BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G20160.1
Length=2405
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472246 jgi|Araly1|472246|fgenesh2_kg.1__2200__AT1G20160.2 3618 0.0
> Ahg472246 jgi|Araly1|472246|fgenesh2_kg.1__2200__AT1G20160.2
Length=2303
Score = 3618 bits (1959), Expect = 0.0
Identities = 2160/2259 (96%), Gaps = 5/2259 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 107 GAAACTGAAGCTGGGTCGAGAAATGGTGATGGGGTCTACATTGTCTACATGGGATCAGCT 166
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 36 GAAACTGAAGCTGGATCGAGAAATGGTGATGGGGTTTACATTGTCTACATGGGATCAGCT 95
Query 167 TCCTCTGCTGCAAACGCTAATAGAGCTCAAATACTCATAAACACCATGTTTAAAAGGAGA 226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 96 TCCTCTGCTGCAAACGCTAATAGAGCTCAAATACTCATAAACACCATGTTTAAGAGGAGA 155
Query 227 GCAAACGATCTTCTCCACACATATAAGCATGGCTTCTCAGGTTTTGCAGCTCGTTTGACA 286
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 156 GCAAACGATCTTGTCCACACATATAAGCATGGCTTCTCGGGCTTCGCAGCTCGTTTGACA 215
Query 287 GCAGAAGAGGCCAAGGTCATAGCCAAGAAACCGGGAGTGGTTTCAGTTTTTCCTGACCCA 346
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 216 GCAGAAGAAGCCAAGGTCATAGCCAAGAAACCGGGAGTAGTTTCGGTTTTTCCTGACCCA 275
Query 347 CACTTCCAGCTTCATACAACTCATTCATGGGACTTTCTCAAGTACCAAACATCAGTAAAG 406
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 276 AACTTCCAGCTTCATACAACTCATTCATGGGACTTTCTCAAGTACCAAACATCAGTAAAG 335
Query 407 GTCGATTCCGGTCCACCTTCATCAGCCTCAGATGGATCATATGATAGCATTGTCGGAATT 466
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 336 ATCGATTCCGGTCCACCTTCATCAGCCTCTGATGGATCATATGACAGCATTGTTGGCATT 395
Query 467 CTTGACACAGGGATATGGCCAGAGTCAGAGAGTTTCAATGACAAAGACATGGGTCCAATT 526
|| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 396 CTGGACACAGGGATATGGCCAGAATCAGAGAGCTTCAATGACAAAGACATGGGTCCAATT 455
Query 527 CCGTCTCGGTGGAAAGGTACATGCATGGAAGCAAAGGACTTCAAGTCTTCCAACTGTAAC 586
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 456 CCGTCTCGATGGAAAGGTACATGCATGGAAGCAAAGGACTTCAAGTCTTCTAACTGTAAC 515
Query 587 AGAAAGATCATTGGAGCAAGATACTACAAAAATCCTGATGATGATTCAGAATACTATACC 646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 516 AGAAAGATCATTGGAGCAAGATACTACAAAAATCCTGATGATGATTCAGACTACTATACC 575
Query 647 ACAAGGGATGTCATCGGTCACGGTTCTCATGTGTCCTCCACCATAGCTGGATCTGCCGTG 706
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 576 ACAAGGGATGTGATCGGTCACGGTTCTCATGTGTCCTCCACCGTAGCTGGATCTGCCGTT 635
Query 707 GAGAATGCTTCCTACTATGGTGTAGCTTCCGGGACTGCAAAGGGAGGTTCACAAAACGCT 766
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 GAGAATGCTTCTTACTATGGTGTAGCTTCCGGGACCGCAAAGGGAGGTTCACAAAACGCT 695
Query 767 AGAATCGCTATGTACAAAGTATGCAATCCAGGGGGATGCACTGGCTCCTCTATCTTAGCT 826
