BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G21970.1
Length=936
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg497363 jgi|Araly1|497363|fgenesh2_kg.264__1__AT1G21970.1 1404 0.0
Ahg472432 jgi|Araly1|472432|fgenesh2_kg.1__2386__AT1G21970.1 1393 0.0
Ahg921188 jgi|Araly1|921188|scaffold_102469.1 913 0.0
Ahg921186 jgi|Araly1|921186|scaffold_102467.1 913 0.0
> Ahg497363 jgi|Araly1|497363|fgenesh2_kg.264__1__AT1G21970.1
Length=919
Score = 1404 bits (760), Expect = 0.0
Identities = 878/932 (94%), Gaps = 20/932 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATTATTTTATAAAGAACaaaaaaaaaaaaaGACGGCAGAGAAACAATGGAACGTGGAGC 60
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AATTATTTTATAAAGAAC----AAAAAAAAAGACGGCAGAGAAACAATGGAACGTGGAGC 56
Query 61 TCCCTTCTCTCACTATCAGCTACCAAAATCCATCTCTGAATTGAACTTGGACCAGCACAG 120
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 57 TCCCTTCTCTCACTATCAGCTACCCAAATCCATCTCTGAATTGAATTTGGACCAGCACAG 116
Query 121 CAACAACCCAACCCCAATGACCAGCTCAGTCGTAGTAGCCGGCGCCGGTGACAAGAACAA 180
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||
Sbjct 117 ---TAACCCAAACCCAATGACCAGCTCAGTCGTCGTAGCCGACGCCAGTGACAACAACAA 173
Query 181 TGGTATCGTGGTCCAGCAGCAACCACCATGTGTGGCTCGTGAGCAAGACCAATACATGCC 240
|||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 174 GGGTATCGTAGCCCAGCAGCAACCACCATGTATGGCTCGTGAACAAGACCAATACATGCC 233
Query 241 AATCGCAAACGTCATAAGAATCATGCGTAAAACCTTACCGTCTCACGCCAAAATCTCTGA 300
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 234 AATCGCAAACGTCATAAGGATCATGCGTCAAACCTTGCCGTCGCACGCTAAAATCTCTGA 293
Query 301 CGACGCCAAAGAAACGATTCAAGAATGTGTCTCCGAGTACATCAGCTTCGTGACCGGTGA 360
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 294 CGACGCGAAAGAAACGATTCAAGAATGTGTCTCCGAGTACATTAGCTTCGTGACCGGTGA 353
Query 361 AGCCAACGAGCGTTGCCAACGTGAGCAACGTAAGACCATAACTGCTGAAGATATCCTTTG 420
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 AGCCAATGAGCGTTGCCAACGTGAGCAACGTAAGACCATAACTGCTGAAGATATCCTTTG 413
Query 421 GGCTATGAGCAAGCTTGGGTTCGATAACTACGTGGACCCCCTCACCGTGTTCATTAACCG 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 414 GGCTATGAGCAAGCTTGGGTTCGATAACTACGTGGATCCACTCACCGTGTTCATTAACCG 473
Query 481 GTACCGTGAGATAGAGACCGATCGTGGTTCTGCACTTAGAGGTGAGCCACCGTCGTTGAG 540
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 474 GTACCGTGAGATAGAGACCGATCGTGGGTCTGCACTTAGAG---AGCCACCGTCGTTGAG 530
Query 541 ACAAACCTATGGAGGAAATGGTATTGGGTTTCACGGCCCATCTCATGGCCTACCTCCTCC 600
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 531 ACAGGCCTATGGAGGAAATGGTATTGGGTTTCACGGCCCATCTCATGGCCTACCTCCTCC 590
Query 601 GGGTCCTTATGGTTATGGTATGTTGGACCAATCCATGGTTATGGGAGGTGGTCGGTACTA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 TGGTCCTTATGGTTATGGTATGTTGGACCAATCCATGGTTATGGGAGGTGGTCGGTACTA 650
Query 661 CCAAAACGGGTCGTCGGGTCAAGATGAATCCAGTGTTGGTGGTGGCTCTTCGTCTTCCAT 720
