BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G20760.1
Length=3426
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472312 jgi|Araly1|472312|fgenesh2_kg.1__2266__AT1G20760.1 2686 0.0
> Ahg472312 jgi|Araly1|472312|fgenesh2_kg.1__2266__AT1G20760.1
Length=3357
Score = 2686 bits (1454), Expect = 0.0
Identities = 1593/1658 (96%), Gaps = 17/1658 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 ttttGTTAATTATTCATCATTTCATCTGTTCGAATCGGGCAATTTTCGTCT------G-- 68
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 TTTTGTTCATTATTCATCATTTCATCTGTTGGAATCGGGCAATTTTCGTCTGGACAAGAA 60
Query 69 G-AGAAATCTGGAGATAGGATTTTGATCGATTTCTAAGCTCTAATCTC--AGTTTTTTGG 125
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 61 GAAGAAATCTGGAGATAGGATTTTGATTGATTTCTAAGCTCTGATCTCTAAG-TTTTTGG 119
Query 126 GTAGCTCCGGTGATCCTTGAGATGGCGGGTCAGAATCCTAACATGGATCAATTCGAGGCC 185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GTAGCTCCGGTGATCCTTGAGATGGCGGGTCAGAATCCTAACATGGATCAATTCGAGGCC 179
Query 186 TACTTCAAAAGAGCAGATTTAGACGGAGATGGTCGGATCAGTGGTGCCGAAGCTGTTGGA 245
||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 180 TACTTCAAACGAGCAGATTTGGACGGCGATGGTCGGATCAGTGGAGCCGAAGCTGTTGGA 239
Query 246 TTTTTTCAAGGATCTGGTTTGTCTAAGCAGGTTCTCGCCCAGATATGGTCGCTTTCTGAT 305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTTTTTCAAGGATCTGGTTTGTCTAAGCAGGTTCTCGCCCAGATATGGTCGCTTTCTGAT 299
Query 306 CGGTCACACAGTGGTTTCCTTGATCGGCAAAACTTTTATAATTCTCTGAGACTTGTAACA 365
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CGGACACACAGTGGTTTCCTTGATCGACAAAACTTTTATAATTCTCTGAGACTTGTAACA 359
Query 366 GTTGCACAGAGCAAGAGAGATCTGACACCTGAGATTGTTAATGCAGCACTGAATACTCCT 425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GTTGCACAGAGCAAGAGAGATCTGACACCTGAGATTGTTAATGCAGCACTGAATACTCCT 419
Query 426 GCAGCAGCCAAAATACCACCTCCCAAAATTAATCTTTCAGCTATCCCTGCACCCCGACCT 485
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 420 GCAGCAGCCAAAATACCACCTCCCAAAATTAATCTTTCAGCTATTCCTGCACCCCGACCT 479
Query 486 AATCCTGCTGCTACAACGGTCGGTCCAGTTTCCGGGTTTGGAGGACCAGGGGCTCCAAAT 545
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AATCCTGCTGCTACAACGGTTGGTCCGGTTTCTGGGTTTGGAGGACCAGGGGCTCCAAAT 539
Query 546 GCGATTGTCAATCAGAATTATTTTCCACCTCAGCAAAACCAGCAAATGAGACCAAATCAA 605
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GCGAATGTCAATCAGAATTATTTTCCACCTCAGCAAAACCAGCAAATGAGACCAAATCAA 599
Query 606 GGAATATCTGGGCTGACTTCACTTAGACCAGCGGCTGGTCCAGAATATAGACCAAGTGCC 665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGAATATCTGGGCTGACTTCACTTAGACCAGCGGCTGGTCCAGAATATAGACCAAGTGCC 659
Query 666 TTATCAGGTCAATTCCAACCAGTTCCTGTTGGTAGTGTTACGCATCCTCCTCAGCCTGTT 725
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||
Sbjct 660 TTACCAGGTCAATTCCAACCAGTTCCTGTTGGTGGTGTTACG---CGTCCTCAGCCTGTT 716
Query 726 CCCACTAGTGTATCTGGTCCTGGTAGTTCAACGT-TCAATCTTAATAGTTTGTATGCTGG 784
|| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 717 CCAACTAGTGTATCTGGTCCTGGTAGTTCAAC-TCTCAATCTTAATAATTTGTATGCTGT 775
Query 785 AGCTGGAAACACCAGCGGATATTCGTCAGGCTTTGGAGGGGGCAGCTTAGCAGCACCTTC 844
