BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G20230.1
Length=2283
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg920983 jgi|Araly1|920983|scaffold_102264.1 3646 0.0
> Ahg920983 jgi|Araly1|920983|scaffold_102264.1
Length=2324
Score = 3646 bits (1974), Expect = 0.0
Identities = 2189/2292 (96%), Gaps = 18/2292 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACAAAACAAGTTCTTCCACTGATAGAGAAAATTCCTCAATCGA-TCGTTGG-ATTCT 58
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || | || ||| |
Sbjct 21 ATGACAAAACAAGTTCTTCCACTGATAGAGAAAATCCCTCAAACGATTC-TCGGAATT-T 78
Query 59 TAGAATCTTCATCATATCATTGGTCTTCTTCGTTGTCGAAGACAACACAAGCTCATGCTC 118
||||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 79 TAGAATCTTCATCATCTCTTTGGTCTTCTTCGTTATCAAAGACAACGCAAGCTCATGCTC 138
Query 119 GTATACTCAAATCCGGAGCTCAAAACGATGGCTATATCTCCGCTAAACTCATTGCTTCAT 178
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 139 GTATACTCAAATCTGGAGCTCAAAACGATGGATATATCTCCGCTAAACTCATTGCTTCAT 198
Query 179 ACTCGAACTATAATTGTTTCAACGATGCTGATCTCGTCTTGCAATCGATTCCGGATCCTA 238
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 ACTCGAACTACAATTGTTTCAACGATGCTGATCTCATCTTGCAATCGATTCCGGATCCTA 258
Query 239 CTATTTACTCTTTCTCTTCTCTTATATACGCTTTAACAAAGGCTAAGCTTTT-TACGCAA 297
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 259 CTGTTTACTCTTTCTCTTCTCTTATATACGCTTTAACAAAGGCTAAGCTTTTCT-CGCAA 317
Query 298 TCGATTGGTGTGTTTTCTCGGATGTTCTCTCATGGGTTGATTCCAGATAGTCATGTTCTT 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 318 TCGATTGGTGTGTTTTCTCGGATGTTCTCTCATGGGTTGATTCCAGATACACATGTTCTT 377
Query 358 CCGAATTTGTTCAAGGTTTGTGCTGAATTATCGGCTTTTAAAG-TGGGTAAACAGATACA 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 378 CCGAATTTGTTCAAGGTTTGTGCTGAATTATCGGCTTTTAAAGCT-GGTAAACAGATACA 436
Query 417 TTGTGT-GTCGTGTGTTTCCGGGTTGGATATGGATGCGTTTGTTCAGGGGTCTATGTTTC 475
|||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 437 TTGTGTAG-CTTGTGTTTCCGGGTTGGATATGGATGCGTTTGTTCAGGGATCTCTGTTTC 495
Query 476 ATATGTACATGAGGTGTGGTAGGATGGGTGATGCACGCAAAGTGTTCGATAGAATGTCTG 535
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 ATATGTACATGAGATGTGGTAGGATGGGTGATGCACGCAAAGTGTTCGATAGAATGTCTG 555
Query 536 ACAAAGATGTTGTCACTTGCAGTGCTTTGCTTTGTGCCTATGCGCGAAAGGGTTGCT-TA 594
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||
Sbjct 556 AGAAAGATGTTGTCACTTGCAGTGCTTTGCTTTGTGGCTATGCGCGAAAGGGCTG-TCTA 614
Query 595 GAAGAGGTGGTTCGTATCCTCTCTGAGATGG-AAAGTTCAGGTATTGAGGCGAATATTGT 653
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 615 GAAGAGGTGGTTCGTATCCTCTCTGAGATGGAAAAG-TCAGGTATTGAGCCGAATATTGT 673
Query 654 GTCTTGGAATGGTATTCTTAGTGGGTTTAATCGGAGTGGGTATCACAAGGAAGCAGTGGT 713
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 674 GTCTTGGAATGGTATTCTTAGTGGGTTTAATCGTAGCGGGTATCACAAGGAAGCAGTGAT 733
