BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G22610.1
Length=3298
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg921284 jgi|Araly1|921284|scaffold_102565.1 5012 0.0
> Ahg921284 jgi|Araly1|921284|scaffold_102565.1
Length=3118
Score = 5012 bits (2714), Expect = 0.0
Identities = 3001/3137 (96%), Gaps = 29/3137 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 169 TTTCTAAGTTTATCCGAATATGAATAAACTAGTTGTAGAAATCGTTGACGCTAGCGATTT 228
|||| || |||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 TTTC-AAATTTAACCGAATATGAGTAAACTAGTTGTTGAAATCGTTGACGCTAGCGATTT 61
Query 229 GATGCCAAAAGACGGACAAGGCTCAGCGAGTCC-TTTCGTAGAAGTTGAATTCGACGAAC 287
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||
Sbjct 62 GATGCTTAAAGACGGACAAGGCTCAGCGAGTCCGTTT-GTTGAAGTTGAATTCGACCAAC 120
Query 288 AGCGTCAGAGAACGCAAACGCGGTTTAAAGATCTAAACCCTCAGTGGAACGAGAAGTTGG 347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 121 AGCGTCAGAGAACGCAAACGCGGTTTAAAGATCTAAACCCTCAGTGGAACGAGAAGTTAG 180
Query 348 TTTTTAACGTCGGTGACTTGAAGCGTTTGAATAACAAGACTGTCGACGTCACTGTTTACG 407
|||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTTCAACGTCGGTGACTTCAAGCGTTTGAATAATAAGACTATCGACGTCACTGTTTACG 240
Query 408 ATGACCGCCGTGATAATCAGCCTGGGAAGTTTCTCGGCCGTGTTAAAAT-TGCCGGTGCG 466
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||
Sbjct 241 ATGACCGCCGTGATAACCAACCTGGGAAGTTTCTTGGCCGTGTTAAAATCT-CCGGCGCG 299
Query 467 GTTGTTCCGTTATCGGAATCTGAATCCGGTGTTCAGAGATATCCTCTTGATAAACGAGGT 526
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GTTGTTCCGTTATCGGAATCTGAATCCGATGTTCAGAGGTATCCTCTTGATAAACGAGGT 359
Query 527 TTGTTTTCTAACATTAAAGGTGATATCGCTTTGAGAATCTACGCCGCTCCTATCGACGGC 586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 360 TTGTTTTCTAACATTAAAGGTGATATCGCTTTGAGAATCTACGGTGCTCCGATTGACGGC 419
Query 587 GGCGATTTCGTCTCTCCTCCGCCGGATTTTGCTGAGAAAGTGATGAAAGAAGATAAGAGA 646
|| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||
Sbjct 420 GGTGATTTCGTCTCTCCGCCGGCGGATTTTGCTGAGAAAGTGACGAAAGAGGAGAAGAGA 479
Query 647 TTCGAATCTCAGGAGTTTCAATTTCAAAATCAGAATCAGAATCAGAATCACTACGAGCAG 706
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | | ||||
Sbjct 480 TTCGAATCTCAGGAGTTTCAATTTCAAAATCAGAATC---A-C----T---T-CCAGCAA 527
Query 707 TTTGAAGATGAGA-T--TAATAACATGGAGACGTTGAAGCCGACGAAGAAGAAAGAGAAA 763
||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 TTTGAAGATGAGATTGATAATAACATGGAGACGATGAAGCCGACGAAGAAGAAAGAGAAA 587
Query 764 G-AGTCGAGAACTTTTCACTCAATCGGTGCTCACGCCGGAGGAGGAGGAGGAGCTCCACC 822
| || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 GAAG-CAAGGACTTTTCACTCAATCGGTGCTCACGCCGGAGGAGGAGGAGGAGCTCCACC 646
Query 823 GATGTCACAAGCGAAACAAGCTTATCCTCCACCTCCGAATCAACCGGAGTTTAGGTCAGA 882
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 GATGTCACAAGCGAAACCGGCTTATCCTCCACCTCCTAATCAACCGGAGTTTAGGTCAGA 706
