BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G20640.1
Length=3068
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472297 jgi|Araly1|472297|fgenesh2_kg.1__2251__AT1G20640.2 4719 0.0
Ahg476788 jgi|Araly1|476788|fgenesh2_kg.2__1918__AT1G76350.1 1190 0.0
> Ahg472297 jgi|Araly1|472297|fgenesh2_kg.1__2251__AT1G20640.2
Length=3005
Score = 4719 bits (2555), Expect = 0.0
Identities = 2769/2872 (96%), Gaps = 15/2872 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 199 ACAACAAATTGCAACAGAGGAAA-TTTAAAAACCCACTTGAGGAAGGAATCTTTGAGAAT 257
||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 143 ACAACAAATTGCAACAGAGGAAACTTT-AAACCCCACTTGAGGAAGGAATCTTTAAGAAT 201
Query 258 CTCTCTCTGACTTATGTTGCTTCATTGATTTTGGAGATATATCCATGGAAGATAGTTTCC 317
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 202 CTCTCTCTGACTTATGGTGCTTCATTGATTTTGGAGATATATCCATGGAAGATAGTTTTC 261
Query 318 TTCAATCTGAGAACGTGGTTATGGACGCTGACTTCATGGATGGATTGTTACTAGATGGTT 377
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 262 TTCAATCTGAGAACGCCGTTATGGACGCTGACTTCATGGATGGATTACTACTAGATGGTT 321
Query 378 GTTGGTTAGAGACTACAGATGGATCTGAGTTTCTTAACATAGCTCCTTCAACTTCTTCTG 437
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 322 GTTGGTTAGAGACAACAGATGGATCTGAGTTTCTTAACTTAGCTCCTTCAACTTCTTCTG 381
Query 438 TTAGCCCTTTTGATCCAACTTCCTTCATGTGGTCTCCAACTCAAGATACATCAGCTCTTT 497
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 382 TTAGCCCTTTTGATCCATCTTCCTTCATGTGGTCTCCAACTCAAGATACATCAGCTCTCT 441
Query 498 GCACATCAGGAGTTGTATCTCAGATGTATGGTCAGGATTGTGTAGAAAGATCTAGTCTTG 557
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 442 GTACATCGGGAGTTGTATCTCAGATGTATGGTCAGGACTGTGTAGAAAGATCGAGTCTTG 501
Query 558 ATGAGTTTCAATGGAACAAACGATGGTGGATTGGACCAGGAGGTGGTGGTTCTTCGGTTA 617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 502 ATGAGTTTCAATGGAACAAACGATGGTGGATTGGACCAGGAGGTGGTGGTTCTTCTGTTA 561
Query 618 CTGAGAGGTTGGTTCAAGCAGTTGAACACATTAAAGATTACACAACAGCGAGAGGCTCAC 677
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |
Sbjct 562 CTGAGAGATTGGTTCAAGCAGTTGAATACATTAAAGATTACACAACGGAGAGAGGCTCGC 621
Query 678 TTATTCAGTTATGGGTTCCGGTTAATAGAGGCGGTAAGCGAGTTTTGACCACAAAGGAAC 737
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 TTATTCAGTTATGGGTTCCGGTTAATAGAGGTGGTAAGCGAGTTTTGACCACAAAGGAAC 681
Query 738 AACCTTTTAGCCATGATCCGTTGTGTCAAAGACTTGCAAACTATAGAGAGATCTCTGTGA 797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 AACCTTTTAGCCATGATCCGTTGTGTCAAAGACTTGCAAACTATAGAGAGATCTCTGTGA 741
Query 798 ATTATCACTTCTCTGCTGAGCAAGATGATTCCAAGGCTTTAGCTGGTTTGCCTGGGAGGG 857
| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 742 AATATCAGTTCTCTGCTGAGCAAGATGATTCAAAGGCCTTAGCTGGTTTGCCTGGAAGGG 801
