BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G22060.1
Length=6614
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg921218 jgi|Araly1|921218|scaffold_102499.1 9766 0.0
> Ahg921218 jgi|Araly1|921218|scaffold_102499.1
Length=6049
Score = 9766 bits (5288), Expect = 0.0
Identities = 5802/6055 (96%), Gaps = 16/6055 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 285 TGTTTTGAtttttttGAGT--AATGTCGAGACTGGCTAAATGGAAGCTGGAGAAAGCCAA 342
|||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGTTTTGA-TATTTTGAGTAAAATGTCGAGACTGGCAAAATGGAAGCTGGAGAAAGCCAA 59
Query 343 AGTCAAGGTCGTCTTTCGATTGCAGTTTCACGCTACCCATGTTCCACAAGCGGGTTGGGA 402
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 60 AGTCAAAGTCGTCTTTCGATTGCAGTTTCACGCTACCCATGTTCCACAAGCGGGATGGGA 119
Query 403 CAAACTATTTATATCTTTCATTCCCGCTGACTCCGTAAAAGCTACAGCAAAGACAACTAA 462
||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CAAACTATTCATTTCTTTCATACCCGCTGACTCCGTAAAAGCTACAGCAAAGACAACTAA 179
Query 463 AGCACTTGTGAGAAATGGAACTTGCAAGTGGGGGGATCCTATCTATGAAACTACAAGGCT 522
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 180 AGCACTTGTGAGAAATGGAACTTGTAAGTGGGGGGATCCAATCTATGAAACTACACGGCT 239
Query 523 GCTTCAGGATACTAGGACCAAGCAATTTGATGAAAAACTTTATAAGATTGTTGTCGCTAT 582
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 GCTTCAGGATACTAGGACCAAGCAATATGATGAAAAACTTTATAAGATTGTTGTGGCTAT 299
Query 583 GGGTACTTCTAGATCTAGTATACTTGGAGAGGCTATGATCAACCTTGCTGAATATGCTGA 642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGGTACTTCTAGATCTAGTATACTTGGAGAGGCTATGATCAACCTTGCTGAATATGCTGA 359
Query 643 TGCCTTAAAACCTTTTGCTGTGATATTGCCCTTGCAAGGCTGTGATCCAGGAGCTATCTT 702
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 360 TGCCTTAAAACCTTTTGCTGTGGTATTGCCCTTGCAAGGCTGTGATTCAGGAGCTACCTT 419
Query 703 ACATGTCACTATACAGCTGTTAACCTCAAAAACTGGTTTCAGAGAGTTCGAGCAGCAAAG 762
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ACATGTCACTATACAGCTGTTAACTTCAAAAACTGGTTTCAGAGAGTTCGAGCAGCAAAG 479
Query 763 AGAAATCAGTGAGAGGGGACCATCAACGACCCCTGACCATAGCAGTCCTGACGAATCTTC 822
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 AGAACTCAGTGAGAGGGGACCATCAACGACCTCTGACCATAGCAGCCCTGACGAATCTTC 539
Query 823 TCGTTGCAGGATTTCACCTTCTGATGAGACTCTTAGTCATGTTGATAAGACAAATATAAG 882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 540 TCGTTGCAGGATTTCACCTTCTGATGAGACTCTTAGTCATGTTGATAAGACAACTATGAG 599
Query 883 AGGGAGTTTCAAAGAAAAGTTCCGAGACAATTCTTTAGTGGAAGAAACAGTGGGGCTAAA 942
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 600 AGGGAGTTTCAAAGAAAAGTTCCGAGATAATTCTTTAGTGGAAGAAACTGTGGGGCCAAA 659
Query 943 TGACCTTGATTCAGGATTGGGTTTTGATGTCTCTTCAAACACATCAGGGAGCCTAAACGC 1002
