BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G22770.1
Length=4136
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg921302 jgi|Araly1|921302|scaffold_102583.1 5928 0.0
> Ahg921302 jgi|Araly1|921302|scaffold_102583.1
Length=3568
Score = 5928 bits (3210), Expect = 0.0
Identities = 3440/3553 (97%), Gaps = 7/3553 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 342 CTGGATGGCTAGTTCA---TCTTCATCTGAGAGATGGATCGATGGTCTTCAGTTCTCTTC 398
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 17 CTGGATGGCTAGTTCATCTTCTTCATCTGAGAGATGGATTGATGGTCTACAGTTCTCTTC 76
Query 399 CTTGTTATGGCCTCCGCCACGAGATCCTCAACAACATAAGGATCAAGTCGTTGCTTATGT 458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 77 CTTGTTATGGCCTCCGCCACGAGATCCTCAACAACATAAGGATCAAGTCGTTGCTTATGT 136
Query 459 TGAATATTTTGGTCAATTTACATCAGAGCAATTCCCAGATGACATTGCTGAGTTGGTCCG 518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 137 CGAATATTTTGGTCAATTTACATCAGAGCAATTCCCAGATGACATCGCTGAGTTGGTCCG 196
Query 519 GCATCAGTATCCATCAACTGAGAAGCGACTTTTAGACGATGTGCTGGCGATGTTTGTCCT 578
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 197 GCATCAGTATCCATCAACTGAGAAGCGGCTTTTGGACGATGTGCTGGCCATGTTTGTCCT 256
Query 579 TCATCATCCGGAGCATGGTCATGCAGTCATTCTTCCAATCATTTCATGTCTTATTGATGG 638
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 257 CCATCATCCCGAGCATGGTCATGCAGTAATTCTTCCAATCATTTCATGTCTTATTGATGG 316
Query 639 CTCGTTGGTGTACAGCAAGGAAGCTCATCCGTTTGCCTCTTTCATATCTTTAGTTTGCCC 698
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 317 CTCGTTGGTGTACTGCAAGGAAGCTCATCCGTTTGCCTCTTTCATATCTTTAGTTTGCCC 376
Query 699 AAGTAGTGAGAATGACTATTCGGAGCAATGGGCTTTGGCATGTGGAGAAATCCTTCGCAT 758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 377 AAGTAGTGAGAATGACTATTCGGAGCAATGGGCTTTGGCATGCGGAGAAATCCTTCGCAT 436
Query 759 TTTGACTCATTACAACCGTCCCATTTATAAAACTGAGCAGCAAAATGGAGATACAGAGAG 818
||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 437 TTTGACTCATTACAATCGTCCCATATATAAGACTGAGCAACAAAATGGAGAAACCGAGAG 496
Query 819 AAATTGTCTGAGCAAAGCTACAACTAGTGGTTCTCCGACTTCAGAGCCTAAGGCTGGATC 878
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 497 AAATTGTTTGAGCAAAGCTACAACAAGTGGTTCTCCGACTTCAGAGCCTAAGGCTGTATC 556
Query 879 ACCAACACAGCATGAAAGGAAACCTTTAAGGCCTTTGTCTCCATGGATCAGTGATATACT 938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 ACCAACACAGCATGAAAGGAAACCTTTAAGGCCTTTGTCTCCATGGATCAGTGATATACT 616
Query 939 ACTTGCTGCTCCTCTTGGTATAAGAAGTGACTATTTCCGATGGTGTAGTGGTGTAATGGG 998
|||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 617 ACTTGCTGCTCCCCTGGGTATAAGAAGTGACTACTTCCGATGGTGTAGTGGTGTAATGGG 676
Query 999 TAAATATGCTGCTGGAGAGCTCAAGCCGCCAACCATTGCTTCTCGAGGATCTGGTAAACA 1058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 TAAATATGCTGCTGGAGAGCTCAAGCCGCCAACCATTGCTTCTCGAGGATCTGGTAAACA 736
Query 1059 TCCTCAACTGATGCCTTCAACCCCAAGATGGGCTGTTGCTAATGGAGCTGGTGTCATACT 1118
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 737 TCCTCAACTGATGCCTTCAACGCCAAGATGGGCAGTTGCTAACGGAGCTGGTGTCATACT 796
Query 1119 GAGTGTTTGTGATGATGAAGTTGCTCGATATGAGACTGCTACGCTGACAGCGGTCGCTGT 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 797 GAGTGTTTGTGATGATGAAGTTGCTCGATATGAGACTGCCACGCTGACAGCGGTTGCTGT 856
