BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G20080.1
Length=1851
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg312936 jgi|Araly1|312936|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001716 2671 0.0
> Ahg312936 jgi|Araly1|312936|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001716
Length=1608
Score = 2671 bits (1446), Expect = 0.0
Identities = 1560/1615 (97%), Gaps = 8/1615 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 105 ATGGGAATAATCAGCACAATATTGGGTGTGATTGGTTTTGGATTTGGAACAACGATCGGA 164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGAATAATCAGCACAATATTGGGTGTGATTGGTTTTGGATTTGGAACAACGATCGGA 60
Query 165 ATCGTCATTGGTTACTACTTGTTCATCTATTTCCAGTCTACTGATGTTGAGGATCCTGAG 224
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 61 ATCGTCATTGGTTACTACTTGTTCATCTATTTCCAGTCTACTGA---T---GATCCTGAG 114
Query 225 ATCAAGCCATTGGTGGAGTTAGATTCAGAGACTATAGCAACAATGTTCCCTGAAATACCT 284
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 115 ATCAAGCCACTGGTGGAGTTAGATTCAGAGACTATAGCAAAAATGTTCCCTGAAATACCT 174
Query 285 ATGTGGGTGAAAAATCCTGATTTTGATCGTATTGACTGGCTTAACAAGCTTATTGGCCAT 344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 175 TTGTGGGTGAAAAATCCTGATTTTGATCGTATTGACTGGCTTAACAAGCTCATTGGCCAT 234
Query 345 ATGTGGCCTTA-TATGGACAAAGCTATCTGTAAGATGGCCAAGTCAATAGCCAAACCCAT 403
||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 235 ATGTGGCCTTACT-TGGACAAAGCTATTTGTAAGATGGCCAAGTCAATTGCCAAACCTAT 293
Query 404 TATCGCTGAGCAAATTCCAAACTACAAAATCGATTCAGTTGAATTTGAAATGCTCACTTT 463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 TATCGCTGAGCAAATTCCAAACTACAAAATCGATTCAGTTGAATTTGAAATGCTCACTTT 353
Query 464 GGGTTCATTACCACCAAGTTTCCAAGGAATGAAAGTATATGCAACTGATGACAAAGAAAT 523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 GGGTTCATTACCACCAAGTTTCCAAGGAATGAAAGTTTATGCAACTGATGACAAAGAAAT 413
Query 524 TATCATGGAGTTGTCAGTGAAATGGGCAGGGAACCCTAATATCATTGTTGTAGCCAAAGC 583
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 AATAATGGAGTTGTCAGTGAAATGGGCAGGGAACCCTAATATCATTGTTGTAGCCAAAGC 473
Query 584 ATTTGGGTTAAAAGCTACTGTTCAGGTGATTGATTTGCAAGTTTACGCTACTCCAAGGAT 643
|||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 474 ATTTGGGTTAAAAGCTACCGTTCAAGTGGTTGATTTGCAAGTTTACGCAACTCCAAGGAT 533
Query 644 TACTCTGAAGCCTTTGGTTCCATCATTCCCCTGTTTTGCCAACATATTTGTCTCTCTTAT 703
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 TACTCTGAAGCCTTTGGTCCCATCTTTCCCCTGTTTTGCCAACATATTTGTCTCTCTTAT 593
Query 704 GGATAAGCCACAAGTCGATTTTGGACTGAAGTTACTAGGTGCAGATGTAATGGCGATTCC 763
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 GGATAAGCCACAAGTCGATTTTGGACTGAAGTTGCTTGGTGCAGATGTAATGGCGATTCC 653
Query 764 TGGCTTATACCGATTTGTCCAGGAAATCATTAAAGATCAGGTTGCAAACATGTACCTATG 823
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 654 TGGCTTATACCGATTTGTCCAGGAGCTCATTAAAGATCAGGTTGCAAATATGTACCTATG 713
Query 824 GCCAAAGACTTTGAATGTTCAAATAATGGATCCTTCTAAAGCTATGAAGAAACCTGTTGG 883
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 GCCAAAGACTTTGAATGTTCAGATAATGGATCCTTCTAAAGCTATGAAGAAACCTGTTGG 773
