BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G20760.1 Length=3426 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg472312 jgi|Araly1|472312|fgenesh2_kg.1__2266__AT1G20760.1 2686 0.0 > Ahg472312 jgi|Araly1|472312|fgenesh2_kg.1__2266__AT1G20760.1 Length=3357 Score = 2686 bits (1454), Expect = 0.0 Identities = 1593/1658 (96%), Gaps = 17/1658 (1%) Strand=Plus/Plus Query 17 ttttGTTAATTATTCATCATTTCATCTGTTCGAATCGGGCAATTTTCGTCT------G-- 68 ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 1 TTTTGTTCATTATTCATCATTTCATCTGTTGGAATCGGGCAATTTTCGTCTGGACAAGAA 60 Query 69 G-AGAAATCTGGAGATAGGATTTTGATCGATTTCTAAGCTCTAATCTC--AGTTTTTTGG 125 | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||| Sbjct 61 GAAGAAATCTGGAGATAGGATTTTGATTGATTTCTAAGCTCTGATCTCTAAG-TTTTTGG 119 Query 126 GTAGCTCCGGTGATCCTTGAGATGGCGGGTCAGAATCCTAACATGGATCAATTCGAGGCC 185 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 GTAGCTCCGGTGATCCTTGAGATGGCGGGTCAGAATCCTAACATGGATCAATTCGAGGCC 179 Query 186 TACTTCAAAAGAGCAGATTTAGACGGAGATGGTCGGATCAGTGGTGCCGAAGCTGTTGGA 245 ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 180 TACTTCAAACGAGCAGATTTGGACGGCGATGGTCGGATCAGTGGAGCCGAAGCTGTTGGA 239 Query 246 TTTTTTCAAGGATCTGGTTTGTCTAAGCAGGTTCTCGCCCAGATATGGTCGCTTTCTGAT 305 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 TTTTTTCAAGGATCTGGTTTGTCTAAGCAGGTTCTCGCCCAGATATGGTCGCTTTCTGAT 299 Query 306 CGGTCACACAGTGGTTTCCTTGATCGGCAAAACTTTTATAATTCTCTGAGACTTGTAACA 365 ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 CGGACACACAGTGGTTTCCTTGATCGACAAAACTTTTATAATTCTCTGAGACTTGTAACA 359 Query 366 GTTGCACAGAGCAAGAGAGATCTGACACCTGAGATTGTTAATGCAGCACTGAATACTCCT 425 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 GTTGCACAGAGCAAGAGAGATCTGACACCTGAGATTGTTAATGCAGCACTGAATACTCCT 419 Query 426 GCAGCAGCCAAAATACCACCTCCCAAAATTAATCTTTCAGCTATCCCTGCACCCCGACCT 485 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 420 GCAGCAGCCAAAATACCACCTCCCAAAATTAATCTTTCAGCTATTCCTGCACCCCGACCT 479 Query 486 AATCCTGCTGCTACAACGGTCGGTCCAGTTTCCGGGTTTGGAGGACCAGGGGCTCCAAAT 545 |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 AATCCTGCTGCTACAACGGTTGGTCCGGTTTCTGGGTTTGGAGGACCAGGGGCTCCAAAT 539 Query 546 GCGATTGTCAATCAGAATTATTTTCCACCTCAGCAAAACCAGCAAATGAGACCAAATCAA 605 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 GCGAATGTCAATCAGAATTATTTTCCACCTCAGCAAAACCAGCAAATGAGACCAAATCAA 599 Query 606 GGAATATCTGGGCTGACTTCACTTAGACCAGCGGCTGGTCCAGAATATAGACCAAGTGCC 665 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GGAATATCTGGGCTGACTTCACTTAGACCAGCGGCTGGTCCAGAATATAGACCAAGTGCC 659 Query 666 TTATCAGGTCAATTCCAACCAGTTCCTGTTGGTAGTGTTACGCATCCTCCTCAGCCTGTT 725 ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| Sbjct 660 TTACCAGGTCAATTCCAACCAGTTCCTGTTGGTGGTGTTACG---CGTCCTCAGCCTGTT 716 Query 726 CCCACTAGTGTATCTGGTCCTGGTAGTTCAACGT-TCAATCTTAATAGTTTGTATGCTGG 784 || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| Sbjct 717 CCAACTAGTGTATCTGGTCCTGGTAGTTCAAC-TCTCAATCTTAATAATTTGTATGCTGT 775 Query 785 AGCTGGAAACACCAGCGGATATTCGTCAGGCTTTGGAGGGGGCAGCTTAGCAGCACCTTC 844 ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 776 