BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G19850.1
Length=3375
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472210 jgi|Araly1|472210|fgenesh2_kg.1__2164__AT1G19850.1 4713 0.0
> Ahg472210 jgi|Araly1|472210|fgenesh2_kg.1__2164__AT1G19850.1
Length=3346
Score = 4713 bits (2552), Expect = 0.0
Identities = 2843/2983 (95%), Gaps = 21/2983 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 404 TGAGTCTTGCTAAAGCCTAGTTAGTGTTGAGTGTGGGAGAGACAAAACAGAACATTGAAA 463
|||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 372 TGAGTCTTGCCAAAGCC----TAGTGTTGAGTGTGGGAGAGAC-AAACAGAACATTGAAC 426
Query 464 AATCTCTCTGTATGATGGCTTCATTGTCTTGTGTTGAAGACAAGATGAAAACAAGTTGTT 523
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 AATCTCTTTGTATGATGGCTTCGTTGTCTTGTGTTGAAGACAAGATGAAAACAAGTTGTT 486
Query 524 TGGTTAATGGTGGAGGAAC--T-ATAACAACAACAACATCTCAATCTACCTTGCTTGAAG 580
|||||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 487 TGGTTAATGGAGGAGGAACAATAACAACAACAACAACATCTCAATCTACTTTGCTTGAAG 546
Query 581 AGATGAAGCTGTTGAAAGACCAGTCAGGTACAAGAAAGCCGGTAATAAACTCGGAGCTAT 640
|||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 AGATGAAGCTCTTGAAAGATCAGTCAGGAACAAGAAAGCCGGTAATAAACTCGGAGCTAT 606
Query 641 GGCACGCTTGTGCAGGCCCTTTGGTGTGTCTCCCTCAAGTTGGGAGCTTAGTGTATTACT 700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 GGCACGCTTGTGCAGGCCCTTTGGTGTGTCTCCCTCAAGTTGGGAGCTTAGTGTATTACC 666
Query 701 TCTCACAAGGTCATAGCGAGCAGGTTGCTGTTTCAACCAGAAGATCAGCAACAACACAAG 760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 667 TCTCACAAGGTCATAGCGAGCAGGTTGCTGTTTCAACCAGAAGGTCAGCAACAACACAAG 726
Query 761 TTCCTAATTATCCGAACCTTCCATCTCAGTTGATGTGTCAAGTCCATAATGTTACTCTTC 820
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 TTCCTAACTACCCAAACCTTCCATCTCAGTTGATGTGTCAAGTCCATAATGTTACTCTTC 786
Query 821 ATGCTGACAAAGACAGTGACGAAATCTATGCTCAGATGAGTCTTCAACCTGTTCACTCTG 880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 787 ATGCTGACAAAGACAGTGACGAAATCTATGCTCAGATGAGTCTTCAACCAGTTCACTCTG 846
Query 881 AGAGAGATGTGTTCCCTGTACCAGACTTTGGAATGCT--GA-GAGGAAGTAAGCACCCGA 937
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||
Sbjct 847 AGAGAGATGTGTTCCCTGTACCAGACTTTGGGATGTTAAGAGGAGGAAGTAAGCACCCGA 906
Query 938 CTGAGTTTTTCTGCAAAACACTTACTGCAAGTGACACAAGCACACATGGAGGTTTCTCAG 997
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 907 CTGAGTTTTTCTGCAAAACACTTACTGCAAGTGACACAAGCACACATGGAGGTTTCTCCG 966
Query 998 TGCCACGTAGAGCTGCAGAGAAGCTATTTCCACCATTGGACTACTCAGCACAGCCGCCAA 1057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 967 TGCCACGTAGAGCTGCAGAGAAGCTATTTCCACCATTAGACTACACAGCACAGCCGCCAA 1026
Query 1058 CGCAAGAGCTTGTAGTTCGAGATCTTCATGAGAATACTTGGACATTTCGCCATATCTACC 1117
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1027 CGCAAGAGCTTGTAGTTCGAGATCTCCATGAGAATACTTGGACATTTCGCCATATCTATC 1086
Query 1118 GAGGGCAACCAAAGAGACATCTCCTAACTACAGGATGGAGTTTGTTCGTTGGATCGAAGA 1177
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1087 GAGGGCAACCAAAGAGACATCTCCTAACAACCGGATGGAGTTTGTTCGTTGGATCAAAAA 1146
