BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G22620.1
Length=3109
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472501 jgi|Araly1|472501|fgenesh2_kg.1__2455__AT1G22620.1 5068 0.0
> Ahg472501 jgi|Araly1|472501|fgenesh2_kg.1__2455__AT1G22620.1
Length=3056
Score = 5068 bits (2744), Expect = 0.0
Identities = 2981/3090 (96%), Gaps = 37/3090 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 23 CACGATCCTAAAATAGAAAAGTACGAAAACACCCCTTATCTTCCGAACACTTTTCCGATC 82
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 CACGATCCTAAACTGGAAAAGTACGAAAACACCCCTTATCTTCCGAACA-TTTTCCGATT 59
Query 83 GCAAAATGATCGCCTGAAACCATCGCCGGCTTCAGAGTGTTTGATCGTTTCTCCAGATAG 142
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||
Sbjct 60 GCAAAATGATCGCCTGAAACCATCGCCGGCTTCAGAGTATCTGATCGTTTCTCC----AG 115
Query 143 ATAGATTGATCCAATATGGCGAAATCGGAAAACTCAACGACTTCGACTTTCTCTTCTTTC 202
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 116 ATAGATTGATCCATTATGGCGAAATCGGAAAACTCAACGACTTCTACTTTCTCTTCTTTC 175
Query 203 GCCAACAAGATTCAACCGTCCAACGATGCAGAGTCCGATCCCGATTCGTATGCCCTCGAG 262
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 176 G-C--CAAGATTCAACCGTCCAACGATGCAGAGTCCGATCCCGATTCGTACGCCCTCGAG 232
Query 263 AAATTCAAACTCTACGAAACCAGAGCGAGGTTTTATCTAGTAGGGAGTGATAGGAATAAA 322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 233 AAATTCAAACTCTACGAAACCAGAGCGAGGTTTTATCTAGTGGGGAGTGATAGGAATAAA 292
Query 323 AGATTCTTCAGAGTGTTGAAGATTGATCGTTCAGAGCCATCTGAGCTTAATATTAGTGAA 382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 293 CGATTCTTCAGAGTGTTGAAGATTGATCGTTCAGAGCCATCTGAGCTTAACATTAGTGAA 352
Query 383 GATCCTGTTGTATATTCGCCTCAAGAGATCAAGAGTCTGCTTCAGCGTATCGCTGAAGGC 442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 GATCCTGTTGTATATTCGCCTCAAGAGATCAAGAGTCTGCTTCAGCGTATCGCTGAAGGC 412
Query 443 AATCGTGCCACGGGAGGATTGGCTTTTGTGGCCAAAGTCTATGGAATTGCTGGTTGTGCT 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 AATCGTGCCACGGGAGGATTGGCTTTTGTGGCCAAAGTCTATGGAATTGCTGGTTGTGCT 472
Query 503 AAGTTTATGGAGTCATACTATTTAGTTTTGGTTACAAAACGGCGACAGATTGGATGTATA 562
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 473 AAGTTTATGGAGTCTTACTATTTAGTTTTGGTGACAAAACGGCGGCAGATTGGATGTATA 532
Query 563 TGCGGGCATGCGATATATGCTATTGATGAAAGTCAAATGATCAGTGTTCCACATGCAACT 622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 TGCGGGCATGCGATATATGCTATTGATGAAAGTCAAATGATCAGTGTTCCACATGCAACT 592
Query 623 ATTCAATCTGATGTTGCGAATTCCAAAACTGAACTAAGGTACAAGAAGCTTCTGTCAAGT 682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 ATTCAATCTGATGTTGCGAATTCCAAAACTGAACTAAGGTACAAGAAGCTTCTGTCAAGT 652
Query 683 GTAGATTTGACAAAAGATTTCTTCTACAGTTACACTTACCCTATAATGCAAAGCTTGCAA 742
