BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G21640.2
Length=3474
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg921142 jgi|Araly1|921142|scaffold_102423.1 3369 0.0
> Ahg921142 jgi|Araly1|921142|scaffold_102423.1
Length=2992
Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0
Identities = 2013/2104 (96%), Gaps = 13/2104 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 301 GTTGTTTCTCTCATGTTCCTATGCTTTTGCCCTTGCCACGTACCTATCATGAGTCGCCTT 360
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 10 GTT-TTTCTCTCATGTTCCTATGCTTTTACCCTTGCCACGTACCTATCATGAGTCGCCTT 68
Query 361 TCTCCGGCCACCGGAATCTCTTCCCGCCTCCGCTTCTCCATTGGTTTGAGTTCCGATGGA 420
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 69 TCTCCGGCCACCGGAATCTCTTCCCGCCTCCACTGCTCCGTTGATTTGAGTTCCGATGGA 128
Query 421 CGATTAATTCCCTTCGGATTCCGG-TTTCGGAGAAACGATGTCCCGTTTAAACGCCGCTT 479
|||||| |||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 129 CGATTACTTCCGTTCGGGTT-CGGATTTCGGAGAAACGATGTCCCGTTTAAACGCCGCTT 187
Query 480 GAGATTTGTGATCAGAGCGCAGCTCTCTGAAGCTTTTTCTCCCGATTTAGGTTTGGATTC 539
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 188 GAGATTTGTGATCAGAGCGCAGCTCTCTGAGGCTTTTTCTCCTGATTTAGGTTTGGATTC 247
Query 540 TCAGGCTGTGAAATCCCGCGATACATCAAACTTGCCTTGGATTGGTCCAGTTCCAGGGGA 599
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 248 TCAGGCTGTGAAATCCCGGGATACATCAAACTTGCCTTGGATTGGTCCAGTTCCAGGGGA 307
Query 600 CATTGCTGAGGTTGAGGCGTATTGTAGAATTTTTAGATCAGCTGAGCGACTACATGGAGC 659
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 CATTGCTGAGGTTGAGGCATATTGTAGAATTTTTCGATCAGCTGAGCGACTACATGGAGC 367
Query 660 GTTGATGGAGACACTATGCAACCCTGTGACTGGTGAATGTCGAGTACCGTATGATTTCTC 719
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 368 GTTGATGGAGACACTGTGCAACCCTTTGACTGGTGAATGTCGCGTACCCTATGATTTCTC 427
Query 720 ACCGGAGGAAAAACCATTGTTGGAGGACAAAATAGTATCAGTGCTTGGTTGTATATTATC 779
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 ACCCGAGGAAAAACCTTTGTTGGAGGACAAAATAGTATCAGTGCTTGGTTGTATATTATC 487
Query 780 TCTTTTAAACAAAGGAAGGAAAGAAATTCTCTCTGGGAGGTCATCTTCTATGAATTCATT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 TCTTTTAAACAAAGGAAGGAAAGAAATTCTCTCTGGGAGGTCATCTTCTATGAATTCATT 547
Query 840 TAATTTGGATGATGTTGGGGTTGCAGAGGAGTCGCTTCCACCACTTGCTGTTTTCAGGGG 899
|||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 548 TAATTTGGATGATGTTGGGGTTGCGGAGGAATCTCTTCCACCACTTGCTGTTTTTAGAGG 607
Query 900 TGAAATGAAACGGTGTTGTGAAAGCTTACACATTGCTCTTGAGAATTATCTGACGCCGGA 959
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 608 TGAAATGAAACGCTGTTGTGAAAGCTTACACATTGCCCTTGAGAATTATCTGACACCGGA 667
Query 960 TGATGAGAGAAGTGGAATTGTTTGGAGGAAATTACAGAAGCTTAAAAATGTCTGCTACGA 1019
