BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G22040.1
Length=1838
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472438 jgi|Araly1|472438|fgenesh2_kg.1__2392__AT1G22040.1 2603 0.0
> Ahg472438 jgi|Araly1|472438|fgenesh2_kg.1__2392__AT1G22040.1
Length=1750
Score = 2603 bits (1409), Expect = 0.0
Identities = 1663/1778 (94%), Gaps = 47/1778 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 ATTCAACTACAAAATTCCTCTTTGAA-C----C---AAAAAGACAAATCCGAAACATGCG 67
||||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATTCAACTACAAAATTCCTCTCTGAACCAAAACAAAAAAAAGACAAATCCGAAACATGCG 60
Query 68 TGTGGATACGAAAGATCTCTAGATTCCTCCACTCCTCAATTTCTCATCTTTTGCTTCGTC 127
||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 61 TGTGGATACGAAAGATCTCAAGA-T--TCCACTCCTCAATTTCTCATCTTTGGCTTCCTC 117
Query 128 GTGACTCTTCTTGATTTCATCAATAATGGGTTCTGTTATGAGTTTGAGCTGTTCCAAGAG 187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 GTGACTCTTCTTGATTTCATCAATAATGGGTTCTGTTATGAGTTTGAGCTGTTCCAAGAG 177
Query 188 GAAAGCAACGAGTCAGGACGTTGAGTGTTCAAGCGAATCTCGTAAAAGACGAAAGATATC 247
|||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 GAAAGCAACGAGTCAGGACGTTGAGTATTCAAGTGAATCTCGTAAAAGACGAAAGATATG 237
Query 248 TTCAGAGAACGATGAAGAAGAGTGTTGTAGATTGATTCCAAGTCTTCCTGATGAGTTATC 307
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 238 TTCAGAGAACGATGTAGAAGAGTGTTGTAGATTGATTCCAAGTCTTCCGGATGAGTTATC 297
Query 308 TATACAGATTCTTGCTAGGCTTCCTAGAATTTGTTACTCGAGTGTTCGGTTGGTTTCTCG 367
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 TATACAGATTCTTGCTAGGCTTCCTCGAATATGTTACTCGAGTGTTCGGTTGGTTTCTCG 357
Query 368 GAGGTGGAGATCGGCTGTTTCGACTTCTGAGGTGTATAGTTTGAGGAAAGAACTTGGGAG 427
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||
Sbjct 358 GAGGTGGAGATCGGCTGTTTCGACCTCTGAGGTTTATATTTTGAGGAAAGAGCTTCGGAG 417
Query 428 GACTGAGGAGTGGCTCTATGTGTTGACTAAAGGTCATGAGGATAAGCTTTTGTGGTATGC 487
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GACAGAGGAGTGGCTCTATGTGTTGACTAAAGGTCAAGAGGATAAGCTTTTGTGGTATGC 477
Query 488 TTTAGATCCTGTGTCTACTAAATGGCAGAGATTGCCTCCAATGCCGGTTGTTGTTTATGA 547
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 478 TTTAGATCCTGTTTCTACTAAATGGCAGAGATTGCCTCCAATGCCTGTTGTTGTTTACGA 537
Query 548 AGAAGAGTCTAGAAAGAGTTTATCTGGTTTGTGGAATATGATTA-CACCGAGCTTTAATG 606
||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 538 AGAAGAGGCTAGAAGGAGTTTATCTGGTTTCTGGAATATGATTAGC-CCGAGCTTTAATT 596
Query 607 TTGGTGCGATTGTGAGGAGCTTTCTAGGTAGGAGGGACT-CCTCTGAGCAAATGCCGTTT 665
|||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TTGGTGAGATTGTGAGGAGCTTTCTTGGTAGGAAGGA-TGCCTCTGAGCAAATGCCGTTT 655
Query 666 TGTGGGTGCGCTATTGGTGCTGTTGATGGGGGTCTTTATGTTATTGGTGGACTTTCTAGG 725
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 656 TGTGGGTGCGCTATTGGTGCTGTTGATGGCTGTCTTTATGTTATTGGTGGGCTCTCTAGG 715
Query 726 TCTAAAACAGTGAGCTGTGTTTGGCGGTTTGATCCGATTTTGAACTCTTGGAGTGAAGTT 785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 TCTAAAACAGTGAGCTGTGTTTGGCGGTTTGATCCGATTTTGAACTCTTGGAGTGAAGTT 775
Query 786 AGTTCTATGTTGGCGAGTCGGGCTTATTCCAAAACAGGTGTATTGAATAAGAAACTATAT 845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 776 AGTTCTATGTTGGCGAGTCGGGCTTATTCCAAAACAGGTGTATTGAATAAAAAACTATAT 835
Query 846 GTTGTTGGAGGGGTTGATCGGGGACGGGGAGGTTTATCTCCTCTTCAGTCAGCTGAGGTT 905
