BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G22960.1
Length=2157
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg313173 jgi|Araly1|313173|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001953 3278 0.0
> Ahg313173 jgi|Araly1|313173|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001953
Length=3444
Score = 3278 bits (1775), Expect = 0.0
Identities = 1990/2092 (95%), Gaps = 21/2092 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 CTTCGAGATCTTTCTTCTCTATTTCTACTA-C--CAACAACAACAATAACCTCTCACGCT 88
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 143 CTTCGAGATCTTTCTTCTCTATTTCTACTACCAACAACAACAACAATAACCTCTCACGCT 202
Query 89 TCCTCTTTCGATTCTCTACTCTTCCTCATTGCGCTGCATCGTCTTCTTCTTCATCTTCCA 148
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||
Sbjct 203 TCCTCTTTCGATTCTCTACTCTTCCTCATTGCGCTG---CGTCTTCTTCTTCTTCCTCCA 259
Query 149 ATCTCGAGTCTTATTACGCTAATCTCATTTTGAGCTCTCACGGAGATAGTAATAAACCTA 208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||
Sbjct 260 ATCTCGAGTCTTATTACGCTAATCTCATTTTGAGCTCTCACGGAG--A-TAATCAACCTA 316
Query 209 ATCGGAAGTGGTCTTCTCATCAGTTTCGTCTTCTTC-TAACTGATCCAAATTTGCTTATT 267
|||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 317 ATCGGAAGTGGTCTTCTCATCAGTTTCGTC-TCCTCTTGACTGATCCAGATTTGCTTATT 375
Query 268 AGAGTCCTCAATATGATTCGGGTCAAA-CCCGAAATCGCGTTTCGGTTTTTCAATTGGAT 326
|||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 376 AGAGTCCTTAATATGATTCGGGT-AAAGCCCGAAATCGCTTTTCGGTTTTTCAATTGGAT 434
Query 327 ACAGAGACAGAGCGATGTGAAGCAGTCAAGGCAAGCTTTTGCTGCGATGTTGGAGATTTT 386
||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 ACAAAGGCAGAGCGATGTGAAGCAGTCACGGCAAGCTTTTGCTGCGATGTTGGAGATTTT 494
Query 387 AGCTGAGAATGATTTGATGAGTGAAGCTTATTTGGTTGCTGAGAGGAGTATTGATCTTGG 446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 495 AGCTGAGAATGATTTGATGAGTGAAGCTTATTTGGTTGCTGAGAGGAGTATCAATCTTGG 554
Query 447 TATGCACGAAATTGATGATCTTTTGATTGATGGGAGCTTTGATAAGTTGATTGCTCTCAA 506
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 555 TATGCACGAAATTGATGATCTTTTGATTGATGGGAACTTTGATAAGTTGGTTGCTCTCAA 614
Query 507 GCTTTTAGATCTGTTGTTGTGGGTTTACACTAAGAAATCTATGGCGGAGAAGTTTTTGTT 566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 615 GCTTTTAGATCTGTTGTTGTGGGTTTACACTAAGAAATCTATGGCGGAGAAGTGTTTGTT 674
Query 567 GAGTTTTGAGAAGATGATTAGGAAAGGGTTTTTACCTAGTGTTAGAAATTGTAACATAGT 626
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 GAGTTTTGAGAAGATGATTAGGAAAGGTTTTTTACCTAGTGTTAGAAATTGTAACATAGT 734
Query 627 TTTGAAGGTTCTTAGGGATTCAAGGATGATGAATAAGGCTTCA-GCGGTTTATGAGACGA 685
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||
Sbjct 735 TTTGAGGGTTCTTAGGGATTCAAGGATGATGAATAAGGCT-CAAGAGGTCTATGAGACGA 793
Query 686 TGATTGA-GCATGGTATTATGCCTACGGTTATTACATTTAATACTATGTTGGATTCTTGT 744
|| || | ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 TGGTT-ATGCATGGTATTATGCCGACGGTTATCACGTTTAATACTATGTTGGATTCTTGT 852
Query 745 TTCAAGGCTGGTGATTTGGAGCGAGTTGACAAGATTTGGTTAGAGATGAAGAGAAGAAAT 804
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 853 TTCAAGGCTGGTGATTTGGAGCGAGTCGACAAGATTTGGTTAGAGATGAAGAGAAGAAAT 912
Query 805 ATTGAATTTAGTGAGGTGACTTACAATATACTGATCAATGGATTTTCCAAGAATGGTAAA 864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 913 ATTGAATTTAGTGAGGTGACTTACAATATACTGATCAATGGGTTTTCCAAGAATGGTAAA 972
Query 865 ATGGAGGAAGCTAGACGGTTTCATGGAGATATGCGGAGATCGGGGTTCGCTGTTACACCT 924
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 973 ATGGAGGAAGCTAGGCGGTTTCATGGAGATATGCAAAGATCTGGGTTCCCTGTTACACCT 1032
Query 925 TACTCGTTTAACCCGTTGATTGAAGGGTATTGCAAACAAGGCTTGTTTGATGATGCTTGG 984
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1033 TACTCGTTTAATCCGTTGATTGAAGGGTATTGCAAGCAAGGTTTGTTTGATGAAGCTTGG 1092
Query 985 GGAGTTACAGACGAAATGCTCAATGCGGGTATTTATCCAACCACATCCACGTATAATATT 1044