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 653 GTAGATTTGACAAAAGATTTCTTCTACAGTTACACTTATCCTATAATGCAAAGCTTGCAA 712
Query 743 AAGAATGTTCTATCATCTGGTGAGGAAGGGATGCCTTATGATAACATATTCGTATGGAAT 802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 AAGAATGTTCTATCATCTGGTGAGGAAGGGATGCCTTATGATAACATATTCGTATGGAAT 772
Query 803 TCGTATCTGACGCAGCCTATTCGATCAAGGTGCAACAACACTATTTGGACACTGGCATTA 862
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 TCGTATCTGACGCAGCCTATTCGATCAAGATGCAACAACACTATTTGGACACTGGCATTA 832
Query 863 GTTCATGGGCACTTTAAGCAGATAAGACTATCAATATATGGAAGAGACTTCAGTGTTACT 922
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 833 GTTCATGGGCATTTTAAGCAAATAAGACTATCAATATATGGAAGGGACTTCAGTGTTACT 892
Query 923 TTAGTCTCCAGACGTTCTCGACATTTTGCAGGCACACGTTACTTGAAAAGGGGAGTGAAT 982
||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 CTAGTCTCTAGGCGTTCTCGACATTTTGCTGGCACACGTTACTTGAAAAGGGGAGTGAAT 952
Query 983 GATCGTGGAAGGGTTGCAAATGATGTTGAAACAGAACAACTTGTTCTTGATGATGAAGCT 1042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 GATCGTGGAAGGGTTGCAAATGATGTTGAAACAGAACAACTTGTTCTTGATGATGAAGCT 1012
Query 1043 GGATCATGCAAAGGAAAAATGAGCTCAGTGGTGCAGATGCGAGGGTCAATTCCACTCTTT 1102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 GGATCATGCAAAGGAAAAATGAGCTCAGTGGTGCAGATGCGAGGGTCAATTCCACTCTTT 1072
Query 1103 TGGTCACAAGAGGCCTCCAGATTTAGTCCTAAGCCTGATATCTTCTTACAGAGGTATGAC 1162
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1073 TGGTCGCAAGAGGCCTCCAGATTTAGTCCTAAGCCTGATATTTTCTTACAGAGGTATGAT 1132
Query 1163 CCTACATATGAGTCAACCAAAATGCATTTTGAAGACCTGGTGAATCGATATGGGAATCCG 1222
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1133 CCTACATATGAGTCAACCAAAATGCATTTTGAAGACCTGGTGAATCGATATGGGAACCCG 1192
Query 1223 ATCATTGTGCTCAACTTAATTAAGACAGTTGAGAAAAGGCCAAGGGAAATGGTGCTAAGA 1282
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1193 ATCATTGTGCTCAACTTAATTAAGACTGTTGAGAAAAGGCCTAGGGAAATGGTGCTAAGA 1252
Query 1283 CGTGAGTTTGCGAATGCTGTGGGTTATCTAAATTCAATTTTTCGTGAAGAAAATCATCTC 1342
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 CGTGAGTTTGCGAATGCAGTGGGTTATCTAAATTCAATTTTTCGTGAAGAAAATCATCTC 1312
Query 1343 AAATTCATCCACTGGGATTTCCATAAATTTGCGAAGAGCAAGTCGGCGAATGTATTGGCT 1402
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1313 AAATTCATCCACTGGGATTTCCATAAATTTGCAAAGAGCAAGTCGGCGAATGTATTAGCT 1372
Query 1403 GTTTTGGGTGCTGTAGCAAGCGAAGCCCTTGATTTGACTGGATTATATTTCAGCGGCAAG 1462
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1373 GTTTTGGGTGCTGTAGCAAGTGAAGCCCTTGATTTGACTGGATTATACTTCAGCGGCAAG 1432
Query 1463 CCTAAAATTGTTAAGAAGAAGGCTAGCCAACTTAGTCATGCTAACACTGCAAGGGAACCT 1522
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1433 CCTAAAATTGTTAAGAAGAAGGCTAAACAACTTAGTCATGCTAGCACTGGAAGGGAACCT 1492
Query 1523 TCTCTGCGTGATCTAAGAGCTTACTCTGCGGAACTTTCAAGGGGTGAGAGTGCAAATGAT 1582