Query 883 TTTCATGAGAGCTCCAGGACCACCGACTGGAGCAGTAATGCAGATGCAACCTCCGAGACA 942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 707 TTTCATGAGAGCTCCAGGACCACCGACTGGAGCAGTAATGCAGATGCAACCTCCGAG--A 764
Query 943 GCAGAATCCGGAGTTTCAGCTAATTGAAACTAGTCCTCCTTTAGCAGCTCGTATGAGACA 1002
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 765 -CAGAATCCAGAGTTTCAGCTAATTGAAACTAGTCCTCCTCTAGCAGCTCGTATGAGACA 823
Query 1003 ATCTTACTATTACAGAAGCAGTGGAGATAAAACGTCGAGCACATACGATCTCGTTGAGCA 1062
||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 ATCGTACTATTATAGAAGCAGCGGAGATAAAACCTCGAGCACATACGATCTCGTTGAGCA 883
Query 1063 GATGCATTACCTCTACGTTAGCGTCGTGAAAGCTCGAGATCTTCCTGTCATGGATGTTTC 1122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 884 GATGCATTACCTCTACGTTAGCGTCGTGAAAGCTCGAGATCTTCCGGTGATGGATGTTTC 943
Query 1123 CGGTAGCTTAGATCCTTACGTTGAAGTGAAGCTAGGGAACTACAAAGGTTTAACGAAGCA 1182
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 944 CGGTAGTTTAGATCCTTATGTTGAAGTGAAGCTAGGGAACTACAAAGGTTTAACGAAACA 1003
Query 1183 TTTGGAGAAGAATTCGAATCCGATCTGGAAACAGATCTTTGCCTTCTCTAAAGAGAGATT 1242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 TTTGGAGAAGAATTCGAATCCGATCTGGAAACAGATCTTCGCCTTCTCTAAAGAGAGATT 1063
Query 1243 ACAATCGAATCTTCTTGAAGTCACTGTGAAAGATAAAGATCTTTTGACTAAAGACGATTT 1302
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1064 GCAATCGAATCTTCTTGAAGTTACTGTGAAAGATAAAGATCTTTTGACCAAAGACGATTT 1123
Query 1303 CGTTGGAAGAGTTCATATTGATCTCACTGAAGTTCCTCTTAGAGTTCCTCCAGATAGTCC 1362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1124 CGTTGGAAGAGTTCATATTGATCTCACTGAAGTTCCTCTTAGAGTTCCTCCTGATAGTCC 1183
Query 1363 TTTGGCTCCACAGTGGTACAGGTTAGAGGATAAGAAAGGTATGAAGACGAACAGAGGAGA 1422
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 TCTGGCTCCACAGTGGTACAGGCTAGAGGATAAGAAAGGTATGAAGACGAACAGAGGAGA 1243
Query 1423 GATTATGCTTGCTGTTTGGATGGGAACTCAAGCTGATGAGTCGTTTCCAGATGCTTGGCA 1482
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1244 GATTATGCTTGCTGTGTGGATGGGAACTCAAGCTGATGAGTCGTTTCCAGACGCTTGGCA 1303
Query 1483 CTCGGATGCGCACCGAGTGAGCCATTCGAATCTT-TCAAATACGCGGTCCAAAGTTTACT 1541
||||||||||||||| |||||||| |||||| || || || |||||||| ||||||||||
Sbjct 1304 CTCGGATGCGCACCGTGTGAGCCACTCGAAT-TTGTCGAACACGCGGTCTAAAGTTTACT 1362
Query 1542 TCTCGCCGAAGCTGTATTACTTGAGAATTCACGTAATGGAAGCTCAGGATCTTGTTCCGT 1601
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1363 TTTCGCCGAAGCTGTATTACCTGAGAATTCACGTAATGGAGGCTCAGGATCTTGTTCCGT 1422
Query 1602 CTGATAAAGGTAGAGTACCTGATGCGATTGTGAAGATTCAAGCGGGGAATCAGATGAGAG 1661
|||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1423 CTGATAAAGGCAGAGTACCTGATGTGGTTGTGAAGATTCAAGCGGGGTTTCAGACGAGAG 1482
Query 1662 CGACGAGGACGCCTCAGATGCGGACGATGAATCCGCAGTGGCATGAGGAGCTTATGTTTG 1721