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 836 GTTGTTGGAGGGGTTGATCGGAGACGGGGAGGTTTATCTCCGCTTCAGTCAGCTGAGGTT 895
Query 906 TATGATCCAAGCACGGATGCTTGGTCAGAGGTTCCGAGCATGCCTTTCTCAAAGGCGCAA 965
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TACGATCCAAGCACGGATGCTTGGTCAGAGGTTCCGAGCATGCCTTTCTCAAAGGCGCAA 955
Query 966 GTGTTGCCAAATGCGTTTTTGGCTGACTTACTAAAGCCTATTGCCACAGGAATGACTTGC 1025
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 GTGTTGCCAAATGCGTTTTTGGCTGACTTACTTAAGCCTATTGCCACAGGAATGACTTGC 1015
Query 1026 TACAACGGTAGGTTATGTGTTCCTCAGAGTTTATACTCTTGGCCTTTCTTTGTTGATGTT 1085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TACAACGGTAGGTTATGTGTTCCTCAGAGTTTATACTCTTGGCCTTTCTTTGTTGATGTT 1075
Query 1086 GGAGGAGAGGTTTATGATCCCGAGACAAATCTCTGGGTTGAAATGCCGTCTGGTATGGGT 1145
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 GGAGGAGAGGTTTATGATCCTGAGACAAATCTCTGGGTTGAAATGCCGTCTGGTATGGGT 1135
Query 1146 GAAGGTTGGCCTGCGAGGCAAGCAGGTACAAAACTGAGTGTTGTGGTGGATGGTGAGTTA 1205
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GAAGGTTGGCCTGCGAGGCAAGCGGGTACAAAACTGAGTGTTGTGGTGGATGGTGAGTTG 1195
Query 1206 TACGCTTTTGATCCTTCTTCTTCGATGGAGAACGGAAAGATTAAAGTGTATGATCAAAAG 1265
|| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1196 TATGCTTTTGATCCTTCTTCTTCTATGGAGAATGGGAAGATTAAAGTGTATGATCAGAAG 1255
Query 1266 GAAGATACTTGGAAGGTTGTTATTGGGGAAGTCCCTGTGTATGACTTAACAGATTCAGAA 1325
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1256 GAAGATACTTGGAAGGTTGTTATCGGGGAAGTCCCTGTTTACGACTTAACAGATTCAGAA 1315
Query 1326 TCTCCTTATTTGCTTGCTGGGTTTCATGGCAAGCTTCATTTCATTACTAGAGACCCTAAT 1385
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1316 TCTCCTTATTTGCTTGCTGGGTTTCACGGCAAGCTTCATTTTATTACTAGAGACCCTAAT 1375
Query 1386 CATAACGTTACAGTCTTACGAGCTGATGTCCCCAACATCCCAGTCTCCTCATCATCATCT 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1376 CATAACGTTACAGTCTTACGAGCTGATGTCCCCAACATCCCAGTCTCCTCATCATCAGCT 1435
Query 1446 AGCTCCAGTTCTGTTTCAA-T-C-C---CA-C-ACTTAAA-GACCAATGCACCTAACAAG 1496
||||||||||||||||| | | | | | | | ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1436 AGCTCCAGTTCTGTTTCGGGTTCACGGTCTTCGAGTGAAAAGACCAATGCACCTAACAAG 1495
Query 1497 TCAGACACTGTTACATGGAAACTCATTGCAACCAAGGACTTTGGTGCTGCTGAACTTGTT 1556
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TCAGACACTGTTACCTGGAAACTCATTGCAACCAAGGACTTTGGTGCTGCTGAACTTGTT 1555
Query 1557 AGCTGCCAAGTTATAGATATATAAAGTCATCAGAAGCTTTGCCCATTTCTCGTGGGCCAT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1556 AGCTGCCAAGTTATAGATATATAAAGTCATCAAAAGCTTTGCCCATTTCTCGTGGGACAT 1615
Query 1617 TAAGAATCTCTGTGTACAGCCAGAAGCAAAAACATGAAGCTTATGAGATGTTCTCCCAAA 1676
| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | || | |
Sbjct 1616 TGAGAATCTCTGTGTACAGCCAGAAGCAAAAACC--AA----A-GA--T--------A-- 1656
Query 1677 GATTTTATCGTCTAATTCTTCGATGATATATTCTTCTGGCATTTGGCTGCCAAAGTAAGC 1736
|| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 --TT--ATCGTCTAATTGATCGATGATCCATTCTTCTAGCATTTGGCTGCCAAAGTAAGT 1712
Query 1737 TTGAGTAATAAAATGTTGTGTGACAAATATATAATAAT 1774
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1713 TTGAGCAATAAAATGTTGTGTGACAAATATATAATAAT 1750
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69019523940
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5