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1493 TCTCTACGTGATCTCAGAGCTTACTCTGCGGAACTTTCAAGGGGTGAGAGTTCAAATGAT 1552
Query 1583 ATACTTAGTGCTCTTGCTAATCGAGAGAAAGAGATGAAGCTAACCCAACaaaaaaaaGAC 1642
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1553 ATACTTAGTGCTCTTGCTAATCGAGAGAAGGAGATGAAGCTAAGCCAACAAAAAAAAGAC 1612
Query 1643 GAGGGAACTAATTCTTCAGCTCCTCGTTACCAAAGTGGTGTTCTGCGTACTAACTGTATC 1702
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1613 GAGGGAACTGATTCTTCAGCTCCGCGTTACCAAAGTGGTGTTCTGCGTACTAACTGCATT 1672
Query 1703 GATTGCTTGGATCGAACAAATGTAGCACAGTATGCATATGGTTTGGCTGCTTTAGGCCGG 1762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 GATTGCTTGGATCGAACAAATGTAGCACAGTATGCATATGGTTTGGCTGCTTTAGGCCGG 1732
Query 1763 CAGCTGCATGCAATGGGTTTGAGCGATACACCTAAGATCGACCCTGACAGTAGCATAGCT 1822
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 CAGCTGCATGCAATGGGTTTGAGCGATACACCTAAAATCGACCCTGACAGTAGCATAGCT 1792
Query 1823 GCTGCACTTATGGATATGTACCAGAGCATGGGAGATGCCCTTGCACAACAATATGGCGGC 1882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 GCTGCACTTATGGATATGTACCAGAGCATGGGAGATGCCCTTGCACAACAATATGGCGGC 1852
Query 1883 TCAGCTGCTCATAACACTGTTTTCCCAGAAAGGCAGGGGAAATGGAAGGCCACGACACAG 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1853 TCAGCTGCTCATAACACTGTTTTCCCAGAAAGGCAGGGGAAATGGAAGGCCACAACACAG 1912
Query 1943 TCTAGAGAGTTTCTCAAGTCTATCAAACGATACTACAGCAATACCTACACTGATGGCGAA 2002
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1913 TCTAGAGAGTTTCTCAAGTCTATCAAACGATACTACAGCAATACCTACACCGATGGCGAA 1972
Query 2003 AAGCAAGACGCCATAAACTTATTCTTGGGCTACTTTCAACCTCAGGAAGGGAAACCTGCG 2062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 AAGCAAGACGCCATAAACTTATTCTTGGGCTACTTTCAACCTCAGGAAGGGAAACCTGCG 2032
Query 2063 CTCTGGGAGCTGGATTCTGATTACTATCTCCATGTTTCAGGGATTGGAGATGATATTTTC 2122
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 CTCTGGGAGCTGGATTCTGATTATTATCTCCATGTTTCAGGGATTGGAGATGATATTTTC 2092
Query 2123 CCAGATATCGGGGTCCAGTCCATTGCTAAACCTATGAGTGGTATTGGAGTCAATCTTGCA 2182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 CCAGATATCGGGGTCCAGTCCATTGCTAAACCTATGAGTGGTATTGGAGTCAATCTTGCA 2152
Query 2183 CCAGTGCCAGCTTTCAGAGACGACTTCTCGCGGAAGAAGCTGACATCGTTTGACAAACTG 2242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 CCAGTGCCAGCTTTCAGAGACGACTTCTCGCGGAAGAAGCTGACATCGTTTGACAAACTG 2212
Query 2243 ATAGAGCAGACATGCAGTTCAATAAAGAACGTGAGGCTTTGTAGTGAGACAGACCAAAGG 2302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 ATAGAGCAGACATGCAGTTCAATAAAGAACGTGAGGCTTTGTAGTGAGACAGACCAAAGG 2272
Query 2303 CCAGGTGGCAACACTGGAAGCACTGGTGTGGCTCCTGATGCAGCTGAGATTCAACTCAAG 2362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2273 CCAGGTGGCAACACTGGAAGCACTGGTGTGGCTCCTGATGCAGCTGAGATTCAGCTCAAG 2332