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 651 CCAAAACGGGTCGTCGGGTCAGGATGAATCCAGTGCTGGTGGTGGCTCTTCGTCTTCCAT 710
Query 721 TAACGGAATGCCGGCTTTTGAC-CATTATGGTCAGTATAAGTGAAGATGGAATTATTCTT 779
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 TAACGGAATGCCGGCTTTTGACTCAT-ATGGTCAGTATAAGTGAAGATGGAATTATTCTC 769
Query 780 CATTTTTAT--AT---CTGTTCAAAACATGTGTTTGGATAGATATTTT-ATTTTTATGTC 833
||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 770 CATTTTTATGCATTATCTATTCAAAACATGTGTCTGGATAGATATTTTTATTTTTATGTC 829
Query 834 TTATCAATAACATTTCTATATAATGTTGCTTCTTTAAGGAAAAGTGTTGTATTTCAATAC 893
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 830 TTATCAATAACATTTCTATATAATGTTGCTTCTTTAAGGAAA-GTGTTGAATTTCAATAC 888
Query 894 TTTATGAGAAACTGATTTATATATGCAAATGA 925
||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 889 TTTTTGAGAA-CTGATTTATATATGCAAATGA 919
> Ahg472432 jgi|Araly1|472432|fgenesh2_kg.1__2386__AT1G21970.1
Length=905
Score = 1393 bits (754), Expect = 0.0
Identities = 861/911 (95%), Gaps = 13/911 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 aaaaaaaaaaGACGGCAGAGAAACAATGGAACGTGGAGCTCCCTTCTCTCACTATCAGCT 81
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 1 AAAAAAAAAAGACGGCAGAGAAACAATGGAACGTGGAGCTCCCTTCTATCACCATCAGCT 60
Query 82 ACCAAAATCCATCTCTGAATTGAACTTGGACCAGCACAGCAACAACCCAACCCCAATGAC 141
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 61 ACCCAAATCCATCTCTGAATTGAATTTGGACCAGCACAG---TAACCCAAACCCAATGAC 117
Query 142 CAGCTCAGTCGTAGTAGCCGGCGCCGGTGACAAGAACAATGGTATCGTGGTCCAGCAGCA 201
|||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| | |||||||||
Sbjct 118 CAGCTCAGTCGTCGTAGCCGACGCCAGTGACAACAACAAGGGTATCGTAGCCCAGCAGCA 177
Query 202 ACCACCATGTGTGGCTCGTGAGCAAGACCAATACATGCCAATCGCAAACGTCATAAGAAT 261
|| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 ACTACCATGTATGGCTCGTGAACAAGACCAGTACATGCCAATCGCAAACGTCATAAGAAT 237
Query 262 CATGCGTAAAACCTTACCGTCTCACGCCAAAATCTCTGACGACGCCAAAGAAACGATTCA 321
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 CATGCGTAAAATCTTACCGTCGCACGCCAAAATCTCTGACGACGCCAAAGAAACGATTCA 297
Query 322 AGAATGTGTCTCCGAGTACATCAGCTTCGTGACCGGTGAAGCCAACGAGCGTTGCCAACG 381
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 298 AGAATGTGTCTCCGAGTACATTAGCTTCGTGACCGGTGAAGCCAATGAGCGTTGCCAACG 357
Query 382 TGAGCAACGTAAGACCATAACTGCTGAAGATATCCTTTGGGCTATGAGCAAGCTTGGGTT 441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TGAGCAACGTAAGACCATAACTGCTGAAGATATCCTTTGGGCTATGAGCAAGCTTGGGTT 417
Query 442 CGATAACTACGTGGACCCCCTCACCGTGTTCATTAACCGGTACCGTGAGATAGAGACCGA 501
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CGATAACTACGTGGATCCACTCACCGTGTTCATTAACCGGTACCGTGAGATAGAGACCGA 477
Query 502 TCGTGGTTCTGCACTTAGAGGTGAGCCACCGTCGTTGAGACAAACCTATGGAGGAAATGG 561
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 478 TCGTGGGTCGGCACTTAGAGGTGAGCCACCGTCGTTGAGACAGGCCTACGGAGGAAATGG 537
Query 562 TATTGGGTTTCACGGCCCATCTCATGGCCTACCTCCTCCGGGTCCTTATGGTTATGGTAT 621