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGACCTTGATTCAGGATTGGGATTTGATGTCTCTTCAAACACATCAGGGAGCCTAAACGC 719
Query 1003 TGAGAAACATGATATATCCAGCATAAACGAAGTTGACAGCCTCAAAAGTGTGGTATCTGG 1062
|||||| ||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGAGAAGCATGATATATCCAACACAAATGAAATTGACAGCCTCAAAAGTGTGGTATCTGG 779
Query 1063 AGATCTGAGTGGACTTGCTCAGAGCCCGCAGAAAGAGAAAGACAGTCTTGGGTGGCAACA 1122
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||| ||
Sbjct 780 AGATCTGAGTGGACTTGCTCAGAGCCCGCAGAAAGATAAAGACGGTCATGAGTGGCATCA 839
Query 1123 TGGCTGGGGGTCAGACTATCTTGGTAAGAATAGCGATTTGGGCAATGCAATAGAAGACAA 1182
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 840 TGGCTGGGGTTCAGACTATCTTGGTAAGAATAGCGAGTTGGGGAATGCAATAGAAGACAA 899
Query 1183 CAATAAGCTTAAAGGATTCTTGGAAGACATGGAATCATCCATTAATGAGATTAAGATTGA 1242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CAATAAGCTTAAAGGATTCTTGGAAGACATGGAATCATCCATTAATGAGATTAAGATTGA 959
Query 1243 AGTGAGTTCGCTGCAGTGCCATGCAGATGATATAGGTTCCAAAGCTCAAGATTTTTCTCA 1302
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGTGAGTTCGCTACAGTGCCATGCAGATGATATAGGTTCCAAAGCTCAAGATTTTTCTCA 1019
Query 1303 AATACTTATATCAGAGATTGGTTCTGGGGATCATTTGGTCAGAGAAGTATCTGTGCTGAA 1362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AATACTTATATCAGAGATTGGTTCTGGGGATCATTTAGTCAGAGAAGTATCTGTGCTGAA 1079
Query 1363 ATCAGAGTGTTCAAAGTTAAAAGAAGAGATGGAGCGATTACGTAACGTCAAATCACACGT 1422
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1080 ATCAGAGTGCTCAAAGTTAAAAGAAGAGATGGAGCGCTTACGTAATGTCAAATCACACGT 1139
Query 1423 TCTATTTAATAGCAAAGATCAAGATAATGTTCCCCACAGTCTACAACTAAGATGGCTGCA 1482
||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1140 TCTATATAATAGCAAAGACCAAGATAATGTTCCACACAGTCTACAACTAAGATGGCGGCA 1199
Query 1483 GGGACTTTTAGTTGTAGAGGATAACATAAGAGAAATTCAAAACAAAGTATGCTATGGCTA 1542
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 GGGACTTTTAGTTGTAGAGGATAACATAAGAGAAATTCAAAACAAAGTTTGCTATGGCTA 1259
Query 1543 CCATGACAGAGACTTAAGATTGTTCCTCTCAGACTTTGAGTCTCTGCTCGGAGTTCTACA 1602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1260 CCATGACAGAGACTTAAGATTGTTCCTCTCAGACTTTGAGTCTCTGCTTGGAGTTCTACA 1319
Query 1603 GGATTTTAAAACGCAGATTGAG-CAGCCTATATCTCACTTCAGCACTGTACCATCTGAGA 1661
|||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1320 GGATATTAAAAGGCAGATTG-GCCAGCCTATATCTCACTTCAGCACAGTATCATCTGAGA 1378
Query 1662 AAATCATCATGACTGATAGTAAAGAGAGAGGCCTTTCGAAAGCAAAGCATTTTGTATCAG 1721
||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1379 AAATCATCATGACCGATAATAAAGAGAGAGGCATGTCGAAAGCAGAGCATTTTGTATCAG 1438