Query 2363 AGCCCCAATTGGCTGTTTGGTTCAAGAAAGCCCGAAGAGAGTAGCTCTGCCACAAAATCT 2422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2333 AGCCCCAATTGGCTGTTTGGTTCAAGAAAGCCCGAAGAGAGTAGTTCTGCCACAAAATCT 2392
Query 2423 GGTGCAGACGATAGTGAGAAAGGAGTAACCTCGACTGAGAGAGTCAACGATTTCTGCAAC 2482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 GGTGCAGACGATAGTGAGAAAGGAGTAACCTCGACTGAGAGAGTCAACGATTTCTGCAAC 2452
Query 2483 TTGGACTGGCTTTCTAAGTCCGACCGTCATCAAGGAGATATCTTCCAAAGGTATCTATCG 2542
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 TTGGACTGGCTTTCTAAGTCCGACCGTCATCAAGAAGATATCTTCCAAAGGTATCTATCG 2512
Query 2543 ATTACATCAACCAATGAAGCCAATGGTTGGTATGGTGGCACTCTCCTCGGTGACCAAGAT 2602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 ATTACATCAACCAATGAAGCCAATGGTTGGTATGGTGGTACTCTCCTCGGTGACCAAGAT 2572
Query 2603 GAAAACAGCGAAATTTACAGACATTACGCCCAATTCTGTCAGTGTCCAGCGATGGAACCA 2662
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 GAAAACAGCGAAATTTACAGACATTACGCTCAATTCTGTCAGTGTCCAGCGATGGAACCA 2632
Query 2663 TTTGAGAACGATCATGAGTTTGAACAGAACTTTGCGGAAGTTCTCCGCATGAACACAATC 2722
|||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2633 TTTGAGAATGATCATGAGTTAGAACAAAACTTTGCGGAAGTTCTCCGCATGAACACAGTT 2692
Query 2723 GATGTAATGGACATTGAAGAAGAAGAAACGGAGATGGAAAGCGATTTCAATGAATACACT 2782
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2693 GATGTAATGGACATTGAAGAAGAAAAAACAGAGATGGAAAGCGCTTTCAATGAATACACA 2752
Query 2783 CAGATCGGTAGCGATCTCGGGATCATTCCAATGCAATGCAAACACTTTGCTAGTGATCCT 2842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2753 CAGATCGGTAGCGATCTCGGGATCATTCCAATGCAATGCAAACACTTTGCTGGTGATCCT 2812
Query 2843 TGTTGGCTAGCCAGATGGCTTGTCGGAGATGATAAGGTCCCGAAGGTCATTTAATCACGA 2902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TGTTGGCTAGCCAGATGGCTTGTCGGAGATGATAAGGTCCCAAAGGTCATTTAATCACGA 2872
Query 2903 AACCAATGATTTTGCTCCCCAAGAACGTCACGGAGACACTTCTTTTTTGGTTGCATGTTT 2962
||||||||| | || | || | | |||||||||||||||||||
Sbjct 2873 AACCAATGA-----------A-GA-C---AC-----C--T-CTTTTTTGGTTGCATGTTT 2908
Query 2963 GTGAATGTGTTCGAG-TGTGCATTTTGTGTAGATATATGTA-A-GAAGGGACAAACCCAA 3019
||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||
Sbjct 2909 GTGAATGTGTTTG-GCTGTGCATTTTGTGTAGATATATATATAAGAAGGGACAAACCCAA 2967
Query 3020 AGCAATATTTTGTACCCCAAAAAATATTTGTTGGTTTATGATTAAGCTCACGTATAATAC 3079
| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2968 AACAATATTTTGTACCC-AAAAAATATTTGTTGGTTTATGATTAAGCTCACGTATAATAC 3026
Query 3080 AGAATATACGAATGATTCAACCTCAGAGGC 3109
||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 3027 AGAATATACGAATGATTTAACCCCAGAGGC 3056
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117432225335
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5