BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G23230.1
Length=4889
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472581 jgi|Araly1|472581|fgenesh2_kg.1__2535__AT1G23230.1 7251 0.0
> Ahg472581 jgi|Araly1|472581|fgenesh2_kg.1__2535__AT1G23230.1
Length=4920
Score = 7251 bits (3926), Expect = 0.0
Identities = 4160/4276 (97%), Gaps = 4/4276 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 616 AGGTGAAATCTG-TGGAGAATGGGCAGCAGATTGCAAGAGCTGGCCAGATTGTAAGAGAG 674
|||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 647 AGGTTAAATC-GTTGGAGAATGGGCAGCAGATTGCAAGAGCAGGCCAGACTGTAAGAGAG 705
Query 675 AATGCTATGAGAAATAGTCAACGGATTAGAGCTGCTGCTGTAAACAGTCTGCGTCAGCTC 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 706 AATGCTATGAGAAATAGTCAACGGATTAGAGCTGCTGCTATAAACAGTCTGCGCCAGCTC 765
Query 735 AGTTGCAAGATTATCTTGATTGGCGTTGAATCTAGTCTCAAACCCGTTACTCATGCCGAG 794
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 AGTTGCAAGATTATCTTGATTGGCGTTGAATTTAGTCTCAAACCCGTTACTCATGCCGAG 825
Query 795 ATTTTCCAGTACATGATGAATTGGCTTGTTAACTGGGACAGGAGAGATCTGGGAACTGAG 854
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 826 ATTTTCCAGTACATGTTGAATTGGCTTGTTAACTGGGACAGGAGAGATCCGGGAACTGAG 885
Query 855 GACTCTGTAGGAAAGTCGTGGAGATCTGAGAAGACTTTAGCTGAATGGTTGCGGAGTTGT 914
||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 GACTCTGCAGGTACGTCGTGGAGATCTGAGAAGACTTTAGCTGAATGGTTGCGGAGTTGT 945
Query 915 TTGGATGTGATCTGGCTGTTGGTAGAAGAGGGTGAATCTCGAATTCCGTTTTATGAGTTA 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 TTGGATGTGATCTGGCTGTTGGTAGAAGAGGGTGAATCTCGAATTCCGTTTTATGAGTTA 1005
Query 975 TTGCGCAGTGGTCTACAGTTTATAGAGAACATACCTGATGATGAAGCCTTGTTCACTCTT 1034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TTGCGCAGTGGTCTACAGTTTATAGAGAACATACCTGATGATGAAGCCTTGTTCACTCTT 1065
Query 1035 ATCATGGAGATACACCGGAGGCGAGATGCGATGGCCATGCATATGCTCATGTTGGACCAA 1094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1066 ATCATGGAGATACACCGGAGGCGAGATGCGATGGCCATGCACATGCTCATGTTGGACCAA 1125
Query 1095 CATCTTCACTGTCCATCATTTGGTACCCATCGTATAGTCTCCCAAATAACTGCCAATGTT 1154
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1126 CATCTTCACTGTCCAACATTTGGTACCCATCGTATAGTGTCCCAAGTAACTGCCAATGTT 1185
Query 1155 CCACCCGAAGCTGTGCCACACTTACGACATTCACCAATTACATATCCAAGTGTGCTTGGG 1214
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 TCAGCCGAAGCTGTGCAACACTTACGACATTCACCAATTACATATCCAAGTGTGCTTGGG 1245
Query 1215 GAACCTTTATATGGAGAGGATCTGGCGATGTCTATTCCAAAAGGAAGCCTGGATTGGGAG 1274
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1246 GAACCTTTGTATGGAGAGGATCTGGCGATGTCTATTCCAAAAGGAAGCCTCGATTGGGAG 1305
Query 1275 AGAGCAGTGCGTTGCATTAGACATGCTATTCGCACTACACCGTCACCGGACTGGTGGAAG 1334
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 AGAGCAGTGCGTTGCATTAGACATGCTATCCGCACTACGCCGTCACCGGACTGGTGGAAA 1365