||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AGCGGGAAACACCAGCGGATACTCGTCCGGCTATGGAGGGGGCAGCTTAGCAGCACCTTC 835
Query 845 TCCTGGCTTAAAACAAGAGTCACACATTGATCCAAAGGCGCTTGTTGTATCTGGAAATGG 904
|||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 TCCTGGCTTAAAACCAGATTCACAAATTGATCCAAAGGCGCTTGTTGTATCTGGAAATGG 895
Query 905 AGGTGACATGTTTTCCTCTTTCCAGCAAAAACAAGAACCCACTCTGAGTAATTCTTCAAT 964
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 AGGTGACATGTTTTCCTCTTTCCAGCAAAAACATGAACCCACTCTGAGTAATTCTTCAAT 955
Query 965 TAGTTCAGCCATTGTCCCTACTTCTGCTGGAATCCAACCTCCAACAAAGCCTAATGCTCT 1024
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 CAGTTCAGCCATTGTTCCTACTTCTGCTGGAATCCAACCTCCAACAAAGCCTAATGCTCT 1015
Query 1025 CGATTCCCTACAGAGTACTTTCTCAATGCTACCTTCAGGAAATCAGCTTCAGCAGCCAAG 1084
|||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 CGATTCCCTACAAAATACTTTCTCAATGTTACCTCCAGGAAATCAGCTTCAGCAGCCAAG 1075
Query 1085 GCCAGCAGCAAGCTCACAGCCTGCAGTGTCCTCACAAGGTCCATCCTCCGGTTTGCCACC 1144
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 GCCAGCAGCAAGCTCACAGCCTGCAGTGTCCTTACAAGGTCCATCCTCCGGTTTGCCACC 1135
Query 1145 TGGAAGTGCAGTTGGATCTGGCCATTCTACTCCTGCTGGAAATAATCAGCCTCCGTGGCC 1204
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1136 TGGAAGTGCAGTTGGATCTGGCCATTCAACTCCTGCTGGAAATAATCAGCCTCCATGGCC 1195
Query 1205 AAAAATGAAACCATCCGATGTTCAGAAATACACAAAGGTATTTATGGAAGTTGATAGTGA 1264
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 AAAAATGAAACCATCCGATGTCCAGAAATACACAAAGGTATTTATGGAAGTTGATAGTGA 1255
Query 1265 CAAGGATGGAAAAATCACTGGTGAGCAGGCGAGGAATCTATTTTTAAGCTGGAGGTTACC 1324
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CAAGGATGGGAAAATCACTGGTGAGCAGGCAAGGAATCTATTTTTAAGCTGGAGGTTACC 1315
Query 1325 CAGGGAGGTATTGAAGCATGTGTGGGAATTATCTGATCAGGATAATGATACTATGCTTTC 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CAGGGAGGTATTGAAGCATGTGTGGGAATTATCTGATCAGGATAATGATACTATGCTTTC 1375
Query 1385 TCTGAGGGAGTTCTGCATTTCATTGTATTTGATGGAGCGGTATAGAGAAGGCCGTCCTCT 1444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TCTGAGGGAGTTCTGCATTTCATTGTATTTGATGGAGCGGTATAGAGAAGGCCGTCCTCT 1435
Query 1445 CCCGACCGCACTTCCTAGCAGCATCATGTTTGATGAAACACTGCTATCTATCTCAGGCGC 1504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1436 CCCGACCGCACTTCCTAGCAGCATCATGTTTGATGAAACACTGTTATCTATCTCAGGCGC 1495
Query 1505 ACCCAGTCATGGCTATGCAAATGCTGGATGGGGATCTGGTCAAGGTTTTGTACAGCAACC 1564
||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1496 ACCCACTCATGGCTATACAAATACTGGATGGGGATCTGGTCAAGGTTTCGTACAGCAACC 1555
Query 1565 AGGGATGGGTGCGCGGCCAATCACTCCAACGACTGGTATGAGACCACCAGTTCCTGCACC 1624
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1556 AGGGATGGGTGCGCGGCCAATCACTCCAACGACTGGTATGAGGCCACCAGTTCCTGCACC 1615
Query 1625 AGGCCCTCAACCTGGCAGTGGTATACCACCTAATCAGC 1662
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AGGCCCTCACCCTGGCAGTGGTATACCACCTAATCAGC 1653
Score = 2651 bits (1435), Expect = 0.0
Identities = 1647/1742 (95%), Gaps = 43/1742 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1699 CTAATCACCTAGGTAATGGATATTCTGCAAGCTCAAATCTTCCAGAAGCAGCAGCTGATG 1758
