAATTCCTAGTTTGTTGTCTTGTAATAGCTTGTTGAGCAATTTG 600
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 561 ATGGGGAAGTATGGAAGAATTCCTAGTTTGTTGTCTTGTAATAGCTTGTTAAGCAATTTG 620
Query 601 GTCAGGAAAGGGGAAAACTTTGTGGCTTTACATGTTTATGATCAGATGATTAGCTTTGAG 660
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 GTCAAGAAAGGTGAAAACTTTGTGGCTTTACATGTTTATGATCAGATGATTAGCTTTGAG 680
Query 661 GTTTCTCCGGATGTGTTTACTTGCAGTATTGTTGTTAATGCTTATTGTAGAAGTGGGAAT 720
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 681 GTTTCTCCGGATGTGTTTACGTGCAGTATTGTTGTTAATGCTTACTGCAGAAGTGGGAAA 740
Query 721 GTGGATAAAGCCATGGTATTTGCGAAAGAAACGGAGAGTTCATTGGGTTTGGAGCTGAAT 780
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GTGGATAAAGCCATGGCATTTGCGAAAGAAATGGAGAATTCATTGGGTTTGGAGCTGAAT 800
Query 781 GTGGTAACTTACAATAGTTTGATCAATGGGTATGCTATGATCGGAGATGTTGAGGGAATG 840
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 GTGGTAACTTGCAATAGTTTGATCAATGGATATGCTATGATCGGAGATGTTGAGGGAATG 860
Query 841 ACAAGAGTGTTGCGGTTGATGTCTGAGAGAGGGGTTTCTAGGAACGTTGTTACGTATACT 900
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 861 ACAAGAGTATTGCGTTTGATGTCTGAGAGAGGGGTTTCTAGGAACGTTGTTACGTTTACG 920
Query 901 TCGTTGATTAAGGGTTACTGCAAAAAGGGTTTGATGGAAGAAGCGGAACATGTGTTTGAA 960
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 921 TCGTTGATTAAGGGTTATTGTAAAAAGGGTTTGATGGAAGAAGCGGAACAGGTGTTTGAT 980
Query 961 TTGCTAAAGGAAAAGAAACTTGTTGCGGATCAGCATATGTACGGTGTGTTGATGGATGGA 1020
||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 981 TTGGTAACGGAAAAGAAACTTGTTCCGGATCAGCATATGCACGGTGTGTTGATAGATGGA 1040
Query 1021 TATTGTCGTACTGGTCAAATCCGTGATGCTGTTAGGGTTCATGATAATATGATTGAGATA 1080
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1041 TATTGTCGTAATGGTCGAATCCGTGATGCTGTTAGGGTTCATGATGATATGATTGAGATG 1100
Query 1081 GGCGTAAGAACAAATACTACCATTTGTAACTCCTTGATCAATGGGTACTGCAAATCTGGT 1140
|| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 GGAGTGAGAACAACTACAACCATTTGTAACTCCTTGATCAATGGGTACTGCAAATCTGGT 1160
Query 1141 CAATTAGTTGAAGCGGAACAAATATTTTCTCGGATGAACGATTGGAGCTTGAAACCAGAT 1200
|||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1161 CAATTAGTCGAAGCGGAACAAATACTTACTCGGATGAATGATTGGAGCTTGAAACCAGAT 1220
Query 1201 CATCACACGTACAATACCCTTGTGGATGGGTATTGCAGGGCTGGTTATGTTGACGAGGCT 1260
||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1221 CATCATACATACAATACCCTTGTGGATGGGTATTGCCGGGCTGGTCATGTTGACGAGGCT 1280
Query 1261 TTAAAGCTTTGTGATCAAATGTGCCAAAAAGAAGTTGTACCAACAGTTATGACTTACAAT 1320
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 TTAAAGCTTTGTGATCGAATGTGCCAAAAAGAAGTTGTACCAACAGTTATGACTTACAAT 1340
Query 1321 ATTCTGCTTAAAGGTTATAGTAGGATTGGTGCTTTTCATGATGTTTTGAGCCTTTGGAAG 1380
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 ATTCTTCTTAAAGGTTATAGTCGGATTGGTGCTTTTCATGATGTTTTGAGCCTTTGGAAG 1400
Query 1381 ATGATGCTTAAAAGAGGCGTAAAC-GCCGATGAGATTAGTTGTAGCACCCTACTCGAAGC 1439
|||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 ATGATGCTAAAAAGAGGCGT-AACTGCCAATGAGATTAGTTGTAGCACCCTACTCGAAGC 1459
Query 1440 ATTGTTCAAGCTTGGCGATTTTAATGAAGCTATGAAGCTGTGGGAGAATGTCTTAGCAAG 1499
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 ATTGTTCAAGCTTGGCGATTTTGATGAAGCTATGAAGCTGTGGGAGAATGTCTTAGCAAG 1519
Query 1500 AGGTCTATTGACTGATACGATAACATTAAATGTAATGATCAGTGGGCTGTGTAAAATGGA 1559
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 AGGTCTATTGACGGATACGATAACCTTAAATGTAATGATCAGTGGGCTGTGTAAAATGGA 1579
Query 1560 GAAGGTCAATGAAGCCAAAGAGATTCTAGATAATGTGAACATTTTCAGATGTAAGCCAGC 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 GAAGGTCAATGAAGCCAAAGAGATTCTAGATAATGTGAACATTTTCAGATGTAAGCCAGA 1639
Query 1620 TGTGCAAACATATCAAGCGTTGAGCCATGGGTATTATAAAGTCGGAAATTTGAAAGAAGC 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 TGTGCAAACATATCAAGCGTTGAGCCATGGGTATTATAAAGTCGGAAATTTGAAAGAAGC 1699