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 668 TGATGAAAGAAGTGGAATTGTCTGGAGGAAATTACAGAAGCTTAAGAATGTCTGCTACGA 727
Query 1020 CGCTGGTTTTCCACGCAGTGATAACTATCCTTGTCAAACACTTTTTGCGAATTGGGACCC 1079
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 CGCAGGTTTTCCACGCAGTGATAACTATCCTTGCCAAACACTTTTTGCGAATTGGGACCC 787
Query 1080 TATTTACTCGTCAAATACGAAAGAGGATATTGATTCCTACGAGTCTGAGATTGCATTTTG 1139
|||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 TATTTATTCGTCAGATACGAAAGAGGATATTGGTTCCTACGAGTCTGAGATTGCATTTTG 847
Query 1140 GAGGGGAGGACAGGTAACCCAAGAAGGATTGAAGTGGTTGATAGAAAACGGATTTAAAAC 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||
Sbjct 848 GAGGGGAGGACAGGTAACCCAAGAAGGATTGAAGTGGTTAATCGAAAATGGATTTAAAAC 907
Query 1200 AATTGTTGACCTGAGAGCTGAA-ATCGTTAAGGATACATTCTACCAGACGGCACTTGATG 1258
|||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 908 AATTGTTGACCTGAGAGCTGAACA-CGTGAAGGATACATTCTACCAGGCTGCACTTGATG 966
Query 1259 ATGCAATTTCCCTTGGGAAAATTACAGTGGTGCAAATTCCAATTGATGTCAGGATGGCTC 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 967 ATGCAATTTCCCTTGGGAAAATTACAGTGGTGCAAATTCCAATTGAAGTCAGGATGGCTC 1026
Query 1319 CTAAAGCTGAGCAGGTCGAGCTGTTTGCTTCTATTGTATCAGATAGCAGCAAAAGACCGA 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1027 CTAAAGCTGAGCAGGTCGAGCTGTTTGCTTCTATTGTATCAGATAGCAGCAAAAGGCCGA 1086
Query 1379 TATATGTTCACAGTAAAGAAGGTGTTTGGAGAACTTCTGCGATGGTTTCTAGGTGGAAGC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 TATATGTTCACAGTAAAGAAGGTGTTTGGAGAACTTCTGCGATGGTTTCTAGGTGGAAGC 1146
Query 1439 AGTACATGACACGACCGATCACGAAAGAAATTCCAGTTTCAGAAGAGTCAAAGCGTCGGG 1498
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1147 AGTACATGACACGTCCAATCACGAAAGAAATTCCAGTTTCAGAAGAGTCAAAGCTTCGGG 1206
Query 1499 AGGTTTCTGAAACTAAGCTTGGATCAAATGCTGTAGTATCTGGTAAGGGTGTACCTGATG 1558
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 AGGTTTCTGAAACTAAGCTTGGATTAAATGCTGTAGTATCTGGTAAGGGTGTACCTGATG 1266
Query 1559 AGCAGACTGATAAAGTCTCTGAAATCAATGAGGTTGATAGTAGATCTGCTTC-AAGCCAG 1617
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||
Sbjct 1267 AGCATACTGATAAAGTCTCTGAAATCAATGAGGTTGATAGTAGATCTGCTACGAA-CCAG 1325
Query 1618 AGCAAGGAATCTGGAAGGTTTGAGGGAGATACATCTGCATCAGAATTTAATATGGTGAGC 1677
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 AGCAAAGAATCTGGAAGCATTGAGGGAGATACATCTGCATCAGAATTTAATATGGTGAGC 1385
Query 1678 GATCCTCTTAAATCTCAAGTTCCACCAGGCAATATTTTTTCAAGAAAAGAAATGTCTAAA 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 GATCCTCTTAAATCTCAAGTTCCACCAGGCAATATTTTTTCAAGAAAAGAAATGTCTAAA 1445
Query 1738 TTCCTGAAGAGCAAAAGTATTGCTCCTGCTGGTTATCTTACTAATCCGTCCAAAATATTG 1797