Query 1335 CGTGTTCTTGTTGTGGCCCCTTGTTATAGACCATCTACACAAGCAGGGCCTATCCCTGGT 1394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1366 CGTGTTCTTGTTGTGGCCCCTTGTTATAGACCATCTACACAACCAGGGCCTATCCCTGGT 1425
Query 1395 GCTGTATTCACTTCTGACATGATTTGTGAGGCAATCATTGACAGAATTGTTGAGCTTCTT 1454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1426 GCTGTATTCACTTCTGACATGATTTGTGAGGCAATCATTGACAGGATTGTTGAGCTTCTT 1485
Query 1455 AAGCTGACCAACTCAGGCAATGATTGCTTTGGTATTGATTTGGTATCTGTTACTTTTCCC 1514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1486 AAGCTGACCAACTCAGGCAATGATTGCTTTGGTATTGATTTGGTATCTGTTACTTTTTCC 1545
Query 1515 CCTCTCTATGCAGATGCAAATTGCTGGCAAGAGTGGCTGGTTTTCTCGGATATATTCTTC 1574
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1546 CCTCTCTATGCAGATGCAAATTGTTGGCAAGAGTGGCTGGTTTTCTCGGATATCTTCTTC 1605
Query 1575 TTTCTAATCAAAAGTGGGTGTACTGATTTTGTTGATTTCATTGACAAGTTGGTTTTACGC 1634
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1606 TTTCTAATTAAAAGTGGGTGTACTGATTTTGTTGATTTCATTGACAAGTTGGTTTCACGT 1665
Query 1635 CTTAACGGTGTTGATAACCATATTCTTCGGACGAATCATGTGACTTGGCTGCTTGCACAA 1694
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1666 CTTAACGGTGTTGATAACCATATTCTTCGGACGAATCATGTGACGTGGCTGCTTGCACAA 1725
Query 1695 ATAATACGCGTGGAGCTTGTGATGACTGCTTTGAACTCAGATGCTAAAAAGGTGGAGACT 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 ATAATACGCGTGGAGCTTGTGATGACTGCTTTGAACTCAGATGCTAAAAAGGTGGAGACT 1785
Query 1755 ACTAGGAAGATCTTATCATTTCACAGGGAAGACAGAAATTCTGATCCCAACAATCCTCAG 1814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1786 ACTAGGAAGATCTTATCATTTCACAGGGAAGACAGAAATTCTGATCCCAATAATCCTCAG 1845
Query 1815 AGTGTGTTGCTTGACTTCGTAAGCAGTTGTCAGAATCTACGGATTTGGTCACTAAGCACA 1874
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 AGTGTGTTGCTTGACTTCGTTAGCAGTTGTCAGAATCTACGGATTTGGTCACTAAGCACA 1905
Query 1875 ACAACTAGGGCATACCTAAACAATGAACAGCTGTTGAAGGGAAAACAGATCGATGAGTGG 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 ACAACTAGGGCATACCTAAACAATGAACAGCTGTTGAAGGGAAAACAGATCGATGAGTGG 1965
Query 1935 TGGAGAAGCAAAGGAGAGCGGATGATGGATTATATGAATATGGATGATAGGTCGATTGGC 1994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 TGGAGAAGCAAAGGAGAGCGGATGATGGATTATATGAATATGGATGATAGGTCGATTGGC 2025
Query 1995 ATGTTTTGGGTTGTTTCCTACACCATGGCACAACCAGCATGTGAAACAGTTATAAATTGG 2054
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 ATGTTTTGGGTTGTTTCCTACACTATGGCACAACCAGCGTGTGAAACAGTTATAAATTGG 2085
Query 2055 CTATCTTCAGCTGGCATGGCTGAGTTACCGGGATTACAGCCAAACGACCGAGTAATGATG 2114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 CTATCTTCAGCTGGCATGGCTGAGTTACCGGGATTACAGCCAAACGACCGAGTAATGATG 2145
Query 2115 ACGCAGGAAGTTACCCCGTTACCTATGTCATTGCTATCTGGCTTTTCAATGAATTTGTGC 2174
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 ACGCAGGAAGTGACCCCGTTACCTATGTCATTGCTATCTGGCTTTTCAATGAATTTGTGC 2205
Query 2175 TTGAAATTGGCCCTTCAGATGGAAGAAGCTTTGTTTGTTAGCCAGGTTGTTCCTAGCATT 2234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 TTGAAATTGGCCCTTCAGATGGAAGAAGCTTTGTTTGTTAGCCAGGTTGTTCCTAGCATT 2265
