BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G21200.1
Length=1736
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472358 jgi|Araly1|472358|fgenesh2_kg.1__2312__AT1G21200.1 2614 0.0
> Ahg472358 jgi|Araly1|472358|fgenesh2_kg.1__2312__AT1G21200.1
Length=1696
Score = 2614 bits (1415), Expect = 0.0
Identities = 1620/1717 (94%), Gaps = 22/1717 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 AGAGAAACCTGAGGAAGCTGACCGGAGAAGACGAAAGCAAACTTTTTTCTGAAGAAATT- 65
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1 AGAGAAACCTGAGCAAGCTGGCCGGAGAAGACGAAAGCAAACTTTTTTCTGATG-AATTA 59
Query 66 TGATCCAAAAATGGATGGGAATTTTCCACAAGGAGGTGTAGTTCGTAGTGGAGCTTCATC 125
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||
Sbjct 60 GGAAGAAAAAATGGATGGGAATTTTCCACAAGGAGGTGTAGTTCGTGGTGGAGCTACTTC 119
Query 126 TTATGGAGGATTTGATTTACAAGGTTCTATGAGAGTTCATCACCAAGACTCCATGAATCA 185
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 120 TTATGGTGGATTTGATTTACAAGGTTCTATGAGAGTTCAACACCAAGATTCCATGAATCA 179
Query 186 GCAGCATCGACACAATCCTAATTCTAGACCACTTCATGAAGGTCTTCCCTTTACTATGGT 245
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GCAGCATCGACACAATCCTAATTCTCGACCACTTCATGAAGGTCTTCCCTTTACTATGGT 239
Query 246 TACAGGTCAAACCTGTGATCATCATCAGAATCAGAACATGTCTATGTCTGAGCAACAGAA 305
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TACAGGTCAAACCTGTGATCATCATCAG----AG--CATGTCTATGTCTGAGCAACAGAA 293
Query 306 AGCTGAAAGAGAGAAGAATTCAGTGAGTGATGATGATGAACCAAGTTTCACAGAGGAAGG 365
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 ACCTGAAAGAGAGAAGAATCCAGTGAGTGATGATGATGAACCAAGTTTCACAGAGGAAGG 353
Query 366 TGGTGATGGTGTTCATAATGAAGCTAATAGATCAACTAAAGGATCTCCATGGCAACGAGT 425
||||||| | | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TGGTGAT-G-G-TCATAATGATGCTAATAAATCAACTAAAGGATCTCCATGGCAACGAGT 410
Query 426 GAAATGGACTGATAAGATGGTGAAGTTGTTGATTACTGCTGTTTCTTATATAGGAGATGA 485
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 411 GAAATGGACTGATAAGATGGTGAAGTTGTTGATAACCGCTGTTTCTTATATAGGCGATGA 470
Query 486 TTCGAGTATAGATAGTAGTAGTAGAAGAAAGTTTGCTGTTTTGCAGAAGAAAGGGAAGTG 545
||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 TTCGACTATGGATAGTGGTAGTAGAAGGAAGTTTGCTGTTTTGCAGAAGAAAGGGAAGTG 530
Query 546 GAAATCTGTTTCTAAAGTTATGGCTGAGAGAGGTTATCATGTTTCGCCGCAGCAATGTGA 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 531 GAAATCTGTTTCTAAAGTTATGGCTGAGAGAGGTTATCATGTTTCGCCGCAGCAATGCGA 590
Query 606 GGATAAGTTCAATGATTTGAATAAACGGTATAAGAAGCTTAATGATATGCTTGGTAGAGG 665
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 591 GGATAAGTTTAATGATTTGAATAAGCGGTATAAGAAGCTTAACGATATGCTTGGTAGGGG 650
Query 666 AACATCTTGTCAAGTTGTTGAGAATCCTGCGCTTTTGGATTCGATTGGTTACTTGAATGA 725
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 651 AACTTCTTGTCAAGTTGTTGAGAATCCTGCGCTTTTGGATTCGATTGGTTATTTGAATGA 710
Query 726 TAAAGAGAAGGATGATGTTAGGAAGATTATGAGTTCTAAACATCTTTTTTATGAAGAGAT 785
|||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 711 TAAAGAGAAGGATGATGTTAGGAAAATCATGAGTTCCAAACATCTTTTCTATGAAGAGAT 770
Query 786 GTGTTCGTATCATAATGGGAATAGGTTGCATTTGCCTCATGACCTTGCTTTGCAGCGTTC 845
||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 771 GTGTTCGTACCATAATGGGAACAGATTGCATTTGCCTCATGATCTTGCTTTGCAGCGTTC 830