Query 858 TTTTCTTGGGGAAGCTTCCTGAATGGACTCCTGATGTTAGGTTTTTCAAGAGCGAGGAGT 917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 TTTTCTTGGGGAAGCTTCCTGAATGGACTCCTGATGTTAGGTTTTTCAAGAGCGAGGAGT 861
Query 918 ATCCGAGAGTACACCATGCTCAGGACTGCGATGTCCGTGGAACGCTGGCGATTCCGGTGT 977
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 ATCCGAGAGTACACCACGCTCAGGACTGCGGTGTCCGTGGAACGCTGGCGATTCCGGTGT 921
Query 978 TTGAACAAGGTAGTAAGATTTGCTTGGGTGTTATTGAGGTTGTAATGACCACTGAGATGG 1037
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 TTGAACAAGGTAGTAATATTTGTTTGGGTGTTATTGAGGTTGTAATGACCACTGAGATGG 981
Query 1038 TTAAACTAAGACCTGAGCTTGAAAGCATTTGCAGAGCACTTCAGGCAGTTGATCTTAGGA 1097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 TTAAACTAAGACCTGAGCTTGAAAGCATTTGCAGAGCACTTCAGGCAGTTGATCTTAGGA 1041
Query 1098 GCACCGAGCTTCCGATTCCACCTTCTCTAAAGGGATGTGACTTATCCTACAAAGCTGCCT 1157
||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1042 GCACCGAATTTCCGATTCCGCCTACTCTAAAGGGATGTGACTTATCCTACAAAGCTGCAT 1101
Query 1158 TACCTGAAATCCGAAACCTCTTGAGATGTGCTTGTGAGACTCATAAACTACCTTTAGCTC 1217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 TACCTGAAATCCGAAACCTCTTGAGATGTGCTTGTGAGACTCATAAACTACCTTTAGCTC 1161
Query 1218 AGACATGGGTTTCTTGTCAACAGCAAAACAAAAGCGGGTGCCGTCACAACGATGAGAACT 1277
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 AGACATGGGTCTCTTGTCAACAACAAAACAAAAGCGGGTGCCGTCACAACGATGAGAACT 1221
Query 1278 ACATCCATTGCGTATCAACCATTGATGATGCTTGCTACGTTGGTGATCCAACAGTTCGTG 1337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1222 ACATCCATTGCGTATCAACCATTGATGATGCTTGCTACGTTGGTGATCCAACAGTTCGCG 1281
Query 1338 AGTTCCATGAAGCTTGCTCTGAGCATCACCTCTTGAAAGGCCAAGGAGTTGCAGGTCAAG 1397
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 AGTTCCACGAAGCTTGCTCTGAGCATCACCTCTTGAAAGGCCAAGGAGTTGCAGGTCAAG 1341
Query 1398 CCTTCTTGACCAATGGACCTTGCTTTTCATCTGATGTATCTAACTACAAGAAATCAGAGT 1457
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 CCTTCTTGACCAATGGACCTTGCTTTTCGTCTGATGTATCTAACTACAAGAAATCAGAGT 1401
Query 1458 ACCCTCTCTCTCACCATGCTAATATGTACGGTTTACATGGCGCGGTTGCAATTCGCCTGC 1517
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 ACCCTCTCTCTCACCATGCTAATATTTACGGTTTACATGGCGCGGTTGCAATTCGCCTGC 1461
Query 1518 GGTGCATCCACACGGGCTCTGCTGATTTCGTCTTAGAGTTCTTTTTGCCTAAAGACTGCG 1577
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1462 GCTGCATCCACACGGGCTCTGCTGATTTCGTCTTAGAGTTCTTTTTGCCCAAAGACTGCG 1521
Query 1578 ATGATCTGGAGGAACAGAGGAAAATGTTGAATGCTCTTTCAACTATTATGGCTCATGTGC 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 ATGATCTGGAGGAACAGAGGAAAATGTTGAATGCTCTTTCAACTATTATGGCTCATGTGC 1581
