BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G21110.1
Length=1385
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472349 jgi|Araly1|472349|fgenesh2_kg.1__2303__AT1G21110.1 1860 0.0
Ahg472352 jgi|Araly1|472352|fgenesh2_kg.1__2306__AT1G21130.1 1716 0.0
> Ahg472349 jgi|Araly1|472349|fgenesh2_kg.1__2303__AT1G21110.1
Length=1264
Score = 1860 bits (1007), Expect = 0.0
Identities = 1183/1267 (93%), Gaps = 16/1267 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 121 aaaaagaaagagaaaTGGGATACCTTTTCGAAGAAACCTTAAGCTCTAACCCTAAAACCC 180
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAAAGAAAGAGAAATGGGATACCTTTTTGAAGAAACCGTAAGCTCTAACCCTAAAACCC 60
Query 181 CAATTGTTGTTGATGATGATAACGAGTTGGGTTTGATGGCCGTGAGACTTGCCAATGCCG 240
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 CAATTGTTATTGATGATGATAACGAGTTGGGTTTGATGGCCGTGAGGCTTGCCAATGCCG 120
Query 241 CCGCCTTTCCAATGGTTCTTAAAGCTTCCCTCGAGCTCGGTGTCTTTGACACTCTCTACG 300
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 CCGCCTTTCCAATGGTTCTCAAAGCTTCCCTTGAGCTCGGTGTATTTGACACTCTCTACG 180
Query 301 CGGAAGCCTCTCGCACCGACTCGTTCCTTTCACCATCTGAGATAGCGAGTAAGCTACCAA 360
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTGAAGCCTCTCGCACCGACTCGTTCCTTTCACCCTCTGAGATAGCGAGTAAGCTACCAA 240
Query 361 CTACACCCCGTAACCCTGGGGCTCCGG-TCTTGTTGGACCGCATGCTTCGTTTACTCGCT 419
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 CTACACCCCGTAACCCTGGGGCTCCGGTTC-TGTTGGACCGCATGCTTCGTCTACTCGCT 299
Query 420 AGCTATTCCATGGTCAAGTGTGAG-AAGGTCTCCGTAGGAAAG-GAGCAGAGGGTCTATC 477
|||||||| ||||||||||||| | |||||||| | ||||||| | | |||||||||||
Sbjct 300 AGCTATTCTATGGTCAAGTGTG-GTAAGGTCTCAGAAGGAAAGCGTG-AGAGGGTCTATA 357
Query 478 GAGCCGAGCCAATTTGCAGGTTTTTCTTGAAGAATAACATTCAGGATATTGGATCCCTTG 537
|||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 358 GAGCGGAGCCAATTTGCAGATTCTTCCTGAAGAATAACATTCAAGATATTGGATCCCTTG 417
Query 538 CTTCTCAAGTCATTGTCAATTTCGACAGTGTCTTCCTTAATACCTGGGCACAATTGAAAG 597
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CTTCTCAAGTCATTGTCAATTTCGACAGCGTCTTCCTTAATACCTGGGCACAATTGAAAG 477
Query 598 ATGTGGTGCTAGAAGGAGGAGATGCGTTTGGGCGTGCACATGGTGGCATGAAACTCTTTG 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ATGTGGTGCTAGAAGGAGGAGATGCGTTTGGGCGTGCACATGGTGGCATGAAACTCTTTG 537
Query 658 ACTATATGGGTACAGATGAGAGATTCAGCAAGCTTTTTAACCAGACTGGATTCACAATCG 717
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || || |
Sbjct 538 ATTATATGGGTACAGATGAGAGATTCAGCAAGCTCTTTAACCAGACCGGTTTTACCATTG 597
Query 718 CGGTGGTGAAGAAGGCTCTTGAAGTTTACCAAGGCTTCAAAGGTGTGAATGTGTTGGTTG 777
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CGGTTGTGAAGAAGGCTCTTGAAGTTTACCAAGGCTTCAAAGGTGTGAATGTGTTGGTTG 657
Query 778 ATGTGGGAGGTGGAGTTGGTAACACTCTTGGTGTTGTTACTTCTAAATATCCCAATATTA 837
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 658 ATGTGGGAGGTGGAGTTGGTAACACCCTTGGTGTTGTTACTTCTAAGTATCCCAGTATTA 717
Query 838 AGGGTATCAACTTTGATCTAACTTGTGCCTTGGCACAAGCACCCACTTATCCCGGTGTGG 897
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 718 AGGGTATCAATTTTGATCTAACTTGCGCCTTGGCACAAGCACCCTCTTATCCCGGTGTAG 777
Query 898 AGCATGTTGCCGGAGATATGTTTGTGGATGTCCCAACCGGAAATGCTATGATCTTGAAAC 957
| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 778 AACATGTTGCGGGAGATATGTTCGTAGATGTCCCAACCGGAGATGCTATGATCTTGAAAC 837
Query 958 GTATACTTCATGATTGGACCGACGAAGATTGTGTCAAGATTCTTAAGAATTGTTGGAAAT 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GTATACTTCATGATTGGACCGACGAAGATTGTGTGAAGATTCTTAAGAATTGTTGGAAAT 897
Query 1018 CACTACCACAAAACGGTAAAGTGGTTGTTATAGAATTAGTCACTCCTGATGAGGCAGAGA 1077
|||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 898 CACTACCAGACAACGGTAAAGTGGTTGTCATAGAATTAGTCACTCCTAATGACGCAGAGA 957
Query 1078 ATGGTGACATCAACGCAAACATTGCCTTTGACATGGACATGTTAATGTTCACACAATGTT 1137
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 958 ATGGAGACATCAATGCAAACATTGCCTTTGACATGGACATGTTAATGTTTACCCAATGTT 1017
Query 1138 CCGGAGGAAAAGAGAGATCAAGAGCTGAGTTTGAAGCTTTGGCTGCAGCTTCTGGCTTCT 1197
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 CCGGAGGAAAAGAGAGATCACGAGCTGAATTTGAATCTTTGGCTGCAGCTTCTGGCTTCA 1077
Query 1198 CCCATTGCCA-GTTTGTTTGCCAAGCTTATCACTGCTGGATTATTGAGTTCTGTAAATAA 1256
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1078 CCCATTGC-ATGTTTGTTTGCCAAGCTTATCACTGCTGGATTATTGAGTTCTGCAAATAA 1136
Query 1257 TATGTCTAAAATTATAATTAAAACTAAATCCTCATAATTGTTAATTTCATCTGTAT-T-T 1314
|||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| | |
Sbjct 1137 AATGTGTGAAATTATATTTAAAACAAAATCCTCATAATTGTTAATTTCATATATATATAT 1196
Query 1315 ----CAGTTTTTTGTTTGAAATGGTCATGCCTCT--CTTTGTCTTTCGAGCAATATGAAA 1368
|| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1197 ATTTCAATTCTTTGTGTGAAATGGTCATGCCTCTGTCTTTGTCTTTTGAGCAATATGAAA 1256
Query 1369 TAAAAAT 1375
||||||
Sbjct 1257 AAAAAAT 1263
> Ahg472352 jgi|Araly1|472352|fgenesh2_kg.1__2306__AT1G21130.1
Length=1325
Score = 1716 bits (929), Expect = 0.0
Identities = 1159/1268 (91%), Gaps = 24/1268 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 CAACACTACAAACAAG-AA-ACACATAC-T-CTCTCTCAATTCATATTTCCTCACTTTTG 75
||||| |||||| ||| || ||||| || | | |||||||| ||| ||||||| ||| |
Sbjct 1 CAACAATACAAAGAAGAAACACACACACATACACTCTCAATACATCTTTCCTCGCTTCCG 60
Query 76 ATCAGTTTGATCACGTAGAGTGCCTTGAAGGagaagaaagaaacaaaaaagaaagagaaa 135
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||
Sbjct 61 ATCAGTGAGATCACGTAGAGTGCCTTGAAGGAGAAGAAAG---------AG--AGAAAAA 109
Query 136 TGGGATACCTTT-TCGAAGAAACCTTAAGCTCTAACCCTAAAACCCCAATTGTTGTTGAT 194
||||||| |||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 110 TGGGATA-CTTTATTGGAGAAACCTTAAGCTCTAACTCTAAAACCCCATTTGTTATTGAT 168
Query 195 GATGATAACGAGTTGGGTTTGATGGCCGTGAGACTTGCCAATGCCGCCGCCTTTCCAATG 254
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 169 GATGATAACGAGTTGGGTTTGATGGCCGTGAGACTAGCCAATGCTGCTGCCTTTCCAATG 228
Query 255 GTTCTTAAAGCTTCCCTCGAGCTCGGTGTCTTTGACACTCTCTACGCGGAAGCCTCTCGC 314
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 229 GTTCTCAAAGCCGCCCTCGAGCTCGGTGTCTTTGACACTCTCTACGCCGAAGCCTCTCGC 288
Query 315 ACCGACTCGTTCCTTTCACCATCTGAGATAGCGAGTAAGCTACCAACTACACCCCGTAAC 374
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 289 ACCGACTCGTTCCTCTCACCCTCTGAGATAGCGAGTAAACTACCAACTACACCTCGTAAC 348
Query 375 CCTGGGGCTCCGGTCTTGTTGGACCGCATGCTTCGTTTACTCGCTAGCTATTCCATGGTC 434
