BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G19430.1
Length=2778
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920897 jgi|Araly1|920897|scaffold_102178.1 3576 0.0
> Ahg920897 jgi|Araly1|920897|scaffold_102178.1
Length=2205
Score = 3576 bits (1936), Expect = 0.0
Identities = 2122/2211 (96%), Gaps = 15/2211 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 486 TGGTTTCTTTAAGATTTTAAAAATGATGGAGAGAAAACGAGAAATGGGGATTGCTTATTT 545
|||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 TGGTTTCTTTGAGA-TTTGAAAATGATGGAGAGAAAAAGAGAAATGGGGATTGCTCATTT 59
Query 546 CGCGCGTAGGATTAAACAGCCACGAGGGATTTGGGTGAAGATGACGTTCATAGTTGTTTT 605
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 60 CGCGCGTAGGATTAAACAGCCACGAGGGATTTGGGTGAAGATGACGTTTATAGTTGTTTT 119
Query 606 GGGTCTCTGCTTCGTCTTCTTCTGGTCCTTCTTATCTTCCTCTGCTTCTACCTTT-AATG 664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 120 GGGTCTCTGCTTCGTCTTCTTCTGGTCCTTCTTATCTTCCTCTGCTTCT-TCTTTCAATG 178
Query 665 TCCAGAGAGAAAGCTTCGACGACATAGCTGAGCCAGTGTCATCTCGCACTAAGTCAGCTC 724
| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 179 TTCAGAGAGAAAGCTTCGACGATATAGCTGAACCAGTGTCAGCTCGCACTAAGTCAGCTC 238
Query 725 ATGAGGTGTCTGAATCTAGCAAATTACATGAGAGAGGTAAAGTTGAATCTGGTTCGAAAT 784
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 239 ACGAGGTAACTGAATCTAGCAAATTACATGAGAGAGGTAAAGTTGAATCTGGTTCAAAAT 298
Query 785 CTAAAGAGGGGAAAAAAGTTGGAGGTTCGTCTGTTCATAAACATGAAACCAAGAAAAAGA 844
||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 CTAAAGAAGGGAAAAAAGTTGGAGGTGGGTTTATTCATAAACATGAAACCAAGAAAAAGA 358
Query 845 AAGAGCATGCTGTGTCTCATCCACATAAGAAGAAGGATGTGCCAAAGCCTGTGGTTGAAG 904
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 359 AAGAGCATGTTGTGTCTCATCCACATAAGAAGAAGGATGTACCAAAGCCTGTGGTTGAAG 418
Query 905 AAGTTGTGGTTAAGGAGGATCAAGAACATGAAGAGGCGGAATCTGACGATTCTGATCAGT 964
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 419 AAGTTGTGGTTAAGGAGGATCAAGAACATGAAGAGGCGGAATCTGACAATTCTGATCAGT 478
Query 965 CTAATAAGGAAGATGGAGAAGAAGGAACTGAGTCAGATGGCAATGAAGGAGAATCTGATG 1024
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 479 CTAATAAGGAAGATGGAGAGGAAGGAACTGAGTCAGATGGCAATGAAGGAGAATC---T- 534
Query 1025 GAAATGGAGATGGAAGTGTGGATGATTCAAGTGCATCAGTTGATGAAGAAGTGGAAGAAA 1084
| || | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 G--AT-G-GA---AA-TGTGGATGATTCAAGTGTATCAGTTGATGAAGAAGTGGAAGAAA 586
Query 1085 AGAATGAGGAAGTAACTGTAAACGAGATAAGTAAAAAGAGGAAGAGGAAAGGTCCGGTGT 1144
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 AGAATGAGGAAGTAACTGTAACCGAGATAAGTAAAAAGAGGAAGAGGAAAGGTCCGGTGT 646
Query 1145 TTGATCCTAAAGCTGAGTATAGCTGGAGATTGTGTAACACTAGGAGCAAGCACAATTACA 1204