Query 1722 GCTCTGAGGTTGACACTGATATTTATCAACCAGAACTTGATCCGCTTCAATATCTTGGTA 1781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1439 GCTCTGAGGTTGACACTGATATTTATCAACCAGAACTTGATCCACTTCAATATCTTGGTA 1498
Query 1782 TGCCTGATCTTACTTCTCGTGAACCCAATTCAGCAGATTCTGTTAGTGCCATGAGAGATA 1841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TGCCTGATCTTACTTCTCGTGAACCCAATTCAGCAGATTCTGTTAGTGCCATGAGAGATA 1558
Query 1842 AAATACTTGAGCTTGTACGAGGGCTGGACGAGTCTAAAGCTGAACGTGATAGCCTTACCA 1901
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAATACTCGAGCTTGTACGAGGGCTGGACGAGTCTAAAGCTGAACGTGATAGCCTTACCA 1618
Query 1902 AGAAAATGGATCAGATGGAATGCTATTACGAATCTCTGGTCCAGGAGCTTGAGGAAACTC 1961
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AGAAAATGGATCAGATGGAGTGCTATTACGAATCTCTGGTCCAGGAGCTTGAGGAAACTC 1678
Query 1962 AAAGGCAGTTGCTAGTAGAGTTACAGAGTTTAAGGACTGAACATTCCACGTGCCTCTATA 2021
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AAAGGCAGTTGCTAGTAGAGTTACAGAATCTAAGGACTGAACATTCCACGTGCCTCTATA 1738
Query 2022 GTATCTCTGGCGCTAAGGCGGAGATGGAAACGTTGCGTCACGACATGAATGAGCAAACAC 2081
||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1739 GTATCTCTGGCGCTAAGGCTGAGGTGGAAACGTTGCGTCACGATATGAATGAGCAAACAC 1798
Query 2082 TAAGGTTTTCTGAGGAGAAGAAAACTTTGGATTCTTTTAATGAAGAACTGGATAAACGAG 2141
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TAAGGTTTTCTGAGGAGAAGAAAACTTTAGATTCGTTGAATGAAGAACTGGATAAACGAG 1858
Query 2142 CTATGGCTGCAGAGGCAGCACTTAAAAGGGCCCGCTTGAATTATTCTATTGCTGTCAACC 2201
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 CTATGGCTGCGGAGGCAGCACTTAAAAGAGCCCGCTTGAATTATTCTATTGCTGTCAACC 1918
Query 2202 ATTTGCAGAAGGATCTTGAATTGCTTTCATCTCAGGTTGTATCCATGTTTGAGACCAATG 2261
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1919 ATTTGCAGAAGGATCTTGAATTGCTTTCATCCCAGGTTGTATCTATGTTTGAGACCAATG 1978
Query 2262 AGAATCTCATTAAGCAAGCCTTTCCAGAACCTCCACAAAGCTTTCACGAATGCATTCAAT 2321
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AGAACCTCATTAAGCAAGCCTTTCCAGAACCTCCACAAAGCTTTCACGAATGCATTCAAT 2038
Query 2322 CAACAGATGATTCAATTTCTGAGAAACAGGACACTCGTGATGTAAAACTCATACAGTTTC 2381
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CAACAGATGATTCAAATCCTGAGAAACAGGACACTCGTGATGTAAAACTCATACAGTTTC 2098
Query 2382 AGAATGAGAAAAAGGGGATGAAGGAACGCCCTTTAAAAGGTGATATTATTCTTCTAGAAG 2441
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AGAATGAGAAAAAGGGGATGAAGGAACGGCCTTTAAAAGGTGATATTATTCTTCTAGAAG 2158
Query 2442 ATATGAAGAGATCTCTTCATGTGCAAGAAAGCTTGTATCAAAAAGTTGAAGAAGAACTCT 2501
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 ATTTGAAGAGATCTCTTCATGTGCAAGAAAGCTTATATCAAAAAGTTGAAGAAGAACTCT 2218
Query 2502 ATGAGATGCACTCAAGGAACTTATATCTGGAAGTATTCTCAAACATTCTACGAGAAACTT 2561