Query 1178 GATTGAGAGCTGGGGATTCTGTTTTGTTCATCAGGGATGAGAAGTCACAACTTATGGTCG 1237
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 1147 GATTGAGAGCTGGGGATTCTGTTTTGTTCATCAGGGATGAAAAGTCGCAACTGATGGTCG 1206
Query 1238 GTGTTAGGCGTGCCAATCGCCAACAAACAGCACTTCCTTCATCAGTTCTCTCAGCGGATA 1297
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 GTGTGAGGCGTGCCAATCGCCAACAAACAGCACTTCCTTCATCAGTTCTCTCAGCGGATA 1266
Query 1298 GTATGCACATCGGTGTTCTTGCTGCTGCTGCTCACGCAACCGCCAACCGTACTCCTTTTT 1357
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |
Sbjct 1267 GTATGCACATCGGTGTTCTTGCTGCTGCTGCGCACGCAACTGCAAACCGAACTCCTTTCT 1326
Query 1358 TGATATTCTATAATCCAAGAGCTTGTCCAGCAGAGTTCGTGATCCCTCTAGCTAAGTACC 1417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1327 TGATATTCTATAATCCAAGAGCTTGTCCAGCAGAGTTTGTGATTCCTCTAGCTAAGTACC 1386
Query 1418 GTAAGGCGATATGCGGGTCTCAGCTCTCAGTTGGTATGAGATTTGGAATGATGTTTGAAA 1477
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1387 GCAAGGCGATATGTGGGTCTCAGCTCTCAGTTGGTATGAGGTTTGGAATGATGTTTGAAA 1446
Query 1478 CTGAAGATTCCGGGAAACGAAGGTACATGGGAACTATTGTTGGAATCAGCGATTTGGATC 1537
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1447 CTGAAGATTCCGGGAAACGAAGGTACATGGGAACCATTGTTGGAATCAGTGATCTGGATC 1506
Query 1538 CGTTGAGATGGCCTGGTTCTAAGTGGCGTAACCTTCAGGTAGAATGGGATGAGCCTGGAT 1597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1507 CGTTGAGATGGCCTGGTTCTAAGTGGCGTAACCTTCAGGTGGAATGGGATGAGCCTGGAT 1566
Query 1598 GTAATGATAAACCTACTCGGGTCAGTCCATGGGATATCGAAACACCTGAAAGTCTCTTCA 1657
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 GTAATGATAAGCCTACTCGGGTCAGTCCATGGGATATCGAAACACCTGAAAGTCTCTTCA 1626
Query 1658 TTTTTCCTTCTCTGACCTCAGGACTCAAACGTCAGCTCCATCCATCTTACTTTGCTGGTG 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1627 TTTTTCCTTCTCTGACCTCAGGACTCAAACGTCAGCTCCATCCATCTTACTTTGCGGGTG 1686
Query 1718 AAACTGAATGGGGTAGCTTGATAAAACGGCCACTTATACGTGTTCCTGATTCCGCGAATG 1777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1687 AAACTGAATGGGGTAGCTTGATAAAACGGCCACTTATACGTGTTCCTGATTCCGCGAACG 1746
Query 1778 GGATTATGCCATATGCATCTTTCCCTAGTATGGCTTCGGAGCAGCTTATGAAAATGATGA 1837
|||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 GGATTATGCCTTACACATCATTCCCTAATATGGCTTCGGAGCAGCTTATGAAAATGATGA 1806
Query 1838 TGAGGCCTCACAACAACCAAAATGTACCATCTTTCATGTCTGAGATGCAGCAGAATATTG 1897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1807 TGAGGCCTCACAACAACCAAAATGTACCATCTTTCATGTCTGAGATGCAGCAGAATGTTG 1866
Query 1898 TAATGGGGAATGGAGGTTTGCTAGGAGATATGAAGATGCAGCAACCCCTGATGATGAACC 1957
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1867 TAATGGGGCATGGAGGTTTTCTAGGAGATATGAAGATGCAGCAACCCATGATGATGAACC 1926
Query 1958 AGAAATCTGAGATGGTGCAGCCACAAAACAAGCTAACAGTGAACCCATCTGCTTCTAATA 2017
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927 AGAAATCTGAGATGTTGCAGCCACAAAACAAGCTAACAGTGAACCCATCTGCTTCTAATA 1986
Query 2018 CGAGTGGCCAAGAACAGAATCTTTCACAGAGTATGAGTGCTCCTGCTAAA-CCTGAGAAC 2076
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||
Sbjct 1987 CGAGTGGCCAAGAACAGAATCTGTCACAGAGTATGAGTGCTCCTGC-AAAGCCTGACAAC 2045