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 CTAATCAGCTAGGTAATGGATATTCTGCAAGCTCAAATCTTCCAGAAGCAGCAGCTGATG 1704
Query 1759 AGGAAAAGGTTGATGAAAAGCAGAATGCCTATATGGACTCCAGGGAGAAACTTGATTACT 1818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1705 AGGAAAAGGTTGATGAAAAGCAGAATGCCTATATGGACTCCAGGGAGAAACTTGAATACT 1764
Query 1819 ACCGGACGAAAATGCAGGATATTGTCTTGTACAAAAGCAGGTGTGACAATAGATTAAATG 1878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 ACCGGACGAAAATGCAGGATATTGTCTTGTACAAAAGCAGGTGTGACAATAGATTAAATG 1824
Query 1879 AGATCTCCGAAAGGGCTTCTGCTGACAAGCGTGAGGCTGAAACATTGGCAAAGAAGTATG 1938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 AGATCTCCGAAAGGGCTTCTGCTGACAAGCGTGAGGCTGAAACATTGGCAAAGAAGTATG 1884
Query 1939 AGGAGAAGTATAAGCAAGTTGCAGAAATAGGGTCAAAATTAACTATTGAAGAGGCCAGGT 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 AGGAGAAGTATAAGCAAGTTGCAGAAATAGGGTCAAAATTAACTATTGAAGAGGCCAGGT 1944
Query 1999 TCCGTGAGATTGAGGGGCGGAAGATGGAGTTGAGTCAAGCAATTGTGAACATGGAGCAAG 2058
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 TCCGCGAGATTGAGGGGCGGAAGATGGAGTTGAGTCAAGCAATTGTGAACATGGAGCAAG 2004
Query 2059 GTGGTAGTGCTGATGGTCTCCTTCAGGTCCGGGCTGACAGAATACAATCAGATCTTGAGG 2118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2005 GTGGTAGTGCTGATGGTCTCCTTCAGGTCCGGGCTGACAGAATACAATCAGATCTAGAGG 2064
Query 2119 AATTGATGAAGGCTTTAACTGAACGATGCAAGAAACACGGGTTGGAGGTTAACTCGAAGG 2178
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 AACTGATGAAGGCTTTAACTGAACGTTGCAAGAAACATGGGTTGGAGGTTAACTCGAAGG 2124
Query 2179 CCCTTGTAGACCTTCCAGCTGGCTGGCAACCTGGAATTCAAGAAGGTGCAGCTCTTTGGG 2238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2125 CCCTTGTAGACCTTCCAGCTGGCTGGCAACCTGGAATTCAAGAAGGGGCAGCTCTTTGGG 2184
Query 2239 ATGAGGAATGGGATAAGTTTGAAGATGAAGGTTTTGGCAATGAGATCACTTTTGACAAAT 2298
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 ATGAAGAATGGGATAAGTTTGAAGATGAAGGTTTTGGCAATGAGATCACTTTTGACAAAT 2244
Query 2299 CAAAAGAGCAAAACTCGTCTGGTGAGAAGGAAAATGGTACGGTGGATGATGGTAGTGGGC 2358
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 CAAAAGAGCAAAACTCGTCTGGTGAGAAGGAAAACGGTACGGTGGATGATGGTAGTGGGC 2304
Query 2359 CACCTGATTCGCCGACCCATGTAGAGGACAACTATGGCCCTTTTTCAGAAACCTCAGACC 2418
||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 TACCTGATTCGCCGACCCATATAGATGAAAACTATGGACCTTTTTCAGAAACCTCAGACC 2364
Query 2419 GCCACCATGAGAGTGAATATGGGACAACTCACAGTGAAGATAGAAGTCCTAGAGACAGTC 2478
|||| | |||||| || | || | || | | |||||||||||||||||||
Sbjct 2365 GCCA-C-----AGTGAAGAT--G--AA-T--CA--G--G-CAGAAGTCCTAGAGACAGTC 2406
Query 2479 CTGTCTCTAGGAATGCTACTGAGGTCCCATCTCCAGATTATTCTCAGGGAAAGAATTCTG 2538
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2407 CTGTCTCTAGGACTGCTACTGAGATCCCATCTCCAGATTATTCTCAGGGGAAGAATTCTG 2466
Query 2539 AATTCTTTGATGACTCGAATTGGGCAAGTGCATTTGACACTAACGATGATGTGGATTCAG 2598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2467 AATTCTTTGATGACTCGAATTGGGCAAGTGCATTTGACACTAACGATGATGTGGATTCAG 2526
Query 2599 TCTGGGGATTTGATGCATCAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTTTGGATCAGGTGACGATT 2658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||