Query 884 ATTGCTTAGTGTGAAGGTCATAAAGGCAATAAAGCTTAAGAAGAAGGATCTTCTGGGTGG 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 774 ATTGCTTAGTGTGAAGGTCATAAAGGCAATAAAGCTTAAGAAGAAAGATCTTCTGGGTGG 833
Query 944 ATCAGATCCTTATGTGAAATTAACACTCTCTGGAGACAAGGTTCCTGGTAAGAAGACAGT 1003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 834 ATCAGATCCTTATGTGAAATTAACACTCTCTGGAGACAAGGTTCCTGGTAAAAAGACAGT 893
Query 1004 TGTTAAACACAGTAATCTGAATCCTGAATGGAACGAAGAATTCGATTTGGTTGTTAAAGA 1063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 TGTTAAACACAGTAATCTGAATCCTGAATGGAACGAAGAATTCGATTTGGTTGTTAAAGA 953
Query 1064 ACCAGAGAGCCAAGAGCTACAGCTCATTGTTTATGACTGGGAACAGGTTGGTAAACATGA 1123
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 ACCAGAGAGCCAAGAACTACAGCTCATTGTTTATGACTGGGAACAGGTTGGTAAACATGA 1013
Query 1124 TAAGATAGGAATGAATGTGATTCAACTCAAAGACCTTACACCAGAGGAGCCAAAACTCAT 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 TAAGATAGGAATGAATGTGATTCAACTCAAAGACCTTACACCAGAGGAGCCAAAACTCAT 1073
Query 1184 GACACTCGAGCTCTTAAAATCCATGGAACCAAAAGAGCCAGTTAGCGAGAAATCGCGTGG 1243
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1074 GACACTTGAGCTCTTAAAATCCATGGAACCAAACGAGCCAGTTAGTGAGAAATCGCGTGG 1133
Query 1244 ACAGCTCGTGGTTGAAGTCGAATATAAACCTTTTAAGGATGATGATATTCCAGAGAACAT 1303
||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1134 ACAGCTCGTTGTGGAGGTCGAATATAAACCTTTTAAGGATGATGAAATTCCAGAGAACCT 1193
Query 1304 TGATGATCCAAATGCAGTAGAGAAAGCACCAGAAGGCACACCTTCTACTGGTGGCTTGCT 1363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1194 TGATGATCCAAATGCAGTAGAGAAAGCACCAGAAGGCACACCTTCTAGTGGTGGTTTGCT 1253
Query 1364 TGTGGTGATAGTTCACGAAGCTGAAGATCTAGAAGGCAAATATCACACTAATCCTTCTGT 1423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 TGTGGTGATAGTTCACGAAGCTGAAGATCTAGAAGGCAAATATCACACTAATCCTTCTGT 1313
Query 1424 TCGTTTGCTATTCAGAGGAGAAGAGCGTAAGACAAAGCGTGTGAAGAAAAACAGAGAACC 1483
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 TCGTTTGCTATTCAGAGGGGAAGAGCGTAAAACAAAGCGTGTGAAGAAAAACAGAGAACC 1373
Query 1484 GAGATGGGATGAAGATTTTCAGTTCCCATTAGATGAGCCTCCCATAAACGATAAGCTACA 1543
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1374 GAGATGGGATGAAGATTTTCAGTTCCCAGTAGATGAGCCTCCCATAAACGATAAGCTTCA 1433
Query 1544 CGTTGAAGTCATAAGTTCTTCTTCAAGACTAATTCATCCCAAGGAAACTCTTGGTTACGT 1603
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 CGTTGAAGTCATAAGTTCTTCTTCAAGATTACTTCATCCCAAGGAAACTCTTGGTTACGT 1493
Query 1604 GGTGATAAATCTTGGGGATGTTGTGAGTAATCGGAGAATCAACGATAAGTATCATCTGAT 1663
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1494 TGTGATAAACCTTGGTGATGTTGTGAGTAATCGGAGAATCAATGATAAGTATCATCTGAT 1553
Query 1664 TGATTCCAAGAATGGTCGTATTCAGATTGAGCTTCAGTGGAGAAATTCTTCTTGA 1718
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1554 TGATTCCAAGAATGGTCGGATTCAGATTGAGCTTCAGTGGAGAACTTCTTCTTGA 1608
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69514697125
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5