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 ATGAGATGCATTCAAGGAACTTATATCTGGAAGTATTCTCAAACATTCTACGAGAAACTG 2278
Query 2562 TTCTTGAAGCAAGTGTTGACATAAGGATCATGAAAGCGAAAATTGATGAACTTGGATGGC 2621
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TTCTTGAAGCAGGTGTTGACATAAGGATCATGAAAGCGAAAATTGATGAACTTGGATGGC 2338
Query 2622 AGCTGGAGCTTTCAACAGAGGCCAAGGAAATATTGAAGCAGAGGCTGGATATTACTTTGG 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 AGCTGGAGCTTTCAACAGAGGCCAAGGAAATATTGAAGCAGAGGCTGGATATTACTTTGG 2398
Query 2682 ACGAGGTTTGCTCCCTGAAAGAGGAGAAAACCACATGCATTGCCAAATGGAATGCTGTAG 2741
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 ACGAGGTTTGCTCCCTGAATGAGGAGAAAACCACATGCATTGCCAAATGGAATGCTGTAG 2458
Query 2742 CTTTGCAGAATCAAAGCTTAGAGGCAAATTTGCAGAATATTACTCACGAAAACCTCATCC 2801
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 CTTTGCAGAATCAAAGTTTAGAGGCAAATTTGCAGAATATTACTCACGAAAACCTCATCC 2518
Query 2802 TTCTGCAAAAGATTGATGAACTGGAATCTGTAGTGTTGGAGTCTAAGAGTTGGAAGACCA 2861
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 2519 TTCTGCAAAAGATTGATGAACTGGAATCTGTAGCGGTGGAGTCCAAGAATTGGAAGACCA 2578
Query 2862 ATTATGAGACATGCATTTGTGAGAAAAAAGAGCTTGCAGAGCTTATGGAGAAAGAAGCGG 2921
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 ATTATGAGACATGCATTTGTGAGAAGAATGAGCTTGCAGAGCTTATGGAGAAAGAAGCGG 2638
Query 2922 TGGAAAAAGCTCATTAT-CGGACAAGGCTTGCTACTGTGCAGGCTGAGTTTGATGCTGTG 2980
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TGGAAAAAGCTCATT-TCCGGACAAGGCTTGCTACTGTGCAAGCTGAGTTTGATGCTGTG 2697
Query 2981 AGAGGTAAGTTTGATGATTTGGCTACTGCAAATGGAAATCTACAGCAGAATCTCAGTAGT 3040
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2698 AGAGGTAAGTTTGATGATCTGGCAACTGCAAATGGAAATCTACATCAGAACCTCAGTAGT 2757
Query 3041 CTGACGGACAAGTTGATAAACACGTTAGGCTGCTACAATGAAAAACTCGTTTCCTTGCCC 3100
|||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2758 CTGAAGGAGAAGTTGATAAACACGTTATGCTGCTACAATGAAAAACTCATTTCATTGCCC 2817
Query 3101 CAGTGGG-A-A-GGAGTGGATCTTGATTTTGAGTCCCATGATTTAACAGAGCAGCTTGAT 3157
| ||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 CTGTGGGAAGAGGGAGTGGATCTTGATTTGGAGTCCCATGATTTAACAGAGCAGCTTGAT 2877
Query 3158 AAATTCTTGTGTAAGATATGTGAAAAGTGTTTCGTACTTATATCAGAGAATAATGGCCTG 3217
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||
Sbjct 2878 AAATTCTTGTGTAAGATATATGAAAAATGTTTCGTACTTATATCAGAGTATGATGACCTG 2937
Query 3218 A-TGAAAGAAAAATCCATGACAGAGTCATATTTAAGGGCTGCTGAGTCTGATGTTATGGA 3276
| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 ATTG-AAGAAAAATCCATGATAGAGTCATATTTAAGGGCTGCTGAGTCTGATGTTATGGA 2996
Query 3277 GCTCAAGCAGATGCATGAGAATGATGTACAATGTATGGTCACTAAATTAGAAGCTTCCAC 3336