Query 1638 CTAGAAGCTTAAGGACTGTTACAGACAAAGAACTAGAAGAAGAGAGTGAAGTGATAGAGA 1697
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1582 CTAGAAGCTTAAGGACTGTTACAGATAAAGAACTAGAAGAAGAGAGTGAAGTGATAGAAA 1641
Query 1698 GGGAAGAGATAGTAACGCCAAAGATAGAAAACGCATCTGAACTCCACGGAAATTCCCCAT 1757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642 GGGAAGAGATAGTAACGCCAAAGATAGAAAACGCATCGGAACTCCACGGAAATTCCCCAT 1701
Query 1758 GGAATGCCTCTCTTGAAGAAATCCAGCGGAGTAATAATACTAGTAATCCTCAGAATCTTG 1817
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 GGAACGCCTCTCTCGAAGAAATCCAGCGGAGTAATAATACTAGTAATCCTCAGAATCTTG 1761
Query 1818 GACTGGTATTTGATGGAGGAGACAAACCAAATGATGGTTTTGGCTTAAAAAGAGGTTTTG 1877
|| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 GATTGGTATTTGATGGAGGAG---AACCACATGATGGGTTTGGCTTAAAAAGAGGTTTTG 1818
Query 1878 ACTACACCATGGATTCTAATGTCAATGAGAGCAGCACTTTCTCTAGTGGTGGTTTCAGTA 1937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1819 ACTACACCATGGATTCTAATGTCAATGAGAGCAGCACTTTCTCTAGTGGCGGTTTCAGTA 1878
Query 1938 TGATGGCCGAGAAAAAGCGTACAAAAGCAGATAAAACCATCACTTTGGATGTTCTTCGAC 1997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 TGATGGCCGAGAAAAAGCGTACAAAAGCAGATAAAACCATCACTTTGGATGTTCTTCGAC 1938
Query 1998 AGTATTTCGCTGGGAGCTTGAAAGATGCAGCCAAGAATATCGGTGTTTGTCCAACGACCT 2057
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1939 AGTATTTCGCAGGGAGCTTGAAAGATGCAGCCAAGAATATCGGTGTTTGTCCAACGACCT 1998
Query 2058 TGAAGAGAATATGCAGACAGCATGGTATACAAAGATGGCCTTCAAGAAAGATaaaaaaaG 2117
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1999 TGAAGAGAATATGCAGACAGCATGGTATACAGAGATGGCCTTCAAGAAAGATCAAGAAAG 2058
Query 2118 TGGGACATTCTCTGCAGAAGATCCAACGAGTGATTGATTCGGTTCAAGGTGTTTCTGGTC 2177
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 TGGGACATTCTCTGCAGAAGATCCAACGGGTTATTGATTCGGTTCAAGGTGTTTCTGGTC 2118
Query 2178 CTCTTCCCATAGGCTCATTCTATGCAAATTTCCCCAATTTAGTCTCACAGTCACAAGAAC 2237
||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 CTCTTCCGATAGGCTCCTTCTATGCGAATTTCCCAAATTTAGTCTCACAGTCACAAGAAC 2178
Query 2238 CATCACAACAAGCCAAGACCACGCCTCCTCCTCCGCCGCCAGTGCAGCTTGCAAAGTCCC 2297
||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2179 CAT--C-ACAAGCCAAGACCTCGCCTCCTCCTCCGCCGCCAGTGCAGCTAGCAAAGTCCC 2235
Query 2298 CTGTATCCTCGTATAGTCACAGTTCAAACTCTAGCCAATGTTGCTCCAGTGAAACCCAAC 2357
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2236 CTGTATCCTCATATAGTCACAGTTCAAACTCTAGCCAATGTTGCTCCAGCGAAACCCAAC 2295
Query 2358 TAAACAGCGGTGCAACAACCGATCCTCCTTCAACTGATGTAGGAGGTGCATTGAAGAAGA 2417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2296 TAAACAGCGGTGCAACAACCGATCCTCCTTCAACTGATGTAGTAGGTGCATTGAAGAAGA 2355
