BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G21610.3
Length=2531
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472398 jgi|Araly1|472398|fgenesh2_kg.1__2352__AT1G21610.1 2494 0.0
> Ahg472398 jgi|Araly1|472398|fgenesh2_kg.1__2352__AT1G21610.1
Length=2530
Score = 2494 bits (1350), Expect = 0.0
Identities = 1608/1725 (93%), Gaps = 47/1725 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 810 GGAAAACACAGGAGTCACCTTTGCCTTCTGGAGCGCAAGATGCAAATACTTCAGTACCTC 869
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||
Sbjct 846 GGAAAACACAGGAGTCACCTTTGCCTTTTGGAGCGCAAGCTGCGAATACTTCAGTATCTC 905
Query 870 TGGATGATGTGAAGCATTCTGATAGAGCAAATCATCAGTCTAGGAATGATACAAGTCACA 929
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 906 TGGATGATGTGAAGCATTCTGATAGAGCAAATCATCAGTCTAAGAATGATACAAGTCACA 965
Query 930 AGTCAAGGGAAACTGGATCCTCTAGTGCCCTTCATCAGAAATACAGCAACAAAAGCTTAC 989
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 AGTCAAGGGAAACTGGATCCTCTAGTGCCCTTCATCCGAAATACAGCAACAAAAGCTTAC 1025
Query 990 ACCAACAATCTACGTCCCTGCTAGGAAAATCTCCCCCCAATGTCTTTGCAGAGGTAACAG 1049
| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1026 ATCAACAATCTAAGTCCCTGCCAGGAAAATCTCCCACCAATGTTTTTGCAGAGGCAACAG 1085
Query 1050 TAGTCCGTCAGAAAGAAAACAATGGTATGCATCAGCTGGCAAATGTAACGGGAAGCAGAC 1109
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1086 TAGTCCTTCAGAAAGAAAACAATGGTATGCATCAGCTGGCAAATGCAACGGGAAGCAGAC 1145
Query 1110 AATCTAGTCAAGCGTCTAAAAAAGATGGTTCTAATGTGAAGTCTAAAACCTCAATCCTCG 1169
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1146 AATCTAGTCAAGCGTCTAAAAAAGATGGTTCTAATGTGAAGTCTAAAACCTCGATCCTTG 1205
Query 1170 AGAAAGCCATAAGGGAACTGGAGAAGGTGGTTGTGGAATCAAGGCCTCCTGCTATCACTG 1229
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 AGAAAGCCATAAGGGAATTGGAGAAGGTGGTTGCGGAATCAAGGCCTCCTGCTATCACTG 1265
Query 1230 AAAATCAAGAAGCTGATACCTCATCCCAGGCAGTGAAGAGAAGATTGCCCAGGGATGTTA 1289
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1266 AAAATCAAGAAGCTGATACCTCATCCCAGGCAGTGAAGAGGAGATTGCCCAGGGATGTTA 1325
Query 1290 AATTGAAACTTGCTAAAGTTGCTAGGATTGCGCAGGCAAGCCAGGGAAAACATTCAACAG 1349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 AATTGAAACTTGCTAAAGTTGCTAGGATTGCGCAGGCAAGCCAGGGAAAACATTCAACAG 1385
Query 1350 AGTTAATCAACCGTCTTATGAGCATTGTTGGTCACCTAATCCAGCTTAGGTCTCTTAAGA 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1386 AGTTAATCAACCGTCTTATGAGCATTGTTGGTCACCTAATCCAGCTTAGATCACTTAAGA 1445
Query 1410 GGAACTTGAAAATCATGATTGATATGGGAGATTCTGCAACCCGAGAAAAGGATACTAGGT 1469
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 GGAACTTGAAAATCATGATGGATATGGGAGATTCTGCAACCCGAGAAAAGGATACTAGGT 1505
Query 1470 TCAAGCAAATCAACAATGAAGTTCTTGATATGATAAAGGCCAAAGTTTCTTTGATGGAAT 1529
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1506 TCCAGCAAATCAACAATGAAGTTCTTGATATGATAAAAGCGAAAGTTTCTTTGATGGAAT 1565
Query 1530 CACAGGCAATCAAACCAGAAGGTGCAACATCAGACGATTTTCAGGACTCAGTAGAAAAGC 1589
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 CACAGGCAATCAAACCAGAAGGTGGAACATCAGACGATTTTCAGGACTCAGTAGAAAAGC 1625
Query 1590 CATCTTTGAAGAAGTTTGTCATGGATGCGGCATTGGAGGATAAATTGTGTGACCTATATG 1649