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 TTGATCCTAAAGCTGAGTATAGCTGGAGGTTGTGTAACACTAGGAGCAAGCACAATTACA 706
Query 1205 TGCCATGTATTGATAATGATGGGTTAATAGGGAGGCTTCAGAGTTATAGACATAGAGAGA 1264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 TGCCATGTATTGATAATGATGGGTTAATAGGGAGGCTTCAGAGTTATAGACATAGAGAGA 766
Query 1265 GGAGTTGTCCTAAGAAACCAGTTATGTGTCTTGTTCCTCTTCCACATGATGGCTATGATC 1324
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 767 GGAGTTGTCCTAAGAAACCAGTTATGTGCCTTGTTCCACTACCACATGATGGCTATGATC 826
Query 1325 CTCCTGTTTCCTGGCCTGAAAGCAAATCTAAGATATTGTATAAGAACGTGGCACATCCGA 1384
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 827 CTCCTGTTTCCTGGCCTGAGAGCAAATCTAAGATATTGTATAAGAACGTGGCGCATCCAA 886
Query 1385 AGTTGGCTGCGTATATTAAGAAGCATAATTGGGTGAATGAAACCGGTGAATACCTATCTT 1444
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 887 AGTTGGCGGCATATATTAAGAAGCATAATTGGGTGAATGAGACCGGTGAATACCTAACTT 946
Query 1445 TTCCACAGAACCAGACTACGTTCAACGGAAATGTTCTACAGTACCTTGAATTCATTCAAG 1504
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 TTCCACAGAACCAGACTGCGTTCAACGGAAATGTTCTACAGTACCTTGAATTCATTCAAG 1006
Query 1505 AGATGGTACCAGATATTGAATGGGGGAAGAATGTTCGTATAGTGTTGGACATTGGATGCT 1564
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 AGATGGTACCAGATATTGAATGGGGAAAGAATGTTCGTATAGTGTTGGACATTGGATGCT 1066
Query 1565 CAGATTCAAGTTTTGTAGCTGCATTGCTGGATAAGGATGTTTTGACGGTGTCTCTAGGTT 1624
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1067 CAGATTCAAGTTTTGTAGCTGCATTGCTGGATAAGGATGTTTTGACAGTGTCTCTAGGCT 1126
Query 1625 TAAAGGACGATCTAGTCGACTTAGCACAGGTCGCTCTTGAGCGCGGGTTTCCTACTTTTG 1684
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1127 TAAAGGACGATCTAGTCGACTTAGCACAGGTCGCCCTTGAGCGCGGGTTTCCTACTTTAG 1186
Query 1685 TCAGCTCTTTAGCAAGTAGAAGACTTCCTTTTCCTAGTGGAGTCTTCGATACCATTCATT 1744
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1187 TCAGCTCTTTAGCAAGTAGAAGGCTTCCTTTTCCTAGTGGAGTCTTTGATACCATTCATT 1246
Query 1745 GTGCTGCTTGCGGAGTCCACTGGCATTCTCATGGTGGTAAACTTCTCCTGGAGATGAACA 1804
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1247 GTGCTGCTTGCGGAATCCACTGGCATTCTCATGGGGGTAAACTTCTTCTGGAGATGAACA 1306
Query 1805 GAATATTAAGGCCTAATGGATATTTCATTTTGTCAAGTAATAATGACAAGATTGAGGATG 1864
| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 GGATTTTAAGGCCTAATGGATACTTCATTTTGTCAAGTAATAATGACAAGATTGAGGATG 1366
Query 1865 ATGAAGCGATGACTGCATTGACAGCTTCTATTTGTTGGAACATTCTTGCACACAAGACCG 1924
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1367 ATGAAGCGATGACCGCATTGACAGCTTCTATTTGTTGGAATATTCTTGCACACAAGACCG 1426
Query 1925 AAGAAGCAAGTGAAATGGGAGTGAGGATATATCAGAAACCAGAATCAAATGATATTTATG 1984