Query 2418 CGAGCAGCGAAATCGAGCTTCAAAGCTCGAGTCTTGACGAGACAATTTTGACTCTCTCCA 2477
| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 CAAGTAGCGAAATTGAGCTTCAAAGCTCGAGTCTTGATGAGACAATTTTGACTCTCTCCA 2415
Query 2478 GTTTAGAAAACATCCCTCAAGGCACCAACTTGTTATCATCTCAAGATGATGACTTTCTGA 2537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2416 GTTTAGAAAACATCCCTCAAGGCACCAACTTGTTATCATCTCAAGATGATGACTTTCTGA 2475
Query 2538 GGATTAAAGTTAGCTACGGAGAAGAGAAGATCAGATTACGGATGCGGAATTCGCGCAGGT 2597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2476 GGATTAAAGTTAGCTACGGAGAAGAGAAGATCAGATTACGGATGCGGAATTCGCGCAGGT 2535
Query 2598 TAAGAGATCTATTGTGGGAGATTGGGAAGCGGTTTAGCATAGAGGATATGAGCAGGTATG 2657
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2536 TAACAGATCTATTGTGGGAGATCGGGAAGCGGTTTAGCATAGAGGATATGAGCAGGTATG 2595
Query 2658 ATCTAAAGTACTTAGACGAAGACAATGAATGGGTTTTGTTGACTTGCGACGAAGATGTAG 2717
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2596 ATCTAAAGTACTTAGACGAGGACAATGAATGGGTTTTGTTGACTTGCGACGAAGATGTAG 2655
Query 2718 AAGAGTGTGTAGATGTCTGCAGAACTACACCGAGTCATACCATTAAGCTTTTGCTTCAGG 2777
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2656 AAGAGTGTGTAGATGTCTGCAGAACCACACCGAGTCATACCATTAAGCTTTTGCTTCAGG 2715
Query 2778 CTTCTTCTCATCATTTCCCTGAACGTTCTTCAGCTACTGAATACAGTTTATGGCACTGAC 2837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2716 TTTCTTCTCATCATTTCCCTGAACGTTCTTCAGCTACAGAATACAGTTTATGGCACTGAC 2775
Query 2838 CTTAAATCagagaaagaagaa-agaaaaagaagCGTTTTAGGACATGACACAAAAGATAG 2896
|| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2776 CTCAAATCAGAGAAAGAA-AACAGAAAAAGAAGCGTTTTAGGACATGACACAGAAGATAA 2834
Query 2897 TAATACCTTTGTGTTCTGTTATAATTGTTCATAATTTTATCTTTGGttttttt---GAAA 2953
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||
Sbjct 2835 TAATACCTTTGTGTTCTGTTACAATTGTTCATAATTTTATCTTCGTTTTTTTTTTTGAAA 2894
Query 2954 GATTACTAGGAGAGGTGCTTTGGGTTTTGTTTTTAAAAACGCACCAGAGACAAGAAGAGA 3013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2895 GATTACTAGGAGAGGTGCTTTGGGTTTTGTTTTTAAAAACGCACCAGAGACAAGAAGAGA 2954
Query 3014 AGAACATGTAAAGATCCTATCTTCCTGAGAAATTGAAGTTG-TTGttttttt 3064
|||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || || |||||||
Sbjct 2955 AGAACATGTAAAGATCTTATCTTCCTGAGATATTGAAGATGGTT-TTTTTTT 3005
> Ahg476788 jgi|Araly1|476788|fgenesh2_kg.2__1918__AT1G76350.1
Length=2758
Score = 1190 bits (644), Expect = 0.0
Identities = 1202/1460 (82%), Gaps = 83/1460 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 269 TTATGTTGCTTCATTGATTTTGGAGATATATCCATGGAAGATAGTTTC-CTTCAATCTGA 327
|||||| |||||||||| ||| ||| | | |||||||| | | ||| |||| | ||