||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2997 GCTCAAGCAGAAGCATGAGAATGATGTACAATGTCTGGTCACTAAACTAGAAGCTTCCAC 3056
Query 3337 TGCCCTCCTCCGGAGACTGCAGTTGGAAACCGAATCGGTCATGGATAAAATGAAGGTTAT 3396
||||||||||| |||||||||||||||||| || || || ||| ||||||||||||||
Sbjct 3057 TGCCCTCCTCCAGAGACTGCAGTTGGAAACTGAGTCTATCGTGGGCAAAATGAAGGTTAT 3116
Query 3397 TACTGAAGATGAACAAAACTATGAGAGCCGTCACTTGGACCTTCTTTCTCGTCTTGACCA 3456
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 3117 TACTGAAGCTGAACAAAACTATGAGAGCCGTAACTTGGACTTTCTTTCTCGTCTTGACTA 3176
Query 3457 TTTTGAGAATGAAATGCATCTACTTGTGTCCAAGAATGAGGGACTTGGTCAAGAGATTAG 3516
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3177 TTTTGAGAATGAAATGCATCTAATTGTGTCCAAGAATGAGGGACTTGGCCAAGAGATTAG 3236
Query 3517 TGAATTAAGCTCTGTAGCAGTTGAACATGGAAGAACCAAGCTGCTTGTGGAAGAACTGGC 3576
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3237 AGAATTAAGCTCTGTAGCTGTTGAACATGGAAGAACCAAGCTGCTTGTGGAAGAACTTGC 3296
Query 3577 TGAGGAAAAGAAACGTGTTCTGGTTTCACTTCAAGATAAATCTCAGGAAACTTTGGGTCT 3636
||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3297 TGAGGAAAACAAACGTGTTCTGGTTTCTCTTCAGGATAAATCTCAGGAAACTTTGGGTCT 3356
Query 3637 TGTGCGTGAGCTTGAAAATTTAAAGAAAACGTTTGACCACGAGTTGAGACTTGAAAGAAA 3696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3357 TGTGCGTGAGCTTGAAAATTTAAAGAAAACGTTTGACCACGAGTTGAGACTTGAAAGAAG 3416
Query 3697 CTTGAGGCAGGAACTAGAAATTAAAATGCAAGATCTTACATCTGAGGTGATCGCCAAAAG 3756
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 3417 CTCGAGGCAGGAACTAGAAATTAAAATGCAAGATCTTACATATGAGTTGATCGCCAAAAG 3476
Query 3757 TTCCAAATTGATGAGCTTTGATGAGCAAAGCTCTGAGTTGGTCCGTCTTAAGCAAATGGT 3816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 TTCCAAATTGATGAGCTTTGATGAGCAAAGCTCTGAGTTGGTCCGTCTTAAGCAAATGGT 3536
Query 3817 TTCCGATCTGGAGCTGGAGAAGGCAACTCACACTCATCGTCTGACAAGATATGAAACATC 3876
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3537 TTCCGATTTGGAGCTGGAGAAGGCAACCCACACTCATCGTCTGACAAGATATGAAACATC 3596
Query 3877 TCTGAGAAGCTTGACTCGTGATTCATCATATATTTCCGATTTGGAATCTCAGATACTTGA 3936
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3597 TCTGAGAAGCTTTACTCGTGATTCATCATATATTTCCGATTTGGAATCTCAGTTACTTGA 3656
Query 3937 AATGATGGAAATCTCAGTAGCAGCAGATATCCAGATTGTTTTCACAAGAACTGAATGGGA 3996
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3657 AATGATGGAATTCTCAGTAGCAGCAGATATCCAGATTGTTTTCACAAGAACGGAATGGGA 3716
Query 3997 GACTTATGCTGACAAGCTCCACAAGGATCATTTTGAGGTACTGACTGCCTTCAATGACTC 4056
|||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3717 GACTTATGCTTACAAGCTCCACAAGGAACATTTTGAGGTACTGACTGCGTTCAATGACTC 3776
