BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G19520.1 Length=2442 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg472179 jgi|Araly1|472179|fgenesh2_kg.1__2133__AT1G19520.1 3699 0.0 > Ahg472179 jgi|Araly1|472179|fgenesh2_kg.1__2133__AT1G19520.1 Length=2332 Score = 3699 bits (2003), Expect = 0.0 Identities = 2229/2336 (95%), Gaps = 23/2336 (1%) Strand=Plus/Plus Query 9 AGCTAAAGTTAGGGTTTTGCCGAGATTTATCG-----TC--C-T-TCTGTTAAACTCTTC 59 |||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||| |||| Sbjct 1 AGCTAAAGTTAGGGTTTTGCCGAGATTTATCGTTCTATCTTCATCTCTGTTAAACCCTTC 60 Query 60 GGAGAAAGATGAAATCTTTCCTCCTCTCTAGACAAGCGATCCACCGTATTTCACTATTAT 119 |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AGAGAAAGATGAAATCTTTCCTCGTCTCTCGACAAGCGATCCACCGTATTTCACTATTAT 120 Query 120 CTTCAAAAACCCCAACTTTCTGCAGAAACTTCTCCGCCATTACATCCACCATTTCTCACT 179 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| Sbjct 121 CTTCAAAAACCCCAACTTTCTGCAGAAACTTCTCCGCCATTACATCTTCAATTTCTCACT 180 Query 180 CTGATCGTCATCTAAGAAGCTACGACGAACAAACCCCA-TTCCAAAATGTCGAAATCCCT 238 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||| Sbjct 181 CTGATCGTCATCTAAGAAGCTACGACGAACAAA-CCCATTTACAAAATGAAAAAATCCCT 239 Query 239 AGACCCATTTCATCATTCAATCGATATTTCCACTTTACTCGCGAGTCCCGACTCAGTGAA 298 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 240 AGACCCATTTCATCTTTCAATCGATATTTCCACTTTACTCGCGAGTCCCGACTCGGTGAG 299 Query 299 TCCAGTGCCGCCATTGACGACTCAAATGACC---AAG-AG--GAAGATGACGAAGATGGA 352 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || || ||||||||||| Sbjct 300 TCCAGTGCCGCCATTGACGACTCAAATGACCAGGAAGAAGACGACGAAGACGAAGATGGG 359 Query 353 ACAACAAACGAGTTCCTCTCACGATTCGTTTGGATAATGCGTGGGAAAGTCTCAGAAGCT 412 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 ACAACAAACGAGTTCCTCTCACGATTCGTTTGGATAATGCGTGGGAAAGTCTCAGAAGCT 419 Query 413 TACCCAGATTGTGACAAGAAGATGATTGATGGTATGCTTCTGCTTATTGTTGAGAAAGTC 472 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 420 TACCCAGATTGTGACAAGAAGATGATTGATGGTATGCTTCTGCTTATTGTAGAGAAAGTC 479 Query 473 GTGGAAGAAATCGAAAGAGGTGGATTCAATAAAGTTGGATCAGCTCCACCTTCACCGTCA 532 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 480 GTGGAAGAGATCGAAAGAGGTGGATTCAATAAAGTTGGATCAGCTCCACCTTCGCCGTCA 539 Query 533 TCGGAGTTTAGCGATGATCTATGGGCTACTATCTGGGAAGTTAGTAATACAGTGTTGAAA 592 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 TCGGAGTTTAGCGATGATCTATGGGCTACGATTTGGGAAGTTAGTAATACAGTGTTGAAA 599 Query 593 GATATGGAGAAAGAGAGGAAGAAGGAGAAGATGAAGCAATACGTTCAATCTCCTGAAGTG 652 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GATATGGAGAAAGAGAGGAAGAAAGAGAAGATGAAGCAATACGTTCAATCTCCTGAAGTG 659 Query 653 ATGGAGATGTGTAGGTTTGCTGGAGAGATTGGTATTCGTGGTGATTTGCTTAGAGAACTT 712 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 ATGGAGATGTGTAGGTTTGCTGGAGAAATTGGTATTCGTGGTGATTTGCTTAGAGAACTT 