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1483 CGACGAGGACGCCTCAGATGCGGACAATGAATCCGCAGTGGCACGAGGAGCTTATGTTTG 1542
Query 1722 TTGTGTCTGAGCCGTTTGAGGATATGGTGATTGTTTCTG-TTGATGATAGGATTGGTCCA 1780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1543 TTGTGTCTGAGCCGTTTGAGGATATGGTGATTGTTTC-GATTGATGACAGGATTGGTCCA 1601
Query 1781 GGGAAAGATGAAATATTGGGGAGGGTGTTTATACCTGTGAGGGATGTTCCGGTCAGGCAA 1840
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 GGGAAAGATGAGATATTGGGGAGGGTGTTTATACCGGTGAGGGATGTTCCGGTCAGGCAA 1661
Query 1841 GAGGTTGGGAAAATGCCTGATCCACGGTGGTTTAATCTACAAAGACATTCAATGTCTATG 1900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 GAGGTTGGGAAAATGCCTGATCCACGGTGGTTTAATCTACAAAGACATTCAATGTCTATG 1721
Query 1901 GAGGAAGAGAATGAGAAAAGAAAAGAGAAGTTCTCTAGTAAGATTCTGCTTCGGGTTTGT 1960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 GAGGAAGAGAATGAGAAAAGAAAAGAGAAGTTCTCTAGTAAGATTCTGCTTCGGGTTTGT 1781
Query 1961 ATAGAAGCAGGGTACCATGTCCTTGACGAGTCCACTCATTTCAGCAGCGATCTTCAACCT 2020
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 ATAGAAGCAGGTTACCATGTCCTTGACGAGTCCACACATTTCAGCAGCGATCTTCAACCG 1841
Query 2021 TCTTCAAAGCATTTGAGGAAGCCGAGTATTGGGATTCTTGAGCTTGGGATTCTCAGTGCT 2080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 TCTTCAAAGCATTTGAGGAAGCCGAGTATTGGGATTCTTGAGCTTGGGATTCTCAGTGCT 1901
Query 2081 AGGAACTTGATGCCTATGAAAGGTAAAGATGGGAGAATGACTGATCCCTATTGTGTGGCG 2140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 AGGAACTTGATGCCTATGAAAGGTAAAGATGGGAGAATGACTGATCCCTATTGTGTGGCG 1961
Query 2141 AAATATGGTAACAAATGGGTCAGAACCAGGACTCTTTTAGACGCACTTGCGCCTAAGTGG 2200
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1962 AAATATGGTAACAAATGGGTGAGAACAAGGACTCTTTTAGACGCGCTTGCGCCTAAGTGG 2021
Query 2201 AACGAGCAATATACTTGGGAAGTTCATGATCCTTGCACGGTCATAACAATTGGAGTCTTT 2260
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 AACGAGCAGTATACTTGGGAAGTTCATGATCCTTGCACGGTCATAACAATTGGAGTCTTT 2081
Query 2261 GACAATAGTCATGTCAACGATGGTGGTGACTTTAAGGACCAGAGGATTGGGAAAGTTAGA 2320
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 GACAATAGTCATGTCAACGATGGTGGTGACTCTAGGGACCAGAGGATTGGGAAAGTTAGA 2141
Query 2321 GTCAGGCTATCTACGCTGGAGACAGACCGGGTTTACACTCATTTCTACCCGTTGCTGGTT 2380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2142 GTCAGGCTATCTACGCTGGAGACAGACCGGGTTTACACTCATTACTACCCGCTGCTGGTT 2201
Query 2381 CTTACACCTGGTGGTTTAAAGAAGAATGGTGAACTTCAGCTAGCTCTGAGGTACACCTGC 2440
|||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 CTTACACCGGGTGGTCTAAAGAAGAATGGTGAGCTTCAGCTAGCTCTGAGGTACACCTGC 2261
Query 2441 ACCGGCTTTGTTAACATGATGGCACAGTATGGAAGACCGTTGTTGCCCAAAATGCATTAT 2500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2262 ACCGGCTTTGTTAACATGATGGCACAGTATGGAAGACCGTTGTTACCCAAAATGCATTAT 2321
Query 2501 ATTCAACCAATACCAGTCAGGCATATTGACTTGCTTAGGCATCAGGCGATGCAAATAGTT 2560