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1626 CATCTTTGAAGAAGTTTGTCATGGATGCAGCATTGGAGGATAAATTGTGTGATCTATATG 1685
Query 1650 ACATATTTATCGACGGATTGGATGA--A-GATCAAGGTCCACAAACAAA-AAAGCTATAT 1705
|||| ||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1686 ACATCTTTATTGATGGATTGGATGATGAAGATCAAGGTCCACAAA-AAAGAAAGCTATAT 1744
Query 1706 GTCAATTTGGCTGAACTCTGGCCAAATAGATTGATGGATTATCGTGGGATCAAACATGCA 1765
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||
Sbjct 1745 GTCAATCTGGCTGAACTCTGGCCAAATAGATTGATGGATAATCATGGGATCAAACGTGCG 1804
Query 1766 ATTTTCCGGGCAAAGGAGAGACGAAAAGCATTGTATGGAAACCTTGCGAAAGAGATGGTA 1825
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1805 ATTTGCCGGGCAAAGGAGAGACGAAAAGCATTGTATGGAAACCTTGCGAAAGAGATGG-A 1863
Query 1826 GATCAAACAAAGATGAAGAAGAGTATGAAGCAGTTGGTACCAAGAACAGACTGTACTGCT 1885
|| | | | | || | | |||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1864 --TC-------G-T-A-G--GA--A-G---CAGTTGGTACCAAGAATAGACTGGGCTGCT 1903
Query 1886 CAGCCCAACACCGAATTAGTGGTTCAGAGACAACACAGTGGGGaaaa-aaaaTTGATTGT 1944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||
Sbjct 1904 CAGCCCAACACCGAATTAGTGGTTCAGAGACAACACAGTGGAGAGAAGAAAAT-GATTGT 1962
Query 1945 TGATCCAAATGCAACCAGCACTTCCGTGGTCACTAGTCAAACTATGGTTGACAGATCAAA 2004
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 TGATCCAAATGCAACCAGCACTTCCGTGGTCACCAGTCAAACTATGGTTGACAGATCAAA 2022
Query 2005 TCAGCAGCAGCCTGAGAAGCTAAAGGGAATCTCAAGCTCTTGCAATCCTACAGAGGAAAC 2064
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2023 TCAGCAGCA---TGAGAAGCTAAAGGGAAGCTCAAGCTCTTGCAAACCTATAGAGGAAAC 2079
Query 2065 AAGAGTGGTCAAGAGAAAGA-ACGAGGCTGTAATGGCTGAGAAACAAGTCGTTCTTGCCC 2123
|||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2080 AAGAGTGGTCAAGAGAAAGACA-GAGGCCGTAATGGCAGAGAAACAAGTTGTTCTTGCCC 2138
Query 2124 TGAAGAAGCCCGAACATCCACAGACACGTGTAATCCCAGCTCCTCAGAATCTGAACATCC 2183
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 TGAAGAAGCCCGAACATCCACAGACACGTGTTATCCCAGCTCCTCAGAATCTGAACATCC 2198
Query 2184 CACGAACAACCCCGGACCTGAACTTGCCAAGTTGACATCACGATTGACAAAGGAGCTCTT 2243
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2199 CACAAACAACTCCGGACCTGAACTTGCCAAGTTGACATCACGATTGAC---GGAGCTCTT 2255
Query 2244 AGAAACGCCGGAGACAATAACCTCTGGCCTCTTCCTTCCTTGTATTTTGAGGTGGCACGG 2303
|||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||
Sbjct 2256 AGAAACGCCGAAGACTATAACCTCCGGCCTCTTCCTTGC----ATTTTCAGGTGGCACGG 2311
Query 2304 CATTAGTCCTGGCGATGCCGATGCTTGGtttttttAGCTACAAAGCATGGTTTATAAAGT 2363
|||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2312 CATTAGTCCTGGTGATGCGGATGCTTGGTTTTA--AGCTACGAAGCATGGTTTATAAAGT 2369
Query 2364 TGTCTGTATTCCAGTTTG-GCTCTTATTAAGTTAGTTACTCTATTTACGTGTCCTTTTTC 2422
||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 TGTCTGTATTCTAGTTTTTGCTCCTATTAAGTTAGTTACTCTATTTACGTGTCCTTTTT- 2428
Query 2423 AAAACTCTAATGTATAAAGTTATGATTTTACGGGCAACTCTTTACTTTTGAGTaaaaaaa 2482
|| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 AAG--TCTAATGTGTAAAGTTATGATTTTACTAGCAACTCTTTACTTTTGAGTAAAAAAA 2486
Query 2483 aCAGAGCAGGTTTTAGTACTGAATTTTGGGTAACGTAGTTGAAAA 2527