Query 2235 GCAATGGTTGAGACATACACAAGATTGCTTCTGATTTCCCCTCATTCGATGTTCCGTTCA 2294
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 GCAATGGTTGAGACATACACAAGATTGCTTCTGATTTCCCCTCATTCGATGTTCCGTTCG 2325
Query 2295 CATTTCAGTCAATTGGCCCAGCGAAATGCTTCTCTGCTAAGCAAGCCTGGAGTGACGTTA 2354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2326 CATTTCAGTCAATTGGCCCAGCGAAATGCTTCTCTGCTAAGCAAGCCTGGAGTGACTTTG 2385
Query 2355 CTTGTTCTTGAGATTCTGAACTATCGGTTGCTGCCACTCTACAGATACCAAGGAAAGAGT 2414
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 CTTGTTCTTGAGATTCTGAACTATCGGTTGCTTCCGCTCTACAGATACCAAGGAAAGAGT 2445
Query 2415 AAAACTTTAATGTATGATGTTACTAAAATAATATCTGCATTGAAAGGAAAACGTGGTGAC 2474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 AAAACTTTAATGTATGATGTTACTAAAATAATATCTGCATTGAAAGGAAAACGTGGTGAC 2505
Query 2475 CACCGTATATTCAGACTAGCTGAAAACTTATGCATGAATCTCATTTTATCACTCAGAGAC 2534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 CACCGTATATTCAGACTAGCTGAAAACTTATGCATGAATCTCATTTTATCACTCAGAGAC 2565
Query 2535 TTTTTCTCTGTGAAACGGGAGGGAAAAGGGCCAACTGAATTCACTGAGACGTTAAATCGC 2594
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 2566 TTTTTTTCTGTGAAACGGGAGGGAAAAGGGCCAACTGAATTCACTGAAACATTAAACCGC 2625
Query 2595 ATAACCATCATGACTCTTGCTATCACTATCAAAACACGTGGTATCGCAGACCCTGATCAC 2654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 ATAACCATCATGACTCTTGCTATCACTATCAAAACACGTGGTATCGCAGACCCTGATCAC 2685
Query 2655 ATGGTTTATCTGCAAACCATGTTGGAACAAATACTCGCGACGAGTCAGCATACATGGTCA 2714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2686 TTGGTTTATCTGCAAACCATGTTGGAACAAATACTCGCGACGAGTCAGCATACATGGTCA 2745
Query 2715 GAGAAGACGATGCGGCATTTCCCATCCCTTCTCCGTGAAACTTTGAAAGGACGGGTAGAC 2774
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||
Sbjct 2746 GAGAAGACGATGCGGCATTTCCCATCCCTTCTCCGTGACACATTGAATGGACGGGTAGAC 2805
Query 2775 AAGAGGGGCCTATCAATTCAGGCATGGCAACAGGCTGAAACAACTGTGATAAACCAGTGC 2834
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2806 AAGAGGGGCCTATCCATTCAGGCATGGCAACAGGCTGAAACAACTGTGATAAACCAGTGC 2865
Query 2835 ACTCAACTTCTCTCACCATCTGCTGAACCCGCTTACGTTTCAACATACCTCAGTCACAGT 2894
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2866 ACTCAGCTTCTCTCACCATCTGCTGAACCCGCTTACGTTTCAACATACCTCAGTCACAGT 2925
Query 2895 TTTCCTCAACACCGTCAGTATCTATGTGCTGGTGCTTGTCTGCTGATGCAAGGCCACGCT 2954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2926 TTTCCTCAACACCGTCAGTATCTATGTGCTGGTGCTTGTCTGCTGATGCAAGGCCACGCT 2985
Query 2955 GAAAACATCAACAGCACAAATCTGGCACGAGTTCTGAGAGAAGTTTCTCCTGAAGAAGTC 3014
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2986 GAAAACATCAACAGCACAAATCTGGCACGGGTTCTGAGAGAAGTTTCTCCTGAAGAAGTC 3045
Query 3015 ACTGCTAACATATACACTTTGGTCGATGTTTTGCTTCACCACGTTCATGTAGACCTTCAG 3074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3046 ACTGCTAACATATACACTTTGGTCGATGTTTTGCTTCACCACGTTCATGTAGACCTTCAG 3105