Query 714 GATGTTCCAGAAGATTCACCATTTGGGGTTTTGTCCTGATCAAGTTACAGTTTCAAGTGT 773
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 734 AATGTTCCAAAAGATGCACCATTTGGGGTTTTGTCCTGATCAGGTTACAGTTTCAAGTGT 793
Query 774 TCTTCCTTCAGTTGGAGATTCAGAG-ATGCTGAATATGGGGAGGCTGATTCATGGATATG 832
|||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 794 TCTTCCTTCAGTTGGAGACTCAGAGAAT-CTGAATATGGGGAGGCAGATTCATGGGTATG 852
Query 833 TGATTAAACAGGGTTTGCTTAAGGATAAATGTGTCATTAGTGCAATGATTGATATGTATG 892
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 853 TGATTAAGCAGGGTTTGCTTAAGGATAAATGTGTCATTAGTGCAATGCTTGATATGTACG 912
Query 893 GGAAATCTGGGCATGTTTATGGAATCATAAGTCTTTTCAATCAATTTGAGATGATGGAGG 952
||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 913 GGAAATCCGGCCATGTTTATGGAATCATAAAACTTTTCGATGAATTTGAGATGATGGAGA 972
Query 953 CAGGGGTTTGCAATGCCTACATTACAGGGCTATCGCGAAATGGTCTTGTTGACAAGGCAC 1012
| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 CCGGTGTTTGCAATGCGTACATTACAGGGTTATCGCGAAATGGTCTTGTTGACAAGGCAC 1032
Query 1013 TTGAAATGTTTGAGCTATTCAAGGAGCAAACGATGGAGCTTAATGTTGTGTCATGGACTT 1072
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1033 TTGAAATGTTTGGGCTATTCAAGGAGCAAAAGATGGAGCTTAATGTCGTTTCATGGACTT 1092
Query 1073 CAATCATAGCTGGGTGTGCTCAGAACGGGAAAGATATCGAAGCTTTGGAA-TTGTTCAGA 1131
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||
Sbjct 1093 CGATCATAGCTGGGTGTGCTCAGAACGGGAAAGATATCGAAGCCTTGGAACTT-TTTAGA 1151
Query 1132 GAAATGCAGGTTGCAGGGGTGAAGCCAAACCATGTAACAATCCCTTCAATGCTTCCAGCT 1191
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 GAAATGCAGGTTGCAGGGGTGAAGCCAAACCGTGTAACAATCCCTTCAATGCTTCCAGCT 1211
Query 1192 TGCGGAAATATAGCAGCTTTGGGTCATGGGAGATCCACTCATGGATTTGCAGTAAGGGTC 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 TGCGGAAATATAGCAGCTTTGGGTCATGGGAGATCGACTCATGGATTTGCAGTAAGGGTC 1271
Query 1252 CACCTTTTGGATAATGTTCATGTAGGGAGTGCTCTGATTGACATGTATGCCAAATGTGGA 1311
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 CACCTTTTGGATGATGTTCATGTAGGGAGTGCTCTGATTGACATGTATGCCAAATGTGGA 1331
Query 1312 AGAATCAACTTGTCTCAGATTGTCTTTAATATGATGCCTACAAAAAACTTAGTCTGCTGG 1371
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 AGAATCAACATGTCTCAGATTGTCTTCAATATGATGCCTACAAAAAACTTAGTCTGCTGG 1391
Query 1372 AACTCTTTAATGAATGGATTTTCGATGCATGGGAAGGCCAAGGAAGTCATGAGCATATTT 1431
|||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 AACTCTTTGATGAATGGATATTCCATGCACGGGAAGGCCAAGGAAGTCATGAGCATATTT 1451
Query 1432 GAATCTCTTATGAGAACCAGGTTGAAACCCGATTTCATCAGCTTTACCAGTTTATTATCA 1491
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1452 GAATCTCTTATGAGAACCAGGTCGAAACCCGATTTCATCAGCTTTACAAGTTTATTATCA 1511
Query 1492 GCATGTGGCCAAGTAGGTTTAACAGATGAAGGGTGGAAATATTTCAAAATGATGTCAGAG 1551
