BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G19520.1
Length=2442
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472179 jgi|Araly1|472179|fgenesh2_kg.1__2133__AT1G19520.1 3699 0.0
> Ahg472179 jgi|Araly1|472179|fgenesh2_kg.1__2133__AT1G19520.1
Length=2332
Score = 3699 bits (2003), Expect = 0.0
Identities = 2229/2336 (95%), Gaps = 23/2336 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 AGCTAAAGTTAGGGTTTTGCCGAGATTTATCG-----TC--C-T-TCTGTTAAACTCTTC 59
|||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||| ||||
Sbjct 1 AGCTAAAGTTAGGGTTTTGCCGAGATTTATCGTTCTATCTTCATCTCTGTTAAACCCTTC 60
Query 60 GGAGAAAGATGAAATCTTTCCTCCTCTCTAGACAAGCGATCCACCGTATTTCACTATTAT 119
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGAGAAAGATGAAATCTTTCCTCGTCTCTCGACAAGCGATCCACCGTATTTCACTATTAT 120
Query 120 CTTCAAAAACCCCAACTTTCTGCAGAAACTTCTCCGCCATTACATCCACCATTTCTCACT 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 121 CTTCAAAAACCCCAACTTTCTGCAGAAACTTCTCCGCCATTACATCTTCAATTTCTCACT 180
Query 180 CTGATCGTCATCTAAGAAGCTACGACGAACAAACCCCA-TTCCAAAATGTCGAAATCCCT 238
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||
Sbjct 181 CTGATCGTCATCTAAGAAGCTACGACGAACAAA-CCCATTTACAAAATGAAAAAATCCCT 239
Query 239 AGACCCATTTCATCATTCAATCGATATTTCCACTTTACTCGCGAGTCCCGACTCAGTGAA 298
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 240 AGACCCATTTCATCTTTCAATCGATATTTCCACTTTACTCGCGAGTCCCGACTCGGTGAG 299
Query 299 TCCAGTGCCGCCATTGACGACTCAAATGACC---AAG-AG--GAAGATGACGAAGATGGA 352
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || || |||||||||||
Sbjct 300 TCCAGTGCCGCCATTGACGACTCAAATGACCAGGAAGAAGACGACGAAGACGAAGATGGG 359
Query 353 ACAACAAACGAGTTCCTCTCACGATTCGTTTGGATAATGCGTGGGAAAGTCTCAGAAGCT 412
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ACAACAAACGAGTTCCTCTCACGATTCGTTTGGATAATGCGTGGGAAAGTCTCAGAAGCT 419
Query 413 TACCCAGATTGTGACAAGAAGATGATTGATGGTATGCTTCTGCTTATTGTTGAGAAAGTC 472
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 420 TACCCAGATTGTGACAAGAAGATGATTGATGGTATGCTTCTGCTTATTGTAGAGAAAGTC 479
Query 473 GTGGAAGAAATCGAAAGAGGTGGATTCAATAAAGTTGGATCAGCTCCACCTTCACCGTCA 532
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 480 GTGGAAGAGATCGAAAGAGGTGGATTCAATAAAGTTGGATCAGCTCCACCTTCGCCGTCA 539
Query 533 TCGGAGTTTAGCGATGATCTATGGGCTACTATCTGGGAAGTTAGTAATACAGTGTTGAAA 592
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCGGAGTTTAGCGATGATCTATGGGCTACGATTTGGGAAGTTAGTAATACAGTGTTGAAA 599
Query 593 GATATGGAGAAAGAGAGGAAGAAGGAGAAGATGAAGCAATACGTTCAATCTCCTGAAGTG 652
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GATATGGAGAAAGAGAGGAAGAAAGAGAAGATGAAGCAATACGTTCAATCTCCTGAAGTG 659
Query 653 ATGGAGATGTGTAGGTTTGCTGGAGAGATTGGTATTCGTGGTGATTTGCTTAGAGAACTT 712
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATGGAGATGTGTAGGTTTGCTGGAGAAATTGGTATTCGTGGTGATTTGCTTAGAGAACTT 719
