BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G20080.1 Length=1851 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg312936 jgi|Araly1|312936|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001716 2671 0.0 > Ahg312936 jgi|Araly1|312936|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001716 Length=1608 Score = 2671 bits (1446), Expect = 0.0 Identities = 1560/1615 (97%), Gaps = 8/1615 (0%) Strand=Plus/Plus Query 105 ATGGGAATAATCAGCACAATATTGGGTGTGATTGGTTTTGGATTTGGAACAACGATCGGA 164 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGGAATAATCAGCACAATATTGGGTGTGATTGGTTTTGGATTTGGAACAACGATCGGA 60 Query 165 ATCGTCATTGGTTACTACTTGTTCATCTATTTCCAGTCTACTGATGTTGAGGATCCTGAG 224 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 61 ATCGTCATTGGTTACTACTTGTTCATCTATTTCCAGTCTACTGA---T---GATCCTGAG 114 Query 225 ATCAAGCCATTGGTGGAGTTAGATTCAGAGACTATAGCAACAATGTTCCCTGAAATACCT 284 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 115 ATCAAGCCACTGGTGGAGTTAGATTCAGAGACTATAGCAAAAATGTTCCCTGAAATACCT 174 Query 285 ATGTGGGTGAAAAATCCTGATTTTGATCGTATTGACTGGCTTAACAAGCTTATTGGCCAT 344 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 175 TTGTGGGTGAAAAATCCTGATTTTGATCGTATTGACTGGCTTAACAAGCTCATTGGCCAT 234 Query 345 ATGTGGCCTTA-TATGGACAAAGCTATCTGTAAGATGGCCAAGTCAATAGCCAAACCCAT 403 ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 235 ATGTGGCCTTACT-TGGACAAAGCTATTTGTAAGATGGCCAAGTCAATTGCCAAACCTAT 293 Query 404 TATCGCTGAGCAAATTCCAAACTACAAAATCGATTCAGTTGAATTTGAAATGCTCACTTT 463 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 294 TATCGCTGAGCAAATTCCAAACTACAAAATCGATTCAGTTGAATTTGAAATGCTCACTTT 353 Query 464 GGGTTCATTACCACCAAGTTTCCAAGGAATGAAAGTATATGCAACTGATGACAAAGAAAT 523 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 354 GGGTTCATTACCACCAAGTTTCCAAGGAATGAAAGTTTATGCAACTGATGACAAAGAAAT 413 Query 524 TATCATGGAGTTGTCAGTGAAATGGGCAGGGAACCCTAATATCATTGTTGTAGCCAAAGC 583 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 414 AATAATGGAGTTGTCAGTGAAATGGGCAGGGAACCCTAATATCATTGTTGTAGCCAAAGC 473 Query 584 ATTTGGGTTAAAAGCTACTGTTCAGGTGATTGATTTGCAAGTTTACGCTACTCCAAGGAT 643 |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 474 ATTTGGGTTAAAAGCTACCGTTCAAGTGGTTGATTTGCAAGTTTACGCAACTCCAAGGAT 533 Query 644 TACTCTGAAGCCTTTGGTTCCATCATTCCCCTGTTTTGCCAACATATTTGTCTCTCTTAT 703 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 534 TACTCTGAAGCCTTTGGTCCCATCTTTCCCCTGTTTTGCCAACATATTTGTCTCTCTTAT 593 Query 704 GGATAAGCCACAAGTCGATTTTGGACTGAAGTTACTAGGTGCAGATGTAATGGCGATTCC 763 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 594 GGATAAGCCACAAGTCGATTTTGGACTGAAGTTGCTTGGTGCAGATGTAATGGCGATTCC 653 Query 764 TGGCTTATACCGATTTGTCCAGGAAATCATTAAAGATCAGGTTGCAAACATGTACCTATG 823 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 654 TGGCTTATACCGATTTGTCCAGGAGCTCATTAAAGATCAGGTTGCAAATATGTACCTATG 713 Query 824 GCCAAAGACTTTGAATGTTCAAATAATGGATCCTTCTAAAGCTATGAAGAAACCTGTTGG 883 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 714 GCCAAAGACTTTGAATGTTCAGATAATGGATCCTTCTAAAGCTATGAAGAAACCTGTTGG 