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1512 GCGTGTGGCCAAGTAGGTTTAACAGATGAAGGATGGAAATATTTCAACATGATGTCAGAG 1571
Query 1552 GAATATGGGATAAAACCGAGGTTGGAACACTATTCTTGCATGGTAAACCTTCTTGGACGC 1611
||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 GAATATGGGATAAAACCAAGGTGGGAACATTATTCTTGCATGGTAAACCTTCTTGGACGC 1631
Query 1612 GCAGGCAAGTTGCAAGAAGCATATGATCTGATAAAAGAGATGCCTTTTGAGCCAGACTCC 1671
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 GCAGGCAAGTTGCAAGAAGCATATGATCTGATAAAGGAGATGCCTTTTGAGCCAGACTCC 1691
Query 1672 TGCGTCTGGGGAGCTTTGTTAAATTCTTGCAGGCTTCAAAACAATGTAGATTTAGCTGAA 1731
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1692 TGCGTCTGGGGAGCCTTGTTAAATTCTTGCAGGCTTCAAAACAATGTAGATTTAGCTGAA 1751
Query 1732 ATCGCAGCAGAAAAGCTTTTCCATTTAGAACCCGAAAACCCAGGGACTTACGTTCTCTTG 1791
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1752 ATCGCAGCACAAAAGCTTTTCCATTTAGAACCCGAAAACCCAGGGACTTACGTTCTCATG 1811
Query 1792 TCCAATATATATGCCGCTAAAGGCATGTGGACAGAAGTAGACAGTATTAGAAACAAGATG 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 TCCAATATATATGCCGCTAAAGGCATGTGGACAGAAGTAGACAGTATTAGAAACAAGATG 1871
Query 1852 GAGAGTCTGGGACTGAAGAAGAACCCGGGATGCAGCTGGATTCAAGTGAAGAACAGAGTG 1911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1872 GAGAGTCTGGGACTGAAGAAGAACCCGGGATGCAGCTGGATTCAAGTGAAGAACAAAGTG 1931
Query 1912 TACACGCTTCTGGCTGGTGACAAGTCGCATCCGCAGATAGATCAAATAACAGAGAAGATG 1971
|| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 TATACGCTTCTGGCTTGTGACAAGTCGCACCCGCAGATAGATCAAATAACAGAGAAGATG 1991
Query 1972 GATGAGATTAGCAAAGAGATGAGGAAATCAGGTCACCGCCCAAATTTAGATTTTGCTCTG 2031
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1992 GATGAGATTAGCAAAGAGATGAGGAAATCAGGTCATCGCCCAAATTTGGATTTTGCTCTG 2051
Query 2032 CATGATGTGGAGGAGCAAGAGCAAGAGCAGATGTTATGGGGACACAGTGAGAAACTAGCA 2091
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 CAGGATGTGGAGGAGCAAGAGCAAGAGCAAATGTTATGGGGACACAGTGAGAAACTAGCA 2111
Query 2092 GTAGTTTTCGGTCTTCTTAACACACCAGACGGCACACCTCTTCAGGTCATAAAGAACCTT 2151
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 GTAGTTTTCGGTCTTCTGAACACACCAGACGGCACACCTCTTCAGGTCATAAAGAACCTT 2171
Query 2152 AGGATATGCGGCGATTGCCATGCAGTCATTAAATTTATATCAAGTTACGCAGGTAGAGAG 2211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2172 AGGATATGCGGCGATTGCCATGCAGTCATTAAATTTATATCAAGTTACGCAGGTAGAGAG 2231
Query 2212 ATTTTCATTAGAGATACAAATAGGTTTCATCATTTTAAAGACGGAATTTGTTCCTGTGGA 2271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2232 ATTTTCATTAGAGATACAAATAGGTTTCATCATTTTAAAGACGGTATTTGTTCCTGTGGA 2291
Query 2272 GATTTCTGGTGA 2283
||||||||||||
Sbjct 2292 GATTTCTGGTGA 2303
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85969682965
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5