Query 2077 TCTACACTCTCTGGTTGCAGCTCTGGTAGAGTCCAACATGGACTTGAGCAGTCAATGGAA 2136
|| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2046 TCAACACTTTCTGGCTGCAGCTCTGGTAGAGTCGAGCATGGACTTGAGCAGTCGATGGAA 2105
Query 2137 CAGGCAAGCCAGGTTACTACATCCACAGTGTGTAATGAGGAAAAGGTTAATCAGCTACTT 2196
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 CAGGCAAGCCAGGTGACTACACCCACAGTGTGTAATGAGGAAAAGGTTAATCAGCTACTT 2165
Query 2197 CAGAAACCGGGTGCTTCGTCGCCTGTACAAGCTGATCAATGTCTTGACATTACTCATCAG 2256
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2166 CAGAAACCGGGTTCTTCGTCTCCTGTACAAGCTGATCCATGTCTTGACATTAGTCAACAG 2225
Query 2257 ATTTACCAACCACAGTCTGATCCAATAAATGGATTCTCTTTCCTGGAAACTGATGAGCTG 2316
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2226 ATTTACCCACCACAGTCTGATCCAATAAATGGATTCTCTTTCTTGGAAACTGATGAGCTG 2285
Query 2317 ACATCACAAGTCTCTTCCTTCCAGTCTCTTGCCGGATCATACAAGCAACCATTCATTCTA 2376
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2286 ACATCACAAGTGTCTTCCTTCCAGTCTCTTGCCGGATCATACAAGCAACCATTTATGCTA 2345
Query 2377 TCCTCCCAGGATTCTTCAGCTGTTGTGTTACCGGATTCCACAAACTCACCGCTGTTTCAT 2436
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2346 TCCTCCCAGGATTCTTCAGCTGTTGGGTTACCGGATTCAACAAACTCACCAATGTTTCAC 2405
Query 2437 GATGTGTGGGACACTCAGTTGAACGGTCTCAAGTTTGACCAGTTCAGTCCCTTGATGCAG 2496
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2406 GATGTGTGGGACAATCAGTTGAACGGTCTCAAGTTTGACCAGTTCAGTCCCTTGATGCAG 2465
Query 2497 CAGGACCTTTATGCTAGTCAGAATATCTGTATGAGTAATAGCACAACCAGTAACATTCTA 2556
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2466 CAGGACCTTTATGCTAGTCAGAATATTTGTATGAGTAATAGCACAACCAGCAACATTCTA 2525
Query 2557 GATCCTCCACTCTCAAACACAGTCCTTGATGACTTCTGTGCCATCAAAGACACTGATTTC 2616
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2526 GATCCTCCACTCTCAAACACAGTTCTTGATGACTTCTGTGCCATCAAGGAAACTGATTTC 2585
Query 2617 CAGAACCACCCTTCTGGTTGTTTGGTTGGAAACAACAACACTAGCTTTGCTCAAGATGTC 2676
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2586 CAGAACCACCCTTCTAGTTGTTTGGTTGGAAACAACAACACTAGCTTTGCTCAAGATGTC 2645
Query 2677 CAGTCGCAGATCACATCAGCTAGCTTTGCAGACTCACAGGCCTTCTCTCGCCAAGATTTT 2736
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2646 CAGTCACAGATCACATCAGCTAGCTTTGCAGACTCACAGGCCTTCTCTCGTCAAGATTTT 2705
Query 2737 CCAGATAATTCTGGAGGCACTGGTACATCTTCAAGCAATGTTGATTTTGATGATTGTAGT 2796
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2706 CCAGATAATTCCGGAGGGACTGGTACATCTTCAAGCAATGTTGATTTTGATGATAGTAGT 2765
Query 2797 CTGCGGCAAAATAGTAAAGGCTCATCATGGCAGAAAATTGCGACACCCCGCGTCCGAACC 2856
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2766 CTGCTGCAAAATAGTAAAGGCTCATCATGGAAGAAAATTGCAACACCCCGCGTCCGAACC 2825
Query 2857 TACACTAAGGTTCAAAAAACCGGGTCAGTCGGGAGATCAATTGATGTCACAAGCTTTAAA 2916
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2826 TACACTAAGGTTCAAAAAACCGGGTCAGTAGGGAGGTCAATTGATGTCACAAGCTTCAAA 2885
Query 2917 GACTACGAGGAGCTAAAATCTGCTATCGAATGCATGTTTGGATTGGAAGGACTACTAACT 2976