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TATTGGGTTTCACGGCCCACCACATGGCCTACCTCCTCCTGGTCCTTATGGTTATGGTAT 597
Query 622 GTTGGACCAATCCATGGTTATGGGAGGTGGTCGGTACTACCAAAACGGGTCGTCGGGTCA 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GTTGGACCAATCCATGGTTATGGGAGGTGGTCGGTACTACCAAAACGGGTCGTCGGGTCA 657
Query 682 AGATGAATCCAGTGTTGGTGGTGGCTCTTCGTCTTCCATTAACGGAATGCCGGCTTTTGA 741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 658 GGATGAATCCAGTGTTGGTGGTGGCTCTTCGTCTTCCATTAACGGAATGCCGGGTTTTGA 717
Query 742 C-CATTATGGTCAGTATAAGTGAAGATGGAATTATTCTTCATTTTTAT--AT---CTGTT 795
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 718 CTCAT-ATGGTCAGTATAAGTGAAGATGGAATTATTCTTCATTTTTATGCATTATCTATT 776
Query 796 CAAAACATGTGTTTGGATAGATATTTT-ATTTTTATGTCTTATCAATAACATTTCTATAT 854
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CAAAACATGTGTCTGGATAGATATTTTTATTTTTATGTCTTATCAATAACATTTCTATAT 836
Query 855 AATGTTGCTTCTTTAAGGAAAAGTGTTGTATTTCAATACTTTATGAGAAACTGATTTATA 914
||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 837 AATGTTGCTTCTTTAAGGAAA-GTGTTGAATTTCAATACTTTTTGAGAA-CTGATTTATA 894
Query 915 TATGCAAATGA 925
|||||||||||
Sbjct 895 TATGCAAATGA 905
> Ahg921188 jgi|Araly1|921188|scaffold_102469.1
Length=679
Score = 913 bits (494), Expect = 0.0
Identities = 574/611 (94%), Gaps = 12/611 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 185 ATCGTGGTCCAGCAGCAACCACCATGTGTGGCTCGTGAGCAAGACCAATACATGCCAATC 244
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 69 ATCGTGGCCCAGCAGCAACCACCATGTATGGCTCGTGAACAAGACCAGTACATGCCAATC 128
Query 245 GCAAACGTCATAAGAATCATGCGTAAAACCTTACCGTCTCACGCCAAAATCTCTGACGAC 304
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 129 GCAAACGTCATAAGAATCATGCGTAAAATCTTACCGTCGCACGCTAAAATCTCTGACGAC 188
Query 305 GCCAAAGAAACGATTCAAGAATGTGTCTCCGAGTACATCAGCTTCGTGACCGGTGAAGCC 364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 189 GCCAAAGAAACGATTCAAGAATGTGTCTCCGAGTACATAAGCTTCGTGACCGGTGAAGCC 248
Query 365 AACGAGCGTTGCCAACGTGAGCAACGTAAGACCATAACTGCTGAAGATATCCTTTGGGCT 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 249 AACGAGCGTTGCCAACGTGAGCAACGTAAGACCATAACTGCTGAAGATATCCTTTGGGCT 308
Query 425 ATGAGCAAGCTTGGGTTCGATAACTACGTGGACCCCCTCACCGTGTTCATTAACCGGTAC 484
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 309 ATGAGCAAGCTTGGGTTCGATAACTACGTGGATCCCCTCACCGTGTTTATTAACCGGTAC 368
Query 485 CGTGAGATAGAGACCGATCGTGGTTCTGCACTTAGAGGTGAGCCACCGTCGTTGAGACAA 544
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 CGTGAGATAGAGACCGATCGTGGGTCGGCACTTAGAGGTGAGCCACCGTCGTTGAGACAG 428
Query 545 ACCTATGGAGGAAATGGTATTGGGTTTCACGGCCCA-----T--C---TC--ATGGCCTA 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||
Sbjct 429 GCCTATGGAGGAAATGGTATTGGGTTTCACGGCCCACCACATGGCCCATCTCATGGCCTA 488
Query 593 CCTCCTCCGGGTCCTTATGGTTATGGTATGTTGGACCAATCCATGGTTATGGGAGGTGGT 652
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 489 CCTCCTCCTGGTCCTTATGGTTATGGTATGTTGGACCAATCCATGGTTATGGGAGATGGT 548