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 ATTCAACCAATACCAGTCAGGCATATCGACTTGCTTAGGCATCAGGCGATGCAAATAGTT 2381
Query 2561 GCAACAAGACTATCAAGGTCCGAGCCACCTCTGAGACGAGAGGTTGTGGAGTACATGCTT 2620
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 GCAACAAGACTATCAAGGTCCGAACCACCTCTGAGACGAGAGGTTGTGGAGTACATGCTT 2441
Query 2621 GATGTAGACTACCATATGTTCAGTCTCAGGAGAAGCAAAGCTAATTTCAGCAGAATCATG 2680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2442 GATGTAGACTACCATATGTTCAGTCTCAGGAGAAGCAAAGCTAATTTCAGCAGAATCATG 2501
Query 2681 TCGCTTCTCTCCTCGGTCACTCTGGTCTGCAAGTGGTTCAACGATATCTGCACATGGAGA 2740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 TCGCTTCTCTCCTCGGTCACTCTGGTCTGCAAGTGGTTCAACGATATCTGCACATGGAGA 2561
Query 2741 AACCCGATCACAACGTGTCTGGTTCACGTTCTGTTCCTGATTCTTGTCTGCTACCCAGAA 2800
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 AACCCGATCACAACGTGTCTAGTTCACGTTCTGTTCTTGATTCTTGTCTGCTACCCAGAA 2621
Query 2801 CTGATTTTACCCACAGTCTTCCTCTACCTCTTTGTGATAGGCATGTGGAATTACCGGTAC 2860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 CTGATTTTACCCACAGTCTTCCTCTACCTCTTTGTGATAGGCATGTGGAATTACCGGTAC 2681
Query 2861 AGACCAAGACACCCACCTCACATGGACGCTCGAGTGTCCCAAGCAGACAATGCACACCCA 2920
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2682 AGACCAAGACACCCACCTCACATGGACGCTCGTGTGTCCCAAGCAGACAACGCACACCCA 2741
Query 2921 GACGAGCTAGACGAAGAGTTCGACACTTTCCCGACCAGCAGACCGGCAGACATTGTCAGA 2980
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2742 GACGAGCTAGATGAAGAGTTCGACACTTTCCCCACCAGCAGACCGGCAGATATTGTCAGA 2801
Query 2981 ATGAGGTATGATAGGCTTAGGAGCGTCGGTGGTAGAGTTCAGACAGTCGTAGGCGATCTG 3040
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2802 ATGAGGTATGATAGGCTTAGGAGCGTTGGTGGTAGAGTTCAGACAGTTGTAGGCGATCTG 2861
Query 3041 GCGACTCAAGGGGAGAGAATTCAAGCTCTTCTTAGCTGGAGAGACCCGAGAGCAACTGCT 3100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 GCGACTCAAGGGGAGAGAATTCAAGCTCTTCTTAGCTGGAGAGACCCGAGAGCAACTGCT 2921
Query 3101 TTATTCATCGTCTTCGCATTGATCTGGGCCGTGTTTATCTATGTCACACCGTTCCAGGTG 3160
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2922 TTATTCATCGTCTTTGCATTGATCTGGGCCGTGTTTATCTATGTCACACCATTCCAGGTG 2981
Query 3161 ATTGCAATCATAATCGGTCTGTTCATGCTGCGTCATCCACGGTTCAGGAGCAGAATGCCT 3220
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2982 ATTGCAATCATAATCGGGCTGTTCATGCTGCGCCATCCACGGTTCAGGAGCAGAATGCCT 3041
Query 3221 TCAGTACCTGCCAATTTCTTCAAGAGATTACCAGCCAAGTCAGATATGCTACTGTAAGTG 3280
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3042 TCAGTACCTGCTAATTTCTTCAAGAGATTACCAGCCAAGTCAGATATGCTACTGTAAGTG 3101
Query 3281 TAAAAGACAAAAACCAA 3297
|||||||||||||||||
Sbjct 3102 TAAAAGACAAAAACCAA 3118
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124486321283
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5