BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G20150.1
Length=2343
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg911846 jgi|Araly1|911846|Al_scaffold_0001_2100 3620 0.0
> Ahg911846 jgi|Araly1|911846|Al_scaffold_0001_2100
Length=2337
Score = 3620 bits (1960), Expect = 0.0
Identities = 2210/2331 (95%), Gaps = 15/2331 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATGAGATGCCTCACTATCACCATCATGTTCTTTATGtttttttttCTGTCTGTGATC 60
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Sbjct 1 ATGATGAAATGCCTCACTGTCACCGTCATTTTCTTTGTGTTTCTTTTTCTGTCTGTGAT- 59
Query 61 CAAAAGTGTAAGTCTGAAACAAGTAAATCTGGAGATTATATCATATACATGGGAGCAGCA 120
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Sbjct 60 C---TGTG-AA-TCTGAAACAAGCAAGTCAGAAGATTATATCATATATATGGGAGCAACA 114
Query 121 TCCTCTGATGGCTCAACAGACAATGACCATGTTGAACTTCTGAGCTCATTGTTACAA-CG 179
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Sbjct 115 TCTTCAGATGGCTCAACAGACAATGACCATGTTGAGCTTCTGAGCTCAATGTTA-AAGAG 173
Query 180 GAGCGGCAAAACCCCCATGCACAGATACAAACATGGATTCTCTGGATTCGCAGCCCATTT 239
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Sbjct 174 GAGCGGCAAAACCCCCATGCACAGATACAAACATGGATTCTCCGGATTCGCAGCGCATTT 233
Query 240 ATCAGAAGATGAAGCTCATCTCATAGCCAAGCAACCGGGAGTACTATCTGTCTTCCCTGA 299
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Sbjct 234 ATCAGAAGATGAAGCACATCTCATGGCCAAGCAACCGGGAGTAGTATCTGTCTTCCCTGA 293
Query 300 CCAGATGTTACAGCTCCACACCACACGTTCATGGGATTTCTTGGTGCAAGAAAGTTATCA 359
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Sbjct 294 TCAGATGTTACAACTCCACACAACTCGTTCATGGGATTTCTTGGTGCAAGAAAGTTATCA 353
Query 360 AAGAGATACTTACTTCACCGAAATGAACTATGAACAAGAATCCGAAATGCATGAAGGAGA 419
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Sbjct 354 AAGAGATACTTACTTCTCTGAAATAAACTATGGACAAGAATCCGAAGTGCATGAAGGAGA 413
Query 420 CACCATTATCGGCTTCCTTGATTCAGGAATATGGCCCGAGGCGCAGAGCTTTAACGACAG 479
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Sbjct 414 CACCATTATCGGCTTCCTTGATTCAGGAATCTGGCCCGAGGCGCAGAGCTTTAACGACAG 473
Query 480 GCACATGGGTCCAGTCCCAGAGAAATGGAAGGGCACTTGCATGAGAGGGAAGAAGACACA 539
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Sbjct 474 GCACATGGGTCCAGTCCCAGAGAAATGGAAGGGTACTTGCATGAGAGGGAAGAAGACACA 533
Query 540 ACCTGATTCTTTCCGTTGCAATAGGAAACTGATAGGAGCAAGGTATTACAATTCGTCATT 599
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Sbjct 534 ACCTGATTCTTTCCGTTGCAATAGGAAACTAATAGGAGCAAGGTATTACAATTCGTCATT 593
Query 600 CTTCTTAGACCCCGATTATGAGACACCACGAGACTTTTTGGGGCACGGGACACATGTGGC 659
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Sbjct 594 CTTCTTAGACCCCGATTATGAGACACCACGAGACTTCTTGGGGCACGGGACACATGTGGC 653
Query 660 ATCAATAGCAGCAGGGCAAATAATAGCAAATGCGTCCTACTATGGCCTGGCAAGTGGAAT 719
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Sbjct 654 ATCAATAGCAGCAGGGCAAATAATCTCTGATGCATCCTACTATGGCCTGGCAAGTGGAAT 713