Sbjct 2527 TCTGGGGATTTGATGCATCAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTATGGATCGGGTGGCGATT 2586
Query 2659 TTGGTGGAAACACAGCAAGAGCAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGCTTTGGCGCCCAGAGAA 2718
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2587 TTGGTGGAAACACAGGAAGAGCAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGCTTCGGCGCCCAGAGAA 2646
Query 2719 AGAGCCAATTTGCATTTGATGATTCAGTCCCCAGCACTCCACTCTCAAGATTCGGGAACT 2778
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2647 AGAGCCCATTTGCATTTGATGATTCAGTCCCCAGCACTCCACTCTCAAGATTCGGGAACT 2706
Query 2779 CTCCACCTCGGTTCAGCGATGCATCAGCTAGAGATAATAACTTTGATAGCTTCTCCAGGT 2838
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2707 CTCCACCTCGGTTCAGCGATGCATCAGCAAGAGATAATAACTTTGATAGCTTCTCAAGGT 2766
Query 2839 TCGACTCCTTCAACACCAGTGAAGCAGGCGCCGGGTTTTCTTCGCAGCCCGAGAGACTGT 2898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2767 TCGACTCCTTCAACACCAGTGAAGCAGGCGCCGGGTTTTCTTCCCAGCCCGAGAGACTGT 2826
Query 2899 CTCGGTTTGATTCCATCAACAGCTCCAAAGACTTTGGTGGAGCTGCCTTCTCTAGGTTCG 2958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2827 CTCGGTTTGATTCCATCAACAGCTCCAAAGACTTTGGTGGAGCTGCCTTCTCCAGGTTCG 2886
Query 2959 ATTCAATTAACAGTTCCAGAGACGTCACTGGAGCTGAGAAATTTTCGAGGTTTGATTCCA 3018
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2887 ACTCAATTAACAGTTCGAGAGACGTCACTGGAGCTGAGAAACTTTCGAGGTTCGATTCCA 2946
Query 3019 TCAACAGTAGCAAAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTATCAAGATTCGACTCTATGAATAGTA 3078
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2947 TCAACAGTAGCAAAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTTTCAAGATTCGACTCCATGAATAGTA 3006
Query 3079 CAAAGGATTTCAGTGGTAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCA 3138
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3007 CAAAGGATTTCAGTGGCAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCA 3066
Query 3139 CAGGTCCCTTTAAAGTCTCTTCGGATGAAAGCCCTACGAAAAGGTCAGATAACTGGAACT 3198
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3067 CAGGTCCCTTCAAAGTCTCTTCGGATGAAAGCCCTAAGAAAAGGTCAGATAATTGGAACT 3126
Query 3199 CCTTCTAGCCTCGGTT-ACTATCGTTCCCTTTTATAATCCTTTTTCCTCGCTTGATGAAC 3257
|||||||||||| ||| | |||| | ||||||| | | ||| | |||||||||||||
Sbjct 3127 CCTTCTAGCCTCAGTTTATTATCAT-CCCTTTT-T--T--TTTCT--TCGCTTGATGAAC 3178
Query 3258 TTGTGCTT-GTTTCATAA-----TTATAATTTTTTCACCAAATTCTGGTTTTGGATGAGA 3311
||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179 TTGTGGTTTGTTTTATAAAAAGCTTATAATTTTTTCACCAAATTCTGGTTTTGGATGAGA 3238
Query 3312 C-ACTAGCGTTAGTCTATTTGTAATTTGTAAAGTTTGTCTCTGTATTG-GTTTCCTACTG 3369
| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 3239 CGA-TAGCGTTAGACTATTTGTAATTTGTAAAGTTTGTCTTTGTAT-GAGTTTCCTACTG 3296
Query 3370 TATCTCT--GTTATGTTA-T--GAATTCATTTGCTTTATATGAAAGAAATATTTGAGGAT 3424
||||||| ||| |||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |
Sbjct 3297 TATCTCTCTGTTCTGTTCGTAAGAATTCATTTGCTTAA-ATGAAAGAAATATTTGAGGCT 3355
Query 3425 TT 3426
||
Sbjct 3356 TT 3357
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129357690627
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5