Query 4057 TCGTAATGTAGGAGCTCAGCATATGAATGCTAATATAAAGTTGTTGGCAGATCTCGACTC 4116
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3777 TCGTAATGTAGGAGCTCAGCATATGGATGCTAATATAAAGTTGTTGGCAGATCTCGACTC 3836
Query 4117 CCTAAAATCAGAATTGAAAATTGAGAGAAATTTGAGAAACAACTTAGACAGAAGAGTTGA 4176
| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3837 CGTAAAAACAGAATTGAAAACTGAGAGAAGTTTGAGAAACAACTTAGACAGAAGAGTTGA 3896
Query 4177 AGAACTCACCTCTGAGTTAGATGAAAAACATTTGTTGTTAGAGAACTTTGATTTGCAGAA 4236
||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3897 AGAACTCGCCTCTGAGTTAGATGAAAAGCATTTGCTGTTGGAGAACTTTGATTTGCAGAA 3956
Query 4237 ATCTCAAGTGGAACTTTTGGAGAAGATGGTAGCTGAGCTGGAATCTGAAAAGTCTTTTCA 4296
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 3957 ATCTCAAGTGGAACTTTTGGAGAAGATGGCAGCTGAGCTGGAATCTGCAAAGTCTTCTCA 4016
Query 4297 ACGTTTGGAGTACGTTAGAAATGCTCATCGAGAGTCTTCTTTCATAGAAGAACTGTTTCA 4356
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4017 ACGTTTGGAGTATGTTAGAAATGCTCATCGAGAGTCTTCTTTTATAGAAGAACTGTTTCA 4076
Query 4357 GTGTCTAATGGCTGCAGATGTTCAGCTTATTTTTACAAAGATCCAGTCTGATATCTGTAT 4416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4077 ATGTCTAATGGCTGCAGATGTTCAGCTTATTTTTACAAAGATCCAGTCTGAGATCTGTAT 4136
Query 4417 CAATGAGTTTGCAGAACAACTTAGCTGCTGCTCTAATAGCCACCTTGAGTTTCAGAAGAA 4476
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4137 CAATGACCTTGGAGAACAACTTAGCTGCTGCTCTAAGAGCCACCTTGAGTTTCAGAAGAA 4196
Query 4477 GTACACTGATGTGGAATCTGCCCTTAACCATTGTCTAGTCAACGAAACGCGGTATATGGA 4536
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4197 GTACACTGATGTGGAATCTGCCCTAAACCATTGTCTAGTCAACGAAACGCGGTATATGGA 4256
Query 4537 CGAAAACAATCAGTTATTGATTAATCTTGAAGTCTTAAAGTCTGAGCTAGAGTCTTCCAT 4596
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4257 CGAAAACAATCAGTTATTGATTAGTCTTGAAGTCTTAAAGTCTGAACTAGAGTCTTCCAT 4316
Query 4597 GGCTAAAAGTAGAGCTCTTGCTGATAGAAATGATGAAATGTCAGCTGAACTCGAAGAGCA 4656
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4317 GGCTAAAAGTAGAGCTCTTGCTAATAGAAATGATGAAATGTCAGTTGAACTCGAAGAGCA 4376
Query 4657 CGCAACTAGGGATGAGAATGCAGAAAGAAGTTACTCTGAGAGAAGCTTATGTGCTCCTGA 4716
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4377 TGCAACTAGGGATGAGAATGCAGAAAGAAGTTGCTCTGAGAGAAGCTTATGTGCTCCTGA 4436
Query 4717 GGTCGAGCAATTAAAATCTTTGCTGTTTGGGTATGAAGAAGAAATAGAAAATTTGACGGT 4776
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4437 GGTCGAGCAATTGAAATCTTTGTTGTTTGGGTATGAAGAAGAAATAGAAAATTTGACGGT 4496
Query 4777 GTTAAAAGCGGAGGCGGAAATTACAGTTGAGATACTAAAAGATAAACTAACTGGGCTTTG 4836
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 4497 GTTAAAAGCTGAAGCGGAAATTACAGTTGAGATACTAAATGATAAACTAACTGGGCTGTG 4556