Sbjct 160 TTATGTGGCTTCATTGA-TTT-GAG-T-GAGCCATGGAAAACA-ATTCTCTTC-CTATG- 212
Query 328 GAACGTGGTTATGGACGC-TGACTTCATGGATGGATTGTTACTAGATGGTTGTTGGTTAG 386
|| | || |||||| | | | |||||||| ||||| || |||| ||||| |||||||
Sbjct 213 GATC-CGGCTATGGATTCTTCA-TTCATGGACGGATTACTATTAGAAGGTTGCTGGTTAG 270
Query 387 AGACTACAGATGGATCTGAGTTTCTTAA-CATAGCTCCTTCAACTTCTTCTGTTAGCCCT 445
|||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||| ||||||| | ||||
Sbjct 271 AGACAACAGATGCATCCGAGTTCCTTAATTTTAG-TCCTTCAA---CTTCTGTAACCCCT 326
Query 446 TTTGATCCAACTTCCTTCATGTGGTCTCCAACTCAAGATACATCAGCTCTTTGCACATCA 505
|||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||| || || | | ||
Sbjct 327 TTTGATCCTTCTTCCTTCATGTGCTCTCCAACGCAAG--ACA-CA--TC--T--A-AT-- 374
Query 506 GGAGTTGTATCTCAGATGTATGGTCAGGATTGTGTAGAAAGATCTAGTCTT---G----- 557
|| | ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||| |
Sbjct 375 --AGCT-TATCTCAGATGTATGGTCAAGATTCTGCAGAAAGATCGAGTCTTGAGGATCAA 431
Query 558 -AT-------GAG-T-T-TC-A-ATGGAACAAACGATGGTGGATTGGACCAGGAGG---T 601
|| ||| | | || | | ||| | ||| ||||||||||||||| | || |
Sbjct 432 AATCAAGGGAGAGATCTCTCTAGCTTGAATAGACGGTGGTGGATTGGACCAAGTGGTCAT 491
Query 602 GGTGG-TTCTTCGGTTACT-GAGAGGTTGGTTCAAGCAGTTGA-ACACATTAAAGATTAC 658
||| || |||||||| | || || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
Sbjct 492 CATGGCTT-TTCGGTTA-TGGATAGATTGGTTCAAGCAG-TGACACACATTAAAGATTTC 548
Query 659 ACAACAGCGAGAGGCTCACTTATTCAGTTATGGGTTCCGGTTAATAGAGGCGGTAAGCGA 718
|||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||||| |||||||||
Sbjct 549 ACAAGTGAGAGAGGCTCTCTTATACAGTTGTGGGTGCCTGTGGATAGAGGTGGTAAGCGA 608
Query 719 GTTTTGACCACAAAGGAACAACCTTTTAGCCATGATCCGTTGTGTCAAAGACTTGCAAAC 778
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |
Sbjct 609 GTTTTAACCACAAAGGAACAACCTTTTAGCCATGATCCAATGTGCCAAAGGCTTGCTCAT 668
Query 779 TATAGAGAGATCTCTGTGAATTATCACTTCTCTGCTGAGCA--A-GA-T---G----A-T 826
|| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| || | || | | | |
Sbjct 669 TACAGAGAGATCTCTGAGAATTATCAATTCTCTACTGAACAGGAGGATTCAGGTTCCAGT 728
Query 827 TCCAAGG-CTTTAGCTGGTTTGCCTGGGAGGGTTTTCTTGGGGAAGCTTCCTGAATGGAC 885
|||| || | || | |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 729 TCCAGGGAC-TTGGTTGGTTTGCCTGGAAGAGTTTTCTTGGGGAAGGTTCCTGAATGGAC 787
Query 886 TCCTGATGTTAGGTTTTTCAAGAGCGAGGAGTATCCGAGAGTACACCATGCTCAGGACTG 945
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||
Sbjct 788 TCCTGATGTGAGGTTTTTCAAGAACGAGGAGTATCCCAGAGTACAACATGCTCAAGACTG 847
Query 946 CGATGTCCGTGGAACGCTGGCGATTCCGGTGTTTGAACAAGGTAGTAAGATTTGCTTGGG 1005
||| | || || ||| | || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 848 TGATATTCGAGGCACGTTAGCTATTCCTGTGTTTGAACAAGGTAGTCAGATTTGCTTAGG 907