Query 3075 CAAGGACAATCTCTAGAGGCAGTTCTAGACAAGGCAGGCGCAAATCTTGCATTTTTCTTC 3134
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3106 CAAGGACAATCTTTAGAGGCAGTTCTAGACAAGGCAGGCGCAAATCTTGCATTTTTCTTC 3165
Query 3135 TGGACACATGAAATGCTTCCTCTCGACATTTTTCTTTTGGCGCTCATTGACCGTGATGAT 3194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3166 TGGACACATGAAATGCTTCCTCTCGACATTTTTCTTCTGGCGCTCATTGACCGTGATGAT 3225
Query 3195 GATCCTCACGCCTTGATAATTGCAATGAGCCTACTTAAAACGCCAGACCTTCTGCTGAGG 3254
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3226 GATCCGCACGCCTTGATAATTGCAATGAGCCTACTTAAAACGCCAGACCTTCTGCTGAGG 3285
Query 3255 ATAAAAAACTACTGCCAAAACCGTGGGTCTCCTGAGCACTGGCTTGTCACACAGGTGTTC 3314
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3286 ATTAAAAACTACTGCCAAAACCGTGGGTCTCCTGAGCACTGGCTTGTCACACAGGTGTTC 3345
Query 3315 AAACGCAATGAACTCCAGAAGGCCCTGGGTAACCATCTTTCTTGGAAGGACAGGTATCCA 3374
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3346 AAACGCAATGAACTCCAGAAGGCCCTTGGTAACCATCTTTCTTGGAAGGACAGGTATCCA 3405
Query 3375 ACGTTCTTTGATGATATTGCAGCGCGTTTGCTTCCAGTTATCCCTCTAGTGCTTTACAGG 3434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3406 ACGTTCTTTGATGATATTGCAGCGCGTTTGCTTCCAGTTATCCCTCTAGTGGTTTACAGG 3465
Query 3435 CTCATCGAGAACAATGCGATGGAGCAAGCTGATAATCTTTTGCTTGCACACTCGCATTTT 3494
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3466 CTCATCGAGAACAATGCGATGGACCAAGCTGATAATCTTTTGCTTGCACACTCGCATTTT 3525
Query 3495 CTAGCGTATCATCCTCTCAGATTCACGTTTGTCCGTGATATACTAGCCTATTTCTATGGC 3554
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3526 CTAGCTTATCATCCTCTCAGATTCACGTTTGTCCGAGATATACTCGCCTATTTCTATGGT 3585
Query 3555 CATCTTCCTGGGAAACTTGTTCTGCGCATGCTCAAAGTACTTGATCTCAGCAAGATTCCA 3614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3586 CATCTTCCTGGGAAACTTGTTCTGCGCATGCTCAAAGTACTTGATCTCAGCAAGATTCCA 3645
Query 3615 TTCTCTGAATCATTCCCGCAGTACATTAGCCCTACCGGTGCAC-CTGTATGCCCACCTCT 3673
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 3646 TTCTCTGAATCATTCCCGCAGTACATTAGCCCTGCCGGTGC-CGCTGTATGCCCACCTCT 3704
Query 3674 AGATTACTTTGCCTCTCTTCTGCTTAATCTCGTAAACAATGTTATACCTCCACTTAGCAG 3733
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3705 AGATTACTTTGCCTCTCTTCTGCTTAATCTTGTAAACAACGTTATACCTCCACTTAGCAG 3764
Query 3734 CAGCAGCAACTGCAGCTCGAGGTCTGGCTCAATGGCAGACATCTTAAACAGCTCAGCAAG 3793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3765 CAGCAGCAACTGCAGCTCGAGGTCTGGCTCAATGGCAGACATCTTAAACAGCTCAGCAAG 3824
Query 3794 ACCTCCTCATGGAAAAACTCCAGGAACATCTCAGCCTGGACCAGCAAACGCCTCTGAGGG 3853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3825 ACCTCCTCATGGAAAAACTCCAGGAACATCTCAGCCTGGACCAGCAAACGCCTCTGAGGG 3884
Query 3854 CCAGAAAGCATTCTATCAGATCCAGGACCCAGGAACTTACACGCAACTGGTTCTTGAGAC 3913
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 3885 CCAGAAAGCATTCTACCAGATCCAAGACCCAGGAACTTACACTCAATTGGTTCTTGAGAC 3944