Query 720 CATGAGAGGAGGTTCACCAAGTTCAAGAATAGCTATGTACAGAGCGTGCTCACTCCTGGG 779
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Sbjct 714 CATGAGAGGAGGTTCAACAAATTCAAGAATAGCTATGTATAGAGCGTGCTCACTCCTGGG 773
Query 780 ATGTCGTGGCTCGAGCATACTAGCTGCATTTGATGATGCAATCGCAGATGGGGTTGATGT 839
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Sbjct 774 CTGTCGTGGCTCCAGCATACTAGCTGCATTTGATGATGCGATCGCAGATGGAGTTGATGT 833
Query 840 TATATCCATATCAATGGGCTTATGGCCAGACAATTTACTTGAAGATCCGCTTTCCATCGG 899
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Sbjct 834 TATATCGATATCAATGGGCTTATGGCCAGACAATTTACTTGAAGATCCGCTTTCCATCGG 893
Query 900 GTCATTTCATGCCGTGGAAAGAGGGATCACTGTTGTTTGCTCTGTAGGAAATTCTGGCCC 959
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Sbjct 894 GTCATTTCATGCCGTGGAAAGAGGGATCACTGTCGTTTGCTCTGCAGGAAATTCTGGCCC 953
Query 960 ATCGAGTCAAAGTGTGTTTAATGCTGCTCCATGGATGATCACTGTTGCTGCCAGCACTAT 1019
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Sbjct 954 GTCGAGTCAAAGTGTGTTTAATGCTGCTCCATGGATGATCACGGTTGCTGCCAGCACTAT 1013
Query 1020 TGACCGTGGCTTTGAGTCCAACATTCTTCTGGGAGGAGATGAAAACAGATTAATCGAGGG 1079
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Sbjct 1014 TGACCGTGGCTTTGAGTCCAACATTCTCCTGGGAGGAGATGAAAGCAGATTAATCGAGGG 1073
Query 1080 TTTTGGAATAAATATTGCCAATATCGATAAAACACAGGCTTACCCACTTATACACGCACG 1139
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Sbjct 1074 GTTTGGAATAAATATTGCCAATATCGATAAAACCCAGGCTTACCCACTTATACACGCACG 1133
Query 1140 ATCAGCCAAGAAGATTGATGCTAATGAGGAAGCTGCTAGGAACTGCGCACCTGATACACT 1199
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Sbjct 1134 ATCAGCCAAGAAGATTGATGCTAATGAGGAAGCTGCTAGGAACTGCGCACCTGATACGTT 1193
Query 1200 AGA-CCAAACCATTGTTAAGGGAAAGATTGTTGTGTGTGACAGTGATCTTGATAACCAGG 1258
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Sbjct 1194 -GAACCAAACCATTGTTAAGGGAAAGATTGTTGTGTGCGACAGTGATCTTGATAACCAGG 1252
Query 1259 TGATCCAGTGGAAAAGCGACGAGGTTAAGAGACTTGGAGGTATCGGTATGGTACTT-GTT 1317
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Sbjct 1253 TGATCCAGTGGAAAAGCGACGAGGTTAAGAGACTTGGAGGTACCGGTATGGTACTTAGT- 1311
Query 1318 GATGACGAGTCAATGGATCTGTCTTTTATTGATCCCTCCTTTCTAGTGACAATAATAAAA 1377
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Sbjct 1312 GACGACGAGTTAATGGATCTGTCTTTTATTGATCCCTCGTTTCTAGTGACAATAATAAAA 1371
Query 1378 CCAGAGGACGGCATACAAATCATGTCCTACATAAATTCAACAAGAGAACCAATTGCAACA 1437
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Sbjct 1372 CCAGGGGACGGCAAACAAATCATGTCCTACATAAATTCAACAAGAGAACCAATTGCAACA 1431
Query 1438 ATCATGCCTACAAGATCACGAACAGGACACATGTTAGCTCCATCCATACCATCCTTCTCA 1497
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Sbjct 1432 ATCATGCCTACAAGATCACGAACAGGACATATGTTAGCACCATCCATACCATCCTTCTCA 1491
Query 1498 TCAAGAGGTCCTTACTTGCTTACCAGAAGCATCCTCAAGCCTGATATTGCAGCACCAGGG 1557
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Sbjct 1492 TCAAGAGGTCCTTACTTGCTTACCAGAAGCATCCTCAAGCCTGATATTGCAGCGCCAGGG 1551