AGCGGGAAACACCAGCGGATACTCGTCCGGCTATGGAGGGGGCAGCTTAGCAGCACCTTC 835 Query 845 TCCTGGCTTAAAACAAGAGTCACACATTGATCCAAAGGCGCTTGTTGTATCTGGAAATGG 904 |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 836 TCCTGGCTTAAAACCAGATTCACAAATTGATCCAAAGGCGCTTGTTGTATCTGGAAATGG 895 Query 905 AGGTGACATGTTTTCCTCTTTCCAGCAAAAACAAGAACCCACTCTGAGTAATTCTTCAAT 964 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 896 AGGTGACATGTTTTCCTCTTTCCAGCAAAAACATGAACCCACTCTGAGTAATTCTTCAAT 955 Query 965 TAGTTCAGCCATTGTCCCTACTTCTGCTGGAATCCAACCTCCAACAAAGCCTAATGCTCT 1024 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 CAGTTCAGCCATTGTTCCTACTTCTGCTGGAATCCAACCTCCAACAAAGCCTAATGCTCT 1015 Query 1025 CGATTCCCTACAGAGTACTTTCTCAATGCTACCTTCAGGAAATCAGCTTCAGCAGCCAAG 1084 |||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 CGATTCCCTACAAAATACTTTCTCAATGTTACCTCCAGGAAATCAGCTTCAGCAGCCAAG 1075 Query 1085 GCCAGCAGCAAGCTCACAGCCTGCAGTGTCCTCACAAGGTCCATCCTCCGGTTTGCCACC 1144 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1076 GCCAGCAGCAAGCTCACAGCCTGCAGTGTCCTTACAAGGTCCATCCTCCGGTTTGCCACC 1135 Query 1145 TGGAAGTGCAGTTGGATCTGGCCATTCTACTCCTGCTGGAAATAATCAGCCTCCGTGGCC 1204 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1136 TGGAAGTGCAGTTGGATCTGGCCATTCAACTCCTGCTGGAAATAATCAGCCTCCATGGCC 1195 Query 1205 AAAAATGAAACCATCCGATGTTCAGAAATACACAAAGGTATTTATGGAAGTTGATAGTGA 1264 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 AAAAATGAAACCATCCGATGTCCAGAAATACACAAAGGTATTTATGGAAGTTGATAGTGA 1255 Query 1265 CAAGGATGGAAAAATCACTGGTGAGCAGGCGAGGAATCTATTTTTAAGCTGGAGGTTACC 1324 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 CAAGGATGGGAAAATCACTGGTGAGCAGGCAAGGAATCTATTTTTAAGCTGGAGGTTACC 1315 Query 1325 CAGGGAGGTATTGAAGCATGTGTGGGAATTATCTGATCAGGATAATGATACTATGCTTTC 1384 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 CAGGGAGGTATTGAAGCATGTGTGGGAATTATCTGATCAGGATAATGATACTATGCTTTC 1375 Query 1385 TCTGAGGGAGTTCTGCATTTCATTGTATTTGATGGAGCGGTATAGAGAAGGCCGTCCTCT 1444 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 TCTGAGGGAGTTCTGCATTTCATTGTATTTGATGGAGCGGTATAGAGAAGGCCGTCCTCT 1435 Query 1445 CCCGACCGCACTTCCTAGCAGCATCATGTTTGATGAAACACTGCTATCTATCTCAGGCGC 1504 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1436 CCCGACCGCACTTCCTAGCAGCATCATGTTTGATGAAACACTGTTATCTATCTCAGGCGC 1495 Query 1505 ACCCAGTCATGGCTATGCAAATGCTGGATGGGGATCTGGTCAAGGTTTTGTACAGCAACC 1564 ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1496 ACCCACTCATGGCTATACAAATACTGGATGGGGATCTGGTCAAGGTTTCGTACAGCAACC 1555 Query 1565 AGGGATGGGTGCGCGGCCAATCACTCCAACGACTGGTATGAGACCACCAGTTCCTGCACC 1624 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1556 AGGGATGGGTGCGCGGCCAATCACTCCAACGACTGGTATGAGGCCACCAGTTCCTGCACC 1615 Query 1625 AGGCCCTCAACCTGGCAGTGGTATACCACCTAATCAGC 1662 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 AGGCCCTCACCCTGGCAGTGGTATACCACCTAATCAGC 1653 Score = 2651 bits (1435), Expect = 0.0 Identities = 1647/1742 (95%), Gaps = 43/1742 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1699 CTAATCACCTAGGTAATGGATATTCTGCAAGCTCAAATCTTCCAGAAGCAGCAGCTGATG 1758 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1645 