Query 713 AGATTTAAATGGGCAAGAGAGAAAATGGACGACGCTGAGTTTTATGAGAGTTTGGAACAG 772
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGATTCAAATGGGCTAGAGAGAAAATGGAAGACGCTGAGTTTTATGAGAGTTTGGAACAG 779
Query 773 CAACGTGATTTGGATAATTCGATTAGGGAATCTGAAACTGTGGATGGAGAAGTAGAAGAA 832
|||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CAACGTGATTTGGATAATGCAATAAGGGAATCTGAAACTGTGGATGGAGAAGTAGAAGAA 839
Query 833 GAAGGGTTTGTTCCTTCTGATGAAGTTGAATCTAGGAGTATCTCCCTTCCTAAACGAAAG 892
||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 840 GAAGGGTTTATTCCCTCTGATGAAATTGAGTCTAGGAGTATCTCTCTTCCTAAACGAAAG 899
Query 893 GGGAAGTTGAAGTACAAGATCTACGGGCTTGAGTTGTCGGATCCGAAATGGGTTGAAATG 952
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGGAAGTTCAAGTACAAGATTTACGGGCTTGAGTTATCGGATCCGAAATGGGTTGAAATG 959
Query 953 GCTGATAAAATTCATGAAGCTGAGGAAGAGGCTGATTGGAGAGAGCCTAAACCTGTAACT 1012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCTGATAAAATTCATGAAGCTGAGGAAGAGGCTGATTGGAGAGAGCCTAAACCTGTAACT 1019
Query 1013 GGAAAGTGCAAATTGGTTATGGAGAAGCTTGAGTCTTTGCAGGAGGGAGATGATCCTTCA 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GGAAAGTGCAAATTGGTTATGGAGAAGCTTGAGTCTTTGCAGGAGGGAGATGATCCTTCA 1079
Query 1073 GGGTTGCTTGCTGAATGGGCTGAGTTATTGGAGCCTAACCGTGTGGATTGGATTGCTTTA 1132
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGGTTTCTTGCTGAATGGGCTGAGTTATTGGAGCCTAACCGTGTGGATTGGATTGCTTTA 1139
Query 1133 ATTAATCAGTTGCGAGAAGGAAACACTCATGCATACTTAAAGGTGGCAGAGGGTGTCCTG 1192
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 CTTAATCAGTTGCGAGAAGGAAACACTAATGCATACTTAAAGGTGGCAGAACGTGTCCTG 1199
Query 1193 GATGAAAAATCGTTCAACGCTAGCATCTCGGACTACTCAAAACTCATCCATATCCATGCT 1252
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GATGAAAAATCGTTCAACGCTAGCATCTCAGACTACTCAAAACTCATCCATATCCATGCT 1259
Query 1253 AAAGAGAATCACATTGAAGATGTTGAGAGGATTCTAAAGAAAATGTCTCAAAATGGGATC 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AAAGAGAATCACATTGAAGATGTTGAGAGGATTCTAAAGAAAATGTCTCAAAATGGGATC 1319
Query 1313 TTTCCAGACATTTTAACCGCCACTGCGTTGGTTCATATGTACAGTAAATCAGGCAACTTT 1372
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 TTTCCAGACATTTTAACCGCCACTTCGTTGGTTCATATGTACAGTAAATCAGGCAACCTT 1379
Query 1373 GAGCGAGCAACAGAGGCATTTGAAAACTTGAAGAGCTATGGGTTACGGCCAGACGAGAAG 1432
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GAGCGTGCAACAGAGGCATTTGAAAACTTGAAGAGCTATGGGTTACGGCCAGACGAGAAG 1439
Query 1433 ATCTACGAAGCCATGATCCTGGGCTATGTAAACGCTGGCAAGCCTAAACTAGGTGAGAGG 1492
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATCTACGAAGCCATGATCATGGGCTATGTAAACGCTGGCAAGCCTAAACTAGGTGAGAGG 1499
Query 1493 TTGATGAAAGAGATGCAAGCAAAGGAGTTGAAAGCCTCAGAAGAAGTTTACATGGCTCTG 1552
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TTGGTGAAAGAGATGCAAGCAAAGGAGTTGAAAGCCTCGGAAGAAGTTTACATGGCTCTG 1559