Query 1179 CCCTGCACTTCTTCTTCCTCCGCCAACGACATCCTTAGATGAGCATCTAGTTGCTGGCCT 1238
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 857 CCCTGCACTTCTTCTTCCTCCCCCAACGACATCCTTAGATGAGCATCTAGTTGCTGGCCT 916
Query 1239 TCCAGCTCTTGAACCATATGCACGTTTGTTTCATAGATACTATGCCATTGCAACTCCAAG 1298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 917 TCCAGCTCTTGAACCATATGCACGTTTGTTTCATAGATATTATGCCATTGCAACTCCAAG 976
Query 1299 TGCTACGCAGAGACTTCTTCTTGGACTCTTAGAAGCACCACCGTCGTGGGCTCCAGATGC 1358
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 TGCTACTCAGAGACTTCTTCTTGGACTCTTAGAAGCACCACCGTCGTGGGCTCCAGATGC 1036
Query 1359 ACTTGATGCTGCTGTACAGCTTGTGGAACTCCTTCGAGCTGCTGAAGATTATGCATCTGG 1418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 ACTTGATGCTGCTGTACAGCTTGTGGAACTCCTTCGAGCTGCTGAAGATTATGCATCTGG 1096
Query 1419 TGTAAGGCTACCCAGGAACTGGATGCATTTGCACTTCTTGCGGGCTATAGGAATTGCTAT 1478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 1097 TGTAAGGCTACCCAGGAACTGGATGCATTTGCACTTCTTGCGGGCAATCGGGATTGCTAT 1156
Query 1479 GTCTATGAGGGCAGGTGTTGCTGCTGATGCTGCAGCCGCTTTGCTTTTCCGCATACTCTC 1538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1157 GTCTATGAGGGCAGGTGTTGCTGCTGATGCTGCAGCCGCTTTGCTTTTCCGCATACTCTC 1216
Query 1539 ACAGCCGGCACTGCTTTTTCCTCCGCTAAGTCAAGTTGAGGGAGTAGAAATTCAGCACGC 1598
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1217 ACAGCCAGCACTGCTTTTTCCTCCGCTAAGTCAAGTTGAGGGAGTAGAAATTCAACACGC 1276
Query 1599 GCCTATTGGTGGCTACAGTTCAAATTACAGAAAACAGATAGAAGTTCCTGCAGCAGAAGC 1658
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1277 GCCTATTGGTGGCTACAGTTCAAATTACAGGAAACAGATAGAAGTTCCTGCAGCAGAAGC 1336
Query 1659 AACCATTGAAGCCACTGCCCAAGGAATTGCCTCAATGCTTTGTGCTCATGGTCCTGAAGT 1718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1337 AACCATTGAAGCCACTGCCCAAGGAATTGCCTCAATGCTCTGTGCTCATGGTCCTGAAGT 1396
Query 1719 TGAGTGGAGAATTTGCACTATATGGGAAGCTGCTTATGGTTTGATCCCTTTAAATTCTTC 1778
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1397 TGAATGGAGAATTTGCACTATATGGGAAGCTGCTTATGGATTGATCCCTCTAAATTCTTC 1456
Query 1779 GGCGGTTGATCTTCCCGAAATCATAGTTGCTACCCCACTGCAACCTCCTATCTTGTCATG 1838
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457 AGCGGTTGATCTTCCTGAAATCATAGTTGCTACCCCACTGCAACCTCCTATCTTGTCATG 1516
Query 1839 GAATTTATACATTCCACTCCTCAAAGTACTTGAATATCTTCCACGGGGGAGTCCTTCGGA 1898
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1517 GAATCTATACATTCCACTCCTCAAAGTACTTGAATATCTTCCACGGGGGAGTCCTTCGGA 1576
Query 1899 AGCATGCTTGATGAAAATATTTGTTGCCACTGTGGAAACAATACTCAGTAGAACTTTTCC 1958
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577 AGCATGCTTGATGAAAATATTTGTTGCCACAGTGGAAACAATACTCAGTAGAACTTTTCC 1636
Query 1959 GCCTGAATCTTCCAGGGAACTA-ACCAGAAAAGCTAGATCGAGTTTTACCACAAGATCAG 2017
||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637 GCCTGAATCATCCAGGGAAC-ATACCAGAAAAGCTAGATCGAGTTTTACCACAAGATCAG 1695
Query 2018 CGACCAAAAATCTTGCTATGTCTGAGCTTCGTGCTATGGTCCATGCTCTCTTTTTAGAAT 2077
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 CGACCAAAAACCTTGCTATGGCTGAGCTTCGTGCTATGGTCCATGCTCTCTTTTTAGAAT 1755
Query 2078 CATGCGCTGGTGTGGAATTAGCTTCACGCCTACTTTTTGTTGTGTTGACTGTATGTGTTA 2137