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1093 GGAGTTACAGACGAGATGCTCAATGCGGGTATTTATCCAACCACATCCACGTATAATATT 1152
Query 1045 TATATATGTGCTCTCTGCGATTTTGGAAGAATAGATGATGCCAGAGAGCTGTTATCTAGT 1104
|||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 TATATACGTGCTCTCTGCGAGTTTGGAAGAATAGATGATGCCAGAGAGCTGTTATCTAGT 1212
Query 1105 ATGGCTGCTCCAGATGTTGTGTCTTATAACACTCTGATGCATGGATACATCAAGATGGGG 1164
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1213 ATGGCTGCTCCTGATGTTGTGTCTTATAACACTCTAATGCATGGATACATCAAGATGCGG 1272
Query 1165 AAGTTTGTAGAGGCTTCTCTCTTGTTTGATGACTTGAGAGCTGGGGATATCCATCCCAGT 1224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1273 AAGTTTGTAGAGGCTTCTCTCTTGTTTGATGACTTGAAAGCTGGGAATATCAATCCCAGT 1332
Query 1225 ATTGTGACCTATAATACTCTAATAGATGGTCTTTGTGAGTCAGGGAACTTGGAAGGTGCT 1284
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 ATTGTCACCTATAATACTGTAATAGATGGTCTTTGTGAGTCAGGGAACTTGGAAGGTGCT 1392
Query 1285 CAGCGGTTAAAAGAAGAGATGACCACCCAACTGATATTTCCTGATGTGATTACGTACACA 1344
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 CAGCGGTTAAAAGAAGAGATGACCAGCCAACTGATATTTCCTGATGTGATTACGTACACG 1452
Query 1345 ACTCTTGTAAAAGGATTTGTTAAGAATGGGAATCTTTCCATGGCTACTGAAGTTTATGAC 1404
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1453 ACTCTTTTAAAAGGATTTGTTAAGAATGGGAATCTTTCCATGGCTACTGAAATTTATGAT 1512
Query 1405 GAGATGCTGAGGAAAGGGATTAAACCTGATGGTTATGCATACACTACAAGGGCTGTTGGT 1464
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1513 GAGATGCTGAGGAAAGGAATTAAACCTGATGGATATGCATACACTACAAGGACTGTGGGT 1572
Query 1465 GAATTGCGACTTGGAGATTCAGACAAAGCATTTCGTCTGCACGAAGAGATGGTGGCA-AC 1523
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1573 GAATTGCGGCTTGGAGATTCAGAAAAAGCATTTCGTCTGCACGAAGAGATGGTGGCAGA- 1631
Query 1524 GGATCATCATGCTCCAGATCTGACCATCTATAACGTTCGTATAGATGGACTCTGCAAGGT 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 GGATCATCATGCTCCAGATCTGACCATCTATAACGTTCGTATAGATGGACTCTGCAAGGT 1691
Query 1584 TGGGAATCTGGTAAAAGCGATTGAGTTTCAGCGTAAGATTTTCAGAGTTGGTCTTGTCCC 1643
||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1692 TGGGAATCTTGAAAAAGCAATTGAGTTTCAGCGTAAGATTTTTAGAGTTGGTCTTGTCCC 1751
Query 1644 AGATCATGTTACTTACACCACGGTTATTCGCGGTTATTTGGAGAATGGCCAGTTTAAGAT 1703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1752 AGATCATGTTACTTACACCACGGTTATTCGCGGTTATTTGGAGAAGGGCCGGTTTAAGAT 1811
Query 1704 GGCCAGAAACTTGTATGATGAAATGCTGAGAAAAAGGTTATATCCCTCTGTGATTACCTA 1763
||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1812 GGCTAGAGACTTGTATGATGAAATGCTGAGTAAAAGGTTATCTCCCTCTGTGATTACCTA 1871
Query 1764 CTTTGTGTTGATTTATGGTCATGCAAAAGCTGGAAGGCTAGAACAGGCCTTCCAGTACTC 1823
||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 1872 CTTTGTGTTGATTCATGGTCATGCGAAAGCAGGAAGGCTAGAACAAGCCTTTCAGTATTC 1931
Query 1824 CACCGAGATGAAAAAGAGAGGCGTTCGTCCAAATGTCATGACGCACAATGCTCTTTTATA 1883
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1932 CACCGAGATGAAAAAGAGAGGCGTTCGTCCAAATGTCATGACGCACAATGCTCTTTTACA 1991
Query 1884 TGGCATGTGCAAAGCTGGTAATATAGATGAAGCTTACAGATACTTGTGCAAGATGGAAGA 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 TGGCATGTGCAAAGCTGGTAATATAGATGAAGCTTACAGATACTTGTGCAAGATGGAAGA 2051
Query 1944 AGAAGGGATTCCACCAAATAAATATAGCTACACTATGCTTATAAGCAAGAACTGTGATTT 2003
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2052 AGAGGGGATTTCACCAAATAAATATAGCTACACTATTCTTATAAGCAAGAACGGTGATCT 2111
Query 2004 TGA-AAAGTGGGAAGAGGTTGTTAAATTGTATAAAGAGATGCTAGATAAAGAGATTGAGC 2062
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 CGATAAA-TGGGAAGAGGTTGTTAAATTGTATAAAGAGATGCTAGATAAAGAGATTGAGC 2170
Query 2063 CAGATGGTTACACACATAGAGCCTTGTTCAAACATTTGGAGAAAGACCACGA 2114
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 CAGATGGTTACACACATAAAGCCTTGTTCAAACATTTGGAGAAAGACCACGA 2222
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81170312095
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5