773 Query 884 ATTGCTTAGTGTGAAGGTCATAAAGGCAATAAAGCTTAAGAAGAAGGATCTTCTGGGTGG 943 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 774 ATTGCTTAGTGTGAAGGTCATAAAGGCAATAAAGCTTAAGAAGAAAGATCTTCTGGGTGG 833 Query 944 ATCAGATCCTTATGTGAAATTAACACTCTCTGGAGACAAGGTTCCTGGTAAGAAGACAGT 1003 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 834 ATCAGATCCTTATGTGAAATTAACACTCTCTGGAGACAAGGTTCCTGGTAAAAAGACAGT 893 Query 1004 TGTTAAACACAGTAATCTGAATCCTGAATGGAACGAAGAATTCGATTTGGTTGTTAAAGA 1063 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 894 TGTTAAACACAGTAATCTGAATCCTGAATGGAACGAAGAATTCGATTTGGTTGTTAAAGA 953 Query 1064 ACCAGAGAGCCAAGAGCTACAGCTCATTGTTTATGACTGGGAACAGGTTGGTAAACATGA 1123 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 954 ACCAGAGAGCCAAGAACTACAGCTCATTGTTTATGACTGGGAACAGGTTGGTAAACATGA 1013 Query 1124 TAAGATAGGAATGAATGTGATTCAACTCAAAGACCTTACACCAGAGGAGCCAAAACTCAT 1183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1014 TAAGATAGGAATGAATGTGATTCAACTCAAAGACCTTACACCAGAGGAGCCAAAACTCAT 1073 Query 1184 GACACTCGAGCTCTTAAAATCCATGGAACCAAAAGAGCCAGTTAGCGAGAAATCGCGTGG 1243 |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1074 GACACTTGAGCTCTTAAAATCCATGGAACCAAACGAGCCAGTTAGTGAGAAATCGCGTGG 1133 Query 1244 ACAGCTCGTGGTTGAAGTCGAATATAAACCTTTTAAGGATGATGATATTCCAGAGAACAT 1303 ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | Sbjct 1134 ACAGCTCGTTGTGGAGGTCGAATATAAACCTTTTAAGGATGATGAAATTCCAGAGAACCT 1193 Query 1304 TGATGATCCAAATGCAGTAGAGAAAGCACCAGAAGGCACACCTTCTACTGGTGGCTTGCT 1363 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| Sbjct 1194 TGATGATCCAAATGCAGTAGAGAAAGCACCAGAAGGCACACCTTCTAGTGGTGGTTTGCT 1253 Query 1364 TGTGGTGATAGTTCACGAAGCTGAAGATCTAGAAGGCAAATATCACACTAATCCTTCTGT 1423 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1254 TGTGGTGATAGTTCACGAAGCTGAAGATCTAGAAGGCAAATATCACACTAATCCTTCTGT 1313 Query 1424 TCGTTTGCTATTCAGAGGAGAAGAGCGTAAGACAAAGCGTGTGAAGAAAAACAGAGAACC 1483 |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1314 TCGTTTGCTATTCAGAGGGGAAGAGCGTAAAACAAAGCGTGTGAAGAAAAACAGAGAACC 1373 Query 1484 GAGATGGGATGAAGATTTTCAGTTCCCATTAGATGAGCCTCCCATAAACGATAAGCTACA 1543 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1374 GAGATGGGATGAAGATTTTCAGTTCCCAGTAGATGAGCCTCCCATAAACGATAAGCTTCA 1433 Query 1544 CGTTGAAGTCATAAGTTCTTCTTCAAGACTAATTCATCCCAAGGAAACTCTTGGTTACGT 1603 |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1434 CGTTGAAGTCATAAGTTCTTCTTCAAGATTACTTCATCCCAAGGAAACTCTTGGTTACGT 1493 Query 1604 GGTGATAAATCTTGGGGATGTTGTGAGTAATCGGAGAATCAACGATAAGTATCATCTGAT 1663 |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1494 TGTGATAAACCTTGGTGATGTTGTGAGTAATCGGAGAATCAATGATAAGTATCATCTGAT 1553 Query 1664 TGATTCCAAGAATGGTCGTATTCAGATTGAGCTTCAGTGGAGAAATTCTTCTTGA 1718 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1554 TGATTCCAAGAATGGTCGGATTCAGATTGAGCTTCAGTGGAGAACTTCTTCTTGA 1608 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 69514697125 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5