CTAATCAGCTAGGTAATGGATATTCTGCAAGCTCAAATCTTCCAGAAGCAGCAGCTGATG 1704 Query 1759 AGGAAAAGGTTGATGAAAAGCAGAATGCCTATATGGACTCCAGGGAGAAACTTGATTACT 1818 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1705 AGGAAAAGGTTGATGAAAAGCAGAATGCCTATATGGACTCCAGGGAGAAACTTGAATACT 1764 Query 1819 ACCGGACGAAAATGCAGGATATTGTCTTGTACAAAAGCAGGTGTGACAATAGATTAAATG 1878 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1765 ACCGGACGAAAATGCAGGATATTGTCTTGTACAAAAGCAGGTGTGACAATAGATTAAATG 1824 Query 1879 AGATCTCCGAAAGGGCTTCTGCTGACAAGCGTGAGGCTGAAACATTGGCAAAGAAGTATG 1938 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1825 AGATCTCCGAAAGGGCTTCTGCTGACAAGCGTGAGGCTGAAACATTGGCAAAGAAGTATG 1884 Query 1939 AGGAGAAGTATAAGCAAGTTGCAGAAATAGGGTCAAAATTAACTATTGAAGAGGCCAGGT 1998 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1885 AGGAGAAGTATAAGCAAGTTGCAGAAATAGGGTCAAAATTAACTATTGAAGAGGCCAGGT 1944 Query 1999 TCCGTGAGATTGAGGGGCGGAAGATGGAGTTGAGTCAAGCAATTGTGAACATGGAGCAAG 2058 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1945 TCCGCGAGATTGAGGGGCGGAAGATGGAGTTGAGTCAAGCAATTGTGAACATGGAGCAAG 2004 Query 2059 GTGGTAGTGCTGATGGTCTCCTTCAGGTCCGGGCTGACAGAATACAATCAGATCTTGAGG 2118 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2005 GTGGTAGTGCTGATGGTCTCCTTCAGGTCCGGGCTGACAGAATACAATCAGATCTAGAGG 2064 Query 2119 AATTGATGAAGGCTTTAACTGAACGATGCAAGAAACACGGGTTGGAGGTTAACTCGAAGG 2178 || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2065 AACTGATGAAGGCTTTAACTGAACGTTGCAAGAAACATGGGTTGGAGGTTAACTCGAAGG 2124 Query 2179 CCCTTGTAGACCTTCCAGCTGGCTGGCAACCTGGAATTCAAGAAGGTGCAGCTCTTTGGG 2238 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2125 CCCTTGTAGACCTTCCAGCTGGCTGGCAACCTGGAATTCAAGAAGGGGCAGCTCTTTGGG 2184 Query 2239 ATGAGGAATGGGATAAGTTTGAAGATGAAGGTTTTGGCAATGAGATCACTTTTGACAAAT 2298 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2185 ATGAAGAATGGGATAAGTTTGAAGATGAAGGTTTTGGCAATGAGATCACTTTTGACAAAT 2244 Query 2299 CAAAAGAGCAAAACTCGTCTGGTGAGAAGGAAAATGGTACGGTGGATGATGGTAGTGGGC 2358 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2245 CAAAAGAGCAAAACTCGTCTGGTGAGAAGGAAAACGGTACGGTGGATGATGGTAGTGGGC 2304 Query 2359 CACCTGATTCGCCGACCCATGTAGAGGACAACTATGGCCCTTTTTCAGAAACCTCAGACC 2418 ||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2305 TACCTGATTCGCCGACCCATATAGATGAAAACTATGGACCTTTTTCAGAAACCTCAGACC 2364 Query 2419 GCCACCATGAGAGTGAATATGGGACAACTCACAGTGAAGATAGAAGTCCTAGAGACAGTC 2478 |||| | |||||| || | || | || | | ||||||||||||||||||| Sbjct 2365 GCCA-C-----AGTGAAGAT--G--AA-T--CA--G--G-CAGAAGTCCTAGAGACAGTC 2406 Query 2479 CTGTCTCTAGGAATGCTACTGAGGTCCCATCTCCAGATTATTCTCAGGGAAAGAATTCTG 2538 |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2407 CTGTCTCTAGGACTGCTACTGAGATCCCATCTCCAGATTATTCTCAGGGGAAGAATTCTG 2466 Query 2539 AATTCTTTGATGACTCGAATTGGGCAAGTGCATTTGACACTAACGATGATGTGGATTCAG 2598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2467 AATTCTTTGATGACTCGAATTGGGCAAGTGCATTTGACACTAACGATGATGTGGATTCAG 2526 Query 2599 TCTGGGGATTTGATGCATCAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTTTGGATCAGGTGACGATT 2658 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| Sbjct 2527 TCTGGGGATTTGATGCATCAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTATGGATCGGGTGGCGATT 2586 Query 2659 TTGGTGGAAACACAGCAAGAGCAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGCTTTGGCGCCCAGAGAA 2718 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2587 TTGGTGGAAACACAGGAAGAGCAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGCTTCGGCGCCCAGAGAA 2646 Query 2719 AGAGCCAATTTGCATTTGATGATTCAGTCCCCAGCACTCCACTCTCAAGATTCGGGAACT 2778 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2647 AGAGCCCATTTGCATTTGATGATTCAGTCCCCAGCACTCCACTCTCAAGATTCGGGAACT 2706 Query 2779 CTCCACCTCGGTTCAGCGATGCATCAGCTAGAGATAATAACTTTGATAGCTTCTCCAGGT 2838 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2707 CTCCACCTCGGTTCAGCGATGCATCAGCAAGAGATAATAACTTTGATAGCTTCTCAAGGT 2766 Query 2839 TCGACTCCTTCAACACCAGTGAAGCAGGCGCCGGGTTTTCTTCGCAGCCCGAGAGACTGT 2898 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2767 TCGACTCCTTCAACACCAGTGAAGCAGGCGCCGGGTTTTCTTCCCAGCCCGAGAGACTGT 2826 Query 2899 CTCGGTTTGATTCCATCAACAGCTCCAAAGACTTTGGTGGAGCTGCCTTCTCTAGGTTCG 2958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2827 CTCGGTTTGATTCCATCAACAGCTCCAAAGACTTTGGTGGAGCTGCCTTCTCCAGGTTCG 2886 Query 2959 ATTCAATTAACAGTTCCAGAGACGTCACTGGAGCTGAGAAATTTTCGAGGTTTGATTCCA 3018 | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| Sbjct 2887 ACTCAATTAACAGTTCGAGAGACGTCACTGGAGCTGAGAAACTTTCGAGGTTCGATTCCA 2946 Query 3019 TCAACAGTAGCAAAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTATCAAGATTCGACTCTATGAATAGTA 3078 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2947 TCAACAGTAGCAAAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTTTCAAGATTCGACTCCATGAATAGTA 3006 Query 3079 CAAAGGATTTCAGTGGTAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCA 3138 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3007 CAAAGGATTTCAGTGGCAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCA 3066 Query 3139 CAGGTCCCTTTAAAGTCTCTTCGGATGAAAGCCCTACGAAAAGGTCAGATAACTGGAACT 3198 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| Sbjct 3067 CAGGTCCCTTCAAAGTCTCTTCGGATGAAAGCCCTAAGAAAAGGTCAGATAATTGGAACT 3126 Query 3199 CCTTCTAGCCTCGGTT-ACTATCGTTCCCTTTTATAATCCTTTTTCCTCGCTTGATGAAC 3257 |||||||||||| ||| | |||| | ||||||| | | ||| | ||||||||||||| Sbjct 3127 CCTTCTAGCCTCAGTTTATTATCAT-CCCTTTT-T--T--TTTCT--TCGCTTGATGAAC 3178 Query 3258 TTGTGCTT-GTTTCATAA-----TTATAATTTTTTCACCAAATTCTGGTTTTGGATGAGA 3311 ||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3179 TTGTGGTTTGTTTTATAAAAAGCTTATAATTTTTTCACCAAATTCTGGTTTTGGATGAGA 3238 Query 3312 C-ACTAGCGTTAGTCTATTTGTAATTTGTAAAGTTTGTCTCTGTATTG-GTTTCCTACTG 3369 | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| Sbjct 3239 CGA-TAGCGTTAGACTATTTGTAATTTGTAAAGTTTGTCTTTGTAT-GAGTTTCCTACTG 3296 Query 3370 TATCTCT--GTTATGTTA-T--GAATTCATTTGCTTTATATGAAAGAAATATTTGAGGAT 3424 ||||||| ||| |||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | Sbjct 3297 TATCTCTCTGTTCTGTTCGTAAGAATTCATTTGCTTAA-ATGAAAGAAATATTTGAGGCT 3355 Query 3425 TT 3426 || Sbjct 3356 TT 3357 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 129357690627 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5