BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G20920.1
Length=4430
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472328 jgi|Araly1|472328|fgenesh2_kg.1__2282__AT1G20920.2 5633 0.0
Ahg317764 jgi|Araly1|317764|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000780 1498 0.0
Ahg341099 jgi|Araly1|341099|fgenesh1_pg.C_scaffold_3000862 294 3e-78
> Ahg472328 jgi|Araly1|472328|fgenesh2_kg.1__2282__AT1G20920.2
Length=4343
Score = 5633 bits (3050), Expect = 0.0
Identities = 3253/3350 (97%), Gaps = 18/3350 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 845 GCGTGAAAAGAGTGTTGGCAGATCTAGCAGGCATGAAGATAGTCCaaagagaaagagtgt 904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 804 GCGTGAAAAGAGTGTTGGCAGATCTAGCAGGCATGAAGATAGTCCAAGGAGAAAGAGTGT 863
Query 905 cgaggataatggggaaaagaaagagaagaaaacgcgagaagaagaactagaggatgagca 964
||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 864 TGAGGAGGATGGTGAAAAGAAAGAGAAGAAAACCCGAGAAGAAGAACTTGAGGATGAGCA 923
Query 965 gaagaagTTGGATGAGGAAGTGGAAAAACGAAGGAGAAGAGTCCAGGAGTGGCAAGAATT 1024
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 GAAGAAGTTGGATGAGGAGGTGGAAAAACGAAGGAGAAGAGTCCAGGAGTGGCAAGAATT 983
Query 1025 GAAGAGGAAGAAGGAGGAAGCTGAAAGTGAAAGTAAGGGTGATGCGGATGGTAATGAGCC 1084
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 984 GAAGAGGAAGAAGGAGGAAGCTGAAAGTGAAAGTAAGGGTGATGCGGATGGTAAAGAGCC 1043
Query 1085 CAAGGCCGGTAAGGCTTGGACTCTTGAAGGAGAATCTGATGATGAAGAAGGCCATCCGGA 1144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1044 CAAGGCCGGTAAGGCTTGGACTCTTGAAGGAGAATCTGATGATGAAGAAGTTCATCCTGA 1103
Query 1145 AGAAAAATCAGAAACAGAAATGGATGTTGATGAAGAGACTAAACCTGAAAATGATGGAGA 1204
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 GGAAAAATCAGAAGCAGAAATGGATGTTGATGAAGAGACTAAACCTGAAAATGATGGAGA 1163
Query 1205 TGCTAAGATGGTAGACTTGGAGAATGAGACAGCTGCTACTGTCTCTGAGAGTGGAGGTGA 1264
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 TGCCAAGATGGTAGACTTGGAGAATGAGACAGCTGCTACTGTCTCTGAGAGTGGAGGTGA 1223
Query 1265 TGGAGCTGTAGATGAAGAGGAAATTGATCCTTTAGATGCTTTTATGAATACTATGGTATT 1324
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 TGGAGCTGCAGATGAAGAGGAAATTGATCCTTTAGATGCTTTTATGAATACTATGGTATT 1283
Query 1325 ACCTGAGGTTGAGAAGTTTTGCAATGGTGCTCCTCCCCCAGCAGTGAACGATGGTACTTT 1384
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1284 ACCTGAGGTTGAGAAGCTTAGCAATGGTGCTCCTCCCCCAGCAGTCAACGATGGTATTTT 1343
Query 1385 GGATTCTAAAATGAATGGGAAGGAAAGTGGTGACCGGCCAAAGAAAGGTTTTAATAAGGC 1444
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 GGATTCTAAAATGAATGGGAAGGAAAGTGATGACCAGCCAAAGAAAGGTTTTAATAAGGC 1403
Query 1445 CCTTGGTAGGATAATTCAAGGTGAAGATTCTGATTCTGATTATTCAGAACCAAAGAATGA 1504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 CCTTGGTAGGATAATTCAAGGTGAAGATTCTGATTCAGATTATTCAGAACCAAAGAATGA 1463
Query 1505 TGATGATCCAAGTTTAGACGAAGACGATGAGGAGTTCATGAAGAGAGTAAAGAAGACAAA 1564