Query 4837 TGGGAAAGGTGCCAGTGAGCTTGAAACACTGAAAAATAGGTGCAGTGATCTCACTCAGAA 4896
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4557 TGGGAAAGGTGCCAGTGAGCTTGAAACACTGAAGAATAGGTGCAGTGATCTCACTCAGAA 4616
Query 4897 GCTCTCTGAGCAGATTTTGAAAACAGAAGAGTTCAAAAGCATGTCCAATCATTTGAAAGA 4956
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4617 GCTCTCTGAGCAGATTTTGAAAACAGAGGAGTTCAAAAGCTTGTCCAATCATTTGAAAGA 4676
Query 4957 GCTTAAGGACAATGCTGAAGCAGAATGCAATCGTGCTCGTGAAAAGGCCGACTACAAAGC 5016
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4677 ACTTAAGGACAATGCTGAAGCTGAATGCAACCGTGCTCGTGAAAAGGCCGACTATAAAGC 4736
Query 5017 CCCGCTAACTCCACAGCAGGAGTCGTTGAGAATCATTTTCATCAAAGAACAGTATGACAC 5076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4737 CCCGCTAACTCCACAGCAGGAGTCGTTGAGAATCATTTTCATCAAAGAACAGTATGAAAC 4796
Query 5077 CAAGCTGCAGGAACTTCAATATCAACTGACCATGTCCAAGAAGCATGGTGAGGAAATTCT 5136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4797 CAAGCTGCAGGAACTTCAATATCAACTGACCATGTCCAAGAAGCATGGTGAGGAAATTCT 4856
Query 5137 GATGAAATTACAAGATGCCATTGATGAGAATGAAGCAAGGAAAAAGGCAGAATCCAGCCA 5196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4857 GATGAAATTACAAGATGCCATTGATGAGAATGAAGCAAGGAAAAAGGCAGAATCCAGCCA 4916
Query 5197 ATTAAAGAGATCTAAAGAGCTGGAGGGA-AAAATATTGGAACTGGAGGCTGATCGACAAT 5255
|||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4917 ATTAAAGAGAACTAAAGAGCTGGAGG-ATAAAATATTGGAATTGGAGGCTGATCGACAAT 4975
Query 5256 CTGTTATCTATGATAAACGTGAGAAAACCACGGCTTATGACATGATGAAGGCAGAGCTGG 5315
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4976 CTGTTATCTATGATAAACGTGAGAAAACAACGGCTTATGACATGATGAAGGCAGAGTTGG 5035
Query 5316 ATTGCTCATTATTAAGCCTTGAGTGCTGCAAAGAAGAAAAACAGAAGCTTGAAGCTATTC 5375
|||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5036 ATTGTTCACTATTGAGCCTTGAGTGCTGCAAAGAGGAAAAACAGAAGCTTGAAGCTATTC 5095
Query 5376 TGCAACAATGCAAAGAGCAGAGTTTGAAAATGTCCAAAGAGCTAGAATCAAGGAGAGGAT 5435
| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5096 TACAGCAATGCAAAGAGGAGAGTTTGAAAATGTCCAAAGAGCTAGAATCAAGGAGAGAAT 5155
Query 5436 TAGTACAACGTTGCAGCTCTCAGAAAAATATTGAGATGGAAGAAAATGATAGATTAAATA 5495
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5156 TAGTACAACGTTGTAGCTCTCACAAAAATATTGAGATGGAAGAAAATGATAGATTAAATA 5215
Query 5496 GTG-AGGTGTCAGAGTTGGCTGACAAAAATACAATTGCAGTCTCTTCAGGCGACTCGGTG 5554
|| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5216 -TGGAGGTGTCGGAGTTGGCTGACAAAAGTACAATTGCAGTCTCTTCAGGCGACTTGGTG 5274
Query 5555 AACAACGGGCAAAGGGAAGTTGCTTGTATTGATCCTACAGTGCGGATCATCAGTCCCAGG 5614
||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5275 AACAATGAGCAAAGGGAAGTTGCTTGTTTTGATCCTACAGTGCGGATCATCAGTCCCAGT 5334