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 349 CCTGAGGCTCCGGTTTTGTTGGACCGCATGCTTCGTCTACTCGCTAGCTATTCTGTGGTC 408
Query 435 AAGTGTGAG-AAGGTCTCCGTAGGAAA-GGAGCAGAGGGTCTATC-GAGCCGAGCCAATT 491
||||||| | |||||||| | |||||| || | |||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 409 AAGTGTG-GTAAGGTCTCAGAAGGAAAGGGTG-AGAGGGTCTA-CAGAGCCGAGCCAATT 465
Query 492 TGCAGGTTTTTCTTGAAGAATAACATTCAGGATATTGGATCCCTTGCTTCTCAAGTCATT 551
|||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 TGCAGGTTCTTCTTGAAGGATAACATTCAAGATATTGGATCCCTTGCTTCTCAAGTCATT 525
Query 552 GTCAATTTCGACAGTGTCTTCCTTAATACCTGGGCACAATTGAAAGATGTGGTGCTAGAA 611
||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 GTCAATTTCGATAGTGTCTTCCTCAATACTTGGGCACAATTGAAAGATGTGGTGCTAGAA 585
Query 612 GGAGGAGATGCGTTTGGGCGTGCACATGGTGGCATGAAACTCTTTGACTATATGGGTACA 671
||||| ||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 GGAGGTGATGCATTTGGCCGCGCACATGGTGATATGAAACTCTTTGACTATATGGGTACA 645
Query 672 GATGAGAGATTCAGCAAGCTTTTTAACCAGACTGGATTCACAATCGCGGTGGTGAAGAAG 731
|||||||||||||||||||| |||||||| || || || || || ||||| |||||||||
Sbjct 646 GATGAGAGATTCAGCAAGCTCTTTAACCAAACCGGTTTTACCATTGCGGTTGTGAAGAAG 705
Query 732 GCTCTTGAAGTTTACCAAGGCTTCAAAGGTGTGAATGTGTTGGTTGATGTGGGAGGTGGA 791
|||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 706 GCTCTTGAGGTTTACCAAGGTTTCAAAGATGTGAATGTGTTGGTTGATGTAGGAGGTGGA 765
Query 792 GTTGGTAACACTCTTGGTGTTGTTACTTCTAAATATCCCAATATTAAGGGTATCAACTTT 851
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 766 GTTGGTAACACCCTTGGTGTTGTTACTTCTAAGTATCCCAATATTAAGGGTATCAATTTT 825
Query 852 GATCTAACTTGTGCCTTGGCACAAGCACCCACTTATCCCGGTGTGGAGCATGTTGCCGGA 911
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 GATCTAACTTGTGCCTTGGCACAAGCACCCTCTTATCCCGGTGTGGAGCATGTTGCCGGA 885
Query 912 GATATGTTTGTGGATGTCCCAACCGGAAATGCTATGATCTTGAAACGTATACTTCATGAT 971
|||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 GATATGTTCGTAGATGTCCCAACCGGAGATGCTATGATCTTGAAACGTATACTTCATGAT 945
Query 972 TGGACCGACGAAGATTGTGTCAAGATTCTTAAGAATTGTTGGAAATCACTACCACAAAAC 1031
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 946 TGGACCGATGAAGATTGTGTCAAGATTCTTAAGAATTGTTGGAAATCACTACCAGAAAAT 1005
Query 1032 GGTAAAGTGGTTGTTATAGAATTAGTCACTCCTGATGAGGCAGAGAATGGTGACATCAAC 1091
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1006 GGTAAAGTGGTTGTCATAGAATTAGTCACTCCTGATGATGCAGAGAATGGAGACATCAAC 1065
Query 1092 GCAAACATTGCCTTTGACATGGACATGTTAATGTTCACACAATGTTCCGGAGGAAAAGAG 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||
Sbjct 1066 GCAAACATTGCCTTTGACATGGACATGTTAATGTTTACCCAATGTTCTGGTGGAAAAGAG 1125
Query 1152 AGATCAAGAGCTGAGTTTGAAGCTTTGGCTGCAGCTTCTGGCTTCTCCCATTGCCAGTTT 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1126 AGATCAAGAGCTGAGTTTGAAGCTTTGGCTGCAGCTTCTGGCTTCACCCATTGCAAGTTC 1185
Query 1212 GTTTGCCAAGCTTATCACTGCTGGATTATTGAGTTCTGTAAATAATATGTCTAAAAT-TA 1270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||
Sbjct 1186 GTTTGCCAAGCTTATCACTGCTGGATTATTGAGTTCTGTAAATAAAATGTGTTAAATGTA 1245
Query 1271 TAATTAAA 1278
|| ||||
Sbjct 1246 AAACTAAA 1253
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 51764642955
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5