Query 1553 CTTCGAGCTTATGCACAAATGGGAGATGCCAATGGAGCTGCGGGGATTTCTTCTTCAATG 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CTTCGAGCTTATGCACAAATGGGAGATGCCAATGGAGCTGCAGGGATTTCTTCTTCAATG 1619
Query 1613 CAGTATGCATCAGACGGTCCACTGAGCTTTGAAGCATATAGTTTATTTGTGGAAGCATAT 1672
| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CTGTATGCATCAAACAATCCACTGAGCTTTGAAGCATATAGTTTATTTGTGGAAGCATAC 1679
Query 1673 GGGAAAGCAGGTCAGGTGGATAAAGCGAAAAGTAACTTTGATGAAATGAGAAAGCTTGGC 1732
||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GGGAAAGCAGGGCAGGTGGATAAAGCTAAAAGCAACTTTGATGAAATGAGAAAGCTTGGC 1739
Query 1733 CACAAACCCGATGACAAGTGCATTGCAAATTTGGTCCGAGCTTATAAGGGAGAGAACTCA 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CACAAACCCGATGACAAGTGCATTGCAAATTTGGTCCGAGCATATAAGGGAGAGAACTCA 1799
Query 1793 TTAGATAAGGCACTGAGACTTTTGTTGCAGCTGGAGAAAGATGGGATTGAAATTGGTGTG 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TTAGATAAGGCACTGAGACTTTTGTTGCAGCTGGAGAAAGATGGGATTGAAATTGGTGTG 1859
Query 1853 ATCACTTACACCGTTCTTGTTGATTGGATGGCTAATCTTGGGCTTATCGAGGAAGCTGAG 1912
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 ATCACTTACACAGTTCTTGTTGATTGGATGGCTAATCTCGGGCTTATCGAGGAAGCTGAG 1919
Query 1913 CAGCTTCTGGTTAAGATCTCTCAGTTAGGAGAAGCTCCACCATTTGAACTCCAGGTGAGC 1972
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1920 CAGCTTCTGGTAAAGATCTCTCAGCTAGGAGAAGCTCCACCATTTGAGCTCCAGGTGAGC 1979
Query 1973 TTGTGCTGTATGTATTCGGGTGTGAGGAATGAGAAGAAGACTCTTCAAGCTCTTGGGGTT 2032
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TTGTGCTGTATGTATTCTAGTGTGAGGAACGAGAAGAAGACTCTTCAAGCTCTTGGGGTT 2039
Query 2033 TTGGAAGCTAAGAGAGATCAAATGGGACCTAACGAGTTTGACAAAGTTATAAGTGCGTTG 2092
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2040 TTGGAAGCTAAGAGAGATCAAATGGGACCTAACGAGTTTGACAAAGTTATAACTGCGTTG 2099
Query 2093 AAAAGGGGTGGGTTTGAAAAAGATGCGAGAAGAATGTACAAGTATATGGAAGCTCGAAAG 2152
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AAAAAGGGTGGGTTTGAAAAAGATGCGAGAAGAATGTATAAGTATATGGAAGCTCGAAAG 2159
Query 2153 TTTTTACCTTCACAGAGATTGCAGATGGATATGGTTGCACCACCTCGAGCTTTTGGGTCT 2212
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TTTTTGCCTTCACAGAGATTGCAGATGGATATGGTTGCACCACCTCGAGCTTTTGGGTCT 2219
Query 2213 GGATCTGGTAGAGTGAGACGATTT-AA-CTCGTAAGTGGAAAAATCTTTTGAAACTTATT 2270
|| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2220 GGTTCTGGTAGAGTGAGACGGTAAGAAACTCGTAAGTGGAAAAATCTCA--AAACTTATT 2277
Query 2271 CACCAT-CGTGTGTTCAATGTTCTGAGCCAACTCACATTACGAGTTTCCATTGATT 2325
| ||| | |||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2278 TATCATTC-TGTGTTCAATCTTCTAAGTCAACTCACATTCCGAGTTTCCATTGATT 2332
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92026031920
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5