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756 CATGCGCTGGTGTGGAATTAGCTTCACGCCTTCTTTTTGTTGTGTTGACTGTATGTGTTA 1815
Query 2138 GCCATGAAGCACAGTCTAGTGGTAGCAAGAGACCGAGAAGTGAATATGCTAGTACTACTG 2197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1816 GCCATGAAGCACAGTCTAGTGGTAGCAAGAGACCGAGAAGTGAATATGCTAGCACTACCG 1875
Query 2198 AAAATATTGAGGCGAATCAACCTGTATCTAACAATCAAACTGCTAACCGTAAAAGTAGGA 2257
||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1876 AAAATGTCGAGGCGAATCAACCTGTATCTGACAATCAAACTGCTAACCGTAAAAGTAGGA 1935
Query 2258 ATGTCAAGGGACAGGGACCTGTGGCAGCATTTGATTCATACGTTCTTGCTGCTGTTTGTG 2317
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 ATGTCAAGGGACAGGGACCTGTTGCAGCATTTGATTCATACGTTCTTGCTGCTGTTTGTG 1995
Query 2318 CTCTTGCCTGTGAGGTTCAGCTGTATCCTATGATCTCTGGTGGGGGGAACTTTTCCAATT 2377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1996 CTCTTGCCTGTGAGGTTCAGCTGTATCCTATGATCTCTGGAGGGGGGAACTTTTCCAATT 2055
Query 2378 CTGCCGTGGCTGGAACTATTACAAAGCCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAAAGAGTATG 2437
||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2056 CTGCCGTGGCTCGAACTATTACAAAGCCTGTAAAAATAAATGGGTCATCTAACGAGTATG 2115
Query 2438 GAGCTGGGATTGACTCGGCAATTAGTCATACGCGCCGAATTTTGGCAATCCTAGAGGCAC 2497
|||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2116 GAGCTGGGGTTGACTCGGCAATTAATCATACACGCCGAATTTTGGCAATTCTAGAGGCAC 2175
Query 2498 TCTTTTCATTAAAACCATCTTCTGTGGGGACTCCATGGAGTTACAGTTCTAGTGAGATAG 2557
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2176 TCTTTTCATTAAAACCATCTTCTGTAGGGACTCCATGGAGTTACAGTTCTAGTGAGATAG 2235
Query 2558 TTGCTGCGGCCATGGTTGCAGCTCATATTTCCGAACTGTTCAGACGTTCAAAGGCCTTGA 2617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2236 TTGCTGCGGCCATGGTTGCAGCTCATATTTCCGAACTGTTCAGACGTTCAAAGGCCTTGA 2295
Query 2618 CGCATGCATTGTCTGGGTTGATGAGATGTAAGTGGGATAAGGAAATTCATAAAAGAGCAT 2677
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2296 CGCATGCGTTGTCTGGGTTGATGAGATGTAAGTGGGACAAGGAAATTCATAAAAGAGCAT 2355
Query 2678 CATCATTATATAACCTCATAGATGTTCACAGCAAAGTTGTTGCCTCCATTGTTGACAAAG 2737
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2356 CATCATTGTATAACCTCATTGATGTTCACAGCAAAGTTGTTGCATCTATTGTTGACAAAG 2415
Query 2738 CTGAACCCTTGGAAGCCTACCTTAAGAATACACCGGTTCAGAAGGATTCTGTGACCTGTT 2797
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2416 CTGAACCCTTAGAAGCCTACCTTAAGAATACACCGGTTCAGAAGGATTCTCTGACCTGTT 2475
Query 2798 TAAACTGGAAACAAGAGAACACATGTGCAAGCACCACATGCTTTGATACAGCGGTGACAT 2857
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2476 TGAACTGGAAACAACAGAACACATGTGCAAGCACCACATGCTTTGATACAGCGGTGACAT 2535
Query 2858 CCGCCTCAAGGACTGAAATGAATCCAAGAGGAAACCATAAGTATGCTAGACATTCAGATG 2917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2536 CCGCCTCAAGGACTGAAATGAATCCAAGAGGAAACCATAAGTATGCTAGACATTCAGATG 2595
Query 2918 AAGGCTCAGGGAGACCCTCAGAGAAGGGTATCAAAGATTTCCTCTTGGATGCTTCTGATC 2977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2596 AAGGCTCAGGGAGACCCTCAGAGAAGGGTATCAAAGATTTCCTCTTGGATGCTTCTGATC 2655
Query 2978 TTGCGAATTTCCTCACAGCTGATAGACTCGCAGGGTTCTATTGTGGTACACAAAAGCTTT 3037