Query 1006 TGTTATTGAGGTTGTAATGACCACTGAGATGGTTAAACTAAGACCTGAGCTTGAAAGCAT 1065
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| |||||||||||
Sbjct 908 TGTTATTGAGGTTGTAATGACCACTCAAATGGTTAAATTAAGCCCTGACCTTGAAAGCAT 967
Query 1066 TTGCAGAGCACTTCAGGCAGTTGATCTTAGGAGCACCGAGCTTCCGATTCCACCTTCTCT 1125
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||
Sbjct 968 CTGCAGAGCACTTCAGGCTGTTGATCTTAGGAGCACAGAAATTCCGATACCGCCTTCTCT 1027
Query 1126 AAAGGGATGTGACTTATCCTACAAAGCTGCCTTACCTGAAATCCGAAACCTCTTGAGATG 1185
||||||| |||||| || ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1028 AAAGGGACCTGACTTCTCTTACCAAGCTGCATTACCTGAAATCAGAAACCTCTTGAGATG 1087
Query 1186 TGCTTGTGAGACTCATAAACTACCTTTAGCTCAGACATGGGTTTCTTG--TCAACAGCAA 1243
|||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| | |||
Sbjct 1088 TGCTTGTGAGACGCATAAACTACCATTAGCACAAACATGGGTCTCTTGTCTCAA-A-CAA 1145
Query 1244 AACAAAAGCGGGTGCCGTCACAACGATGAGAACTACATCCATTGCGTATCAACCATTGAT 1303
| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||
Sbjct 1146 AGCAAAACCGGTTGCCGTCACAACGATGAGAACTATATCCATTGTGTATCCACAATCGAT 1205
Query 1304 GATGCTTGCTACGTTGGTGATCCAACAGTTCGTGAGTTCCATGAAGCTTGCTCTGAGCAT 1363
||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1206 GATGCTTGCTATGTTGGTGATCCTTCAGTCCGTGAATTCCACGAAGCTTGCTCTGAGCAT 1265
Query 1364 CACCTCTTGAAAGGCCAAGGAGTTGCAGGTCAAGCCTTCTTGACCAATGGACCTTGCTTT 1423
|| ||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1266 CATCTCTTGAAAGGTCAAGGAGTTGTTGGAGAAGCCTTTTTGACCAATGGTCCTTGCTTT 1325
Query 1424 TCATCTGATGTATCTAACTACAAGAAATCAGAGTACCCTCTCTCTCACCATGCTAA-TAT 1482
||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 1326 TCATCTGATGTTTCTAGCTACAAGAAATCTGAGTACCCTCTCTCTCACCACGC-AACTAT 1384
Query 1483 GTACGGTTTACATGGCGCGGTTGCAATTCGCCTGCGGTGCATCCACACGGGCTCTGCTGA 1542
|| |||||||||||| | || || || ||| | || || ||||||||||| || |||||
Sbjct 1385 GTTTGGTTTACATGGCACAGTCGCGATACGCTTACGCTGTATCCACACGGGTTCAGCTGA 1444
Query 1543 TTTCGTCTTAGAGTTCTTTTTGCCTAAAGACTG-CGATGATCTGGAGGAACAGAGGAAAA 1601
||| ||||| |||||||||||||||||| | || || ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1445 TTTTGTCTTGGAGTTCTTTTTGCCTAAAAATTGTCG-GGATATCGAGGAACAGAGGAAAA 1503
Query 1602 TGTTGAATGCTCTTTCAACTATTATGGCTCATGTGCCTAGAAGCTTAAGGACTGTTACAG 1661
|||||||||||||||||| ||| ||||| || || ||||||||||||||||| || || |
Sbjct 1504 TGTTGAATGCTCTTTCAATTATAATGGCGCACGTACCTAGAAGCTTAAGGACAGTCACGG 1563
Query 1662 ACAAAGAACTAGAAGAAGAG 1681
| || |||||||||||||||
Sbjct 1564 AGAAGGAACTAGAAGAAGAG 1583
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115870525290
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5