|||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2886 GACTACAAGGAGCTAAAATCTGCAATCGAGTGCATGTTTGGATTGGAAGGACTACTCACT 2945
Query 2977 CACCCACAAAGCTCGGGTTGGAAGCTTGTATATGTTGATTATGAGAGTGATGTTCTGCTT 3036
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2946 CGGCCACAAAGCTCGGGTTGGAAGCTTGTATATGTTGATTATGAGAGTGATGTTCTACTT 3005
Query 3037 GTAGGAGATGATCCATGGGAAGAGTTTGTGGGATGCGTAAGGTGCATAAGGATATTGTCG 3096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||
Sbjct 3006 GTAGGAGATGATCCATGGGAAGAGTTTGTGGGATGCGTTAGGTGCATAAGGATACTATCG 3065
Query 3097 CCAACTGAGGTCCAGCAGATGAGTGAAGAAGGGATGAAGCTTTTGAACAGCGCAGGCATT 3156
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3066 CCAACAGAGGTCCAGCAGATGAGTGAAGAAGGGATGAAGCTTTTGAACAGCGCGGGCATT 3125
Query 3157 AACGATCTTAAGACTTCTGTTTCATAAATGTAACAATATAAAAATGATCTCATGCTGATT 3216
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3126 AACGATCTTAAGACTTCTGTTTCATAAATGTAGCAATATAAAAATGATCTCCTGCTGATT 3185
Query 3217 TGTAAGaaaaaaaaGAGAGTAAGAAA-TGTTCTTTTCTCCAACTGGTAGAGGAGAAACCA 3275
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3186 TGTAAGAAAAAAAAGAGAGTAAGAAACTGTTCTTCTCTCGAACTGGTAGAGGAGAAACCT 3245
Query 3276 TCTTGTTGTAAGCATTTGATGTGTTGTTCCGATTTGAGACCTGAAACTA---TAT-T-CA 3330
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||
Sbjct 3246 TCTTGTTGTA-GCATTTGATGTGTTGTTCCCATTTGAGACCTGAAACTAAACTATATTCA 3304
Query 3331 TATTATGTAGTAGAGTGATGAATGAATCAGTAGTTGAGACAGT 3373
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3305 TAT-ATGTAGTAGAGTGATGAATGAATCAGTAGTTGAGACAGT 3346
Score = 580 bits (314), Expect = 2e-164
Identities = 358/378 (95%), Gaps = 7/378 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCCGGAACCAAAGAAAGAAACTGTGTGGTTTCATGATGGCACCTTTGGTTTCTCTTCTT 60
||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATCCGGAACCAAAGATAGAAAC--TGTGGTTTCATGATGGCACCTTTGGTTTCTCTTCTT 58
Query 61 CATTGAAGGGTCGAATTTGGTCTgagaaaagaagagtggagagagagaaagagaagaggc 120
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 59 CATTGAAGGGTCGAATTTAGTCTGAGAAAAGAAGAGTGGAGAGAGAGAAAGAGGAGAGGC 118
Query 121 aagagccccacaagagagaCATGCTTGTCTGTGT--AGTCCCTATTTTGTATGTTCTTTA 178
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 119 AAGAGCCCCACAAGAGAGACATGCTTGTCTGTGTGTAGTCCCT-TTTTGTATGTTCTTTA 177
Query 179 ATCTCTCCCACTCTGTTTTTGTCATGTGTAAGGGTTTT-GTCCTTCGATTTTGGAGTCTT 237
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||
Sbjct 178 ATCTCTCCCACTCTGTTTTTGTCATGTATAAGGGTTTTTGTCCTTCGAATTTGGAGTTTT 237
Query 238 CTTTAACCaaaaaaaaaCAGATTCCATGAAATGGCTTTGTCTTTAATTCCTCTGGTTTGT 297
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |
Sbjct 238 CTTTAACCAAAAAAAACCAGATTCCATGAAATGGCTTTGTCTTTAATTCTTTTGGTTTTT 297
Query 298 CCTGGATTTATCTTCTTGTAGCCTCTTTGCTCAATAGAGCTCTTTTTGTCTCTTCTTGTA 357
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 298 CCTGGATTTATCTTCTTGTAGCCTCTTTGCTCAGTAGAGCTCTTTT-GTCTCTTCTTGTG 356
Query 358 Ttaaataaaataaaatga 375
||||| ||||||||||||
Sbjct 357 TTAAAAAAAATAAAATGA 374
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127416754404
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5