Query 653 CGGTACTACCAAAACGGGTCGTCGGGTCAAGATGAATCCAGTGTTGGTGGTGGCTCTTCG 712
|||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 549 CGGTTCTACCAAAACGGGTCGTCGGGTCAGGACGAATCAAGTGCTGGTGGTGGCTATTCG 608
Query 713 TCTTCCATTAACGGAATGCCGGCTTTTGACCATTATGGTCAGTATAAGTGAAGATGGAAT 772
||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 TCTTCCATTAACGGAATGCCGGCGTATGACCAATATGGTCAGTATAAGTGAAGATGGAAT 668
Query 773 TATTCTTCATT 783
|||||||||||
Sbjct 669 TATTCTTCATT 679
> Ahg921186 jgi|Araly1|921186|scaffold_102467.1
Length=679
Score = 913 bits (494), Expect = 0.0
Identities = 574/611 (94%), Gaps = 12/611 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 185 ATCGTGGTCCAGCAGCAACCACCATGTGTGGCTCGTGAGCAAGACCAATACATGCCAATC 244
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 69 ATCGTGGCCCAGCAGCAACCACCATGTATGGCTCGTGAACAAGACCAGTACATGCCAATC 128
Query 245 GCAAACGTCATAAGAATCATGCGTAAAACCTTACCGTCTCACGCCAAAATCTCTGACGAC 304
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 129 GCAAACGTCATAAGAATCATGCGTAAAATCTTACCGTCGCACGCTAAAATCTCTGACGAC 188
Query 305 GCCAAAGAAACGATTCAAGAATGTGTCTCCGAGTACATCAGCTTCGTGACCGGTGAAGCC 364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 189 GCCAAAGAAACGATTCAAGAATGTGTCTCCGAGTACATAAGCTTCGTGACCGGTGAAGCC 248
Query 365 AACGAGCGTTGCCAACGTGAGCAACGTAAGACCATAACTGCTGAAGATATCCTTTGGGCT 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 249 AACGAGCGTTGCCAACGTGAGCAACGTAAGACCATAACTGCTGAAGATATCCTTTGGGCT 308
Query 425 ATGAGCAAGCTTGGGTTCGATAACTACGTGGACCCCCTCACCGTGTTCATTAACCGGTAC 484
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 309 ATGAGCAAGCTTGGGTTCGATAACTACGTGGATCCCCTCACCGTGTTTATTAACCGGTAC 368
Query 485 CGTGAGATAGAGACCGATCGTGGTTCTGCACTTAGAGGTGAGCCACCGTCGTTGAGACAA 544
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 CGTGAGATAGAGACCGATCGTGGGTCGGCACTTAGAGGTGAGCCACCGTCGTTGAGACAG 428
Query 545 ACCTATGGAGGAAATGGTATTGGGTTTCACGGCCCA-----T--C---TC--ATGGCCTA 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||
Sbjct 429 GCCTATGGAGGAAATGGTATTGGGTTTCACGGCCCACCACATGGCCCATCTCATGGCCTA 488
Query 593 CCTCCTCCGGGTCCTTATGGTTATGGTATGTTGGACCAATCCATGGTTATGGGAGGTGGT 652
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 489 CCTCCTCCTGGTCCTTATGGTTATGGTATGTTGGACCAATCCATGGTTATGGGAGATGGT 548
Query 653 CGGTACTACCAAAACGGGTCGTCGGGTCAAGATGAATCCAGTGTTGGTGGTGGCTCTTCG 712
|||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 549 CGGTTCTACCAAAACGGGTCGTCGGGTCAGGACGAATCAAGTGCTGGTGGTGGCTATTCG 608
Query 713 TCTTCCATTAACGGAATGCCGGCTTTTGACCATTATGGTCAGTATAAGTGAAGATGGAAT 772
||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 TCTTCCATTAACGGAATGCCGGCGTATGACCAATATGGTCAGTATAAGTGAAGATGGAAT 668
Query 773 TATTCTTCATT 783
|||||||||||
Sbjct 669 TATTCTTCATT 679
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 34729977387
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5