Query 3914 AGCCGTGATCGAGATCCTCTCGCTTCCTGTCTCTGCTGCTCAGATTGTCTCTTCGCTTGT 3973
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3945 AGCCGTGATCGAGATCCTCTCGCTTCCCGTCTCCGCTGCTCAGATTGTCTCTTCGCTTGT 4004
Query 3974 CCAGATAATTGTCAACATACAATCGACTCTGATTCAATCTGGAAACGGGTTCCACGGCGC 4033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4005 CCAGATAATTGTCAACATACAATCGACTCTGATTCAATCTGGAAACGGGTTCCACGGCGC 4064
Query 4034 TGCCAACGGGGTGGGACAAGGGTCGGTACTGCCAACGTCTCCCTCTGGAGGGAGCACAGA 4093
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 4065 TGCGAACGGGGTGGGGCAAGGGTCGGTACTGCCAACGTCTCCCTCAGGAGGGAGCACGGA 4124
Query 4094 CTCCATGAGCGCTAGCCGGTCCACTTGTCTGATTCCTGGTATCAACACAGCGAGCTTTGT 4153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4125 CTCCATGAGCGCTAGCCGGTCCACTTGTCTGATTCCTGGTATCAACACGGCGAGCTTTGT 4184
Query 4154 CTCTAGAAGCGGTTATACATGTCAGCAACTGTCGTGTCTGTTGATTCAAGCTTGTGGACT 4213
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 4185 CTCTAGAAGTGGTTATACATGTCAGCAACTGTCGTGTCTTTTGATTCAAGCTTGTGGGCT 4244
Query 4214 TCTGTTGGCTCAGCTCCCTCCAGATTTTCACGTACAGCTTTACTTGGAGGCAGCACGTGT 4273
|||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4245 TCTGCTGGCCCAGCTCCCTCCAGATTTTCACATGCAGCTTTACTTGGAGGCAACACGTGT 4304
Query 4274 GACAAGGGAAACATGGTGGCTTAAGGACGGGAAGAGATCACAAGGTGAACTAGACTCAGC 4333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4305 GACAAGGGAAACATGGTGGCTTAAGGACGGGAAGAGATCACAAGGTGAACTAGACTCGGC 4364
Query 4334 TGTTGGATACGCTTTGATGGATCCTACATGGGCTGCTCAGGATAACACCTCGACCGCCAT 4393
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 4365 TGTTGGATACGCTTTGATGGATCCGACATGGGCTGCTCAGGACAACACCTCGACCGCAAT 4424
Query 4394 AGGAAATATTGTCGCCTTGCTTCATGCTTTCTTCAGCAATCTCCCACAAGAATGGCTTGA 4453
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4425 AGGAAATATAGTCGCCTTGCTTCATGCTTTCTTCAGCAATCTCCCACAAGAATGGCTTGA 4484
Query 4454 TGGCACGAATGCTATCATCACGAACCTCCGGCCTGTGACATCTGTGGCAATGCTCAGAGT 4513
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4485 TGGCACGAATGCCATCATCAAGAACCTCCGGCCTGTGACATCTGTCGCAATGCTCAGAGT 4544
Query 4514 TGTATTCCGTATCATGGGGCCACTGCTTCCGAGGCTTGCCAGTACACATACTCTCTTTAA 4573
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4545 TGTATTCCGTATTATGGGGCCACTGCTTCCGAGGCTTGCCAGCACACATACTCTCTTTAA 4604
Query 4574 CAAGACGCTAATGCTTCTCTTAAGCGCACTGGTCGATGTTTTTGGAAAGACCGCACAGAC 4633
||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 4605 CAAGACGTTAACCCTTCTCTTATCCGCGCTGGTCGATGTTTTCGGAAAGAACGCACAGAC 4664
Query 4634 AACAGCCCCTGTTGAAGCATCCCAGATTGCAGATCTTATTGATTTCCTACACCATATTAT 4693
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4665 AACAGCCCCTGTTGAAGCATCCCAGATTACAGATCTTATTGATTTCCTACACCATATTAT 4724
Query 4694 TCACTACGAGGGACAAGGAGGAGCTGTTCAAACTAGCAGCAAGCCGAGACCGGACATCTT 4753
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4725 TCACTACGAGGGACAAGGAGGAGCTGTCCAAACTAGCAGCAAGCCGAGACCCGACATCTT 4784