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1464 TGATGATCCAAGTTTAGACGAAGATGATGAGGAGTTCATGAAGAGAGTGAAGAAGACAAA 1523
Query 1565 AGCTGAGAAGTTGTCCCTTGTTGACCACTCAAAAATAGAGTATGAACCTTTCCGGAAGAA 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 AGCTGAGAAGTTGTCCCTTGTTGACCACTCAAAAATAGAGTATGAACCTTTCCGGAAGAA 1583
Query 1625 CTTCTATATCGAAGTGAAGGATATCTCTAGGATGACACAAGAAGAAGTTAACACTTACAG 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 CTTCTATATCGAAGTGAAGGATATCTCTAGGATGACACAAGAAGAAGTTAACACTTACAG 1643
Query 1685 AAAGGAATTGGAGCTGAAAGTTCATGGAAAGGATGTTCCAAGACCCATAAAGTTTTGGCA 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 AAAGGAATTGGAGCTGAAAGTTCATGGAAAGGATGTTCCAAGACCCATAAAGTTTTGGCA 1703
Query 1745 CCAGACTGGGCTAACCAGCAAAATTTTGGATACTATGAAGAAGCTTAATTATGAAAAGCC 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 CCAGACTGGGCTAACCAGCAAAATTTTGGATACTATGAAGAAGCTTAATTATGAAAAGCC 1763
Query 1805 AATGCCTATTCAAACACAAGCACTCCCTATCATCATGAGCGGTCGAGACTGCATTGGGGT 1864
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764 AATGCCTATTCAAACACAAGCACTCCCAATCATCATGAGCGGTCGAGACTGCATTGGGGT 1823
Query 1865 TGCAAAAACCGGTTCAGGTAAAACCCTTGGTTTTGTTTTGCCAATGCTGAGGCATATTAA 1924
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1824 TGCAAAAACTGGTTCAGGTAAAACCCTTGGTTTTGTTTTGCCAATGCTGAGGCATATCAA 1883
Query 1925 AGATCAGCCTCCCGTTGAAGCTGGTGATGGGCCAATTGGTCTTGTAATGGCACCTACTAG 1984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1884 AGATCAGCCTCCCGTTGAAGCTGGTGATGGGCCAATTGGGCTTGTAATGGCACCTACGAG 1943
Query 1985 GGAGCTTGTTCAGCAGATTCACAGCGATATCAGAAAGTTTTCTAAGCCATTGGGTATAAG 2044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944 GGAGCTTGTTCAGCAGATTCACAGCGATATCAGAAAGTTTTCTAAGCCATTGGGTATAAG 2003
Query 2045 ATGCGTCCCTGTGTATGGAGGATCAGGAGTTGCCCAGCAAATTAGTGAACTTAAGCGAGG 2104
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2004 ATGCGTCCCTGTGTATGGAGGATCAGGAGTTGCCCAGCAAATTAGTGAACTTAAACGAGG 2063
Query 2105 TACTGAGATTGTTGTGTGCACTCCTGGGAGAATGATTGATATCCTTTGCACAAGCAGTGG 2164
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2064 TACTGAGATTGTTGTGTGCACTCCTGGCAGAATGATTGATATCCTTTGCACAAGCAGTGG 2123
Query 2165 GAAAATCACTAATCTGCGAAGAGTCACATTTTTGGTAATGGATGAAGCTGATCGTATGTT 2224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2124 GAAAATCACTAATCTGCGAAGAGTCACATTTTTGGTAATGGATGAAGCTGATCGTATGTT 2183
Query 2225 TGACATGGGTTTTGAGCCTCAAATTACTCGTATTATTCAGAACATTCGACCGGAACGCCA 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2184 TGACATGGGTTTTGAGCCTCAAATTACTCGTATTATTCAGAACATTCGACCGGAACGTCA 2243
Query 2285 AACTGTGCTTTTTTCTGCCACTTTTCCACGCCAAGTTGAAACTTTGGCACGTAAAGTCTT 2344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2244 AACTGTGCTTTTTTCTGCCACTTTTCCACGCCAAGTTGAAACTTTGGCACGTAAAGTCTT 2303
Query 2345 GAACAAGCCTGTAGAAATACAGGTCGGTGGAAGGAGTGTTGTGAATAAGGATATAACTCA 2404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2304 GAACAAGCCTGTAGAAATACAGGTCGGTGGAAGGAGTGTTGTGAATAAGGATATAACTCA 2363