Query 5615 TCGATAATTCAGGGTACTATTCAATCGAGCAGTGTAAATGGAAACAGAGACCAATTACCT 5674
|| | |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5335 TCAAAAATTCAGGGTGCAATTCAATTGAGCAGTGTAAATGGAAATGGAGACCAATTACCT 5394
Query 5675 TCCGGAGAAGCAATGGCGCTGGACAAACGTGAAGAAAGCCTAGCTTTGATCAATGATAAA 5734
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||
Sbjct 5395 TCCGGAGAAGCAATGGCGCTGGACAAAAGTGAAGAAAGCGTAGCTTTGATTAATCATAAT 5454
Query 5735 TTCAGGGCAGAGACTTTAAGGTCTAGCATGGATCACCTAAACGATGAGCTAGAACGGATG 5794
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5455 TTCAGGGCAGAGACTTTAAGGTCTAGCATGGATAACTTAAACAATGAGCTAGAACGGATG 5514
Query 5795 AAGAATGAGAATCTACTTGAACCTCAAGATGATAATGATTCAGACACCAGATTTCCGGGT 5854
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5515 AAGAATGAGAATCTACTTCAACCTCAAGATGATAATGATTCAGACACCAGATTTCCGGGT 5574
Query 5855 TTGGAACAGGAGCTGATGCAGTTGCGTCAGGCAAAGGAAGAACTTCAGAGTATCTTCCCT 5914
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 5575 TTGGAACAGGAGCTGATACAGTTGCGTCAGGCAAAGGAAGAACTTCAAAGTATCTTCCCT 5634
Query 5915 CTATCTCAAGAGAATTTCAGTTGCGGAAACGCATTGGAAAGGGTTCTTGCACTGGAAATA 5974
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5635 CTATCTCAAGAGAATTTCAGTTGCGGAAATGCATTGGAAAGGGTTCTTGCACTGGAAATA 5694
Query 5975 GAACTCGCTGAAGCATTGCGTGGAAAGAAAAAATCAACCACCCATTTCCAGAGCTCTTTC 6034
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5695 GAACTTGCTGAAGCATTGCGTGGAAAGAAAAAATCAACCATACATTTCCAGAGCTCTTTC 5754
Query 6035 TTGAAGCAACACACCGATGACGAAGCAATCTTCCAGAGTTTCAGAGACATAAACAATCTA 6094
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5755 TTGAAGCAACACACTGATGACGAAGCAATCTTCCAGAGTTTCAGAGACATAAATAATCTA 5814
Query 6095 ATTGAAGAAATGTTGGATACCAAAGGCCGGTATTCGTCTATGGAGACAGAGCTTAGGGAA 6154
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5815 ATTGAAGAAATGCTGGAGACCAAAGGCCGGTATTCGTCTATGGAGACAGAGCTTAGGGAA 5874
Query 6155 ATGCATGACCGTTATTCTCAGCTAAGCCTCAAGTTTGCAGAGGTTGAAGGAGAGAGACAA 6214
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5875 ATGCACGACCGTTATTCTCAGCTAAGCCTCAAGTTTGCAGAGGTTGAAGGAGAGAGACAA 5934
Query 6215 AAGCTGATGATGACTCTGAAGAACGTTAGGGCATCAAAGAAGGCTATGCTCTTGAACCGT 6274
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5935 AAGCTCATGATGACTCTGAAGAACGTAAGGGCATCGAAGAAGGCTATGCTCTTGAACCGT 5994
Query 6275 TCATCATCAGCAACTCTTGGTGAACATTAATGCACAGATGTTACTTACCATGTAT 6329
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5995 TCATCATCAGCAACTCTTGGTGAACATTAATGCACAGAAGTTACTTACCATGTAT 6049
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 250685233351
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5