Query 1680 CTTT-GCGGTTAAAGAGTATATGGAAAGGAAAGGAATCTTCCCCACCATAGAGATGTATA 1738
||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1700 -TTTCGCGGTTAAAGATTATATGGAAAAGAAAGGAATCTTCCCCACCATAGAAATGTATA 1758
Query 1739 ACACTCTGATATCTGGTGCTTTCAAATATAGACACTTGAATAAAGTAGCGGATCTTGTGA 1798
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 ACACTCTGATATCTGGTGCTTTCAAATATAAACACTTGAATAAAGTAGCGGATCTTGTGA 1818
Query 1799 TCGAGCTACGCGCAAGAGGATTAACTCCTACTGTTGCTACATATGGTGCTCTCATCACCG 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1819 TCGAGCTACGCGCAAGAGGATTAACTCCTACTGTTGCTACATATGGGGCTCTTATCACCG 1878
Query 1859 GCTGGTGCAATATTGGAATGATAGATAAAGCCTACGCTACATGTTTCGAAATGATAGAGA 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1879 GCTGGTGCAATATTGGAATGATAGATAAAGCCTATGCTACATGTTTCGAGATGATAGAGA 1938
Query 1919 AAGGGATTACCTTAAATGTGAATATTTGCAGCAAGATTGCAAATAGTTTGTTTCGTCTTG 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1939 AAGGGATTACCTTAAATGTGAATATTTGCAGCAAGATTGCAAACAGTTTGTTTCGGCTTG 1998
Query 1979 ATAAGATTGATGAGGCTTGTTTGCTATTGCAGAAGATTGTGGATTTTGATCTGCTTCTTC 2038
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 ATAAGTTTGACGAGGCTTGTTTGCTATTGCAGAAGATTGTGGATTTTGATCTGCTTCTTC 2058
Query 2039 CCGGTTACCAGAGCTTGAAAGAGTTTCTTGAGGCC-AGTGCTACGACGTGTCTTAAAACA 2097
||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2059 CCGGTTACCAGAGCTTGAAGGAGTTTCTTGAG-CCTAGTGCTACAACATGTCTTAAAACA 2117
Query 2098 CAAAAAATCGCTGAGTCTGTCGAGAATAGCACCCCTAAGAAGCTCTTAGTTCCCAATAAC 2157
|||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 CAAAAAATTGCTGAGTCTGTCGAGAATAGTACTCCTAAGAAGCTCTTAGTTCCCAATAAC 2177
Query 2158 ATTGTTTACAATGTTGCTATCGCAGGTCTCTGTAAAGCTGGGAAACTCGA-GGATGCTCG 2216
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2178 ATTGTTTACAATGTTGCTATCGCAGGTCTCTGTAAAGCTGGGAAACTC-ACGGATGCTCA 2236
Query 2217 AAAACTCTTCTCGGATTTACTATCAAGTGATAGGTTTATTCCAGACGAATACACATACAC 2276
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237 AAAACTCTTCTCGGATTTACTATCCAGTGATAGGTTTATTCCAGACGAATACACATACAC 2296
Query 2277 GATCCTAATTCACGGATGTGCTATTGCTGGTGATATAAACAAAGCCTTTACCCTGAGGGA 2336
||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2297 GATCCTAATACACGGGTGTGCTATTGATGGTGATATAAACAAAGCCTTTAACCTGAGGGA 2356
Query 2337 TGAGATGGCTCTAAAAGGTATTATCCCGAACATTGTTACATACAACGCTTTGATAAAAGG 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2357 TGAGATGGCTCTAAAAGGTATTATCCCGAACATTGTTACATACAATGCTTTGATAAAAGG 2416
Query 2397 CTTGTGCAAGTTGGGTAATGTAGATCGTGCTCAGAGGCTTTTACATAAGCTTCCACAGAA 2456
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2417 CTTGTGCAAGTTGGGGAATGTAGATCGTGCTCAGAGGCTTTTACGTAAGCTTCCACAGAA 2476
Query 2457 GGGCATAACTCCTAATGCTATTACCTATAACACATTAATTGATGGACT-AGTTAAAAGTG 2515
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||
Sbjct 2477 GGGCATAACACCTAATGCTATTACCTATAACACATTGATTGATGGACTGA-TTAAAGGTG 2535
Query 2516 GTAATGTTGCTGAAGCTATGCGTTTAAAAGAAAAAATGATTGAGAAAGGCTTGGTTAGAG 2575
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2536 GTGATGTTGCTGAAGCTATGCGCTTAAAAGAAAAAATGATTGAAAAAGGCTTGGTTAGAG 2595
Query 2576 GGTCCGATAAACAGGGGGATGTTGACATACCAAAGGAGGTGGTTTTGGATCCGGAAGTTA 2635
| ||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||| | ||| |||||||| |||||
Sbjct 2596 GATCCTATAAACAAGGGGATGTTGACAAACCGAAGGAGAT--TTT-GGATCCGGTAGTTA 2652
Query 2636 AATTGGGGAGCACAGGAGTGATC-GAAATGAACTCAAATGAGCTTTATGATGTTAGGAGA 2694
||||||||| ||||||||||| | |||||||| || ||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 2653 AATTGGGGATCACAGGAGTGA-CAGAAATGAATTCGAATGAGCATTATGATGATAGGATA 2711
Query 2695 GTTTCTGAAGCAGTAGTATGA 2715
|||||||||||| | ||||||
Sbjct 2712 GTTTCTGAAGCATTCGTATGA 2732
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102424668805
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5