Query 2405 GTTAGTTGAAGTCAGACCGGAGAGTGATAGGTTCCTTAGACTTCTGGAACTTCTTGGGGA 2464
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2364 GTTAGTTGAAGTCAGACCGGAGAGTGATAGGTTCTTTAGACTTCTGGAACTTCTTGGGGA 2423
Query 2465 ATGGTCTGAGAAAGGGAAAATTCTGGTCTTTGTTCAGTCGCAGGAAAAATGTGATGCCTT 2524
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2424 ATGGTATGAGAAAGGGAAAATTCTGGTTTTTGTTCAGTCGCAGGAAAAATGTGATGCCTT 2483
Query 2525 GTATAGGGATATGATTAAATCTAGTTACCCTTGTCTGTCTCTTCACGGGGGTAAGGATCA 2584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484 GTATAGGGATATGATTAAATCTAGTTACCCTTGTCTGTCTCTTCACGGGGGTAAGGATCA 2543
Query 2585 GACCGATCGTGAATCAACTATATCTGATTTTAAGAACGATGTCTGCAATTTGTTGATTGC 2644
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2544 GACTGATCGTGAATCAACTATCTCTGATTTTAAGAGCAATGTCTGCAATTTGTTGATTGC 2603
Query 2645 CACAAGTGTTGCTGCTAGGGGTCTAGATGTGAAAGAGCTTGAGTTGGTTGTAAACTTTGA 2704
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2604 CACAAGTGTTGCGGCTAGGGGTCTAGATGTGAAAGAGCTTGAGTTAGTTGTAAACTTTGA 2663
Query 2705 TGCGCCGAACCACTATGAAGATTATGTGCATCGCGTTGGCAGGACAGGCAGGGCAGGGCG 2764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2664 TGCGCCGAACCACTATGAAGATTATGTGCATCGCGTTGGCAGGACAGGCAGGGCAGGGCG 2723
Query 2765 TAAGGGCTGTGCTGTGACATTTATCTCCGAGGATGATGCAAAATATGCACCAGATTTAGT 2824
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2724 TAAAGGCTGTGCTGTGACATTTATCTCCGAGGATGATGCAAAATATGCACCAGATTTAGT 2783
Query 2825 CAAGGCCCTGGAGCTTTCTGAGCAGCCAGTTCCTGATGATCTGAAAGCACTTGCTGATGG 2884
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2784 CAAGGCCCTGGAACTTTCTGAGCAGCCAGTTCCTGATGATCTGAAAGCACTTGCTGATGG 2843
Query 2885 TTTCATGGTGAAAGTGAAACAGGGTATTGAGCAAGCTCATGGAACTGGCTATGGTGGTAG 2944
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2844 TTTCATGGCGAAAGTGAAACAGGGTATTGAGCAAGCTCATGGAACTGGCTATGGTGGTAG 2903
Query 2945 TGGCTTTAAATTCAACGAAGAGGAGGAAGAAGTTAGAAAAGCAGCAAAGAAAGCACAAGC 3004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2904 TGGCTTTAAATTCAACGAAGAGGAGGAAGAAGTTAGAAAAGCAGCAAAGAAAGCACAAGC 2963
Query 3005 AAAGGAGTATGGCTTTGAGGAAGACAAGTCTGACTCAGAAGATGAGAATGATGTAGTAAG 3064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2964 AAAGGAGTATGGCTTTGAGGAAGACAAGTCTGACTCAGAAGATGAGAATGATGTAGTAAG 3023
Query 3065 AAAGGCAGGTGGTGGTGAGATCTCACAGCAGCAGGCTACTTTTGCTCAGATAGCCGCCAT 3124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3024 AAAGGCAGGTGGTGGTGAGATCTCACAGCAGCAGGCTACTTTTGCTCAGATAGCTGCCAT 3083
Query 3125 tgctgctgctgccaaagctgctgctgctgctCCAGTGAGTGCTCCTGTGACAGCTAACCA 3184
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3084 TGCTGCTGCTGCCAAAGCTGCTGC--C-GCTCCAGTGAGTGCTCCTGTGACAGCTAACCA 3140
Query 3185 ATTACTGGCAAATGGTGGCGGGCTTGCTGCCATGCCAGGTGTCCTTCCGGTTACTGTTCC 3244
| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3141 ACTGCTGCCAAATGGTGGCGGGCTTGCCGCCATGCCAGGTGTCCTTCCGGTTACTGTTCC 3200
Query 3245 TACCCTTCCTAGTGAAGGGGCAGGCCGTGCTGCAGCCATGGTTGCTGCCATGAATCTGCA 3304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3201 TACCCTTCCTAGTGAAGGGGCAGGCCGTGCTGCAGCCATGGTTGCTGTCATGAATCTGCA 3260
Query 3305 ACATAATCTGGCAAAGATTCAAGCTGATGCAATGCCTGAGCACTATGAAGCAGAACTTGA 3364
||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3261 ACACAACCTGGCAAAGATTCAAGCGGATGCAATGCCTGAGCACTATGAAGCAGAACTTGA 3320
Query 3365 AATCAATGACTTCCCACAAAATGCTCGTTGGAAGGTCACCCATAAAGAAACTTTGGGTCC 3424
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3321 AATCAATGATTTCCCACAAAATGCTCGTTGGAAGGTCACCCACAAAGAAACTTTGGGTCC 3380
Query 3425 AATATCAGAGTGGACTGGAGCTGCTATTACCACCAGGGGTCAGTTTTATCCTACAGGACG 3484
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3381 AATATCAGAGTGGACTGGAGCCGCTATTACCACCAGGGGTCAGTTTTATCCTACAGGACG 3440
Query 3485 TATACCGGGACCTGGGGAACGGAAGCTGTACTTATTCATTGAAGGGCCTAGCGAAAAATC 3544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3441 TATACCGGGACCTGGGGAACGGAAGCTGTACTTATTCATTGAAGGACCTAGCGAAAAATC 3500
Query 3545 AGTTAAGCACGCAAAAGCTGAACTCAAGCGTGTTCTTGAAGACATTACGAATCAGGCCAT 3604
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3501 AGTTAAGCAAGCAAAAGTTGAACTCAAGCGTGTTCTTGAAGACATTACAAATCAGGCCAT 3560
Query 3605 GTCCTCACTTCCTGGAGGAGCATCCGGGAGATACTCAGTCCTTTAATGAAAGCAACAATG 3664
|||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3561 GTCCTCACTTCCTGGAGGAGCAACCGGCAGATACTCAGTCCTTTAATGAAAGCAACCATG 3620
Query 3665 AGGTGTGTGATTATAAGGGATTCAAATCACTGAGAGTTTTATTAAACAAGTATTATTGGT 3724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3621 AGGTGTGTGATTATAAGGGATTCAAATCACTGAGAGTTTTATTAAACAAGTATTATTGGT 3680
Query 3725 TGATGTTGTGGAATACAATCTCTGCACAATTGCTAAATCTTTTTACAGACTTGAACTTG- 3783
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3681 TGATGTTTTGGAATACAATCTCTGCACAATTGCTAAATCTTTTTACAGACTTGAACTTGA 3740
Query 3784 TCGTGATTAGAGACATGGTCTCATAATGCTTGTTGTTTCTCATCCCGCAACTCTTTTCCT 3843
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3741 T-GTGATTAGAGAGATGGTCTCATAATGCTTGTTGTTTCTCATTCCGCAACTCTTTTCCT 3799
Query 3844 CTTTTTAATTCTATTCTCTTTTTCTTTGTCATGTTTATACAATGTCCTCGATGGGTTTGC 3903
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3800 CTTTTTAATTTTATTCTCTTTTTCTTTGTTATGTTTATACAATGTCCTCGATGGGTTTGC 3859
Query 3904 TAATGAGCATTACCGCGTGGTGGCTGTTAAATGATGGGTAAAATCTAGTTTGATGGAGGT 3963
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3860 TAATGAGCATTACCGCGTGGTGGCTGTAAAATGATGGGTAAAATCTAGTTTGATGCAGGT 3919
Query 3964 T--GTGTTTGGCACTATGCTTGTTAGTTTCTTGCATCAAGTTCCCCGTTTTACAGCTTTT 4021
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3920 TTTGTGTTTGGCAGTATGCTTGTTAGTTTCTTGCATCAA-TTCCCCGTTTTACAGCTTTT 3978
Query 4022 GGCATCTTTTCTGCAGGGGAAATCTGTGAAACATGAAGCTCCCGGAGAGATGATATGTAA 4081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 3979 GGCATCTTTTCTGCAGGGGAAATCTGTGAAACATGAAGCTCTCGGAGAAATGATATGTAA 4038