719 Query 713 AGATTTAAATGGGCAAGAGAGAAAATGGACGACGCTGAGTTTTATGAGAGTTTGGAACAG 772 ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 AGATTCAAATGGGCTAGAGAGAAAATGGAAGACGCTGAGTTTTATGAGAGTTTGGAACAG 779 Query 773 CAACGTGATTTGGATAATTCGATTAGGGAATCTGAAACTGTGGATGGAGAAGTAGAAGAA 832 |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 CAACGTGATTTGGATAATGCAATAAGGGAATCTGAAACTGTGGATGGAGAAGTAGAAGAA 839 Query 833 GAAGGGTTTGTTCCTTCTGATGAAGTTGAATCTAGGAGTATCTCCCTTCCTAAACGAAAG 892 ||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 840 GAAGGGTTTATTCCCTCTGATGAAATTGAGTCTAGGAGTATCTCTCTTCCTAAACGAAAG 899 Query 893 GGGAAGTTGAAGTACAAGATCTACGGGCTTGAGTTGTCGGATCCGAAATGGGTTGAAATG 952 |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 GGGAAGTTCAAGTACAAGATTTACGGGCTTGAGTTATCGGATCCGAAATGGGTTGAAATG 959 Query 953 GCTGATAAAATTCATGAAGCTGAGGAAGAGGCTGATTGGAGAGAGCCTAAACCTGTAACT 1012 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GCTGATAAAATTCATGAAGCTGAGGAAGAGGCTGATTGGAGAGAGCCTAAACCTGTAACT 1019 Query 1013 GGAAAGTGCAAATTGGTTATGGAGAAGCTTGAGTCTTTGCAGGAGGGAGATGATCCTTCA 1072 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 GGAAAGTGCAAATTGGTTATGGAGAAGCTTGAGTCTTTGCAGGAGGGAGATGATCCTTCA 1079 Query 1073 GGGTTGCTTGCTGAATGGGCTGAGTTATTGGAGCCTAACCGTGTGGATTGGATTGCTTTA 1132 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 GGGTTTCTTGCTGAATGGGCTGAGTTATTGGAGCCTAACCGTGTGGATTGGATTGCTTTA 1139 Query 1133 ATTAATCAGTTGCGAGAAGGAAACACTCATGCATACTTAAAGGTGGCAGAGGGTGTCCTG 1192 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1140 CTTAATCAGTTGCGAGAAGGAAACACTAATGCATACTTAAAGGTGGCAGAACGTGTCCTG 1199 Query 1193 GATGAAAAATCGTTCAACGCTAGCATCTCGGACTACTCAAAACTCATCCATATCCATGCT 1252 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 GATGAAAAATCGTTCAACGCTAGCATCTCAGACTACTCAAAACTCATCCATATCCATGCT 1259 Query 1253 AAAGAGAATCACATTGAAGATGTTGAGAGGATTCTAAAGAAAATGTCTCAAAATGGGATC 1312 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 AAAGAGAATCACATTGAAGATGTTGAGAGGATTCTAAAGAAAATGTCTCAAAATGGGATC 1319 Query 1313 TTTCCAGACATTTTAACCGCCACTGCGTTGGTTCATATGTACAGTAAATCAGGCAACTTT 1372 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1320 TTTCCAGACATTTTAACCGCCACTTCGTTGGTTCATATGTACAGTAAATCAGGCAACCTT 1379 Query 1373 GAGCGAGCAACAGAGGCATTTGAAAACTTGAAGAGCTATGGGTTACGGCCAGACGAGAAG 1432 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 GAGCGTGCAACAGAGGCATTTGAAAACTTGAAGAGCTATGGGTTACGGCCAGACGAGAAG 1439 Query 1433 ATCTACGAAGCCATGATCCTGGGCTATGTAAACGCTGGCAAGCCTAAACTAGGTGAGAGG 1492 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 ATCTACGAAGCCATGATCATGGGCTATGTAAACGCTGGCAAGCCTAAACTAGGTGAGAGG 1499 Query 1493 TTGATGAAAGAGATGCAAGCAAAGGAGTTGAAAGCCTCAGAAGAAGTTTACATGGCTCTG 1552 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 TTGGTGAAAGAGATGCAAGCAAAGGAGTTGAAAGCCTCGGAAGAAGTTTACATGGCTCTG 