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2656 TAGCAAATTTCCTCACAGCTGATAGACTCGCAGGGTTCTATTGTGGTACACAAAAGCTTT 2715
Query 3038 TGAGGTCAGTGCTTGCAGAGAAACCGGAGCTGTCTTTCTCCGTTGTTTCACTGTTATGGC 3097
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2716 TAAGGTCAGTGCTTGCAGAGAAACCGGAGCTGTCTTTCTCCGTTGTTTCACTGTTATGGC 2775
Query 3098 ACAAACTGATTGCTGCTCCTGAAATCCAGCCCACCGCAGAAAGCACCTCTGCGCAACAAG 3157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2776 ACAAACTGATTGCTGCTCCTGAAATCCAGCCCACCGCAGAAAGCACCTCTGCGCAACAAG 2835
Query 3158 GATGGAGACAGGTTGTTGATGCGCTATGCAATGTCGTATCTGCAACGCCAGCGAAAGCAG 3217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2836 GATGGAGACAGGTTGTTGATGCGCTATGCAATGTCGTATCTGCAACGCCAGCAAAAGCAG 2895
Query 3218 CAGCAGCAGTTGTCCTTCAGGCTGAAAGGGAGTTGCAGCCTTGGATCGCCAAAGATGATG 3277
| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2896 CTGCAGCAGTTGTTCTTCAGGCTGAGAGGGAGTTACAGCCTTGGATCGCCAAAGATGATG 2955
Query 3278 AAGAAGGCCAAAAAATGTGGAAAATCAACCAACGGATAGTCAAAGTGTTGGTGGAACTCA 3337
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2956 AAGAAGGTCAGAAAATGTGGAAAATCAACCAACGGATAGTCAAAGTGTTGGTGGAACTCA 3015
Query 3338 TGCGCAATCATGACAGGCCTGAGTCACTGGTGATTCTCGCAAGTGCATCAGATCTTCTTC 3397
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3016 TGCGCAATCATGACCGGCCTGAGTCACTGGTGATACTGGCAAGTGCATCAGATCTTCTTC 3075
Query 3398 TGCGGGCAACTGATGGAATGCTTGTTGATGGAGAAGCTTGTACATTACCTCAACTTGAGC 3457
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3076 TGCGGGCAACTGATGGAATGCTTGTTGATGGGGAAGCTTGTACACTACCTCAACTTGAGC 3135
Query 3458 TACTTGAAGCCACGGCAAGAGCAATACAGCCGGTGCTAGCTTGGGGGCCATCTGGACTAG 3517
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 3136 TACTTGAAGCCACAGCAAGAGCAATACAGCCGGTGCTAGCTTGGGGACCATCTGGACTTG 3195
Query 3518 CAGTGGTCGACGGTTTATCCAATCTATTGAAGTGTCGTCTACCAGCAACAATACGGTGCC 3577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3196 CAGTGGTCGACGGTTTATCCAATCTATTGAAGTGTCGTCTACCAGCAACAATACGGTGCC 3255
Query 3578 TTTCACACCCAAGTGCACACGTACGTGCCTTAAGCACGTCAGTACTACGTGATATCATGA 3637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3256 TTTCACACCCAAGTGCACACGTACGTGCCTTAAGCACGTCAGTACTACGTGACATCATGA 3315
Query 3638 ACCAAAGCTCCATACCCATCAAAGTAACTCCAAAACTGCCAACAACAGAGAAGAACGGAA 3697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3316 ACCAAAGCTCCATACCCATCAAAGTAACTCCAAAACTGCCAACAACAGAGAAGAACGGAA 3375
Query 3698 TGAATAGTCCGTCCTATCGATTCTTCAACGCCGCCTCAATAGACTGGAAAGCCGATATCC 3757
|||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3376 TGAACAGCCCGTCCTATCGATTCTTCAACGCCGCCACGATAGACTGGAAAGCCGATATCC 3435
Query 3758 AAAACTGTTTAAACTGGGAAGCTCACAGCTTGCTCTCCACAACTATGCCTACTCAGTTTC 3817
|||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3436 AAAAATGCTTGAACTGGGAAGCTCACAGCTTGCTCTCCACAACTATGCCTACTCAGTTTC 3495
Query 3818 TCGACACTGCGGCTCGGGAACTCGGCTGTACTATATCCTTGTCCCAATAACGAGCACCCA 3877
||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3496 TCGACACGGCAGCTCGAGAACTCGGCTGTACTATATCCTTGTCCCAATAACGAGCGCCCG 3555
Query 3878 C--TTTTGTTTTT 3888
| ||||||||||
Sbjct 3556 CGCTTTTGTTTTT 3568
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 156378567457
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5