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 AAGAAGCAAGTGAAATGGGAGTGAGAATATATCAGAAACCAGAATCAAATGATATTTATG 1486
Query 1985 AACTGAGAAGGAAGAAAAATCCACCTCTTTGCGAGGACAACGAAAACCCAGATGCAGCCT 2044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1487 GACTGAGAAGGAAGAAAAATCCACCTCTTTGCGAGGACAACGAAAACCCAGATGCAGCAT 1546
Query 2045 GGTATGTGCCGATGAAAACTTGTATATATGAAATACCGTCGGCTATAGAACAACATGGAG 2104
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1547 GGTATGTGCCGATGAAAACTTGTATACATGAAATACCGTCGGCTATAGAACAGCATGGAG 1606
Query 2105 CAGAGTGGCCTGAAGAATGGCCAAAGCGACTTGAAACATACCCTGAGTGGTTAACCAGCA 2164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 CAGAGTGGCCTGAAGAATGGCCAAAGCGACTTGAAACATACCCTGAGTGGTTAACCAGCA 1666
Query 2165 AAGAGAAAGCTATGGAAGATACAAATCATTGGAATGCTATGGTAAACAAATCTTACCTCA 2224
|||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 AAGAGAAAGCCATTGAAAATACAAATCATTGGAATGCTATGGTAAACAAATCTTACCTCA 1726
Query 2225 CTGGATTAGGCATCGACTGGTTACATATCCGGAATGTGATGGACATGACAGCTATCTATG 2284
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1727 CTGGATTAGGCATCGACTGGTTACACATCCGGAACGTGATGGACATGACAGCAATCTATG 1786
Query 2285 GCGGATTTGGGGCATCACTTGTGAAGCAGAATGTGTGGGTAATGAATGTAGTGCCTGTGC 2344
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1787 GCGGATTTGCGGCATCACTTGTGAAGCAGAATGTGTGGGTAATGAATGTAGTGCCTGTTC 1846
Query 2345 ATTCACCAGACACACTTCCATTCATATACGAAAGAGGCCTCCTTGGTATATACCATGATT 2404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1847 ATTCACCAGACACACTTCCATTCATATACGAAAGAGGTCTCCTCGGTATATACCATGATT 1906
Query 2405 GGTGTGAACCATTTGGAACATATCCAAGATCTTATGACCTTCTTCATGCTGATCATCTCT 2464
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 GGTGTGAACCATTTGGAACATATCCAAGATCATATGACCTTCTTCATGCTGATCATCTCT 1966
Query 2465 TTTCGCGGCTCAAAAACAGGTGTAAGCAGCCGGCTTCGATCGTGGTGGAGATGGATAGAT 2524
||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 TTTCGCGGCTCAAGAACAGGTGTAAGCAACCAACTTCGATCGTGGTGGAGATGGATAGAT 2026
Query 2525 TGACAAGGCCTGGAGGTTGGGTGGTTGTGCGTGACAAAGTGGAGATATTAGAGCCATTGG 2584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 TGACAAGGCCTGGAGGTTGGGTGGTTGTGCGTGACAAAGTGGAGATATTAGAGCCATTGG 2086
Query 2585 AAGAGATATTAAGAAGCTTGCATTGGGAGATTCGAATGACTTATGCTCAAGACAAAGAAG 2644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 AAGAGATATTAAGAAGCTTGCATTGGGAGATTCGAATGACTTATGCTCAAGACAAAGAAG 2146
Query 2645 GAATGTTATGTGCCCAAAAGACTTTGTGGCGTCCATGATTCTTTTACtttt 2695
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2147 GAATGTTATGTGCCCAAAAGACATTGTGGCGTCCATGATTTTTTTACTTTT 2197
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104824354240
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5