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1446 TTTCTGAGGAGCAAAAGTATTGCTCCTGCTGGTTATCTTAGTAATCCGTCCAAAAAATTG 1505
Query 1798 GGAACAGTGCCAACTCCACAATTTTCATATACTGGTGTGACAAACGGAAATCAGATTGTT 1857
||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 1506 GGAACAGTGCCAACTCCGCAATTTTCATATTCTGGTGTGACAAACGGAAACCAGATTTTT 1565
Query 1858 GATAAAGATTCGATAAGAAGACTTGCGGAGACAGGAAACTCCAATGGGACCCTTCTACCT 1917
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1566 GATAAAGATTCCATAAGAGGACTTGCGGAGACAGGAAACTCCAATGGGACCGTTTTACCT 1625
Query 1918 ACAAGTTCTCAAAGTTTAGATTTTGGCAACGGGAAGTTTTCAAATGGAAATGTGCATGCG 1977
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1626 ACAAGTTCTCAAAGTTTAGATTTTGGCAATGGGAAGTTTTCAAATGGAAATGTGCTTGCT 1685
Query 1978 TCTGATAACACCAACAAAAGTATATCGGACAACAGGGGAAATGGCTTCTCTGCAGCCCCT 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1686 TCTGATAACACCAACAAAAGTATATCGGACAACAGAGGAAATGGCTTCTCTGCAGAGCCT 1745
Query 2038 ATTGCTGTGCCTCCTAGTGATAACTTAAGTCGCGCTGTAGGATCCCATTCGGTTCGAGAG 2097
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 ATTGTTGTGCCTCCTAGTGATAACTTAAATCGCGCTGTAGGATCCCATTCGGTTCGAGAG 1805
Query 2098 TCTCAGACTCAGAGAAATAATAGTGGTTCCTCCTCGGATTCCAGTGATGATGAAGCTGGA 2157
| |||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 --T----CTCAGAGAAACAACAGTGCTTCTTCCTCGGATTCCAGTGATGATGAAGCTGGA 1859
Query 2158 GCTATTGAGGGAAATATGTGTGCTTCTGCCACTGGTGTAGTAAGGGTGCAGTCGAGAAAG 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GCTATTGAGGGAAATATGTGTGCTTCTGCCACTGGTGTAGTAAGGGTGCAGTCGAGAAAG 1919
Query 2218 AAAGCAGAGATGTTCTTAGTCCGAACTGATGGAGTGTCTTGTACAAGGGAAAAGGTGACA 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AAAGCAGAGATGTTCTTAGTCCGAACTGATGGAGTGTCTTGTACAAGGGAAAAGGTGACA 1979
Query 2278 GAATCCTCTCTGGCCTTCACACATCCAAGTACTCAACAGCAGATGCTTCTTTGGAAAACT 2337
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GAATCCTCTCTAGCCTTCACACATCCAAGTACTCAACAGCAGATGCTTCTTTGGAAAACT 2039
Query 2338 ACCCCAAAAACTGTCTTACTGCTGAAGAAGCTCGGGCAAGAACTGATGGAGGAAGCTAAA 2397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2040 ACCCCAAAAACTGTCTTACTGCTGAAGAAGCTCGGGCAAGAATTGATGGAGGAAGCTAAA 2099
Query 2398 GAGG 2401
||||
Sbjct 2100 GAGG 2103
Score = 1572 bits (851), Expect = 0.0
Identities = 877/890 (99%), Gaps = 0/890 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2441 AGGCTGCCTCTTTCTTGTATCACCAAGAGAATATGAATGTTCTGGTTGAACCTGAGGTGC 2500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 AGGCTGCCTCTTTCTTGTATCACCAAGAGAATATGAATGTTCTGGTTGAACCTGAGGTGC 2160
Query 2501 ATGATGTATTTGCCAGGATTCCAGGGTTTGGCTTTGTCCAGACCTTCTACATTCAGGACA 2560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2161 ATGATGTATTTGCCAGGATTCCAGGGTTTGGCTTTGTCCAGACCTTTTACATTCAGGACA 2220