Query 4082 TTT-TTTGTGATAGACAAGGCAAAGCT-TTTCTTACCTCTCCAATGGGTAAG---A---C 4133
||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4039 TTTGTTTGTGATAGACAAGGCAAAGCTGTTT-TTACCTCTCCAATGGGTAAGGGTAAGAC 4097
Query 4134 TTGGAGCTTATTCAGTTAT-GTTTCTGGATCCTATGTCTGTGAAGCTCCG 4182
||||||||||||||||| | || ||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 4098 TTGGAGCTTATTCAGTTTTTGTGTCTGGATACTTTGTCTGTGGAGCTCCG 4147
Score = 693 bits (375), Expect = 0.0
Identities = 423/445 (95%), Gaps = 7/445 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 369 cgtaaggagaaggagagggagcggagacggagggataaggatagggtgaagagaCGGTCT 428
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 322 CGTAAAGAGAAGGAGAGGGAGCGGAGACGGAGGGATAAGGATAGGGTGAAGAGACGGTCT 381
Query 429 GAGAGAAGGAAGAGTAGTGATTCTGAAGATGACGTTGAAGAAGAGGATgagagggataaa 488
||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 GAGCGAAGGAAGAGTAGTGATTCTGAGGATGATGATGAAGAAGAGGATGAGAGGGATAAA 441
Query 489 cgcagagtgaatgagaaggagagagggcatcgagaacatgagagagatagaggcaaagat 548
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 442 CGCAGAGTTAAGGAGAAGGAGAGAGGGCATCGAGAACATGAGAGAGATAGAGGGAAAGAC 501
Query 549 aggaaaa--g---g-gatagagagagggaagagaggaaggataaagaaagagaaagggag 602
|||||| | | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 502 CGGAAAAGGGATAGAGATAGAGAGAGGGATGAGAGGAAGGAGAAAGAAAGAGAAAGGGAG 561
Query 603 aaggatagagagaggagagaacgggaacgggaagagcgggagaaggagagagttaaagaa 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 AAGGATAGAGAGAGGAGAGAACGGGAACGGGAAGAGCGGGAGAAGGAGAGAGTTAAAGAA 621
Query 663 agagaaaggcgggaacgggaagatggagagagggataggagagagcgtgagaaagaaagg 722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 622 AGAGAAAGGCGGGAACGGGAAGATGGAGAGAGGGATAGGAGAGAACGTGAGAAAGAAAGG 681
Query 723 GGTAGTAGGAGGAACCGGGAAAGGGAAAGGTCAAGAGAGGTGGGCAATGAAGAGAGTGAT 782
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 682 GGTAGTAGGAGGAACCGGGAAAGGGAAAGGTCACGAGAGGTTGGCAATGAAGAGAGTGAT 741
Query 783 GATGATGTCAAGCGTGACTTGAAAC 807
||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 742 GATGATGTCAAGCGTGACT-GAAAC 765
> Ahg317764 jgi|Araly1|317764|fgenesh1_pm.C_scaffold_3000780
Length=2793
Score = 1498 bits (811), Expect = 0.0
Identities = 1015/1114 (91%), Gaps = 12/1114 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1407 GAAAGTGGTGACCGGCCAAAGAAAGGTTTTAATAAGGCCCTTGGTAGGATAATTCAAGGT 1466
|||| |||||||| || |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 GAAACTGGTGACCAGCAAAAGGAAGGTTTGAATAAGTCCCTTGGTAGGATAATTCAAGGT 741
Query 1467 GAAGATTCTGATTCTGATTATTCAGAACCAAAGAATGATGATGATCCAAGTTTAGACGAA 1526
|||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 GAAGATTCTGATTCTGATTATTCACAATCAAAGAGTGATGATGATCCAAGTTTAGACGAA 801
Query 1527 GACGATGAGGAGTTCATGAAGAGAGTAAAGAAGACAAAAGCTGAGAAGTTGTCCCTTGTT 1586