Query 846 GTTACAGTTGGCGCTTAGAAGCAGAGATGATCATGATAATGATGATTCTAGGAAACATCA 905
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 GTTACAGTTGGCGCTTAGAAACAGAGATGATCATGATAATGATGATTCTAGGAAACATCA 890
Query 906 Aatggaggatcttgatgatgaggatcatgatggtgatggtgatgaacatgatgagtatga 965
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 AATGGAGGATCTTGATGATGAGGATCATGATGGGGATGGTGATGAACATGATGAGTATGA 950
Query 966 ggagCAACATTATGCGTATGGAGATTGTAGGGTAAATCATTATGGAGGTGGTGGTGGTCC 1025
||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 951 GGAGCAACATTATTCATATGGAGATTGTAGGGGAAATCATTATGGAGGTGGTGGTGGTCC 1010
Query 1026 TTTGAAGAAGATAAGACCAAGCCTTAGCCATGAAGATGGAGATCATCCGAGTCATGTGAA 1085
|||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1011 TTTGAAGAAGATTAGACAAAGCCATAGCCATGAAGATGCAGACCATCCGAGTCATGTGAA 1070
Query 1086 TTCTCTGGAGTGTAATAAAGTCTCTTTACCTCAAATACCGTTTTCTCAAGCTGATGTGAA 1145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 TTCTCTGGAGTGTAATAAAGTCTCTTTACCTCAAATACCGTTTTCTCAAGCTGATGTGAA 1130
Query 1146 TCAAGGTGGGGCGGAGAGTGGAAGAGCAGGTTCGGTGCAGAAGCAGTGGATGGAGTCGCG 1205
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1131 TCAAGGTGGGGCAGAGAGTGGAAGAGCAGCTTCGGTGCAGAAGCAGTGGATTGAGTCGCG 1190
Query 1206 GACTCTCCAGCTAGAAGAGCAGAAGCTTCAGATCCAAGTTGAATTGCTGGAATTGGAGAA 1265
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 GACTCTGCAGTTAGAAGAGCAGAAGCTTCAGATCCAAGTTGAATTGCTGGAATTGGAGAA 1250
Query 1266 ACAGAGATTCAGGTGGCAGAGGTTTAGCAAGAAAAGGGATCAAGAACTCGAGAGAATGAG 1325
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 ACAGAGATTCAGGTGGCAGAGGTTTAGTAAGAAAAGGGATCAAGAACTCGAGAGAATGAG 1310
Query 1326 AATGGAGAATGAAAGGATGAAACTTGAGAATGATCGGATGGGATTGGAGTTGAAACAAAG 1385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 GATGGAGAATGAAAGGATGAAACTTGAGAATGATCGGATGGGATTGGAGTTGAAACAAAG 1370
Query 1386 GGAATTGGGTGTTGAATTATAACGGAATTGGCTTCACTTCTCTTGATTGGTATATAGCTT 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1371 AGAATTGGGTGTTGAATTATAACGGAATTGGCTTCACTTCTCTTGATTGGTATATACCTT 1430
Query 1446 TGCTAAATGAAGTCTCATTTTCTGCTTTTGTAAGCTTGCTTTGATTGGAATGATCTCGAG 1505
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1431 CGCTAAATGAAGTCTCATTTTCTGCTTTTGTAAGCTTGCTTTGTTTGGAATGATCTCGAG 1490
Query 1506 ACTTTGATGTGAGAGATCTTTGTGGTTGCATCAGTGATGAAGTTTGTGAATGTAGTGAGA 1565
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1491 ACTTTGATGTGAGAGATCATTGTGGTTGCATCAGTGATGAATTTTGAGAATGTAGTGAGA 1550
Query 1566 AAGGAGTGGTTAATATAAGCAGCTCTCTAAGGTTTGTTTTAACTCTACTTCTCAGTACTC 1625
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 1551 AAGGAGTGGTTAATATAAGAAGCTCTCTAAGGTTTGTTTTAACTCAACCTCTCAGTAATC 1610
Query 1626 AACTGGTTAAGGTTATTTTCATTGTTCTGCTGTATTGTTTTCGACATCTTAATCCAATGT 1685
||| |||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1611 AACCGGTTAAGGCTATTTTCATCATT-TGCTGTATTATTTTCAACATCTTAATCCAAT-T 1668
Query 1686 GTAACAAATATCTCATTGTTAAGCCAGTTTGAGAATG 1722
| | |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1669 -T------T--CTCATTATTAAGCCAGTTTGAGAATG 1696
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65134318950
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5