Query 2561 CGAGCGATCTCCATGAAAGGGTTGATTTTGTGGCATGCTTAgggggggATGGGGTGATAT 2620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CGAGCGATCTCCATGAAAGGGTTGATTTTGTGGCATGCTTAGGGGGGGATGGGGTGATAT 2280
Query 2621 TACATGCATCAAACTTGTTCAAAGGAGCCGTCCCTCCCGTTGTTTCATTTAATCTGGGGT 2680
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 TACATGCATCAAACTTGTTCAAAGGAGCTGTCCCTCCCGTTGTTTCATTTAATCTGGGGT 2340
Query 2681 CTCTTGGATTTCTCACTTCACATCCATTTGAGGACTTCAGGCAAGACCTCAAACGAGTCA 2740
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 CCCTTGGATTTCTCACTTCACATCCATTTGAGGACTTCAGGCAAGACCTCAAACGAGTCA 2400
Query 2741 TCCATGGGAATAACACGCTAGATGGGGTTTATATAACTCTTCGAATGCGTCTTCGTTGCG 2800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 TCCATGGGAATAACACGCTAGATGGGGTTTATATAACTCTTCGAATGCGTCTTCGTTGCG 2460
Query 2801 AAATCTATCGTAAAGGCAAAGCAATGCCTGGTAAAGTGTTTGATGTTCTGAACGAGATTG 2860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 AAATCTATCGTAAAGGCAAAGCAATGCCTGGTAAAGTGTTTGATGTTCTGAACGAGATTG 2520
Query 2861 TTGTTGATCGAGGATCCAACCCATACCTTTCTAAGATCGAATGTTATGAGCACGACCGTC 2920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 TTGTTGATCGAGGATCCAACCCATACCTTTCTAAGATCGAATGTTATGAGCACGACCGTC 2580
Query 2921 TTATCACGAAGGTACAAGGCGATGGAGTTATAGTAGCCACTCCTACAGGAAGTACTGCTT 2980
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 TTATCACAAAGGTACAAGGTGATGGAGTTATAGTAGCCACTCCTACAGGAAGTACTGCTT 2640
Query 2981 ATTCTACAGCAGCAGGAGGTTCCATGGTGCATCCAAACGTTCCTTGCATGCTGTTCACTC 3040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 ATTCTACAGCAGCAGGAGGTTCCATGGTGCATCCAAACGTTCCTTGCATGCTGTTCACTC 2700
Query 3041 CAATCTGCCCACATTCCCTGTCGTTCAGACCAGTTATACTTCCAGATTCTGCAAAACTCG 3100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2701 CAATCTGCCCACATTCCCTGTCGTTCAGACCAGTTATACTTCCGGATTCTGCAAAACTCG 2760
Query 3101 AGTTAAAGATTCCAGATGATGCTCGAAGCAATGCATGGGTTTCGTTTGATGGAAAGAGAA 3160
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2761 AGTTAAAGATTCCAGATGATGCCCGAAGCAATGCATGGGTTTCGTTTGATGGAAAGAGGA 2820
Query 3161 GACAACAACTTTCAAGGGGAGATTCGGTGAGAATATACATGAGCCAACATCCACTCCCAA 3220
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 GGCAACAACTTTCAAGGGGAGATTCGGTGAGAATATATATGAGCCAACATCCACTCCCAA 2880
Query 3221 CTGTCAACAAATCTGATCAAACCGGTGATTGGTTTAGAAGCTTAATCCGTTGCTTAAACT 3280
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 CTGTCAACAAATCTGATCAAACTGGTGATTGGTTTAGAAGCTTAATCCGTTGCTTAAACT 2940
Query 3281 GGAACGAGCGTCTTGATCAAAAGGCTCTCTGATGATTGATTGGTTCATTT 3330
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 GGAACGAACGTCTTGATCAAAAGGCTCTTTGATGATTGATTGGTTCATTT 2990
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131184454131
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5