Query 1558 GTCAACATACTAGCATCGTGGTTAGTCGGTGACAGAAATGCAGCACCAGAAGGCAAGCCA 1617
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Sbjct 1552 GTCAACATACTGGCATCGTGGTTAGTCGGTGACAGAAATGCAGCACCAGAGGGCAAGCCA 1611
Query 1618 CCGCCACTCTTCAACATTGAATCAGGGACTTCAATGTCATGTCCCCATGTCTCCGGGATT 1677
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Sbjct 1612 CCACCACTCTTCAACATTCAAACAGGGACTTCAATGTCATGTCCCCATGTCTCCGGGATT 1671
Query 1678 GCTGCTCGTCTCAAATCCAGATACCCTTCATGGAGTCCTGCAGCAATCAGATCTGCCATC 1737
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Sbjct 1672 GCTGCTCGTCTCAAATCCAGATACCCTTCCTGGAGTCCTGCAGCAATTAGATCTGCCATC 1731
Query 1738 ATGACAACAGCCGTGCAAATGACCAACACAGGTTCCCATATAACTACAGAAACAGGAGAA 1797
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Sbjct 1732 ATGACAACAGCCGTGCAAAAGACCAACACAGGATCCCATATAACTACAGAAACAGGAGAA 1791
Query 1798 AAGGCCACACCTTATGACTTTGGTGCTGGGCAGGTTACTATATTTGGACCTTCATCACCA 1857
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Sbjct 1792 AAGGCCACACCTTATGACTTTGGTGCTGGGCAGGTTACTGTATTTGGACCTTCATCCCCA 1851
Query 1858 GGACTGATTTATGAAACCAATCACATGGACTACCTAAACTTCCTCGGCTACTATGGATTT 1917
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Sbjct 1852 GGACTGATTTATGAAACCACTCCCATGGACTACCTAAACTTTCTCTGCTACTATGGGTTT 1911
Query 1918 ACATCTGATCAGATCAAAAAGATATCAAACCGCATACCACAAGGTTTTGCTTGTCCTGAA 1977
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Sbjct 1912 ACTTCTGATCAGATCAGAAAGATATCAAACCGTATACCACAAGGTTTTGCTTGTCGTGAA 1971
Query 1978 CAAAGCAACAGGGGAGACATATCTAACATCAACTACCCATCAATCTCGATTTCTAACTTC 2037
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Sbjct 1972 CAAAGCAACAAGGAAGACATATCTAACATCAACTACCCATCAATCTCAATTTCTAACTTC 2031
Query 2038 AATGGAAAAGAAAGCAGAAGGGTAAGCAGAACAGTGACAAATGTAGCATCACGCCTCATT 2097
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Sbjct 2032 AGTGGAAAAGAAAGCAGAAGGGTAAGCAGAACAGTGACAAATGTAGCATCACGCCTCATT 2091
Query 2098 GGAGATGAAGATACAGTCTACACTGTGAGTATCGATGCACCAGAAGGATTACTAGTCAGA 2157
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Sbjct 2092 GGAGATGAAGATTCAGTCTACATTGTGAGCATCGATTCACCAGAAGGGTTACTCGTCAGA 2151
Query 2158 GTTATACCAAGAAGGCTACACTTCAGGAAGATAGGAGATAAACTCAGCTACCAAGTGATC 2217
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Sbjct 2152 GTTAGACCAAGAAGGCTACATTTCAGGAAGATAGGAGATAAACTTAGCTACCAAGTGATC 2211
Query 2218 TTTTCATCTACTACA--A-CAATACTCAAGGACGATGCGTTTGGATCTATAACATGGTCT 2274
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Sbjct 2212 TTTTCATCTACTACATCAACAATACTCAAGGACGATGCCTTTGGATCTATAACATGGTCT 2271
Query 2275 AACGGAATGTACAATGTGAGAAGTCCATTCGTTGTAACCAGCAAAGACGAC 2325
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Sbjct 2272 AACGGAATGTACAACGTGAGGAGTCCATTCGTTGTAACCAGCAAAGGCGAC 2322
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88255097665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5