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||||
Sbjct 802 GATGATGAGGAGTTCATGAAGAGAGTGAAGAAGACAAAAGCAGAAAAATTGTCTCTTGTT 861
Query 1587 GACCACTCAAAAATAGAGTATGAACCTTTCCGGAAGAACTTCTATATCGAAGTGAAGGAT 1646
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 862 GACCACTCCAAAATAGAGTATGAACCTTTCCGGAAGAACTTCTATATCGAAGTCAAGGAT 921
Query 1647 ATCTCTAGGATGACACAAGAAGAAGTTAACACTTACAGAAAGGAATTGGAGCTGAAAGTT 1706
||||| || |||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 ATCTCAAGAATGACACAGGATGTAGTTAACGCTTACAGAAAGGAATTGGAGCTGAAAGTT 981
Query 1707 CAT-GGAAAGGATGTTCCAAGACCCAT-AAAGTTTTGGCACCAGACTGGGCTAACCAGCA 1764
||| ||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 982 CATGGGAAA-GATGTACCAAGACCCATCAAAG-CTTGGCACCAGACTGGACTAACTAGCA 1039
Query 1765 AAATTTTGGATACTATGAAGAAGCTTAATTATGAAAAGCCAATGCCTATTCAAACACAAG 1824
|||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1040 AAATTTTGGATACTCTAAAGAAGCTTAACTATGTAAAGCCAATGCCTATCCAAGCACAAG 1099
Query 1825 CACTCCCTATCATCATGAGCGGTCGAGACTGCATTGGGGTTGCAAAAACCGGTTCAGGTA 1884
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1100 CACTCCCAATCATCATGAGCGGTCGAGACTGCATTGGGATTGCAAACACCGGGTCAGGTA 1159
Query 1885 AAACCCTTGGTTTTGTTTTGCCAATGCTGAGGCATATTAAAGATCAGCCTCCCGTTGAAG 1944
||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1160 AAACCCTTGCCTTTGTTTTGCCTATGTTGAGGCATATCAAAGATCAGCCTCCCATTGAAG 1219
Query 1945 CTGGTGATGGGCCAATTGGTCTTGTAATGGCACCTACTAGGGAGCTTGTTCAGCAGATTC 2004
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 CTGGTGATGGGCCGATTGGGCTTGTAATGGCACCTACTAGGGAGCTTGTTCAGCAGATTC 1279
Query 2005 ACAGCGATATCAGAAA-GTTTTCTAAGCCATTGGGTATAAGATGCGTCCCTGTGTATGGA 2063
|||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||
Sbjct 1280 ACAGCGATATCA-AAAGGTTTGCTAAGGCATTGGGTGTAAGATGTGTAGCTGTGTATGGA 1338
Query 2064 GGATCAGGAGTTGCCCAGCAAATTAGTGAACTTAAGCGAGGTACTGAGATTGTTGTGTGC 2123
||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 GGATCAGGAGTTGCCCAGCAAATCAATGAGCTTAAGCGAGGTACTGAGATTGTTGTGTGC 1398
Query 2124 ACTCCTGGGAGAATGATTGATATCCTTTGCACAAGCAGTGGGAAAATCACTAATCTGCGA 2183
|||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1399 ACTCCTGGCAGAATGATCGATGTTCTTTGCACAAGCAGTGGAAAAATCACCAATCTGCGA 1458
Query 2184 AGAGTCACATTTTTGGTAATGGATGAAGCTGATCGTATGTTTGACATGGGTTTTGAGCCT 2243
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 AGGGTCACATATTTGGTAATGGATGAAGCTGATCGTATGTTTGACATGGGTTTTGAGCCT 1518
Query 2244 CAAATTACTCGTATTATTCAGAACATTCGACCGGAACGCCAAACTGTGCTTTTTTCTGCC 2303
||||| ||||||||| |||| || |||||||| || || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1519 CAAATAACTCGTATTGTTCAAAATATTCGACCTGATCGTCAAACTGTGCTCTTTTCTGCC 1578
Query 2304 ACTTTTCCACGCCAAGTTGAAACTTTGGCACGTAAAGTCTTGAACAAGCCTGTAGAAATA 2363
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| ||||| ||||||
Sbjct 1579 ACTTTTCCACGCCAAGTTGAAACTTTGGCACGCAAAGTCGTGGACAAACCTGTGGAAATA 1638