1559 Query 1553 CTTCGAGCTTATGCACAAATGGGAGATGCCAATGGAGCTGCGGGGATTTCTTCTTCAATG 1612 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1560 CTTCGAGCTTATGCACAAATGGGAGATGCCAATGGAGCTGCAGGGATTTCTTCTTCAATG 1619 Query 1613 CAGTATGCATCAGACGGTCCACTGAGCTTTGAAGCATATAGTTTATTTGTGGAAGCATAT 1672 | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1620 CTGTATGCATCAAACAATCCACTGAGCTTTGAAGCATATAGTTTATTTGTGGAAGCATAC 1679 Query 1673 GGGAAAGCAGGTCAGGTGGATAAAGCGAAAAGTAACTTTGATGAAATGAGAAAGCTTGGC 1732 ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1680 GGGAAAGCAGGGCAGGTGGATAAAGCTAAAAGCAACTTTGATGAAATGAGAAAGCTTGGC 1739 Query 1733 CACAAACCCGATGACAAGTGCATTGCAAATTTGGTCCGAGCTTATAAGGGAGAGAACTCA 1792 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1740 CACAAACCCGATGACAAGTGCATTGCAAATTTGGTCCGAGCATATAAGGGAGAGAACTCA 1799 Query 1793 TTAGATAAGGCACTGAGACTTTTGTTGCAGCTGGAGAAAGATGGGATTGAAATTGGTGTG 1852 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1800 TTAGATAAGGCACTGAGACTTTTGTTGCAGCTGGAGAAAGATGGGATTGAAATTGGTGTG 1859 Query 1853 ATCACTTACACCGTTCTTGTTGATTGGATGGCTAATCTTGGGCTTATCGAGGAAGCTGAG 1912 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1860 ATCACTTACACAGTTCTTGTTGATTGGATGGCTAATCTCGGGCTTATCGAGGAAGCTGAG 1919 Query 1913 CAGCTTCTGGTTAAGATCTCTCAGTTAGGAGAAGCTCCACCATTTGAACTCCAGGTGAGC 1972 ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1920 CAGCTTCTGGTAAAGATCTCTCAGCTAGGAGAAGCTCCACCATTTGAGCTCCAGGTGAGC 1979 Query 1973 TTGTGCTGTATGTATTCGGGTGTGAGGAATGAGAAGAAGACTCTTCAAGCTCTTGGGGTT 2032 ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1980 TTGTGCTGTATGTATTCTAGTGTGAGGAACGAGAAGAAGACTCTTCAAGCTCTTGGGGTT 2039 Query 2033 TTGGAAGCTAAGAGAGATCAAATGGGACCTAACGAGTTTGACAAAGTTATAAGTGCGTTG 2092 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2040 TTGGAAGCTAAGAGAGATCAAATGGGACCTAACGAGTTTGACAAAGTTATAACTGCGTTG 2099 Query 2093 AAAAGGGGTGGGTTTGAAAAAGATGCGAGAAGAATGTACAAGTATATGGAAGCTCGAAAG 2152 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 AAAAAGGGTGGGTTTGAAAAAGATGCGAGAAGAATGTATAAGTATATGGAAGCTCGAAAG 2159 Query 2153 TTTTTACCTTCACAGAGATTGCAGATGGATATGGTTGCACCACCTCGAGCTTTTGGGTCT 2212 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 TTTTTGCCTTCACAGAGATTGCAGATGGATATGGTTGCACCACCTCGAGCTTTTGGGTCT 2219 Query 2213 GGATCTGGTAGAGTGAGACGATTT-AA-CTCGTAAGTGGAAAAATCTTTTGAAACTTATT 2270 || ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2220 GGTTCTGGTAGAGTGAGACGGTAAGAAACTCGTAAGTGGAAAAATCTCA--AAACTTATT 2277 Query 2271 CACCAT-CGTGTGTTCAATGTTCTGAGCCAACTCACATTACGAGTTTCCATTGATT 2325 | ||| | |||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2278 TATCATTC-TGTGTTCAATCTTCTAAGTCAACTCACATTCCGAGTTTCCATTGATT 2332 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 92026031920 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5