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2487 -CAGAGCAGCTTTTAGTACTGAATTTTGGGTAACATAGTTGAAAA 2530
Score = 1182 bits (640), Expect = 0.0
Identities = 758/813 (93%), Gaps = 16/813 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTGGTATCCCGCGCAACTTT-TTC-T-TCTCAGTTTCAGTTTCTCTACATCGATTCAT 57
|||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| | || ||||||
Sbjct 18 TTTTGGTATCCCGCGCAACTTTCTTCTTCTCTCAGTTTCAG--TCTCT-C-TCTATTCAT 73
Query 58 CGATTCCACTCTCTTGATTGCTGTTTAGATC-AATCCGTCTCGAACCCAGGGGTTAGTAT 116
|||||||||||||||||||| |||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 74 CGATTCCACTCTCTTGATTGGTGTTGAGATCGAGT-CGTCTCGAACCCAGGGGTCAGTAC 132
Query 117 ATAGTGGATCAAACTGATCCGACCCGACCCGACCCGAATTATTAATGTCGGAAGTTAATG 176
|||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 133 ATAGTGGATC--ACTGA----A-CCGACCCGACCCGAATTATTAATGTCGGAAGTGAAGG 185
Query 177 AGATGAGTGGTGGTTCTATTGGCGGCGAATTGTTGAGAGCGTCGCCGAAGGTTTTAACGG 236
|||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 186 AGATAAGTGGGGGTTCTATTGGTGGCGAATCGTTGGGAGCATCGCCGAAGGTTTTGACGG 245
Query 237 CCGGTGATCGGAAATTACTCAAGGTGGAGCTTCGGCCAGGGGATACGACGTATGTTTCGT 296
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 246 CCGGTGATCGGAAATTACTCAAGGTGGAGCTTCGACCTGGGGATACGACTTATGTTTCGT 305
Query 297 GGAAGAAGCTTATGAGGGATGCTGGTAAGGTCAATGGTTTATCGGCTTCGGTTCCCGACC 356
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 306 GGAAGAAGCTTATGAGGGATGTTAGTAAGGTCAATGGTTCATCGGCTTCGGTTCCCGATC 365
Query 357 CGCCTCCTAATGCTAACCCTAACCTTGAGTTTCGAATTGCACCGGGGCATCCAGTAGAGA 416
||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 366 CGCCTCCTAATGCTAACCCTAACCTCGAGTCTCGAATTGCACCGGGGCATCCAGCAGAGA 425
Query 417 TTGAAACGAATGAACAACCTCATTCTAACCGTTTCAACGCTGTTATTGAGAAGATAGAGA 476
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 TTGAAACGAATGAACAACCTCATTCTAACCATTTCAACGCTGTTATTGAGAAGATAGAGA 485
Query 477 GGCTCTATAAGGGGAACGATAGCAGTGATGGGGAAGAGTTAGACGGTGCTCCTGATGATG 536
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 GGCTCTATAAGGGAAACGATAGCAGTGATGGGGAAGAGTTAGACGGTGCTCCTGATGATG 545
Query 537 ATGAGTATGACACTGAAGATTCATTTATAGATGATGCTGAACTGGATGAGTATTTCGAAG 596
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 546 ATGAGTATGACACTGAAGATTCATTTATTGATGATGCTGAACTGGATGAGTATTTTGAAG 605
Query 597 TTGATAATTCAACAGTTAAACATGATGGATTTTATGTAAATAGAGGCAAGTTGGAGCGGA 656
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 606 TTGATAATTCAACAGTTAAACATGATGGATTTTATGTATATAGAGGCAAACTGGAGCGGA 665
Query 657 TGGAACCTTCAACAACATCTAACCAGCAACCCAAAAAACGGCGACGAAAAGATTCAGCAA 716
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 666 TGGAACCTTCAACAACATCTGACCAGCAACCCAAAAAACGGCGACGAAAAGATTCAACAA 725
Query 717 AACCCTGTCGTGATGCAGTTGACGTATCCGATAAACACACCAAGTTGTCTATAACAGCTA 776
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 726 AACCATGTGGTGATGCAGTTGACGTATCCGATAAACACACCAAGTTGTCTATAACAGCTA 785
Query 777 GGAAAAAGGATCAATCAACTGCTCCTGGGTCCT 809
|| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 786 GGCGAAAGGATCAATCAACTGCTTCTGGGTCCT 818
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95416063725
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5