Query 2364 CAGGTCGGTGGAAGGAGTGTTGTGAATAAGGATATAACTCAGTTAGTTGAAGTCAGACCG 2423
|| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1639 CAAGTTGGTGGAAGGAGTGTTGTGAATAAAGATATAATTCAGTTAGTTGAAATCAGACCG 1698
Query 2424 GAGAGTGATAGGTTCCTTA-GACTTCTGGAACTTCTTGGGGAATGGTCTGAGAAAGGGAA 2482
|||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||
Sbjct 1699 GAGAGTGAGAGGTTC-TCAAGACTTCTGGAACTTCTTGGGGAATGGTATGAAAAAGG-AA 1756
Query 2483 AA-TTCTGGTCTTTGTTCAGT-CGCAGGAAAAAT 2514
|| || |||| ||| ||| || ||||||||||||
Sbjct 1757 AAGTTTTGGTGTTTTTTC-GTTCGCAGGAAAAAT 1789
Score = 763 bits (413), Expect = 0.0
Identities = 493/532 (93%), Gaps = 3/532 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2605 TATCTGATTTTAAGAACGATGTCTGCAATTTGTTGATTGCCACAAGTGTTGCTGCTAGGG 2664
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 1793 TATCTGAATTTAAGAACAATGTCTGCAATTTGTTGATTGCAACAAGTGTTGCAGCGAGGG 1852
Query 2665 GTCTAGATGTGAAAGAGCTTGAGTTGGTTGTAAACTTTGATGCGCCGAACCACTATGAAG 2724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1853 GTCTAGATGTGAAAGAGCTTGAGTTGGTTGTAAACTTTGATCCGCCGAACCACTATGAAG 1912
Query 2725 ATTATGTGCATCGCGTTGGCAGGACAGGCAGGGCAGGGCGTAAGGGCTGTGCTGTGACAT 2784
| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 1913 ACTATGTGCATCGTGTTGGCAGGACTGGTAGGGCAGGGCGGAAAGGCTGTGCTGTAACAT 1972
Query 2785 TTATCTCCGAGGATGATGCAAAATATGCACCAGATTTAGTCAAGGCCCTGGAGCTTTCTG 2844
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1973 TTATCTCCGAGGATGATGCAAAATATGCACCAGATTTAGTCAAGGCCCTGGAACTATCTG 2032
Query 2845 AGCAGCCAGTTCCTGATGATCTGAAAGCACTTGCTGATGGTTTCATGGTGAAAGTGAAAC 2904
|||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||| |||||| ||||
Sbjct 2033 AGCAGCCAGTTCCTGATGATGTGAAAGCAGTAGCTGATGGATTCATGGCGAAAGTAAAAC 2092
Query 2905 AGGGTATTGAGCAAGCTCATGGAACTGGCTATGGTGGTAGTGGCTTTAAATTCAACGAAG 2964
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2093 AGGGTACTGAGCAAGCTCATGGAACTGGCTATGGTGGTAGTGGCTTTAAATTTAACGAAG 2152
Query 2965 AGGAGGAAGAAGTTAGAAAAGCAGCAAAGAAAGCACAAGCAAAGGAGTATGGCTTTGAGG 3024
| || ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2153 ACGATGAAGAAGTTAGGAAGGCAGCAAAGAAAGTACAAGCGAAGGAGTATGGCTTTGAGG 2212
Query 3025 AAGACAAGTCTGACTCAGAAGATGAGAATGATGTAGTAAGAAAGGCAGGTGGTGGTGAGA 3084
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |
Sbjct 2213 AAGAGGAGTCTGACTCAGAAGATGAGAATGATGTAGTAAGAAACGC---TGGTGATGATA 2269
Query 3085 TCTCACAGCAGCAGGCTACTTTTGCTCAGATAGCCGCCATtgctgctgctgc 3136
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2270 TCTCACAGCAGCAGGCTCCTTTTGCTCAGATAGCCGCCATTTCTGCTGCTGC 2321
Score = 134 bits (72), Expect = 7e-30
Identities = 84/90 (93%), Gaps = 0/90 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1251 GAGAGTGGAGGTGATGGAGCTGTAGATGAAGAGGAAATTGATCCTTTAGATGCTTTTATG 1310
|||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 574 GAGAGTGGAGGTGATGGACCTGAAGAAGAAGAGGAAATTGATCCTTTAGATGCTTATATG 633