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 696 AGAATCGCTATGTACAAAGTATGCAATCCCGGGGGATGCACTGGCTCCTCTATCTTAGCT 755
Query 827 GCTTTCGATGATGCAATCGCAGATGGAGTTGATGTTCTATCTCTGTCTCTTGGAGCTCCA 886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 GCTTTCGATGATGCAATCGCAGATGGAGTTGATGTTCTATCTCTGTCTCTTGGAGCTCCA 815
Query 887 GCATACGCTCGCATCGACTTGAACACTGATCCTATTGCCATTGGAGCGTTTCACGCGGTG 946
|||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 816 GCATACGCCCGTATCGACCTGAACACTGATCCTATTGCTATTGGAGCGTTTCACGCGGTG 875
Query 947 GAGCAAGGAATCTTGGTGATCTGCTCTGCGGGTAATGATGGACCTGATGGCGGTACAGTT 1006
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 876 GAGCAAGGAATCTTGGTGATCTGCTCTGCAGGTAATGATGGGCCTGATGGCGGTACCGTT 935
Query 1007 ACTAATACTGCACCTTGGATAATGACCGTTGCTGCCAACACTATTGATAGAGACTTTGAG 1066
|| |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 936 ACCAATACTGCACCTTGGATATTGACGGTCGCTGCCAACACTATTGATAGAGACTTTGAG 995
Query 1067 TCTGATGTTGTACTAGGCGGCAATAAAGTCATCAAGGGTGAAGGTATACACTTTTCAAAC 1126
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 996 TCTGATGTTGTGCTAGGCGGCAATAAAGTCATCAAGGGTGAAGGTATACACTTTGCAAAC 1055
Query 1127 GTTAGTAAATCTCCTGTGTATCCTCTGATTCATGGCAAGTCTGCTAAGAGCGCTGATGCA 1186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1056 GTTAGTAAATCTCCTGTGTATCCTCTGATTCATGGCAAGTCTGCTAAGAACGTTGATGCA 1115
Query 1187 TCAGAAGGATCAGCCAGGGCCTGTGACTCTGATTCTCTAGATCAAGAGAAGGTAAAAGGG 1246
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 TCAGAAGGATCAGCCAGGGCCTGTGACTCTGGTTCTCTAGATCAAGAGAAGGTAAAAGGG 1175
Query 1247 AAGATTGTGTTATGCGAGAACGTTGGTGGATCATATTATGCATCATCCGCTAGGGACGAG 1306
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1176 AAGATTGTGTTATGCGAGAACGTCGGTGGATCATATTATGCATCATCCGCTAGGGACGAG 1235
Query 1307 GTGAAGAGCAAAGGAGGTACTGGTTGCGTCTTTGTAGATGACAGAACTAGAGCAGTTGCT 1366
||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1236 GTGAAAAGCAAAGGAGGTATTGGCTGTGTCTTTGTAGATGACAGAACTAGAGCAGTTGCT 1295
Query 1367 AGTGCTTATGGTAGCTTTCCTACTACCGTAATTGACTCAAAGGAAGCAGCTGAGATCTTC 1426
|| |||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 AGCGCTTATGGCAGTTTTCCTACGACAGTAATTGACTCAAAGGAAGCAGCTGAGATCTTC 1355
Query 1427 TCCTACCTCAACTCAACCAAAGATCCTGTTGCAACAATTCTTCCCACTGCAACAGTTGAA 1486
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1356 TCCTATCTCAACTCAACCAAAGATCCTGTTGCAACAATTCTTCCAACTGCAACAGTTGAG 1415
Query 1487 AAGTTCACACCTGCCCCTGCTGTTGCATATTTTTCTTCCAGAGGACCTTCAAGCCTCACA 1546
||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 AAGTTCACACCCGCGCCGGCTGTTGCATATTTCTCTTCTAGAGGACCTTCAAGCCTCACA 1475
Query 1547 AGAAGCATTCTCAAACCTGACATTACCGCACCAGGAGTCTCGATACTCGCTGCATGGACT 1606
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 AGAAGCATTCTCAAACCTGACATTACAGCACCGGGAGTCGCGATACTCGCTGCATGGACT 1535