Query 4754 GGCGTTAATCGGAAGAGCAGCAGAGACTCTCCGACCAGATGTACAACACCTTCTCGCTCA 4813
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4785 GGCGTTAATCGGAAGAGCAGCAGATTCTCTCCGACCAGATGTACAACACCTTCTCGCTCA 4844
Query 4814 CCTCAAAACCAACCCGAATTCTTCCATATACGCAGCTGCTCATCAGCAGAATACTGCAAA 4873
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4845 CCTCAAAACCAACCCGAATTCTTCGATATACGCAGCTGCTCATCAGCAGAATACCGCAAA 4904
Query 4874 GACTAACACCTCTTAA 4889
||| ||||||||||||
Sbjct 4905 GACCAACACCTCTTAA 4920
Score = 837 bits (453), Expect = 0.0
Identities = 505/530 (95%), Gaps = 3/530 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 36 aaaaaaaTGGATCAATCGCAGCGAACAGTCGCTGCAACGCCATCGTCTTCTCGATCGTAC 95
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAAAAATGGATCAATCTCAGCGAACAGTCGCTGCAACGCCTTCGTCTTCTCGATCGTAC 60
Query 96 CAATTCCACCCAGCTCGTGCTGCAATTATCGATCTTTTCAATCTCTACTTAGGGAGAGGA 155
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAATTCCACCCTGCCCGTGCTGCAATTATCGATCTTTTCAATCTCTACTTAGGGAGAGGA 120
Query 156 AGCCGTCAAAAGCCTGATGAGTCCCTCCGAGATCCCCCGAACAAATCACAGAAGCGTGTT 215
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCCGTCAAAAGCCCGATGAGTCCCTCAGAGATCCTCCGAACAAATCACAGAAGCGTGTT 180
Query 216 CATGCTCCTAATAGAGACTTACCACCAAGAAACGAGCAATTCCTTTTGGATTTTGAGCTG 275
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 181 CATGCTCCAAACAGAGACTTACCACCAAGAAACGAGCAATTCATTTTGGATTTTGAGCAG 240
Query 276 CTTCAGAGCCAATTCAATGATCCAGAGCAATTGAGGACGATTACTGAGTCAGTTTTGATA 335
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTCAAAGCCAATTCAATGATCCAGAGCAATTGAGGACGATTACTGAGTCAGTTTTGATA 300
Query 336 TCTCTGGTGGTGCAATGTAGCAATCATGCGCCTCGTGCTGAGTTTCTACTCTTTGCTTTG 395
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 TCTTTGGTGGTGCAATGTAGCAATCATGCGCCTCGTGCTGAGTTTCTTCTCTTTGCTTTG 360
Query 396 CGTACATTGTGTAGGATTAGTTATATCAATTGGGATACTTTTTTACCATCCCTTCTCTCT 455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGTACATTGTGTAGGATTAGTTATATCAATTGGGATACTTTTTTACCATCCCTTCTCTCT 420
Query 456 TCCGTTTCCGCTGCTGAGGCGTCGTTAAGCCAAGGTGTTCAAGCAGCAGCGGCAACGGCT 515
|| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 421 TCGGTTTCTGCTGCTGAGGCTTCGTTAAGCCAAGGTGTTCAAGC--C-GCGGCAACGGCT 477
Query 516 GGTTCTTCTGCTACTTCTTCGCAGTCTGTAGTTCCTGTGTCTGTGAATCC 565
| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 478 GCTTCTTCTGCTACTTCTTCACAGTCTTTAGTTCCTGTGTCTGCCAATCC 527
Score = 97.1 bits (52), Expect = 1e-18
Identities = 54/55 (98%), Gaps = 0/55 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 561 AATCCAACGTCATTGCTGCCTTCAGCTCATGGTATTGGTTCTCCATCAGCTTCAG 615
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 AATCCAACGTCATTGTTGCCTTCAGCTCATGGTATTGGTTCTCCATCAGCTTCAG 613
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 185035919926
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5