Query 1311 AATACTATGGTATTACCTGAGGTTGAGAAG 1340
||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 634 AATTCTAAGGTATTACCTGAGGTTGAGAAG 663
Score = 97.1 bits (52), Expect = 1e-18
Identities = 137/173 (79%), Gaps = 26/173 (15%)
Strand=Plus/Plus
Query 964 agaagaagTTG--GATGAGGAAG-TGGAAAAACGAAGGAGAAGAGTCCAGGAGTGGCAA- 1019
||||||||| | ||||||| || || | ||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 366 AGAAGAAGTAGACGATGAGG-AGTTGTATAAACGGAGGAGAAGAGTCCAGGAGTGG-AAG 423
Query 1020 GAATTGAAGAGG-AAGAAGGAGGAAGCTGAAAGTGAAAGTAAGGGTGATGCGGATGGTAA 1078
|| |||| |||| || ||||| ||| |||||||||||||| | | || || |
Sbjct 424 GAGTTGATGAGGCAA-AAGGAAGAATCTGAAAGTGAAAGT-A-----A----GA--GTCA 470
Query 1079 TGAGCCCAAGGCCGGTAAGGCTTGGACTCTTGAAGGAGAATCTGATGATGAAG 1131
| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 T-----C-AGACCGGTAAGGCTTGGACTCTTGAAGGAGAATCTGATGATGAAG 517
> Ahg341099 jgi|Araly1|341099|fgenesh1_pg.C_scaffold_3000862
Length=978
Score = 294 bits (159), Expect = 3e-78
Identities = 196/213 (92%), Gaps = 5/213 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2944 GTGGCTTTAAATTCAACGAAGAGGAGGAAGAAGTTAGAAAAGCAGCAAAGAAAGCACAAG 3003
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 395 GTGGCTTTAAATTCAACGAAGAGGAGGATGAAGTTAGGAAAGCTGCAAAGAAAGCACAAG 454
Query 3004 CAAAGGAGTATGGCTTTGAGGAAGACAAGTCTGACTCAGAAGATGAGAATGATGTAGTAA 3063
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 455 CAAAGGAGTATGGCTTTGAGGAAGAGAAGTCTGACTCAGAAGATGAGAATGATGTAGTAA 514
Query 3064 GAAAGGCAGGTGGTGGTGAGATCTCACAGCAGCAGGCTACTTTTGCTCAGATAGCCGCCA 3123
|||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 515 CAAAGGC---TGGTGGTGATATCTCACAGCAGCAGATTACTCTTGCTCAGATAGCCGCCA 571
Query 3124 Ttgctgctgctgccaaagctgctgctg-ctgct 3155
|||||||| |||| |||||| ||| || |||||
Sbjct 572 TTGCTGCTCCTGCAAAAGCTCCTG-TGACTGCT 603
Score = 276 bits (149), Expect = 1e-72
Identities = 185/203 (91%), Gaps = 0/203 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2657 TGCTAGGGGTCTAGATGTGAAAGAGCTTGAGTTGGTTGTAAACTTTGATGCGCCGAACCA 2716
||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 177 TGCGAGGTGCCTAGATGTGAAAGAGCTTGAGTTGGTTGTAAACTTCGATGCACCAAACCA 236
Query 2717 CTATGAAGATTATGTGCATCGCGTTGGCAGGACAGGCAGGGCAGGGCGTAAGGGCTGTGC 2776
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||||||
Sbjct 237 CTATGAAGACTATGTGCATCGTGTTGGCAGGACAGGTAGGGCAGGACGGAAAGGCTGTGC 296
Query 2777 TGTGACATTTATCTCCGAGGATGATGCAAAATATGCACCAGATTTAGTCAAGGCCCTGGA 2836
||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TGTAACATTTCTCTCTGAGGATGATGCAAAATATGCACCAGATTTAGTCAAGGCCCTGGA 356
Query 2837 GCTTTCTGAGCAGCCAGTTCCTG 2859
|| |||||| ||||||||||||
Sbjct 357 ACTATCTGAGGAGCCAGTTCCTG 379
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167567493919
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5