Query 1607 GGAAACGACTCAAGCATTTCACTGGAAGGCAAGCCGGCTTCTCAGTATAACGTCATATCA 1666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 GGAAACGACTCAAGCATTTCACTGGAAGGCAAGCCGGCTTCTCAGTATAACGTCATATCA 1595
Query 1667 GGAACTTCCATGGCAGCTCCTCATGTTTCAGCTGTTGCATCTCTGATCAAATCACAGCAT 1726
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1596 GGAACTTCCATGGCAGCTCCTCATGTTACAGCTGTTGCATCTCTGATCAAATCACAACAT 1655
Query 1727 CCCACATGGGGTCCATCCGCGATCAGATCAGCAATTATGACAACAGCGACTCAAACAAAC 1786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 CCCACATGGGGTCCATCCGCGATCAGATCAGCAATTATGACAACAGCGACTCAAACAAAC 1715
Query 1787 AACGACAAAGGTCTTATAACAACAGAAACTGGTGCAACAGCCACACCTTATGACTCTGGA 1846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||
Sbjct 1716 AACGACAAAGGTCTTATAACAACAGAAACTGGTGCAGCAGCTACGCCTTATGACTCTGGA 1775
Query 1847 GCAGGAGAACTAAGCTCAACAGCATCAATGCAACCAGGACTAGTTTACGAGACTACTGAA 1906
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 GCAGGAGAACTAAGCTCAACAGCGTCAATGCAACCAGGACTAGTTTACGAGACTACTGAA 1835
Query 1907 ACTGACTACCTGAACTTTCTCTGTTACTATGGATATAACGTAACCACAATAAAGGCTATG 1966
| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1836 ATTGACTACCTGAAATTTCTCTGTTACTATGGATACAACGTAACCACAATCAAGGCTATG 1895
Query 1967 TCAAAAGCTTTTCCAGAGAATTTTACTTGCCCTGCAGATTCCAACTTAGACTTGATCTCC 2026
||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1896 GCAAAAGCATTTCCACAGAATTTCACTTGCCCTGCAGATTCCAACTTAGACTTGATCTCA 1955
Query 2027 ACCATCAATTACCCGTCAATTGGAATCTCTGGATTCAAAGGAAATGGTAGCAAGACAGTT 2086
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1956 ACGATCAATTACCCATCAATTGGAATCTCTGGATTCAAAGGAAATGGAAGCAAGACAGTT 2015
Query 2087 ACAAGAACAGTGACCAATGTTGGTG-AGGACGGTGAGGCGGTTTACACAGTCAGCGTGGA 2145
||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 2016 ACAAGAACAGTGACCAATGTTGGTGGAG-ACGGTGTGGCTGTTTACACACTCAGCGTGGA 2074
Query 2146 AACACCACCAGGGTTTAACATTCAAGTGACGCCAGAAAAACTCCAATTTACAAAAGATGG 2205
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075 AACACCACCAGGGTTTAATGTTGAAGTGACGCCAGAAAAACTCCAATTTACAAAAGATGG 2134
Query 2206 TGAGAAGTTGACATACCAGGTGATAGTGTCTGCTACTGCTTCACTTAAGCAAGATGTATT 2265
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2135 TGAGAAGCTGACATACCAGGTGATAGTGTCTGCTACTGCTTCACTTAAGCAAGATGTATT 2194
Query 2266 TGGGGCTCTTACTTGGTCTAATGCCAAGTACAAGGTCAGAAGCCCAATTGTAATTAGTAG 2325
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 TGGGGCTCTTACTTGGTCTACTGCCAAGTACAAGGTCAGAAGCCCAATTGTAATTAGTAG 2254
Query 2326 CGAG-AGTAGCCGCACAAACTGAGATAAA-ATGGTATAA 2362
||| | ||||||||||||||||||| || |||| ||||
Sbjct 2255 TGAGTA-TAGCCGCACAAACTGAGATGAATATGGAATAA 2292
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90616692855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5